src/jalview/gui/TreeCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.util.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import java.awt.print.*;\r
  32 \r
  33 import java.util.*;\r
  34 \r
  35 import javax.swing.*;\r
  36 \r
  37 \r
  38 /**\r
  39  * DOCUMENT ME!\r
  40  *\r
  41  * @author $author$\r
  42  * @version $Revision$\r
  43  */\r
  44 public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,\r
  45     Printable, MouseMotionListener\r
  46 {\r
  47     /** DOCUMENT ME!! */\r
  48     public static final String PLACEHOLDER = " * ";\r
  49     NJTree tree;\r
  50     JScrollPane scrollPane;\r
  51     AlignViewport av;\r
  52     AlignmentPanel ap;\r
  53     Font font;\r
  54     FontMetrics fm;\r
  55     boolean fitToWindow = true;\r
  56     boolean showDistances = false;\r
  57     boolean showBootstrap = false;\r
  58     boolean markPlaceholders = false;\r
  59     int offx = 20;\r
  60     int offy;\r
  61     float threshold;\r
  62     String longestName;\r
  63     int labelLength = -1;\r
  64 \r
  65     Hashtable nameHash = new Hashtable();\r
  66     Hashtable nodeHash = new Hashtable();\r
  67     SequenceNode highlightNode;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Creates a new TreeCanvas object.\r
  71      *\r
  72      * @param av DOCUMENT ME!\r
  73      * @param tree DOCUMENT ME!\r
  74      * @param scroller DOCUMENT ME!\r
  75      * @param label DOCUMENT ME!\r
  76      */\r
  77     public TreeCanvas(AlignmentPanel ap, JScrollPane scroller)\r
  78     {\r
  79         this.av = ap.av;\r
  80         this.ap = ap;\r
  81         font = av.getFont();\r
  82         scrollPane = scroller;\r
  83         addMouseListener(this);\r
  84         addMouseMotionListener(this);\r
  85         PaintRefresher.Register(this, ap.av.getSequenceSetId());\r
  86         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  87     }\r
  88 \r
  89 \r
  90     /**\r
  91      * DOCUMENT ME!\r
  92      *\r
  93      * @param sequence DOCUMENT ME!\r
  94      */\r
  95     public void treeSelectionChanged(SequenceI sequence)\r
  96     {\r
  97         SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();\r
  98 \r
  99         if (selected == null)\r
 100         {\r
 101             selected = new SequenceGroup();\r
 102             av.setSelectionGroup(selected);\r
 103         }\r
 104 \r
 105         selected.setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 106         selected.addOrRemove(sequence, true);\r
 107     }\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * DOCUMENT ME!\r
 111      *\r
 112      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 113      */\r
 114     public void setTree(NJTree tree)\r
 115     {\r
 116         this.tree = tree;\r
 117         tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 118 \r
 119         // Now have to calculate longest name based on the leaves\r
 120         Vector leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode(), new Vector());\r
 121         boolean has_placeholders = false;\r
 122         longestName = "";\r
 123 \r
 124         for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)\r
 125         {\r
 126           SequenceNode lf = (SequenceNode) leaves.elementAt(i);\r
 127 \r
 128           if (lf.isPlaceholder())\r
 129           {\r
 130             has_placeholders = true;\r
 131           }\r
 132 \r
 133           if (longestName.length() < ( (Sequence) lf.element()).getName()\r
 134               .length())\r
 135           {\r
 136             longestName = TreeCanvas.PLACEHOLDER +\r
 137                 ( (Sequence) lf.element()).getName();\r
 138           }\r
 139         }\r
 140 \r
 141         setMarkPlaceholders(has_placeholders);\r
 142     }\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * DOCUMENT ME!\r
 146      *\r
 147      * @param g DOCUMENT ME!\r
 148      * @param node DOCUMENT ME!\r
 149      * @param chunk DOCUMENT ME!\r
 150      * @param scale DOCUMENT ME!\r
 151      * @param width DOCUMENT ME!\r
 152      * @param offx DOCUMENT ME!\r
 153      * @param offy DOCUMENT ME!\r
 154      */\r
 155     public void drawNode(Graphics g, SequenceNode node, float chunk,\r
 156         float scale, int width, int offx, int offy)\r
 157     {\r
 158         if (node == null)\r
 159         {\r
 160             return;\r
 161         }\r
 162 \r
 163         if ((node.left() == null) && (node.right() == null))\r
 164         {\r
 165             // Drawing leaf node\r
 166             float height = node.height;\r
 167             float dist = node.dist;\r
 168 \r
 169             int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;\r
 170             int xend = (int) (height * scale) + offx;\r
 171 \r
 172             int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;\r
 173 \r
 174             if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 175             {\r
 176                 if (((SequenceI) ((SequenceNode) node).element()).getColor() == Color.white)\r
 177                 {\r
 178                     g.setColor(Color.black);\r
 179                 }\r
 180                 else\r
 181                 {\r
 182                     g.setColor(((SequenceI) ((SequenceNode) node).element()).getColor()\r
 183                                 .darker());\r
 184                 }\r
 185             }\r
 186             else\r
 187             {\r
 188                 g.setColor(Color.black);\r
 189             }\r
 190 \r
 191             // Draw horizontal line\r
 192             g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);\r
 193 \r
 194             String nodeLabel = "";\r
 195 \r
 196             if (showDistances && (node.dist > 0))\r
 197             {\r
 198                 nodeLabel = new Format("%-.2f").form(node.dist);\r
 199             }\r
 200 \r
 201             if (showBootstrap)\r
 202             {\r
 203                 if (showDistances)\r
 204                 {\r
 205                     nodeLabel = nodeLabel + " : ";\r
 206                 }\r
 207 \r
 208                 nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.getBootstrap());\r
 209             }\r
 210 \r
 211             if (!nodeLabel.equals(""))\r
 212             {\r
 213                 g.drawString(nodeLabel, xstart+2, ypos - 2);\r
 214             }\r
 215 \r
 216             String name = (markPlaceholders && node.isPlaceholder())\r
 217                 ? (PLACEHOLDER + node.getName()) : node.getName();\r
 218 \r
 219             int charWidth = fm.stringWidth(name) + 3;\r
 220             int charHeight = font.getSize();\r
 221 \r
 222             Rectangle rect = new Rectangle(xend+10, ypos-charHeight/2,\r
 223                     charWidth, charHeight);\r
 224 \r
 225             nameHash.put((SequenceI) node.element(), rect);\r
 226 \r
 227             // Colour selected leaves differently\r
 228             SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();\r
 229 \r
 230             if ((selected != null) &&\r
 231                     selected.getSequences(false).contains((SequenceI) node.element()))\r
 232             {\r
 233                 g.setColor(Color.gray);\r
 234 \r
 235                 g.fillRect(xend + 10, ypos-charHeight/2, charWidth,\r
 236                     charHeight);\r
 237                 g.setColor(Color.white);\r
 238             }\r
 239 \r
 240             g.drawString(name, xend + 10, ypos+fm.getDescent());\r
 241             g.setColor(Color.black);\r
 242         }\r
 243         else\r
 244         {\r
 245             drawNode(g, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width, offx,\r
 246                 offy);\r
 247             drawNode(g, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width, offx,\r
 248                 offy);\r
 249 \r
 250             float height = node.height;\r
 251             float dist = node.dist;\r
 252 \r
 253             int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;\r
 254             int xend = (int) (height * scale) + offx;\r
 255             int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;\r
 256 \r
 257             g.setColor(((SequenceNode) node).color.darker());\r
 258 \r
 259             // Draw horizontal line\r
 260             g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);\r
 261             if (node == highlightNode)\r
 262               g.fillRect(xend - 3, ypos - 3, 6, 6);\r
 263             else\r
 264               g.fillRect(xend - 2, ypos - 2, 4, 4);\r
 265 \r
 266             int ystart = (int) (((SequenceNode) node.left()).ycount * chunk) +\r
 267                 offy;\r
 268             int yend = (int) (((SequenceNode) node.right()).ycount * chunk) +\r
 269                 offy;\r
 270 \r
 271             Rectangle pos = new Rectangle(xend - 2, ypos - 2, 5, 5);\r
 272             nodeHash.put(node, pos);\r
 273 \r
 274             g.drawLine((int) (height * scale) + offx, ystart,\r
 275                 (int) (height * scale) + offx, yend);\r
 276 \r
 277             if (showDistances && (node.dist > 0))\r
 278             {\r
 279                 g.drawString(new Format("%-.2f").form(node.dist).trim(), xstart+2,\r
 280                     ypos - 2);\r
 281             }\r
 282         }\r
 283     }\r
 284 \r
 285     /**\r
 286      * DOCUMENT ME!\r
 287      *\r
 288      * @param x DOCUMENT ME!\r
 289      * @param y DOCUMENT ME!\r
 290      *\r
 291      * @return DOCUMENT ME!\r
 292      */\r
 293     public Object findElement(int x, int y)\r
 294     {\r
 295         Enumeration keys = nameHash.keys();\r
 296 \r
 297         while (keys.hasMoreElements())\r
 298         {\r
 299             Object ob = keys.nextElement();\r
 300             Rectangle rect = (Rectangle) nameHash.get(ob);\r
 301 \r
 302             if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y) &&\r
 303                     (y <= (rect.y + rect.height)))\r
 304             {\r
 305                 return ob;\r
 306             }\r
 307         }\r
 308 \r
 309         keys = nodeHash.keys();\r
 310 \r
 311         while (keys.hasMoreElements())\r
 312         {\r
 313             Object ob = keys.nextElement();\r
 314             Rectangle rect = (Rectangle) nodeHash.get(ob);\r
 315 \r
 316             if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y) &&\r
 317                     (y <= (rect.y + rect.height)))\r
 318             {\r
 319                 return ob;\r
 320             }\r
 321         }\r
 322 \r
 323         return null;\r
 324     }\r
 325 \r
 326     /**\r
 327      * DOCUMENT ME!\r
 328      *\r
 329      * @param pickBox DOCUMENT ME!\r
 330      */\r
 331     public void pickNodes(Rectangle pickBox)\r
 332     {\r
 333         int width = getWidth();\r
 334         int height = getHeight();\r
 335 \r
 336         SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 337 \r
 338         float wscale = (float) ((width * .8) - (offx * 2)) / tree.getMaxHeight();\r
 339 \r
 340         if (top.count == 0)\r
 341         {\r
 342             top.count = ((SequenceNode) top.left()).count +\r
 343                 ((SequenceNode) top.right()).count;\r
 344         }\r
 345 \r
 346         float chunk = (float) (height - (offy)) / top.count;\r
 347 \r
 348         pickNode(pickBox, top, chunk, wscale, width, offx, offy);\r
 349     }\r
 350 \r
 351     /**\r
 352      * DOCUMENT ME!\r
 353      *\r
 354      * @param pickBox DOCUMENT ME!\r
 355      * @param node DOCUMENT ME!\r
 356      * @param chunk DOCUMENT ME!\r
 357      * @param scale DOCUMENT ME!\r
 358      * @param width DOCUMENT ME!\r
 359      * @param offx DOCUMENT ME!\r
 360      * @param offy DOCUMENT ME!\r
 361      */\r
 362     public void pickNode(Rectangle pickBox, SequenceNode node, float chunk,\r
 363         float scale, int width, int offx, int offy)\r
 364     {\r
 365         if (node == null)\r
 366         {\r
 367             return;\r
 368         }\r
 369 \r
 370         if ((node.left() == null) && (node.right() == null))\r
 371         {\r
 372             float height = node.height;\r
 373             float dist = node.dist;\r
 374 \r
 375             int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;\r
 376             int xend = (int) (height * scale) + offx;\r
 377 \r
 378             int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;\r
 379 \r
 380             if (pickBox.contains(new Point(xend, ypos)))\r
 381             {\r
 382                 if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 383                 {\r
 384                     SequenceI seq = (SequenceI) node.element();\r
 385                     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 386 \r
 387                     if (sg != null)\r
 388                     {\r
 389                         sg.addOrRemove(seq, true);\r
 390                     }\r
 391                 }\r
 392             }\r
 393         }\r
 394         else\r
 395         {\r
 396             pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width,\r
 397                 offx, offy);\r
 398             pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width,\r
 399                 offx, offy);\r
 400         }\r
 401     }\r
 402 \r
 403     /**\r
 404      * DOCUMENT ME!\r
 405      *\r
 406      * @param node DOCUMENT ME!\r
 407      * @param c DOCUMENT ME!\r
 408      */\r
 409     public void setColor(SequenceNode node, Color c)\r
 410     {\r
 411         if (node == null)\r
 412         {\r
 413             return;\r
 414         }\r
 415 \r
 416         if ((node.left() == null) && (node.right() == null))\r
 417         {\r
 418             node.color = c;\r
 419 \r
 420             if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 421             {\r
 422                 ((SequenceI) node.element()).setColor(c);\r
 423             }\r
 424         }\r
 425         else\r
 426         {\r
 427             node.color = c;\r
 428             setColor((SequenceNode) node.left(), c);\r
 429             setColor((SequenceNode) node.right(), c);\r
 430         }\r
 431     }\r
 432 \r
 433     /**\r
 434      * DOCUMENT ME!\r
 435      */\r
 436     void startPrinting()\r
 437     {\r
 438         Thread thread = new Thread(this);\r
 439         thread.start();\r
 440     }\r
 441 \r
 442     // put printing in a thread to avoid painting problems\r
 443     public void run()\r
 444     {\r
 445         PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
 446         PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
 447 \r
 448         printJob.setPrintable(this, pf);\r
 449 \r
 450         if (printJob.printDialog())\r
 451         {\r
 452             try\r
 453             {\r
 454                 printJob.print();\r
 455             }\r
 456             catch (Exception PrintException)\r
 457             {\r
 458                 PrintException.printStackTrace();\r
 459             }\r
 460         }\r
 461     }\r
 462 \r
 463     /**\r
 464      * DOCUMENT ME!\r
 465      *\r
 466      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 467      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 468      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 469      *\r
 470      * @return DOCUMENT ME!\r
 471      *\r
 472      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 473      */\r
 474     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 475         throws PrinterException\r
 476     {\r
 477         pg.setFont(font);\r
 478         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 479 \r
 480         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 481         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 482 \r
 483         int noPages = getHeight() / pheight;\r
 484 \r
 485         if (pi > noPages)\r
 486         {\r
 487             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 488         }\r
 489 \r
 490         if (pwidth > getWidth())\r
 491         {\r
 492             pwidth = getWidth();\r
 493         }\r
 494 \r
 495         if (fitToWindow)\r
 496         {\r
 497             if (pheight > getHeight())\r
 498             {\r
 499                 pheight = getHeight();\r
 500             }\r
 501 \r
 502             noPages = 0;\r
 503         }\r
 504         else\r
 505         {\r
 506             FontMetrics fm = pg.getFontMetrics(font);\r
 507             int height = fm.getHeight() * nameHash.size();\r
 508             pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 509             pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, (pi * pheight) + pheight);\r
 510 \r
 511             // translate number of pages,\r
 512             // height is screen size as this is the\r
 513             // non overlapping text size\r
 514             pheight = height;\r
 515         }\r
 516 \r
 517         draw(pg, pwidth, pheight);\r
 518 \r
 519         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 520     }\r
 521 \r
 522     /**\r
 523      * DOCUMENT ME!\r
 524      *\r
 525      * @param g DOCUMENT ME!\r
 526      */\r
 527     public void paintComponent(Graphics g)\r
 528     {\r
 529         super.paintComponent(g);\r
 530         g.setFont(font);\r
 531 \r
 532         if(tree==null)\r
 533         {\r
 534           g.drawString("Calculating tree....", 20, getHeight()/2);\r
 535         }\r
 536         else\r
 537         {\r
 538           fm = g.getFontMetrics(font);\r
 539 \r
 540           if (nameHash.size() == 0)\r
 541           {\r
 542             repaint();\r
 543           }\r
 544 \r
 545           if (fitToWindow ||\r
 546               (!fitToWindow &&\r
 547                (scrollPane.getHeight() > ( (fm.getHeight() * nameHash.size()) +\r
 548                                           offy))))\r
 549           {\r
 550             draw(g, scrollPane.getWidth(), scrollPane.getHeight());\r
 551             setPreferredSize(null);\r
 552           }\r
 553           else\r
 554           {\r
 555             setPreferredSize(new Dimension(scrollPane.getWidth(),\r
 556                                            fm.getHeight() * nameHash.size()));\r
 557             draw(g, scrollPane.getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size());\r
 558           }\r
 559 \r
 560           scrollPane.revalidate();\r
 561         }\r
 562     }\r
 563 \r
 564 \r
 565     /**\r
 566      * DOCUMENT ME!\r
 567      *\r
 568      * @param fontSize DOCUMENT ME!\r
 569      */\r
 570     public void setFont(Font font)\r
 571     {\r
 572         this.font = font;\r
 573         repaint();\r
 574     }\r
 575 \r
 576     /**\r
 577      * DOCUMENT ME!\r
 578      *\r
 579      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 580      * @param width DOCUMENT ME!\r
 581      * @param height DOCUMENT ME!\r
 582      */\r
 583     public void draw(Graphics g1, int width, int height)\r
 584     {\r
 585         Graphics2D g2 = (Graphics2D) g1;\r
 586         g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 587             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 588         g2.setColor(Color.white);\r
 589         g2.fillRect(0, 0, width, height);\r
 590 \r
 591         g2.setFont(font);\r
 592 \r
 593         offy = font.getSize()+10;\r
 594 \r
 595         fm = g2.getFontMetrics(font);\r
 596 \r
 597         labelLength = fm.stringWidth(longestName) + 20; //20 allows for scrollbar\r
 598 \r
 599         float wscale = (float) (width - labelLength - (offx * 2)) / tree.getMaxHeight();\r
 600 \r
 601         SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 602 \r
 603         if (top.count == 0)\r
 604         {\r
 605             top.count = ((SequenceNode) top.left()).count +\r
 606                 ((SequenceNode) top.right()).count;\r
 607         }\r
 608 \r
 609         float chunk = (float) (height - (offy)) / top.count;\r
 610 \r
 611         drawNode(g2, tree.getTopNode(), chunk, wscale, width, offx, offy);\r
 612 \r
 613         if (threshold != 0)\r
 614         {\r
 615             if (av.getCurrentTree() == tree)\r
 616             {\r
 617                 g2.setColor(Color.red);\r
 618             }\r
 619             else\r
 620             {\r
 621                 g2.setColor(Color.gray);\r
 622             }\r
 623 \r
 624             int x = (int) ((threshold * (float) (getWidth() - labelLength -\r
 625                 (2 * offx))) + offx);\r
 626 \r
 627             g2.drawLine(x, 0, x, getHeight());\r
 628         }\r
 629     }\r
 630 \r
 631     /**\r
 632      * DOCUMENT ME!\r
 633      *\r
 634      * @param e DOCUMENT ME!\r
 635      */\r
 636     public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 637     {\r
 638     }\r
 639 \r
 640     /**\r
 641      * DOCUMENT ME!\r
 642      *\r
 643      * @param e DOCUMENT ME!\r
 644      */\r
 645     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 646     {\r
 647     }\r
 648 \r
 649     /**\r
 650      * DOCUMENT ME!\r
 651      *\r
 652      * @param e DOCUMENT ME!\r
 653      */\r
 654     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 655     {\r
 656     }\r
 657 \r
 658     /**\r
 659      * DOCUMENT ME!\r
 660      *\r
 661      * @param e DOCUMENT ME!\r
 662      */\r
 663     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 664     {\r
 665       if(highlightNode!=null)\r
 666       {\r
 667         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 668         {\r
 669           Color col = JColorChooser.showDialog(this, "Select Background Colour",\r
 670                                                highlightNode.color);\r
 671 \r
 672           setColor(highlightNode, col);\r
 673         }\r
 674         else\r
 675         if(evt.getClickCount()>1)\r
 676         {\r
 677           tree.swapNodes(highlightNode);\r
 678           tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 679           tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 680         }\r
 681         else\r
 682         {\r
 683           Vector leaves = new Vector();\r
 684           tree.findLeaves(highlightNode, leaves);\r
 685 \r
 686           for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)\r
 687           {\r
 688             SequenceI seq =\r
 689                 (SequenceI) ( (SequenceNode) leaves.elementAt(i)).element();\r
 690             treeSelectionChanged(seq);\r
 691           }\r
 692         }\r
 693 \r
 694         PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
 695         repaint();\r
 696       }\r
 697     }\r
 698 \r
 699 \r
 700 \r
 701     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 702     {\r
 703       av.setCurrentTree(tree);\r
 704 \r
 705       Object ob = findElement(evt.getX(), evt.getY());\r
 706 \r
 707       if (ob instanceof SequenceNode)\r
 708       {\r
 709         highlightNode = (SequenceNode) ob;\r
 710         this.setToolTipText(\r
 711             "<html>Left click to select leaves"\r
 712             + "<br>Double-click to invert leaves"\r
 713             + "<br>Right click to change colour");\r
 714         repaint();\r
 715 \r
 716       }\r
 717       else\r
 718       {\r
 719         if (highlightNode != null)\r
 720         {\r
 721           highlightNode = null;\r
 722           setToolTipText("");\r
 723           repaint();\r
 724         }\r
 725       }\r
 726   }\r
 727 \r
 728     public void mouseDragged(MouseEvent ect)\r
 729     {}\r
 730 \r
 731     /**\r
 732      * DOCUMENT ME!\r
 733      *\r
 734      * @param e DOCUMENT ME!\r
 735      */\r
 736     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 737     {\r
 738         av.setCurrentTree(tree);\r
 739 \r
 740         int x = e.getX();\r
 741         int y = e.getY();\r
 742 \r
 743         Object ob = findElement(x, y);\r
 744 \r
 745         if (ob instanceof SequenceI)\r
 746         {\r
 747           treeSelectionChanged( (Sequence) ob);\r
 748           PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());\r
 749           repaint();\r
 750           return;\r
 751         }\r
 752         else if( !(ob instanceof SequenceNode) )\r
 753         {\r
 754             // Find threshold\r
 755             if (tree.getMaxHeight() != 0)\r
 756             {\r
 757                 threshold = (float) (x - offx) / (float) (getWidth() -\r
 758                     labelLength - (2 * offx));\r
 759 \r
 760                 tree.getGroups().removeAllElements();\r
 761                 tree.groupNodes(tree.getTopNode(), threshold);\r
 762                 setColor(tree.getTopNode(), Color.black);\r
 763 \r
 764                 av.setSelectionGroup(null);\r
 765                 av.alignment.deleteAllGroups();\r
 766 \r
 767                 colourGroups();\r
 768               }\r
 769 \r
 770               PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());\r
 771               repaint();\r
 772         }\r
 773 \r
 774 \r
 775     }\r
 776 \r
 777     void colourGroups()\r
 778     {\r
 779       for (int i = 0; i < tree.getGroups().size(); i++)\r
 780       {\r
 781         Color col = new Color( (int) (Math.random() * 255),\r
 782                               (int) (Math.random() * 255),\r
 783                               (int) (Math.random() * 255));\r
 784         setColor( (SequenceNode) tree.getGroups().elementAt(i),\r
 785                  col.brighter());\r
 786 \r
 787         Vector l = tree.findLeaves( (SequenceNode) tree.getGroups()\r
 788                                    .elementAt(i),\r
 789                                    new Vector());\r
 790 \r
 791         Vector sequences = new Vector();\r
 792 \r
 793         for (int j = 0; j < l.size(); j++)\r
 794         {\r
 795           SequenceI s1 = (SequenceI) ( (SequenceNode) l.elementAt(j)).element();\r
 796 \r
 797           if (!sequences.contains(s1))\r
 798           {\r
 799             sequences.addElement(s1);\r
 800           }\r
 801         }\r
 802 \r
 803         ColourSchemeI cs = null;\r
 804 \r
 805         if (av.getGlobalColourScheme() != null)\r
 806         {\r
 807           if (av.getGlobalColourScheme() instanceof UserColourScheme)\r
 808           {\r
 809             cs = new UserColourScheme(\r
 810                 ( (UserColourScheme) av.getGlobalColourScheme()).getColours());\r
 811 \r
 812           }\r
 813           else\r
 814             cs = ColourSchemeProperty.getColour(sequences,\r
 815                                                 av.alignment.getWidth(),\r
 816                                                 ColourSchemeProperty.\r
 817                                                 getColourName(\r
 818                                                     av.getGlobalColourScheme()));\r
 819 \r
 820           cs.setThreshold(av.getGlobalColourScheme().getThreshold(),\r
 821                           av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 822         }\r
 823 \r
 824         SequenceGroup sg = new SequenceGroup(sequences,\r
 825                                              "TreeGroup", cs, true, true, false,\r
 826                                              0,\r
 827                                              av.alignment.getWidth() - 1);\r
 828 \r
 829         if (av.getGlobalColourScheme() != null\r
 830             && av.getGlobalColourScheme().conservationApplied())\r
 831         {\r
 832           Conservation c = new Conservation("Group",\r
 833                                             ResidueProperties.propHash, 3,\r
 834                                             sg.getSequences(false),\r
 835                                             sg.getStartRes(), sg.getEndRes());\r
 836 \r
 837           c.calculate();\r
 838           c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 839           sg.cs.setConservation(c);\r
 840         }\r
 841 \r
 842         av.alignment.addGroup(sg);\r
 843       }\r
 844 \r
 845     }\r
 846 \r
 847     /**\r
 848      * DOCUMENT ME!\r
 849      *\r
 850      * @param state DOCUMENT ME!\r
 851      */\r
 852     public void setShowDistances(boolean state)\r
 853     {\r
 854         this.showDistances = state;\r
 855         repaint();\r
 856     }\r
 857 \r
 858     /**\r
 859      * DOCUMENT ME!\r
 860      *\r
 861      * @param state DOCUMENT ME!\r
 862      */\r
 863     public void setShowBootstrap(boolean state)\r
 864     {\r
 865         this.showBootstrap = state;\r
 866         repaint();\r
 867     }\r
 868 \r
 869     /**\r
 870      * DOCUMENT ME!\r
 871      *\r
 872      * @param state DOCUMENT ME!\r
 873      */\r
 874     public void setMarkPlaceholders(boolean state)\r
 875     {\r
 876         this.markPlaceholders = state;\r
 877         repaint();\r
 878     }\r
 879 }\r