src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.beans.*;
  22 import java.io.*;
  23 import java.util.*;
  24 import java.util.List;
  25
  26 import javax.imageio.*;
  27
  28 import java.awt.*;
  29 import java.awt.event.*;
  30 import java.awt.image.*;
  31 import javax.swing.*;
  32
  33 import org.jibble.epsgraphics.*;
  34 import jalview.analysis.*;
  35 import jalview.commands.CommandI;
  36 import jalview.commands.OrderCommand;
  37 import jalview.datamodel.*;
  38 import jalview.io.*;
  39 import jalview.jbgui.*;
  40 import jalview.util.MessageManager;
  41
  42 /**
  43  * DOCUMENT ME!
  44  *
  45  * @author $author$
  46  * @version $Revision$
  47  */
  48 public class TreePanel extends GTreePanel
  49 {
  50   String type;
  51
  52   String pwtype;
  53
  54   TreeCanvas treeCanvas;
  55
  56   NJTree tree;
  57
  58   AlignViewport av;
  59
  60   /**
  61    * Creates a new TreePanel object.
  62    *
  63    * @param av
  64    *          DOCUMENT ME!
  65    * @param seqVector
  66    *          DOCUMENT ME!
  67    * @param type
  68    *          DOCUMENT ME!
  69    * @param pwtype
  70    *          DOCUMENT ME!
  71    * @param s
  72    *          DOCUMENT ME!
  73    * @param e
  74    *          DOCUMENT ME!
  75    */
  76   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype)
  77   {
  78     super();
  79     initTreePanel(ap, type, pwtype, null, null);
  80
  81     // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as
  82     // a userdefined default
  83     // showDistances(true);
  84   }
  85
  86   /**
  87    * Creates a new TreePanel object.
  88    *
  89    * @param av
  90    *          DOCUMENT ME!
  91    * @param seqVector
  92    *          DOCUMENT ME!
  93    * @param newtree
  94    *          DOCUMENT ME!
  95    * @param type
  96    *          DOCUMENT ME!
  97    * @param pwtype
  98    *          DOCUMENT ME!
  99    */
 100   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
 101           NewickFile newtree)
 102   {
 103     super();
 104     initTreePanel(ap, type, pwtype, newtree, null);
 105   }
 106
 107   public TreePanel(AlignmentPanel av, String type, String pwtype,
 108           NewickFile newtree, AlignmentView inputData)
 109   {
 110     super();
 111     initTreePanel(av, type, pwtype, newtree, inputData);
 112   }
 113
 114   public AlignmentI getAlignment()
 115   {
 116     return treeCanvas.av.getAlignment();
 117   }
 118
 119   public AlignViewport getViewPort()
 120   {
 121     return treeCanvas.av;
 122   }
 123
 124   void initTreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
 125           NewickFile newTree, AlignmentView inputData)
 126   {
 127
 128     av = ap.av;
 129     this.type = type;
 130     this.pwtype = pwtype;
 131
 132     treeCanvas = new TreeCanvas(this, ap, scrollPane);
 133     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);
 134
 135     PaintRefresher.Register(this, ap.av.getSequenceSetId());
 136
 137     buildAssociatedViewMenu();
 138
 139     av.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()
 140     {
 141       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 142       {
 143         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 144         {
 145           if (tree == null)
 146           {
 147             System.out.println("tree is null");
 148             // TODO: deal with case when a change event is received whilst a
 149             // tree is still being calculated - should save reference for
 150             // processing message later.
 151             return;
 152           }
 153           if (evt.getNewValue() == null)
 154           {
 155             System.out
 156                     .println("new alignment sequences vector value is null");
 157           }
 158
 159           tree.UpdatePlaceHolders((List<SequenceI>) evt.getNewValue());
 160           treeCanvas.nameHash.clear(); // reset the mapping between canvas
 161           // rectangles and leafnodes
 162           repaint();
 163         }
 164       }
 165     });
 166
 167     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);
 168     if (inputData != null)
 169     {
 170       tl.odata = inputData;
 171     }
 172     tl.start();
 173
 174   }
 175
 176   public void viewMenu_menuSelected()
 177   {
 178     buildAssociatedViewMenu();
 179   }
 180
 181   void buildAssociatedViewMenu()
 182   {
 183     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 184             .getSequenceSetId());
 185     if (aps.length == 1 && treeCanvas.ap == aps[0])
 186     {
 187       associateLeavesMenu.setVisible(false);
 188       return;
 189     }
 190
 191     associateLeavesMenu.setVisible(true);
 192
 193     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 194     {
 195       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 196     }
 197
 198     associateLeavesMenu.removeAll();
 199
 200     JRadioButtonMenuItem item;
 201     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 202     int i, iSize = aps.length;
 203     final TreePanel thisTreePanel = this;
 204     for (i = 0; i < iSize; i++)
 205     {
 206       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 207       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap == treeCanvas.ap);
 208       buttonGroup.add(item);
 209       item.addActionListener(new ActionListener()
 210       {
 211         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 212         {
 213           treeCanvas.applyToAllViews = false;
 214           treeCanvas.ap = ap;
 215           treeCanvas.av = ap.av;
 216           PaintRefresher.Register(thisTreePanel, ap.av.getSequenceSetId());
 217         }
 218       });
 219
 220       associateLeavesMenu.add(item);
 221     }
 222
 223     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 224     buttonGroup.add(itemf);
 225     itemf.setSelected(treeCanvas.applyToAllViews);
 226     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 227     {
 228       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 229       {
 230         treeCanvas.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 231       }
 232     });
 233     associateLeavesMenu.add(itemf);
 234
 235   }
 236
 237   class TreeLoader extends Thread
 238   {
 239     NewickFile newtree;
 240
 241     jalview.datamodel.AlignmentView odata = null;
 242
 243     public TreeLoader(NewickFile newtree)
 244     {
 245       this.newtree = newtree;
 246       if (newtree != null)
 247       {
 248         // Must be outside run(), as Jalview2XML tries to
 249         // update distance/bootstrap visibility at the same time
 250         showBootstrap(newtree.HasBootstrap());
 251         showDistances(newtree.HasDistances());
 252       }
 253     }
 254
 255     public void run()
 256     {
 257
 258       if (newtree != null)
 259       {
 260         if (odata == null)
 261         {
 262           tree = new NJTree(av.getAlignment().getSequencesArray(), newtree);
 263         }
 264         else
 265         {
 266           tree = new NJTree(av.getAlignment().getSequencesArray(), odata,
 267                   newtree);
 268         }
 269         if (!tree.hasOriginalSequenceData())
 270         {
 271           allowOriginalSeqData(false);
 272         }
 273       }
 274       else
 275       {
 276         int start, end;
 277         SequenceI[] seqs;
 278         boolean selview = av.getSelectionGroup() != null
 279                 && av.getSelectionGroup().getSize() > 1;
 280         AlignmentView seqStrings = av.getAlignmentView(selview);
 281         if (!selview)
 282         {
 283           start = 0;
 284           end = av.getAlignment().getWidth();
 285           seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 286         }
 287         else
 288         {
 289           start = av.getSelectionGroup().getStartRes();
 290           end = av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1;
 291           seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(
 292                   av.getAlignment());
 293         }
 294
 295         tree = new NJTree(seqs, seqStrings, type, pwtype, start, end);
 296         showDistances(true);
 297       }
 298
 299       tree.reCount(tree.getTopNode());
 300       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 301       treeCanvas.setTree(tree);
 302       treeCanvas.repaint();
 303       av.setCurrentTree(tree);
 304       if (av.getSortByTree())
 305       {
 306         sortByTree_actionPerformed(null);
 307       }
 308     }
 309   }
 310
 311   public void showDistances(boolean b)
 312   {
 313     treeCanvas.setShowDistances(b);
 314     distanceMenu.setSelected(b);
 315   }
 316
 317   public void showBootstrap(boolean b)
 318   {
 319     treeCanvas.setShowBootstrap(b);
 320     bootstrapMenu.setSelected(b);
 321   }
 322
 323   public void showPlaceholders(boolean b)
 324   {
 325     placeholdersMenu.setState(b);
 326     treeCanvas.setMarkPlaceholders(b);
 327   }
 328
 329   private void allowOriginalSeqData(boolean b)
 330   {
 331     originalSeqData.setVisible(b);
 332   }
 333
 334   /**
 335    * DOCUMENT ME!
 336    *
 337    * @return DOCUMENT ME!
 338    */
 339   public NJTree getTree()
 340   {
 341     return tree;
 342   }
 343
 344   /**
 345    * DOCUMENT ME!
 346    *
 347    * @param e
 348    *          DOCUMENT ME!
 349    */
 350   public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)
 351   {
 352     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 353
 354     StringBuffer buffer = new StringBuffer();
 355
 356     if (type.equals("AV"))
 357     {
 358       buffer.append("Average distance tree using ");
 359     }
 360     else
 361     {
 362       buffer.append("Neighbour joining tree using ");
 363     }
 364
 365     if (pwtype.equals("BL"))
 366     {
 367       buffer.append("BLOSUM62");
 368     }
 369     else
 370     {
 371       buffer.append("PID");
 372     }
 373
 374     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 375             tree.getTopNode());
 376     try
 377     {
 378       cap.setText(fout.print(tree.isHasBootstrap(), tree.isHasDistances(),
 379               tree.isHasRootDistance()));
 380       Desktop.addInternalFrame(cap, buffer.toString(), 500, 100);
 381     } catch (OutOfMemoryError oom)
 382     {
 383       new OOMWarning("generating newick tree file", oom);
 384       cap.dispose();
 385     }
 386
 387   }
 388
 389   /**
 390    * DOCUMENT ME!
 391    *
 392    * @param e
 393    *          DOCUMENT ME!
 394    */
 395   public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)
 396   {
 397     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 398             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 399     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 400     chooser.setDialogTitle("Save tree as newick file");
 401     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 402
 403     int value = chooser.showSaveDialog(null);
 404
 405     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 406     {
 407       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 408       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 409               .getSelectedFile().getParent());
 410
 411       try
 412       {
 413         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 414                 tree.getTopNode());
 415         String output = fout.print(tree.isHasBootstrap(),
 416                 tree.isHasDistances(), tree.isHasRootDistance());
 417         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 418                 new java.io.FileWriter(choice));
 419         out.println(output);
 420         out.close();
 421       } catch (Exception ex)
 422       {
 423         ex.printStackTrace();
 424       }
 425     }
 426   }
 427
 428   /**
 429    * DOCUMENT ME!
 430    *
 431    * @param e
 432    *          DOCUMENT ME!
 433    */
 434   public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 435   {
 436     // Putting in a thread avoids Swing painting problems
 437     treeCanvas.startPrinting();
 438   }
 439
 440   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 441   {
 442     if (!tree.hasOriginalSequenceData())
 443     {
 444       jalview.bin.Cache.log
 445               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 446       return;
 447     }
 448     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 449     // warrant a new window to be created
 450     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 451     // yields unaligned seqs)
 452     // or create a selection box around columns in alignment view
 453     // test Alignment(SeqCigar[])
 454     char gc = '-';
 455     try
 456     {
 457       // we try to get the associated view's gap character
 458       // but this may fail if the view was closed...
 459       gc = av.getGapCharacter();
 460
 461     } catch (Exception ex)
 462     {
 463     }
 464     ;
 465     Object[] alAndColsel = tree.seqData.getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 466
 467     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 468     {
 469       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 470
 471       Alignment al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 472       Alignment dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 473               .getAlignment().getDataset() : null;
 474       if (dataset != null)
 475       {
 476         al.setDataset(dataset);
 477       }
 478
 479       if (true)
 480       {
 481         // make a new frame!
 482         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 483                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 484                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 485
 486         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 487         // found!!<<<
 488         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 489
 490         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 491         // msaorder);
 492
 493         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage("label.original_data_for_params", new String[]{this.title}),
 494                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 495       }
 496     }
 497   }
 498
 499   /**
 500    * DOCUMENT ME!
 501    *
 502    * @param e
 503    *          DOCUMENT ME!
 504    */
 505   public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
 506   {
 507     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();
 508     repaint();
 509   }
 510
 511   /**
 512    * sort the associated alignment view by the current tree.
 513    *
 514    * @param e
 515    */
 516   public void sortByTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 517   {
 518
 519     if (treeCanvas.applyToAllViews)
 520     {
 521       final ArrayList<CommandI> commands = new ArrayList<CommandI>();
 522       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 523               .getSequenceSetId()))
 524       {
 525         commands.add(sortAlignmentIn(ap.av.getAlignPanel()));
 526       }
 527       av.getAlignPanel().alignFrame.addHistoryItem(new CommandI()
 528       {
 529
 530         @Override
 531         public void undoCommand(AlignmentI[] views)
 532         {
 533           for (CommandI tsort : commands)
 534           {
 535             tsort.undoCommand(views);
 536           }
 537         }
 538
 539         @Override
 540         public int getSize()
 541         {
 542           return commands.size();
 543         }
 544
 545         @Override
 546         public String getDescription()
 547         {
 548           return "Tree Sort (many views)";
 549         }
 550
 551         @Override
 552         public void doCommand(AlignmentI[] views)
 553         {
 554
 555           for (CommandI tsort : commands)
 556           {
 557             tsort.doCommand(views);
 558           }
 559         }
 560       });
 561       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 562               .getSequenceSetId()))
 563       {
 564         // ensure all the alignFrames refresh their GI after adding an undo item
 565         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 566       }
 567     }
 568     else
 569     {
 570       treeCanvas.ap.alignFrame
 571               .addHistoryItem(sortAlignmentIn(treeCanvas.ap));
 572     }
 573
 574   }
 575
 576   public CommandI sortAlignmentIn(AlignmentPanel ap)
 577   {
 578     AlignViewport av = ap.av;
 579     SequenceI[] oldOrder = av.getAlignment().getSequencesArray();
 580     AlignmentSorter.sortByTree(av.getAlignment(), tree);
 581     CommandI undo;
 582     undo = new OrderCommand("Tree Sort", oldOrder, av.getAlignment());
 583
 584     ap.paintAlignment(true);
 585     return undo;
 586   }
 587
 588   /**
 589    * DOCUMENT ME!
 590    *
 591    * @param e
 592    *          DOCUMENT ME!
 593    */
 594   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)
 595   {
 596     if (treeCanvas == null)
 597     {
 598       return;
 599     }
 600
 601     new FontChooser(this);
 602   }
 603
 604   public Font getTreeFont()
 605   {
 606     return treeCanvas.font;
 607   }
 608
 609   public void setTreeFont(Font font)
 610   {
 611     if (treeCanvas != null)
 612     {
 613       treeCanvas.setFont(font);
 614     }
 615   }
 616
 617   /**
 618    * DOCUMENT ME!
 619    *
 620    * @param e
 621    *          DOCUMENT ME!
 622    */
 623   public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 624   {
 625     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());
 626   }
 627
 628   /**
 629    * DOCUMENT ME!
 630    *
 631    * @param e
 632    *          DOCUMENT ME!
 633    */
 634   public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 635   {
 636     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());
 637   }
 638
 639   /**
 640    * DOCUMENT ME!
 641    *
 642    * @param e
 643    *          DOCUMENT ME!
 644    */
 645   public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 646   {
 647     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());
 648   }
 649
 650   /**
 651    * DOCUMENT ME!
 652    *
 653    * @param e
 654    *          DOCUMENT ME!
 655    */
 656   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 657   {
 658     boolean accurateText = true;
 659
 660     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 661             "Prompt each time");
 662
 663     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 664     // Prompt for EPS rendering style
 665     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 666             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 667                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 668     {
 669       EPSOptions eps = new EPSOptions();
 670       renderStyle = eps.getValue();
 671
 672       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 673       {
 674         return;
 675       }
 676
 677     }
 678
 679     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 680     {
 681       accurateText = false;
 682     }
 683
 684     int width = treeCanvas.getWidth();
 685     int height = treeCanvas.getHeight();
 686
 687     try
 688     {
 689       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
 690               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 691               { "eps" }, new String[]
 692               { "Encapsulated Postscript" }, "Encapsulated Postscript");
 693       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 694       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from tree");
 695       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 696
 697       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 698
 699       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 700       {
 701         return;
 702       }
 703
 704       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 705               .getSelectedFile().getParent());
 706
 707       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 708       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width, height);
 709
 710       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 711
 712       treeCanvas.draw(pg, width, height);
 713
 714       pg.flush();
 715       pg.close();
 716     } catch (Exception ex)
 717     {
 718       ex.printStackTrace();
 719     }
 720   }
 721
 722   /**
 723    * DOCUMENT ME!
 724    *
 725    * @param e
 726    *          DOCUMENT ME!
 727    */
 728   public void pngTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 729   {
 730     int width = treeCanvas.getWidth();
 731     int height = treeCanvas.getHeight();
 732
 733     try
 734     {
 735       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
 736               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 737               { "png" }, new String[]
 738               { "Portable network graphics" }, "Portable network graphics");
 739
 740       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 741       chooser.setDialogTitle("Create PNG image from tree");
 742       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 743
 744       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 745
 746       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 747       {
 748         return;
 749       }
 750
 751       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 752               .getSelectedFile().getParent());
 753
 754       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 755
 756       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,
 757               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 758       Graphics png = bi.getGraphics();
 759
 760       treeCanvas.draw(png, width, height);
 761
 762       ImageIO.write(bi, "png", out);
 763       out.close();
 764     } catch (Exception ex)
 765     {
 766       ex.printStackTrace();
 767     }
 768   }
 769
 770   /**
 771    * change node labels to the annotation referred to by labelClass TODO:
 772    * promote to a datamodel modification that can be undone TODO: make argument
 773    * one case of a generic transformation function ie { undoStep = apply(Tree,
 774    * TransformFunction)};
 775    *
 776    * @param labelClass
 777    */
 778   public void changeNames(final String labelClass)
 779   {
 780     tree.applyToNodes(new NodeTransformI()
 781     {
 782
 783       public void transform(BinaryNode node)
 784       {
 785         if (node instanceof SequenceNode
 786                 && !((SequenceNode) node).isPlaceholder()
 787                 && !((SequenceNode) node).isDummy())
 788         {
 789           String newname = null;
 790           SequenceI sq = (SequenceI) ((SequenceNode) node).element();
 791           if (sq != null)
 792           {
 793             // search dbrefs, features and annotation
 794             DBRefEntry[] refs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 795                     sq.getDBRef(), new String[]
 796                     { labelClass.toUpperCase() });
 797             if (refs != null)
 798             {
 799               for (int i = 0; i < refs.length; i++)
 800               {
 801                 if (newname == null)
 802                 {
 803                   newname = new String(refs[i].getAccessionId());
 804                 }
 805                 else
 806                 {
 807                   newname = newname + "; " + refs[i].getAccessionId();
 808                 }
 809               }
 810             }
 811             if (newname == null)
 812             {
 813               SequenceFeature sf[] = sq.getSequenceFeatures();
 814               for (int i = 0; sf != null && i < sf.length; i++)
 815               {
 816                 if (sf[i].getType().equals(labelClass))
 817                 {
 818                   if (newname == null)
 819                   {
 820                     newname = new String(sf[i].getDescription());
 821                   }
 822                   else
 823                   {
 824                     newname = newname + "; " + sf[i].getDescription();
 825                   }
 826                 }
 827               }
 828             }
 829           }
 830           if (newname != null)
 831           {
 832             String oldname = ((SequenceNode) node).getName();
 833             // TODO : save in the undo object for this modification.
 834             ((SequenceNode) node).setName(newname);
 835           }
 836         }
 837       }
 838     });
 839   }
 840 }