src/jalview/gui/TreeCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.util.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import java.awt.print.*;\r
  32 \r
  33 import java.util.*;\r
  34 \r
  35 import javax.swing.*;\r
  36 \r
  37 \r
  38 /**\r
  39  * DOCUMENT ME!\r
  40  *\r
  41  * @author $author$\r
  42  * @version $Revision$\r
  43  */\r
  44 public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,\r
  45     Printable, MouseMotionListener\r
  46 {\r
  47     /** DOCUMENT ME!! */\r
  48     public static final String PLACEHOLDER = " * ";\r
  49     NJTree tree;\r
  50     JScrollPane scrollPane;\r
  51     AlignViewport av;\r
  52     AlignmentPanel ap;\r
  53     Font font;\r
  54     FontMetrics fm;\r
  55     boolean fitToWindow = true;\r
  56     boolean showDistances = false;\r
  57     boolean showBootstrap = false;\r
  58     boolean markPlaceholders = false;\r
  59     int offx = 20;\r
  60     int offy;\r
  61     float threshold;\r
  62     String longestName;\r
  63     int labelLength = -1;\r
  64 \r
  65     Hashtable nameHash = new Hashtable();\r
  66     Hashtable nodeHash = new Hashtable();\r
  67     SequenceNode highlightNode;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Creates a new TreeCanvas object.\r
  71      *\r
  72      * @param av DOCUMENT ME!\r
  73      * @param tree DOCUMENT ME!\r
  74      * @param scroller DOCUMENT ME!\r
  75      * @param label DOCUMENT ME!\r
  76      */\r
  77     public TreeCanvas(AlignmentPanel ap, JScrollPane scroller)\r
  78     {\r
  79         this.av = ap.av;\r
  80         this.ap = ap;\r
  81         font = av.getFont();\r
  82         scrollPane = scroller;\r
  83         addMouseListener(this);\r
  84         addMouseMotionListener(this);\r
  85         PaintRefresher.Register(this, ap.av.getSequenceSetId());\r
  86         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  87     }\r
  88 \r
  89 \r
  90     /**\r
  91      * DOCUMENT ME!\r
  92      *\r
  93      * @param sequence DOCUMENT ME!\r
  94      */\r
  95     public void treeSelectionChanged(SequenceI sequence)\r
  96     {\r
  97         SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();\r
  98 \r
  99         if (selected == null)\r
 100         {\r
 101             selected = new SequenceGroup();\r
 102             av.setSelectionGroup(selected);\r
 103         }\r
 104 \r
 105         selected.setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 106         selected.addOrRemove(sequence, true);\r
 107     }\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * DOCUMENT ME!\r
 111      *\r
 112      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 113      */\r
 114     public void setTree(NJTree tree)\r
 115     {\r
 116         this.tree = tree;\r
 117         tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 118 \r
 119         // Now have to calculate longest name based on the leaves\r
 120         Vector leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode(), new Vector());\r
 121         boolean has_placeholders = false;\r
 122         longestName = "";\r
 123 \r
 124         for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)\r
 125         {\r
 126           SequenceNode lf = (SequenceNode) leaves.elementAt(i);\r
 127 \r
 128           if (lf.isPlaceholder())\r
 129           {\r
 130             has_placeholders = true;\r
 131           }\r
 132 \r
 133           if (longestName.length() < ( (Sequence) lf.element()).getName()\r
 134               .length())\r
 135           {\r
 136             longestName = TreeCanvas.PLACEHOLDER +\r
 137                 ( (Sequence) lf.element()).getName();\r
 138           }\r
 139         }\r
 140 \r
 141         setMarkPlaceholders(has_placeholders);\r
 142     }\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * DOCUMENT ME!\r
 146      *\r
 147      * @param g DOCUMENT ME!\r
 148      * @param node DOCUMENT ME!\r
 149      * @param chunk DOCUMENT ME!\r
 150      * @param scale DOCUMENT ME!\r
 151      * @param width DOCUMENT ME!\r
 152      * @param offx DOCUMENT ME!\r
 153      * @param offy DOCUMENT ME!\r
 154      */\r
 155     public void drawNode(Graphics g, SequenceNode node, float chunk,\r
 156         float scale, int width, int offx, int offy)\r
 157     {\r
 158         if (node == null)\r
 159         {\r
 160             return;\r
 161         }\r
 162 \r
 163         if ((node.left() == null) && (node.right() == null))\r
 164         {\r
 165             // Drawing leaf node\r
 166             float height = node.height;\r
 167             float dist = node.dist;\r
 168 \r
 169             int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;\r
 170             int xend = (int) (height * scale) + offx;\r
 171 \r
 172             int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;\r
 173 \r
 174             if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 175             {\r
 176               SequenceI seq = (SequenceI)((SequenceNode) node).element();\r
 177 \r
 178                 if (av.getSequenceColour(seq) == Color.white)\r
 179                 {\r
 180                     g.setColor(Color.black);\r
 181                 }\r
 182                 else\r
 183                 {\r
 184                     g.setColor(av.getSequenceColour(seq).darker());\r
 185                 }\r
 186             }\r
 187             else\r
 188             {\r
 189                 g.setColor(Color.black);\r
 190             }\r
 191 \r
 192             // Draw horizontal line\r
 193             g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);\r
 194 \r
 195             String nodeLabel = "";\r
 196 \r
 197             if (showDistances && (node.dist > 0))\r
 198             {\r
 199                 nodeLabel = new Format("%-.2f").form(node.dist);\r
 200             }\r
 201 \r
 202             if (showBootstrap)\r
 203             {\r
 204                 if (showDistances)\r
 205                 {\r
 206                     nodeLabel = nodeLabel + " : ";\r
 207                 }\r
 208 \r
 209                 nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.getBootstrap());\r
 210             }\r
 211 \r
 212             if (!nodeLabel.equals(""))\r
 213             {\r
 214                 g.drawString(nodeLabel, xstart+2, ypos - 2);\r
 215             }\r
 216 \r
 217             String name = (markPlaceholders && node.isPlaceholder())\r
 218                 ? (PLACEHOLDER + node.getName()) : node.getName();\r
 219 \r
 220             int charWidth = fm.stringWidth(name) + 3;\r
 221             int charHeight = font.getSize();\r
 222 \r
 223             Rectangle rect = new Rectangle(xend+10, ypos-charHeight/2,\r
 224                     charWidth, charHeight);\r
 225 \r
 226             nameHash.put((SequenceI) node.element(), rect);\r
 227 \r
 228             // Colour selected leaves differently\r
 229             SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();\r
 230 \r
 231             if ((selected != null) &&\r
 232                     selected.getSequences(false).contains((SequenceI) node.element()))\r
 233             {\r
 234                 g.setColor(Color.gray);\r
 235 \r
 236                 g.fillRect(xend + 10, ypos-charHeight/2, charWidth,\r
 237                     charHeight);\r
 238                 g.setColor(Color.white);\r
 239             }\r
 240 \r
 241             g.drawString(name, xend + 10, ypos+fm.getDescent());\r
 242             g.setColor(Color.black);\r
 243         }\r
 244         else\r
 245         {\r
 246             drawNode(g, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width, offx,\r
 247                 offy);\r
 248             drawNode(g, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width, offx,\r
 249                 offy);\r
 250 \r
 251             float height = node.height;\r
 252             float dist = node.dist;\r
 253 \r
 254             int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;\r
 255             int xend = (int) (height * scale) + offx;\r
 256             int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;\r
 257 \r
 258             g.setColor(((SequenceNode) node).color.darker());\r
 259 \r
 260             // Draw horizontal line\r
 261             g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);\r
 262             if (node == highlightNode)\r
 263               g.fillRect(xend - 3, ypos - 3, 6, 6);\r
 264             else\r
 265               g.fillRect(xend - 2, ypos - 2, 4, 4);\r
 266 \r
 267             int ystart = (int) (((SequenceNode) node.left()).ycount * chunk) +\r
 268                 offy;\r
 269             int yend = (int) (((SequenceNode) node.right()).ycount * chunk) +\r
 270                 offy;\r
 271 \r
 272             Rectangle pos = new Rectangle(xend - 2, ypos - 2, 5, 5);\r
 273             nodeHash.put(node, pos);\r
 274 \r
 275             g.drawLine((int) (height * scale) + offx, ystart,\r
 276                 (int) (height * scale) + offx, yend);\r
 277 \r
 278             if (showDistances && (node.dist > 0))\r
 279             {\r
 280                 g.drawString(new Format("%-.2f").form(node.dist).trim(), xstart+2,\r
 281                     ypos - 2);\r
 282             }\r
 283         }\r
 284     }\r
 285 \r
 286     /**\r
 287      * DOCUMENT ME!\r
 288      *\r
 289      * @param x DOCUMENT ME!\r
 290      * @param y DOCUMENT ME!\r
 291      *\r
 292      * @return DOCUMENT ME!\r
 293      */\r
 294     public Object findElement(int x, int y)\r
 295     {\r
 296         Enumeration keys = nameHash.keys();\r
 297 \r
 298         while (keys.hasMoreElements())\r
 299         {\r
 300             Object ob = keys.nextElement();\r
 301             Rectangle rect = (Rectangle) nameHash.get(ob);\r
 302 \r
 303             if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y) &&\r
 304                     (y <= (rect.y + rect.height)))\r
 305             {\r
 306                 return ob;\r
 307             }\r
 308         }\r
 309 \r
 310         keys = nodeHash.keys();\r
 311 \r
 312         while (keys.hasMoreElements())\r
 313         {\r
 314             Object ob = keys.nextElement();\r
 315             Rectangle rect = (Rectangle) nodeHash.get(ob);\r
 316 \r
 317             if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y) &&\r
 318                     (y <= (rect.y + rect.height)))\r
 319             {\r
 320                 return ob;\r
 321             }\r
 322         }\r
 323 \r
 324         return null;\r
 325     }\r
 326 \r
 327     /**\r
 328      * DOCUMENT ME!\r
 329      *\r
 330      * @param pickBox DOCUMENT ME!\r
 331      */\r
 332     public void pickNodes(Rectangle pickBox)\r
 333     {\r
 334         int width = getWidth();\r
 335         int height = getHeight();\r
 336 \r
 337         SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 338 \r
 339         float wscale = (float) ((width * .8) - (offx * 2)) / tree.getMaxHeight();\r
 340 \r
 341         if (top.count == 0)\r
 342         {\r
 343             top.count = ((SequenceNode) top.left()).count +\r
 344                 ((SequenceNode) top.right()).count;\r
 345         }\r
 346 \r
 347         float chunk = (float) (height - (offy)) / top.count;\r
 348 \r
 349         pickNode(pickBox, top, chunk, wscale, width, offx, offy);\r
 350     }\r
 351 \r
 352     /**\r
 353      * DOCUMENT ME!\r
 354      *\r
 355      * @param pickBox DOCUMENT ME!\r
 356      * @param node DOCUMENT ME!\r
 357      * @param chunk DOCUMENT ME!\r
 358      * @param scale DOCUMENT ME!\r
 359      * @param width DOCUMENT ME!\r
 360      * @param offx DOCUMENT ME!\r
 361      * @param offy DOCUMENT ME!\r
 362      */\r
 363     public void pickNode(Rectangle pickBox, SequenceNode node, float chunk,\r
 364         float scale, int width, int offx, int offy)\r
 365     {\r
 366         if (node == null)\r
 367         {\r
 368             return;\r
 369         }\r
 370 \r
 371         if ((node.left() == null) && (node.right() == null))\r
 372         {\r
 373             float height = node.height;\r
 374             float dist = node.dist;\r
 375 \r
 376             int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;\r
 377             int xend = (int) (height * scale) + offx;\r
 378 \r
 379             int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;\r
 380 \r
 381             if (pickBox.contains(new Point(xend, ypos)))\r
 382             {\r
 383                 if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 384                 {\r
 385                     SequenceI seq = (SequenceI) node.element();\r
 386                     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 387 \r
 388                     if (sg != null)\r
 389                     {\r
 390                         sg.addOrRemove(seq, true);\r
 391                     }\r
 392                 }\r
 393             }\r
 394         }\r
 395         else\r
 396         {\r
 397             pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width,\r
 398                 offx, offy);\r
 399             pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width,\r
 400                 offx, offy);\r
 401         }\r
 402     }\r
 403 \r
 404     /**\r
 405      * DOCUMENT ME!\r
 406      *\r
 407      * @param node DOCUMENT ME!\r
 408      * @param c DOCUMENT ME!\r
 409      */\r
 410     public void setColor(SequenceNode node, Color c)\r
 411     {\r
 412         if (node == null)\r
 413         {\r
 414             return;\r
 415         }\r
 416 \r
 417         if ((node.left() == null) && (node.right() == null))\r
 418         {\r
 419             node.color = c;\r
 420 \r
 421             if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 422             {\r
 423               av.setSequenceColour((SequenceI) node.element(), c);\r
 424             }\r
 425         }\r
 426         else\r
 427         {\r
 428             node.color = c;\r
 429             setColor((SequenceNode) node.left(), c);\r
 430             setColor((SequenceNode) node.right(), c);\r
 431         }\r
 432     }\r
 433 \r
 434     /**\r
 435      * DOCUMENT ME!\r
 436      */\r
 437     void startPrinting()\r
 438     {\r
 439         Thread thread = new Thread(this);\r
 440         thread.start();\r
 441     }\r
 442 \r
 443     // put printing in a thread to avoid painting problems\r
 444     public void run()\r
 445     {\r
 446         PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
 447         PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
 448 \r
 449         printJob.setPrintable(this, pf);\r
 450 \r
 451         if (printJob.printDialog())\r
 452         {\r
 453             try\r
 454             {\r
 455                 printJob.print();\r
 456             }\r
 457             catch (Exception PrintException)\r
 458             {\r
 459                 PrintException.printStackTrace();\r
 460             }\r
 461         }\r
 462     }\r
 463 \r
 464     /**\r
 465      * DOCUMENT ME!\r
 466      *\r
 467      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 468      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 469      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 470      *\r
 471      * @return DOCUMENT ME!\r
 472      *\r
 473      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 474      */\r
 475     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 476         throws PrinterException\r
 477     {\r
 478         pg.setFont(font);\r
 479         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 480 \r
 481         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 482         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 483 \r
 484         int noPages = getHeight() / pheight;\r
 485 \r
 486         if (pi > noPages)\r
 487         {\r
 488             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 489         }\r
 490 \r
 491         if (pwidth > getWidth())\r
 492         {\r
 493             pwidth = getWidth();\r
 494         }\r
 495 \r
 496         if (fitToWindow)\r
 497         {\r
 498             if (pheight > getHeight())\r
 499             {\r
 500                 pheight = getHeight();\r
 501             }\r
 502 \r
 503             noPages = 0;\r
 504         }\r
 505         else\r
 506         {\r
 507             FontMetrics fm = pg.getFontMetrics(font);\r
 508             int height = fm.getHeight() * nameHash.size();\r
 509             pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 510             pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, (pi * pheight) + pheight);\r
 511 \r
 512             // translate number of pages,\r
 513             // height is screen size as this is the\r
 514             // non overlapping text size\r
 515             pheight = height;\r
 516         }\r
 517 \r
 518         draw(pg, pwidth, pheight);\r
 519 \r
 520         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 521     }\r
 522 \r
 523     /**\r
 524      * DOCUMENT ME!\r
 525      *\r
 526      * @param g DOCUMENT ME!\r
 527      */\r
 528     public void paintComponent(Graphics g)\r
 529     {\r
 530         super.paintComponent(g);\r
 531         g.setFont(font);\r
 532 \r
 533         if(tree==null)\r
 534         {\r
 535           g.drawString("Calculating tree....", 20, getHeight()/2);\r
 536         }\r
 537         else\r
 538         {\r
 539           fm = g.getFontMetrics(font);\r
 540 \r
 541           if (nameHash.size() == 0)\r
 542           {\r
 543             repaint();\r
 544           }\r
 545 \r
 546           if (fitToWindow ||\r
 547               (!fitToWindow &&\r
 548                (scrollPane.getHeight() > ( (fm.getHeight() * nameHash.size()) +\r
 549                                           offy))))\r
 550           {\r
 551             draw(g, scrollPane.getWidth(), scrollPane.getHeight());\r
 552             setPreferredSize(null);\r
 553           }\r
 554           else\r
 555           {\r
 556             setPreferredSize(new Dimension(scrollPane.getWidth(),\r
 557                                            fm.getHeight() * nameHash.size()));\r
 558             draw(g, scrollPane.getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size());\r
 559           }\r
 560 \r
 561           scrollPane.revalidate();\r
 562         }\r
 563     }\r
 564 \r
 565 \r
 566     /**\r
 567      * DOCUMENT ME!\r
 568      *\r
 569      * @param fontSize DOCUMENT ME!\r
 570      */\r
 571     public void setFont(Font font)\r
 572     {\r
 573         this.font = font;\r
 574         repaint();\r
 575     }\r
 576 \r
 577     /**\r
 578      * DOCUMENT ME!\r
 579      *\r
 580      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 581      * @param width DOCUMENT ME!\r
 582      * @param height DOCUMENT ME!\r
 583      */\r
 584     public void draw(Graphics g1, int width, int height)\r
 585     {\r
 586         Graphics2D g2 = (Graphics2D) g1;\r
 587         g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 588             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 589         g2.setColor(Color.white);\r
 590         g2.fillRect(0, 0, width, height);\r
 591 \r
 592         g2.setFont(font);\r
 593 \r
 594         offy = font.getSize()+10;\r
 595 \r
 596         fm = g2.getFontMetrics(font);\r
 597 \r
 598         labelLength = fm.stringWidth(longestName) + 20; //20 allows for scrollbar\r
 599 \r
 600         float wscale = (float) (width - labelLength - (offx * 2)) / tree.getMaxHeight();\r
 601 \r
 602         SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 603 \r
 604         if (top.count == 0)\r
 605         {\r
 606             top.count = ((SequenceNode) top.left()).count +\r
 607                 ((SequenceNode) top.right()).count;\r
 608         }\r
 609 \r
 610         float chunk = (float) (height - (offy)) / top.count;\r
 611 \r
 612         drawNode(g2, tree.getTopNode(), chunk, wscale, width, offx, offy);\r
 613 \r
 614         if (threshold != 0)\r
 615         {\r
 616             if (av.getCurrentTree() == tree)\r
 617             {\r
 618                 g2.setColor(Color.red);\r
 619             }\r
 620             else\r
 621             {\r
 622                 g2.setColor(Color.gray);\r
 623             }\r
 624 \r
 625             int x = (int) ((threshold * (float) (getWidth() - labelLength -\r
 626                 (2 * offx))) + offx);\r
 627 \r
 628             g2.drawLine(x, 0, x, getHeight());\r
 629         }\r
 630     }\r
 631 \r
 632     /**\r
 633      * DOCUMENT ME!\r
 634      *\r
 635      * @param e DOCUMENT ME!\r
 636      */\r
 637     public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 638     {\r
 639     }\r
 640 \r
 641     /**\r
 642      * DOCUMENT ME!\r
 643      *\r
 644      * @param e DOCUMENT ME!\r
 645      */\r
 646     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 647     {\r
 648     }\r
 649 \r
 650     /**\r
 651      * DOCUMENT ME!\r
 652      *\r
 653      * @param e DOCUMENT ME!\r
 654      */\r
 655     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 656     {\r
 657     }\r
 658 \r
 659     /**\r
 660      * DOCUMENT ME!\r
 661      *\r
 662      * @param e DOCUMENT ME!\r
 663      */\r
 664     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 665     {\r
 666       if(highlightNode!=null)\r
 667       {\r
 668         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 669         {\r
 670           Color col = JColorChooser.showDialog(this, "Select Background Colour",\r
 671                                                highlightNode.color);\r
 672 \r
 673           setColor(highlightNode, col);\r
 674         }\r
 675         else\r
 676         if(evt.getClickCount()>1)\r
 677         {\r
 678           tree.swapNodes(highlightNode);\r
 679           tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 680           tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 681         }\r
 682         else\r
 683         {\r
 684           Vector leaves = new Vector();\r
 685           tree.findLeaves(highlightNode, leaves);\r
 686 \r
 687           for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)\r
 688           {\r
 689             SequenceI seq =\r
 690                 (SequenceI) ( (SequenceNode) leaves.elementAt(i)).element();\r
 691             treeSelectionChanged(seq);\r
 692           }\r
 693         }\r
 694 \r
 695         PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
 696         repaint();\r
 697       }\r
 698     }\r
 699 \r
 700 \r
 701 \r
 702     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 703     {\r
 704       av.setCurrentTree(tree);\r
 705 \r
 706       Object ob = findElement(evt.getX(), evt.getY());\r
 707 \r
 708       if (ob instanceof SequenceNode)\r
 709       {\r
 710         highlightNode = (SequenceNode) ob;\r
 711         this.setToolTipText(\r
 712             "<html>Left click to select leaves"\r
 713             + "<br>Double-click to invert leaves"\r
 714             + "<br>Right click to change colour");\r
 715         repaint();\r
 716 \r
 717       }\r
 718       else\r
 719       {\r
 720         if (highlightNode != null)\r
 721         {\r
 722           highlightNode = null;\r
 723           setToolTipText(null);\r
 724           repaint();\r
 725         }\r
 726       }\r
 727   }\r
 728 \r
 729     public void mouseDragged(MouseEvent ect)\r
 730     {}\r
 731 \r
 732     /**\r
 733      * DOCUMENT ME!\r
 734      *\r
 735      * @param e DOCUMENT ME!\r
 736      */\r
 737     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 738     {\r
 739         av.setCurrentTree(tree);\r
 740 \r
 741         int x = e.getX();\r
 742         int y = e.getY();\r
 743 \r
 744         Object ob = findElement(x, y);\r
 745 \r
 746         if (ob instanceof SequenceI)\r
 747         {\r
 748           treeSelectionChanged( (Sequence) ob);\r
 749           PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());\r
 750           repaint();\r
 751           return;\r
 752         }\r
 753         else if( !(ob instanceof SequenceNode) )\r
 754         {\r
 755             // Find threshold\r
 756             if (tree.getMaxHeight() != 0)\r
 757             {\r
 758                 threshold = (float) (x - offx) / (float) (getWidth() -\r
 759                     labelLength - (2 * offx));\r
 760 \r
 761                 tree.getGroups().removeAllElements();\r
 762                 tree.groupNodes(tree.getTopNode(), threshold);\r
 763                 setColor(tree.getTopNode(), Color.black);\r
 764 \r
 765                 av.setSelectionGroup(null);\r
 766                 av.alignment.deleteAllGroups();\r
 767                 av.sequenceColours.clear();\r
 768 \r
 769                 colourGroups();\r
 770               }\r
 771 \r
 772               PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());\r
 773               repaint();\r
 774         }\r
 775 \r
 776 \r
 777     }\r
 778 \r
 779     void colourGroups()\r
 780     {\r
 781       for (int i = 0; i < tree.getGroups().size(); i++)\r
 782       {\r
 783         Color col = new Color( (int) (Math.random() * 255),\r
 784                               (int) (Math.random() * 255),\r
 785                               (int) (Math.random() * 255));\r
 786         setColor( (SequenceNode) tree.getGroups().elementAt(i),\r
 787                  col.brighter());\r
 788 \r
 789         Vector l = tree.findLeaves( (SequenceNode) tree.getGroups()\r
 790                                    .elementAt(i),\r
 791                                    new Vector());\r
 792 \r
 793         Vector sequences = new Vector();\r
 794 \r
 795         for (int j = 0; j < l.size(); j++)\r
 796         {\r
 797           SequenceI s1 = (SequenceI) ( (SequenceNode) l.elementAt(j)).element();\r
 798 \r
 799           if (!sequences.contains(s1))\r
 800           {\r
 801             sequences.addElement(s1);\r
 802           }\r
 803         }\r
 804 \r
 805         ColourSchemeI cs = null;\r
 806 \r
 807         if (av.getGlobalColourScheme() != null)\r
 808         {\r
 809           if (av.getGlobalColourScheme() instanceof UserColourScheme)\r
 810           {\r
 811             cs = new UserColourScheme(\r
 812                 ( (UserColourScheme) av.getGlobalColourScheme()).getColours());\r
 813 \r
 814           }\r
 815           else\r
 816             cs = ColourSchemeProperty.getColour(sequences,\r
 817                                                 av.alignment.getWidth(),\r
 818                                                 ColourSchemeProperty.\r
 819                                                 getColourName(\r
 820                                                     av.getGlobalColourScheme()));\r
 821 \r
 822           cs.setThreshold(av.getGlobalColourScheme().getThreshold(),\r
 823                           av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 824         }\r
 825 \r
 826         SequenceGroup sg = new SequenceGroup(sequences,\r
 827                                              "TreeGroup", cs, true, true, false,\r
 828                                              0,\r
 829                                              av.alignment.getWidth() - 1);\r
 830 \r
 831         if (av.getGlobalColourScheme() != null\r
 832             && av.getGlobalColourScheme().conservationApplied())\r
 833         {\r
 834           Conservation c = new Conservation("Group",\r
 835                                             ResidueProperties.propHash, 3,\r
 836                                             sg.getSequences(false),\r
 837                                             sg.getStartRes(), sg.getEndRes());\r
 838 \r
 839           c.calculate();\r
 840           c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 841           sg.cs.setConservation(c);\r
 842         }\r
 843 \r
 844         av.alignment.addGroup(sg);\r
 845       }\r
 846 \r
 847     }\r
 848 \r
 849     /**\r
 850      * DOCUMENT ME!\r
 851      *\r
 852      * @param state DOCUMENT ME!\r
 853      */\r
 854     public void setShowDistances(boolean state)\r
 855     {\r
 856         this.showDistances = state;\r
 857         repaint();\r
 858     }\r
 859 \r
 860     /**\r
 861      * DOCUMENT ME!\r
 862      *\r
 863      * @param state DOCUMENT ME!\r
 864      */\r
 865     public void setShowBootstrap(boolean state)\r
 866     {\r
 867         this.showBootstrap = state;\r
 868         repaint();\r
 869     }\r
 870 \r
 871     /**\r
 872      * DOCUMENT ME!\r
 873      *\r
 874      * @param state DOCUMENT ME!\r
 875      */\r
 876     public void setMarkPlaceholders(boolean state)\r
 877     {\r
 878         this.markPlaceholders = state;\r
 879         repaint();\r
 880     }\r
 881 }\r