src/jalview/gui/SliderPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import javax.swing.*;\r
  25 import javax.swing.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.jbgui.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class SliderPanel\r
  38     extends GSliderPanel\r
  39 {\r
  40   static JInternalFrame conservationSlider;\r
  41   static JInternalFrame PIDSlider;\r
  42   AlignmentPanel ap;\r
  43   boolean forConservation = true;\r
  44   ColourSchemeI cs;\r
  45 \r
  46   /**\r
  47    * Creates a new SliderPanel object.\r
  48    *\r
  49    * @param ap DOCUMENT ME!\r
  50    * @param value DOCUMENT ME!\r
  51    * @param forConserve DOCUMENT ME!\r
  52    * @param cs DOCUMENT ME!\r
  53    */\r
  54   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,\r
  55                      ColourSchemeI cs)\r
  56   {\r
  57     this.ap = ap;\r
  58     this.cs = cs;\r
  59     forConservation = forConserve;\r
  60     undoButton.setVisible(false);\r
  61     applyButton.setVisible(false);\r
  62 \r
  63     if (forConservation)\r
  64     {\r
  65       label.setText("Enter value to increase conservation visibility");\r
  66       slider.setMinimum(0);\r
  67       slider.setMaximum(100);\r
  68     }\r
  69     else\r
  70     {\r
  71       label.setText("Enter % identity above which to colour residues");\r
  72       slider.setMinimum(0);\r
  73       slider.setMaximum(100);\r
  74     }\r
  75 \r
  76     slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  77     {\r
  78       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  79       {\r
  80         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  81         valueChanged(slider.getValue());\r
  82       }\r
  83     });\r
  84 \r
  85     slider.setValue(value);\r
  86     valueField.setText(value + "");\r
  87   }\r
  88 \r
  89   /**\r
  90    * DOCUMENT ME!\r
  91    *\r
  92    * @param ap DOCUMENT ME!\r
  93    * @param cs DOCUMENT ME!\r
  94    * @param source DOCUMENT ME!\r
  95    *\r
  96    * @return DOCUMENT ME!\r
  97    */\r
  98   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,\r
  99                                           ColourSchemeI cs, String source)\r
 100   {\r
 101     SliderPanel sp = null;\r
 102 \r
 103     if (conservationSlider == null)\r
 104     {\r
 105       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);\r
 106       conservationSlider = new JInternalFrame();\r
 107       conservationSlider.setContentPane(sp);\r
 108       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 109     }\r
 110     else\r
 111     {\r
 112       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();\r
 113       sp.cs = cs;\r
 114     }\r
 115 \r
 116     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" +\r
 117                                 source + ")");\r
 118 \r
 119     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 120     {\r
 121       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 122     }\r
 123     else\r
 124     {\r
 125       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 126     }\r
 127 \r
 128     return sp.getValue();\r
 129   }\r
 130 \r
 131   /**\r
 132    * DOCUMENT ME!\r
 133    */\r
 134   public static void showConservationSlider()\r
 135   {\r
 136     try\r
 137     {\r
 138       PIDSlider.setClosed(true);\r
 139       PIDSlider = null;\r
 140     }\r
 141     catch (Exception ex)\r
 142     {\r
 143     }\r
 144 \r
 145     if (!conservationSlider.isVisible())\r
 146     {\r
 147       Desktop.addInternalFrame(conservationSlider,\r
 148                                conservationSlider.getTitle(), 420, 90, false);\r
 149       conservationSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
 150                                                   InternalFrameAdapter()\r
 151       {\r
 152         public void internalFrameClosed(\r
 153             javax.swing.event.InternalFrameEvent e)\r
 154         {\r
 155           conservationSlider = null;\r
 156         }\r
 157       });\r
 158       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 159     }\r
 160   }\r
 161 \r
 162   /**\r
 163    * DOCUMENT ME!\r
 164    *\r
 165    * @param ap DOCUMENT ME!\r
 166    * @param cs DOCUMENT ME!\r
 167    * @param source DOCUMENT ME!\r
 168    *\r
 169    * @return DOCUMENT ME!\r
 170    */\r
 171   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
 172                                        String source)\r
 173   {\r
 174     SliderPanel pid = null;\r
 175 \r
 176     int threshold = cs.getThreshold();\r
 177 \r
 178     if (PIDSlider == null)\r
 179     {\r
 180       pid = new SliderPanel(ap, threshold, false, cs);\r
 181       PIDSlider = new JInternalFrame();\r
 182       PIDSlider.setContentPane(pid);\r
 183       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 184     }\r
 185     else\r
 186     {\r
 187       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();\r
 188       pid.cs = cs;\r
 189     }\r
 190 \r
 191     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");\r
 192 \r
 193     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 194     {\r
 195       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 196     }\r
 197     else\r
 198     {\r
 199       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 200     }\r
 201 \r
 202     return pid.getValue();\r
 203   }\r
 204 \r
 205   /**\r
 206    * DOCUMENT ME!\r
 207    */\r
 208   public static void showPIDSlider()\r
 209   {\r
 210     try\r
 211     {\r
 212       conservationSlider.setClosed(true);\r
 213       conservationSlider = null;\r
 214     }\r
 215     catch (Exception ex)\r
 216     {\r
 217     }\r
 218 \r
 219     if (!PIDSlider.isVisible())\r
 220     {\r
 221       Desktop.addInternalFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420, 90,\r
 222                                false);\r
 223       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 224       PIDSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
 225                                          InternalFrameAdapter()\r
 226       {\r
 227         public void internalFrameClosed(\r
 228             javax.swing.event.InternalFrameEvent e)\r
 229         {\r
 230           PIDSlider = null;\r
 231         }\r
 232       });\r
 233       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 234     }\r
 235   }\r
 236 \r
 237   /**\r
 238    * DOCUMENT ME!\r
 239    *\r
 240    * @param i DOCUMENT ME!\r
 241    */\r
 242   public void valueChanged(int i)\r
 243   {\r
 244     if (cs == null)\r
 245     {\r
 246       return;\r
 247     }\r
 248 \r
 249     ColourSchemeI toChange = null;\r
 250     Vector allGroups = null;\r
 251     int groupIndex = 0;\r
 252 \r
 253     if (allGroupsCheck.isSelected())\r
 254     {\r
 255       allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 256       groupIndex = allGroups.size() - 1;\r
 257     }\r
 258     else\r
 259     {\r
 260       toChange = cs;\r
 261     }\r
 262 \r
 263     while (groupIndex > -1)\r
 264     {\r
 265       if (allGroups != null)\r
 266       {\r
 267         toChange = ( (SequenceGroup) allGroups.get(groupIndex)).cs;\r
 268 \r
 269         if (toChange == null)\r
 270         {\r
 271           groupIndex--;\r
 272 \r
 273           continue;\r
 274         }\r
 275       }\r
 276 \r
 277       if (forConservation)\r
 278       {\r
 279         if (toChange.conservationApplied())\r
 280         {\r
 281           toChange.setConservationInc(i);\r
 282         }\r
 283       }\r
 284       else\r
 285       {\r
 286         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 287       }\r
 288 \r
 289       groupIndex--;\r
 290     }\r
 291 \r
 292     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 293   }\r
 294 \r
 295   /**\r
 296    * DOCUMENT ME!\r
 297    *\r
 298    * @param b DOCUMENT ME!\r
 299    */\r
 300   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)\r
 301   {\r
 302     allGroupsCheck.setEnabled(b);\r
 303   }\r
 304 \r
 305   /**\r
 306    * DOCUMENT ME!\r
 307    *\r
 308    * @param e DOCUMENT ME!\r
 309    */\r
 310   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 311   {\r
 312     try\r
 313     {\r
 314       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 315       slider.setValue(i);\r
 316     }\r
 317     catch (NumberFormatException ex)\r
 318     {\r
 319       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 320     }\r
 321   }\r
 322 \r
 323   /**\r
 324    * DOCUMENT ME!\r
 325    *\r
 326    * @param value DOCUMENT ME!\r
 327    */\r
 328   public void setValue(int value)\r
 329   {\r
 330     slider.setValue(value);\r
 331   }\r
 332 \r
 333   /**\r
 334    * DOCUMENT ME!\r
 335    *\r
 336    * @return DOCUMENT ME!\r
 337    */\r
 338   public int getValue()\r
 339   {\r
 340     return Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 341   }\r
 342 \r
 343   public void slider_mouseReleased(MouseEvent e)\r
 344   {\r
 345     if (ap.overviewPanel != null)\r
 346     {\r
 347       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 348     }\r
 349   }\r
 350 \r
 351 }\r