src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  21 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  22 import jalview.jbgui.GUserDefinedColours;
  23 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  24 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  25 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.awt.Font;
  29 import java.awt.event.ActionEvent;
  30 import java.awt.event.MouseEvent;
  31 import java.io.File;
  32 import java.io.FileInputStream;
  33 import java.io.FileOutputStream;
  34 import java.io.InputStreamReader;
  35 import java.io.OutputStreamWriter;
  36 import java.io.PrintWriter;
  37 import java.util.Hashtable;
  38 import java.util.StringTokenizer;
  39 import java.util.Vector;
  40
  41 import javax.swing.JButton;
  42 import javax.swing.JInternalFrame;
  43 import javax.swing.JOptionPane;
  44 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  45 import javax.swing.event.ChangeListener;
  46
  47 /**
  48  * DOCUMENT ME!
  49  *
  50  * @author $author$
  51  * @version $Revision$
  52  */
  53 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
  54         ChangeListener
  55 {
  56   AlignmentPanel ap;
  57
  58   SequenceGroup seqGroup;
  59
  60   Vector selectedButtons;
  61
  62   ColourSchemeI oldColourScheme;
  63
  64   JInternalFrame frame;
  65
  66   AppJmol jmol;
  67
  68   Vector upperCaseButtons;
  69
  70   Vector lowerCaseButtons;
  71
  72   /**
  73    * Creates a new UserDefinedColours object.
  74    *
  75    * @param ap
  76    *          DOCUMENT ME!
  77    * @param sg
  78    *          DOCUMENT ME!
  79    */
  80   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  81   {
  82     super();
  83
  84     lcaseColour.setEnabled(false);
  85
  86     this.ap = ap;
  87     seqGroup = sg;
  88
  89     if (seqGroup != null)
  90     {
  91       oldColourScheme = seqGroup.cs;
  92     }
  93     else
  94     {
  95       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
  96     }
  97
  98     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
  99     {
 100       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
 101       if (((UserColourScheme) oldColourScheme).getLowerCaseColours() != null)
 102       {
 103         caseSensitive.setSelected(true);
 104         lcaseColour.setEnabled(true);
 105         resetButtonPanel(true);
 106       }
 107       else
 108       {
 109         resetButtonPanel(false);
 110       }
 111     }
 112     else
 113     {
 114       resetButtonPanel(false);
 115     }
 116
 117     showFrame();
 118   }
 119
 120   public UserDefinedColours(AppJmol jmol, ColourSchemeI oldcs)
 121   {
 122     super();
 123     this.jmol = jmol;
 124
 125     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 126
 127     oldColourScheme = oldcs;
 128
 129     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 130     {
 131       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
 132     }
 133
 134     resetButtonPanel(false);
 135
 136     showFrame();
 137
 138   }
 139
 140   void showFrame()
 141   {
 142     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 143     frame = new JInternalFrame();
 144     frame.setContentPane(this);
 145     Desktop.addInternalFrame(frame, "User Defined Colours", 720, 370, true);
 146
 147     if (seqGroup != null)
 148     {
 149       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 150     }
 151
 152     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 153     {
 154       frame.setSize(760, 370);
 155     }
 156   }
 157
 158   void resetButtonPanel(boolean caseSensitive)
 159   {
 160     buttonPanel.removeAll();
 161
 162     if (upperCaseButtons == null)
 163     {
 164       upperCaseButtons = new Vector();
 165     }
 166
 167     JButton button;
 168     String label;
 169     for (int i = 0; i < 20; i++)
 170     {
 171       if (caseSensitive)
 172       {
 173         label = ResidueProperties.aa[i];
 174       }
 175       else
 176       {
 177         label = ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 178                 .toString();
 179       }
 180
 181       button = makeButton(label, ResidueProperties.aa[i], upperCaseButtons,
 182               i);
 183
 184       buttonPanel.add(button);
 185     }
 186
 187     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));
 188     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));
 189     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));
 190     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));
 191
 192     if (!caseSensitive)
 193     {
 194       gridLayout.setRows(6);
 195       gridLayout.setColumns(4);
 196     }
 197     else
 198     {
 199       gridLayout.setRows(7);
 200       int cols = 7;
 201       gridLayout.setColumns(cols + 1);
 202
 203       if (lowerCaseButtons == null)
 204       {
 205         lowerCaseButtons = new Vector();
 206       }
 207
 208       for (int i = 0; i < 20; i++)
 209       {
 210         int row = i / cols + 1;
 211         int index = (row * cols) + i;
 212         button = makeButton(ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),
 213                 ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(), lowerCaseButtons, i);
 214
 215         buttonPanel.add(button, index);
 216       }
 217     }
 218
 219     if (caseSensitive)
 220     {
 221       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));
 222       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));
 223       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));
 224     }
 225
 226     buttonPanel.validate();
 227     validate();
 228   }
 229
 230   /**
 231    * DOCUMENT ME!
 232    *
 233    * @param evt
 234    *          DOCUMENT ME!
 235    */
 236   public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 237   {
 238     if (selectedButtons != null)
 239     {
 240       JButton button = null;
 241       for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)
 242       {
 243         button = (JButton) selectedButtons.elementAt(i);
 244         button.setBackground(colorChooser.getColor());
 245         button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 246                 .brighter());
 247       }
 248       if (button == lcaseColour)
 249       {
 250         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 251         {
 252           button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 253           button.setBackground(colorChooser.getColor());
 254           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 255                   .brighter());
 256         }
 257       }
 258     }
 259   }
 260
 261   /**
 262    * DOCUMENT ME!
 263    *
 264    * @param e
 265    *          DOCUMENT ME!
 266    */
 267   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 268   {
 269     if (selectedButtons == null)
 270     {
 271       selectedButtons = new Vector();
 272     }
 273
 274     JButton pressed = (JButton) e.getSource();
 275
 276     if (e.isShiftDown())
 277     {
 278       JButton start, end = (JButton) e.getSource();
 279       if (selectedButtons.size() > 0)
 280       {
 281         start = (JButton) selectedButtons
 282                 .elementAt(selectedButtons.size() - 1);
 283       }
 284       else
 285       {
 286         start = (JButton) e.getSource();
 287       }
 288
 289       int startIndex = 0, endIndex = 0;
 290       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)
 291       {
 292         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)
 293         {
 294           startIndex = b;
 295         }
 296         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)
 297         {
 298           endIndex = b;
 299         }
 300       }
 301
 302       if (startIndex > endIndex)
 303       {
 304         int temp = startIndex;
 305         startIndex = endIndex;
 306         endIndex = temp;
 307       }
 308
 309       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)
 310       {
 311         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);
 312         if (!selectedButtons.contains(button))
 313         {
 314           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter());
 315           selectedButtons.add(button);
 316         }
 317       }
 318     }
 319     else if (!e.isControlDown())
 320     {
 321       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)
 322       {
 323         JButton button = (JButton) selectedButtons.elementAt(b);
 324         button.setForeground(button.getBackground().darker().darker());
 325       }
 326       selectedButtons.clear();
 327       pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 328       selectedButtons.addElement(pressed);
 329
 330     }
 331     else if (e.isControlDown())
 332     {
 333       if (selectedButtons.contains(pressed))
 334       {
 335         pressed.setForeground(pressed.getBackground().darker().darker());
 336         selectedButtons.remove(pressed);
 337       }
 338       else
 339       {
 340         pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 341         selectedButtons.addElement(pressed);
 342       }
 343     }
 344
 345     if (selectedButtons.size() > 0)
 346     {
 347       colorChooser.setColor(((JButton) selectedButtons.elementAt(0))
 348               .getBackground());
 349     }
 350   }
 351
 352   /**
 353    * DOCUMENT ME!
 354    *
 355    * @param label
 356    *          DOCUMENT ME!
 357    * @param aa
 358    *          DOCUMENT ME!
 359    */
 360   JButton makeButton(String label, String aa, Vector caseSensitiveButtons,
 361           int buttonIndex)
 362   {
 363     final JButton button;
 364     Color col;
 365
 366     if (buttonIndex < caseSensitiveButtons.size())
 367     {
 368       button = (JButton) caseSensitiveButtons.elementAt(buttonIndex);
 369       col = button.getBackground();
 370     }
 371     else
 372     {
 373       button = new JButton();
 374       button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 375       {
 376         public void mouseClicked(MouseEvent e)
 377         {
 378           colourButtonPressed(e);
 379         }
 380       });
 381
 382       caseSensitiveButtons.addElement(button);
 383
 384       col = Color.white;
 385       if (oldColourScheme != null)
 386       {
 387         try
 388         {
 389           col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1, null);
 390         } catch (Exception ex)
 391         {
 392         }
 393       }
 394     }
 395
 396     if (caseSensitive.isSelected())
 397     {
 398       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 2, 2, 2));
 399     }
 400     else
 401     {
 402       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 14, 2, 14));
 403     }
 404
 405     button.setBackground(col);
 406     button.setText(label);
 407     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 408     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 10));
 409
 410     return button;
 411   }
 412
 413   /**
 414    * DOCUMENT ME!
 415    *
 416    * @param e
 417    *          DOCUMENT ME!
 418    */
 419   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 420   {
 421     applyButton_actionPerformed(null);
 422
 423     try
 424     {
 425       frame.setClosed(true);
 426     } catch (Exception ex)
 427     {
 428     }
 429   }
 430
 431   /**
 432    * DOCUMENT ME!
 433    *
 434    * @param e
 435    *          DOCUMENT ME!
 436    */
 437   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 438   {
 439     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 440     ucs.setName(schemeName.getText());
 441
 442     if (seqGroup != null)
 443     {
 444       seqGroup.cs = ucs;
 445       ap.paintAlignment(true);
 446     }
 447     else if (ap != null)
 448     {
 449       ap.alignFrame.changeColour(ucs);
 450     }
 451     else if (jmol != null)
 452     {
 453       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 454     }
 455   }
 456
 457   UserColourScheme getSchemeFromButtons()
 458   {
 459
 460     Color[] newColours = new Color[24];
 461
 462     for (int i = 0; i < 24; i++)
 463     {
 464       JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 465       newColours[i] = button.getBackground();
 466     }
 467
 468     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 469
 470     if (caseSensitive.isSelected())
 471     {
 472       newColours = new Color[23];
 473       for (int i = 0; i < 23; i++)
 474       {
 475         JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 476         newColours[i] = button.getBackground();
 477       }
 478       ucs.setLowerCaseColours(newColours);
 479     }
 480
 481     if (ap != null)
 482     {
 483       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 484     }
 485
 486     return ucs;
 487   }
 488
 489   /**
 490    * DOCUMENT ME!
 491    *
 492    * @param e
 493    *          DOCUMENT ME!
 494    */
 495   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 496   {
 497     upperCaseButtons = new Vector();
 498     lowerCaseButtons = new Vector();
 499
 500     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 501             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 502             { "jc" }, new String[]
 503             { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 504     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 505     chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");
 506     chooser.setToolTipText("Load");
 507
 508     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 509
 510     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 511     {
 512       File choice = chooser.getSelectedFile();
 513       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 514       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 515               "USER_DEFINED_COLOURS", choice.getPath());
 516       if (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1)
 517       {
 518         defaultColours = defaultColours.concat("|")
 519                 .concat(choice.getPath());
 520       }
 521
 522       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 523
 524       UserColourScheme ucs = loadColours(choice.getAbsolutePath());
 525       Color[] colors = ucs.getColours();
 526       schemeName.setText(ucs.getName());
 527
 528       if (ucs.getLowerCaseColours() != null)
 529       {
 530         caseSensitive.setSelected(true);
 531         lcaseColour.setEnabled(true);
 532         resetButtonPanel(true);
 533         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 534         {
 535           JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 536           button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);
 537         }
 538
 539       }
 540       else
 541       {
 542         caseSensitive.setSelected(false);
 543         lcaseColour.setEnabled(false);
 544         resetButtonPanel(false);
 545       }
 546
 547       for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)
 548       {
 549         JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 550         button.setBackground(colors[i]);
 551       }
 552
 553     }
 554   }
 555
 556   /**
 557    * DOCUMENT ME!
 558    *
 559    * @return DOCUMENT ME!
 560    */
 561   public static UserColourScheme loadDefaultColours()
 562   {
 563     UserColourScheme ret = null;
 564
 565     String colours = jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS");
 566     if (colours != null)
 567     {
 568       if (colours.indexOf("|") > -1)
 569       {
 570         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));
 571       }
 572
 573       ret = loadColours(colours);
 574     }
 575
 576     if (ret == null)
 577     {
 578       Color[] newColours = new Color[24];
 579       for (int i = 0; i < 24; i++)
 580       {
 581         newColours[i] = Color.white;
 582       }
 583       ret = new UserColourScheme(newColours);
 584     }
 585
 586     return ret;
 587   }
 588
 589   /**
 590    * DOCUMENT ME!
 591    *
 592    * @param file
 593    *          DOCUMENT ME!
 594    *
 595    * @return DOCUMENT ME!
 596    */
 597   static UserColourScheme loadColours(String file)
 598   {
 599     UserColourScheme ucs = null;
 600     Color[] newColours = null;
 601     try
 602     {
 603       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 604               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 605
 606       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 607
 608       org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(
 609               jucs);
 610       jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) unmar
 611               .unmarshal(in);
 612
 613       newColours = new Color[24];
 614
 615       Color[] lowerCase = null;
 616       boolean caseSensitive = false;
 617
 618       String name;
 619       int index;
 620       for (int i = 0; i < jucs.getColourCount(); i++)
 621       {
 622         name = jucs.getColour(i).getName();
 623         if (ResidueProperties.aa3Hash.containsKey(name))
 624         {
 625           index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(name))
 626                   .intValue();
 627         }
 628         else
 629         {
 630           index = ResidueProperties.aaIndex[name.charAt(0)];
 631         }
 632         if (index == -1)
 633         {
 634           continue;
 635         }
 636
 637         if (name.toLowerCase().equals(name))
 638         {
 639           if (lowerCase == null)
 640           {
 641             lowerCase = new Color[23];
 642           }
 643           caseSensitive = true;
 644           lowerCase[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 645                   .getRGB(), 16));
 646         }
 647         else
 648         {
 649           newColours[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 650                   .getRGB(), 16));
 651         }
 652       }
 653
 654       if (newColours != null)
 655       {
 656         ucs = new UserColourScheme(newColours);
 657         ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 658         if (caseSensitive)
 659         {
 660           ucs.setLowerCaseColours(lowerCase);
 661         }
 662       }
 663
 664     } catch (Exception ex)
 665     {
 666       // Could be Archive Jalview format
 667       try
 668       {
 669         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
 670                 file), "UTF-8");
 671
 672         jalview.binding.JalviewUserColours jucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();
 673
 674         jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);
 675
 676         newColours = new Color[jucs.getColourCount()];
 677
 678         for (int i = 0; i < 24; i++)
 679         {
 680           newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 681                   .getRGB(), 16));
 682         }
 683         if (newColours != null)
 684         {
 685           ucs = new UserColourScheme(newColours);
 686           ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 687         }
 688       } catch (Exception ex2)
 689       {
 690         ex2.printStackTrace();
 691       }
 692
 693       if (newColours == null)
 694       {
 695         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 696       }
 697     }
 698
 699     return ucs;
 700   }
 701
 702   /**
 703    * DOCUMENT ME!
 704    *
 705    * @param e
 706    *          DOCUMENT ME!
 707    */
 708   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 709   {
 710     if (schemeName.getText().trim().length() < 1)
 711     {
 712       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 713               "User colour scheme must have a name!",
 714               "No name for colour scheme", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 715       return;
 716     }
 717
 718     if (userColourSchemes != null
 719             && userColourSchemes.containsKey(schemeName.getText()))
 720     {
 721       int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(
 722               Desktop.desktop,
 723               "Colour scheme " + schemeName.getText() + " exists."
 724                       + "\nContinue saving colour scheme as "
 725                       + schemeName.getText() + "?",
 726               "Duplicate scheme name", JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 727       if (reply != JOptionPane.YES_OPTION)
 728       {
 729         return;
 730       }
 731
 732       userColourSchemes.remove(schemeName.getText());
 733     }
 734     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 735             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 736             { "jc" }, new String[]
 737             { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 738
 739     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 740     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");
 741     chooser.setToolTipText("Save");
 742
 743     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 744
 745     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 746     {
 747       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 748       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 749               "USER_DEFINED_COLOURS", choice);
 750       if (defaultColours.indexOf(choice) == -1)
 751       {
 752         if (defaultColours.length() > 0)
 753         {
 754           defaultColours = defaultColours.concat("|");
 755         }
 756         defaultColours = defaultColours.concat(choice);
 757       }
 758
 759       userColourSchemes.put(schemeName.getText(), getSchemeFromButtons());
 760
 761       ap.alignFrame.updateUserColourMenu();
 762
 763       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 764
 765       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 766
 767       ucs.setSchemeName(schemeName.getText());
 768       try
 769       {
 770         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 771                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 772
 773         for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)
 774         {
 775           JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);
 776           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
 777           col.setName(button.getText());
 778           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(button
 779                   .getBackground()));
 780           ucs.addColour(col);
 781         }
 782
 783         ucs.marshal(out);
 784         out.close();
 785       } catch (Exception ex)
 786       {
 787         ex.printStackTrace();
 788       }
 789     }
 790   }
 791
 792   /**
 793    * DOCUMENT ME!
 794    *
 795    * @param e
 796    *          DOCUMENT ME!
 797    */
 798   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 799   {
 800     if (ap != null)
 801     {
 802       if (seqGroup != null)
 803       {
 804         seqGroup.cs = oldColourScheme;
 805       }
 806       else if (ap != null)
 807       {
 808         ap.av.setGlobalColourScheme(oldColourScheme);
 809       }
 810       ap.paintAlignment(true);
 811     }
 812
 813     if (jmol != null)
 814     {
 815       jmol.setJalviewColourScheme(oldColourScheme);
 816     }
 817
 818     try
 819     {
 820       frame.setClosed(true);
 821     } catch (Exception ex)
 822     {
 823     }
 824   }
 825
 826   static Hashtable userColourSchemes;
 827
 828   public static Hashtable getUserColourSchemes()
 829   {
 830     return userColourSchemes;
 831   }
 832
 833   public static void initUserColourSchemes(String files)
 834   {
 835     userColourSchemes = new Hashtable();
 836
 837     if (files == null || files.length() == 0)
 838     {
 839       return;
 840     }
 841
 842     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 843     // from the default list here.
 844     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 845     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
 846     while (st.hasMoreElements())
 847     {
 848       String file = st.nextToken();
 849       try
 850       {
 851         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 852         if (ucs != null)
 853         {
 854           if (coloursFound.length() > 0)
 855           {
 856             coloursFound.append("|");
 857           }
 858           coloursFound.append(file);
 859           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 860         }
 861       } catch (Exception ex)
 862       {
 863         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 864       }
 865     }
 866     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
 867     {
 868       if (coloursFound.toString().length() > 1)
 869       {
 870         jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
 871                 coloursFound.toString());
 872       }
 873       else
 874       {
 875         jalview.bin.Cache.applicationProperties
 876                 .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 877       }
 878     }
 879   }
 880
 881   public static void removeColourFromDefaults(String target)
 882   {
 883     // The only way to find colours by name is to load them in
 884     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 885     // from the default list here.
 886
 887     userColourSchemes = new Hashtable();
 888
 889     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 890     StringTokenizer st = new StringTokenizer(
 891             jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"), "|");
 892
 893     while (st.hasMoreElements())
 894     {
 895       String file = st.nextToken();
 896       try
 897       {
 898         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 899         if (ucs != null && !ucs.getName().equals(target))
 900         {
 901           if (coloursFound.length() > 0)
 902           {
 903             coloursFound.append("|");
 904           }
 905           coloursFound.append(file);
 906           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 907         }
 908       } catch (Exception ex)
 909       {
 910         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 911       }
 912     }
 913
 914     if (coloursFound.toString().length() > 1)
 915     {
 916       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
 917               coloursFound.toString());
 918     }
 919     else
 920     {
 921       jalview.bin.Cache.applicationProperties
 922               .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 923     }
 924
 925   }
 926
 927   public void caseSensitive_actionPerformed(ActionEvent e)
 928   {
 929     resetButtonPanel(caseSensitive.isSelected());
 930     lcaseColour.setEnabled(caseSensitive.isSelected());
 931   }
 932
 933   public void lcaseColour_actionPerformed(ActionEvent e)
 934   {
 935     if (selectedButtons == null)
 936     {
 937       selectedButtons = new Vector();
 938     }
 939     else
 940     {
 941       selectedButtons.clear();
 942     }
 943     selectedButtons.add(lcaseColour);
 944   }
 945
 946 }