src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  27 import jalview.io.JalviewFileView;
  28 import jalview.jbgui.GUserDefinedColours;
  29 import jalview.schemabinding.version2.Colour;
  30 import jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours;
  31 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  32 import jalview.schemes.ColourSchemeLoader;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  34 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  35 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  36 import jalview.util.ColorUtils;
  37 import jalview.util.Format;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.Insets;
  43 import java.awt.event.ActionEvent;
  44 import java.awt.event.MouseAdapter;
  45 import java.awt.event.MouseEvent;
  46 import java.io.File;
  47 import java.io.FileOutputStream;
  48 import java.io.OutputStreamWriter;
  49 import java.io.PrintWriter;
  50 import java.util.ArrayList;
  51 import java.util.List;
  52
  53 import javax.swing.JButton;
  54 import javax.swing.JInternalFrame;
  55 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  56 import javax.swing.event.ChangeListener;
  57
  58 /**
  59  * This panel allows the user to assign colours to Amino Acid residue codes, and
  60  * save the colour scheme.
  61  *
  62  * @author Andrew Waterhouse
  63  * @author Mungo Carstairs
  64  */
  65 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
  66         ChangeListener
  67 {
  68   private static final Font VERDANA_BOLD_10 = new Font("Verdana",
  69           Font.BOLD, 10);
  70
  71   public static final String USER_DEFINED_COLOURS = "USER_DEFINED_COLOURS";
  72
  73   private static final String LAST_DIRECTORY = "LAST_DIRECTORY";
  74
  75   private static final int MY_FRAME_HEIGHT = 420;
  76
  77   private static final int MY_FRAME_WIDTH = 810;
  78
  79   private static final int MY_FRAME_WIDTH_CASE_SENSITIVE = 970;
  80
  81   AlignmentPanel ap;
  82
  83   SequenceGroup seqGroup;
  84
  85   List<JButton> selectedButtons;
  86
  87   ColourSchemeI oldColourScheme;
  88
  89   JInternalFrame frame;
  90
  91   JalviewStructureDisplayI structureViewer;
  92
  93   List<JButton> upperCaseButtons;
  94
  95   List<JButton> lowerCaseButtons;
  96
  97   /**
  98    * Creates a new UserDefinedColours object.
  99    *
 100    * @param ap
 101    * @param sg
 102    */
 103   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
 104   {
 105     this();
 106
 107     lcaseColour.setEnabled(false);
 108
 109     this.ap = ap;
 110     seqGroup = sg;
 111
 112     if (seqGroup != null)
 113     {
 114       oldColourScheme = seqGroup.getColourScheme();
 115     }
 116     else
 117     {
 118       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
 119     }
 120
 121     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 122     {
 123       schemeName.setText(oldColourScheme.getSchemeName());
 124       if (((UserColourScheme) oldColourScheme).getLowerCaseColours() != null)
 125       {
 126         caseSensitive.setSelected(true);
 127         lcaseColour.setEnabled(true);
 128         resetButtonPanel(true);
 129       }
 130       else
 131       {
 132         resetButtonPanel(false);
 133       }
 134     }
 135     else
 136     {
 137       resetButtonPanel(false);
 138     }
 139
 140     showFrame();
 141   }
 142
 143   public UserDefinedColours(JalviewStructureDisplayI viewer,
 144           ColourSchemeI oldcs)
 145   {
 146     this();
 147     this.structureViewer = viewer;
 148
 149     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 150
 151     oldColourScheme = oldcs;
 152
 153     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 154     {
 155       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme)
 156               .getSchemeName());
 157     }
 158
 159     resetButtonPanel(false);
 160
 161     showFrame();
 162
 163   }
 164
 165   public UserDefinedColours()
 166   {
 167     super();
 168     selectedButtons = new ArrayList<JButton>();
 169   }
 170
 171   void showFrame()
 172   {
 173     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 174     frame = new JInternalFrame();
 175     frame.setContentPane(this);
 176     Desktop.addInternalFrame(frame,
 177             MessageManager.getString("label.user_defined_colours"),
 178             MY_FRAME_WIDTH, MY_FRAME_HEIGHT, true);
 179
 180     if (seqGroup != null)
 181     {
 182       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 183     }
 184   }
 185
 186   /**
 187    * Rebuilds the panel with coloured buttons for residues. If not case
 188    * sensitive colours, show 3-letter amino acid code as button text. If case
 189    * sensitive, just show the single letter code, in order to make space for the
 190    * additional buttons.
 191    *
 192    * @param isCaseSensitive
 193    */
 194   void resetButtonPanel(boolean isCaseSensitive)
 195   {
 196     buttonPanel.removeAll();
 197
 198     if (upperCaseButtons == null)
 199     {
 200       upperCaseButtons = new ArrayList<JButton>();
 201     }
 202
 203     for (int i = 0; i < 20; i++)
 204     {
 205       String label = isCaseSensitive ? ResidueProperties.aa[i]
 206               : ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 207                       .toString();
 208       JButton button = makeButton(label, ResidueProperties.aa[i],
 209               upperCaseButtons, i);
 210       buttonPanel.add(button);
 211     }
 212
 213     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));
 214     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));
 215     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));
 216     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));
 217
 218     if (!isCaseSensitive)
 219     {
 220       gridLayout.setRows(6);
 221       gridLayout.setColumns(4);
 222     }
 223     else
 224     {
 225       gridLayout.setRows(7);
 226       int cols = 7;
 227       gridLayout.setColumns(cols + 1);
 228
 229       if (lowerCaseButtons == null)
 230       {
 231         lowerCaseButtons = new ArrayList<JButton>();
 232       }
 233
 234       for (int i = 0; i < 20; i++)
 235       {
 236         int row = i / cols + 1;
 237         int index = (row * cols) + i;
 238         JButton button = makeButton(ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),
 239                 ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(), lowerCaseButtons, i);
 240
 241         buttonPanel.add(button, index);
 242       }
 243     }
 244
 245     if (isCaseSensitive)
 246     {
 247       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));
 248       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));
 249       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));
 250     }
 251
 252     // JAL-1360 widen the frame dynamically to accommodate case-sensitive AA
 253     // codes
 254     if (this.frame != null)
 255     {
 256       int newWidth = isCaseSensitive ? MY_FRAME_WIDTH_CASE_SENSITIVE
 257               : MY_FRAME_WIDTH;
 258       this.frame.setSize(newWidth, this.frame.getHeight());
 259     }
 260
 261     buttonPanel.validate();
 262     validate();
 263   }
 264
 265   /**
 266    * ChangeListener handler for when a colour is picked in the colour chooser.
 267    * The action is to apply the colour to all selected buttons as their
 268    * background colour. Foreground colour (text) is set to a lighter shade in
 269    * order to highlight which buttons are selected. If 'Lower Case Colour' is
 270    * active, then the colour is applied to all lower case buttons (as well as
 271    * the Lower Case Colour button itself).
 272    *
 273    * @param evt
 274    */
 275   @Override
 276   public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 277   {
 278     JButton button = null;
 279     final Color newColour = colorChooser.getColor();
 280     for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)
 281     {
 282       button = selectedButtons.get(i);
 283       button.setBackground(newColour);
 284       button.setForeground(ColorUtils.brighterThan(newColour));
 285     }
 286     if (lcaseColour.isSelected())
 287     {
 288       for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 289       {
 290         button = lowerCaseButtons.get(i);
 291         button.setBackground(newColour);
 292         button.setForeground(ColorUtils.brighterThan(button.getBackground()));
 293       }
 294     }
 295   }
 296
 297   /**
 298    * Performs actions when a residue button is clicked. This manages the button
 299    * selection set (highlighted by brighter foreground text).
 300    * <p>
 301    * On select button(s) with Ctrl/click or Shift/click: set button foreground
 302    * text to brighter than background.
 303    * <p>
 304    * On unselect button(s) with Ctrl/click on selected, or click to release
 305    * current selection: reset foreground text to darker than background.
 306    * <p>
 307    * Simple click: clear selection (resetting foreground to darker); set clicked
 308    * button foreground to brighter
 309    * <p>
 310    * Finally, synchronize the colour chooser to the colour of the first button
 311    * in the selected set.
 312    *
 313    * @param e
 314    */
 315   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 316   {
 317     JButton pressed = (JButton) e.getSource();
 318
 319     if (e.isShiftDown())
 320     {
 321       JButton start, end = (JButton) e.getSource();
 322       if (selectedButtons.size() > 0)
 323       {
 324         start = selectedButtons.get(selectedButtons.size() - 1);
 325       }
 326       else
 327       {
 328         start = (JButton) e.getSource();
 329       }
 330
 331       int startIndex = 0, endIndex = 0;
 332       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)
 333       {
 334         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)
 335         {
 336           startIndex = b;
 337         }
 338         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)
 339         {
 340           endIndex = b;
 341         }
 342       }
 343
 344       if (startIndex > endIndex)
 345       {
 346         int temp = startIndex;
 347         startIndex = endIndex;
 348         endIndex = temp;
 349       }
 350
 351       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)
 352       {
 353         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);
 354         if (!selectedButtons.contains(button))
 355         {
 356           button.setForeground(ColorUtils.brighterThan(button
 357                   .getBackground()));
 358           selectedButtons.add(button);
 359         }
 360       }
 361     }
 362     else if (!e.isControlDown())
 363     {
 364       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)
 365       {
 366         JButton button = selectedButtons.get(b);
 367         button.setForeground(ColorUtils.darkerThan(button.getBackground()));
 368       }
 369       selectedButtons.clear();
 370       pressed.setForeground(ColorUtils.brighterThan(pressed.getBackground()));
 371       selectedButtons.add(pressed);
 372
 373     }
 374     else if (e.isControlDown())
 375     {
 376       if (selectedButtons.contains(pressed))
 377       {
 378         pressed.setForeground(ColorUtils.darkerThan(pressed.getBackground()));
 379         selectedButtons.remove(pressed);
 380       }
 381       else
 382       {
 383         pressed.setForeground(ColorUtils.brighterThan(pressed
 384                 .getBackground()));
 385         selectedButtons.add(pressed);
 386       }
 387     }
 388
 389     if (selectedButtons.size() > 0)
 390     {
 391       colorChooser.setColor((selectedButtons.get(0)).getBackground());
 392     }
 393   }
 394
 395   /**
 396    * A helper method to update or make a colour button, whose background colour
 397    * is the associated colour, and text colour a darker shade of the same. If
 398    * the button is already in the list, then its text and margins are updated,
 399    * if not then it is created and added. This method supports toggling between
 400    * case-sensitive and case-insensitive button panels. The case-sensitive
 401    * version has abbreviated button text in order to fit in more buttons.
 402    *
 403    * @param label
 404    * @param residue
 405    * @param the
 406    *          list of buttons
 407    * @param buttonIndex
 408    *          the button's position in the list
 409    */
 410   JButton makeButton(String label, String residue, List<JButton> buttons,
 411           int buttonIndex)
 412   {
 413     final JButton button;
 414     Color col;
 415
 416     if (buttonIndex < buttons.size())
 417     {
 418       button = buttons.get(buttonIndex);
 419       col = button.getBackground();
 420     }
 421     else
 422     {
 423       button = new JButton();
 424       button.addMouseListener(new MouseAdapter()
 425       {
 426         @Override
 427         public void mouseClicked(MouseEvent e)
 428         {
 429           colourButtonPressed(e);
 430         }
 431       });
 432
 433       buttons.add(button);
 434
 435       /*
 436        * make initial button colour that of the current colour scheme,
 437        * if it is a simple per-residue colouring, else white
 438        */
 439       col = Color.white;
 440       if (oldColourScheme != null && oldColourScheme.isSimple())
 441       {
 442         col = oldColourScheme.findColour(residue.charAt(0), 0, null, null,
 443                 0f);
 444       }
 445     }
 446
 447     if (caseSensitive.isSelected())
 448     {
 449       button.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));
 450     }
 451     else
 452     {
 453       button.setMargin(new Insets(2, 14, 2, 14));
 454     }
 455
 456     button.setOpaque(true); // required for the next line to have effect
 457     button.setBackground(col);
 458     button.setText(label);
 459     button.setForeground(ColorUtils.darkerThan(col));
 460     button.setFont(VERDANA_BOLD_10);
 461
 462     return button;
 463   }
 464
 465   /**
 466    * On 'OK', check that at least one colour has been assigned to a residue (and
 467    * if not issue a warning), and apply the chosen colour scheme and close the
 468    * panel.
 469    */
 470   @Override
 471   protected void okButton_actionPerformed()
 472   {
 473     if (isNoSelectionMade())
 474     {
 475       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 476               .getString("label.no_colour_selection_in_scheme"),
 477               MessageManager.getString("label.no_colour_selection_warn"),
 478               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 479     }
 480     else
 481     {
 482       applyButton_actionPerformed();
 483
 484       try
 485       {
 486         frame.setClosed(true);
 487       } catch (Exception ex)
 488       {
 489       }
 490     }
 491   }
 492
 493   /**
 494    * Returns true if the user has not made any colour selection (including if
 495    * 'case-sensitive' selected and no lower-case colour chosen).
 496    *
 497    * @return
 498    */
 499   protected boolean isNoSelectionMade()
 500   {
 501     final boolean noUpperCaseSelected = upperCaseButtons == null
 502             || upperCaseButtons.isEmpty();
 503     final boolean noLowerCaseSelected = caseSensitive.isSelected()
 504             && (lowerCaseButtons == null || lowerCaseButtons.isEmpty());
 505     final boolean noSelectionMade = noUpperCaseSelected
 506             || noLowerCaseSelected;
 507     return noSelectionMade;
 508   }
 509
 510   /**
 511    * Applies the current colour scheme to the alignment, sequence group or
 512    * structure view.
 513    */
 514   @Override
 515   protected void applyButton_actionPerformed()
 516   {
 517     if (isNoSelectionMade())
 518     {
 519       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 520               .getString("label.no_colour_selection_in_scheme"),
 521               MessageManager.getString("label.no_colour_selection_warn"),
 522               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 523
 524     }
 525     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 526
 527     if (seqGroup != null)
 528     {
 529       seqGroup.setColourScheme(ucs);
 530       ap.paintAlignment(true);
 531     }
 532     else if (ap != null)
 533     {
 534       ap.alignFrame.changeColour(ucs);
 535     }
 536     else if (structureViewer != null)
 537     {
 538       structureViewer.setJalviewColourScheme(ucs);
 539     }
 540   }
 541
 542   UserColourScheme getSchemeFromButtons()
 543   {
 544
 545     Color[] newColours = new Color[24];
 546
 547     int length = upperCaseButtons.size();
 548     if (length < 24)
 549     {
 550       int i = 0;
 551       for (JButton btn : upperCaseButtons)
 552       {
 553         newColours[i] = btn.getBackground();
 554         i++;
 555       }
 556     }
 557     else
 558     {
 559       for (int i = 0; i < 24; i++)
 560       {
 561         JButton button = upperCaseButtons.get(i);
 562         newColours[i] = button.getBackground();
 563       }
 564     }
 565
 566     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 567     ucs.setName(schemeName.getText());
 568
 569     if (caseSensitive.isSelected())
 570     {
 571       newColours = new Color[23];
 572       length = lowerCaseButtons.size();
 573       if (length < 23)
 574       {
 575         int i = 0;
 576         for (JButton btn : lowerCaseButtons)
 577         {
 578           newColours[i] = btn.getBackground();
 579           i++;
 580         }
 581       }
 582       else
 583       {
 584         for (int i = 0; i < 23; i++)
 585         {
 586           JButton button = lowerCaseButtons.get(i);
 587           newColours[i] = button.getBackground();
 588         }
 589       }
 590       ucs.setLowerCaseColours(newColours);
 591     }
 592
 593     // if (ap != null)
 594     // {
 595     // ucs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
 596     // }
 597
 598     return ucs;
 599   }
 600
 601   /**
 602    * DOCUMENT ME!
 603    *
 604    * @param e
 605    *          DOCUMENT ME!
 606    */
 607   @Override
 608   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 609   {
 610     upperCaseButtons = new ArrayList<JButton>();
 611     lowerCaseButtons = new ArrayList<JButton>();
 612
 613     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jc",
 614             "Jalview User Colours");
 615     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 616     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 617             .getString("label.load_colour_scheme"));
 618     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 619
 620     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 621
 622     if (value != JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 623     {
 624       return;
 625     }
 626     File choice = chooser.getSelectedFile();
 627     Cache.setProperty(LAST_DIRECTORY, choice.getParent());
 628
 629     UserColourScheme ucs = ColourSchemeLoader.loadColourScheme(choice
 630             .getAbsolutePath());
 631     Color[] colors = ucs.getColours();
 632     schemeName.setText(ucs.getSchemeName());
 633
 634     if (ucs.getLowerCaseColours() != null)
 635     {
 636       caseSensitive.setSelected(true);
 637       lcaseColour.setEnabled(true);
 638       resetButtonPanel(true);
 639       for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 640       {
 641         JButton button = lowerCaseButtons.get(i);
 642         button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);
 643       }
 644     }
 645     else
 646     {
 647       caseSensitive.setSelected(false);
 648       lcaseColour.setEnabled(false);
 649       resetButtonPanel(false);
 650     }
 651
 652     for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)
 653     {
 654       JButton button = upperCaseButtons.get(i);
 655       button.setBackground(colors[i]);
 656     }
 657
 658     addNewColourScheme(choice.getPath());
 659   }
 660
 661   /**
 662    * Loads the user-defined colour scheme from the first file listed in property
 663    * "USER_DEFINED_COLOURS". If this fails, returns an all-white colour scheme.
 664    *
 665    * @return
 666    */
 667   public static UserColourScheme loadDefaultColours()
 668   {
 669     UserColourScheme ret = null;
 670
 671     String colours = Cache.getProperty(USER_DEFINED_COLOURS);
 672     if (colours != null)
 673     {
 674       if (colours.indexOf("|") > -1)
 675       {
 676         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));
 677       }
 678       ret = ColourSchemeLoader.loadColourScheme(colours);
 679     }
 680
 681     if (ret == null)
 682     {
 683       ret = new UserColourScheme("white");
 684     }
 685
 686     return ret;
 687   }
 688
 689   /**
 690    * DOCUMENT ME!
 691    *
 692    * @param e
 693    *          DOCUMENT ME!
 694    */
 695   @Override
 696   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 697   {
 698     String name = schemeName.getText().trim();
 699     if (name.length() < 1)
 700     {
 701       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 702               .getString("label.user_colour_scheme_must_have_name"),
 703               MessageManager.getString("label.no_name_colour_scheme"),
 704               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 705       return;
 706     }
 707
 708     if (ColourSchemes.getInstance().nameExists(name))
 709     {
 710       int reply = JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 711               MessageManager.formatMessage(
 712                       "label.colour_scheme_exists_overwrite", new Object[] {
 713                           name, name }),
 714               MessageManager.getString("label.duplicate_scheme_name"),
 715               JvOptionPane.YES_NO_OPTION);
 716       if (reply != JvOptionPane.YES_OPTION)
 717       {
 718         return;
 719       }
 720       ColourSchemes.getInstance().removeColourScheme(name);
 721     }
 722     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jc",
 723             "Jalview User Colours");
 724
 725     JalviewFileView fileView = new JalviewFileView();
 726     chooser.setFileView(fileView);
 727     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 728             .getString("label.save_colour_scheme"));
 729     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 730
 731     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 732
 733     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 734     {
 735       File file = chooser.getSelectedFile();
 736       addNewColourScheme(file.getPath());
 737       saveToFile(file);
 738     }
 739   }
 740
 741   /**
 742    * Adds the current colour scheme to the Jalview properties file so it is
 743    * loaded on next startup, and updates the Colour menu in the parent
 744    * AlignFrame (if there is one). Note this action does not including applying
 745    * the colour scheme.
 746    *
 747    * @param filePath
 748    */
 749   protected void addNewColourScheme(String filePath)
 750   {
 751     /*
 752      * update the delimited list of user defined colour files in
 753      * Jalview property USER_DEFINED_COLOURS
 754      */
 755     String defaultColours = Cache
 756             .getDefault(USER_DEFINED_COLOURS, filePath);
 757     if (defaultColours.indexOf(filePath) == -1)
 758     {
 759       if (defaultColours.length() > 0)
 760       {
 761         defaultColours = defaultColours.concat("|");
 762       }
 763       defaultColours = defaultColours.concat(filePath);
 764     }
 765     Cache.setProperty(USER_DEFINED_COLOURS, defaultColours);
 766
 767     /*
 768      * construct and register the colour scheme
 769      */
 770     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 771     ColourSchemes.getInstance().registerColourScheme(ucs);
 772
 773     /*
 774      * update the Colour menu items
 775      */
 776     if (ap != null)
 777     {
 778       ap.alignFrame.buildColourMenu();
 779     }
 780   }
 781
 782   /**
 783    * Saves the colour scheme to file in XML format
 784    *
 785    * @param path
 786    */
 787   protected void saveToFile(File toFile)
 788   {
 789     /*
 790      * build a Java model of colour scheme as XML, and
 791      * marshal to file
 792      */
 793     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
 794     ucs.setSchemeName(schemeName.getText());
 795     try
 796     {
 797       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 798               new FileOutputStream(toFile), "UTF-8"));
 799
 800       for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)
 801       {
 802         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);
 803         Colour col = new Colour();
 804         col.setName(button.getText());
 805         col.setRGB(Format.getHexString(button.getBackground()));
 806         ucs.addColour(col);
 807       }
 808       ucs.marshal(out);
 809       out.close();
 810     } catch (Exception ex)
 811     {
 812       ex.printStackTrace();
 813     }
 814   }
 815
 816   /**
 817    * On cancel, restores the colour scheme before the dialogue was opened
 818    *
 819    * @param e
 820    */
 821   @Override
 822   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 823   {
 824     if (ap != null)
 825     {
 826       if (seqGroup != null)
 827       {
 828         seqGroup.setColourScheme(oldColourScheme);
 829       }
 830       else
 831       {
 832         ap.alignFrame.changeColour(oldColourScheme);
 833       }
 834       ap.paintAlignment(true);
 835     }
 836
 837     if (structureViewer != null)
 838     {
 839       structureViewer.setJalviewColourScheme(oldColourScheme);
 840     }
 841
 842     try
 843     {
 844       frame.setClosed(true);
 845     } catch (Exception ex)
 846     {
 847     }
 848   }
 849
 850   @Override
 851   public void caseSensitive_actionPerformed(ActionEvent e)
 852   {
 853     boolean selected = caseSensitive.isSelected();
 854     resetButtonPanel(selected);
 855     lcaseColour.setEnabled(selected);
 856   }
 857 }