src/jalview/gui/SplitFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.SplitContainerI;
  24 import jalview.api.ViewStyleI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.jbgui.GAlignFrame;
  27 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  28 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  29 import jalview.util.Platform;
  30 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  31
  32 import java.awt.Component;
  33 import java.awt.Toolkit;
  34 import java.awt.event.ActionEvent;
  35 import java.awt.event.ActionListener;
  36 import java.awt.event.KeyAdapter;
  37 import java.awt.event.KeyEvent;
  38 import java.awt.event.KeyListener;
  39 import java.beans.PropertyVetoException;
  40 import java.util.Arrays;
  41 import java.util.List;
  42 import java.util.Map.Entry;
  43
  44 import javax.swing.AbstractAction;
  45 import javax.swing.InputMap;
  46 import javax.swing.JComponent;
  47 import javax.swing.JMenuItem;
  48 import javax.swing.KeyStroke;
  49 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  50 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  51
  52 /**
  53  * An internal frame on the desktop that hosts a horizontally split view of
  54  * linked DNA and Protein alignments. Additional views can be created in linked
  55  * pairs, expanded to separate split frames, or regathered into a single frame.
  56  * <p>
  57  * (Some) operations on each alignment are automatically mirrored on the other.
  58  * These include mouseover (highlighting), sequence and column selection,
  59  * sequence ordering and sorting, and grouping, colouring and sorting by tree.
  60  *
  61  * @author gmcarstairs
  62  *
  63  */
  64 public class SplitFrame extends GSplitFrame implements SplitContainerI
  65 {
  66   private static final int WINDOWS_INSETS_WIDTH = 28; // tbc
  67
  68   private static final int MAC_INSETS_WIDTH = 28;
  69
  70   private static final int WINDOWS_INSETS_HEIGHT = 50; // tbc
  71
  72   private static final int MAC_INSETS_HEIGHT = 50;
  73   private static final int DESKTOP_DECORATORS_HEIGHT = 65;
  74   private static final long serialVersionUID = 1L;
  75
  76   public SplitFrame(GAlignFrame top, GAlignFrame bottom)
  77   {
  78     super(top, bottom);
  79     init();
  80   }
  81
  82   /**
  83    * Initialise this frame.
  84    */
  85   protected void init()
  86   {
  87     getTopFrame().setSplitFrame(this);
  88     getBottomFrame().setSplitFrame(this);
  89     getTopFrame().setVisible(true);
  90     getBottomFrame().setVisible(true);
  91
  92     ((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport().setCodingComplement(
  93             ((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport());
  94
  95     /*
  96      * estimate width and height of SplitFrame; this.getInsets() doesn't seem to
  97      * give the full additional size (a few pixels short)
  98      */
  99     int widthFudge = Platform.isAMac() ? MAC_INSETS_WIDTH
 100             : WINDOWS_INSETS_WIDTH;
 101     int heightFudge = Platform.isAMac() ? MAC_INSETS_HEIGHT
 102             : WINDOWS_INSETS_HEIGHT;
 103     int width = ((AlignFrame) getTopFrame()).getWidth() + widthFudge;
 104     int height = ((AlignFrame) getTopFrame()).getHeight()
 105             + ((AlignFrame) getBottomFrame()).getHeight() + DIVIDER_SIZE
 106             + heightFudge;
 107     height = fitHeightToDesktop(height);
 108     setSize(width, height);
 109
 110     adjustLayout();
 111
 112     addCloseFrameListener();
 113
 114     addKeyListener();
 115
 116     addKeyBindings();
 117
 118     addCommandListeners();
 119   }
 120
 121   /**
 122    * Reduce the height if too large to fit in the Desktop. Also adjust the
 123    * divider location in proportion.
 124    *
 125    * @param height
 126    *          in pixels
 127    * @return original or reduced height
 128    */
 129   public int fitHeightToDesktop(int height)
 130   {
 131     // allow about 65 pixels for Desktop decorators on Windows
 132
 133     int newHeight = Math.min(height, Desktop.instance.getHeight()
 134             - DESKTOP_DECORATORS_HEIGHT);
 135     if (newHeight != height)
 136     {
 137       int oldDividerLocation = getDividerLocation();
 138       setDividerLocation(oldDividerLocation * newHeight / height);
 139     }
 140     return newHeight;
 141   }
 142
 143   /**
 144    * Set the top and bottom frames to listen to each others Commands (e.g. Edit,
 145    * Order).
 146    */
 147   protected void addCommandListeners()
 148   {
 149     // TODO if CommandListener is only ever 1:1 for complementary views,
 150     // may change broadcast pattern to direct messaging (more efficient)
 151     final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 152             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 153     ssm.addCommandListener(((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport());
 154     ssm.addCommandListener(((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport());
 155   }
 156
 157   /**
 158    * Do any tweaking and twerking of the layout wanted.
 159    */
 160   public void adjustLayout()
 161   {
 162     /*
 163      * Ensure sequence ids are the same width so sequences line up
 164      */
 165     int w1 = ((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport().getIdWidth();
 166     int w2 = ((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport().getIdWidth();
 167     int w3 = Math.max(w1, w2);
 168     if (w1 != w3)
 169     {
 170       ((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport().setIdWidth(w3);
 171     }
 172     if (w2 != w3)
 173     {
 174       ((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport().setIdWidth(w3);
 175     }
 176
 177     /*
 178      * Scale protein to either 1 or 3 times character width of dna
 179      */
 180     final AlignViewport topViewport = ((AlignFrame) getTopFrame()).viewport;
 181     final AlignViewport bottomViewport = ((AlignFrame) getBottomFrame()).viewport;
 182     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
 183     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
 184     AlignmentViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
 185             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
 186     AlignmentViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
 187             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
 188     if (protein != null && cdna != null)
 189     {
 190       ViewStyleI vs = protein.getViewStyle();
 191       int scale = vs.isScaleProteinAsCdna() ? 3 : 1;
 192       vs.setCharWidth(scale * cdna.getViewStyle().getCharWidth());
 193       protein.setViewStyle(vs);
 194     }
 195   }
 196
 197   /**
 198    * Adjust the divider for a sensible split of the real estate (for example,
 199    * when many transcripts are shown with a single protein). This should only be
 200    * called after the split pane has been laid out (made visible) so it has a
 201    * height.
 202    */
 203   protected void adjustDivider()
 204   {
 205     final AlignViewport topViewport = ((AlignFrame) getTopFrame()).viewport;
 206     final AlignViewport bottomViewport = ((AlignFrame) getBottomFrame()).viewport;
 207     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
 208     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
 209     boolean topAnnotations = topViewport.isShowAnnotation();
 210     boolean bottomAnnotations = bottomViewport.isShowAnnotation();
 211     // TODO need number of visible sequences here, not #sequences - how?
 212     int topCount = topAlignment.getHeight();
 213     int bottomCount = bottomAlignment.getHeight();
 214     int topCharHeight = topViewport.getViewStyle().getCharHeight();
 215     int bottomCharHeight = bottomViewport.getViewStyle().getCharHeight();
 216
 217     /*
 218      * estimate ratio of (topFrameContent / bottomFrameContent)
 219      */
 220     int insets = Platform.isAMac() ? MAC_INSETS_HEIGHT
 221             : WINDOWS_INSETS_HEIGHT;
 222     // allow 3 'rows' for scale, scrollbar, status bar
 223     int topHeight = insets + (3 + topCount) * topCharHeight
 224             + (topAnnotations ? topViewport.calcPanelHeight() : 0);
 225     int bottomHeight = insets + (3 + bottomCount) * bottomCharHeight
 226             + (bottomAnnotations ? bottomViewport.calcPanelHeight() : 0);
 227     double ratio = ((double) topHeight) / (topHeight + bottomHeight);
 228
 229     /*
 230      * limit to 0.2 <= ratio <= 0.8 to avoid concealing all sequences
 231      */
 232     ratio = Math.min(ratio, 0.8d);
 233     ratio = Math.max(ratio, 0.2d);
 234     setRelativeDividerLocation(ratio);
 235   }
 236
 237   /**
 238    * Add a listener to tidy up when the frame is closed.
 239    */
 240   protected void addCloseFrameListener()
 241   {
 242     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 243     {
 244       @Override
 245       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 246       {
 247         close();
 248       };
 249     });
 250   }
 251
 252   /**
 253    * Add a key listener that delegates to whichever split component the mouse is
 254    * in (or does nothing if neither).
 255    */
 256   protected void addKeyListener()
 257   {
 258     addKeyListener(new KeyAdapter()
 259     {
 260
 261       @Override
 262       public void keyPressed(KeyEvent e)
 263       {
 264         AlignFrame af = (AlignFrame) getFrameAtMouse();
 265
 266         /*
 267          * Intercept and override any keys here if wanted.
 268          */
 269         if (!overrideKey(e, af))
 270         {
 271           if (af != null)
 272           {
 273             for (KeyListener kl : af.getKeyListeners())
 274             {
 275               kl.keyPressed(e);
 276             }
 277           }
 278         }
 279       }
 280
 281       @Override
 282       public void keyReleased(KeyEvent e)
 283       {
 284         Component c = getFrameAtMouse();
 285         if (c != null)
 286         {
 287           for (KeyListener kl : c.getKeyListeners())
 288           {
 289             kl.keyReleased(e);
 290           }
 291         }
 292       }
 293
 294     });
 295   }
 296
 297   /**
 298    * Returns true if the key event is overriden and actioned (or ignored) here,
 299    * else returns false, indicating it should be delegated to the AlignFrame's
 300    * usual handler.
 301    * <p>
 302    * We can't handle Cmd-Key combinations here, instead this is done by
 303    * overriding key bindings.
 304    *
 305    * @see addKeyOverrides
 306    * @param e
 307    * @param af
 308    * @return
 309    */
 310   protected boolean overrideKey(KeyEvent e, AlignFrame af)
 311   {
 312     boolean actioned = false;
 313     int keyCode = e.getKeyCode();
 314     switch (keyCode)
 315     {
 316     case KeyEvent.VK_DOWN:
 317       if (e.isAltDown() || !af.viewport.cursorMode)
 318       {
 319         /*
 320          * Key down (or Alt-key-down in cursor mode) - move selected sequences
 321          */
 322         ((AlignFrame) getTopFrame()).moveSelectedSequences(false);
 323         ((AlignFrame) getBottomFrame()).moveSelectedSequences(false);
 324         actioned = true;
 325         e.consume();
 326       }
 327       break;
 328     case KeyEvent.VK_UP:
 329       if (e.isAltDown() || !af.viewport.cursorMode)
 330       {
 331         /*
 332          * Key up (or Alt-key-up in cursor mode) - move selected sequences
 333          */
 334         ((AlignFrame) getTopFrame()).moveSelectedSequences(true);
 335         ((AlignFrame) getBottomFrame()).moveSelectedSequences(true);
 336         actioned = true;
 337         e.consume();
 338       }
 339       break;
 340     default:
 341     }
 342     return actioned;
 343   }
 344
 345   /**
 346    * Set key bindings (recommended for Swing over key accelerators).
 347    */
 348   private void addKeyBindings()
 349   {
 350     overrideDelegatedKeyBindings();
 351
 352     overrideImplementedKeyBindings();
 353   }
 354
 355   /**
 356    * Override key bindings with alternative action methods implemented in this
 357    * class.
 358    */
 359   protected void overrideImplementedKeyBindings()
 360   {
 361     overrideFind();
 362     overrideNewView();
 363     overrideCloseView();
 364     overrideExpandViews();
 365     overrideGatherViews();
 366   }
 367
 368   /**
 369    * Replace Cmd-W close view action with our version.
 370    */
 371   protected void overrideCloseView()
 372   {
 373     AbstractAction action;
 374     /*
 375      * Ctrl-W / Cmd-W - close view or window
 376      */
 377     KeyStroke key_cmdW = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W, Toolkit
 378             .getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask(), false);
 379     action = new AbstractAction()
 380     {
 381       @Override
 382       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 383       {
 384         closeView_actionPerformed();
 385       }
 386     };
 387     overrideKeyBinding(key_cmdW, action);
 388   }
 389
 390   /**
 391    * Replace Cmd-T new view action with our version.
 392    */
 393   protected void overrideNewView()
 394   {
 395     /*
 396      * Ctrl-T / Cmd-T open new view
 397      */
 398     KeyStroke key_cmdT = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_T, Toolkit
 399             .getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask(), false);
 400     AbstractAction action = new AbstractAction()
 401     {
 402       @Override
 403       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 404       {
 405         newView_actionPerformed();
 406       }
 407     };
 408     overrideKeyBinding(key_cmdT, action);
 409   }
 410
 411   /**
 412    * For now, delegates key events to the corresponding key accelerator for the
 413    * AlignFrame that the mouse is in. Hopefully can be simplified in future if
 414    * AlignFrame is changed to use key bindings rather than accelerators.
 415    */
 416   protected void overrideDelegatedKeyBindings()
 417   {
 418     if (getTopFrame() instanceof AlignFrame)
 419     {
 420       /*
 421        * Get all accelerator keys in the top frame (the bottom should be
 422        * identical) and override each one.
 423        */
 424       for (Entry<KeyStroke, JMenuItem> acc : ((AlignFrame) getTopFrame())
 425               .getAccelerators().entrySet())
 426       {
 427         overrideKeyBinding(acc);
 428       }
 429     }
 430   }
 431
 432   /**
 433    * Overrides an AlignFrame key accelerator with our version which delegates to
 434    * the action listener in whichever frame has the mouse (and does nothing if
 435    * neither has).
 436    *
 437    * @param acc
 438    */
 439   private void overrideKeyBinding(Entry<KeyStroke, JMenuItem> acc)
 440   {
 441     final KeyStroke ks = acc.getKey();
 442     InputMap inputMap = this.getInputMap(JComponent.WHEN_FOCUSED);
 443     inputMap.put(ks, ks);
 444     this.getActionMap().put(ks, new AbstractAction()
 445     {
 446       @Override
 447       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 448       {
 449         Component c = getFrameAtMouse();
 450         if (c != null && c instanceof AlignFrame)
 451         {
 452           for (ActionListener a : ((AlignFrame) c).getAccelerators()
 453                   .get(ks).getActionListeners())
 454           {
 455             a.actionPerformed(null);
 456           }
 457         }
 458       }
 459     });
 460   }
 461
 462   /**
 463    * Replace an accelerator key's action with the specified action.
 464    *
 465    * @param ks
 466    */
 467   protected void overrideKeyBinding(KeyStroke ks, AbstractAction action)
 468   {
 469     this.getActionMap().put(ks, action);
 470     overrideMenuItem(ks, action);
 471   }
 472
 473   /**
 474    * Create and link new views (with matching names) in both panes.
 475    * <p>
 476    * Note this is _not_ multiple tabs, each hosting a split pane view, rather it
 477    * is a single split pane with each split holding multiple tabs which are
 478    * linked in pairs.
 479    * <p>
 480    * TODO implement instead with a tabbed holder in the SplitView, each tab
 481    * holding a single JSplitPane. Would avoid a duplicated tab, at the cost of
 482    * some additional coding.
 483    */
 484   protected void newView_actionPerformed()
 485   {
 486     AlignFrame topFrame = (AlignFrame) getTopFrame();
 487     AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) getBottomFrame();
 488     final boolean scaleProteinAsCdna = topFrame.viewport
 489             .isScaleProteinAsCdna();
 490
 491     AlignmentPanel newTopPanel = topFrame.newView(null, true);
 492     AlignmentPanel newBottomPanel = bottomFrame.newView(null, true);
 493
 494     /*
 495      * This currently (for the first new view only) leaves the top pane on tab 0
 496      * but the bottom on tab 1. This results from 'setInitialTabVisible' echoing
 497      * from the bottom back to the first frame. Next line is a fudge to work
 498      * around this. TODO find a better way.
 499      */
 500     if (topFrame.getTabIndex() != bottomFrame.getTabIndex())
 501     {
 502       topFrame.setDisplayedView(newTopPanel);
 503     }
 504
 505     newBottomPanel.av.viewName = newTopPanel.av.viewName;
 506     newTopPanel.av.setCodingComplement(newBottomPanel.av);
 507
 508     /*
 509      * These lines can be removed once scaleProteinAsCdna is added to element
 510      * Viewport in jalview.xsd, as Jalview2XML.copyAlignPanel will then take
 511      * care of it
 512      */
 513     newTopPanel.av.setScaleProteinAsCdna(scaleProteinAsCdna);
 514     newBottomPanel.av.setScaleProteinAsCdna(scaleProteinAsCdna);
 515
 516     /*
 517      * Line up id labels etc
 518      */
 519     adjustLayout();
 520
 521     final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 522             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 523     ssm.addCommandListener(newTopPanel.av);
 524     ssm.addCommandListener(newBottomPanel.av);
 525   }
 526
 527   /**
 528    * Close the currently selected view in both panes. If there is only one view,
 529    * close this split frame.
 530    */
 531   protected void closeView_actionPerformed()
 532   {
 533     int viewCount = ((AlignFrame) getTopFrame()).getAlignPanels().size();
 534     if (viewCount < 2)
 535     {
 536       close();
 537       return;
 538     }
 539
 540     AlignmentPanel topPanel = ((AlignFrame) getTopFrame()).alignPanel;
 541     AlignmentPanel bottomPanel = ((AlignFrame) getBottomFrame()).alignPanel;
 542
 543     ((AlignFrame) getTopFrame()).closeView(topPanel);
 544     ((AlignFrame) getBottomFrame()).closeView(bottomPanel);
 545
 546   }
 547
 548   /**
 549    * Close child frames and this split frame.
 550    */
 551   public void close()
 552   {
 553     ((AlignFrame) getTopFrame()).closeMenuItem_actionPerformed(true);
 554     ((AlignFrame) getBottomFrame()).closeMenuItem_actionPerformed(true);
 555     try
 556     {
 557       this.setClosed(true);
 558     } catch (PropertyVetoException e)
 559     {
 560       // ignore
 561     }
 562   }
 563
 564   /**
 565    * Replace AlignFrame 'expand views' action with SplitFrame version.
 566    */
 567   protected void overrideExpandViews()
 568   {
 569     KeyStroke key_X = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_X, 0, false);
 570     AbstractAction action = new AbstractAction()
 571     {
 572       @Override
 573       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 574       {
 575         expandViews_actionPerformed();
 576       }
 577     };
 578     overrideMenuItem(key_X, action);
 579   }
 580
 581   /**
 582    * Replace AlignFrame 'gather views' action with SplitFrame version.
 583    */
 584   protected void overrideGatherViews()
 585   {
 586     KeyStroke key_G = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_G, 0, false);
 587     AbstractAction action = new AbstractAction()
 588     {
 589       @Override
 590       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 591       {
 592         gatherViews_actionPerformed();
 593       }
 594     };
 595     overrideMenuItem(key_G, action);
 596   }
 597
 598   /**
 599    * Override the menu action associated with the keystroke in the child frames,
 600    * replacing it with the given action.
 601    *
 602    * @param ks
 603    * @param action
 604    */
 605   private void overrideMenuItem(KeyStroke ks, AbstractAction action)
 606   {
 607     overrideMenuItem(ks, action, getTopFrame());
 608     overrideMenuItem(ks, action, getBottomFrame());
 609   }
 610
 611   /**
 612    * Override the menu action associated with the keystroke in one child frame,
 613    * replacing it with the given action. Mwahahahaha.
 614    *
 615    * @param key
 616    * @param action
 617    * @param comp
 618    */
 619   private void overrideMenuItem(KeyStroke key, final AbstractAction action,
 620           JComponent comp)
 621   {
 622     if (comp instanceof AlignFrame)
 623     {
 624       JMenuItem mi = ((AlignFrame) comp).getAccelerators().get(key);
 625       if (mi != null)
 626       {
 627         for (ActionListener al : mi.getActionListeners())
 628         {
 629           mi.removeActionListener(al);
 630         }
 631         mi.addActionListener(new ActionListener()
 632         {
 633           @Override
 634           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 635           {
 636             action.actionPerformed(e);
 637           }
 638         });
 639       }
 640     }
 641   }
 642
 643   /**
 644    * Expand any multiple views (which are always in pairs) into separate split
 645    * frames.
 646    */
 647   protected void expandViews_actionPerformed()
 648   {
 649     Desktop.instance.explodeViews(this);
 650   }
 651
 652   /**
 653    * Gather any other SplitFrame views of this alignment back in as multiple
 654    * (pairs of) views in this SplitFrame.
 655    */
 656   protected void gatherViews_actionPerformed()
 657   {
 658     Desktop.instance.gatherViews(this);
 659   }
 660
 661   /**
 662    * Returns the alignment in the complementary frame to the one given.
 663    */
 664   @Override
 665   public AlignmentI getComplement(Object alignFrame)
 666   {
 667     if (alignFrame == this.getTopFrame())
 668     {
 669       return ((AlignFrame) getBottomFrame()).viewport.getAlignment();
 670     }
 671     else if (alignFrame == this.getBottomFrame())
 672     {
 673       return ((AlignFrame) getTopFrame()).viewport.getAlignment();
 674     }
 675     return null;
 676   }
 677
 678   /**
 679    * Returns the title of the complementary frame to the one given.
 680    */
 681   @Override
 682   public String getComplementTitle(Object alignFrame)
 683   {
 684     if (alignFrame == this.getTopFrame())
 685     {
 686       return ((AlignFrame) getBottomFrame()).getTitle();
 687     }
 688     else if (alignFrame == this.getBottomFrame())
 689     {
 690       return ((AlignFrame) getTopFrame()).getTitle();
 691     }
 692     return null;
 693   }
 694
 695   /**
 696    * Set the 'other half' to hidden / revealed.
 697    */
 698   @Override
 699   public void setComplementVisible(Object alignFrame, boolean show)
 700   {
 701     /*
 702      * Hiding the AlignPanel suppresses unnecessary repaints
 703      */
 704     if (alignFrame == getTopFrame())
 705     {
 706       ((AlignFrame) getBottomFrame()).alignPanel.setVisible(show);
 707     }
 708     else if (alignFrame == getBottomFrame())
 709     {
 710       ((AlignFrame) getTopFrame()).alignPanel.setVisible(show);
 711     }
 712     super.setComplementVisible(alignFrame, show);
 713   }
 714
 715   /**
 716    * return the AlignFrames held by this container
 717    *
 718    * @return { Top alignFrame (Usually CDS), Bottom AlignFrame (Usually
 719    *         Protein)}
 720    */
 721   public List<AlignFrame> getAlignFrames()
 722   {
 723     return Arrays.asList(new AlignFrame[] { (AlignFrame) getTopFrame(),
 724         (AlignFrame) getBottomFrame() });
 725   }
 726   /**
 727    * Replace Cmd-F Find action with our version. This is necessary because the
 728    * 'default' Finder searches in the first AlignFrame it finds. We need it to
 729    * search in the half of the SplitFrame that has the mouse.
 730    */
 731   protected void overrideFind()
 732   {
 733     /*
 734      * Ctrl-F / Cmd-F open Finder dialog, 'focused' on the right alignment
 735      */
 736     KeyStroke key_cmdF = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_F, Toolkit
 737             .getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask(), false);
 738     AbstractAction action = new AbstractAction()
 739     {
 740       @Override
 741       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 742       {
 743         Component c = getFrameAtMouse();
 744         if (c != null && c instanceof AlignFrame)
 745         {
 746           AlignFrame af = (AlignFrame) c;
 747           new Finder(af.viewport, af.alignPanel);
 748         }
 749       }
 750     };
 751     overrideKeyBinding(key_cmdF, action);
 752   }
 753 }