src/jalview/gui/StructureChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.gui;
  23
  24 import java.awt.event.ActionEvent;
  25 import java.awt.event.ActionListener;
  26 import java.awt.event.ItemEvent;
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.Collection;
  29 import java.util.HashSet;
  30 import java.util.LinkedHashSet;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Locale;
  33 import java.util.concurrent.Executors;
  34
  35 import javax.swing.JCheckBox;
  36 import javax.swing.JComboBox;
  37 import javax.swing.JLabel;
  38 import javax.swing.JMenu;
  39 import javax.swing.JMenuItem;
  40 import javax.swing.JPopupMenu;
  41 import javax.swing.JTable;
  42 import javax.swing.SwingUtilities;
  43 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  44
  45 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  46 import jalview.bin.Cache;
  47 import jalview.bin.Console;
  48 import jalview.bin.Jalview;
  49 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  50 import jalview.datamodel.SequenceI;
  51 import jalview.fts.api.FTSData;
  52 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  53 import jalview.fts.api.FTSRestClientI;
  54 import jalview.fts.core.FTSDataColumnPreferences;
  55 import jalview.fts.core.FTSRestRequest;
  56 import jalview.fts.core.FTSRestResponse;
  57 import jalview.fts.service.pdb.PDBFTSRestClient;
  58 import jalview.fts.service.threedbeacons.TDB_FTSData;
  59 import jalview.gui.structurechooser.PDBStructureChooserQuerySource;
  60 import jalview.gui.structurechooser.StructureChooserQuerySource;
  61 import jalview.gui.structurechooser.ThreeDBStructureChooserQuerySource;
  62 import jalview.io.DataSourceType;
  63 import jalview.jbgui.FilterOption;
  64 import jalview.jbgui.GStructureChooser;
  65 import jalview.structure.StructureMapping;
  66 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  67 import jalview.util.MessageManager;
  68 import jalview.ws.DBRefFetcher;
  69 import jalview.ws.DBRefFetcher.FetchFinishedListenerI;
  70 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  71 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  72
  73 /**
  74  * Provides the behaviors for the Structure chooser Panel
  75  *
  76  * @author tcnofoegbu
  77  *
  78  */
  79 @SuppressWarnings("serial")
  80 public class StructureChooser extends GStructureChooser
  81         implements IProgressIndicator
  82 {
  83   protected static final String AUTOSUPERIMPOSE = "AUTOSUPERIMPOSE";
  84
  85   /**
  86    * warn user if need to fetch more than this many uniprot records at once
  87    */
  88   private static final int THRESHOLD_WARN_UNIPROT_FETCH_NEEDED = 20;
  89   private SequenceI selectedSequence;
  90
  91   private SequenceI[] selectedSequences;
  92
  93   private IProgressIndicator progressIndicator;
  94
  95   private Collection<FTSData> discoveredStructuresSet;
  96
  97   private StructureChooserQuerySource data;
  98
  99   @Override
 100   protected FTSDataColumnPreferences getFTSDocFieldPrefs()
 101   {
 102     return data.getDocFieldPrefs();
 103   }
 104
 105   private String selectedPdbFileName;
 106
 107   private boolean isValidPBDEntry;
 108
 109   private boolean cachedPDBExists;
 110
 111   private Collection<FTSData> lastDiscoveredStructuresSet;
 112
 113   private boolean canQueryTDB = false;
 114
 115   private boolean notQueriedTDBYet = true;
 116
 117   List<SequenceI> seqsWithoutSourceDBRef = null;
 118
 119   protected static StructureViewer lastTargetedView = null;
 120
 121   public StructureChooser(SequenceI[] selectedSeqs, SequenceI selectedSeq,
 122           AlignmentPanel ap)
 123   {
 124     // which FTS engine to use
 125     data = StructureChooserQuerySource.getQuerySourceFor(selectedSeqs);
 126     initDialog();
 127
 128     this.ap = ap;
 129     this.selectedSequence = selectedSeq;
 130     this.selectedSequences = selectedSeqs;
 131     this.progressIndicator = (ap == null) ? null : ap.alignFrame;
 132     init();
 133
 134   }
 135
 136   /**
 137    * sets canQueryTDB if protein sequences without a canonical uniprot ref or at
 138    * least one structure are discovered.
 139    */
 140   private void populateSeqsWithoutSourceDBRef()
 141   {
 142     seqsWithoutSourceDBRef = new ArrayList<SequenceI>();
 143     boolean needCanonical = false;
 144     for (SequenceI seq : selectedSequences)
 145     {
 146       if (seq.isProtein())
 147       {
 148         int dbRef = ThreeDBStructureChooserQuerySource
 149                 .checkUniprotRefs(seq.getDBRefs());
 150         if (dbRef < 0)
 151         {
 152           if (dbRef == -1)
 153           {
 154             // need to retrieve canonicals
 155             needCanonical = true;
 156             seqsWithoutSourceDBRef.add(seq);
 157           }
 158           else
 159           {
 160             // could be a sequence with pdb ref
 161             if (seq.getAllPDBEntries() == null
 162                     || seq.getAllPDBEntries().size() == 0)
 163             {
 164               seqsWithoutSourceDBRef.add(seq);
 165             }
 166           }
 167         }
 168       }
 169     }
 170     // retrieve database refs for protein sequences
 171     if (!seqsWithoutSourceDBRef.isEmpty())
 172     {
 173       canQueryTDB = true;
 174       if (needCanonical)
 175       {
 176         // triggers display of the 'Query TDB' button
 177         notQueriedTDBYet = true;
 178       }
 179     }
 180   };
 181
 182   /**
 183    * Initializes parameters used by the Structure Chooser Panel
 184    */
 185   protected void init()
 186   {
 187     if (!Jalview.isHeadlessMode())
 188     {
 189       progressBar = new ProgressBar(this.statusPanel, this.statusBar);
 190     }
 191
 192     chk_superpose.setSelected(Cache.getDefault(AUTOSUPERIMPOSE, true));
 193     btn_queryTDB.addActionListener(new ActionListener()
 194     {
 195
 196       @Override
 197       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 198       {
 199         promptForTDBFetch(false);
 200       }
 201     });
 202
 203     Executors.defaultThreadFactory().newThread(new Runnable()
 204     {
 205       @Override
 206       public void run()
 207       {
 208         populateSeqsWithoutSourceDBRef();
 209         initialStructureDiscovery();
 210       }
 211
 212     }).start();
 213
 214   }
 215
 216   // called by init
 217   private void initialStructureDiscovery()
 218   {
 219     // check which FTS engine to use
 220     data = StructureChooserQuerySource.getQuerySourceFor(selectedSequences);
 221
 222     // ensure a filter option is in force for search
 223     populateFilterComboBox(true, cachedPDBExists);
 224
 225     // looks for any existing structures already loaded
 226     // for the sequences (the cached ones)
 227     // then queries the StructureChooserQuerySource to
 228     // discover more structures.
 229     //
 230     // Possible optimisation is to only begin querying
 231     // the structure chooser if there are no cached structures.
 232
 233     long startTime = System.currentTimeMillis();
 234     updateProgressIndicator(
 235             MessageManager.getString("status.loading_cached_pdb_entries"),
 236             startTime);
 237     loadLocalCachedPDBEntries();
 238     updateProgressIndicator(null, startTime);
 239     updateProgressIndicator(
 240             MessageManager.getString("status.searching_for_pdb_structures"),
 241             startTime);
 242     fetchStructuresMetaData();
 243     // revise filter options if no results were found
 244     populateFilterComboBox(isStructuresDiscovered(), cachedPDBExists);
 245     discoverStructureViews();
 246     updateProgressIndicator(null, startTime);
 247     mainFrame.setVisible(true);
 248     updateCurrentView();
 249   }
 250
 251   /**
 252    * raises dialog for Uniprot fetch followed by 3D beacons search
 253    *
 254    * @param ignoreGui
 255    *          - when true, don't ask, just fetch
 256    */
 257   public void promptForTDBFetch(boolean ignoreGui)
 258   {
 259     final long progressId = System.currentTimeMillis();
 260
 261     // final action after prompting and discovering db refs
 262     final Runnable strucDiscovery = new Runnable()
 263     {
 264       @Override
 265       public void run()
 266       {
 267         mainFrame.setEnabled(false);
 268         cmb_filterOption.setEnabled(false);
 269         progressBar.setProgressBar(
 270                 MessageManager.getString("status.searching_3d_beacons"),
 271                 progressId);
 272         btn_queryTDB.setEnabled(false);
 273         // TODO: warn if no accessions discovered
 274         populateSeqsWithoutSourceDBRef();
 275         // redo initial discovery - this time with 3d beacons
 276         // Executors.
 277         previousWantedFields = null;
 278         lastSelected = (FilterOption) cmb_filterOption.getSelectedItem();
 279         cmb_filterOption.setSelectedItem(null);
 280         cachedPDBExists=false; // reset to initial
 281         initialStructureDiscovery();
 282         if (!isStructuresDiscovered())
 283         {
 284           progressBar.setProgressBar(MessageManager.getString(
 285                   "status.no_structures_discovered_from_3d_beacons"),
 286                   progressId);
 287           btn_queryTDB.setToolTipText(MessageManager.getString(
 288                   "status.no_structures_discovered_from_3d_beacons"));
 289           btn_queryTDB.setEnabled(false);
 290           pnl_queryTDB.setVisible(false);
 291         }
 292         else
 293         {
 294           cmb_filterOption.setSelectedIndex(0); // select 'best'
 295           btn_queryTDB.setVisible(false);
 296           pnl_queryTDB.setVisible(false);
 297           progressBar.setProgressBar(null, progressId);
 298         }
 299         mainFrame.setEnabled(true);
 300         cmb_filterOption.setEnabled(true);
 301       }
 302     };
 303
 304     final FetchFinishedListenerI afterDbRefFetch = new FetchFinishedListenerI()
 305     {
 306
 307       @Override
 308       public void finished()
 309       {
 310         // filter has been selected, so we set flag to remove ourselves
 311         notQueriedTDBYet = false;
 312         // new thread to discover structures - via 3d beacons
 313         Executors.defaultThreadFactory().newThread(strucDiscovery).start();
 314
 315       }
 316     };
 317
 318     // fetch db refs if OK pressed
 319     final Runnable discoverCanonicalDBrefs = new Runnable()
 320     {
 321       @Override
 322       public void run()
 323       {
 324         btn_queryTDB.setEnabled(false);
 325         populateSeqsWithoutSourceDBRef();
 326
 327         final int y = seqsWithoutSourceDBRef.size();
 328         if (y > 0)
 329         {
 330           final SequenceI[] seqWithoutSrcDBRef = seqsWithoutSourceDBRef
 331                   .toArray(new SequenceI[y]);
 332           DBRefFetcher dbRefFetcher = new DBRefFetcher(seqWithoutSrcDBRef,
 333                   progressBar, new DbSourceProxy[]
 334                   { new jalview.ws.dbsources.Uniprot() }, null, false);
 335           dbRefFetcher.addListener(afterDbRefFetch);
 336           // ideally this would also gracefully run with callbacks
 337           dbRefFetcher.fetchDBRefs(true);
 338         }
 339         else
 340         {
 341           // call finished action directly
 342           afterDbRefFetch.finished();
 343         }
 344       }
 345
 346     };
 347     final Runnable revertview = new Runnable()
 348     {
 349       @Override
 350       public void run()
 351       {
 352         if (lastSelected != null)
 353         {
 354           cmb_filterOption.setSelectedItem(lastSelected);
 355         }
 356       };
 357     };
 358     int threshold = Cache.getDefault("UNIPROT_AUTOFETCH_THRESHOLD",
 359             THRESHOLD_WARN_UNIPROT_FETCH_NEEDED);
 360     Console.debug("Using Uniprot fetch threshold of " + threshold);
 361     if (ignoreGui || seqsWithoutSourceDBRef.size() < threshold)
 362     {
 363       Executors.defaultThreadFactory().newThread(discoverCanonicalDBrefs).start();
 364       return;
 365     }
 366     // need cancel and no to result in the discoverPDB action - mocked is
 367     // 'cancel' TODO: mock should be OK
 368     StructureChooser thisSC = this;
 369     JvOptionPane.newOptionDialog(thisSC.getFrame())
 370             .setResponseHandler(JvOptionPane.OK_OPTION,
 371                     discoverCanonicalDBrefs)
 372             .setResponseHandler(JvOptionPane.CANCEL_OPTION, revertview)
 373             .setResponseHandler(JvOptionPane.NO_OPTION, revertview)
 374             .showDialog(
 375                     MessageManager.formatMessage(
 376                             "label.fetch_references_for_3dbeacons",
 377                             seqsWithoutSourceDBRef.size()),
 378                     MessageManager
 379                             .getString("label.3dbeacons"),
 380                     JvOptionPane.YES_NO_OPTION, JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE,
 381                     null, new Object[]
 382                     { MessageManager.getString("action.ok"),
 383                         MessageManager.getString("action.cancel") },
 384                     MessageManager.getString("action.ok"), false);
 385   }
 386
 387   /**
 388    * Builds a drop-down choice list of existing structure viewers to which new
 389    * structures may be added. If this list is empty then it, and the 'Add'
 390    * button, are hidden.
 391    */
 392   private void discoverStructureViews()
 393   {
 394     if (Desktop.getInstance() != null)
 395     {
 396       targetView.removeAllItems();
 397       if (lastTargetedView != null && !lastTargetedView.isVisible())
 398       {
 399         lastTargetedView = null;
 400       }
 401       int linkedViewsAt = 0;
 402       for (StructureViewerBase view : Desktop.getInstance()
 403               .getStructureViewers(null, null))
 404       {
 405         StructureViewer viewHandler = (lastTargetedView != null
 406                 && lastTargetedView.sview == view) ? lastTargetedView
 407                         : StructureViewer.reconfigure(view);
 408
 409         if (view.isLinkedWith(ap))
 410         {
 411           targetView.insertItemAt(viewHandler, linkedViewsAt++);
 412         }
 413         else
 414         {
 415           targetView.addItem(viewHandler);
 416         }
 417       }
 418
 419       /*
 420        * show option to Add to viewer if at least 1 viewer found
 421        */
 422       targetView.setVisible(false);
 423       if (targetView.getItemCount() > 0)
 424       {
 425         targetView.setVisible(true);
 426         if (lastTargetedView != null)
 427         {
 428           targetView.setSelectedItem(lastTargetedView);
 429         }
 430         else
 431         {
 432           targetView.setSelectedIndex(0);
 433         }
 434       }
 435       btn_add.setVisible(targetView.isVisible());
 436     }
 437   }
 438
 439   /**
 440    * Updates the progress indicator with the specified message
 441    *
 442    * @param message
 443    *          displayed message for the operation
 444    * @param id
 445    *          unique handle for this indicator
 446    */
 447   protected void updateProgressIndicator(String message, long id)
 448   {
 449     if (progressIndicator != null)
 450     {
 451       progressIndicator.setProgressBar(message, id);
 452     }
 453   }
 454
 455   /**
 456    * Retrieve meta-data for all the structure(s) for a given sequence(s) in a
 457    * selection group
 458    */
 459   void fetchStructuresMetaData()
 460   {
 461     long startTime = System.currentTimeMillis();
 462     Collection<FTSDataColumnI> wantedFields = data.getDocFieldPrefs()
 463             .getStructureSummaryFields();
 464
 465     discoveredStructuresSet = new LinkedHashSet<>();
 466     HashSet<String> errors = new HashSet<>();
 467
 468     FilterOption selectedFilterOpt = ((FilterOption) cmb_filterOption
 469             .getSelectedItem());
 470
 471     for (SequenceI seq : selectedSequences)
 472     {
 473
 474       FTSRestResponse resultList;
 475       try
 476       {
 477         resultList = data.fetchStructuresMetaData(seq, wantedFields,
 478                 selectedFilterOpt, !chk_invertFilter.isSelected());
 479         // null response means the FTSengine didn't yield a query for this
 480         // consider designing a special exception if we really wanted to be
 481         // OOCrazy
 482         if (resultList == null)
 483         {
 484           continue;
 485         }
 486       } catch (Exception e)
 487       {
 488         e.printStackTrace();
 489         errors.add(e.getMessage());
 490         continue;
 491       }
 492       if (resultList.getSearchSummary() != null
 493               && !resultList.getSearchSummary().isEmpty())
 494       {
 495         discoveredStructuresSet.addAll(resultList.getSearchSummary());
 496       }
 497     }
 498
 499     int noOfStructuresFound = 0;
 500     String totalTime = (System.currentTimeMillis() - startTime)
 501             + " milli secs";
 502     if (discoveredStructuresSet != null
 503             && !discoveredStructuresSet.isEmpty())
 504     {
 505       getResultTable()
 506               .setModel(data.getTableModel(discoveredStructuresSet));
 507
 508       noOfStructuresFound = discoveredStructuresSet.size();
 509       lastDiscoveredStructuresSet = discoveredStructuresSet;
 510       mainFrame.setTitle(MessageManager.formatMessage(
 511               "label.structure_chooser_no_of_structures",
 512               noOfStructuresFound, totalTime));
 513     }
 514     else
 515     {
 516       mainFrame.setTitle(MessageManager
 517               .getString("label.structure_chooser_manual_association"));
 518       if (errors.size() > 0)
 519       {
 520         StringBuilder errorMsg = new StringBuilder();
 521         for (String error : errors)
 522         {
 523           errorMsg.append(error).append("\n");
 524         }
 525         JvOptionPane.showMessageDialog(this, errorMsg.toString(),
 526                 MessageManager.getString("label.pdb_web-service_error"),
 527                 JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 528       }
 529     }
 530   }
 531
 532   protected void loadLocalCachedPDBEntries()
 533   {
 534     ArrayList<CachedPDB> entries = new ArrayList<>();
 535     for (SequenceI seq : selectedSequences)
 536     {
 537       if (seq.getDatasetSequence() != null
 538               && seq.getDatasetSequence().getAllPDBEntries() != null)
 539       {
 540         for (PDBEntry pdbEntry : seq.getDatasetSequence()
 541                 .getAllPDBEntries())
 542         {
 543           if (pdbEntry.getFile() != null)
 544           {
 545             entries.add(new CachedPDB(seq, pdbEntry));
 546           }
 547         }
 548       }
 549     }
 550     cachedPDBExists = !entries.isEmpty();
 551     PDBEntryTableModel tableModelx = new PDBEntryTableModel(entries);
 552     tbl_local_pdb.setModel(tableModelx);
 553   }
 554
 555   /**
 556    * Filters a given list of discovered structures based on supplied argument
 557    *
 558    * @param fieldToFilterBy
 559    *          the field to filter by
 560    */
 561   void filterResultSet(final String fieldToFilterBy)
 562   {
 563     Thread filterThread = new Thread(new Runnable()
 564     {
 565
 566       @Override
 567       public void run()
 568       {
 569         long startTime = System.currentTimeMillis();
 570         lbl_loading.setVisible(true);
 571         Collection<FTSDataColumnI> wantedFields = data.getDocFieldPrefs()
 572                 .getStructureSummaryFields();
 573         Collection<FTSData> filteredResponse = new HashSet<>();
 574         HashSet<String> errors = new HashSet<>();
 575
 576         for (SequenceI seq : selectedSequences)
 577         {
 578
 579           FTSRestResponse resultList;
 580           try
 581           {
 582             resultList = data.selectFirstRankedQuery(seq,
 583                     discoveredStructuresSet, wantedFields, fieldToFilterBy,
 584                     !chk_invertFilter.isSelected());
 585
 586           } catch (Exception e)
 587           {
 588             e.printStackTrace();
 589             errors.add(e.getMessage());
 590             continue;
 591           }
 592           if (resultList.getSearchSummary() != null
 593                   && !resultList.getSearchSummary().isEmpty())
 594           {
 595             filteredResponse.addAll(resultList.getSearchSummary());
 596           }
 597         }
 598
 599         String totalTime = (System.currentTimeMillis() - startTime)
 600                 + " milli secs";
 601         if (!filteredResponse.isEmpty())
 602         {
 603           final int filterResponseCount = filteredResponse.size();
 604           Collection<FTSData> reorderedStructuresSet = new LinkedHashSet<>();
 605           reorderedStructuresSet.addAll(filteredResponse);
 606           reorderedStructuresSet.addAll(discoveredStructuresSet);
 607           getResultTable()
 608                   .setModel(data.getTableModel(reorderedStructuresSet));
 609
 610           FTSRestResponse.configureTableColumn(getResultTable(),
 611                   wantedFields, tempUserPrefs);
 612           getResultTable().getColumn("Ref Sequence").setPreferredWidth(120);
 613           getResultTable().getColumn("Ref Sequence").setMinWidth(100);
 614           getResultTable().getColumn("Ref Sequence").setMaxWidth(200);
 615           // Update table selection model here
 616           getResultTable().addRowSelectionInterval(0,
 617                   filterResponseCount - 1);
 618           mainFrame.setTitle(MessageManager.formatMessage(
 619                   "label.structure_chooser_filter_time", totalTime));
 620         }
 621         else
 622         {
 623           mainFrame.setTitle(MessageManager.formatMessage(
 624                   "label.structure_chooser_filter_time", totalTime));
 625           if (errors.size() > 0)
 626           {
 627             StringBuilder errorMsg = new StringBuilder();
 628             for (String error : errors)
 629             {
 630               errorMsg.append(error).append("\n");
 631             }
 632             JvOptionPane.showMessageDialog(null, errorMsg.toString(),
 633                     MessageManager.getString("label.pdb_web-service_error"),
 634                     JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 635           }
 636         }
 637
 638         lbl_loading.setVisible(false);
 639
 640         validateSelections();
 641       }
 642     });
 643     filterThread.start();
 644   }
 645
 646   /**
 647    * Handles action event for btn_pdbFromFile
 648    */
 649   @Override
 650   protected void pdbFromFile_actionPerformed()
 651   {
 652     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS until JSmol dep and
 653     // StructureChooser
 654     // works
 655     jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
 656             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 657     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 658     chooser.setDialogTitle(
 659             MessageManager.formatMessage("label.select_pdb_file_for",
 660                     selectedSequence.getDisplayId(false)));
 661     chooser.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
 662             "label.load_pdb_file_associate_with_sequence",
 663             selectedSequence.getDisplayId(false)));
 664
 665     int value = chooser.showOpenDialog(null);
 666     if (value == jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 667     {
 668       selectedPdbFileName = chooser.getSelectedFile().getPath();
 669       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedPdbFileName);
 670       validateSelections();
 671     }
 672   }
 673
 674   /**
 675    * Populates the filter combo-box options dynamically depending on discovered
 676    * structures
 677    */
 678   protected void populateFilterComboBox(boolean haveData,
 679           boolean cachedPDBExist)
 680   {
 681     populateFilterComboBox(haveData, cachedPDBExist, null);
 682   }
 683
 684   /**
 685    * Populates the filter combo-box options dynamically depending on discovered
 686    * structures
 687    */
 688   protected void populateFilterComboBox(boolean haveData,
 689           boolean cachedPDBExist, FilterOption lastSel)
 690   {
 691
 692     /*
 693      * temporarily suspend the change listener behaviour
 694      */
 695     cmb_filterOption.removeItemListener(this);
 696     int selSet = -1;
 697     cmb_filterOption.removeAllItems();
 698     if (haveData)
 699     {
 700       List<FilterOption> filters = data
 701               .getAvailableFilterOptions(VIEWS_FILTER);
 702       data.updateAvailableFilterOptions(VIEWS_FILTER, filters,
 703               lastDiscoveredStructuresSet);
 704       int p = 0;
 705       for (FilterOption filter : filters)
 706       {
 707         if (lastSel != null && filter.equals(lastSel))
 708         {
 709           selSet = p;
 710         }
 711         p++;
 712         cmb_filterOption.addItem(filter);
 713       }
 714     }
 715
 716     cmb_filterOption.addItem(
 717             new FilterOption(MessageManager.getString("label.enter_pdb_id"),
 718                     "-", VIEWS_ENTER_ID, false, null));
 719     cmb_filterOption.addItem(
 720             new FilterOption(MessageManager.getString("label.from_file"),
 721                     "-", VIEWS_FROM_FILE, false, null));
 722     if (canQueryTDB && notQueriedTDBYet)
 723     {
 724       btn_queryTDB.setVisible(true);
 725       pnl_queryTDB.setVisible(true);
 726     }
 727
 728     if (cachedPDBExist)
 729     {
 730       FilterOption cachedOption = new FilterOption(
 731               MessageManager.getString("label.cached_structures"), "-",
 732               VIEWS_LOCAL_PDB, false, null);
 733       cmb_filterOption.addItem(cachedOption);
 734       if (selSet == -1)
 735       {
 736         cmb_filterOption.setSelectedItem(cachedOption);
 737       }
 738     }
 739     if (selSet > -1)
 740     {
 741       cmb_filterOption.setSelectedIndex(selSet);
 742     }
 743     cmb_filterOption.addItemListener(this);
 744   }
 745
 746   /**
 747    * Updates the displayed view based on the selected filter option
 748    */
 749   protected void updateCurrentView()
 750   {
 751     FilterOption selectedFilterOpt = ((FilterOption) cmb_filterOption
 752             .getSelectedItem());
 753
 754     if (lastSelected == selectedFilterOpt)
 755     {
 756       // don't need to do anything, probably
 757       return;
 758     }
 759     // otherwise, record selection
 760     // and update the layout and dialog accordingly
 761     lastSelected = selectedFilterOpt;
 762
 763     layout_switchableViews.show(pnl_switchableViews,
 764             selectedFilterOpt.getView());
 765     String filterTitle = mainFrame.getTitle();
 766     mainFrame.setTitle(frameTitle);
 767     chk_invertFilter.setVisible(false);
 768
 769     if (selectedFilterOpt.getView() == VIEWS_FILTER)
 770     {
 771       mainFrame.setTitle(filterTitle);
 772       // TDB Query has no invert as yet
 773       chk_invertFilter.setVisible(selectedFilterOpt
 774               .getQuerySource() instanceof PDBStructureChooserQuerySource);
 775
 776       if (data != selectedFilterOpt.getQuerySource()
 777               || data.needsRefetch(selectedFilterOpt))
 778       {
 779         data = selectedFilterOpt.getQuerySource();
 780         // rebuild the views completely, since prefs will also change
 781         tabRefresh();
 782         return;
 783       }
 784       else
 785       {
 786         filterResultSet(selectedFilterOpt.getValue());
 787       }
 788     }
 789     else if (selectedFilterOpt.getView() == VIEWS_ENTER_ID
 790             || selectedFilterOpt.getView() == VIEWS_FROM_FILE)
 791     {
 792       mainFrame.setTitle(MessageManager
 793               .getString("label.structure_chooser_manual_association"));
 794       idInputAssSeqPanel.loadCmbAssSeq();
 795       fileChooserAssSeqPanel.loadCmbAssSeq();
 796     }
 797     validateSelections();
 798   }
 799
 800   /**
 801    * Validates user selection and enables the 'Add' and 'New View' buttons if
 802    * all parameters are correct (the Add button will only be visible if there is
 803    * at least one existing structure viewer open). This basically means at least
 804    * one structure selected and no error messages.
 805    * <p>
 806    * The 'Superpose Structures' option is enabled if either more than one
 807    * structure is selected, or the 'Add' to existing view option is enabled, and
 808    * disabled if the only option is to open a new view of a single structure.
 809    */
 810   @Override
 811   protected void validateSelections()
 812   {
 813     FilterOption selectedFilterOpt = ((FilterOption) cmb_filterOption
 814             .getSelectedItem());
 815     btn_add.setEnabled(false);
 816     String currentView = selectedFilterOpt.getView();
 817     int selectedCount = 0;
 818     if (currentView == VIEWS_FILTER)
 819     {
 820       selectedCount = getResultTable().getSelectedRows().length;
 821       if (selectedCount > 0)
 822       {
 823         btn_add.setEnabled(true);
 824       }
 825     }
 826     else if (currentView == VIEWS_LOCAL_PDB)
 827     {
 828       selectedCount = tbl_local_pdb.getSelectedRows().length;
 829       if (selectedCount > 0)
 830       {
 831         btn_add.setEnabled(true);
 832       }
 833     }
 834     else if (currentView == VIEWS_ENTER_ID)
 835     {
 836       validateAssociationEnterPdb();
 837     }
 838     else if (currentView == VIEWS_FROM_FILE)
 839     {
 840       validateAssociationFromFile();
 841     }
 842
 843     btn_newView.setEnabled(btn_add.isEnabled());
 844
 845     /*
 846      * enable 'Superpose' option if more than one structure is selected,
 847      * or there are view(s) available to add structure(s) to
 848      */
 849     chk_superpose
 850             .setEnabled(selectedCount > 1 || targetView.getItemCount() > 0);
 851   }
 852
 853   @Override
 854   protected boolean showPopupFor(int selectedRow, int x, int y)
 855   {
 856     FilterOption selectedFilterOpt = ((FilterOption) cmb_filterOption
 857             .getSelectedItem());
 858     String currentView = selectedFilterOpt.getView();
 859     if (currentView == VIEWS_FILTER
 860             && data instanceof ThreeDBStructureChooserQuerySource)
 861     {
 862       TDB_FTSData row = ((ThreeDBStructureChooserQuerySource) data)
 863               .getFTSDataFor(getResultTable(), selectedRow,
 864                       discoveredStructuresSet);
 865       String pageUrl = row.getModelViewUrl();
 866       JPopupMenu popup = new JPopupMenu("3D Beacons");
 867       JMenuItem viewUrl = new JMenuItem("View model web page");
 868       viewUrl.addActionListener(new ActionListener()
 869       {
 870         @Override
 871         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 872         {
 873           Desktop.showUrl(pageUrl);
 874         }
 875       });
 876       popup.add(viewUrl);
 877       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 878       {
 879         @Override
 880         public void run()
 881         {
 882           popup.show(getResultTable(), x, y);
 883         }
 884       });
 885       return true;
 886     }
 887     // event not handled by us
 888     return false;
 889   }
 890   /**
 891    * Validates inputs from the Manual PDB entry panel
 892    */
 893   protected void validateAssociationEnterPdb()
 894   {
 895     AssociateSeqOptions assSeqOpt = (AssociateSeqOptions) idInputAssSeqPanel
 896             .getCmb_assSeq().getSelectedItem();
 897     lbl_pdbManualFetchStatus.setIcon(errorImage);
 898     lbl_pdbManualFetchStatus.setToolTipText("");
 899     if (txt_search.getText().length() > 0)
 900     {
 901       lbl_pdbManualFetchStatus.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 902               MessageManager.formatMessage("info.no_pdb_entry_found_for",
 903                       txt_search.getText())));
 904     }
 905
 906     if (errorWarning.length() > 0)
 907     {
 908       lbl_pdbManualFetchStatus.setIcon(warningImage);
 909       lbl_pdbManualFetchStatus.setToolTipText(
 910               JvSwingUtils.wrapTooltip(true, errorWarning.toString()));
 911     }
 912
 913     if (selectedSequences.length == 1 || !assSeqOpt.getName()
 914             .equalsIgnoreCase("-Select Associated Seq-"))
 915     {
 916       txt_search.setEnabled(true);
 917       if (isValidPBDEntry)
 918       {
 919         btn_add.setEnabled(true);
 920         lbl_pdbManualFetchStatus.setToolTipText("");
 921         lbl_pdbManualFetchStatus.setIcon(goodImage);
 922       }
 923     }
 924     else
 925     {
 926       txt_search.setEnabled(false);
 927       lbl_pdbManualFetchStatus.setIcon(errorImage);
 928     }
 929   }
 930
 931   /**
 932    * Validates inputs for the manual PDB file selection options
 933    */
 934   protected void validateAssociationFromFile()
 935   {
 936     AssociateSeqOptions assSeqOpt = (AssociateSeqOptions) fileChooserAssSeqPanel
 937             .getCmb_assSeq().getSelectedItem();
 938     lbl_fromFileStatus.setIcon(errorImage);
 939     if (selectedSequences.length == 1 || (assSeqOpt != null && !assSeqOpt
 940             .getName().equalsIgnoreCase("-Select Associated Seq-")))
 941     {
 942       btn_pdbFromFile.setEnabled(true);
 943       if (selectedPdbFileName != null && selectedPdbFileName.length() > 0)
 944       {
 945         btn_add.setEnabled(true);
 946         lbl_fromFileStatus.setIcon(goodImage);
 947       }
 948     }
 949     else
 950     {
 951       btn_pdbFromFile.setEnabled(false);
 952       lbl_fromFileStatus.setIcon(errorImage);
 953     }
 954   }
 955
 956   @Override
 957   protected void cmbAssSeqStateChanged()
 958   {
 959     validateSelections();
 960   }
 961   private FilterOption lastSelected=null;
 962   /**
 963    * Handles the state change event for the 'filter' combo-box and 'invert'
 964    * check-box
 965    */
 966   @Override
 967   protected void stateChanged(ItemEvent e)
 968   {
 969     if (e.getSource() instanceof JCheckBox)
 970     {
 971       updateCurrentView();
 972     }
 973     else
 974     {
 975       if (e.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED)
 976       {
 977         updateCurrentView();
 978       }
 979     }
 980
 981   }
 982
 983   /**
 984    * select structures for viewing by their PDB IDs
 985    *
 986    * @param pdbids
 987    * @return true if structures were found and marked as selected
 988    */
 989   public boolean selectStructure(String... pdbids)
 990   {
 991     boolean found = false;
 992
 993     FilterOption selectedFilterOpt = ((FilterOption) cmb_filterOption
 994             .getSelectedItem());
 995     String currentView = selectedFilterOpt.getView();
 996     JTable restable = (currentView == VIEWS_FILTER) ? getResultTable()
 997             : (currentView == VIEWS_LOCAL_PDB) ? tbl_local_pdb : null;
 998
 999     if (restable == null)
1000     {
1001       // can't select (enter PDB ID, or load file - need to also select which
1002       // sequence to associate with)
1003       return false;
1004     }
1005
1006     int pdbIdColIndex = restable.getColumn("PDB Id").getModelIndex();
1007     for (int r = 0; r < restable.getRowCount(); r++)
1008     {
1009       for (int p = 0; p < pdbids.length; p++)
1010       {
1011         if (String.valueOf(restable.getValueAt(r, pdbIdColIndex))
1012                 .equalsIgnoreCase(pdbids[p]))
1013         {
1014           restable.setRowSelectionInterval(r, r);
1015           found = true;
1016         }
1017       }
1018     }
1019     return found;
1020   }
1021
1022   /**
1023    * Handles the 'New View' action
1024    */
1025   @Override
1026   protected void newView_ActionPerformed()
1027   {
1028     targetView.setSelectedItem(null);
1029     showStructures(false);
1030   }
1031
1032   /**
1033    * Handles the 'Add to existing viewer' action
1034    */
1035   @Override
1036   protected void add_ActionPerformed()
1037   {
1038     showStructures(false);
1039   }
1040
1041   /**
1042    * structure viewer opened by this dialog, or null
1043    */
1044   private StructureViewer sViewer = null;
1045
1046   public void showStructures(boolean waitUntilFinished)
1047   {
1048
1049     final StructureSelectionManager ssm = ap.getStructureSelectionManager();
1050     final StructureViewer theViewer = getTargetedStructureViewer(ssm);
1051     boolean superimpose = chk_superpose.isSelected();
1052     final int preferredHeight = pnl_filter.getHeight();
1053
1054     Runnable viewStruc = new Runnable()
1055     {
1056       @Override
1057       public void run()
1058       {
1059         FilterOption selectedFilterOpt = ((FilterOption) cmb_filterOption
1060                 .getSelectedItem());
1061         String currentView = selectedFilterOpt.getView();
1062         JTable restable = (currentView == VIEWS_FILTER) ? getResultTable()
1063                 : tbl_local_pdb;
1064
1065         if (currentView == VIEWS_FILTER)
1066         {
1067           int[] selectedRows = restable.getSelectedRows();
1068           PDBEntry[] pdbEntriesToView = new PDBEntry[selectedRows.length];
1069           List<SequenceI> selectedSeqsToView = new ArrayList<>();
1070           pdbEntriesToView = data.collectSelectedRows(restable,
1071                   selectedRows, selectedSeqsToView);
1072
1073           SequenceI[] selectedSeqs = selectedSeqsToView
1074                   .toArray(new SequenceI[selectedSeqsToView.size()]);
1075           sViewer = StructureViewer.launchStructureViewer(ap, pdbEntriesToView,
1076                   selectedSeqs, superimpose, theViewer, progressBar);
1077         }
1078         else if (currentView == VIEWS_LOCAL_PDB)
1079         {
1080           int[] selectedRows = tbl_local_pdb.getSelectedRows();
1081           PDBEntry[] pdbEntriesToView = new PDBEntry[selectedRows.length];
1082           int count = 0;
1083           int pdbIdColIndex = tbl_local_pdb.getColumn("PDB Id")
1084                   .getModelIndex();
1085           int refSeqColIndex = tbl_local_pdb.getColumn("Ref Sequence")
1086                   .getModelIndex();
1087           List<SequenceI> selectedSeqsToView = new ArrayList<>();
1088           for (int row : selectedRows)
1089           {
1090             PDBEntry pdbEntry = ((PDBEntryTableModel) tbl_local_pdb
1091                     .getModel()).getPDBEntryAt(row).getPdbEntry();
1092
1093             pdbEntriesToView[count++] = pdbEntry;
1094             SequenceI selectedSeq = (SequenceI) tbl_local_pdb
1095                     .getValueAt(row, refSeqColIndex);
1096             selectedSeqsToView.add(selectedSeq);
1097           }
1098           SequenceI[] selectedSeqs = selectedSeqsToView
1099                   .toArray(new SequenceI[selectedSeqsToView.size()]);
1100           sViewer = StructureViewer.launchStructureViewer(ap, pdbEntriesToView,
1101                   selectedSeqs, superimpose, theViewer, progressBar);
1102         }
1103         else if (currentView == VIEWS_ENTER_ID)
1104         {
1105           SequenceI userSelectedSeq = ((AssociateSeqOptions) idInputAssSeqPanel
1106                   .getCmb_assSeq().getSelectedItem()).getSequence();
1107           if (userSelectedSeq != null)
1108           {
1109             selectedSequence = userSelectedSeq;
1110           }
1111           String pdbIdStr = txt_search.getText();
1112           PDBEntry pdbEntry = selectedSequence.getPDBEntry(pdbIdStr);
1113           if (pdbEntry == null)
1114           {
1115             pdbEntry = new PDBEntry();
1116             if (pdbIdStr.split(":").length > 1)
1117             {
1118               pdbEntry.setId(pdbIdStr.split(":")[0]);
1119               pdbEntry.setChainCode(pdbIdStr.split(":")[1].toUpperCase(Locale.ROOT));
1120             }
1121             else
1122             {
1123               pdbEntry.setId(pdbIdStr);
1124             }
1125             pdbEntry.setType(PDBEntry.Type.PDB);
1126             selectedSequence.getDatasetSequence().addPDBId(pdbEntry);
1127           }
1128
1129           PDBEntry[] pdbEntriesToView = new PDBEntry[] { pdbEntry };
1130           sViewer = StructureViewer.launchStructureViewer(ap, pdbEntriesToView,
1131                    new SequenceI[]
1132                   { selectedSequence }, superimpose, theViewer,
1133                   progressBar);
1134         }
1135         else if (currentView == VIEWS_FROM_FILE)
1136         {
1137           SequenceI userSelectedSeq = ((AssociateSeqOptions) fileChooserAssSeqPanel
1138                   .getCmb_assSeq().getSelectedItem()).getSequence();
1139           if (userSelectedSeq != null)
1140           {
1141             selectedSequence = userSelectedSeq;
1142           }
1143           PDBEntry fileEntry =  AssociatePdbFileWithSeq.associatePdbWithSeq(selectedPdbFileName,
1144                           DataSourceType.FILE, selectedSequence, true);
1145
1146           sViewer = StructureViewer.launchStructureViewer(ap,  new PDBEntry[] { fileEntry },
1147                   new SequenceI[] { selectedSequence }, superimpose, theViewer,
1148                   progressBar);
1149         }
1150         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
1151         {
1152           @Override
1153           public void run()
1154           {
1155             closeAction(preferredHeight);
1156             mainFrame.dispose();
1157           }
1158         });
1159       }
1160     };
1161     Thread runner = new Thread(viewStruc);
1162     runner.start();
1163     if (waitUntilFinished)
1164     {
1165       while (sViewer == null ? runner.isAlive()
1166               : (sViewer.sview == null ? true
1167                       : !sViewer.sview.hasMapping()))
1168       {
1169         try
1170         {
1171           Thread.sleep(300);
1172         } catch (InterruptedException ie)
1173         {
1174
1175         }
1176       }
1177     }
1178   }
1179
1180   /**
1181    * Answers a structure viewer (new or existing) configured to superimpose
1182    * added structures or not according to the user's choice
1183    *
1184    * @param ssm
1185    * @return
1186    */
1187   StructureViewer getTargetedStructureViewer(StructureSelectionManager ssm)
1188   {
1189     Object sv = targetView.getSelectedItem();
1190
1191     return sv == null ? new StructureViewer(ssm) : (StructureViewer) sv;
1192   }
1193
1194   /**
1195    * Populates the combo-box used in associating manually fetched structures to
1196    * a unique sequence when more than one sequence selection is made.
1197    */
1198   @Override
1199   protected void populateCmbAssociateSeqOptions(
1200           JComboBox<AssociateSeqOptions> cmb_assSeq,
1201           JLabel lbl_associateSeq)
1202   {
1203     cmb_assSeq.removeAllItems();
1204     cmb_assSeq.addItem(
1205             new AssociateSeqOptions("-Select Associated Seq-", null));
1206     lbl_associateSeq.setVisible(false);
1207     if (selectedSequences.length > 1)
1208     {
1209       for (SequenceI seq : selectedSequences)
1210       {
1211         cmb_assSeq.addItem(new AssociateSeqOptions(seq));
1212       }
1213     }
1214     else
1215     {
1216       String seqName = selectedSequence.getDisplayId(false);
1217       seqName = seqName.length() <= 40 ? seqName : seqName.substring(0, 39);
1218       lbl_associateSeq.setText(seqName);
1219       lbl_associateSeq.setVisible(true);
1220       cmb_assSeq.setVisible(false);
1221     }
1222   }
1223
1224   protected boolean isStructuresDiscovered()
1225   {
1226     return discoveredStructuresSet != null
1227             && !discoveredStructuresSet.isEmpty();
1228   }
1229
1230   protected int PDB_ID_MIN = 3;// or: (Jalview.isJS() ? 3 : 1); // Bob proposes
1231                                // this.
1232   // Doing a search for "1" or "1c" is valuable?
1233   // Those work but are enormously slow.
1234
1235   @Override
1236   protected void txt_search_ActionPerformed()
1237   {
1238     String text = txt_search.getText().trim();
1239     if (text.length() >= PDB_ID_MIN)
1240       new Thread()
1241       {
1242
1243         @Override
1244         public void run()
1245         {
1246           errorWarning.setLength(0);
1247           isValidPBDEntry = false;
1248           if (text.length() > 0)
1249           {
1250             // TODO move this pdb id search into the PDB specific
1251             // FTSSearchEngine
1252             // for moment, it will work fine as is because it is self-contained
1253             String searchTerm = text.toLowerCase(Locale.ROOT);
1254             searchTerm = searchTerm.split(":")[0];
1255             // System.out.println(">>>>> search term : " + searchTerm);
1256             List<FTSDataColumnI> wantedFields = new ArrayList<>();
1257             FTSRestRequest pdbRequest = new FTSRestRequest();
1258             pdbRequest.setAllowEmptySeq(false);
1259             pdbRequest.setResponseSize(1);
1260             pdbRequest.setFieldToSearchBy("(pdb_id:");
1261             pdbRequest.setWantedFields(wantedFields);
1262             pdbRequest.setSearchTerm(searchTerm + ")");
1263             pdbRequest.setAssociatedSequence(selectedSequence);
1264             FTSRestClientI pdbRestClient = PDBFTSRestClient.getInstance();
1265             wantedFields.add(pdbRestClient.getPrimaryKeyColumn());
1266             FTSRestResponse resultList;
1267             try
1268             {
1269               resultList = pdbRestClient.executeRequest(pdbRequest);
1270             } catch (Exception e)
1271             {
1272               errorWarning.append(e.getMessage());
1273               return;
1274             } finally
1275             {
1276               validateSelections();
1277             }
1278             if (resultList.getSearchSummary() != null
1279                     && resultList.getSearchSummary().size() > 0)
1280             {
1281               isValidPBDEntry = true;
1282             }
1283           }
1284           validateSelections();
1285         }
1286       }.start();
1287   }
1288
1289   @Override
1290   protected void tabRefresh()
1291   {
1292     if (selectedSequences != null)
1293     {
1294       lbl_loading.setVisible(true);
1295       Thread refreshThread = new Thread(new Runnable()
1296       {
1297         @Override
1298         public void run()
1299         {
1300           fetchStructuresMetaData();
1301           // populateFilterComboBox(true, cachedPDBExists);
1302
1303           filterResultSet(
1304                   ((FilterOption) cmb_filterOption.getSelectedItem())
1305                           .getValue());
1306           lbl_loading.setVisible(false);
1307         }
1308       });
1309       refreshThread.start();
1310     }
1311   }
1312
1313   public class PDBEntryTableModel extends AbstractTableModel
1314   {
1315     String[] columns = { "Ref Sequence", "PDB Id", "Chain", "Type",
1316         "File" };
1317
1318     private List<CachedPDB> pdbEntries;
1319
1320     public PDBEntryTableModel(List<CachedPDB> pdbEntries)
1321     {
1322       this.pdbEntries = new ArrayList<>(pdbEntries);
1323     }
1324
1325     @Override
1326     public String getColumnName(int columnIndex)
1327     {
1328       return columns[columnIndex];
1329     }
1330
1331     @Override
1332     public int getRowCount()
1333     {
1334       return pdbEntries.size();
1335     }
1336
1337     @Override
1338     public int getColumnCount()
1339     {
1340       return columns.length;
1341     }
1342
1343     @Override
1344     public boolean isCellEditable(int row, int column)
1345     {
1346       return false;
1347     }
1348
1349     @Override
1350     public Object getValueAt(int rowIndex, int columnIndex)
1351     {
1352       Object value = "??";
1353       CachedPDB entry = pdbEntries.get(rowIndex);
1354       switch (columnIndex)
1355       {
1356       case 0:
1357         value = entry.getSequence();
1358         break;
1359       case 1:
1360         value = entry.getQualifiedId();
1361         break;
1362       case 2:
1363         value = entry.getPdbEntry().getChainCode() == null ? "_"
1364                 : entry.getPdbEntry().getChainCode();
1365         break;
1366       case 3:
1367         value = entry.getPdbEntry().getType();
1368         break;
1369       case 4:
1370         value = entry.getPdbEntry().getFile();
1371         break;
1372       }
1373       return value;
1374     }
1375
1376     @Override
1377     public Class<?> getColumnClass(int columnIndex)
1378     {
1379       return columnIndex == 0 ? SequenceI.class : PDBEntry.class;
1380     }
1381
1382     public CachedPDB getPDBEntryAt(int row)
1383     {
1384       return pdbEntries.get(row);
1385     }
1386
1387   }
1388
1389   private class CachedPDB
1390   {
1391     private SequenceI sequence;
1392
1393     private PDBEntry pdbEntry;
1394
1395     public CachedPDB(SequenceI sequence, PDBEntry pdbEntry)
1396     {
1397       this.sequence = sequence;
1398       this.pdbEntry = pdbEntry;
1399     }
1400
1401     public String getQualifiedId()
1402     {
1403       if (pdbEntry.hasProvider())
1404       {
1405         return pdbEntry.getProvider() + ":" + pdbEntry.getId();
1406       }
1407       return pdbEntry.toString();
1408     }
1409
1410     public SequenceI getSequence()
1411     {
1412       return sequence;
1413     }
1414
1415     public PDBEntry getPdbEntry()
1416     {
1417       return pdbEntry;
1418     }
1419
1420   }
1421
1422   private IProgressIndicator progressBar;
1423
1424   @Override
1425   public void setProgressBar(String message, long id)
1426   {
1427     progressBar.setProgressBar(message, id);
1428   }
1429
1430   @Override
1431   public void removeProgressBar(long id)
1432   {
1433     progressBar.removeProgressBar(id);
1434   }
1435
1436   @Override
1437   public void registerHandler(long id, IProgressIndicatorHandler handler)
1438   {
1439     progressBar.registerHandler(id, handler);
1440   }
1441
1442   @Override
1443   public boolean operationInProgress()
1444   {
1445     return progressBar.operationInProgress();
1446   }
1447
1448   public JalviewStructureDisplayI getOpenedStructureViewer()
1449   {
1450     return sViewer == null ? null : sViewer.sview;
1451   }
1452
1453   @Override
1454   protected void setFTSDocFieldPrefs(FTSDataColumnPreferences newPrefs)
1455   {
1456     data.setDocFieldPrefs(newPrefs);
1457
1458   }
1459
1460   /**
1461    *
1462    * @return true when all initialisation threads have finished and dialog is
1463    *         visible
1464    */
1465   public boolean isDialogVisible()
1466   {
1467     return mainFrame != null && data != null && cmb_filterOption != null
1468             && mainFrame.isVisible()
1469             && cmb_filterOption.getSelectedItem() != null;
1470   }
1471   /**
1472    *
1473    * @return true if the 3D-Beacons query button will/has been displayed
1474    */
1475   public boolean isCanQueryTDB()
1476   {
1477     return canQueryTDB;
1478   }
1479
1480   public boolean isNotQueriedTDBYet()
1481   {
1482     return notQueriedTDBYet;
1483   }
1484 }