src/jalview/gui/StructureViewer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.Rectangle;
  24
  25 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  26 import jalview.bin.Cache;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.StructureViewer.Viewer;
  30 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  31
  32 /**
  33  * proxy for handling structure viewers.
  34  *
  35  * this allows new views to be created with the currently configured viewer, the
  36  * preferred viewer to be set/read and existing views created previously with a
  37  * particular viewer to be recovered
  38  *
  39  * @author jprocter
  40  */
  41 public class StructureViewer
  42 {
  43   StructureSelectionManager ssm;
  44
  45   public enum Viewer
  46   {
  47     JMOL, CHIMERA
  48   };
  49
  50   public Viewer getViewerType()
  51   {
  52     String viewType = Cache.getDefault("STRUCTURE_DISPLAY", "JMOL");
  53     return Viewer.valueOf(viewType);
  54   }
  55
  56   public void setViewerType(Viewer type)
  57   {
  58     Cache.setProperty("STRUCTURE_DISPLAY", type.toString());
  59   }
  60
  61   public StructureViewer(StructureSelectionManager structureSelectionManager)
  62   {
  63     ssm = structureSelectionManager;
  64   }
  65
  66   public JalviewStructureDisplayI viewStructures(AlignmentPanel ap,
  67           PDBEntry[] pr, SequenceI[][] collateForPDB)
  68   {
  69     return viewStructures(getViewerType(), ap, pr, collateForPDB);
  70   }
  71   public JalviewStructureDisplayI viewStructures(Viewer viewerType,AlignmentPanel ap,
  72           PDBEntry[] pr, SequenceI[][] collateForPDB)
  73   {
  74     JalviewStructureDisplayI sview = null;
  75     if (viewerType.equals(Viewer.JMOL)){
  76       sview = new AppJmol(ap, pr, ap.av.collateForPDB(pr));
  77     } else
  78     if (viewerType.equals(Viewer.CHIMERA)) {
  79       sview = new ChimeraViewFrame(ap, pr, ap.av.collateForPDB(pr));
  80     }else
  81     {
  82       Cache.log.error("Unknown structure viewer type "
  83               + getViewerType().toString());
  84     }
  85     return sview;
  86   }
  87
  88   public JalviewStructureDisplayI viewStructures(PDBEntry pdb,
  89           SequenceI[] sequenceIs, Object object, AlignmentPanel ap)
  90   {
  91     return viewStructures(ap, new PDBEntry[]
  92     { pdb }, new SequenceI[][]
  93     { sequenceIs });
  94   }
  95
  96   public JalviewStructureDisplayI createView(Viewer jmol, String[] pdbf,
  97           String[] id, SequenceI[][] sq, AlignmentPanel alignPanel,
  98           boolean useinJmolsuperpos, boolean usetoColourbyseq,
  99           boolean jmolColouring, String fileloc, Rectangle rect, String vid)
 100   {
 101     JalviewStructureDisplayI sview = null;
 102     switch (getViewerType())
 103     {
 104     case JMOL:
 105
 106       sview = new AppJmol(pdbf, id, sq, alignPanel, useinJmolsuperpos,
 107               usetoColourbyseq, jmolColouring, fileloc, rect, vid);
 108
 109       break;
 110     case CHIMERA:
 111       break;
 112     default:
 113       Cache.log.error("Unknown structure viewer type "
 114               + getViewerType().toString());
 115     }
 116     return sview;
 117   }
 118
 119 }