src/jalview/gui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.event.*;
  24 import javax.swing.*;
  25 import javax.swing.event.*;
  26
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.jbgui.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class SliderPanel extends GSliderPanel
  38 {
  39   static JInternalFrame conservationSlider;
  40
  41   static JInternalFrame PIDSlider;
  42
  43   AlignmentPanel ap;
  44
  45   boolean forConservation = true;
  46
  47   ColourSchemeI cs;
  48
  49   /**
  50    * Creates a new SliderPanel object.
  51    *
  52    * @param ap
  53    *          DOCUMENT ME!
  54    * @param value
  55    *          DOCUMENT ME!
  56    * @param forConserve
  57    *          DOCUMENT ME!
  58    * @param cs
  59    *          DOCUMENT ME!
  60    */
  61   public SliderPanel(final AlignmentPanel ap, int value,
  62           boolean forConserve, ColourSchemeI cs)
  63   {
  64     this.ap = ap;
  65     this.cs = cs;
  66     forConservation = forConserve;
  67     undoButton.setVisible(false);
  68     applyButton.setVisible(false);
  69
  70     if (forConservation)
  71     {
  72       label.setText("Enter value to increase conservation visibility");
  73       slider.setMinimum(0);
  74       slider.setMaximum(100);
  75     }
  76     else
  77     {
  78       label.setText("Enter % identity above which to colour residues");
  79       slider.setMinimum(0);
  80       slider.setMaximum(100);
  81     }
  82
  83     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
  84     {
  85       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
  86       {
  87         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  88         valueChanged(slider.getValue());
  89       }
  90     });
  91
  92     slider.addMouseListener(new MouseAdapter()
  93     {
  94       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
  95       {
  96         ap.paintAlignment(true);
  97       }
  98     });
  99
 100     slider.setValue(value);
 101     valueField.setText(value + "");
 102   }
 103
 104   /**
 105    * DOCUMENT ME!
 106    *
 107    * @param ap
 108    *          DOCUMENT ME!
 109    * @param cs
 110    *          DOCUMENT ME!
 111    * @param source
 112    *          DOCUMENT ME!
 113    *
 114    * @return DOCUMENT ME!
 115    */
 116   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
 117           ColourSchemeI cs, String source)
 118   {
 119     SliderPanel sp = null;
 120
 121     if (conservationSlider == null)
 122     {
 123       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
 124       conservationSlider = new JInternalFrame();
 125       conservationSlider.setContentPane(sp);
 126       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 127     }
 128     else
 129     {
 130       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();
 131       sp.cs = cs;
 132     }
 133
 134     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" + source
 135             + ")");
 136
 137     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 138     {
 139       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 140     }
 141     else
 142     {
 143       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 144     }
 145
 146     return sp.getValue();
 147   }
 148
 149   /**
 150    * DOCUMENT ME!
 151    */
 152   public static void showConservationSlider()
 153   {
 154     try
 155     {
 156       PIDSlider.setClosed(true);
 157       PIDSlider = null;
 158     } catch (Exception ex)
 159     {
 160     }
 161
 162     if (!conservationSlider.isVisible())
 163     {
 164       Desktop.addInternalFrame(conservationSlider,
 165               conservationSlider.getTitle(), 420, 90, false);
 166       conservationSlider
 167               .addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 168               {
 169                 public void internalFrameClosed(
 170                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)
 171                 {
 172                   conservationSlider = null;
 173                 }
 174               });
 175       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 176     }
 177   }
 178
 179   /**
 180    * DOCUMENT ME!
 181    *
 182    * @param ap
 183    *          DOCUMENT ME!
 184    * @param cs
 185    *          DOCUMENT ME!
 186    * @param source
 187    *          DOCUMENT ME!
 188    *
 189    * @return DOCUMENT ME!
 190    */
 191   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 192           String source)
 193   {
 194     SliderPanel pid = null;
 195
 196     int threshold = cs.getThreshold();
 197
 198     if (PIDSlider == null)
 199     {
 200       pid = new SliderPanel(ap, threshold, false, cs);
 201       PIDSlider = new JInternalFrame();
 202       PIDSlider.setContentPane(pid);
 203       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 204     }
 205     else
 206     {
 207       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();
 208       pid.cs = cs;
 209     }
 210
 211     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");
 212
 213     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 214     {
 215       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 216     }
 217     else
 218     {
 219       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 220     }
 221
 222     return pid.getValue();
 223   }
 224
 225   /**
 226    * DOCUMENT ME!
 227    */
 228   public static void showPIDSlider()
 229   {
 230     try
 231     {
 232       conservationSlider.setClosed(true);
 233       conservationSlider = null;
 234     } catch (Exception ex)
 235     {
 236     }
 237
 238     if (!PIDSlider.isVisible())
 239     {
 240       Desktop.addInternalFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420, 90,
 241               false);
 242       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 243       PIDSlider
 244               .addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 245               {
 246                 public void internalFrameClosed(
 247                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)
 248                 {
 249                   PIDSlider = null;
 250                 }
 251               });
 252       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 253     }
 254   }
 255
 256   /**
 257    * DOCUMENT ME!
 258    *
 259    * @param i
 260    *          DOCUMENT ME!
 261    */
 262   public void valueChanged(int i)
 263   {
 264     if (cs == null)
 265     {
 266       return;
 267     }
 268
 269     ColourSchemeI toChange = null;
 270     List<SequenceGroup> allGroups = null;
 271     int groupIndex = 0;
 272
 273     if (allGroupsCheck.isSelected())
 274     {
 275       allGroups = ap.av.getAlignment().getGroups();
 276       groupIndex = allGroups.size() - 1;
 277     }
 278     else
 279     {
 280       toChange = cs;
 281     }
 282
 283     while (groupIndex > -1)
 284     {
 285       if (allGroups != null)
 286       {
 287         toChange = ((SequenceGroup) allGroups.get(groupIndex)).cs;
 288
 289         if (toChange == null)
 290         {
 291           groupIndex--;
 292
 293           continue;
 294         }
 295       }
 296
 297       if (forConservation)
 298       {
 299         if (toChange.conservationApplied())
 300         {
 301           toChange.setConservationInc(i);
 302         }
 303       }
 304       else
 305       {
 306         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 307       }
 308
 309       groupIndex--;
 310     }
 311
 312     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 313   }
 314
 315   /**
 316    * DOCUMENT ME!
 317    *
 318    * @param b
 319    *          DOCUMENT ME!
 320    */
 321   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 322   {
 323     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 324   }
 325
 326   /**
 327    * DOCUMENT ME!
 328    *
 329    * @param e
 330    *          DOCUMENT ME!
 331    */
 332   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 333   {
 334     try
 335     {
 336       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 337       slider.setValue(i);
 338     } catch (NumberFormatException ex)
 339     {
 340       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 341     }
 342   }
 343
 344   /**
 345    * DOCUMENT ME!
 346    *
 347    * @param value
 348    *          DOCUMENT ME!
 349    */
 350   public void setValue(int value)
 351   {
 352     slider.setValue(value);
 353   }
 354
 355   /**
 356    * DOCUMENT ME!
 357    *
 358    * @return DOCUMENT ME!
 359    */
 360   public int getValue()
 361   {
 362     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 363   }
 364
 365   public void slider_mouseReleased(MouseEvent e)
 366   {
 367     if (ap.overviewPanel != null)
 368     {
 369       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 370     }
 371   }
 372
 373 }