src/jalview/gui/TreeCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.analysis.NJTree;
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.datamodel.SequenceNode;
  30 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  31 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  32 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  33 import jalview.structure.SelectionSource;
  34 import jalview.util.Format;
  35 import jalview.util.MappingUtils;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.Dimension;
  40 import java.awt.Font;
  41 import java.awt.FontMetrics;
  42 import java.awt.Graphics;
  43 import java.awt.Graphics2D;
  44 import java.awt.Point;
  45 import java.awt.Rectangle;
  46 import java.awt.RenderingHints;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.MouseListener;
  49 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  50 import java.awt.print.PageFormat;
  51 import java.awt.print.Printable;
  52 import java.awt.print.PrinterException;
  53 import java.awt.print.PrinterJob;
  54 import java.util.Enumeration;
  55 import java.util.Hashtable;
  56 import java.util.Vector;
  57
  58 import javax.swing.JColorChooser;
  59 import javax.swing.JPanel;
  60 import javax.swing.JScrollPane;
  61 import javax.swing.SwingUtilities;
  62 import javax.swing.ToolTipManager;
  63
  64 /**
  65  * DOCUMENT ME!
  66  *
  67  * @author $author$
  68  * @version $Revision$
  69  */
  70 public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
  71         Printable, MouseMotionListener, SelectionSource
  72 {
  73   /** DOCUMENT ME!! */
  74   public static final String PLACEHOLDER = " * ";
  75
  76   NJTree tree;
  77
  78   JScrollPane scrollPane;
  79
  80   TreePanel tp;
  81
  82   AlignViewport av;
  83
  84   AlignmentPanel ap;
  85
  86   Font font;
  87
  88   FontMetrics fm;
  89
  90   boolean fitToWindow = true;
  91
  92   boolean showDistances = false;
  93
  94   boolean showBootstrap = false;
  95
  96   boolean markPlaceholders = false;
  97
  98   int offx = 20;
  99
 100   int offy;
 101
 102   float threshold;
 103
 104   String longestName;
 105
 106   int labelLength = -1;
 107
 108   Hashtable nameHash = new Hashtable();
 109
 110   Hashtable nodeHash = new Hashtable();
 111
 112   SequenceNode highlightNode;
 113
 114   boolean applyToAllViews = false;
 115
 116   /**
 117    * Creates a new TreeCanvas object.
 118    *
 119    * @param av
 120    *          DOCUMENT ME!
 121    * @param tree
 122    *          DOCUMENT ME!
 123    * @param scroller
 124    *          DOCUMENT ME!
 125    * @param label
 126    *          DOCUMENT ME!
 127    */
 128   public TreeCanvas(TreePanel tp, AlignmentPanel ap, JScrollPane scroller)
 129   {
 130     this.tp = tp;
 131     this.av = ap.av;
 132     this.ap = ap;
 133     font = av.getFont();
 134     scrollPane = scroller;
 135     addMouseListener(this);
 136     addMouseMotionListener(this);
 137     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 138   }
 139
 140   /**
 141    * DOCUMENT ME!
 142    *
 143    * @param sequence
 144    *          DOCUMENT ME!
 145    */
 146   public void treeSelectionChanged(SequenceI sequence)
 147   {
 148     AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
 149
 150     for (int a = 0; a < aps.length; a++)
 151     {
 152       SequenceGroup selected = aps[a].av.getSelectionGroup();
 153
 154       if (selected == null)
 155       {
 156         selected = new SequenceGroup();
 157         aps[a].av.setSelectionGroup(selected);
 158       }
 159
 160       selected.setEndRes(aps[a].av.getAlignment().getWidth() - 1);
 161       selected.addOrRemove(sequence, true);
 162     }
 163   }
 164
 165   /**
 166    * DOCUMENT ME!
 167    *
 168    * @param tree
 169    *          DOCUMENT ME!
 170    */
 171   public void setTree(NJTree tree)
 172   {
 173     this.tree = tree;
 174     tree.findHeight(tree.getTopNode());
 175
 176     // Now have to calculate longest name based on the leaves
 177     Vector<SequenceNode> leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode());
 178     boolean has_placeholders = false;
 179     longestName = "";
 180
 181     for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)
 182     {
 183       SequenceNode lf = leaves.elementAt(i);
 184
 185       if (lf.isPlaceholder())
 186       {
 187         has_placeholders = true;
 188       }
 189
 190       if (longestName.length() < ((Sequence) lf.element()).getName()
 191               .length())
 192       {
 193         longestName = TreeCanvas.PLACEHOLDER
 194                 + ((Sequence) lf.element()).getName();
 195       }
 196     }
 197
 198     setMarkPlaceholders(has_placeholders);
 199   }
 200
 201   /**
 202    * DOCUMENT ME!
 203    *
 204    * @param g
 205    *          DOCUMENT ME!
 206    * @param node
 207    *          DOCUMENT ME!
 208    * @param chunk
 209    *          DOCUMENT ME!
 210    * @param scale
 211    *          DOCUMENT ME!
 212    * @param width
 213    *          DOCUMENT ME!
 214    * @param offx
 215    *          DOCUMENT ME!
 216    * @param offy
 217    *          DOCUMENT ME!
 218    */
 219   public void drawNode(Graphics g, SequenceNode node, float chunk,
 220           float scale, int width, int offx, int offy)
 221   {
 222     if (node == null)
 223     {
 224       return;
 225     }
 226
 227     if ((node.left() == null) && (node.right() == null))
 228     {
 229       // Drawing leaf node
 230       float height = node.height;
 231       float dist = node.dist;
 232
 233       int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;
 234       int xend = (int) (height * scale) + offx;
 235
 236       int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;
 237
 238       if (node.element() instanceof SequenceI)
 239       {
 240         SequenceI seq = (SequenceI) node.element();
 241
 242         if (av.getSequenceColour(seq) == Color.white)
 243         {
 244           g.setColor(Color.black);
 245         }
 246         else
 247         {
 248           g.setColor(av.getSequenceColour(seq).darker());
 249         }
 250       }
 251       else
 252       {
 253         g.setColor(Color.black);
 254       }
 255
 256       // Draw horizontal line
 257       g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);
 258
 259       String nodeLabel = "";
 260
 261       if (showDistances && (node.dist > 0))
 262       {
 263         nodeLabel = new Format("%-.2f").form(node.dist);
 264       }
 265
 266       if (showBootstrap && node.bootstrap > -1)
 267       {
 268         if (showDistances)
 269         {
 270           nodeLabel = nodeLabel + " : ";
 271         }
 272
 273         nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.bootstrap);
 274       }
 275
 276       if (!nodeLabel.equals(""))
 277       {
 278         g.drawString(nodeLabel, xstart + 2, ypos - 2);
 279       }
 280
 281       String name = (markPlaceholders && node.isPlaceholder()) ? (PLACEHOLDER + node
 282               .getName()) : node.getName();
 283
 284       int charWidth = fm.stringWidth(name) + 3;
 285       int charHeight = font.getSize();
 286
 287       Rectangle rect = new Rectangle(xend + 10, ypos - charHeight / 2,
 288               charWidth, charHeight);
 289
 290       nameHash.put(node.element(), rect);
 291
 292       // Colour selected leaves differently
 293       SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();
 294
 295       if ((selected != null)
 296               && selected.getSequences(null).contains(node.element()))
 297       {
 298         g.setColor(Color.gray);
 299
 300         g.fillRect(xend + 10, ypos - charHeight / 2, charWidth, charHeight);
 301         g.setColor(Color.white);
 302       }
 303
 304       g.drawString(name, xend + 10, ypos + fm.getDescent());
 305       g.setColor(Color.black);
 306     }
 307     else
 308     {
 309       drawNode(g, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width, offx,
 310               offy);
 311       drawNode(g, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width, offx,
 312               offy);
 313
 314       float height = node.height;
 315       float dist = node.dist;
 316
 317       int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;
 318       int xend = (int) (height * scale) + offx;
 319       int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;
 320
 321       g.setColor(node.color.darker());
 322
 323       // Draw horizontal line
 324       g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);
 325       if (node == highlightNode)
 326       {
 327         g.fillRect(xend - 3, ypos - 3, 6, 6);
 328       }
 329       else
 330       {
 331         g.fillRect(xend - 2, ypos - 2, 4, 4);
 332       }
 333
 334       int ystart = (int) (((SequenceNode) node.left()).ycount * chunk)
 335               + offy;
 336       int yend = (int) (((SequenceNode) node.right()).ycount * chunk)
 337               + offy;
 338
 339       Rectangle pos = new Rectangle(xend - 2, ypos - 2, 5, 5);
 340       nodeHash.put(node, pos);
 341
 342       g.drawLine((int) (height * scale) + offx, ystart,
 343               (int) (height * scale) + offx, yend);
 344
 345       String nodeLabel = "";
 346
 347       if (showDistances && (node.dist > 0))
 348       {
 349         nodeLabel = new Format("%-.2f").form(node.dist);
 350       }
 351
 352       if (showBootstrap && node.bootstrap > -1)
 353       {
 354         if (showDistances)
 355         {
 356           nodeLabel = nodeLabel + " : ";
 357         }
 358
 359         nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.bootstrap);
 360       }
 361
 362       if (!nodeLabel.equals(""))
 363       {
 364         g.drawString(nodeLabel, xstart + 2, ypos - 2);
 365       }
 366     }
 367   }
 368
 369   /**
 370    * DOCUMENT ME!
 371    *
 372    * @param x
 373    *          DOCUMENT ME!
 374    * @param y
 375    *          DOCUMENT ME!
 376    *
 377    * @return DOCUMENT ME!
 378    */
 379   public Object findElement(int x, int y)
 380   {
 381     Enumeration keys = nameHash.keys();
 382
 383     while (keys.hasMoreElements())
 384     {
 385       Object ob = keys.nextElement();
 386       Rectangle rect = (Rectangle) nameHash.get(ob);
 387
 388       if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y)
 389               && (y <= (rect.y + rect.height)))
 390       {
 391         return ob;
 392       }
 393     }
 394
 395     keys = nodeHash.keys();
 396
 397     while (keys.hasMoreElements())
 398     {
 399       Object ob = keys.nextElement();
 400       Rectangle rect = (Rectangle) nodeHash.get(ob);
 401
 402       if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y)
 403               && (y <= (rect.y + rect.height)))
 404       {
 405         return ob;
 406       }
 407     }
 408
 409     return null;
 410   }
 411
 412   /**
 413    * DOCUMENT ME!
 414    *
 415    * @param pickBox
 416    *          DOCUMENT ME!
 417    */
 418   public void pickNodes(Rectangle pickBox)
 419   {
 420     int width = getWidth();
 421     int height = getHeight();
 422
 423     SequenceNode top = tree.getTopNode();
 424
 425     float wscale = (float) ((width * .8) - (offx * 2))
 426             / tree.getMaxHeight();
 427
 428     if (top.count == 0)
 429     {
 430       top.count = ((SequenceNode) top.left()).count
 431               + ((SequenceNode) top.right()).count;
 432     }
 433
 434     float chunk = (float) (height - (offy)) / top.count;
 435
 436     pickNode(pickBox, top, chunk, wscale, width, offx, offy);
 437   }
 438
 439   /**
 440    * DOCUMENT ME!
 441    *
 442    * @param pickBox
 443    *          DOCUMENT ME!
 444    * @param node
 445    *          DOCUMENT ME!
 446    * @param chunk
 447    *          DOCUMENT ME!
 448    * @param scale
 449    *          DOCUMENT ME!
 450    * @param width
 451    *          DOCUMENT ME!
 452    * @param offx
 453    *          DOCUMENT ME!
 454    * @param offy
 455    *          DOCUMENT ME!
 456    */
 457   public void pickNode(Rectangle pickBox, SequenceNode node, float chunk,
 458           float scale, int width, int offx, int offy)
 459   {
 460     if (node == null)
 461     {
 462       return;
 463     }
 464
 465     if ((node.left() == null) && (node.right() == null))
 466     {
 467       float height = node.height;
 468       float dist = node.dist;
 469
 470       int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;
 471       int xend = (int) (height * scale) + offx;
 472
 473       int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;
 474
 475       if (pickBox.contains(new Point(xend, ypos)))
 476       {
 477         if (node.element() instanceof SequenceI)
 478         {
 479           SequenceI seq = (SequenceI) node.element();
 480           SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 481
 482           if (sg != null)
 483           {
 484             sg.addOrRemove(seq, true);
 485           }
 486         }
 487       }
 488     }
 489     else
 490     {
 491       pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width,
 492               offx, offy);
 493       pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width,
 494               offx, offy);
 495     }
 496   }
 497
 498   /**
 499    * DOCUMENT ME!
 500    *
 501    * @param node
 502    *          DOCUMENT ME!
 503    * @param c
 504    *          DOCUMENT ME!
 505    */
 506   public void setColor(SequenceNode node, Color c)
 507   {
 508     if (node == null)
 509     {
 510       return;
 511     }
 512
 513     if ((node.left() == null) && (node.right() == null)) // TODO: internal node
 514     {
 515       node.color = c;
 516
 517       if (node.element() instanceof SequenceI)
 518       {
 519         AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
 520         if (aps != null)
 521         {
 522           for (int a = 0; a < aps.length; a++)
 523           {
 524             final SequenceI seq = (SequenceI) node.element();
 525             aps[a].av.setSequenceColour(seq, c);
 526           }
 527         }
 528       }
 529     }
 530     else
 531     {
 532       node.color = c;
 533       setColor((SequenceNode) node.left(), c);
 534       setColor((SequenceNode) node.right(), c);
 535     }
 536   }
 537
 538   /**
 539    * DOCUMENT ME!
 540    */
 541   void startPrinting()
 542   {
 543     Thread thread = new Thread(this);
 544     thread.start();
 545   }
 546
 547   // put printing in a thread to avoid painting problems
 548   @Override
 549   public void run()
 550   {
 551     PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 552     PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());
 553
 554     printJob.setPrintable(this, pf);
 555
 556     if (printJob.printDialog())
 557     {
 558       try
 559       {
 560         printJob.print();
 561       } catch (Exception PrintException)
 562       {
 563         PrintException.printStackTrace();
 564       }
 565     }
 566   }
 567
 568   /**
 569    * DOCUMENT ME!
 570    *
 571    * @param pg
 572    *          DOCUMENT ME!
 573    * @param pf
 574    *          DOCUMENT ME!
 575    * @param pi
 576    *          DOCUMENT ME!
 577    *
 578    * @return DOCUMENT ME!
 579    *
 580    * @throws PrinterException
 581    *           DOCUMENT ME!
 582    */
 583   @Override
 584   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 585           throws PrinterException
 586   {
 587     pg.setFont(font);
 588     pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 589
 590     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();
 591     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();
 592
 593     int noPages = getHeight() / pheight;
 594
 595     if (pi > noPages)
 596     {
 597       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 598     }
 599
 600     if (pwidth > getWidth())
 601     {
 602       pwidth = getWidth();
 603     }
 604
 605     if (fitToWindow)
 606     {
 607       if (pheight > getHeight())
 608       {
 609         pheight = getHeight();
 610       }
 611
 612       noPages = 0;
 613     }
 614     else
 615     {
 616       FontMetrics fm = pg.getFontMetrics(font);
 617       int height = fm.getHeight() * nameHash.size();
 618       pg.translate(0, -pi * pheight);
 619       pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, (pi * pheight) + pheight);
 620
 621       // translate number of pages,
 622       // height is screen size as this is the
 623       // non overlapping text size
 624       pheight = height;
 625     }
 626
 627     draw(pg, pwidth, pheight);
 628
 629     return Printable.PAGE_EXISTS;
 630   }
 631
 632   /**
 633    * DOCUMENT ME!
 634    *
 635    * @param g
 636    *          DOCUMENT ME!
 637    */
 638   @Override
 639   public void paintComponent(Graphics g)
 640   {
 641     super.paintComponent(g);
 642     g.setFont(font);
 643
 644     if (tree == null)
 645     {
 646       g.drawString(MessageManager.getString("label.calculating_tree")
 647               + "....", 20, getHeight() / 2);
 648     }
 649     else
 650     {
 651       fm = g.getFontMetrics(font);
 652
 653       if (nameHash.size() == 0)
 654       {
 655         repaint();
 656       }
 657
 658       if (fitToWindow
 659               || (!fitToWindow && (scrollPane.getHeight() > ((fm
 660                       .getHeight() * nameHash.size()) + offy))))
 661       {
 662         draw(g, scrollPane.getWidth(), scrollPane.getHeight());
 663         setPreferredSize(null);
 664       }
 665       else
 666       {
 667         setPreferredSize(new Dimension(scrollPane.getWidth(),
 668                 fm.getHeight() * nameHash.size()));
 669         draw(g, scrollPane.getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size());
 670       }
 671
 672       scrollPane.revalidate();
 673     }
 674   }
 675
 676   /**
 677    * DOCUMENT ME!
 678    *
 679    * @param fontSize
 680    *          DOCUMENT ME!
 681    */
 682   @Override
 683   public void setFont(Font font)
 684   {
 685     this.font = font;
 686     repaint();
 687   }
 688
 689   /**
 690    * DOCUMENT ME!
 691    *
 692    * @param g1
 693    *          DOCUMENT ME!
 694    * @param width
 695    *          DOCUMENT ME!
 696    * @param height
 697    *          DOCUMENT ME!
 698    */
 699   public void draw(Graphics g1, int width, int height)
 700   {
 701     Graphics2D g2 = (Graphics2D) g1;
 702     g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 703             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 704     g2.setColor(Color.white);
 705     g2.fillRect(0, 0, width, height);
 706     g2.setFont(font);
 707
 708     if (longestName == null || tree == null)
 709     {
 710       g2.drawString("Calculating tree.", 20, 20);
 711     }
 712     offy = font.getSize() + 10;
 713
 714     fm = g2.getFontMetrics(font);
 715
 716     labelLength = fm.stringWidth(longestName) + 20; // 20 allows for scrollbar
 717
 718     float wscale = (width - labelLength - (offx * 2)) / tree.getMaxHeight();
 719
 720     SequenceNode top = tree.getTopNode();
 721
 722     if (top.count == 0)
 723     {
 724       top.count = ((SequenceNode) top.left()).count
 725               + ((SequenceNode) top.right()).count;
 726     }
 727
 728     float chunk = (float) (height - (offy)) / top.count;
 729
 730     drawNode(g2, tree.getTopNode(), chunk, wscale, width, offx, offy);
 731
 732     if (threshold != 0)
 733     {
 734       if (av.getCurrentTree() == tree)
 735       {
 736         g2.setColor(Color.red);
 737       }
 738       else
 739       {
 740         g2.setColor(Color.gray);
 741       }
 742
 743       int x = (int) ((threshold * (getWidth() - labelLength - (2 * offx))) + offx);
 744
 745       g2.drawLine(x, 0, x, getHeight());
 746     }
 747   }
 748
 749   /**
 750    * Empty method to satisfy the MouseListener interface
 751    *
 752    * @param e
 753    */
 754   @Override
 755   public void mouseReleased(MouseEvent e)
 756   {
 757     /*
 758      * isPopupTrigger is set on mouseReleased on Windows
 759      */
 760     if (e.isPopupTrigger())
 761     {
 762       chooseSubtreeColour();
 763       e.consume(); // prevent mouseClicked happening
 764     }
 765   }
 766
 767   /**
 768    * Empty method to satisfy the MouseListener interface
 769    *
 770    * @param e
 771    */
 772   @Override
 773   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 774   {
 775   }
 776
 777   /**
 778    * Empty method to satisfy the MouseListener interface
 779    *
 780    * @param e
 781    */
 782   @Override
 783   public void mouseExited(MouseEvent e)
 784   {
 785   }
 786
 787   /**
 788    * Handles a mouse click on a tree node (clicks elsewhere are handled in
 789    * mousePressed). Click selects the sub-tree, double-click swaps leaf nodes
 790    * order, right-click opens a dialogue to choose colour for the sub-tree.
 791    *
 792    * @param e
 793    */
 794   @Override
 795   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 796   {
 797     if (highlightNode == null)
 798     {
 799       return;
 800     }
 801
 802     if (evt.getClickCount() > 1)
 803     {
 804       tree.swapNodes(highlightNode);
 805       tree.reCount(tree.getTopNode());
 806       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 807     }
 808     else
 809     {
 810       Vector<SequenceNode> leaves = tree.findLeaves(highlightNode);
 811
 812       for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)
 813       {
 814         SequenceI seq = (SequenceI) leaves.elementAt(i).element();
 815         treeSelectionChanged(seq);
 816       }
 817       av.sendSelection();
 818     }
 819
 820     PaintRefresher.Refresh(tp, av.getSequenceSetId());
 821     repaint();
 822   }
 823
 824   /**
 825    * Offer the user the option to choose a colour for the highlighted node and
 826    * its children; this colour is also applied to the corresponding sequence ids
 827    * in the alignment
 828    */
 829   void chooseSubtreeColour()
 830   {
 831     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 832             MessageManager.getString("label.select_subtree_colour"),
 833             highlightNode.color);
 834     if (col != null)
 835     {
 836       setColor(highlightNode, col);
 837       PaintRefresher.Refresh(tp, ap.av.getSequenceSetId());
 838       repaint();
 839     }
 840   }
 841
 842   @Override
 843   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 844   {
 845     av.setCurrentTree(tree);
 846
 847     Object ob = findElement(evt.getX(), evt.getY());
 848
 849     if (ob instanceof SequenceNode)
 850     {
 851       highlightNode = (SequenceNode) ob;
 852       this.setToolTipText("<html>"
 853               + MessageManager.getString("label.highlightnode"));
 854       repaint();
 855
 856     }
 857     else
 858     {
 859       if (highlightNode != null)
 860       {
 861         highlightNode = null;
 862         setToolTipText(null);
 863         repaint();
 864       }
 865     }
 866   }
 867
 868   @Override
 869   public void mouseDragged(MouseEvent ect)
 870   {
 871   }
 872
 873   /**
 874    * Handles a mouse press on a sequence name or the tree background canvas
 875    * (click on a node is handled in mouseClicked). The action is to create
 876    * groups by partitioning the tree at the mouse position. Colours for the
 877    * groups (and sequence names) are generated randomly.
 878    *
 879    * @param e
 880    */
 881   @Override
 882   public void mousePressed(MouseEvent e)
 883   {
 884     av.setCurrentTree(tree);
 885
 886     /*
 887      * isPopupTrigger is set for mousePressed (Mac)
 888      * or mouseReleased (Windows)
 889      */
 890     if (e.isPopupTrigger())
 891     {
 892       if (highlightNode != null)
 893       {
 894         chooseSubtreeColour();
 895       }
 896       return;
 897     }
 898
 899     /*
 900      * defer right-click handling on Windows to
 901      * mouseClicked; note isRightMouseButton
 902      * also matches Cmd-click on Mac which should do
 903      * nothing here
 904      */
 905     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 906     {
 907       return;
 908     }
 909
 910     int x = e.getX();
 911     int y = e.getY();
 912
 913     Object ob = findElement(x, y);
 914
 915     if (ob instanceof SequenceI)
 916     {
 917       treeSelectionChanged((Sequence) ob);
 918       PaintRefresher.Refresh(tp, ap.av.getSequenceSetId());
 919       repaint();
 920       av.sendSelection();
 921       return;
 922     }
 923     else if (!(ob instanceof SequenceNode))
 924     {
 925       // Find threshold
 926       if (tree.getMaxHeight() != 0)
 927       {
 928         threshold = (float) (x - offx)
 929                 / (float) (getWidth() - labelLength - (2 * offx));
 930
 931         tree.getGroups().removeAllElements();
 932         tree.groupNodes(tree.getTopNode(), threshold);
 933         setColor(tree.getTopNode(), Color.black);
 934
 935         AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
 936
 937         // TODO push calls below into a single AlignViewportI method?
 938         // see also AlignViewController.deleteGroups
 939         for (int a = 0; a < aps.length; a++)
 940         {
 941           aps[a].av.setSelectionGroup(null);
 942           aps[a].av.getAlignment().deleteAllGroups();
 943           aps[a].av.clearSequenceColours();
 944           if (aps[a].av.getCodingComplement() != null)
 945           {
 946             aps[a].av.getCodingComplement().setSelectionGroup(null);
 947             aps[a].av.getCodingComplement().getAlignment()
 948                     .deleteAllGroups();
 949             aps[a].av.getCodingComplement().clearSequenceColours();
 950           }
 951         }
 952         colourGroups();
 953       }
 954
 955       PaintRefresher.Refresh(tp, ap.av.getSequenceSetId());
 956       repaint();
 957     }
 958
 959   }
 960
 961   void colourGroups()
 962   {
 963     AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
 964     for (int i = 0; i < tree.getGroups().size(); i++)
 965     {
 966       Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),
 967               (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));
 968       setColor(tree.getGroups().elementAt(i), col.brighter());
 969
 970       Vector<SequenceNode> l = tree.findLeaves(tree.getGroups()
 971               .elementAt(i));
 972
 973       Vector<SequenceI> sequences = new Vector<SequenceI>();
 974
 975       for (int j = 0; j < l.size(); j++)
 976       {
 977         SequenceI s1 = (SequenceI) l.elementAt(j).element();
 978
 979         if (!sequences.contains(s1))
 980         {
 981           sequences.addElement(s1);
 982         }
 983       }
 984
 985       ColourSchemeI cs = null;
 986       SequenceGroup sg = new SequenceGroup(sequences, null, cs, true, true,
 987               false, 0, av.getAlignment().getWidth() - 1);
 988
 989       if (av.getGlobalColourScheme() != null)
 990       {
 991         if (av.getGlobalColourScheme() instanceof UserColourScheme)
 992         {
 993           cs = new UserColourScheme(
 994                   ((UserColourScheme) av.getGlobalColourScheme())
 995                           .getColours());
 996
 997         }
 998         else
 999         {
1000           cs = ColourSchemeProperty.getColour(sg, ColourSchemeProperty
1001                   .getColourName(av.getGlobalColourScheme()));
1002         }
1003         // cs is null if shading is an annotationColourGradient
1004         if (cs != null)
1005         {
1006           cs.setThreshold(av.getGlobalColourScheme().getThreshold(),
1007                   av.isIgnoreGapsConsensus());
1008         }
1009       }
1010       sg.cs = cs;
1011       // sg.recalcConservation();
1012       sg.setName("JTreeGroup:" + sg.hashCode());
1013       sg.setIdColour(col);
1014
1015       for (int a = 0; a < aps.length; a++)
1016       {
1017         if (aps[a].av.getGlobalColourScheme() != null
1018                 && aps[a].av.getGlobalColourScheme().conservationApplied())
1019         {
1020           Conservation c = new Conservation("Group", 3,
1021                   sg.getSequences(null), sg.getStartRes(), sg.getEndRes());
1022           c.calculate();
1023           c.verdict(false, aps[a].av.getConsPercGaps());
1024           sg.cs.setConservation(c);
1025         }
1026
1027         aps[a].av.getAlignment().addGroup(new SequenceGroup(sg));
1028         // TODO can we push all of the below into AlignViewportI?
1029         final AlignViewportI codingComplement = aps[a].av
1030                 .getCodingComplement();
1031         if (codingComplement != null)
1032         {
1033           SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, av,
1034                   codingComplement);
1035           if (mappedGroup.getSequences().size() > 0)
1036           {
1037             codingComplement.getAlignment().addGroup(mappedGroup);
1038             for (SequenceI seq : mappedGroup.getSequences())
1039             {
1040               codingComplement.setSequenceColour(seq, col.brighter());
1041             }
1042           }
1043         }
1044       }
1045     }
1046
1047     // notify the panel(s) to redo any group specific stuff.
1048     for (int a = 0; a < aps.length; a++)
1049     {
1050       aps[a].updateAnnotation();
1051       // TODO: JAL-868 - need to ensure view colour change message is broadcast
1052       // to any Jmols listening in
1053       final AlignViewportI codingComplement = aps[a].av
1054               .getCodingComplement();
1055       if (codingComplement != null)
1056       {
1057         ((AlignViewport) codingComplement).getAlignPanel()
1058                 .updateAnnotation();
1059       }
1060     }
1061   }
1062
1063   /**
1064    * DOCUMENT ME!
1065    *
1066    * @param state
1067    *          DOCUMENT ME!
1068    */
1069   public void setShowDistances(boolean state)
1070   {
1071     this.showDistances = state;
1072     repaint();
1073   }
1074
1075   /**
1076    * DOCUMENT ME!
1077    *
1078    * @param state
1079    *          DOCUMENT ME!
1080    */
1081   public void setShowBootstrap(boolean state)
1082   {
1083     this.showBootstrap = state;
1084     repaint();
1085   }
1086
1087   /**
1088    * DOCUMENT ME!
1089    *
1090    * @param state
1091    *          DOCUMENT ME!
1092    */
1093   public void setMarkPlaceholders(boolean state)
1094   {
1095     this.markPlaceholders = state;
1096     repaint();
1097   }
1098
1099   AlignmentPanel[] getAssociatedPanels()
1100   {
1101     if (applyToAllViews)
1102     {
1103       return PaintRefresher.getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
1104     }
1105     else
1106     {
1107       return new AlignmentPanel[] { ap };
1108     }
1109   }
1110 }