src/jalview/gui/StructureViewerBase.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.Alignment;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  29 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  32 import jalview.gui.ViewSelectionMenu.ViewSetProvider;
  33 import jalview.io.DataSourceType;
  34 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  35 import jalview.io.JalviewFileView;
  36 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  37 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  38 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  39 import jalview.structure.StructureMapping;
  40 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42
  43 import java.awt.Color;
  44 import java.awt.Component;
  45 import java.awt.event.ActionEvent;
  46 import java.awt.event.ActionListener;
  47 import java.awt.event.ItemEvent;
  48 import java.awt.event.ItemListener;
  49 import java.io.BufferedReader;
  50 import java.io.File;
  51 import java.io.FileOutputStream;
  52 import java.io.FileReader;
  53 import java.io.IOException;
  54 import java.io.PrintWriter;
  55 import java.util.ArrayList;
  56 import java.util.List;
  57 import java.util.Vector;
  58
  59 import javax.swing.ButtonGroup;
  60 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  61 import javax.swing.JColorChooser;
  62 import javax.swing.JMenu;
  63 import javax.swing.JMenuItem;
  64 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  65 import javax.swing.event.MenuEvent;
  66 import javax.swing.event.MenuListener;
  67
  68 /**
  69  * Base class with common functionality for JMol, Chimera or other structure
  70  * viewers.
  71  *
  72  * @author gmcarstairs
  73  *
  74  */
  75 public abstract class StructureViewerBase extends GStructureViewer
  76         implements Runnable, ViewSetProvider
  77 {
  78   /*
  79    * names for colour options (additional to Jalview colour schemes)
  80    */
  81   enum ViewerColour
  82   {
  83     BySequence, ByChain, ChargeCysteine, ByViewer
  84   }
  85
  86   /**
  87    * list of sequenceSet ids associated with the view
  88    */
  89   protected List<String> _aps = new ArrayList<>();
  90
  91   /**
  92    * list of alignment panels to use for superposition
  93    */
  94   protected Vector<AlignmentViewPanel> _alignwith = new Vector<>();
  95
  96   /**
  97    * list of alignment panels that are used for colouring structures by aligned
  98    * sequences
  99    */
 100   protected Vector<AlignmentViewPanel> _colourwith = new Vector<>();
 101
 102   private String viewId = null;
 103
 104   private AlignmentPanel ap;
 105
 106   protected boolean alignAddedStructures = false;
 107
 108   protected volatile boolean _started = false;
 109
 110   protected volatile boolean addingStructures = false;
 111
 112   protected Thread worker = null;
 113
 114   protected boolean allChainsSelected = false;
 115
 116   protected JMenu viewSelectionMenu;
 117
 118   /**
 119    * set after sequence colouring has been applied for this structure viewer.
 120    * used to determine if the final sequence/structure mapping has been
 121    * determined
 122    */
 123   protected volatile boolean seqColoursApplied = false;
 124
 125   /**
 126    * Default constructor
 127    */
 128   public StructureViewerBase()
 129   {
 130     super();
 131   }
 132
 133   /**
 134    * @return true if added structures should be aligned to existing one(s)
 135    */
 136   @Override
 137   public boolean isAlignAddedStructures()
 138   {
 139     return alignAddedStructures;
 140   }
 141
 142   /**
 143    *
 144    * @param true
 145    *          if added structures should be aligned to existing one(s)
 146    */
 147   @Override
 148   public void setAlignAddedStructures(boolean alignAdded)
 149   {
 150     alignAddedStructures = alignAdded;
 151   }
 152
 153   /**
 154    *
 155    * @param ap2
 156    * @return true if this Jmol instance is linked with the given alignPanel
 157    */
 158   public boolean isLinkedWith(AlignmentPanel ap2)
 159   {
 160     return _aps.contains(ap2.av.getSequenceSetId());
 161   }
 162
 163   public boolean isUsedforaligment(AlignmentPanel ap2)
 164   {
 165
 166     return (_alignwith != null) && _alignwith.contains(ap2);
 167   }
 168
 169   @Override
 170   public boolean isUsedforcolourby(AlignmentViewPanel avp)
 171   {
 172     return (_colourwith != null) && _colourwith.contains(avp);
 173   }
 174
 175   /**
 176    *
 177    * @return TRUE if the view is NOT being coloured by the alignment colours.
 178    */
 179   public boolean isColouredByViewer()
 180   {
 181     return !getBinding().isColourBySequence();
 182   }
 183
 184   public String getViewId()
 185   {
 186     if (viewId == null)
 187     {
 188       viewId = System.currentTimeMillis() + "." + this.hashCode();
 189     }
 190     return viewId;
 191   }
 192
 193   protected void setViewId(String viewId)
 194   {
 195     this.viewId = viewId;
 196   }
 197
 198   public abstract String getStateInfo();
 199
 200   protected void buildActionMenu()
 201   {
 202     if (_alignwith == null)
 203     {
 204       _alignwith = new Vector<>();
 205     }
 206     if (_alignwith.size() == 0 && ap != null)
 207     {
 208       _alignwith.add(ap);
 209     }
 210     ;
 211     for (Component c : viewerActionMenu.getMenuComponents())
 212     {
 213       if (c != alignStructs)
 214       {
 215         viewerActionMenu.remove((JMenuItem) c);
 216       }
 217     }
 218   }
 219
 220   public AlignmentPanel getAlignmentPanel()
 221   {
 222     return ap;
 223   }
 224
 225   protected void setAlignmentPanel(AlignmentPanel alp)
 226   {
 227     this.ap = alp;
 228   }
 229
 230   @Override
 231   public AlignmentPanel[] getAllAlignmentPanels()
 232   {
 233     AlignmentPanel[] t, list = new AlignmentPanel[0];
 234     for (String setid : _aps)
 235     {
 236       AlignmentPanel[] panels = PaintRefresher.getAssociatedPanels(setid);
 237       if (panels != null)
 238       {
 239         t = new AlignmentPanel[list.length + panels.length];
 240         System.arraycopy(list, 0, t, 0, list.length);
 241         System.arraycopy(panels, 0, t, list.length, panels.length);
 242         list = t;
 243       }
 244     }
 245
 246     return list;
 247   }
 248
 249   /**
 250    * set the primary alignmentPanel reference and add another alignPanel to the
 251    * list of ones to use for colouring and aligning
 252    *
 253    * @param nap
 254    */
 255   public void addAlignmentPanel(AlignmentPanel nap)
 256   {
 257     if (getAlignmentPanel() == null)
 258     {
 259       setAlignmentPanel(nap);
 260     }
 261     if (!_aps.contains(nap.av.getSequenceSetId()))
 262     {
 263       _aps.add(nap.av.getSequenceSetId());
 264     }
 265   }
 266
 267   /**
 268    * remove any references held to the given alignment panel
 269    *
 270    * @param nap
 271    */
 272   public void removeAlignmentPanel(AlignmentPanel nap)
 273   {
 274     try
 275     {
 276       _alignwith.remove(nap);
 277       _colourwith.remove(nap);
 278       if (getAlignmentPanel() == nap)
 279       {
 280         setAlignmentPanel(null);
 281         for (AlignmentPanel aps : getAllAlignmentPanels())
 282         {
 283           if (aps != nap)
 284           {
 285             setAlignmentPanel(aps);
 286             break;
 287           }
 288         }
 289       }
 290     } catch (Exception ex)
 291     {
 292     }
 293     if (getAlignmentPanel() != null)
 294     {
 295       buildActionMenu();
 296     }
 297   }
 298
 299   public void useAlignmentPanelForSuperposition(AlignmentPanel nap)
 300   {
 301     addAlignmentPanel(nap);
 302     if (!_alignwith.contains(nap))
 303     {
 304       _alignwith.add(nap);
 305     }
 306   }
 307
 308   public void excludeAlignmentPanelForSuperposition(AlignmentPanel nap)
 309   {
 310     if (_alignwith.contains(nap))
 311     {
 312       _alignwith.remove(nap);
 313     }
 314   }
 315
 316   public void useAlignmentPanelForColourbyseq(AlignmentPanel nap,
 317           boolean enableColourBySeq)
 318   {
 319     useAlignmentPanelForColourbyseq(nap);
 320     getBinding().setColourBySequence(enableColourBySeq);
 321     seqColour.setSelected(enableColourBySeq);
 322     viewerColour.setSelected(!enableColourBySeq);
 323   }
 324
 325   public void useAlignmentPanelForColourbyseq(AlignmentPanel nap)
 326   {
 327     addAlignmentPanel(nap);
 328     if (!_colourwith.contains(nap))
 329     {
 330       _colourwith.add(nap);
 331     }
 332   }
 333
 334   public void excludeAlignmentPanelForColourbyseq(AlignmentPanel nap)
 335   {
 336     if (_colourwith.contains(nap))
 337     {
 338       _colourwith.remove(nap);
 339     }
 340   }
 341
 342   public abstract ViewerType getViewerType();
 343
 344   protected abstract IProgressIndicator getIProgressIndicator();
 345
 346   /**
 347    * add a new structure (with associated sequences and chains) to this viewer,
 348    * retrieving it if necessary first.
 349    *
 350    * @param pdbentry
 351    * @param seqs
 352    * @param chains
 353    * @param align
 354    *          if true, new structure(s) will be aligned using associated
 355    *          alignment
 356    * @param alignFrame
 357    */
 358   protected void addStructure(final PDBEntry pdbentry,
 359           final SequenceI[] seqs, final String[] chains,
 360           final IProgressIndicator alignFrame)
 361   {
 362     if (pdbentry.getFile() == null)
 363     {
 364       if (worker != null && worker.isAlive())
 365       {
 366         // a retrieval is in progress, wait around and add ourselves to the
 367         // queue.
 368         new Thread(new Runnable()
 369         {
 370           @Override
 371           public void run()
 372           {
 373             while (worker != null && worker.isAlive() && _started)
 374             {
 375               try
 376               {
 377                 Thread.sleep(100 + ((int) Math.random() * 100));
 378
 379               } catch (Exception e)
 380               {
 381               }
 382             }
 383             // and call ourselves again.
 384             addStructure(pdbentry, seqs, chains, alignFrame);
 385           }
 386         }).start();
 387         return;
 388       }
 389     }
 390     // otherwise, start adding the structure.
 391     getBinding().addSequenceAndChain(new PDBEntry[] { pdbentry },
 392             new SequenceI[][]
 393             { seqs }, new String[][] { chains });
 394     addingStructures = true;
 395     _started = false;
 396     worker = new Thread(this);
 397     worker.start();
 398     return;
 399   }
 400
 401   protected boolean hasPdbId(String pdbId)
 402   {
 403     return getBinding().hasPdbId(pdbId);
 404   }
 405
 406   /**
 407    * Returns a list of any viewer of the instantiated type. The list is
 408    * restricted to those linked to the given alignment panel if it is not null.
 409    */
 410   protected List<StructureViewerBase> getViewersFor(AlignmentPanel alp)
 411   {
 412     return Desktop.instance.getStructureViewers(alp, this.getClass());
 413   }
 414
 415   @Override
 416   public void addToExistingViewer(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 417           String[] chains, final AlignmentViewPanel apanel, String pdbId)
 418   {
 419     /*
 420      * JAL-1742 exclude view with this structure already mapped (don't offer
 421      * to align chain B to chain A of the same structure); code may defend
 422      * against this possibility before we reach here
 423      */
 424     if (hasPdbId(pdbId))
 425     {
 426       return;
 427     }
 428     AlignmentPanel alignPanel = (AlignmentPanel) apanel; // Implementation error if this
 429                                                  // cast fails
 430     useAlignmentPanelForSuperposition(alignPanel);
 431     addStructure(pdbentry, seq, chains, alignPanel.alignFrame);
 432   }
 433
 434   /**
 435    * Adds mappings for the given sequences to an already opened PDB structure,
 436    * and updates any viewers that have the PDB file
 437    *
 438    * @param seq
 439    * @param chains
 440    * @param apanel
 441    * @param pdbFilename
 442    */
 443   public void addSequenceMappingsToStructure(SequenceI[] seq,
 444           String[] chains, final AlignmentViewPanel alpanel,
 445           String pdbFilename)
 446   {
 447     AlignmentPanel apanel = (AlignmentPanel) alpanel;
 448
 449     // TODO : Fix multiple seq to one chain issue here.
 450     /*
 451      * create the mappings
 452      */
 453     apanel.getStructureSelectionManager().setMapping(seq, chains,
 454             pdbFilename, DataSourceType.FILE, getIProgressIndicator());
 455
 456     /*
 457      * alert the FeatureRenderer to show new (PDB RESNUM) features
 458      */
 459     if (apanel.getSeqPanel().seqCanvas.fr != null)
 460     {
 461       apanel.getSeqPanel().seqCanvas.fr.featuresAdded();
 462       // note - we don't do a refresh for structure here because we do it
 463       // explicitly for all panels later on
 464       apanel.paintAlignment(true, false);
 465     }
 466
 467     /*
 468      * add the sequences to any other viewers (of the same type) for this pdb
 469      * file
 470      */
 471     // JBPNOTE: this looks like a binding routine, rather than a gui routine
 472     for (StructureViewerBase viewer : getViewersFor(null))
 473     {
 474       AAStructureBindingModel bindingModel = viewer.getBinding();
 475       for (int pe = 0; pe < bindingModel.getPdbCount(); pe++)
 476       {
 477         if (bindingModel.getPdbEntry(pe).getFile().equals(pdbFilename))
 478         {
 479           bindingModel.addSequence(pe, seq);
 480           viewer.addAlignmentPanel(apanel);
 481           /*
 482            * add it to the set of alignments used for colouring structure by
 483            * sequence
 484            */
 485           viewer.useAlignmentPanelForColourbyseq(apanel);
 486           viewer.buildActionMenu();
 487           apanel.getStructureSelectionManager()
 488                   .sequenceColoursChanged(apanel);
 489           break;
 490         }
 491       }
 492     }
 493   }
 494
 495   @Override
 496   public boolean addAlreadyLoadedFile(SequenceI[] seq, String[] chains,
 497           final AlignmentViewPanel apanel, String pdbId)
 498   {
 499     String alreadyMapped = apanel.getStructureSelectionManager()
 500             .alreadyMappedToFile(pdbId);
 501
 502     if (alreadyMapped == null)
 503     {
 504       return false;
 505     }
 506
 507     addSequenceMappingsToStructure(seq, chains, apanel, alreadyMapped);
 508     return true;
 509   }
 510
 511   void setChainMenuItems(List<String> chainNames)
 512   {
 513     chainMenu.removeAll();
 514     if (chainNames == null || chainNames.isEmpty())
 515     {
 516       return;
 517     }
 518     JMenuItem menuItem = new JMenuItem(
 519             MessageManager.getString("label.all"));
 520     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 521     {
 522       @Override
 523       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 524       {
 525         allChainsSelected = true;
 526         for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 527         {
 528           if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 529           {
 530             ((JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 531           }
 532         }
 533         showSelectedChains();
 534         allChainsSelected = false;
 535       }
 536     });
 537
 538     chainMenu.add(menuItem);
 539
 540     for (String chain : chainNames)
 541     {
 542       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chain, true);
 543       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 544       {
 545         @Override
 546         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 547         {
 548           if (!allChainsSelected)
 549           {
 550             showSelectedChains();
 551           }
 552         }
 553       });
 554
 555       chainMenu.add(menuItem);
 556     }
 557   }
 558
 559   abstract void showSelectedChains();
 560
 561   /**
 562    * Action on selecting one of Jalview's registered colour schemes
 563    */
 564   @Override
 565   public void changeColour_actionPerformed(String colourSchemeName)
 566   {
 567     AlignmentI al = getAlignmentPanel().av.getAlignment();
 568     ColourSchemeI cs = ColourSchemes.getInstance()
 569             .getColourScheme(colourSchemeName, getAlignmentPanel().av, al,
 570                     null);
 571     getBinding().setJalviewColourScheme(cs);
 572   }
 573
 574   /**
 575    * Builds the colour menu
 576    */
 577   protected void buildColourMenu()
 578   {
 579     colourMenu.removeAll();
 580     AlignmentI al = getAlignmentPanel().av.getAlignment();
 581
 582     /*
 583      * add colour by sequence, by chain, by charge and cysteine
 584      */
 585     colourMenu.add(seqColour);
 586     colourMenu.add(chainColour);
 587     colourMenu.add(chargeColour);
 588     chargeColour.setEnabled(!al.isNucleotide());
 589
 590     /*
 591      * add all 'simple' (per-residue) colour schemes registered to Jalview
 592      */
 593     ButtonGroup itemGroup = ColourMenuHelper.addMenuItems(colourMenu, this,
 594             al, true);
 595
 596     /*
 597      * add 'colour by viewer' (menu item text is set in subclasses)
 598      */
 599     viewerColour.setSelected(false);
 600     viewerColour.addActionListener(new ActionListener()
 601     {
 602       @Override
 603       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 604       {
 605         viewerColour_actionPerformed(actionEvent);
 606       }
 607     });
 608     colourMenu.add(viewerColour);
 609
 610     /*
 611      * add 'set background colour'
 612      */
 613     JMenuItem backGround = new JMenuItem();
 614     backGround
 615             .setText(MessageManager.getString("action.background_colour"));
 616     backGround.addActionListener(new ActionListener()
 617     {
 618       @Override
 619       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 620       {
 621         background_actionPerformed(actionEvent);
 622       }
 623     });
 624     colourMenu.add(backGround);
 625
 626     /*
 627      * add colour buttons to a group so their selection is
 628      * mutually exclusive (background colour is a separate option)
 629      */
 630     itemGroup.add(seqColour);
 631     itemGroup.add(chainColour);
 632     itemGroup.add(chargeColour);
 633     itemGroup.add(viewerColour);
 634   }
 635
 636   /**
 637    * Construct menu items
 638    */
 639   protected void initMenus()
 640   {
 641     AAStructureBindingModel binding = getBinding();
 642
 643     seqColour = new JRadioButtonMenuItem();
 644     seqColour.setText(MessageManager.getString("action.by_sequence"));
 645     seqColour.setName(ViewerColour.BySequence.name());
 646     seqColour.setSelected(binding.isColourBySequence());
 647     seqColour.addActionListener(new ActionListener()
 648     {
 649       @Override
 650       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 651       {
 652         seqColour_actionPerformed(actionEvent);
 653       }
 654     });
 655
 656     chainColour = new JRadioButtonMenuItem();
 657     chainColour.setText(MessageManager.getString("action.by_chain"));
 658     chainColour.setName(ViewerColour.ByChain.name());
 659     chainColour.addActionListener(new ActionListener()
 660     {
 661       @Override
 662       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 663       {
 664         chainColour_actionPerformed(actionEvent);
 665       }
 666     });
 667
 668     chargeColour = new JRadioButtonMenuItem();
 669     chargeColour.setText(MessageManager.getString("label.charge_cysteine"));
 670     chargeColour.setName(ViewerColour.ChargeCysteine.name());
 671     chargeColour.addActionListener(new ActionListener()
 672     {
 673       @Override
 674       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 675       {
 676         chargeColour_actionPerformed(actionEvent);
 677       }
 678     });
 679
 680     viewerColour = new JRadioButtonMenuItem();
 681     // text is set in overrides of this method
 682     viewerColour.setName(ViewerColour.ByViewer.name());
 683     viewerColour.setSelected(!binding.isColourBySequence());
 684
 685     if (_colourwith == null)
 686     {
 687       _colourwith = new Vector<>();
 688     }
 689     if (_alignwith == null)
 690     {
 691       _alignwith = new Vector<>();
 692     }
 693
 694     ViewSelectionMenu seqColourBy = new ViewSelectionMenu(
 695             MessageManager.getString("label.colour_by"), this, _colourwith,
 696             new ItemListener()
 697             {
 698               @Override
 699               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 700               {
 701                 if (!seqColour.isSelected())
 702                 {
 703                   seqColour.doClick();
 704                 }
 705                 else
 706                 {
 707                   // update the Chimera display now.
 708                   seqColour_actionPerformed(null);
 709                 }
 710               }
 711             });
 712     viewMenu.add(seqColourBy);
 713
 714     showAlignmentOnly = new JCheckBoxMenuItem("Visible alignment only");
 715     showAlignmentOnly.addActionListener(new ActionListener()
 716     {
 717       @Override
 718       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 719       {
 720         getBinding().setShowAlignmentOnly(showAlignmentOnly.isSelected());
 721         getBinding().showStructures(getAlignmentPanel().getAlignViewport(),
 722                 true);
 723       }
 724     });
 725     viewMenu.add(showAlignmentOnly);
 726
 727     final ItemListener handler = new ItemListener()
 728     {
 729       @Override
 730       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 731       {
 732         alignStructs.setEnabled(!_alignwith.isEmpty());
 733         alignStructs.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
 734                 "label.align_structures_using_linked_alignment_views",
 735                 _alignwith.size()));
 736       }
 737     };
 738     viewSelectionMenu = new ViewSelectionMenu(
 739             MessageManager.getString("label.superpose_with"), this,
 740             _alignwith, handler);
 741     handler.itemStateChanged(null);
 742     viewerActionMenu.add(viewSelectionMenu, 0);
 743     viewerActionMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 744     {
 745       @Override
 746       public void menuSelected(MenuEvent e)
 747       {
 748         handler.itemStateChanged(null);
 749       }
 750
 751       @Override
 752       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 753       {
 754       }
 755
 756       @Override
 757       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 758       {
 759       }
 760     });
 761
 762     buildColourMenu();
 763   }
 764
 765   @Override
 766   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 767   {
 768     getBinding().setJalviewColourScheme(cs);
 769   }
 770
 771   /**
 772    * Sends commands to the structure viewer to superimpose structures based on
 773    * currently associated alignments. May optionally return an error message for
 774    * the operation.
 775    */
 776   @Override
 777   protected String alignStructs_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 778   {
 779     return alignStructs_withAllAlignPanels();
 780   }
 781
 782   protected String alignStructs_withAllAlignPanels()
 783   {
 784     if (getAlignmentPanel() == null)
 785     {
 786       return null;
 787     }
 788
 789     if (_alignwith.size() == 0)
 790     {
 791       _alignwith.add(getAlignmentPanel());
 792     }
 793
 794     String reply = null;
 795     try
 796     {
 797       AlignmentI[] als = new Alignment[_alignwith.size()];
 798       HiddenColumns[] alc = new HiddenColumns[_alignwith.size()];
 799       int[] alm = new int[_alignwith.size()];
 800       int a = 0;
 801
 802       for (AlignmentViewPanel alignPanel : _alignwith)
 803       {
 804         AlignViewportI av = alignPanel.getAlignViewport();
 805         als[a] = av.getAlignment();
 806         alm[a] = -1;
 807         alc[a++] = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 808       }
 809       reply = getBinding().superposeStructures(als, alm, alc);
 810       if (reply != null)
 811       {
 812         String text = MessageManager
 813                 .formatMessage("error.superposition_failed", reply);
 814         statusBar.setText(text);
 815       }
 816     } catch (Exception e)
 817     {
 818       StringBuffer sp = new StringBuffer();
 819       for (AlignmentViewPanel avp : _alignwith)
 820       {
 821         sp.append(
 822                 "'" + ((AlignmentPanel) avp).alignFrame.getTitle() + "' ");
 823       }
 824       Cache.log.info("Couldn't align structures with the " + sp.toString()
 825               + "associated alignment panels.", e);
 826     }
 827     return reply;
 828   }
 829
 830   @Override
 831   public void background_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 832   {
 833     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 834             MessageManager.getString("label.select_background_colour"),
 835             null);
 836     if (col != null)
 837     {
 838       getBinding().setBackgroundColour(col);
 839     }
 840   }
 841
 842   @Override
 843   public void viewerColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 844   {
 845     if (viewerColour.isSelected())
 846     {
 847       // disable automatic sequence colouring.
 848       getBinding().setColourBySequence(false);
 849     }
 850   }
 851
 852   @Override
 853   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 854   {
 855     chainColour.setSelected(true);
 856     getBinding().colourByChain();
 857   }
 858
 859   @Override
 860   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 861   {
 862     chargeColour.setSelected(true);
 863     getBinding().colourByCharge();
 864   }
 865
 866   @Override
 867   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 868   {
 869     AAStructureBindingModel binding = getBinding();
 870     binding.setColourBySequence(seqColour.isSelected());
 871     if (_colourwith == null)
 872     {
 873       _colourwith = new Vector<>();
 874     }
 875     if (binding.isColourBySequence())
 876     {
 877       if (!binding.isLoadingFromArchive())
 878       {
 879         if (_colourwith.size() == 0 && getAlignmentPanel() != null)
 880         {
 881           // Make the currently displayed alignment panel the associated view
 882           _colourwith.add(getAlignmentPanel().alignFrame.alignPanel);
 883         }
 884       }
 885       // Set the colour using the current view for the associated alignframe
 886       for (AlignmentViewPanel avp : _colourwith)
 887       {
 888         binding.colourBySequence(avp);
 889       }
 890       seqColoursApplied = true;
 891     }
 892   }
 893
 894   @Override
 895   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 896   {
 897     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 898             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 899
 900     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 901     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_pdb_file"));
 902     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 903
 904     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 905
 906     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 907     {
 908       BufferedReader in = null;
 909       try
 910       {
 911         // TODO: cope with multiple PDB files in view
 912         in = new BufferedReader(
 913                 new FileReader(getBinding().getStructureFiles()[0]));
 914         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 915
 916         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 917         String data;
 918         while ((data = in.readLine()) != null)
 919         {
 920           if (!(data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1))
 921           {
 922             out.println(data);
 923           }
 924         }
 925         out.close();
 926       } catch (Exception ex)
 927       {
 928         ex.printStackTrace();
 929       } finally
 930       {
 931         if (in != null)
 932         {
 933           try
 934           {
 935             in.close();
 936           } catch (IOException e)
 937           {
 938             // ignore
 939           }
 940         }
 941       }
 942     }
 943   }
 944
 945   @Override
 946   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 947   {
 948     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 949     try
 950     {
 951       cap.appendText(getBinding().printMappings());
 952     } catch (OutOfMemoryError e)
 953     {
 954       new OOMWarning(
 955               "composing sequence-structure alignments for display in text box.",
 956               e);
 957       cap.dispose();
 958       return;
 959     }
 960     Desktop.addInternalFrame(cap,
 961             MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"), 550,
 962             600);
 963   }
 964
 965   protected abstract String getViewerName();
 966
 967   /**
 968    * Configures the title and menu items of the viewer panel.
 969    */
 970   @Override
 971   public void updateTitleAndMenus()
 972   {
 973     AAStructureBindingModel binding = getBinding();
 974     if (binding.hasFileLoadingError())
 975     {
 976       repaint();
 977       return;
 978     }
 979     setChainMenuItems(binding.getChainNames());
 980
 981     this.setTitle(binding.getViewerTitle(getViewerName(), true));
 982
 983     /*
 984      * enable 'Superpose with' if more than one mapped structure
 985      */
 986     viewSelectionMenu.setEnabled(false);
 987     if (getBinding().getStructureFiles().length > 1
 988             && getBinding().getSequence().length > 1)
 989     {
 990       viewSelectionMenu.setEnabled(true);
 991     }
 992
 993     /*
 994      * Show action menu if it has any enabled items
 995      */
 996     viewerActionMenu.setVisible(false);
 997     for (int i = 0; i < viewerActionMenu.getItemCount(); i++)
 998     {
 999       if (viewerActionMenu.getItem(i).isEnabled())
1000       {
1001         viewerActionMenu.setVisible(true);
1002         break;
1003       }
1004     }
1005
1006     if (!binding.isLoadingFromArchive())
1007     {
1008       seqColour_actionPerformed(null);
1009     }
1010   }
1011
1012   @Override
1013   public String toString()
1014   {
1015     return getTitle();
1016   }
1017
1018   @Override
1019   public boolean hasMapping()
1020   {
1021     if (worker != null && (addingStructures || _started))
1022     {
1023       return false;
1024     }
1025     if (getBinding() == null)
1026     {
1027       if (_aps == null || _aps.size() == 0)
1028       {
1029         // viewer has been closed, but we did at some point run.
1030         return true;
1031       }
1032       return false;
1033     }
1034     String[] pdbids = getBinding().getStructureFiles();
1035     if (pdbids == null)
1036     {
1037       return false;
1038     }
1039     int p=0;
1040     for (String pdbid:pdbids) {
1041       StructureMapping sm[] = getBinding().getSsm().getMapping(pdbid);
1042       if (sm!=null && sm.length>0 && sm[0]!=null) {
1043         p++;
1044       }
1045     }
1046     // only return true if there is a mapping for every structure file we have loaded
1047     if (p == 0 || p != pdbids.length)
1048     {
1049       return false;
1050     }
1051     // and that coloring has been applied
1052     return seqColoursApplied;
1053   }
1054
1055   @Override
1056   public void raiseViewer()
1057   {
1058     toFront();
1059   }
1060
1061 }