src/jalview/gui/TreeChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.NJTree;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  25 import jalview.api.analysis.DistanceModelI;
  26 import jalview.util.MessageManager;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.FlowLayout;
  30 import java.awt.Font;
  31 import java.awt.event.ActionEvent;
  32
  33 import javax.swing.ButtonGroup;
  34 import javax.swing.JButton;
  35 import javax.swing.JComboBox;
  36 import javax.swing.JInternalFrame;
  37 import javax.swing.JLayeredPane;
  38 import javax.swing.JPanel;
  39 import javax.swing.JRadioButton;
  40
  41 /**
  42  * A dialog to allow a user to select and action Tree calculation options
  43  */
  44 public class TreeChooser extends JPanel
  45 {
  46   private static final Font VERDANA_11PT = new Font("Verdana", 0, 11);
  47
  48   AlignFrame af;
  49
  50   JRadioButton neighbourJoining;
  51
  52   JRadioButton averageDistance;
  53
  54   JComboBox<String> matrixNames;
  55
  56   private JInternalFrame frame;
  57
  58   private ButtonGroup treeTypes;
  59
  60   /**
  61    * Constructor
  62    *
  63    * @param af
  64    */
  65   public TreeChooser(AlignFrame alignFrame)
  66   {
  67     this.af = alignFrame;
  68     init();
  69   }
  70
  71   void init()
  72   {
  73     frame = new JInternalFrame();
  74     frame.setContentPane(this);
  75     this.setBackground(Color.white);
  76
  77     neighbourJoining = new JRadioButton(
  78             MessageManager.getString("label.tree_calc_nj"));
  79     neighbourJoining.setOpaque(false);
  80     averageDistance = new JRadioButton(
  81             MessageManager.getString("label.tree_calc_av"));
  82     treeTypes = new ButtonGroup();
  83     treeTypes.add(neighbourJoining);
  84     treeTypes.add(averageDistance);
  85     neighbourJoining.setSelected(true);
  86
  87     matrixNames = new JComboBox<String>();
  88     ScoreModels scoreModels = ScoreModels.getInstance();
  89     for (DistanceModelI sm : scoreModels.getModels())
  90     {
  91       boolean nucleotide = af.getViewport().getAlignment().isNucleotide();
  92       if (sm.isDNA() && nucleotide || sm.isProtein() && !nucleotide)
  93       {
  94         matrixNames.addItem(sm.getName());
  95       }
  96     }
  97
  98     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
  99     ok.setFont(VERDANA_11PT);
 100     ok.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 101     {
 102       @Override
 103       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 104       {
 105         ok_actionPerformed(e);
 106       }
 107     });
 108
 109     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
 110     cancel.setFont(VERDANA_11PT);
 111     cancel.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 112     {
 113       @Override
 114       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 115       {
 116         cancel_actionPerformed(e);
 117       }
 118     });
 119
 120     JPanel p1 = new JPanel();
 121     p1.setOpaque(false);
 122     p1.add(neighbourJoining);
 123     p1.add(averageDistance);
 124     this.add(p1);
 125     JPanel p2 = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 126     p2.setOpaque(false);
 127     p2.add(matrixNames, FlowLayout.LEFT);
 128     this.add(p2);
 129     JPanel p3 = new JPanel();
 130     p3.setOpaque(false);
 131     p3.add(ok);
 132     p3.add(cancel);
 133     this.add(p3);
 134
 135     Desktop.addInternalFrame(frame,
 136             MessageManager.getString("label.choose_tree"),
 137               400, 200, false);
 138
 139     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 140   }
 141
 142   /**
 143    * Open and calculate the selected tree on 'OK'
 144    *
 145    * @param e
 146    */
 147   protected void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 148   {
 149     try
 150     {
 151       frame.setClosed(true);
 152       String treeType = neighbourJoining.isSelected() ? NJTree.NEIGHBOUR_JOINING
 153               : NJTree.AVERAGE_DISTANCE;
 154       DistanceModelI sm = ScoreModels.getInstance().forName(
 155               matrixNames.getSelectedItem().toString());
 156       af.newTreePanel(treeType, sm);
 157     } catch (Exception ex)
 158     {
 159     }
 160   }
 161
 162   /**
 163    * Closes dialog on cancel
 164    *
 165    * @param e
 166    */
 167   protected void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 168   {
 169     try
 170     {
 171       frame.setClosed(true);
 172     } catch (Exception ex)
 173     {
 174     }
 175   }
 176 }