src/jalview/gui/SplitFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewControllerGuiI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.api.SplitContainerI;
  26 import jalview.controller.FeatureSettingsControllerGuiI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.jbgui.GAlignFrame;
  29 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  30 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32 import jalview.util.Platform;
  33 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  34
  35 import java.awt.BorderLayout;
  36 import java.awt.Component;
  37 import java.awt.Dimension;
  38 import java.awt.event.ActionEvent;
  39 import java.awt.event.ActionListener;
  40 import java.awt.event.FocusEvent;
  41 import java.awt.event.FocusListener;
  42 import java.awt.event.KeyAdapter;
  43 import java.awt.event.KeyEvent;
  44 import java.awt.event.KeyListener;
  45 import java.beans.PropertyVetoException;
  46 import java.util.Arrays;
  47 import java.util.List;
  48 import java.util.Map.Entry;
  49
  50 import javax.swing.AbstractAction;
  51 import javax.swing.InputMap;
  52 import javax.swing.JButton;
  53 import javax.swing.JComponent;
  54 import javax.swing.JDesktopPane;
  55 import javax.swing.JInternalFrame;
  56 import javax.swing.JLayeredPane;
  57 import javax.swing.JMenuItem;
  58 import javax.swing.JPanel;
  59 import javax.swing.JTabbedPane;
  60 import javax.swing.KeyStroke;
  61 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  62 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  63
  64 /**
  65  * An internal frame on the desktop that hosts a horizontally split view of
  66  * linked DNA and Protein alignments. Additional views can be created in linked
  67  * pairs, expanded to separate split frames, or regathered into a single frame.
  68  * <p>
  69  * (Some) operations on each alignment are automatically mirrored on the other.
  70  * These include mouseover (highlighting), sequence and column selection,
  71  * sequence ordering and sorting, and grouping, colouring and sorting by tree.
  72  *
  73  * @author gmcarstairs
  74  *
  75  */
  76 public class SplitFrame extends GSplitFrame implements SplitContainerI
  77 {
  78   private static final int WINDOWS_INSETS_WIDTH = 28; // tbc
  79
  80   private static final int MAC_INSETS_WIDTH = 28;
  81
  82   private static final int WINDOWS_INSETS_HEIGHT = 50; // tbc
  83
  84   private static final int MAC_INSETS_HEIGHT = 50;
  85
  86   private static final int DESKTOP_DECORATORS_HEIGHT = 65;
  87
  88   private static final long serialVersionUID = 1L;
  89
  90   /**
  91    * geometry for Feature Settings Holder
  92    */
  93   private static final int FS_MIN_WIDTH = 400;
  94
  95   private static final int FS_MIN_HEIGHT = 400;
  96
  97   public SplitFrame(GAlignFrame top, GAlignFrame bottom)
  98   {
  99     super(top, bottom);
 100     init();
 101   }
 102
 103   /**
 104    * Initialise this frame.
 105    */
 106   protected void init()
 107   {
 108     getTopFrame().setSplitFrame(this);
 109     getBottomFrame().setSplitFrame(this);
 110     getTopFrame().setVisible(true);
 111     getBottomFrame().setVisible(true);
 112
 113     ((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport().setCodingComplement(
 114             ((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport());
 115
 116     /*
 117      * estimate width and height of SplitFrame; this.getInsets() doesn't seem to
 118      * give the full additional size (a few pixels short)
 119      */
 120     int widthFudge = Platform.isAMac() ? MAC_INSETS_WIDTH
 121             : WINDOWS_INSETS_WIDTH;
 122     int heightFudge = Platform.isAMac() ? MAC_INSETS_HEIGHT
 123             : WINDOWS_INSETS_HEIGHT;
 124     int width = ((AlignFrame) getTopFrame()).getWidth() + widthFudge;
 125     int height = ((AlignFrame) getTopFrame()).getHeight()
 126             + ((AlignFrame) getBottomFrame()).getHeight() + DIVIDER_SIZE
 127             + heightFudge;
 128     height = fitHeightToDesktop(height);
 129     setSize(width, height);
 130
 131     adjustLayout();
 132
 133     addCloseFrameListener();
 134
 135     addKeyListener();
 136
 137     addKeyBindings();
 138
 139     addCommandListeners();
 140   }
 141
 142   /**
 143    * Reduce the height if too large to fit in the Desktop. Also adjust the
 144    * divider location in proportion.
 145    *
 146    * @param height
 147    *          in pixels
 148    * @return original or reduced height
 149    */
 150   public int fitHeightToDesktop(int height)
 151   {
 152     // allow about 65 pixels for Desktop decorators on Windows
 153
 154     int newHeight = Math.min(height,
 155             Desktop.instance.getHeight() - DESKTOP_DECORATORS_HEIGHT);
 156     if (newHeight != height)
 157     {
 158       int oldDividerLocation = getDividerLocation();
 159       setDividerLocation(oldDividerLocation * newHeight / height);
 160     }
 161     return newHeight;
 162   }
 163
 164   /**
 165    * Set the top and bottom frames to listen to each others Commands (e.g. Edit,
 166    * Order).
 167    */
 168   protected void addCommandListeners()
 169   {
 170     // TODO if CommandListener is only ever 1:1 for complementary views,
 171     // may change broadcast pattern to direct messaging (more efficient)
 172     final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 173             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 174     ssm.addCommandListener(((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport());
 175     ssm.addCommandListener(((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport());
 176   }
 177
 178   /**
 179    * Do any tweaking and twerking of the layout wanted.
 180    */
 181   public void adjustLayout()
 182   {
 183     /*
 184      * Ensure sequence ids are the same width so sequences line up
 185      */
 186     int w1 = ((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport().getIdWidth();
 187     int w2 = ((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport().getIdWidth();
 188     int w3 = Math.max(w1, w2);
 189     if (w1 != w3)
 190     {
 191       ((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport().setIdWidth(w3);
 192     }
 193     if (w2 != w3)
 194     {
 195       ((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport().setIdWidth(w3);
 196     }
 197
 198     /*
 199      * Scale protein to either 1 or 3 times character width of dna
 200      */
 201     final AlignViewport topViewport = ((AlignFrame) getTopFrame()).viewport;
 202     final AlignViewport bottomViewport = ((AlignFrame) getBottomFrame()).viewport;
 203     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
 204     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
 205     AlignmentViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
 206             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
 207     AlignmentViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
 208             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
 209     if (protein != null && cdna != null)
 210     {
 211       int scale = protein.isScaleProteinAsCdna() ? 3 : 1;
 212       protein.setCharWidth(scale * cdna.getViewStyle().getCharWidth());
 213     }
 214   }
 215
 216   /**
 217    * Adjusts the divider for a sensible split of the real estate (for example,
 218    * when many transcripts are shown with a single protein). This should only be
 219    * called after the split pane has been laid out (made visible) so it has a
 220    * height. The aim is to avoid unnecessary vertical scroll bars, while
 221    * ensuring that at least 2 sequences are visible in each panel.
 222    * <p>
 223    * Once laid out, the user may choose to customise as they wish, so this
 224    * method is not called again after the initial layout.
 225    */
 226   protected void adjustInitialLayout()
 227   {
 228     AlignFrame topFrame = (AlignFrame) getTopFrame();
 229     AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) getBottomFrame();
 230
 231     /*
 232      * recompute layout of top and bottom panels to reflect their
 233      * actual (rather than requested) height
 234      */
 235     topFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 236     bottomFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 237
 238     final AlignViewport topViewport = topFrame.viewport;
 239     final AlignViewport bottomViewport = bottomFrame.viewport;
 240     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
 241     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
 242     boolean topAnnotations = topViewport.isShowAnnotation();
 243     boolean bottomAnnotations = bottomViewport.isShowAnnotation();
 244     // TODO need number of visible sequences here, not #sequences - how?
 245     int topCount = topAlignment.getHeight();
 246     int bottomCount = bottomAlignment.getHeight();
 247     int topCharHeight = topViewport.getViewStyle().getCharHeight();
 248     int bottomCharHeight = bottomViewport.getViewStyle().getCharHeight();
 249
 250     /*
 251      * calculate the minimum ratio that leaves at least the height
 252      * of two sequences (after rounding) visible in the top panel
 253      */
 254     int topPanelHeight = topFrame.getHeight();
 255     int bottomPanelHeight = bottomFrame.getHeight();
 256     int topSequencesHeight = topFrame.alignPanel.getSeqPanel().seqCanvas
 257             .getHeight();
 258     int topPanelMinHeight = topPanelHeight
 259             - Math.max(0, topSequencesHeight - 3 * topCharHeight);
 260     double totalHeight = (double) topPanelHeight + bottomPanelHeight;
 261     double minRatio = topPanelMinHeight / totalHeight;
 262
 263     /*
 264      * calculate the maximum ratio that leaves at least the height
 265      * of two sequences (after rounding) visible in the bottom panel
 266      */
 267     int bottomSequencesHeight = bottomFrame.alignPanel.getSeqPanel().seqCanvas
 268             .getHeight();
 269     int bottomPanelMinHeight = bottomPanelHeight
 270             - Math.max(0, bottomSequencesHeight - 3 * bottomCharHeight);
 271     double maxRatio = (totalHeight - bottomPanelMinHeight) / totalHeight;
 272
 273     /*
 274      * estimate ratio of (topFrameContent / bottomFrameContent)
 275      */
 276     int insets = Platform.isAMac() ? MAC_INSETS_HEIGHT
 277             : WINDOWS_INSETS_HEIGHT;
 278     // allow 3 'rows' for scale, scrollbar, status bar
 279     int topHeight = insets + (3 + topCount) * topCharHeight
 280             + (topAnnotations ? topViewport.calcPanelHeight() : 0);
 281     int bottomHeight = insets + (3 + bottomCount) * bottomCharHeight
 282             + (bottomAnnotations ? bottomViewport.calcPanelHeight() : 0);
 283     double ratio = ((double) topHeight)
 284             / (double) (topHeight + bottomHeight);
 285
 286     /*
 287      * limit ratio to avoid concealing all sequences
 288      */
 289     ratio = Math.min(ratio, maxRatio);
 290     ratio = Math.max(ratio, minRatio);
 291     setRelativeDividerLocation(ratio);
 292   }
 293
 294   /**
 295    * Add a listener to tidy up when the frame is closed.
 296    */
 297   protected void addCloseFrameListener()
 298   {
 299     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 300     {
 301       @Override
 302       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 303       {
 304         close();
 305       };
 306     });
 307   }
 308
 309   /**
 310    * Add a key listener that delegates to whichever split component the mouse is
 311    * in (or does nothing if neither).
 312    */
 313   protected void addKeyListener()
 314   {
 315     addKeyListener(new KeyAdapter()
 316     {
 317
 318       @Override
 319       public void keyPressed(KeyEvent e)
 320       {
 321         AlignFrame af = (AlignFrame) getFrameAtMouse();
 322
 323         /*
 324          * Intercept and override any keys here if wanted.
 325          */
 326         if (!overrideKey(e, af))
 327         {
 328           if (af != null)
 329           {
 330             for (KeyListener kl : af.getKeyListeners())
 331             {
 332               kl.keyPressed(e);
 333             }
 334           }
 335         }
 336       }
 337
 338       @Override
 339       public void keyReleased(KeyEvent e)
 340       {
 341         Component c = getFrameAtMouse();
 342         if (c != null)
 343         {
 344           for (KeyListener kl : c.getKeyListeners())
 345           {
 346             kl.keyReleased(e);
 347           }
 348         }
 349       }
 350
 351     });
 352   }
 353
 354   /**
 355    * Returns true if the key event is overriden and actioned (or ignored) here,
 356    * else returns false, indicating it should be delegated to the AlignFrame's
 357    * usual handler.
 358    * <p>
 359    * We can't handle Cmd-Key combinations here, instead this is done by
 360    * overriding key bindings.
 361    *
 362    * @see addKeyOverrides
 363    * @param e
 364    * @param af
 365    * @return
 366    */
 367   protected boolean overrideKey(KeyEvent e, AlignFrame af)
 368   {
 369     boolean actioned = false;
 370     int keyCode = e.getKeyCode();
 371     switch (keyCode)
 372     {
 373     case KeyEvent.VK_DOWN:
 374       if (e.isAltDown() || !af.viewport.cursorMode)
 375       {
 376         /*
 377          * Key down (or Alt-key-down in cursor mode) - move selected sequences
 378          */
 379         ((AlignFrame) getTopFrame()).moveSelectedSequences(false);
 380         ((AlignFrame) getBottomFrame()).moveSelectedSequences(false);
 381         actioned = true;
 382         e.consume();
 383       }
 384       break;
 385     case KeyEvent.VK_UP:
 386       if (e.isAltDown() || !af.viewport.cursorMode)
 387       {
 388         /*
 389          * Key up (or Alt-key-up in cursor mode) - move selected sequences
 390          */
 391         ((AlignFrame) getTopFrame()).moveSelectedSequences(true);
 392         ((AlignFrame) getBottomFrame()).moveSelectedSequences(true);
 393         actioned = true;
 394         e.consume();
 395       }
 396       break;
 397     default:
 398     }
 399     return actioned;
 400   }
 401
 402   /**
 403    * Set key bindings (recommended for Swing over key accelerators).
 404    */
 405   private void addKeyBindings()
 406   {
 407     overrideDelegatedKeyBindings();
 408
 409     overrideImplementedKeyBindings();
 410   }
 411
 412   /**
 413    * Override key bindings with alternative action methods implemented in this
 414    * class.
 415    */
 416   protected void overrideImplementedKeyBindings()
 417   {
 418     overrideFind();
 419     overrideNewView();
 420     overrideCloseView();
 421     overrideExpandViews();
 422     overrideGatherViews();
 423   }
 424
 425   /**
 426    * Replace Cmd-W close view action with our version.
 427    */
 428   protected void overrideCloseView()
 429   {
 430     AbstractAction action;
 431     /*
 432      * Ctrl-W / Cmd-W - close view or window
 433      */
 434     KeyStroke key_cmdW = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
 435             jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper.getMenuShortcutKeyMaskEx(), false);
 436     action = new AbstractAction()
 437     {
 438       @Override
 439       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 440       {
 441         closeView_actionPerformed();
 442       }
 443     };
 444     overrideKeyBinding(key_cmdW, action);
 445   }
 446
 447   /**
 448    * Replace Cmd-T new view action with our version.
 449    */
 450   protected void overrideNewView()
 451   {
 452     /*
 453      * Ctrl-T / Cmd-T open new view
 454      */
 455     KeyStroke key_cmdT = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_T,
 456             jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper.getMenuShortcutKeyMaskEx(), false);
 457     AbstractAction action = new AbstractAction()
 458     {
 459       @Override
 460       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 461       {
 462         newView_actionPerformed();
 463       }
 464     };
 465     overrideKeyBinding(key_cmdT, action);
 466   }
 467
 468   /**
 469    * For now, delegates key events to the corresponding key accelerator for the
 470    * AlignFrame that the mouse is in. Hopefully can be simplified in future if
 471    * AlignFrame is changed to use key bindings rather than accelerators.
 472    */
 473   protected void overrideDelegatedKeyBindings()
 474   {
 475     if (getTopFrame() instanceof AlignFrame)
 476     {
 477       /*
 478        * Get all accelerator keys in the top frame (the bottom should be
 479        * identical) and override each one.
 480        */
 481       for (Entry<KeyStroke, JMenuItem> acc : ((AlignFrame) getTopFrame())
 482               .getAccelerators().entrySet())
 483       {
 484         overrideKeyBinding(acc);
 485       }
 486     }
 487   }
 488
 489   /**
 490    * Overrides an AlignFrame key accelerator with our version which delegates to
 491    * the action listener in whichever frame has the mouse (and does nothing if
 492    * neither has).
 493    *
 494    * @param acc
 495    */
 496   private void overrideKeyBinding(Entry<KeyStroke, JMenuItem> acc)
 497   {
 498     final KeyStroke ks = acc.getKey();
 499     InputMap inputMap = this.getInputMap(JComponent.WHEN_FOCUSED);
 500     inputMap.put(ks, ks);
 501     this.getActionMap().put(ks, new AbstractAction()
 502     {
 503       @Override
 504       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 505       {
 506         Component c = getFrameAtMouse();
 507         if (c != null && c instanceof AlignFrame)
 508         {
 509           for (ActionListener a : ((AlignFrame) c).getAccelerators().get(ks)
 510                   .getActionListeners())
 511           {
 512             a.actionPerformed(null);
 513           }
 514         }
 515       }
 516     });
 517   }
 518
 519   /**
 520    * Replace an accelerator key's action with the specified action.
 521    *
 522    * @param ks
 523    */
 524   protected void overrideKeyBinding(KeyStroke ks, AbstractAction action)
 525   {
 526     this.getActionMap().put(ks, action);
 527     overrideMenuItem(ks, action);
 528   }
 529
 530   /**
 531    * Create and link new views (with matching names) in both panes.
 532    * <p>
 533    * Note this is _not_ multiple tabs, each hosting a split pane view, rather it
 534    * is a single split pane with each split holding multiple tabs which are
 535    * linked in pairs.
 536    * <p>
 537    * TODO implement instead with a tabbed holder in the SplitView, each tab
 538    * holding a single JSplitPane. Would avoid a duplicated tab, at the cost of
 539    * some additional coding.
 540    */
 541   protected void newView_actionPerformed()
 542   {
 543     AlignFrame topFrame = (AlignFrame) getTopFrame();
 544     AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) getBottomFrame();
 545     final boolean scaleProteinAsCdna = topFrame.viewport
 546             .isScaleProteinAsCdna();
 547
 548     AlignmentPanel newTopPanel = topFrame.newView(null, true);
 549     AlignmentPanel newBottomPanel = bottomFrame.newView(null, true);
 550
 551     /*
 552      * This currently (for the first new view only) leaves the top pane on tab 0
 553      * but the bottom on tab 1. This results from 'setInitialTabVisible' echoing
 554      * from the bottom back to the first frame. Next line is a fudge to work
 555      * around this. TODO find a better way.
 556      */
 557     if (topFrame.getTabIndex() != bottomFrame.getTabIndex())
 558     {
 559       topFrame.setDisplayedView(newTopPanel);
 560     }
 561
 562     newBottomPanel.av.setViewName(newTopPanel.av.getViewName());
 563     newTopPanel.av.setCodingComplement(newBottomPanel.av);
 564
 565     /*
 566      * These lines can be removed once scaleProteinAsCdna is added to element
 567      * Viewport in jalview.xsd, as Jalview2XML.copyAlignPanel will then take
 568      * care of it
 569      */
 570     newTopPanel.av.setScaleProteinAsCdna(scaleProteinAsCdna);
 571     newBottomPanel.av.setScaleProteinAsCdna(scaleProteinAsCdna);
 572
 573     /*
 574      * Line up id labels etc
 575      */
 576     adjustLayout();
 577
 578     final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 579             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 580     ssm.addCommandListener(newTopPanel.av);
 581     ssm.addCommandListener(newBottomPanel.av);
 582   }
 583
 584   /**
 585    * Close the currently selected view in both panes. If there is only one view,
 586    * close this split frame.
 587    */
 588   protected void closeView_actionPerformed()
 589   {
 590     int viewCount = ((AlignFrame) getTopFrame()).getAlignPanels().size();
 591     if (viewCount < 2)
 592     {
 593       close();
 594       return;
 595     }
 596
 597     AlignmentPanel topPanel = ((AlignFrame) getTopFrame()).alignPanel;
 598     AlignmentPanel bottomPanel = ((AlignFrame) getBottomFrame()).alignPanel;
 599
 600     ((AlignFrame) getTopFrame()).closeView(topPanel);
 601     ((AlignFrame) getBottomFrame()).closeView(bottomPanel);
 602
 603   }
 604
 605   /**
 606    * Close child frames and this split frame.
 607    */
 608   public void close()
 609   {
 610     ((AlignFrame) getTopFrame()).closeMenuItem_actionPerformed(true);
 611     ((AlignFrame) getBottomFrame()).closeMenuItem_actionPerformed(true);
 612     try
 613     {
 614       this.setClosed(true);
 615     } catch (PropertyVetoException e)
 616     {
 617       // ignore
 618     }
 619   }
 620
 621   /**
 622    * Replace AlignFrame 'expand views' action with SplitFrame version.
 623    */
 624   protected void overrideExpandViews()
 625   {
 626     KeyStroke key_X = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_X, 0, false);
 627     AbstractAction action = new AbstractAction()
 628     {
 629       @Override
 630       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 631       {
 632         expandViews_actionPerformed();
 633       }
 634     };
 635     overrideMenuItem(key_X, action);
 636   }
 637
 638   /**
 639    * Replace AlignFrame 'gather views' action with SplitFrame version.
 640    */
 641   protected void overrideGatherViews()
 642   {
 643     KeyStroke key_G = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_G, 0, false);
 644     AbstractAction action = new AbstractAction()
 645     {
 646       @Override
 647       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 648       {
 649         gatherViews_actionPerformed();
 650       }
 651     };
 652     overrideMenuItem(key_G, action);
 653   }
 654
 655   /**
 656    * Override the menu action associated with the keystroke in the child frames,
 657    * replacing it with the given action.
 658    *
 659    * @param ks
 660    * @param action
 661    */
 662   private void overrideMenuItem(KeyStroke ks, AbstractAction action)
 663   {
 664     overrideMenuItem(ks, action, getTopFrame());
 665     overrideMenuItem(ks, action, getBottomFrame());
 666   }
 667
 668   /**
 669    * Override the menu action associated with the keystroke in one child frame,
 670    * replacing it with the given action. Mwahahahaha.
 671    *
 672    * @param key
 673    * @param action
 674    * @param comp
 675    */
 676   private void overrideMenuItem(KeyStroke key, final AbstractAction action,
 677           JComponent comp)
 678   {
 679     if (comp instanceof AlignFrame)
 680     {
 681       JMenuItem mi = ((AlignFrame) comp).getAccelerators().get(key);
 682       if (mi != null)
 683       {
 684         for (ActionListener al : mi.getActionListeners())
 685         {
 686           mi.removeActionListener(al);
 687         }
 688         mi.addActionListener(new ActionListener()
 689         {
 690           @Override
 691           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 692           {
 693             action.actionPerformed(e);
 694           }
 695         });
 696       }
 697     }
 698   }
 699
 700   /**
 701    * Expand any multiple views (which are always in pairs) into separate split
 702    * frames.
 703    */
 704   protected void expandViews_actionPerformed()
 705   {
 706     Desktop.instance.explodeViews(this);
 707   }
 708
 709   /**
 710    * Gather any other SplitFrame views of this alignment back in as multiple
 711    * (pairs of) views in this SplitFrame.
 712    */
 713   protected void gatherViews_actionPerformed()
 714   {
 715     Desktop.instance.gatherViews(this);
 716   }
 717
 718   /**
 719    * Returns the alignment in the complementary frame to the one given.
 720    */
 721   @Override
 722   public AlignmentI getComplement(Object alignFrame)
 723   {
 724     if (alignFrame == this.getTopFrame())
 725     {
 726       return ((AlignFrame) getBottomFrame()).viewport.getAlignment();
 727     }
 728     else if (alignFrame == this.getBottomFrame())
 729     {
 730       return ((AlignFrame) getTopFrame()).viewport.getAlignment();
 731     }
 732     return null;
 733   }
 734
 735   /**
 736    * Returns the title of the complementary frame to the one given.
 737    */
 738   @Override
 739   public String getComplementTitle(Object alignFrame)
 740   {
 741     if (alignFrame == this.getTopFrame())
 742     {
 743       return ((AlignFrame) getBottomFrame()).getTitle();
 744     }
 745     else if (alignFrame == this.getBottomFrame())
 746     {
 747       return ((AlignFrame) getTopFrame()).getTitle();
 748     }
 749     return null;
 750   }
 751
 752   /**
 753    * Set the 'other half' to hidden / revealed.
 754    */
 755   @Override
 756   public void setComplementVisible(Object alignFrame, boolean show)
 757   {
 758     /*
 759      * Hiding the AlignPanel suppresses unnecessary repaints
 760      */
 761     if (alignFrame == getTopFrame())
 762     {
 763       ((AlignFrame) getBottomFrame()).alignPanel.setVisible(show);
 764     }
 765     else if (alignFrame == getBottomFrame())
 766     {
 767       ((AlignFrame) getTopFrame()).alignPanel.setVisible(show);
 768     }
 769     super.setComplementVisible(alignFrame, show);
 770   }
 771
 772   /**
 773    * return the AlignFrames held by this container
 774    *
 775    * @return { Top alignFrame (Usually CDS), Bottom AlignFrame (Usually
 776    *         Protein)}
 777    */
 778   public List<AlignFrame> getAlignFrames()
 779   {
 780     return Arrays
 781             .asList(new AlignFrame[]
 782             { (AlignFrame) getTopFrame(), (AlignFrame) getBottomFrame() });
 783   }
 784
 785   @Override
 786   public AlignFrame getComplementAlignFrame(
 787           AlignViewControllerGuiI alignFrame)
 788   {
 789     if (getTopFrame() == alignFrame)
 790     {
 791       return (AlignFrame) getBottomFrame();
 792     }
 793     if (getBottomFrame() == alignFrame)
 794     {
 795       return (AlignFrame) getTopFrame();
 796     }
 797     // we didn't know anything about this frame...
 798     return null;
 799   }
 800
 801   /**
 802    * Replace Cmd-F Find action with our version. This is necessary because the
 803    * 'default' Finder searches in the first AlignFrame it finds. We need it to
 804    * search in the half of the SplitFrame that has the mouse.
 805    */
 806   protected void overrideFind()
 807   {
 808     /*
 809      * Ctrl-F / Cmd-F open Finder dialog, 'focused' on the right alignment
 810      */
 811     KeyStroke key_cmdF = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_F,
 812             jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper.getMenuShortcutKeyMaskEx(), false);
 813     AbstractAction action = new AbstractAction()
 814     {
 815       @Override
 816       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 817       {
 818         Component c = getFrameAtMouse();
 819         if (c != null && c instanceof AlignFrame)
 820         {
 821           AlignFrame af = (AlignFrame) c;
 822           new Finder(af.viewport, af.alignPanel);
 823         }
 824       }
 825     };
 826     overrideKeyBinding(key_cmdF, action);
 827   }
 828
 829   /**
 830    * Override to do nothing if triggered from one of the child frames
 831    */
 832   @Override
 833   public void setSelected(boolean selected) throws PropertyVetoException
 834   {
 835     JDesktopPane desktopPane = getDesktopPane();
 836     JInternalFrame fr = desktopPane == null ? null
 837             : desktopPane.getSelectedFrame();
 838     if (fr == getTopFrame() || fr == getBottomFrame())
 839     {
 840       /*
 841        * patch for JAL-3288 (deselecting top/bottom frame closes popup menu);
 842        * it may be possible to remove this method in future
 843        * if the underlying Java behaviour changes
 844        */
 845       if (selected)
 846       {
 847         moveToFront();
 848       }
 849       return;
 850     }
 851     super.setSelected(selected);
 852   }
 853
 854   /**
 855    * holds the frame for feature settings, so Protein and DNA tabs can be managed
 856    */
 857   JInternalFrame featureSettingsUI;
 858
 859   JTabbedPane featureSettingsPanels;
 860
 861   @Override
 862   public void addFeatureSettingsUI(
 863           FeatureSettingsControllerGuiI featureSettings)
 864   {
 865     boolean showInternalFrame = false;
 866     if (featureSettingsUI == null || featureSettingsPanels == null)
 867     {
 868       showInternalFrame = true;
 869       featureSettingsPanels = new JTabbedPane();
 870       featureSettingsUI = new JInternalFrame(MessageManager.getString(
 871               "label.sequence_feature_settings_for_CDS_and_Protein"));
 872       featureSettingsPanels.setOpaque(true);
 873
 874       JPanel dialog = new JPanel();
 875       dialog.setOpaque(true);
 876       dialog.setLayout(new BorderLayout());
 877       dialog.add(featureSettingsPanels, BorderLayout.CENTER);
 878       JPanel buttons = new JPanel();
 879       JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
 880       ok.addActionListener(new ActionListener()
 881       {
 882
 883         @Override
 884         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 885         {
 886           try
 887           {
 888             featureSettingsUI.setClosed(true);
 889           } catch (PropertyVetoException pv)
 890           {
 891             pv.printStackTrace();
 892           }
 893         }
 894       });
 895       JButton cancel = new JButton(
 896               MessageManager.getString("action.cancel"));
 897       cancel.addActionListener(new ActionListener()
 898       {
 899
 900         @Override
 901         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 902         {
 903           try
 904           {
 905             for (Component fspanel : featureSettingsPanels.getComponents())
 906             {
 907               if (fspanel instanceof FeatureSettingsControllerGuiI)
 908               {
 909                 ((FeatureSettingsControllerGuiI) fspanel).revert();
 910               }
 911             }
 912             featureSettingsUI.setClosed(true);
 913           } catch (Exception pv)
 914           {
 915             pv.printStackTrace();
 916           }
 917         }
 918       });
 919       buttons.add(ok);
 920       buttons.add(cancel);
 921       dialog.add(buttons, BorderLayout.SOUTH);
 922       featureSettingsUI.setContentPane(dialog);
 923       createDummyTabs();
 924     }
 925     if (featureSettingsPanels
 926             .indexOfTabComponent((Component) featureSettings) > -1)
 927     {
 928       // just show the feature settings !
 929       featureSettingsPanels
 930               .setSelectedComponent((Component) featureSettings);
 931       return;
 932     }
 933     // otherwise replace the dummy tab with the given feature settings
 934     int pos = getAlignFrames().indexOf(featureSettings.getAlignframe());
 935     // if pos==-1 then alignFrame isn't managed by this splitframe
 936     if (pos == 0)
 937     {
 938       featureSettingsPanels.removeTabAt(0);
 939       featureSettingsPanels.insertTab(tabName[0], null,
 940               (Component) featureSettings,
 941               MessageManager.formatMessage(
 942                       "label.sequence_feature_settings_for", tabName[0]),
 943               0);
 944     }
 945     if (pos == 1)
 946     {
 947       featureSettingsPanels.removeTabAt(1);
 948       featureSettingsPanels.insertTab(tabName[1], null,
 949               (Component) featureSettings,
 950               MessageManager.formatMessage(
 951                       "label.sequence_feature_settings_for", tabName[1]),
 952               1);
 953     }
 954     featureSettingsPanels.setSelectedComponent((Component) featureSettings);
 955
 956     // TODO: JAL-3535 - construct a feature settings title including names of
 957     // currently selected CDS and Protein names
 958
 959     if (showInternalFrame)
 960     {
 961       if (Platform.isAMac())
 962       {
 963         Desktop.addInternalFrame(featureSettingsUI,
 964                 MessageManager.getString(
 965                         "label.sequence_feature_settings_for_CDS_and_Protein"),
 966                 600, 480);
 967       }
 968       else
 969       {
 970         Desktop.addInternalFrame(featureSettingsUI,
 971                 MessageManager.getString(
 972                         "label.sequence_feature_settings_for_CDS_and_Protein"),
 973                 600, 450);
 974       }
 975       featureSettingsUI
 976               .setMinimumSize(new Dimension(FS_MIN_WIDTH, FS_MIN_HEIGHT));
 977
 978       featureSettingsUI.addInternalFrameListener(
 979               new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 980               {
 981                 @Override
 982                 public void internalFrameClosed(
 983                         javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 984                 {
 985                   for (int tab = 0; tab < featureSettingsPanels
 986                           .getTabCount();)
 987                   {
 988                     FeatureSettingsControllerGuiI fsettings = (FeatureSettingsControllerGuiI) featureSettingsPanels
 989                             .getTabComponentAt(tab);
 990                     if (fsettings != null)
 991                     {
 992                       featureSettingsPanels.removeTabAt(tab);
 993                       fsettings.featureSettings_isClosed();
 994                     }
 995                     else
 996                     {
 997                       tab++;
 998                     }
 999                   }
1000                   featureSettingsPanels = null;
1001                 };
1002               });
1003       featureSettingsUI.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
1004     }
1005   }
1006
1007   /*
1008    * for materialising feature settings for a tab when clicked on
1009    */
1010   private FocusListener fl1 = new FocusListener()
1011   {
1012
1013     @Override
1014     public void focusLost(FocusEvent e)
1015     {
1016       // TODO Auto-generated method stub
1017
1018     }
1019
1020     @Override
1021     public void focusGained(FocusEvent e)
1022     {
1023       int tab = featureSettingsPanels.getSelectedIndex();
1024       getAlignFrames().get(tab).showFeatureSettingsUI();
1025     }
1026   };
1027
1028   /**
1029    * tab names for feature settings
1030    */
1031   private String[] tabName = new String[] {
1032       MessageManager.getString("label.CDS"),
1033       MessageManager.getString("label.protein") };
1034
1035   /**
1036    * create placeholder tabs which materialise the feature settings for a given
1037    * view. Also reinitialises any tabs containing stale feature settings
1038    */
1039   private void createDummyTabs()
1040   {
1041     for (int tabIndex = 0; tabIndex < 2; tabIndex++)
1042     {
1043       JPanel dummyTab = new JPanel();
1044       dummyTab.addFocusListener(fl1);
1045       featureSettingsPanels.addTab(tabName[tabIndex], dummyTab);
1046     }
1047   }
1048
1049   private void replaceWithDummyTab(FeatureSettingsControllerI toClose)
1050   {
1051     Component dummyTab = null;
1052     for (int tabIndex = 0; tabIndex < 2; tabIndex++)
1053     {
1054       if (featureSettingsPanels.getTabCount() > tabIndex)
1055     {
1056         dummyTab = featureSettingsPanels.getTabComponentAt(tabIndex);
1057         if (dummyTab instanceof FeatureSettingsControllerGuiI
1058                 && !dummyTab.isVisible())
1059       {
1060           featureSettingsPanels.removeTabAt(tabIndex);
1061           // close the feature Settings tab
1062           ((FeatureSettingsControllerGuiI) dummyTab)
1063                   .featureSettings_isClosed();
1064           // create a dummy tab in its place
1065         dummyTab = new JPanel();
1066         dummyTab.addFocusListener(fl1);
1067           featureSettingsPanels.insertTab(tabName[tabIndex], null, dummyTab,
1068                   MessageManager.formatMessage(
1069                           "label.sequence_feature_settings_for",
1070                           tabName[tabIndex]),
1071                   tabIndex);
1072       }
1073     }
1074     }
1075   }
1076
1077   @Override
1078   public void closeFeatureSettings(
1079           FeatureSettingsControllerI featureSettings,
1080           boolean closeContainingFrame)
1081   {
1082     if (featureSettingsUI != null)
1083     {
1084       if (closeContainingFrame)
1085       {
1086         try
1087         {
1088           featureSettingsUI.setClosed(true);
1089         } catch (Exception x)
1090         {
1091         }
1092         featureSettingsUI = null;
1093       }
1094       else
1095       {
1096         replaceWithDummyTab(featureSettings);
1097       }
1098     }
1099   }
1100
1101   @Override
1102   public boolean isFeatureSettingsOpen()
1103   {
1104     return featureSettingsUI != null && !featureSettingsUI.isClosed();
1105   }
1106 }