src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  24 import jalview.analysis.AverageDistanceTree;
  25 import jalview.analysis.NJTree;
  26 import jalview.analysis.TreeBuilder;
  27 import jalview.analysis.TreeModel;
  28 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  29 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  30 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.commands.CommandI;
  33 import jalview.commands.OrderCommand;
  34 import jalview.datamodel.Alignment;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  37 import jalview.datamodel.BinaryNode;
  38 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  39 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  40 import jalview.datamodel.NodeTransformI;
  41 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  42 import jalview.datamodel.SequenceI;
  43 import jalview.datamodel.SequenceNode;
  44 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  45 import jalview.io.JalviewFileView;
  46 import jalview.io.NewickFile;
  47 import jalview.jbgui.GTreePanel;
  48 import jalview.util.ImageMaker;
  49 import jalview.util.MessageManager;
  50 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  51
  52 import java.awt.Font;
  53 import java.awt.Graphics;
  54 import java.awt.event.ActionEvent;
  55 import java.awt.event.ActionListener;
  56 import java.awt.image.BufferedImage;
  57 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  58 import java.io.FileOutputStream;
  59 import java.util.ArrayList;
  60 import java.util.List;
  61
  62 import javax.imageio.ImageIO;
  63 import javax.swing.ButtonGroup;
  64 import javax.swing.JMenuItem;
  65 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  66
  67 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  68
  69 /**
  70  * DOCUMENT ME!
  71  *
  72  * @author $author$
  73  * @version $Revision$
  74  */
  75 public class TreePanel extends GTreePanel
  76 {
  77   String treeType;
  78
  79   String scoreModelName; // if tree computed
  80
  81   String treeTitle; // if tree loaded
  82
  83   SimilarityParamsI similarityParams;
  84
  85   TreeCanvas treeCanvas;
  86
  87   TreeModel tree;
  88
  89   AlignViewport av;
  90
  91   /**
  92    * Creates a new TreePanel object.
  93    *
  94    * @param ap
  95    * @param type
  96    * @param modelName
  97    * @param options
  98    */
  99   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String modelName,
 100           SimilarityParamsI options)
 101   {
 102     super();
 103     this.similarityParams = options;
 104     initTreePanel(ap, type, modelName, null, null);
 105
 106     // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as
 107     // a userdefined default
 108     // showDistances(true);
 109   }
 110
 111   public TreePanel(AlignmentPanel alignPanel, NewickFile newtree,
 112           String theTitle, AlignmentView inputData)
 113   {
 114     super();
 115     this.treeTitle = theTitle;
 116     initTreePanel(alignPanel, null, null, newtree, inputData);
 117   }
 118
 119   public AlignmentI getAlignment()
 120   {
 121     return treeCanvas.av.getAlignment();
 122   }
 123
 124   public AlignmentViewport getViewPort()
 125   {
 126     return treeCanvas.av;
 127   }
 128
 129   void initTreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String modelName,
 130           NewickFile newTree, AlignmentView inputData)
 131   {
 132
 133     av = ap.av;
 134     this.treeType = type;
 135     this.scoreModelName = modelName;
 136
 137     treeCanvas = new TreeCanvas(this, ap, scrollPane);
 138     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);
 139
 140     PaintRefresher.Register(this, ap.av.getSequenceSetId());
 141
 142     buildAssociatedViewMenu();
 143
 144     av.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()
 145     {
 146       @Override
 147       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 148       {
 149         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 150         {
 151           if (tree == null)
 152           {
 153             System.out.println("tree is null");
 154             // TODO: deal with case when a change event is received whilst a
 155             // tree is still being calculated - should save reference for
 156             // processing message later.
 157             return;
 158           }
 159           if (evt.getNewValue() == null)
 160           {
 161             System.out
 162                     .println("new alignment sequences vector value is null");
 163           }
 164
 165           tree.updatePlaceHolders((List<SequenceI>) evt.getNewValue());
 166           treeCanvas.nameHash.clear(); // reset the mapping between canvas
 167           // rectangles and leafnodes
 168           repaint();
 169         }
 170       }
 171     });
 172
 173     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree, inputData);
 174     tl.start();
 175
 176   }
 177
 178   @Override
 179   public void viewMenu_menuSelected()
 180   {
 181     buildAssociatedViewMenu();
 182   }
 183
 184   void buildAssociatedViewMenu()
 185   {
 186     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 187             .getSequenceSetId());
 188     if (aps.length == 1 && treeCanvas.ap == aps[0])
 189     {
 190       associateLeavesMenu.setVisible(false);
 191       return;
 192     }
 193
 194     associateLeavesMenu.setVisible(true);
 195
 196     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 197     {
 198       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 199     }
 200
 201     associateLeavesMenu.removeAll();
 202
 203     JRadioButtonMenuItem item;
 204     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 205     int i, iSize = aps.length;
 206     final TreePanel thisTreePanel = this;
 207     for (i = 0; i < iSize; i++)
 208     {
 209       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 210       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap == treeCanvas.ap);
 211       buttonGroup.add(item);
 212       item.addActionListener(new ActionListener()
 213       {
 214         @Override
 215         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 216         {
 217           treeCanvas.applyToAllViews = false;
 218           treeCanvas.ap = ap;
 219           treeCanvas.av = ap.av;
 220           PaintRefresher.Register(thisTreePanel, ap.av.getSequenceSetId());
 221         }
 222       });
 223
 224       associateLeavesMenu.add(item);
 225     }
 226
 227     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 228             MessageManager.getString("label.all_views"));
 229     buttonGroup.add(itemf);
 230     itemf.setSelected(treeCanvas.applyToAllViews);
 231     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 232     {
 233       @Override
 234       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 235       {
 236         treeCanvas.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 237       }
 238     });
 239     associateLeavesMenu.add(itemf);
 240
 241   }
 242
 243   class TreeLoader extends Thread
 244   {
 245     private NewickFile newtree;
 246
 247     private AlignmentView odata = null;
 248
 249     public TreeLoader(NewickFile newickFile, AlignmentView inputData)
 250     {
 251       this.newtree = newickFile;
 252       this.odata = inputData;
 253
 254       if (newickFile != null)
 255       {
 256         // Must be outside run(), as Jalview2XML tries to
 257         // update distance/bootstrap visibility at the same time
 258         showBootstrap(newickFile.HasBootstrap());
 259         showDistances(newickFile.HasDistances());
 260       }
 261     }
 262
 263     @Override
 264     public void run()
 265     {
 266
 267       if (newtree != null)
 268       {
 269         tree = new TreeModel(av.getAlignment().getSequencesArray(), odata,
 270                 newtree);
 271         if (tree.getOriginalData() == null)
 272         {
 273           originalSeqData.setVisible(false);
 274         }
 275       }
 276       else
 277       {
 278         ScoreModelI sm = ScoreModels.getInstance().getScoreModel(
 279                 scoreModelName, treeCanvas.ap);
 280         TreeBuilder njtree = treeType.equals(TreeBuilder.NEIGHBOUR_JOINING) ? new NJTree(
 281                 av, sm, similarityParams) : new AverageDistanceTree(av, sm,
 282                 similarityParams);
 283         tree = new TreeModel(njtree);
 284         showDistances(true);
 285       }
 286
 287       tree.reCount(tree.getTopNode());
 288       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 289       treeCanvas.setTree(tree);
 290       treeCanvas.repaint();
 291       av.setCurrentTree(tree);
 292       if (av.getSortByTree())
 293       {
 294         sortByTree_actionPerformed();
 295       }
 296     }
 297   }
 298
 299   public void showDistances(boolean b)
 300   {
 301     treeCanvas.setShowDistances(b);
 302     distanceMenu.setSelected(b);
 303   }
 304
 305   public void showBootstrap(boolean b)
 306   {
 307     treeCanvas.setShowBootstrap(b);
 308     bootstrapMenu.setSelected(b);
 309   }
 310
 311   public void showPlaceholders(boolean b)
 312   {
 313     placeholdersMenu.setState(b);
 314     treeCanvas.setMarkPlaceholders(b);
 315   }
 316
 317   /**
 318    * DOCUMENT ME!
 319    *
 320    * @return DOCUMENT ME!
 321    */
 322   public TreeModel getTree()
 323   {
 324     return tree;
 325   }
 326
 327   /**
 328    * DOCUMENT ME!
 329    *
 330    * @param e
 331    *          DOCUMENT ME!
 332    */
 333   @Override
 334   public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)
 335   {
 336     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 337
 338     String newTitle = getPanelTitle();
 339
 340     NewickFile fout = new NewickFile(tree.getTopNode());
 341     try
 342     {
 343       cap.setText(fout.print(tree.hasBootstrap(), tree.hasDistances(),
 344               tree.hasRootDistance()));
 345       Desktop.addInternalFrame(cap, newTitle, 500, 100);
 346     } catch (OutOfMemoryError oom)
 347     {
 348       new OOMWarning("generating newick tree file", oom);
 349       cap.dispose();
 350     }
 351
 352   }
 353
 354   /**
 355    * DOCUMENT ME!
 356    *
 357    * @param e
 358    *          DOCUMENT ME!
 359    */
 360   @Override
 361   public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)
 362   {
 363     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 364             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 365     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 366     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 367             .getString("label.save_tree_as_newick"));
 368     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 369
 370     int value = chooser.showSaveDialog(null);
 371
 372     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 373     {
 374       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 375       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 376               .getSelectedFile().getParent());
 377
 378       try
 379       {
 380         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 381                 tree.getTopNode());
 382         String output = fout.print(tree.hasBootstrap(),
 383                 tree.hasDistances(), tree.hasRootDistance());
 384         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 385                 new java.io.FileWriter(choice));
 386         out.println(output);
 387         out.close();
 388       } catch (Exception ex)
 389       {
 390         ex.printStackTrace();
 391       }
 392     }
 393   }
 394
 395   /**
 396    * DOCUMENT ME!
 397    *
 398    * @param e
 399    *          DOCUMENT ME!
 400    */
 401   @Override
 402   public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 403   {
 404     // Putting in a thread avoids Swing painting problems
 405     treeCanvas.startPrinting();
 406   }
 407
 408   @Override
 409   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 410   {
 411     AlignmentView originalData = tree.getOriginalData();
 412     if (originalData == null)
 413     {
 414       jalview.bin.Cache.log
 415               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 416       return;
 417     }
 418     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 419     // warrant a new window to be created
 420     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 421     // yields unaligned seqs)
 422     // or create a selection box around columns in alignment view
 423     // test Alignment(SeqCigar[])
 424     char gc = '-';
 425     try
 426     {
 427       // we try to get the associated view's gap character
 428       // but this may fail if the view was closed...
 429       gc = av.getGapCharacter();
 430
 431     } catch (Exception ex)
 432     {
 433     }
 434
 435     Object[] alAndColsel = originalData
 436             .getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 437
 438     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 439     {
 440       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 441
 442       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 443       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 444               .getAlignment().getDataset() : null;
 445       if (dataset != null)
 446       {
 447         al.setDataset(dataset);
 448       }
 449
 450       if (true)
 451       {
 452         // make a new frame!
 453         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 454                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 455                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 456
 457         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 458         // found!!<<<
 459         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 460
 461         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 462         // msaorder);
 463
 464         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 465                 "label.original_data_for_params",
 466                 new Object[] { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 467                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 468       }
 469     }
 470   }
 471
 472   /**
 473    * DOCUMENT ME!
 474    *
 475    * @param e
 476    *          DOCUMENT ME!
 477    */
 478   @Override
 479   public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
 480   {
 481     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();
 482     repaint();
 483   }
 484
 485   /**
 486    * sort the associated alignment view by the current tree.
 487    *
 488    * @param e
 489    */
 490   @Override
 491   public void sortByTree_actionPerformed()
 492   {
 493
 494     if (treeCanvas.applyToAllViews)
 495     {
 496       final ArrayList<CommandI> commands = new ArrayList<CommandI>();
 497       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 498               .getSequenceSetId()))
 499       {
 500         commands.add(sortAlignmentIn(ap.av.getAlignPanel()));
 501       }
 502       av.getAlignPanel().alignFrame.addHistoryItem(new CommandI()
 503       {
 504
 505         @Override
 506         public void undoCommand(AlignmentI[] views)
 507         {
 508           for (CommandI tsort : commands)
 509           {
 510             tsort.undoCommand(views);
 511           }
 512         }
 513
 514         @Override
 515         public int getSize()
 516         {
 517           return commands.size();
 518         }
 519
 520         @Override
 521         public String getDescription()
 522         {
 523           return "Tree Sort (many views)";
 524         }
 525
 526         @Override
 527         public void doCommand(AlignmentI[] views)
 528         {
 529
 530           for (CommandI tsort : commands)
 531           {
 532             tsort.doCommand(views);
 533           }
 534         }
 535       });
 536       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 537               .getSequenceSetId()))
 538       {
 539         // ensure all the alignFrames refresh their GI after adding an undo item
 540         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 541       }
 542     }
 543     else
 544     {
 545       treeCanvas.ap.alignFrame
 546               .addHistoryItem(sortAlignmentIn(treeCanvas.ap));
 547     }
 548
 549   }
 550
 551   public CommandI sortAlignmentIn(AlignmentPanel ap)
 552   {
 553     AlignmentViewport viewport = ap.av;
 554     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();
 555     AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(), tree);
 556     CommandI undo;
 557     undo = new OrderCommand("Tree Sort", oldOrder, viewport.getAlignment());
 558
 559     ap.paintAlignment(true);
 560     return undo;
 561   }
 562
 563   /**
 564    * DOCUMENT ME!
 565    *
 566    * @param e
 567    *          DOCUMENT ME!
 568    */
 569   @Override
 570   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)
 571   {
 572     if (treeCanvas == null)
 573     {
 574       return;
 575     }
 576
 577     new FontChooser(this);
 578   }
 579
 580   public Font getTreeFont()
 581   {
 582     return treeCanvas.font;
 583   }
 584
 585   public void setTreeFont(Font f)
 586   {
 587     if (treeCanvas != null)
 588     {
 589       treeCanvas.setFont(f);
 590     }
 591   }
 592
 593   /**
 594    * DOCUMENT ME!
 595    *
 596    * @param e
 597    *          DOCUMENT ME!
 598    */
 599   @Override
 600   public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 601   {
 602     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());
 603   }
 604
 605   /**
 606    * DOCUMENT ME!
 607    *
 608    * @param e
 609    *          DOCUMENT ME!
 610    */
 611   @Override
 612   public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 613   {
 614     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());
 615   }
 616
 617   /**
 618    * DOCUMENT ME!
 619    *
 620    * @param e
 621    *          DOCUMENT ME!
 622    */
 623   @Override
 624   public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 625   {
 626     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());
 627   }
 628
 629   /**
 630    * DOCUMENT ME!
 631    *
 632    * @param e
 633    *          DOCUMENT ME!
 634    */
 635   @Override
 636   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 637   {
 638     boolean accurateText = true;
 639
 640     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 641             "Prompt each time");
 642
 643     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 644     // Prompt for EPS rendering style
 645     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 646             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 647                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 648     {
 649       EPSOptions eps = new EPSOptions();
 650       renderStyle = eps.getValue();
 651
 652       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 653       {
 654         return;
 655       }
 656
 657     }
 658
 659     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 660     {
 661       accurateText = false;
 662     }
 663
 664     int width = treeCanvas.getWidth();
 665     int height = treeCanvas.getHeight();
 666
 667     try
 668     {
 669       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 670               ImageMaker.EPS_EXTENSION, ImageMaker.EPS_EXTENSION);
 671       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 672       chooser.setDialogTitle(MessageManager
 673               .getString("label.create_eps_from_tree"));
 674       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 675
 676       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 677
 678       if (value != JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 679       {
 680         return;
 681       }
 682
 683       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser.getSelectedFile()
 684               .getParent());
 685
 686       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 687       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width, height);
 688
 689       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 690
 691       treeCanvas.draw(pg, width, height);
 692
 693       pg.flush();
 694       pg.close();
 695     } catch (Exception ex)
 696     {
 697       ex.printStackTrace();
 698     }
 699   }
 700
 701   /**
 702    * DOCUMENT ME!
 703    *
 704    * @param e
 705    *          DOCUMENT ME!
 706    */
 707   @Override
 708   public void pngTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 709   {
 710     int width = treeCanvas.getWidth();
 711     int height = treeCanvas.getHeight();
 712
 713     try
 714     {
 715       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 716               ImageMaker.PNG_EXTENSION, ImageMaker.PNG_DESCRIPTION);
 717
 718       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 719       chooser.setDialogTitle(MessageManager
 720               .getString("label.create_png_from_tree"));
 721       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 722
 723       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 724
 725       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 726       {
 727         return;
 728       }
 729
 730       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 731               .getSelectedFile().getParent());
 732
 733       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 734
 735       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,
 736               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 737       Graphics png = bi.getGraphics();
 738
 739       treeCanvas.draw(png, width, height);
 740
 741       ImageIO.write(bi, "png", out);
 742       out.close();
 743     } catch (Exception ex)
 744     {
 745       ex.printStackTrace();
 746     }
 747   }
 748
 749   /**
 750    * change node labels to the annotation referred to by labelClass TODO:
 751    * promote to a datamodel modification that can be undone TODO: make argument
 752    * one case of a generic transformation function ie { undoStep = apply(Tree,
 753    * TransformFunction)};
 754    *
 755    * @param labelClass
 756    */
 757   public void changeNames(final String labelClass)
 758   {
 759     tree.applyToNodes(new NodeTransformI()
 760     {
 761
 762       @Override
 763       public void transform(BinaryNode node)
 764       {
 765         if (node instanceof SequenceNode
 766                 && !((SequenceNode) node).isPlaceholder()
 767                 && !((SequenceNode) node).isDummy())
 768         {
 769           String newname = null;
 770           SequenceI sq = (SequenceI) ((SequenceNode) node).element();
 771           if (sq != null)
 772           {
 773             // search dbrefs, features and annotation
 774             DBRefEntry[] refs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 775                     sq.getDBRefs(),
 776                     new String[] { labelClass.toUpperCase() });
 777             if (refs != null)
 778             {
 779               for (int i = 0; i < refs.length; i++)
 780               {
 781                 if (newname == null)
 782                 {
 783                   newname = new String(refs[i].getAccessionId());
 784                 }
 785                 else
 786                 {
 787                   newname = newname + "; " + refs[i].getAccessionId();
 788                 }
 789               }
 790             }
 791             if (newname == null)
 792             {
 793               SequenceFeature sf[] = sq.getSequenceFeatures();
 794               for (int i = 0; sf != null && i < sf.length; i++)
 795               {
 796                 if (sf[i].getType().equals(labelClass))
 797                 {
 798                   if (newname == null)
 799                   {
 800                     newname = new String(sf[i].getDescription());
 801                   }
 802                   else
 803                   {
 804                     newname = newname + "; " + sf[i].getDescription();
 805                   }
 806                 }
 807               }
 808             }
 809           }
 810           if (newname != null)
 811           {
 812             // String oldname = ((SequenceNode) node).getName();
 813             // TODO : save oldname in the undo object for this modification.
 814             ((SequenceNode) node).setName(newname);
 815           }
 816         }
 817       }
 818     });
 819   }
 820
 821   /**
 822    * Formats a localised title for the tree panel, like
 823    * <p>
 824    * Neighbour Joining Using BLOSUM62
 825    * <p>
 826    * For a tree loaded from file, just uses the file name
 827    * @return
 828    */
 829   public String getPanelTitle()
 830   {
 831     if (treeTitle != null)
 832     {
 833       return treeTitle;
 834     }
 835
 836     /*
 837      * i18n description of Neighbour Joining or Average Distance method
 838      */
 839     String treecalcnm = MessageManager.getString("label.tree_calc_"
 840             + treeType.toLowerCase());
 841
 842     /*
 843      * short score model name (long description can be too long)
 844      */
 845     String smn = scoreModelName;
 846
 847     /*
 848      * put them together as <method> Using <model>
 849      */
 850     final String ttl = MessageManager.formatMessage("label.treecalc_title",
 851             treecalcnm, smn);
 852     return ttl;
 853   }
 854 }