src/jalview/gui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.event.*;
  23 import javax.swing.*;
  24 import javax.swing.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.jbgui.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29
  30 /**
  31  * DOCUMENT ME!
  32  *
  33  * @author $author$
  34  * @version $Revision$
  35  */
  36 public class SliderPanel extends GSliderPanel
  37 {
  38   static JInternalFrame conservationSlider;
  39
  40   static JInternalFrame PIDSlider;
  41
  42   AlignmentPanel ap;
  43
  44   boolean forConservation = true;
  45
  46   ColourSchemeI cs;
  47
  48   /**
  49    * Creates a new SliderPanel object.
  50    *
  51    * @param ap
  52    *          DOCUMENT ME!
  53    * @param value
  54    *          DOCUMENT ME!
  55    * @param forConserve
  56    *          DOCUMENT ME!
  57    * @param cs
  58    *          DOCUMENT ME!
  59    */
  60   public SliderPanel(final AlignmentPanel ap, int value,
  61           boolean forConserve, ColourSchemeI cs)
  62   {
  63     this.ap = ap;
  64     this.cs = cs;
  65     forConservation = forConserve;
  66     undoButton.setVisible(false);
  67     applyButton.setVisible(false);
  68
  69     if (forConservation)
  70     {
  71       label.setText("Enter value to increase conservation visibility");
  72       slider.setMinimum(0);
  73       slider.setMaximum(100);
  74     }
  75     else
  76     {
  77       label.setText("Enter % identity above which to colour residues");
  78       slider.setMinimum(0);
  79       slider.setMaximum(100);
  80     }
  81
  82     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
  83     {
  84       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
  85       {
  86         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  87         valueChanged(slider.getValue());
  88       }
  89     });
  90
  91     slider.addMouseListener(new MouseAdapter()
  92     {
  93       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
  94       {
  95         ap.paintAlignment(true);
  96       }
  97     });
  98
  99     slider.setValue(value);
 100     valueField.setText(value + "");
 101   }
 102
 103   /**
 104    * DOCUMENT ME!
 105    *
 106    * @param ap
 107    *          DOCUMENT ME!
 108    * @param cs
 109    *          DOCUMENT ME!
 110    * @param source
 111    *          DOCUMENT ME!
 112    *
 113    * @return DOCUMENT ME!
 114    */
 115   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
 116           ColourSchemeI cs, String source)
 117   {
 118     SliderPanel sp = null;
 119
 120     if (conservationSlider == null)
 121     {
 122       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
 123       conservationSlider = new JInternalFrame();
 124       conservationSlider.setContentPane(sp);
 125       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 126     }
 127     else
 128     {
 129       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();
 130       sp.cs = cs;
 131     }
 132
 133     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" + source
 134             + ")");
 135
 136     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)
 137     {
 138       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 139     }
 140     else
 141     {
 142       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 143     }
 144
 145     return sp.getValue();
 146   }
 147
 148   /**
 149    * DOCUMENT ME!
 150    */
 151   public static void showConservationSlider()
 152   {
 153     try
 154     {
 155       PIDSlider.setClosed(true);
 156       PIDSlider = null;
 157     } catch (Exception ex)
 158     {
 159     }
 160
 161     if (!conservationSlider.isVisible())
 162     {
 163       Desktop.addInternalFrame(conservationSlider,
 164               conservationSlider.getTitle(), 420, 90, false);
 165       conservationSlider
 166               .addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 167               {
 168                 public void internalFrameClosed(
 169                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)
 170                 {
 171                   conservationSlider = null;
 172                 }
 173               });
 174       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 175     }
 176   }
 177
 178   /**
 179    * DOCUMENT ME!
 180    *
 181    * @param ap
 182    *          DOCUMENT ME!
 183    * @param cs
 184    *          DOCUMENT ME!
 185    * @param source
 186    *          DOCUMENT ME!
 187    *
 188    * @return DOCUMENT ME!
 189    */
 190   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 191           String source)
 192   {
 193     SliderPanel pid = null;
 194
 195     int threshold = cs.getThreshold();
 196
 197     if (PIDSlider == null)
 198     {
 199       pid = new SliderPanel(ap, threshold, false, cs);
 200       PIDSlider = new JInternalFrame();
 201       PIDSlider.setContentPane(pid);
 202       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 203     }
 204     else
 205     {
 206       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();
 207       pid.cs = cs;
 208     }
 209
 210     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");
 211
 212     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)
 213     {
 214       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 215     }
 216     else
 217     {
 218       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 219     }
 220
 221     return pid.getValue();
 222   }
 223
 224   /**
 225    * DOCUMENT ME!
 226    */
 227   public static void showPIDSlider()
 228   {
 229     try
 230     {
 231       conservationSlider.setClosed(true);
 232       conservationSlider = null;
 233     } catch (Exception ex)
 234     {
 235     }
 236
 237     if (!PIDSlider.isVisible())
 238     {
 239       Desktop.addInternalFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420, 90,
 240               false);
 241       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 242       PIDSlider
 243               .addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 244               {
 245                 public void internalFrameClosed(
 246                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)
 247                 {
 248                   PIDSlider = null;
 249                 }
 250               });
 251       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 252     }
 253   }
 254
 255   /**
 256    * DOCUMENT ME!
 257    *
 258    * @param i
 259    *          DOCUMENT ME!
 260    */
 261   public void valueChanged(int i)
 262   {
 263     if (cs == null)
 264     {
 265       return;
 266     }
 267
 268     ColourSchemeI toChange = null;
 269     Vector allGroups = null;
 270     int groupIndex = 0;
 271
 272     if (allGroupsCheck.isSelected())
 273     {
 274       allGroups = ap.av.alignment.getGroups();
 275       groupIndex = allGroups.size() - 1;
 276     }
 277     else
 278     {
 279       toChange = cs;
 280     }
 281
 282     while (groupIndex > -1)
 283     {
 284       if (allGroups != null)
 285       {
 286         toChange = ((SequenceGroup) allGroups.get(groupIndex)).cs;
 287
 288         if (toChange == null)
 289         {
 290           groupIndex--;
 291
 292           continue;
 293         }
 294       }
 295
 296       if (forConservation)
 297       {
 298         if (toChange.conservationApplied())
 299         {
 300           toChange.setConservationInc(i);
 301         }
 302       }
 303       else
 304       {
 305         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 306       }
 307
 308       groupIndex--;
 309     }
 310
 311     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 312   }
 313
 314   /**
 315    * DOCUMENT ME!
 316    *
 317    * @param b
 318    *          DOCUMENT ME!
 319    */
 320   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 321   {
 322     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 323   }
 324
 325   /**
 326    * DOCUMENT ME!
 327    *
 328    * @param e
 329    *          DOCUMENT ME!
 330    */
 331   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 332   {
 333     try
 334     {
 335       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 336       slider.setValue(i);
 337     } catch (NumberFormatException ex)
 338     {
 339       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 340     }
 341   }
 342
 343   /**
 344    * DOCUMENT ME!
 345    *
 346    * @param value
 347    *          DOCUMENT ME!
 348    */
 349   public void setValue(int value)
 350   {
 351     slider.setValue(value);
 352   }
 353
 354   /**
 355    * DOCUMENT ME!
 356    *
 357    * @return DOCUMENT ME!
 358    */
 359   public int getValue()
 360   {
 361     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 362   }
 363
 364   public void slider_mouseReleased(MouseEvent e)
 365   {
 366     if (ap.overviewPanel != null)
 367     {
 368       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 369     }
 370   }
 371
 372 }