src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  24 import jalview.analysis.AverageDistanceTree;
  25 import jalview.analysis.NJTree;
  26 import jalview.analysis.TreeBuilder;
  27 import jalview.analysis.TreeModel;
  28 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  29 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  30 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.commands.CommandI;
  33 import jalview.commands.OrderCommand;
  34 import jalview.datamodel.Alignment;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  37 import jalview.datamodel.BinaryNode;
  38 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  39 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  40 import jalview.datamodel.NodeTransformI;
  41 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  42 import jalview.datamodel.SequenceI;
  43 import jalview.datamodel.SequenceNode;
  44 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  45 import jalview.io.JalviewFileView;
  46 import jalview.io.NewickFile;
  47 import jalview.jbgui.GTreePanel;
  48 import jalview.util.ImageMaker;
  49 import jalview.util.MessageManager;
  50 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  51
  52 import java.awt.Font;
  53 import java.awt.Graphics;
  54 import java.awt.event.ActionEvent;
  55 import java.awt.event.ActionListener;
  56 import java.awt.image.BufferedImage;
  57 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  58 import java.beans.PropertyChangeListener;
  59 import java.io.FileOutputStream;
  60 import java.util.ArrayList;
  61 import java.util.List;
  62
  63 import javax.imageio.ImageIO;
  64 import javax.swing.ButtonGroup;
  65 import javax.swing.JMenuItem;
  66 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  67 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  68 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  69
  70 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  71
  72 /**
  73  * DOCUMENT ME!
  74  *
  75  * @author $author$
  76  * @version $Revision$
  77  */
  78 public class TreePanel extends GTreePanel
  79 {
  80   String treeType;
  81
  82   String scoreModelName; // if tree computed
  83
  84   String treeTitle; // if tree loaded
  85
  86   SimilarityParamsI similarityParams;
  87
  88   TreeCanvas treeCanvas;
  89
  90   TreeModel tree;
  91
  92   AlignViewport av;
  93
  94   /**
  95    * Creates a new TreePanel object.
  96    *
  97    * @param ap
  98    * @param type
  99    * @param modelName
 100    * @param options
 101    */
 102   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String modelName,
 103           SimilarityParamsI options)
 104   {
 105     super();
 106     this.similarityParams = options;
 107     initTreePanel(ap, type, modelName, null, null);
 108
 109     // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as
 110     // a userdefined default
 111     // showDistances(true);
 112   }
 113
 114   public TreePanel(AlignmentPanel alignPanel, NewickFile newtree,
 115           String theTitle, AlignmentView inputData)
 116   {
 117     super();
 118     this.treeTitle = theTitle;
 119     initTreePanel(alignPanel, null, null, newtree, inputData);
 120   }
 121
 122   public AlignmentI getAlignment()
 123   {
 124     return treeCanvas.av.getAlignment();
 125   }
 126
 127   public AlignmentViewport getViewPort()
 128   {
 129     return treeCanvas.av;
 130   }
 131
 132   void initTreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String modelName,
 133           NewickFile newTree, AlignmentView inputData)
 134   {
 135
 136     av = ap.av;
 137     this.treeType = type;
 138     this.scoreModelName = modelName;
 139
 140     treeCanvas = new TreeCanvas(this, ap, scrollPane);
 141     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);
 142
 143     PaintRefresher.Register(this, ap.av.getSequenceSetId());
 144
 145     buildAssociatedViewMenu();
 146
 147     final PropertyChangeListener listener = addAlignmentListener();
 148
 149     /*
 150      * remove listener when window is closed, so that this
 151      * panel can be garbage collected
 152      */
 153     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 154     {
 155       @Override
 156       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 157       {
 158         if (av != null)
 159         {
 160           av.removePropertyChangeListener(listener);
 161         }
 162       }
 163     });
 164
 165     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree, inputData);
 166     tl.start();
 167
 168   }
 169
 170   /**
 171    * @return
 172    */
 173   protected PropertyChangeListener addAlignmentListener()
 174   {
 175     final PropertyChangeListener listener = new PropertyChangeListener()
 176     {
 177       @Override
 178       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 179       {
 180         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 181         {
 182           if (tree == null)
 183           {
 184             System.out.println("tree is null");
 185             // TODO: deal with case when a change event is received whilst a
 186             // tree is still being calculated - should save reference for
 187             // processing message later.
 188             return;
 189           }
 190           if (evt.getNewValue() == null)
 191           {
 192             System.out.println(
 193                     "new alignment sequences vector value is null");
 194           }
 195
 196           tree.updatePlaceHolders((List<SequenceI>) evt.getNewValue());
 197           treeCanvas.nameHash.clear(); // reset the mapping between canvas
 198           // rectangles and leafnodes
 199           repaint();
 200         }
 201       }
 202     };
 203     av.addPropertyChangeListener(listener);
 204     return listener;
 205   }
 206
 207   @Override
 208   public void viewMenu_menuSelected()
 209   {
 210     buildAssociatedViewMenu();
 211   }
 212
 213   void buildAssociatedViewMenu()
 214   {
 215     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 216             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 217     if (aps.length == 1 && treeCanvas.ap == aps[0])
 218     {
 219       associateLeavesMenu.setVisible(false);
 220       return;
 221     }
 222
 223     associateLeavesMenu.setVisible(true);
 224
 225     if ((viewMenu
 226             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 227     {
 228       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 229     }
 230
 231     associateLeavesMenu.removeAll();
 232
 233     JRadioButtonMenuItem item;
 234     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 235     int i, iSize = aps.length;
 236     final TreePanel thisTreePanel = this;
 237     for (i = 0; i < iSize; i++)
 238     {
 239       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 240       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap == treeCanvas.ap);
 241       buttonGroup.add(item);
 242       item.addActionListener(new ActionListener()
 243       {
 244         @Override
 245         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 246         {
 247           treeCanvas.applyToAllViews = false;
 248           treeCanvas.ap = ap;
 249           treeCanvas.av = ap.av;
 250           PaintRefresher.Register(thisTreePanel, ap.av.getSequenceSetId());
 251         }
 252       });
 253
 254       associateLeavesMenu.add(item);
 255     }
 256
 257     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 258             MessageManager.getString("label.all_views"));
 259     buttonGroup.add(itemf);
 260     itemf.setSelected(treeCanvas.applyToAllViews);
 261     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 262     {
 263       @Override
 264       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 265       {
 266         treeCanvas.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 267       }
 268     });
 269     associateLeavesMenu.add(itemf);
 270
 271   }
 272
 273   class TreeLoader extends Thread
 274   {
 275     private NewickFile newtree;
 276
 277     private AlignmentView odata = null;
 278
 279     public TreeLoader(NewickFile newickFile, AlignmentView inputData)
 280     {
 281       this.newtree = newickFile;
 282       this.odata = inputData;
 283
 284       if (newickFile != null)
 285       {
 286         // Must be outside run(), as Jalview2XML tries to
 287         // update distance/bootstrap visibility at the same time
 288         showBootstrap(newickFile.HasBootstrap());
 289         showDistances(newickFile.HasDistances());
 290       }
 291     }
 292
 293     @Override
 294     public void run()
 295     {
 296
 297       if (newtree != null)
 298       {
 299         tree = new TreeModel(av.getAlignment().getSequencesArray(), odata,
 300                 newtree);
 301         if (tree.getOriginalData() == null)
 302         {
 303           originalSeqData.setVisible(false);
 304         }
 305       }
 306       else
 307       {
 308         ScoreModelI sm = ScoreModels.getInstance()
 309                 .getScoreModel(scoreModelName, treeCanvas.ap);
 310         TreeBuilder njtree = treeType.equals(TreeBuilder.NEIGHBOUR_JOINING)
 311                 ? new NJTree(av, sm, similarityParams)
 312                 : new AverageDistanceTree(av, sm, similarityParams);
 313         tree = new TreeModel(njtree);
 314         showDistances(true);
 315       }
 316
 317       tree.reCount(tree.getTopNode());
 318       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 319       treeCanvas.setTree(tree);
 320       treeCanvas.repaint();
 321       av.setCurrentTree(tree);
 322       if (av.getSortByTree())
 323       {
 324         sortByTree_actionPerformed();
 325       }
 326     }
 327   }
 328
 329   public void showDistances(boolean b)
 330   {
 331     treeCanvas.setShowDistances(b);
 332     distanceMenu.setSelected(b);
 333   }
 334
 335   public void showBootstrap(boolean b)
 336   {
 337     treeCanvas.setShowBootstrap(b);
 338     bootstrapMenu.setSelected(b);
 339   }
 340
 341   public void showPlaceholders(boolean b)
 342   {
 343     placeholdersMenu.setState(b);
 344     treeCanvas.setMarkPlaceholders(b);
 345   }
 346
 347   /**
 348    * DOCUMENT ME!
 349    *
 350    * @return DOCUMENT ME!
 351    */
 352   public TreeModel getTree()
 353   {
 354     return tree;
 355   }
 356
 357   /**
 358    * DOCUMENT ME!
 359    *
 360    * @param e
 361    *          DOCUMENT ME!
 362    */
 363   @Override
 364   public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)
 365   {
 366     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 367
 368     String newTitle = getPanelTitle();
 369
 370     NewickFile fout = new NewickFile(tree.getTopNode());
 371     try
 372     {
 373       cap.setText(fout.print(tree.hasBootstrap(), tree.hasDistances(),
 374               tree.hasRootDistance()));
 375       Desktop.addInternalFrame(cap, newTitle, 500, 100);
 376     } catch (OutOfMemoryError oom)
 377     {
 378       new OOMWarning("generating newick tree file", oom);
 379       cap.dispose();
 380     }
 381
 382   }
 383
 384   /**
 385    * DOCUMENT ME!
 386    *
 387    * @param e
 388    *          DOCUMENT ME!
 389    */
 390   @Override
 391   public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)
 392   {
 393     // TODO: JAL-3048 save newick file for Jalview-JS
 394     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 395             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 396     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 397     chooser.setDialogTitle(
 398             MessageManager.getString("label.save_tree_as_newick"));
 399     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 400
 401     int value = chooser.showSaveDialog(null);
 402
 403     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 404     {
 405       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 406       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 407               chooser.getSelectedFile().getParent());
 408
 409       try
 410       {
 411         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 412                 tree.getTopNode());
 413         String output = fout.print(tree.hasBootstrap(), tree.hasDistances(),
 414                 tree.hasRootDistance());
 415         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 416                 new java.io.FileWriter(choice));
 417         out.println(output);
 418         out.close();
 419       } catch (Exception ex)
 420       {
 421         ex.printStackTrace();
 422       }
 423     }
 424   }
 425
 426   /**
 427    * DOCUMENT ME!
 428    *
 429    * @param e
 430    *          DOCUMENT ME!
 431    */
 432   @Override
 433   public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 434   {
 435     // Putting in a thread avoids Swing painting problems
 436     treeCanvas.startPrinting();
 437   }
 438
 439   @Override
 440   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 441   {
 442     AlignmentView originalData = tree.getOriginalData();
 443     if (originalData == null)
 444     {
 445       jalview.bin.Cache.log.info(
 446               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 447       return;
 448     }
 449     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 450     // warrant a new window to be created
 451     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 452     // yields unaligned seqs)
 453     // or create a selection box around columns in alignment view
 454     // test Alignment(SeqCigar[])
 455     char gc = '-';
 456     try
 457     {
 458       // we try to get the associated view's gap character
 459       // but this may fail if the view was closed...
 460       gc = av.getGapCharacter();
 461
 462     } catch (Exception ex)
 463     {
 464     }
 465
 466     Object[] alAndColsel = originalData.getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 467
 468     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 469     {
 470       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 471
 472       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 473       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 474               ? av.getAlignment().getDataset()
 475               : null;
 476       if (dataset != null)
 477       {
 478         al.setDataset(dataset);
 479       }
 480
 481       if (true)
 482       {
 483         // make a new frame!
 484         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 485                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 486
 487         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 488         // found!!<<<
 489         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 490
 491         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 492         // msaorder);
 493
 494         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 495                 "label.original_data_for_params", new Object[]
 496                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 497                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 498       }
 499     }
 500   }
 501
 502   /**
 503    * DOCUMENT ME!
 504    *
 505    * @param e
 506    *          DOCUMENT ME!
 507    */
 508   @Override
 509   public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
 510   {
 511     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();
 512     repaint();
 513   }
 514
 515   /**
 516    * sort the associated alignment view by the current tree.
 517    *
 518    * @param e
 519    */
 520   @Override
 521   public void sortByTree_actionPerformed()
 522   {
 523
 524     if (treeCanvas.applyToAllViews)
 525     {
 526       final ArrayList<CommandI> commands = new ArrayList<>();
 527       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher
 528               .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId()))
 529       {
 530         commands.add(sortAlignmentIn(ap.av.getAlignPanel()));
 531       }
 532       av.getAlignPanel().alignFrame.addHistoryItem(new CommandI()
 533       {
 534
 535         @Override
 536         public void undoCommand(AlignmentI[] views)
 537         {
 538           for (CommandI tsort : commands)
 539           {
 540             tsort.undoCommand(views);
 541           }
 542         }
 543
 544         @Override
 545         public int getSize()
 546         {
 547           return commands.size();
 548         }
 549
 550         @Override
 551         public String getDescription()
 552         {
 553           return "Tree Sort (many views)";
 554         }
 555
 556         @Override
 557         public void doCommand(AlignmentI[] views)
 558         {
 559
 560           for (CommandI tsort : commands)
 561           {
 562             tsort.doCommand(views);
 563           }
 564         }
 565       });
 566       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher
 567               .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId()))
 568       {
 569         // ensure all the alignFrames refresh their GI after adding an undo item
 570         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 571       }
 572     }
 573     else
 574     {
 575       treeCanvas.ap.alignFrame
 576               .addHistoryItem(sortAlignmentIn(treeCanvas.ap));
 577     }
 578
 579   }
 580
 581   public CommandI sortAlignmentIn(AlignmentPanel ap)
 582   {
 583     // TODO: move to alignment view controller
 584     AlignmentViewport viewport = ap.av;
 585     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();
 586     AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(), tree);
 587     CommandI undo;
 588     undo = new OrderCommand("Tree Sort", oldOrder, viewport.getAlignment());
 589
 590     ap.paintAlignment(true, false);
 591     return undo;
 592   }
 593
 594   /**
 595    * DOCUMENT ME!
 596    *
 597    * @param e
 598    *          DOCUMENT ME!
 599    */
 600   @Override
 601   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)
 602   {
 603     if (treeCanvas == null)
 604     {
 605       return;
 606     }
 607
 608     new FontChooser(this);
 609   }
 610
 611   public Font getTreeFont()
 612   {
 613     return treeCanvas.font;
 614   }
 615
 616   public void setTreeFont(Font f)
 617   {
 618     if (treeCanvas != null)
 619     {
 620       treeCanvas.setFont(f);
 621     }
 622   }
 623
 624   /**
 625    * DOCUMENT ME!
 626    *
 627    * @param e
 628    *          DOCUMENT ME!
 629    */
 630   @Override
 631   public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 632   {
 633     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());
 634   }
 635
 636   /**
 637    * DOCUMENT ME!
 638    *
 639    * @param e
 640    *          DOCUMENT ME!
 641    */
 642   @Override
 643   public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 644   {
 645     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());
 646   }
 647
 648   /**
 649    * DOCUMENT ME!
 650    *
 651    * @param e
 652    *          DOCUMENT ME!
 653    */
 654   @Override
 655   public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 656   {
 657     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());
 658   }
 659
 660   /**
 661    * DOCUMENT ME!
 662    *
 663    * @param e
 664    *          DOCUMENT ME!
 665    */
 666   @Override
 667   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 668   {
 669     boolean accurateText = true;
 670
 671     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 672             "Prompt each time");
 673
 674     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 675     // Prompt for EPS rendering style
 676     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 677             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 678                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 679     {
 680       LineartOptions eps = new LineartOptions("EPS_RENDERING", "EPS");
 681       renderStyle = eps.getValue();
 682
 683       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 684       {
 685         return;
 686       }
 687
 688     }
 689
 690     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 691     {
 692       accurateText = false;
 693     }
 694
 695     int width = treeCanvas.getWidth();
 696     int height = treeCanvas.getHeight();
 697
 698     try
 699     {
 700       // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS - Requires EpsGraphics2D dependency
 701       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 702               ImageMaker.EPS_EXTENSION, ImageMaker.EPS_EXTENSION);
 703       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 704       chooser.setDialogTitle(
 705               MessageManager.getString("label.create_eps_from_tree"));
 706       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 707
 708       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 709
 710       if (value != JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 711       {
 712         return;
 713       }
 714
 715       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 716               chooser.getSelectedFile().getParent());
 717
 718       FileOutputStream out = new FileOutputStream(
 719               chooser.getSelectedFile());
 720       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width,
 721               height);
 722
 723       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 724
 725       treeCanvas.draw(pg, width, height);
 726
 727       pg.flush();
 728       pg.close();
 729     } catch (Exception ex)
 730     {
 731       ex.printStackTrace();
 732     }
 733   }
 734
 735   /**
 736    * DOCUMENT ME!
 737    *
 738    * @param e
 739    *          DOCUMENT ME!
 740    */
 741   @Override
 742   public void pngTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 743   {
 744     // TODO: JAL-3048 image export supported in JalviewJS ?
 745     int width = treeCanvas.getWidth();
 746     int height = treeCanvas.getHeight();
 747
 748     try
 749     {
 750       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 751               ImageMaker.PNG_EXTENSION, ImageMaker.PNG_DESCRIPTION);
 752
 753       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 754       chooser.setDialogTitle(
 755               MessageManager.getString("label.create_png_from_tree"));
 756       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 757
 758       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 759
 760       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 761       {
 762         return;
 763       }
 764
 765       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 766               chooser.getSelectedFile().getParent());
 767
 768       FileOutputStream out = new FileOutputStream(
 769               chooser.getSelectedFile());
 770
 771       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,
 772               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 773       Graphics png = bi.getGraphics();
 774
 775       treeCanvas.draw(png, width, height);
 776
 777       ImageIO.write(bi, "png", out);
 778       out.close();
 779     } catch (Exception ex)
 780     {
 781       ex.printStackTrace();
 782     }
 783   }
 784
 785   /**
 786    * change node labels to the annotation referred to by labelClass TODO:
 787    * promote to a datamodel modification that can be undone TODO: make argument
 788    * one case of a generic transformation function ie { undoStep = apply(Tree,
 789    * TransformFunction)};
 790    *
 791    * @param labelClass
 792    */
 793   public void changeNames(final String labelClass)
 794   {
 795     tree.applyToNodes(new NodeTransformI()
 796     {
 797
 798       @Override
 799       public void transform(BinaryNode node)
 800       {
 801         if (node instanceof SequenceNode
 802                 && !((SequenceNode) node).isPlaceholder()
 803                 && !((SequenceNode) node).isDummy())
 804         {
 805           String newname = null;
 806           SequenceI sq = (SequenceI) ((SequenceNode) node).element();
 807           if (sq != null)
 808           {
 809             // search dbrefs, features and annotation
 810             DBRefEntry[] refs = jalview.util.DBRefUtils
 811                     .selectRefs(sq.getDBRefs(), new String[]
 812                     { labelClass.toUpperCase() });
 813             if (refs != null)
 814             {
 815               for (int i = 0; i < refs.length; i++)
 816               {
 817                 if (newname == null)
 818                 {
 819                   newname = new String(refs[i].getAccessionId());
 820                 }
 821                 else
 822                 {
 823                   newname = newname + "; " + refs[i].getAccessionId();
 824                 }
 825               }
 826             }
 827             if (newname == null)
 828             {
 829               List<SequenceFeature> features = sq.getFeatures()
 830                       .getPositionalFeatures(labelClass);
 831               for (SequenceFeature feature : features)
 832               {
 833                 if (newname == null)
 834                 {
 835                   newname = feature.getDescription();
 836                 }
 837                 else
 838                 {
 839                   newname = newname + "; " + feature.getDescription();
 840                 }
 841               }
 842             }
 843           }
 844           if (newname != null)
 845           {
 846             // String oldname = ((SequenceNode) node).getName();
 847             // TODO : save oldname in the undo object for this modification.
 848             ((SequenceNode) node).setName(newname);
 849           }
 850         }
 851       }
 852     });
 853   }
 854
 855   /**
 856    * Formats a localised title for the tree panel, like
 857    * <p>
 858    * Neighbour Joining Using BLOSUM62
 859    * <p>
 860    * For a tree loaded from file, just uses the file name
 861    *
 862    * @return
 863    */
 864   public String getPanelTitle()
 865   {
 866     if (treeTitle != null)
 867     {
 868       return treeTitle;
 869     }
 870
 871     /*
 872      * i18n description of Neighbour Joining or Average Distance method
 873      */
 874     String treecalcnm = MessageManager
 875             .getString("label.tree_calc_" + treeType.toLowerCase());
 876
 877     /*
 878      * short score model name (long description can be too long)
 879      */
 880     String smn = scoreModelName;
 881
 882     /*
 883      * put them together as <method> Using <model>
 884      */
 885     final String ttl = MessageManager.formatMessage("label.treecalc_title",
 886             treecalcnm, smn);
 887     return ttl;
 888   }
 889 }