src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.Font;
  24 import java.awt.Graphics;
  25 import java.awt.event.ActionEvent;
  26 import java.awt.event.ActionListener;
  27 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  28 import java.beans.PropertyChangeListener;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileOutputStream;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Locale;
  34
  35 import javax.swing.ButtonGroup;
  36 import javax.swing.JMenuItem;
  37 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  38 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  39 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  40
  41 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  42
  43 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  44 import jalview.analysis.AverageDistanceTree;
  45 import jalview.analysis.NJTree;
  46 import jalview.analysis.TreeBuilder;
  47 import jalview.analysis.TreeModel;
  48 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  49 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  50 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  51 import jalview.bin.Cache;
  52 import jalview.bin.Console;
  53 import jalview.commands.CommandI;
  54 import jalview.commands.OrderCommand;
  55 import jalview.datamodel.Alignment;
  56 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  57 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  58 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  59 import jalview.datamodel.BinaryNode;
  60 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  61 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  62 import jalview.datamodel.NodeTransformI;
  63 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  64 import jalview.datamodel.SequenceI;
  65 import jalview.datamodel.SequenceNode;
  66 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  67 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  68 import jalview.io.JalviewFileView;
  69 import jalview.io.NewickFile;
  70 import jalview.jbgui.GTreePanel;
  71 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
  72 import jalview.util.MessageManager;
  73 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  74
  75 /**
  76  * DOCUMENT ME!
  77  *
  78  * @author $author$
  79  * @version $Revision$
  80  */
  81 public class TreePanel extends GTreePanel
  82 {
  83   String treeType;
  84
  85   String scoreModelName; // if tree computed
  86
  87   String treeTitle; // if tree loaded
  88
  89   SimilarityParamsI similarityParams;
  90
  91   private TreeCanvas treeCanvas;
  92
  93   TreeModel tree;
  94
  95   private AlignViewport av;
  96
  97   /**
  98    * Creates a new TreePanel object.
  99    *
 100    * @param ap
 101    * @param type
 102    * @param modelName
 103    * @param options
 104    */
 105   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String modelName,
 106           SimilarityParamsI options)
 107   {
 108     super();
 109     this.setFrameIcon(null);
 110     this.similarityParams = options;
 111     initTreePanel(ap, type, modelName, null, null);
 112
 113     // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as
 114     // a userdefined default
 115     // showDistances(true);
 116   }
 117
 118   public TreePanel(AlignmentPanel alignPanel, NewickFile newtree,
 119           String theTitle, AlignmentView inputData)
 120   {
 121     super();
 122     this.setFrameIcon(null);
 123     this.treeTitle = theTitle;
 124     initTreePanel(alignPanel, null, null, newtree, inputData);
 125   }
 126
 127   /**
 128    * columnwise tree associated with positions in aa
 129    *
 130    * @param alignPanel
 131    * @param fin
 132    * @param title
 133    * @param aa
 134    */
 135   public TreePanel(AlignmentPanel alignPanel, NewickFile fin,
 136           AlignmentAnnotation aa, String title)
 137   {
 138     super();
 139     columnWise=true;
 140     assocAnnotation = aa;
 141     this.setFrameIcon(null);
 142     this.treeTitle = title;
 143     initTreePanel(alignPanel, null, null, fin, null);
 144   }
 145
 146   boolean columnWise=false;
 147   AlignmentAnnotation assocAnnotation=null;
 148   public boolean isColumnWise()
 149   {
 150     return columnWise;
 151   }
 152   public AlignmentAnnotation getAssocAnnotation() {
 153     return assocAnnotation;
 154   }
 155
 156   public AlignmentI getAlignment()
 157   {
 158     return getTreeCanvas().getViewport().getAlignment();
 159   }
 160
 161   public AlignmentViewport getViewPort()
 162   {
 163     // @Mungo - Why don't we return our own viewport ???
 164     return getTreeCanvas().getViewport();
 165   }
 166
 167   void initTreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String modelName,
 168           NewickFile newTree, AlignmentView inputData)
 169   {
 170
 171     av = ap.av;
 172     this.treeType = type;
 173     this.scoreModelName = modelName;
 174
 175     if (columnWise)
 176     {
 177       bootstrapMenu.setVisible(false);
 178       placeholdersMenu.setSelected(false);
 179       placeholdersMenu.setVisible(false);
 180       fitToWindow.setSelected(false);
 181       sortAssocViews.setVisible(false);
 182     }
 183
 184     treeCanvas = new TreeCanvas(this, ap, scrollPane);
 185     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);
 186
 187     PaintRefresher.Register(this, ap.av.getSequenceSetId());
 188
 189     buildAssociatedViewMenu();
 190
 191     final PropertyChangeListener listener = addAlignmentListener();
 192
 193     /*
 194      * remove listener when window is closed, so that this
 195      * panel can be garbage collected
 196      */
 197     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 198     {
 199       @Override
 200       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 201       {
 202         if (av != null)
 203         {
 204           av.removePropertyChangeListener(listener);
 205         }
 206         releaseReferences();
 207       }
 208     });
 209
 210     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree, inputData);
 211     tl.start();
 212
 213   }
 214
 215   /**
 216    * Ensure any potentially large object references are nulled
 217    */
 218   public void releaseReferences()
 219   {
 220     this.tree = null;
 221     this.treeCanvas.tree = null;
 222     this.treeCanvas.nodeHash = null;
 223     this.treeCanvas.nameHash = null;
 224   }
 225
 226   /**
 227    * @return
 228    */
 229   protected PropertyChangeListener addAlignmentListener()
 230   {
 231     final PropertyChangeListener listener = new PropertyChangeListener()
 232     {
 233       @Override
 234       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 235       {
 236         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 237         {
 238           if (tree == null)
 239           {
 240             System.out.println("tree is null");
 241             // TODO: deal with case when a change event is received whilst a
 242             // tree is still being calculated - should save reference for
 243             // processing message later.
 244             return;
 245           }
 246           if (evt.getNewValue() == null)
 247           {
 248             System.out.println(
 249                     "new alignment sequences vector value is null");
 250           }
 251
 252           tree.updatePlaceHolders((List<SequenceI>) evt.getNewValue());
 253           treeCanvas.nameHash.clear(); // reset the mapping between canvas
 254           // rectangles and leafnodes
 255           repaint();
 256         }
 257       }
 258     };
 259     av.addPropertyChangeListener(listener);
 260     return listener;
 261   }
 262
 263   @Override
 264   public void viewMenu_menuSelected()
 265   {
 266     buildAssociatedViewMenu();
 267   }
 268
 269   void buildAssociatedViewMenu()
 270   {
 271     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 272             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 273     if (aps.length == 1 && getTreeCanvas().getAssociatedPanel() == aps[0])
 274     {
 275       associateLeavesMenu.setVisible(false);
 276       return;
 277     }
 278
 279     associateLeavesMenu.setVisible(true);
 280
 281     if ((viewMenu
 282             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 283     {
 284       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 285     }
 286
 287     associateLeavesMenu.removeAll();
 288
 289     JRadioButtonMenuItem item;
 290     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 291     int i, iSize = aps.length;
 292     final TreePanel thisTreePanel = this;
 293     for (i = 0; i < iSize; i++)
 294     {
 295       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 296       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.getViewName(),
 297               ap == treeCanvas.getAssociatedPanel());
 298       buttonGroup.add(item);
 299       item.addActionListener(new ActionListener()
 300       {
 301         @Override
 302         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 303         {
 304           treeCanvas.applyToAllViews = false;
 305           treeCanvas.setAssociatedPanel(ap);
 306           treeCanvas.setViewport(ap.av);
 307           PaintRefresher.Register(thisTreePanel, ap.av.getSequenceSetId());
 308         }
 309       });
 310
 311       associateLeavesMenu.add(item);
 312     }
 313
 314     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 315             MessageManager.getString("label.all_views"));
 316     buttonGroup.add(itemf);
 317     itemf.setSelected(treeCanvas.applyToAllViews);
 318     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 319     {
 320       @Override
 321       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 322       {
 323         treeCanvas.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 324       }
 325     });
 326     associateLeavesMenu.add(itemf);
 327
 328   }
 329
 330   class TreeLoader extends Thread
 331   {
 332     private NewickFile newtree;
 333
 334     private AlignmentView odata = null;
 335
 336     public TreeLoader(NewickFile newickFile, AlignmentView inputData)
 337     {
 338       this.newtree = newickFile;
 339       this.odata = inputData;
 340
 341       if (newickFile != null)
 342       {
 343         // Must be outside run(), as Jalview2XML tries to
 344         // update distance/bootstrap visibility at the same time
 345         showBootstrap(newickFile.HasBootstrap());
 346         showDistances(newickFile.HasDistances());
 347       }
 348     }
 349
 350     @Override
 351     public void run()
 352     {
 353
 354       if (newtree != null)
 355       {
 356         tree = new TreeModel(av.getAlignment().getSequencesArray(), odata,
 357                 newtree);
 358         if (tree.getOriginalData() == null)
 359         {
 360           originalSeqData.setVisible(false);
 361         }
 362       }
 363       else
 364       {
 365         ScoreModelI sm = ScoreModels.getInstance().getScoreModel(
 366                 scoreModelName, treeCanvas.getAssociatedPanel());
 367         TreeBuilder njtree = treeType.equals(TreeBuilder.NEIGHBOUR_JOINING)
 368                 ? new NJTree(av, sm, similarityParams)
 369                 : new AverageDistanceTree(av, sm, similarityParams);
 370         tree = new TreeModel(njtree);
 371         showDistances(true);
 372       }
 373
 374       tree.reCount(tree.getTopNode());
 375       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 376       treeCanvas.setTree(tree);
 377       treeCanvas.repaint();
 378       av.setCurrentTree(tree);
 379       if (av.getSortByTree())
 380       {
 381         sortByTree_actionPerformed();
 382       }
 383     }
 384   }
 385
 386   public void showDistances(boolean b)
 387   {
 388     treeCanvas.setShowDistances(b);
 389     distanceMenu.setSelected(b);
 390   }
 391
 392   public void showBootstrap(boolean b)
 393   {
 394     treeCanvas.setShowBootstrap(b);
 395     bootstrapMenu.setSelected(b);
 396   }
 397
 398   public void showPlaceholders(boolean b)
 399   {
 400     placeholdersMenu.setState(b);
 401     treeCanvas.setMarkPlaceholders(b);
 402   }
 403
 404   /**
 405    * DOCUMENT ME!
 406    *
 407    * @return DOCUMENT ME!
 408    */
 409   public TreeModel getTree()
 410   {
 411     return tree;
 412   }
 413
 414   /**
 415    * DOCUMENT ME!
 416    *
 417    * @param e
 418    *          DOCUMENT ME!
 419    */
 420   @Override
 421   public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)
 422   {
 423     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 424
 425     String newTitle = getPanelTitle();
 426
 427     NewickFile fout = new NewickFile(tree.getTopNode());
 428     try
 429     {
 430       cap.setText(fout.print(tree.hasBootstrap(), tree.hasDistances(),
 431               tree.hasRootDistance()));
 432       Desktop.addInternalFrame(cap, newTitle, 500, 100);
 433     } catch (OutOfMemoryError oom)
 434     {
 435       new OOMWarning("generating newick tree file", oom);
 436       cap.dispose();
 437     }
 438
 439   }
 440
 441   /**
 442    * DOCUMENT ME!
 443    *
 444    * @param e
 445    *          DOCUMENT ME!
 446    */
 447   @Override
 448   public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)
 449   {
 450     // TODO: JAL-3048 save newick file for Jalview-JS
 451     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 452             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 453     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 454     chooser.setDialogTitle(
 455             MessageManager.getString("label.save_tree_as_newick"));
 456     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 457
 458     int value = chooser.showSaveDialog(null);
 459
 460     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 461     {
 462       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 463       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 464               chooser.getSelectedFile().getParent());
 465
 466       try
 467       {
 468         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 469                 tree.getTopNode());
 470         String output = fout.print(tree.hasBootstrap(), tree.hasDistances(),
 471                 tree.hasRootDistance());
 472         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 473                 new java.io.FileWriter(choice));
 474         out.println(output);
 475         out.close();
 476       } catch (Exception ex)
 477       {
 478         ex.printStackTrace();
 479       }
 480     }
 481   }
 482
 483   /**
 484    * DOCUMENT ME!
 485    *
 486    * @param e
 487    *          DOCUMENT ME!
 488    */
 489   @Override
 490   public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 491   {
 492     // Putting in a thread avoids Swing painting problems
 493     treeCanvas.startPrinting();
 494   }
 495
 496   @Override
 497   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 498   {
 499     AlignmentView originalData = tree.getOriginalData();
 500     if (originalData == null)
 501     {
 502       Console.info(
 503               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 504       return;
 505     }
 506     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 507     // warrant a new window to be created
 508     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 509     // yields unaligned seqs)
 510     // or create a selection box around columns in alignment view
 511     // test Alignment(SeqCigar[])
 512     char gc = '-';
 513     try
 514     {
 515       // we try to get the associated view's gap character
 516       // but this may fail if the view was closed...
 517       gc = av.getGapCharacter();
 518
 519     } catch (Exception ex)
 520     {
 521     }
 522
 523     Object[] alAndColsel = originalData.getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 524
 525     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 526     {
 527       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 528
 529       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 530       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 531               ? av.getAlignment().getDataset()
 532               : null;
 533       if (dataset != null)
 534       {
 535         al.setDataset(dataset);
 536       }
 537
 538       if (true)
 539       {
 540         // make a new frame!
 541         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 542                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 543
 544         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 545         // found!!<<<
 546         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 547
 548         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 549         // msaorder);
 550
 551         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 552                 "label.original_data_for_params", new Object[]
 553                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 554                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 555       }
 556     }
 557   }
 558
 559   /**
 560    * DOCUMENT ME!
 561    *
 562    * @param e
 563    *          DOCUMENT ME!
 564    */
 565   @Override
 566   public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
 567   {
 568     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();
 569     repaint();
 570   }
 571
 572   /**
 573    * sort the associated alignment view by the current tree.
 574    *
 575    * @param e
 576    */
 577   @Override
 578   public void sortByTree_actionPerformed()
 579   {
 580
 581     if (treeCanvas.applyToAllViews)
 582     {
 583       final ArrayList<CommandI> commands = new ArrayList<>();
 584       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher
 585               .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId()))
 586       {
 587         commands.add(sortAlignmentIn(ap.av.getAlignPanel()));
 588       }
 589       av.getAlignPanel().alignFrame.addHistoryItem(new CommandI()
 590       {
 591
 592         @Override
 593         public void undoCommand(AlignmentI[] views)
 594         {
 595           for (CommandI tsort : commands)
 596           {
 597             tsort.undoCommand(views);
 598           }
 599         }
 600
 601         @Override
 602         public int getSize()
 603         {
 604           return commands.size();
 605         }
 606
 607         @Override
 608         public String getDescription()
 609         {
 610           return "Tree Sort (many views)";
 611         }
 612
 613         @Override
 614         public void doCommand(AlignmentI[] views)
 615         {
 616
 617           for (CommandI tsort : commands)
 618           {
 619             tsort.doCommand(views);
 620           }
 621         }
 622       });
 623       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher
 624               .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId()))
 625       {
 626         // ensure all the alignFrames refresh their GI after adding an undo item
 627         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 628       }
 629     }
 630     else
 631     {
 632       treeCanvas.getAssociatedPanel().alignFrame.addHistoryItem(
 633               sortAlignmentIn(treeCanvas.getAssociatedPanel()));
 634     }
 635
 636   }
 637
 638   public CommandI sortAlignmentIn(AlignmentPanel ap)
 639   {
 640     // TODO: move to alignment view controller
 641     AlignmentViewport viewport = ap.av;
 642     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();
 643     AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(), tree);
 644     CommandI undo;
 645     undo = new OrderCommand("Tree Sort", oldOrder, viewport.getAlignment());
 646
 647     ap.paintAlignment(true, false);
 648     return undo;
 649   }
 650
 651   /**
 652    * DOCUMENT ME!
 653    *
 654    * @param e
 655    *          DOCUMENT ME!
 656    */
 657   @Override
 658   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)
 659   {
 660     if (treeCanvas == null)
 661     {
 662       return;
 663     }
 664
 665     new FontChooser(this);
 666   }
 667
 668   public Font getTreeFont()
 669   {
 670     return treeCanvas.font;
 671   }
 672
 673   public void setTreeFont(Font f)
 674   {
 675     if (treeCanvas != null)
 676     {
 677       treeCanvas.setFont(f);
 678     }
 679   }
 680
 681   /**
 682    * DOCUMENT ME!
 683    *
 684    * @param e
 685    *          DOCUMENT ME!
 686    */
 687   @Override
 688   public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 689   {
 690     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());
 691   }
 692
 693   /**
 694    * DOCUMENT ME!
 695    *
 696    * @param e
 697    *          DOCUMENT ME!
 698    */
 699   @Override
 700   public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 701   {
 702     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());
 703   }
 704
 705   /**
 706    * DOCUMENT ME!
 707    *
 708    * @param e
 709    *          DOCUMENT ME!
 710    */
 711   @Override
 712   public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 713   {
 714     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());
 715   }
 716
 717   /**
 718    * Outputs the Tree in image format (currently EPS or PNG). The user is
 719    * prompted for the file to save to, and for EPS (unless a preference is
 720    * already set) for the choice of Text or Lineart for character rendering.
 721    */
 722   @Override
 723   public void writeTreeImage(TYPE imageFormat)
 724   {
 725     int width = treeCanvas.getWidth();
 726     int height = treeCanvas.getHeight();
 727     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
 728     {
 729       @Override
 730       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
 731       {
 732         treeCanvas.draw(g, width, height);
 733       }
 734     };
 735     String tree = MessageManager.getString("label.tree");
 736     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, imageFormat,
 737             tree);
 738     exporter.doExport(null, this, width, height,
 739             tree.toLowerCase(Locale.ROOT));
 740   }
 741
 742   /**
 743    * change node labels to the annotation referred to by labelClass TODO:
 744    * promote to a datamodel modification that can be undone TODO: make argument
 745    * one case of a generic transformation function ie { undoStep = apply(Tree,
 746    * TransformFunction)};
 747    *
 748    * @param labelClass
 749    */
 750   public void changeNames(final String labelClass)
 751   {
 752     tree.applyToNodes(new NodeTransformI()
 753     {
 754
 755       @Override
 756       public void transform(BinaryNode node)
 757       {
 758         if (node instanceof SequenceNode
 759                 && !((SequenceNode) node).isPlaceholder()
 760                 && !((SequenceNode) node).isDummy())
 761         {
 762           String newname = null;
 763           SequenceI sq = (SequenceI) ((BinaryNode) node).element();
 764           if (sq != null)
 765           {
 766             // search dbrefs, features and annotation
 767             List<DBRefEntry> refs = jalview.util.DBRefUtils
 768                     .selectRefs(sq.getDBRefs(), new String[]
 769                     { labelClass.toUpperCase(Locale.ROOT) });
 770             if (refs != null)
 771             {
 772               for (int i = 0, ni = refs.size(); i < ni; i++)
 773               {
 774                 if (newname == null)
 775                 {
 776                   newname = new String(refs.get(i).getAccessionId());
 777                 }
 778                 else
 779                 {
 780                   newname += "; " + refs.get(i).getAccessionId();
 781                 }
 782               }
 783             }
 784             if (newname == null)
 785             {
 786               List<SequenceFeature> features = sq.getFeatures()
 787                       .getPositionalFeatures(labelClass);
 788               for (SequenceFeature feature : features)
 789               {
 790                 if (newname == null)
 791                 {
 792                   newname = feature.getDescription();
 793                 }
 794                 else
 795                 {
 796                   newname = newname + "; " + feature.getDescription();
 797                 }
 798               }
 799             }
 800           }
 801           if (newname != null)
 802           {
 803             // String oldname = ((SequenceNode) node).getName();
 804             // TODO : save oldname in the undo object for this modification.
 805             ((BinaryNode) node).setName(newname);
 806           }
 807         }
 808       }
 809     });
 810   }
 811
 812   /**
 813    * Formats a localised title for the tree panel, like
 814    * <p>
 815    * Neighbour Joining Using BLOSUM62
 816    * <p>
 817    * For a tree loaded from file, just uses the file name
 818    *
 819    * @return
 820    */
 821   public String getPanelTitle()
 822   {
 823     if (treeTitle != null)
 824     {
 825       return treeTitle;
 826     }
 827
 828     /*
 829      * i18n description of Neighbour Joining or Average Distance method
 830      */
 831     String treecalcnm = MessageManager.getString(
 832             "label.tree_calc_" + treeType.toLowerCase(Locale.ROOT));
 833
 834     /*
 835      * short score model name (long description can be too long)
 836      */
 837     String smn = scoreModelName;
 838
 839     /*
 840      * put them together as <method> Using <model>
 841      */
 842     final String ttl = MessageManager.formatMessage("label.calc_title",
 843             treecalcnm, smn);
 844     return ttl;
 845   }
 846
 847   /**
 848    * Builds an EPS image and writes it to the specified file.
 849    *
 850    * @param outFile
 851    * @param textOption
 852    *          true for Text character rendering, false for Lineart
 853    */
 854   protected void writeEpsFile(File outFile, boolean textOption)
 855   {
 856     try
 857     {
 858       int width = treeCanvas.getWidth();
 859       int height = treeCanvas.getHeight();
 860
 861       FileOutputStream out = new FileOutputStream(outFile);
 862       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width,
 863               height);
 864       pg.setAccurateTextMode(!textOption);
 865       treeCanvas.draw(pg, width, height);
 866
 867       pg.flush();
 868       pg.close();
 869     } catch (Exception ex)
 870     {
 871       System.err.println("Error writing tree as EPS");
 872       ex.printStackTrace();
 873     }
 874   }
 875
 876   public AlignViewport getViewport()
 877   {
 878     return av;
 879   }
 880
 881   public void setViewport(AlignViewport av)
 882   {
 883     this.av = av;
 884   }
 885
 886   public TreeCanvas getTreeCanvas()
 887   {
 888     return treeCanvas;
 889   }
 890 }