src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  24 import jalview.analysis.NJTree;
  25 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  26 import jalview.api.analysis.DistanceModelI;
  27 import jalview.api.analysis.ViewBasedAnalysisI;
  28 import jalview.bin.Cache;
  29 import jalview.commands.CommandI;
  30 import jalview.commands.OrderCommand;
  31 import jalview.datamodel.Alignment;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  34 import jalview.datamodel.BinaryNode;
  35 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  36 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  37 import jalview.datamodel.NodeTransformI;
  38 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;
  40 import jalview.datamodel.SequenceNode;
  41 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  42 import jalview.io.JalviewFileView;
  43 import jalview.io.NewickFile;
  44 import jalview.jbgui.GTreePanel;
  45 import jalview.util.ImageMaker;
  46 import jalview.util.MessageManager;
  47 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  48
  49 import java.awt.Font;
  50 import java.awt.Graphics;
  51 import java.awt.event.ActionEvent;
  52 import java.awt.event.ActionListener;
  53 import java.awt.image.BufferedImage;
  54 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  55 import java.io.FileOutputStream;
  56 import java.util.ArrayList;
  57 import java.util.List;
  58
  59 import javax.imageio.ImageIO;
  60 import javax.swing.ButtonGroup;
  61 import javax.swing.JMenuItem;
  62 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  63
  64 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  65
  66 /**
  67  * DOCUMENT ME!
  68  *
  69  * @author $author$
  70  * @version $Revision$
  71  */
  72 public class TreePanel extends GTreePanel
  73 {
  74   String type;
  75
  76   String pwtype;
  77
  78   TreeCanvas treeCanvas;
  79
  80   NJTree tree;
  81
  82   AlignViewport av;
  83
  84   /**
  85    * Creates a new TreePanel object.
  86    *
  87    * @param av
  88    *          DOCUMENT ME!
  89    * @param seqVector
  90    *          DOCUMENT ME!
  91    * @param type
  92    *          DOCUMENT ME!
  93    * @param pwtype
  94    *          DOCUMENT ME!
  95    * @param s
  96    *          DOCUMENT ME!
  97    * @param e
  98    *          DOCUMENT ME!
  99    */
 100   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype)
 101   {
 102     super();
 103     initTreePanel(ap, type, pwtype, null, null);
 104
 105     // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as
 106     // a userdefined default
 107     // showDistances(true);
 108   }
 109
 110   public TreePanel(AlignmentPanel av, String type, String pwtype,
 111           NewickFile newtree, AlignmentView inputData)
 112   {
 113     super();
 114     initTreePanel(av, type, pwtype, newtree, inputData);
 115   }
 116
 117   public AlignmentI getAlignment()
 118   {
 119     return treeCanvas.av.getAlignment();
 120   }
 121
 122   public AlignmentViewport getViewPort()
 123   {
 124     return treeCanvas.av;
 125   }
 126
 127   void initTreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
 128           NewickFile newTree, AlignmentView inputData)
 129   {
 130
 131     av = ap.av;
 132     this.type = type;
 133     this.pwtype = pwtype;
 134
 135     treeCanvas = new TreeCanvas(this, ap, scrollPane);
 136     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);
 137
 138     PaintRefresher.Register(this, ap.av.getSequenceSetId());
 139
 140     buildAssociatedViewMenu();
 141
 142     av.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()
 143     {
 144       @Override
 145       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 146       {
 147         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 148         {
 149           if (tree == null)
 150           {
 151             System.out.println("tree is null");
 152             // TODO: deal with case when a change event is received whilst a
 153             // tree is still being calculated - should save reference for
 154             // processing message later.
 155             return;
 156           }
 157           if (evt.getNewValue() == null)
 158           {
 159             System.out
 160                     .println("new alignment sequences vector value is null");
 161           }
 162
 163           tree.UpdatePlaceHolders((List<SequenceI>) evt.getNewValue());
 164           treeCanvas.nameHash.clear(); // reset the mapping between canvas
 165           // rectangles and leafnodes
 166           repaint();
 167         }
 168       }
 169     });
 170
 171     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);
 172     if (inputData != null)
 173     {
 174       tl.odata = inputData;
 175     }
 176     tl.start();
 177
 178   }
 179
 180   @Override
 181   public void viewMenu_menuSelected()
 182   {
 183     buildAssociatedViewMenu();
 184   }
 185
 186   void buildAssociatedViewMenu()
 187   {
 188     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 189             .getSequenceSetId());
 190     if (aps.length == 1 && treeCanvas.ap == aps[0])
 191     {
 192       associateLeavesMenu.setVisible(false);
 193       return;
 194     }
 195
 196     associateLeavesMenu.setVisible(true);
 197
 198     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 199     {
 200       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 201     }
 202
 203     associateLeavesMenu.removeAll();
 204
 205     JRadioButtonMenuItem item;
 206     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 207     int i, iSize = aps.length;
 208     final TreePanel thisTreePanel = this;
 209     for (i = 0; i < iSize; i++)
 210     {
 211       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 212       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap == treeCanvas.ap);
 213       buttonGroup.add(item);
 214       item.addActionListener(new ActionListener()
 215       {
 216         @Override
 217         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 218         {
 219           treeCanvas.applyToAllViews = false;
 220           treeCanvas.ap = ap;
 221           treeCanvas.av = ap.av;
 222           PaintRefresher.Register(thisTreePanel, ap.av.getSequenceSetId());
 223         }
 224       });
 225
 226       associateLeavesMenu.add(item);
 227     }
 228
 229     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 230             MessageManager.getString("label.all_views"));
 231     buttonGroup.add(itemf);
 232     itemf.setSelected(treeCanvas.applyToAllViews);
 233     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 234     {
 235       @Override
 236       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 237       {
 238         treeCanvas.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 239       }
 240     });
 241     associateLeavesMenu.add(itemf);
 242
 243   }
 244
 245   class TreeLoader extends Thread
 246   {
 247     NewickFile newtree;
 248
 249     jalview.datamodel.AlignmentView odata = null;
 250
 251     public TreeLoader(NewickFile newtree)
 252     {
 253       this.newtree = newtree;
 254       if (newtree != null)
 255       {
 256         // Must be outside run(), as Jalview2XML tries to
 257         // update distance/bootstrap visibility at the same time
 258         showBootstrap(newtree.HasBootstrap());
 259         showDistances(newtree.HasDistances());
 260       }
 261     }
 262
 263     @Override
 264     public void run()
 265     {
 266
 267       if (newtree != null)
 268       {
 269         if (odata == null)
 270         {
 271           tree = new NJTree(av.getAlignment().getSequencesArray(), newtree);
 272         }
 273         else
 274         {
 275           tree = new NJTree(av.getAlignment().getSequencesArray(), odata,
 276                   newtree);
 277         }
 278         if (!tree.hasOriginalSequenceData())
 279         {
 280           allowOriginalSeqData(false);
 281         }
 282       }
 283       else
 284       {
 285         int start, end;
 286         SequenceI[] seqs;
 287         boolean selview = av.getSelectionGroup() != null
 288                 && av.getSelectionGroup().getSize() > 1;
 289         AlignmentView seqStrings = av.getAlignmentView(selview);
 290         if (!selview)
 291         {
 292           start = 0;
 293           end = av.getAlignment().getWidth();
 294           seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 295         }
 296         else
 297         {
 298           start = av.getSelectionGroup().getStartRes();
 299           end = av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1;
 300           seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(
 301                   av.getAlignment());
 302         }
 303         DistanceModelI sm = ScoreModels.getInstance().forName(pwtype);
 304         if (sm instanceof ViewBasedAnalysisI)
 305         {
 306           try
 307           {
 308             sm = sm.getClass().newInstance();
 309             ((ViewBasedAnalysisI) sm)
 310                     .configureFromAlignmentView(treeCanvas.ap);
 311           } catch (Exception q)
 312           {
 313             Cache.log.error("Couldn't create a scoremodel instance for "
 314                     + sm.getName());
 315           }
 316           tree = new NJTree(seqs, seqStrings, type, pwtype, sm, start, end);
 317         }
 318         else
 319         {
 320           tree = new NJTree(seqs, seqStrings, type, pwtype, null, start,
 321                   end);
 322         }
 323         showDistances(true);
 324       }
 325
 326       tree.reCount(tree.getTopNode());
 327       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 328       treeCanvas.setTree(tree);
 329       treeCanvas.repaint();
 330       av.setCurrentTree(tree);
 331       if (av.getSortByTree())
 332       {
 333         sortByTree_actionPerformed();
 334       }
 335     }
 336   }
 337
 338   public void showDistances(boolean b)
 339   {
 340     treeCanvas.setShowDistances(b);
 341     distanceMenu.setSelected(b);
 342   }
 343
 344   public void showBootstrap(boolean b)
 345   {
 346     treeCanvas.setShowBootstrap(b);
 347     bootstrapMenu.setSelected(b);
 348   }
 349
 350   public void showPlaceholders(boolean b)
 351   {
 352     placeholdersMenu.setState(b);
 353     treeCanvas.setMarkPlaceholders(b);
 354   }
 355
 356   private void allowOriginalSeqData(boolean b)
 357   {
 358     originalSeqData.setVisible(b);
 359   }
 360
 361   /**
 362    * DOCUMENT ME!
 363    *
 364    * @return DOCUMENT ME!
 365    */
 366   public NJTree getTree()
 367   {
 368     return tree;
 369   }
 370
 371   /**
 372    * DOCUMENT ME!
 373    *
 374    * @param e
 375    *          DOCUMENT ME!
 376    */
 377   @Override
 378   public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)
 379   {
 380     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 381
 382     String newTitle = getPanelTitle(type, pwtype);
 383
 384     NewickFile fout = new NewickFile(tree.getTopNode());
 385     try
 386     {
 387       cap.setText(fout.print(tree.isHasBootstrap(), tree.isHasDistances(),
 388               tree.isHasRootDistance()));
 389       Desktop.addInternalFrame(cap, newTitle, 500, 100);
 390     } catch (OutOfMemoryError oom)
 391     {
 392       new OOMWarning("generating newick tree file", oom);
 393       cap.dispose();
 394     }
 395
 396   }
 397
 398   /**
 399    * DOCUMENT ME!
 400    *
 401    * @param e
 402    *          DOCUMENT ME!
 403    */
 404   @Override
 405   public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)
 406   {
 407     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 408             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 409     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 410     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 411             .getString("label.save_tree_as_newick"));
 412     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 413
 414     int value = chooser.showSaveDialog(null);
 415
 416     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 417     {
 418       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 419       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 420               .getSelectedFile().getParent());
 421
 422       try
 423       {
 424         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 425                 tree.getTopNode());
 426         String output = fout.print(tree.isHasBootstrap(),
 427                 tree.isHasDistances(), tree.isHasRootDistance());
 428         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 429                 new java.io.FileWriter(choice));
 430         out.println(output);
 431         out.close();
 432       } catch (Exception ex)
 433       {
 434         ex.printStackTrace();
 435       }
 436     }
 437   }
 438
 439   /**
 440    * DOCUMENT ME!
 441    *
 442    * @param e
 443    *          DOCUMENT ME!
 444    */
 445   @Override
 446   public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 447   {
 448     // Putting in a thread avoids Swing painting problems
 449     treeCanvas.startPrinting();
 450   }
 451
 452   @Override
 453   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 454   {
 455     if (!tree.hasOriginalSequenceData())
 456     {
 457       jalview.bin.Cache.log
 458               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 459       return;
 460     }
 461     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 462     // warrant a new window to be created
 463     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 464     // yields unaligned seqs)
 465     // or create a selection box around columns in alignment view
 466     // test Alignment(SeqCigar[])
 467     char gc = '-';
 468     try
 469     {
 470       // we try to get the associated view's gap character
 471       // but this may fail if the view was closed...
 472       gc = av.getGapCharacter();
 473
 474     } catch (Exception ex)
 475     {
 476     }
 477     ;
 478     Object[] alAndColsel = tree.seqData.getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 479
 480     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 481     {
 482       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 483
 484       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 485       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 486               .getAlignment().getDataset() : null;
 487       if (dataset != null)
 488       {
 489         al.setDataset(dataset);
 490       }
 491
 492       if (true)
 493       {
 494         // make a new frame!
 495         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 496                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 497                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 498
 499         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 500         // found!!<<<
 501         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 502
 503         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 504         // msaorder);
 505
 506         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 507                 "label.original_data_for_params",
 508                 new Object[] { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 509                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 510       }
 511     }
 512   }
 513
 514   /**
 515    * DOCUMENT ME!
 516    *
 517    * @param e
 518    *          DOCUMENT ME!
 519    */
 520   @Override
 521   public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
 522   {
 523     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();
 524     repaint();
 525   }
 526
 527   /**
 528    * sort the associated alignment view by the current tree.
 529    *
 530    * @param e
 531    */
 532   @Override
 533   public void sortByTree_actionPerformed()
 534   {
 535
 536     if (treeCanvas.applyToAllViews)
 537     {
 538       final ArrayList<CommandI> commands = new ArrayList<CommandI>();
 539       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 540               .getSequenceSetId()))
 541       {
 542         commands.add(sortAlignmentIn(ap.av.getAlignPanel()));
 543       }
 544       av.getAlignPanel().alignFrame.addHistoryItem(new CommandI()
 545       {
 546
 547         @Override
 548         public void undoCommand(AlignmentI[] views)
 549         {
 550           for (CommandI tsort : commands)
 551           {
 552             tsort.undoCommand(views);
 553           }
 554         }
 555
 556         @Override
 557         public int getSize()
 558         {
 559           return commands.size();
 560         }
 561
 562         @Override
 563         public String getDescription()
 564         {
 565           return "Tree Sort (many views)";
 566         }
 567
 568         @Override
 569         public void doCommand(AlignmentI[] views)
 570         {
 571
 572           for (CommandI tsort : commands)
 573           {
 574             tsort.doCommand(views);
 575           }
 576         }
 577       });
 578       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 579               .getSequenceSetId()))
 580       {
 581         // ensure all the alignFrames refresh their GI after adding an undo item
 582         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 583       }
 584     }
 585     else
 586     {
 587       treeCanvas.ap.alignFrame
 588               .addHistoryItem(sortAlignmentIn(treeCanvas.ap));
 589     }
 590
 591   }
 592
 593   public CommandI sortAlignmentIn(AlignmentPanel ap)
 594   {
 595     AlignmentViewport av = ap.av;
 596     SequenceI[] oldOrder = av.getAlignment().getSequencesArray();
 597     AlignmentSorter.sortByTree(av.getAlignment(), tree);
 598     CommandI undo;
 599     undo = new OrderCommand("Tree Sort", oldOrder, av.getAlignment());
 600
 601     ap.paintAlignment(true);
 602     return undo;
 603   }
 604
 605   /**
 606    * DOCUMENT ME!
 607    *
 608    * @param e
 609    *          DOCUMENT ME!
 610    */
 611   @Override
 612   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)
 613   {
 614     if (treeCanvas == null)
 615     {
 616       return;
 617     }
 618
 619     new FontChooser(this);
 620   }
 621
 622   public Font getTreeFont()
 623   {
 624     return treeCanvas.font;
 625   }
 626
 627   public void setTreeFont(Font font)
 628   {
 629     if (treeCanvas != null)
 630     {
 631       treeCanvas.setFont(font);
 632     }
 633   }
 634
 635   /**
 636    * DOCUMENT ME!
 637    *
 638    * @param e
 639    *          DOCUMENT ME!
 640    */
 641   @Override
 642   public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 643   {
 644     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());
 645   }
 646
 647   /**
 648    * DOCUMENT ME!
 649    *
 650    * @param e
 651    *          DOCUMENT ME!
 652    */
 653   @Override
 654   public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 655   {
 656     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());
 657   }
 658
 659   /**
 660    * DOCUMENT ME!
 661    *
 662    * @param e
 663    *          DOCUMENT ME!
 664    */
 665   @Override
 666   public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 667   {
 668     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());
 669   }
 670
 671   /**
 672    * DOCUMENT ME!
 673    *
 674    * @param e
 675    *          DOCUMENT ME!
 676    */
 677   @Override
 678   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 679   {
 680     boolean accurateText = true;
 681
 682     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 683             "Prompt each time");
 684
 685     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 686     // Prompt for EPS rendering style
 687     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 688             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 689                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 690     {
 691       EPSOptions eps = new EPSOptions();
 692       renderStyle = eps.getValue();
 693
 694       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 695       {
 696         return;
 697       }
 698
 699     }
 700
 701     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 702     {
 703       accurateText = false;
 704     }
 705
 706     int width = treeCanvas.getWidth();
 707     int height = treeCanvas.getHeight();
 708
 709     try
 710     {
 711       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 712               ImageMaker.EPS_EXTENSION, ImageMaker.EPS_EXTENSION);
 713       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 714       chooser.setDialogTitle(MessageManager
 715               .getString("label.create_eps_from_tree"));
 716       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 717
 718       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 719
 720       if (value != JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 721       {
 722         return;
 723       }
 724
 725       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser.getSelectedFile()
 726               .getParent());
 727
 728       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 729       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width, height);
 730
 731       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 732
 733       treeCanvas.draw(pg, width, height);
 734
 735       pg.flush();
 736       pg.close();
 737     } catch (Exception ex)
 738     {
 739       ex.printStackTrace();
 740     }
 741   }
 742
 743   /**
 744    * DOCUMENT ME!
 745    *
 746    * @param e
 747    *          DOCUMENT ME!
 748    */
 749   @Override
 750   public void pngTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 751   {
 752     int width = treeCanvas.getWidth();
 753     int height = treeCanvas.getHeight();
 754
 755     try
 756     {
 757       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 758               ImageMaker.PNG_EXTENSION, ImageMaker.PNG_DESCRIPTION);
 759
 760       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 761       chooser.setDialogTitle(MessageManager
 762               .getString("label.create_png_from_tree"));
 763       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 764
 765       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 766
 767       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 768       {
 769         return;
 770       }
 771
 772       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 773               .getSelectedFile().getParent());
 774
 775       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 776
 777       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,
 778               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 779       Graphics png = bi.getGraphics();
 780
 781       treeCanvas.draw(png, width, height);
 782
 783       ImageIO.write(bi, "png", out);
 784       out.close();
 785     } catch (Exception ex)
 786     {
 787       ex.printStackTrace();
 788     }
 789   }
 790
 791   /**
 792    * change node labels to the annotation referred to by labelClass TODO:
 793    * promote to a datamodel modification that can be undone TODO: make argument
 794    * one case of a generic transformation function ie { undoStep = apply(Tree,
 795    * TransformFunction)};
 796    *
 797    * @param labelClass
 798    */
 799   public void changeNames(final String labelClass)
 800   {
 801     tree.applyToNodes(new NodeTransformI()
 802     {
 803
 804       @Override
 805       public void transform(BinaryNode node)
 806       {
 807         if (node instanceof SequenceNode
 808                 && !((SequenceNode) node).isPlaceholder()
 809                 && !((SequenceNode) node).isDummy())
 810         {
 811           String newname = null;
 812           SequenceI sq = (SequenceI) ((SequenceNode) node).element();
 813           if (sq != null)
 814           {
 815             // search dbrefs, features and annotation
 816             DBRefEntry[] refs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 817                     sq.getDBRefs(),
 818                     new String[] { labelClass.toUpperCase() });
 819             if (refs != null)
 820             {
 821               for (int i = 0; i < refs.length; i++)
 822               {
 823                 if (newname == null)
 824                 {
 825                   newname = new String(refs[i].getAccessionId());
 826                 }
 827                 else
 828                 {
 829                   newname = newname + "; " + refs[i].getAccessionId();
 830                 }
 831               }
 832             }
 833             if (newname == null)
 834             {
 835               SequenceFeature sf[] = sq.getSequenceFeatures();
 836               for (int i = 0; sf != null && i < sf.length; i++)
 837               {
 838                 if (sf[i].getType().equals(labelClass))
 839                 {
 840                   if (newname == null)
 841                   {
 842                     newname = new String(sf[i].getDescription());
 843                   }
 844                   else
 845                   {
 846                     newname = newname + "; " + sf[i].getDescription();
 847                   }
 848                 }
 849               }
 850             }
 851           }
 852           if (newname != null)
 853           {
 854             String oldname = ((SequenceNode) node).getName();
 855             // TODO : save in the undo object for this modification.
 856             ((SequenceNode) node).setName(newname);
 857           }
 858         }
 859       }
 860     });
 861   }
 862
 863   /**
 864    * Formats a localised title for the tree panel, like
 865    * <p>
 866    * Neighbour Joining Using BLOSUM62
 867    * <p>
 868    * For a tree loaded from file, just uses the file name
 869    *
 870    * @param treeType
 871    *          NJ or AV or FromFile
 872    * @param modelOrFileName
 873    * @return
 874    */
 875   public static String getPanelTitle(String treeType, String modelOrFileName)
 876   {
 877     if (NJTree.FROM_FILE.equals(treeType))
 878     {
 879       return modelOrFileName;
 880     }
 881
 882     /*
 883      * i18n description of Neighbour Joining or Average Distance method
 884      */
 885     String treecalcnm = MessageManager.getString("label.tree_calc_"
 886             + treeType.toLowerCase());
 887
 888     /*
 889      * i18n description (if any) of score model used
 890      */
 891     String smn = MessageManager.getStringOrReturn("label.score_model_",
 892             modelOrFileName);
 893
 894     /*
 895      * put them together as <method> Using <model>
 896      */
 897     final String ttl = MessageManager.formatMessage("label.treecalc_title",
 898             treecalcnm, smn);
 899     return ttl;
 900   }
 901 }