src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.beans.*;
  24 import java.io.*;
  25 import java.util.*;
  26 import java.util.List;
  27
  28 import javax.imageio.*;
  29
  30 import java.awt.*;
  31 import java.awt.event.*;
  32 import java.awt.image.*;
  33 import javax.swing.*;
  34
  35 import org.jibble.epsgraphics.*;
  36 import jalview.analysis.*;
  37 import jalview.commands.CommandI;
  38 import jalview.commands.OrderCommand;
  39 import jalview.datamodel.*;
  40 import jalview.io.*;
  41 import jalview.jbgui.*;
  42 import jalview.util.MessageManager;
  43
  44 /**
  45  * DOCUMENT ME!
  46  *
  47  * @author $author$
  48  * @version $Revision$
  49  */
  50 public class TreePanel extends GTreePanel
  51 {
  52   String type;
  53
  54   String pwtype;
  55
  56   TreeCanvas treeCanvas;
  57
  58   NJTree tree;
  59
  60   AlignViewport av;
  61
  62   /**
  63    * Creates a new TreePanel object.
  64    *
  65    * @param av
  66    *          DOCUMENT ME!
  67    * @param seqVector
  68    *          DOCUMENT ME!
  69    * @param type
  70    *          DOCUMENT ME!
  71    * @param pwtype
  72    *          DOCUMENT ME!
  73    * @param s
  74    *          DOCUMENT ME!
  75    * @param e
  76    *          DOCUMENT ME!
  77    */
  78   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype)
  79   {
  80     super();
  81     initTreePanel(ap, type, pwtype, null, null);
  82
  83     // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as
  84     // a userdefined default
  85     // showDistances(true);
  86   }
  87
  88   /**
  89    * Creates a new TreePanel object.
  90    *
  91    * @param av
  92    *          DOCUMENT ME!
  93    * @param seqVector
  94    *          DOCUMENT ME!
  95    * @param newtree
  96    *          DOCUMENT ME!
  97    * @param type
  98    *          DOCUMENT ME!
  99    * @param pwtype
 100    *          DOCUMENT ME!
 101    */
 102   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
 103           NewickFile newtree)
 104   {
 105     super();
 106     initTreePanel(ap, type, pwtype, newtree, null);
 107   }
 108
 109   public TreePanel(AlignmentPanel av, String type, String pwtype,
 110           NewickFile newtree, AlignmentView inputData)
 111   {
 112     super();
 113     initTreePanel(av, type, pwtype, newtree, inputData);
 114   }
 115
 116   public AlignmentI getAlignment()
 117   {
 118     return treeCanvas.av.getAlignment();
 119   }
 120
 121   public AlignViewport getViewPort()
 122   {
 123     return treeCanvas.av;
 124   }
 125
 126   void initTreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
 127           NewickFile newTree, AlignmentView inputData)
 128   {
 129
 130     av = ap.av;
 131     this.type = type;
 132     this.pwtype = pwtype;
 133
 134     treeCanvas = new TreeCanvas(this, ap, scrollPane);
 135     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);
 136
 137     PaintRefresher.Register(this, ap.av.getSequenceSetId());
 138
 139     buildAssociatedViewMenu();
 140
 141     av.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()
 142     {
 143       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 144       {
 145         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 146         {
 147           if (tree == null)
 148           {
 149             System.out.println("tree is null");
 150             // TODO: deal with case when a change event is received whilst a
 151             // tree is still being calculated - should save reference for
 152             // processing message later.
 153             return;
 154           }
 155           if (evt.getNewValue() == null)
 156           {
 157             System.out
 158                     .println("new alignment sequences vector value is null");
 159           }
 160
 161           tree.UpdatePlaceHolders((List<SequenceI>) evt.getNewValue());
 162           treeCanvas.nameHash.clear(); // reset the mapping between canvas
 163           // rectangles and leafnodes
 164           repaint();
 165         }
 166       }
 167     });
 168
 169     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);
 170     if (inputData != null)
 171     {
 172       tl.odata = inputData;
 173     }
 174     tl.start();
 175
 176   }
 177
 178   public void viewMenu_menuSelected()
 179   {
 180     buildAssociatedViewMenu();
 181   }
 182
 183   void buildAssociatedViewMenu()
 184   {
 185     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 186             .getSequenceSetId());
 187     if (aps.length == 1 && treeCanvas.ap == aps[0])
 188     {
 189       associateLeavesMenu.setVisible(false);
 190       return;
 191     }
 192
 193     associateLeavesMenu.setVisible(true);
 194
 195     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 196     {
 197       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 198     }
 199
 200     associateLeavesMenu.removeAll();
 201
 202     JRadioButtonMenuItem item;
 203     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 204     int i, iSize = aps.length;
 205     final TreePanel thisTreePanel = this;
 206     for (i = 0; i < iSize; i++)
 207     {
 208       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 209       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap == treeCanvas.ap);
 210       buttonGroup.add(item);
 211       item.addActionListener(new ActionListener()
 212       {
 213         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 214         {
 215           treeCanvas.applyToAllViews = false;
 216           treeCanvas.ap = ap;
 217           treeCanvas.av = ap.av;
 218           PaintRefresher.Register(thisTreePanel, ap.av.getSequenceSetId());
 219         }
 220       });
 221
 222       associateLeavesMenu.add(item);
 223     }
 224
 225     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 226     buttonGroup.add(itemf);
 227     itemf.setSelected(treeCanvas.applyToAllViews);
 228     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 229     {
 230       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 231       {
 232         treeCanvas.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 233       }
 234     });
 235     associateLeavesMenu.add(itemf);
 236
 237   }
 238
 239   class TreeLoader extends Thread
 240   {
 241     NewickFile newtree;
 242
 243     jalview.datamodel.AlignmentView odata = null;
 244
 245     public TreeLoader(NewickFile newtree)
 246     {
 247       this.newtree = newtree;
 248       if (newtree != null)
 249       {
 250         // Must be outside run(), as Jalview2XML tries to
 251         // update distance/bootstrap visibility at the same time
 252         showBootstrap(newtree.HasBootstrap());
 253         showDistances(newtree.HasDistances());
 254       }
 255     }
 256
 257     public void run()
 258     {
 259
 260       if (newtree != null)
 261       {
 262         if (odata == null)
 263         {
 264           tree = new NJTree(av.getAlignment().getSequencesArray(), newtree);
 265         }
 266         else
 267         {
 268           tree = new NJTree(av.getAlignment().getSequencesArray(), odata,
 269                   newtree);
 270         }
 271         if (!tree.hasOriginalSequenceData())
 272         {
 273           allowOriginalSeqData(false);
 274         }
 275       }
 276       else
 277       {
 278         int start, end;
 279         SequenceI[] seqs;
 280         boolean selview = av.getSelectionGroup() != null
 281                 && av.getSelectionGroup().getSize() > 1;
 282         AlignmentView seqStrings = av.getAlignmentView(selview);
 283         if (!selview)
 284         {
 285           start = 0;
 286           end = av.getAlignment().getWidth();
 287           seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 288         }
 289         else
 290         {
 291           start = av.getSelectionGroup().getStartRes();
 292           end = av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1;
 293           seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(
 294                   av.getAlignment());
 295         }
 296
 297         tree = new NJTree(seqs, seqStrings, type, pwtype, start, end);
 298         showDistances(true);
 299       }
 300
 301       tree.reCount(tree.getTopNode());
 302       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 303       treeCanvas.setTree(tree);
 304       treeCanvas.repaint();
 305       av.setCurrentTree(tree);
 306       if (av.getSortByTree())
 307       {
 308         sortByTree_actionPerformed(null);
 309       }
 310     }
 311   }
 312
 313   public void showDistances(boolean b)
 314   {
 315     treeCanvas.setShowDistances(b);
 316     distanceMenu.setSelected(b);
 317   }
 318
 319   public void showBootstrap(boolean b)
 320   {
 321     treeCanvas.setShowBootstrap(b);
 322     bootstrapMenu.setSelected(b);
 323   }
 324
 325   public void showPlaceholders(boolean b)
 326   {
 327     placeholdersMenu.setState(b);
 328     treeCanvas.setMarkPlaceholders(b);
 329   }
 330
 331   private void allowOriginalSeqData(boolean b)
 332   {
 333     originalSeqData.setVisible(b);
 334   }
 335
 336   /**
 337    * DOCUMENT ME!
 338    *
 339    * @return DOCUMENT ME!
 340    */
 341   public NJTree getTree()
 342   {
 343     return tree;
 344   }
 345
 346   /**
 347    * DOCUMENT ME!
 348    *
 349    * @param e
 350    *          DOCUMENT ME!
 351    */
 352   public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)
 353   {
 354     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 355
 356     StringBuffer buffer = new StringBuffer();
 357
 358     if (type.equals("AV"))
 359     {
 360       buffer.append("Average distance tree using ");
 361     }
 362     else
 363     {
 364       buffer.append("Neighbour joining tree using ");
 365     }
 366
 367     if (pwtype.equals("BL"))
 368     {
 369       buffer.append("BLOSUM62");
 370     }
 371     else
 372     {
 373       buffer.append("PID");
 374     }
 375
 376     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 377             tree.getTopNode());
 378     try
 379     {
 380       cap.setText(fout.print(tree.isHasBootstrap(), tree.isHasDistances(),
 381               tree.isHasRootDistance()));
 382       Desktop.addInternalFrame(cap, buffer.toString(), 500, 100);
 383     } catch (OutOfMemoryError oom)
 384     {
 385       new OOMWarning("generating newick tree file", oom);
 386       cap.dispose();
 387     }
 388
 389   }
 390
 391   /**
 392    * DOCUMENT ME!
 393    *
 394    * @param e
 395    *          DOCUMENT ME!
 396    */
 397   public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)
 398   {
 399     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 400             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 401     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 402     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_tree_as_newick"));
 403     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 404
 405     int value = chooser.showSaveDialog(null);
 406
 407     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 408     {
 409       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 410       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 411               .getSelectedFile().getParent());
 412
 413       try
 414       {
 415         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 416                 tree.getTopNode());
 417         String output = fout.print(tree.isHasBootstrap(),
 418                 tree.isHasDistances(), tree.isHasRootDistance());
 419         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 420                 new java.io.FileWriter(choice));
 421         out.println(output);
 422         out.close();
 423       } catch (Exception ex)
 424       {
 425         ex.printStackTrace();
 426       }
 427     }
 428   }
 429
 430   /**
 431    * DOCUMENT ME!
 432    *
 433    * @param e
 434    *          DOCUMENT ME!
 435    */
 436   public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 437   {
 438     // Putting in a thread avoids Swing painting problems
 439     treeCanvas.startPrinting();
 440   }
 441
 442   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 443   {
 444     if (!tree.hasOriginalSequenceData())
 445     {
 446       jalview.bin.Cache.log
 447               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 448       return;
 449     }
 450     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 451     // warrant a new window to be created
 452     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 453     // yields unaligned seqs)
 454     // or create a selection box around columns in alignment view
 455     // test Alignment(SeqCigar[])
 456     char gc = '-';
 457     try
 458     {
 459       // we try to get the associated view's gap character
 460       // but this may fail if the view was closed...
 461       gc = av.getGapCharacter();
 462
 463     } catch (Exception ex)
 464     {
 465     }
 466     ;
 467     Object[] alAndColsel = tree.seqData.getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 468
 469     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 470     {
 471       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 472
 473       Alignment al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 474       Alignment dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 475               .getAlignment().getDataset() : null;
 476       if (dataset != null)
 477       {
 478         al.setDataset(dataset);
 479       }
 480
 481       if (true)
 482       {
 483         // make a new frame!
 484         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 485                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 486                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 487
 488         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 489         // found!!<<<
 490         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 491
 492         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 493         // msaorder);
 494
 495         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 496                 "label.original_data_for_params", new String[]
 497                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 498                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 499       }
 500     }
 501   }
 502
 503   /**
 504    * DOCUMENT ME!
 505    *
 506    * @param e
 507    *          DOCUMENT ME!
 508    */
 509   public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
 510   {
 511     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();
 512     repaint();
 513   }
 514
 515   /**
 516    * sort the associated alignment view by the current tree.
 517    *
 518    * @param e
 519    */
 520   public void sortByTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 521   {
 522
 523     if (treeCanvas.applyToAllViews)
 524     {
 525       final ArrayList<CommandI> commands = new ArrayList<CommandI>();
 526       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 527               .getSequenceSetId()))
 528       {
 529         commands.add(sortAlignmentIn(ap.av.getAlignPanel()));
 530       }
 531       av.getAlignPanel().alignFrame.addHistoryItem(new CommandI()
 532       {
 533
 534         @Override
 535         public void undoCommand(AlignmentI[] views)
 536         {
 537           for (CommandI tsort : commands)
 538           {
 539             tsort.undoCommand(views);
 540           }
 541         }
 542
 543         @Override
 544         public int getSize()
 545         {
 546           return commands.size();
 547         }
 548
 549         @Override
 550         public String getDescription()
 551         {
 552           return "Tree Sort (many views)";
 553         }
 554
 555         @Override
 556         public void doCommand(AlignmentI[] views)
 557         {
 558
 559           for (CommandI tsort : commands)
 560           {
 561             tsort.doCommand(views);
 562           }
 563         }
 564       });
 565       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 566               .getSequenceSetId()))
 567       {
 568         // ensure all the alignFrames refresh their GI after adding an undo item
 569         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 570       }
 571     }
 572     else
 573     {
 574       treeCanvas.ap.alignFrame
 575               .addHistoryItem(sortAlignmentIn(treeCanvas.ap));
 576     }
 577
 578   }
 579
 580   public CommandI sortAlignmentIn(AlignmentPanel ap)
 581   {
 582     AlignViewport av = ap.av;
 583     SequenceI[] oldOrder = av.getAlignment().getSequencesArray();
 584     AlignmentSorter.sortByTree(av.getAlignment(), tree);
 585     CommandI undo;
 586     undo = new OrderCommand("Tree Sort", oldOrder, av.getAlignment());
 587
 588     ap.paintAlignment(true);
 589     return undo;
 590   }
 591
 592   /**
 593    * DOCUMENT ME!
 594    *
 595    * @param e
 596    *          DOCUMENT ME!
 597    */
 598   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)
 599   {
 600     if (treeCanvas == null)
 601     {
 602       return;
 603     }
 604
 605     new FontChooser(this);
 606   }
 607
 608   public Font getTreeFont()
 609   {
 610     return treeCanvas.font;
 611   }
 612
 613   public void setTreeFont(Font font)
 614   {
 615     if (treeCanvas != null)
 616     {
 617       treeCanvas.setFont(font);
 618     }
 619   }
 620
 621   /**
 622    * DOCUMENT ME!
 623    *
 624    * @param e
 625    *          DOCUMENT ME!
 626    */
 627   public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 628   {
 629     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());
 630   }
 631
 632   /**
 633    * DOCUMENT ME!
 634    *
 635    * @param e
 636    *          DOCUMENT ME!
 637    */
 638   public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 639   {
 640     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());
 641   }
 642
 643   /**
 644    * DOCUMENT ME!
 645    *
 646    * @param e
 647    *          DOCUMENT ME!
 648    */
 649   public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 650   {
 651     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());
 652   }
 653
 654   /**
 655    * DOCUMENT ME!
 656    *
 657    * @param e
 658    *          DOCUMENT ME!
 659    */
 660   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 661   {
 662     boolean accurateText = true;
 663
 664     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 665             "Prompt each time");
 666
 667     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 668     // Prompt for EPS rendering style
 669     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 670             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 671                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 672     {
 673       EPSOptions eps = new EPSOptions();
 674       renderStyle = eps.getValue();
 675
 676       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 677       {
 678         return;
 679       }
 680
 681     }
 682
 683     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 684     {
 685       accurateText = false;
 686     }
 687
 688     int width = treeCanvas.getWidth();
 689     int height = treeCanvas.getHeight();
 690
 691     try
 692     {
 693       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
 694               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 695               { "eps" }, new String[]
 696               { "Encapsulated Postscript" }, "Encapsulated Postscript");
 697       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 698       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.create_eps_from_tree"));
 699       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 700
 701       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 702
 703       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 704       {
 705         return;
 706       }
 707
 708       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 709               .getSelectedFile().getParent());
 710
 711       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 712       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width, height);
 713
 714       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 715
 716       treeCanvas.draw(pg, width, height);
 717
 718       pg.flush();
 719       pg.close();
 720     } catch (Exception ex)
 721     {
 722       ex.printStackTrace();
 723     }
 724   }
 725
 726   /**
 727    * DOCUMENT ME!
 728    *
 729    * @param e
 730    *          DOCUMENT ME!
 731    */
 732   public void pngTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 733   {
 734     int width = treeCanvas.getWidth();
 735     int height = treeCanvas.getHeight();
 736
 737     try
 738     {
 739       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
 740               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 741               { "png" }, new String[]
 742               { "Portable network graphics" }, "Portable network graphics");
 743
 744       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 745       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.create_png_from_tree"));
 746       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 747
 748       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 749
 750       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 751       {
 752         return;
 753       }
 754
 755       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 756               .getSelectedFile().getParent());
 757
 758       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 759
 760       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,
 761               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 762       Graphics png = bi.getGraphics();
 763
 764       treeCanvas.draw(png, width, height);
 765
 766       ImageIO.write(bi, "png", out);
 767       out.close();
 768     } catch (Exception ex)
 769     {
 770       ex.printStackTrace();
 771     }
 772   }
 773
 774   /**
 775    * change node labels to the annotation referred to by labelClass TODO:
 776    * promote to a datamodel modification that can be undone TODO: make argument
 777    * one case of a generic transformation function ie { undoStep = apply(Tree,
 778    * TransformFunction)};
 779    *
 780    * @param labelClass
 781    */
 782   public void changeNames(final String labelClass)
 783   {
 784     tree.applyToNodes(new NodeTransformI()
 785     {
 786
 787       public void transform(BinaryNode node)
 788       {
 789         if (node instanceof SequenceNode
 790                 && !((SequenceNode) node).isPlaceholder()
 791                 && !((SequenceNode) node).isDummy())
 792         {
 793           String newname = null;
 794           SequenceI sq = (SequenceI) ((SequenceNode) node).element();
 795           if (sq != null)
 796           {
 797             // search dbrefs, features and annotation
 798             DBRefEntry[] refs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 799                     sq.getDBRef(), new String[]
 800                     { labelClass.toUpperCase() });
 801             if (refs != null)
 802             {
 803               for (int i = 0; i < refs.length; i++)
 804               {
 805                 if (newname == null)
 806                 {
 807                   newname = new String(refs[i].getAccessionId());
 808                 }
 809                 else
 810                 {
 811                   newname = newname + "; " + refs[i].getAccessionId();
 812                 }
 813               }
 814             }
 815             if (newname == null)
 816             {
 817               SequenceFeature sf[] = sq.getSequenceFeatures();
 818               for (int i = 0; sf != null && i < sf.length; i++)
 819               {
 820                 if (sf[i].getType().equals(labelClass))
 821                 {
 822                   if (newname == null)
 823                   {
 824                     newname = new String(sf[i].getDescription());
 825                   }
 826                   else
 827                   {
 828                     newname = newname + "; " + sf[i].getDescription();
 829                   }
 830                 }
 831               }
 832             }
 833           }
 834           if (newname != null)
 835           {
 836             String oldname = ((SequenceNode) node).getName();
 837             // TODO : save in the undo object for this modification.
 838             ((SequenceNode) node).setName(newname);
 839           }
 840         }
 841       }
 842     });
 843   }
 844 }