src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25 import javax.swing.*;
  26 import javax.swing.event.*;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.io.*;
  30 import jalview.jbgui.*;
  31 import jalview.schemes.*;
  32
  33 /**
  34  * DOCUMENT ME!
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
  40         ChangeListener
  41 {
  42   AlignmentPanel ap;
  43
  44   SequenceGroup seqGroup;
  45
  46   Vector selectedButtons;
  47
  48   ColourSchemeI oldColourScheme;
  49
  50   JInternalFrame frame;
  51
  52   AppJmol jmol;
  53
  54   Vector upperCaseButtons;
  55
  56   Vector lowerCaseButtons;
  57
  58   /**
  59    * Creates a new UserDefinedColours object.
  60    *
  61    * @param ap
  62    *          DOCUMENT ME!
  63    * @param sg
  64    *          DOCUMENT ME!
  65    */
  66   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  67   {
  68     super();
  69
  70     lcaseColour.setEnabled(false);
  71
  72     this.ap = ap;
  73     seqGroup = sg;
  74
  75     if (seqGroup != null)
  76     {
  77       oldColourScheme = seqGroup.cs;
  78     }
  79     else
  80     {
  81       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
  82     }
  83
  84     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
  85     {
  86       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
  87       if (((UserColourScheme) oldColourScheme).getLowerCaseColours() != null)
  88       {
  89         caseSensitive.setSelected(true);
  90         lcaseColour.setEnabled(true);
  91         resetButtonPanel(true);
  92       }
  93       else
  94       {
  95         resetButtonPanel(false);
  96       }
  97     }
  98     else
  99     {
 100       resetButtonPanel(false);
 101     }
 102
 103     showFrame();
 104   }
 105
 106   public UserDefinedColours(AppJmol jmol, ColourSchemeI oldcs)
 107   {
 108     super();
 109     this.jmol = jmol;
 110
 111     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 112
 113     oldColourScheme = oldcs;
 114
 115     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 116     {
 117       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
 118     }
 119
 120     resetButtonPanel(false);
 121
 122     showFrame();
 123
 124   }
 125
 126   void showFrame()
 127   {
 128     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 129     frame = new JInternalFrame();
 130     frame.setContentPane(this);
 131     Desktop.addInternalFrame(frame, "User Defined Colours", 720, 370, true);
 132
 133     if (seqGroup != null)
 134     {
 135       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 136     }
 137
 138     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 139     {
 140       frame.setSize(760, 370);
 141     }
 142   }
 143
 144   void resetButtonPanel(boolean caseSensitive)
 145   {
 146     buttonPanel.removeAll();
 147
 148     if (upperCaseButtons == null)
 149     {
 150       upperCaseButtons = new Vector();
 151     }
 152
 153     JButton button;
 154     String label;
 155     for (int i = 0; i < 20; i++)
 156     {
 157       if (caseSensitive)
 158       {
 159         label = ResidueProperties.aa[i];
 160       }
 161       else
 162       {
 163         label = ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 164                 .toString();
 165       }
 166
 167       button = makeButton(label, ResidueProperties.aa[i], upperCaseButtons,
 168               i);
 169
 170       buttonPanel.add(button);
 171     }
 172
 173     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));
 174     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));
 175     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));
 176     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));
 177
 178     if (!caseSensitive)
 179     {
 180       gridLayout.setRows(6);
 181       gridLayout.setColumns(4);
 182     }
 183     else
 184     {
 185       gridLayout.setRows(7);
 186       int cols = 7;
 187       gridLayout.setColumns(cols + 1);
 188
 189       if (lowerCaseButtons == null)
 190       {
 191         lowerCaseButtons = new Vector();
 192       }
 193
 194       for (int i = 0; i < 20; i++)
 195       {
 196         int row = i / cols + 1;
 197         int index = (row * cols) + i;
 198         button = makeButton(ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),
 199                 ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(), lowerCaseButtons, i);
 200
 201         buttonPanel.add(button, index);
 202       }
 203     }
 204
 205     if (caseSensitive)
 206     {
 207       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));
 208       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));
 209       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));
 210     }
 211
 212     buttonPanel.validate();
 213     validate();
 214   }
 215
 216   /**
 217    * DOCUMENT ME!
 218    *
 219    * @param evt
 220    *          DOCUMENT ME!
 221    */
 222   public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 223   {
 224     if (selectedButtons != null)
 225     {
 226       JButton button = null;
 227       for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)
 228       {
 229         button = (JButton) selectedButtons.elementAt(i);
 230         button.setBackground(colorChooser.getColor());
 231         button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 232                 .brighter());
 233       }
 234       if (button == lcaseColour)
 235       {
 236         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 237         {
 238           button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 239           button.setBackground(colorChooser.getColor());
 240           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 241                   .brighter());
 242         }
 243       }
 244     }
 245   }
 246
 247   /**
 248    * DOCUMENT ME!
 249    *
 250    * @param e
 251    *          DOCUMENT ME!
 252    */
 253   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 254   {
 255     if (selectedButtons == null)
 256     {
 257       selectedButtons = new Vector();
 258     }
 259
 260     JButton pressed = (JButton) e.getSource();
 261
 262     if (e.isShiftDown())
 263     {
 264       JButton start, end = (JButton) e.getSource();
 265       if (selectedButtons.size() > 0)
 266       {
 267         start = (JButton) selectedButtons
 268                 .elementAt(selectedButtons.size() - 1);
 269       }
 270       else
 271       {
 272         start = (JButton) e.getSource();
 273       }
 274
 275       int startIndex = 0, endIndex = 0;
 276       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)
 277       {
 278         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)
 279         {
 280           startIndex = b;
 281         }
 282         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)
 283         {
 284           endIndex = b;
 285         }
 286       }
 287
 288       if (startIndex > endIndex)
 289       {
 290         int temp = startIndex;
 291         startIndex = endIndex;
 292         endIndex = temp;
 293       }
 294
 295       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)
 296       {
 297         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);
 298         if (!selectedButtons.contains(button))
 299         {
 300           button
 301                   .setForeground(button.getBackground().brighter()
 302                           .brighter());
 303           selectedButtons.add(button);
 304         }
 305       }
 306     }
 307     else if (!e.isControlDown())
 308     {
 309       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)
 310       {
 311         JButton button = (JButton) selectedButtons.elementAt(b);
 312         button.setForeground(button.getBackground().darker().darker());
 313       }
 314       selectedButtons.clear();
 315       pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 316       selectedButtons.addElement(pressed);
 317
 318     }
 319     else if (e.isControlDown())
 320     {
 321       if (selectedButtons.contains(pressed))
 322       {
 323         pressed.setForeground(pressed.getBackground().darker().darker());
 324         selectedButtons.remove(pressed);
 325       }
 326       else
 327       {
 328         pressed
 329                 .setForeground(pressed.getBackground().brighter()
 330                         .brighter());
 331         selectedButtons.addElement(pressed);
 332       }
 333     }
 334
 335     if (selectedButtons.size() > 0)
 336     {
 337       colorChooser.setColor(((JButton) selectedButtons.elementAt(0))
 338               .getBackground());
 339     }
 340   }
 341
 342   /**
 343    * DOCUMENT ME!
 344    *
 345    * @param label
 346    *          DOCUMENT ME!
 347    * @param aa
 348    *          DOCUMENT ME!
 349    */
 350   JButton makeButton(String label, String aa, Vector caseSensitiveButtons,
 351           int buttonIndex)
 352   {
 353     final JButton button;
 354     Color col;
 355
 356     if (buttonIndex < caseSensitiveButtons.size())
 357     {
 358       button = (JButton) caseSensitiveButtons.elementAt(buttonIndex);
 359       col = button.getBackground();
 360     }
 361     else
 362     {
 363       button = new JButton();
 364       button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 365       {
 366         public void mouseClicked(MouseEvent e)
 367         {
 368           colourButtonPressed(e);
 369         }
 370       });
 371
 372       caseSensitiveButtons.addElement(button);
 373
 374       col = Color.white;
 375       if (oldColourScheme != null)
 376       {
 377         try
 378         {
 379           col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1);
 380         } catch (Exception ex)
 381         {
 382         }
 383       }
 384     }
 385
 386     if (caseSensitive.isSelected())
 387     {
 388       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 2, 2, 2));
 389     }
 390     else
 391     {
 392       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 14, 2, 14));
 393     }
 394
 395     button.setBackground(col);
 396     button.setText(label);
 397     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 398     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 10));
 399
 400     return button;
 401   }
 402
 403   /**
 404    * DOCUMENT ME!
 405    *
 406    * @param e
 407    *          DOCUMENT ME!
 408    */
 409   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 410   {
 411     applyButton_actionPerformed(null);
 412
 413     try
 414     {
 415       frame.setClosed(true);
 416     } catch (Exception ex)
 417     {
 418     }
 419   }
 420
 421   /**
 422    * DOCUMENT ME!
 423    *
 424    * @param e
 425    *          DOCUMENT ME!
 426    */
 427   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 428   {
 429     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 430     ucs.setName(schemeName.getText());
 431
 432     if (seqGroup != null)
 433     {
 434       seqGroup.cs = ucs;
 435       ap.paintAlignment(true);
 436     }
 437     else if (ap != null)
 438     {
 439       ap.alignFrame.changeColour(ucs);
 440     }
 441     else if (jmol != null)
 442     {
 443       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 444     }
 445   }
 446
 447   UserColourScheme getSchemeFromButtons()
 448   {
 449
 450     Color[] newColours = new Color[24];
 451
 452     for (int i = 0; i < 24; i++)
 453     {
 454       JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 455       newColours[i] = button.getBackground();
 456     }
 457
 458     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 459
 460     if (caseSensitive.isSelected())
 461     {
 462       newColours = new Color[23];
 463       for (int i = 0; i < 23; i++)
 464       {
 465         JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 466         newColours[i] = button.getBackground();
 467       }
 468       ucs.setLowerCaseColours(newColours);
 469     }
 470
 471     if (ap != null)
 472     {
 473       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 474     }
 475
 476     return ucs;
 477   }
 478
 479   /**
 480    * DOCUMENT ME!
 481    *
 482    * @param e
 483    *          DOCUMENT ME!
 484    */
 485   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 486   {
 487     upperCaseButtons = new Vector();
 488     lowerCaseButtons = new Vector();
 489
 490     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 491             .getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 492     { "jc" }, new String[]
 493     { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 494     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 495     chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");
 496     chooser.setToolTipText("Load");
 497
 498     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 499
 500     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 501     {
 502       File choice = chooser.getSelectedFile();
 503       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 504       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 505               "USER_DEFINED_COLOURS", choice.getPath());
 506       if (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1)
 507       {
 508         defaultColours = defaultColours.concat("|")
 509                 .concat(choice.getPath());
 510       }
 511
 512       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 513
 514       UserColourScheme ucs = loadColours(choice.getAbsolutePath());
 515       Color[] colors = ucs.getColours();
 516       schemeName.setText(ucs.getName());
 517
 518       if (ucs.getLowerCaseColours() != null)
 519       {
 520         caseSensitive.setSelected(true);
 521         lcaseColour.setEnabled(true);
 522         resetButtonPanel(true);
 523         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 524         {
 525           JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 526           button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);
 527         }
 528
 529       }
 530       else
 531       {
 532         caseSensitive.setSelected(false);
 533         lcaseColour.setEnabled(false);
 534         resetButtonPanel(false);
 535       }
 536
 537       for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)
 538       {
 539         JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 540         button.setBackground(colors[i]);
 541       }
 542
 543     }
 544   }
 545
 546   /**
 547    * DOCUMENT ME!
 548    *
 549    * @return DOCUMENT ME!
 550    */
 551   public static UserColourScheme loadDefaultColours()
 552   {
 553     UserColourScheme ret = null;
 554
 555     String colours = jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS");
 556     if (colours != null)
 557     {
 558       if (colours.indexOf("|") > -1)
 559       {
 560         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));
 561       }
 562
 563       ret = loadColours(colours);
 564     }
 565
 566     if (ret == null)
 567     {
 568       Color[] newColours = new Color[24];
 569       for (int i = 0; i < 24; i++)
 570       {
 571         newColours[i] = Color.white;
 572       }
 573       ret = new UserColourScheme(newColours);
 574     }
 575
 576     return ret;
 577   }
 578
 579   /**
 580    * DOCUMENT ME!
 581    *
 582    * @param file
 583    *          DOCUMENT ME!
 584    *
 585    * @return DOCUMENT ME!
 586    */
 587   static UserColourScheme loadColours(String file)
 588   {
 589     UserColourScheme ucs = null;
 590     Color[] newColours = null;
 591     try
 592     {
 593       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 594               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 595
 596       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 597
 598       org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(
 599               jucs);
 600       jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) unmar
 601               .unmarshal(in);
 602
 603       newColours = new Color[24];
 604
 605       Color[] lowerCase = null;
 606       boolean caseSensitive = false;
 607
 608       String name;
 609       int index;
 610       for (int i = 0; i < jucs.getColourCount(); i++)
 611       {
 612         name = jucs.getColour(i).getName();
 613         if (ResidueProperties.aa3Hash.containsKey(name))
 614         {
 615           index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(name))
 616                   .intValue();
 617         }
 618         else
 619         {
 620           index = ResidueProperties.aaIndex[name.charAt(0)];
 621         }
 622         if (index == -1)
 623         {
 624           continue;
 625         }
 626
 627         if (name.toLowerCase().equals(name))
 628         {
 629           if (lowerCase == null)
 630           {
 631             lowerCase = new Color[23];
 632           }
 633           caseSensitive = true;
 634           lowerCase[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 635                   .getRGB(), 16));
 636         }
 637         else
 638         {
 639           newColours[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 640                   .getRGB(), 16));
 641         }
 642       }
 643
 644       if (newColours != null)
 645       {
 646         ucs = new UserColourScheme(newColours);
 647         ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 648         if (caseSensitive)
 649         {
 650           ucs.setLowerCaseColours(lowerCase);
 651         }
 652       }
 653
 654     } catch (Exception ex)
 655     {
 656       // Could be Archive Jalview format
 657       try
 658       {
 659         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
 660                 file), "UTF-8");
 661
 662         jalview.binding.JalviewUserColours jucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();
 663
 664         jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);
 665
 666         newColours = new Color[jucs.getColourCount()];
 667
 668         for (int i = 0; i < 24; i++)
 669         {
 670           newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 671                   .getRGB(), 16));
 672         }
 673         if (newColours != null)
 674         {
 675           ucs = new UserColourScheme(newColours);
 676           ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 677         }
 678       } catch (Exception ex2)
 679       {
 680         ex2.printStackTrace();
 681       }
 682
 683       if (newColours == null)
 684       {
 685         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 686       }
 687     }
 688
 689     return ucs;
 690   }
 691
 692   /**
 693    * DOCUMENT ME!
 694    *
 695    * @param e
 696    *          DOCUMENT ME!
 697    */
 698   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 699   {
 700     if (schemeName.getText().trim().length() < 1)
 701     {
 702       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 703               "User colour scheme must have a name!",
 704               "No name for colour scheme", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 705       return;
 706     }
 707
 708     if (userColourSchemes != null
 709             && userColourSchemes.containsKey(schemeName.getText()))
 710     {
 711       int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 712               "Colour scheme " + schemeName.getText() + " exists."
 713                       + "\nContinue saving colour scheme as "
 714                       + schemeName.getText() + "?",
 715               "Duplicate scheme name", JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 716       if (reply != JOptionPane.YES_OPTION)
 717       {
 718         return;
 719       }
 720
 721       userColourSchemes.remove(schemeName.getText());
 722     }
 723     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 724             .getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 725     { "jc" }, new String[]
 726     { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 727
 728     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 729     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");
 730     chooser.setToolTipText("Save");
 731
 732     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 733
 734     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 735     {
 736       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 737       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 738               "USER_DEFINED_COLOURS", choice);
 739       if (defaultColours.indexOf(choice) == -1)
 740       {
 741         if (defaultColours.length() > 0)
 742         {
 743           defaultColours = defaultColours.concat("|");
 744         }
 745         defaultColours = defaultColours.concat(choice);
 746       }
 747
 748       userColourSchemes.put(schemeName.getText(), getSchemeFromButtons());
 749
 750       ap.alignFrame.updateUserColourMenu();
 751
 752       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 753
 754       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 755
 756       ucs.setSchemeName(schemeName.getText());
 757       try
 758       {
 759         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 760                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 761
 762         for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)
 763         {
 764           JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);
 765           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
 766           col.setName(button.getText());
 767           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(button
 768                   .getBackground()));
 769           ucs.addColour(col);
 770         }
 771
 772         ucs.marshal(out);
 773         out.close();
 774       } catch (Exception ex)
 775       {
 776         ex.printStackTrace();
 777       }
 778     }
 779   }
 780
 781   /**
 782    * DOCUMENT ME!
 783    *
 784    * @param e
 785    *          DOCUMENT ME!
 786    */
 787   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 788   {
 789     if (ap != null)
 790     {
 791       if (seqGroup != null)
 792       {
 793         seqGroup.cs = oldColourScheme;
 794       }
 795       else if (ap != null)
 796       {
 797         ap.av.setGlobalColourScheme(oldColourScheme);
 798       }
 799       ap.paintAlignment(true);
 800     }
 801
 802     if (jmol != null)
 803     {
 804       jmol.setJalviewColourScheme(oldColourScheme);
 805     }
 806
 807     try
 808     {
 809       frame.setClosed(true);
 810     } catch (Exception ex)
 811     {
 812     }
 813   }
 814
 815   static Hashtable userColourSchemes;
 816
 817   public static Hashtable getUserColourSchemes()
 818   {
 819     return userColourSchemes;
 820   }
 821
 822   public static void initUserColourSchemes(String files)
 823   {
 824     userColourSchemes = new Hashtable();
 825
 826     if (files == null || files.length() == 0)
 827     {
 828       return;
 829     }
 830
 831     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 832     // from the default list here.
 833     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 834     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
 835     while (st.hasMoreElements())
 836     {
 837       String file = st.nextToken();
 838       try
 839       {
 840         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 841         if (ucs != null)
 842         {
 843           if (coloursFound.length() > 0)
 844           {
 845             coloursFound.append("|");
 846           }
 847           coloursFound.append(file);
 848           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 849         }
 850       } catch (Exception ex)
 851       {
 852         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 853       }
 854     }
 855     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
 856     {
 857       if (coloursFound.toString().length() > 1)
 858       {
 859         jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", coloursFound
 860                 .toString());
 861       }
 862       else
 863       {
 864         jalview.bin.Cache.applicationProperties
 865                 .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 866       }
 867     }
 868   }
 869
 870   public static void removeColourFromDefaults(String target)
 871   {
 872     // The only way to find colours by name is to load them in
 873     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 874     // from the default list here.
 875
 876     userColourSchemes = new Hashtable();
 877
 878     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 879     StringTokenizer st = new StringTokenizer(jalview.bin.Cache
 880             .getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"), "|");
 881
 882     while (st.hasMoreElements())
 883     {
 884       String file = st.nextToken();
 885       try
 886       {
 887         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 888         if (ucs != null && !ucs.getName().equals(target))
 889         {
 890           if (coloursFound.length() > 0)
 891           {
 892             coloursFound.append("|");
 893           }
 894           coloursFound.append(file);
 895           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 896         }
 897       } catch (Exception ex)
 898       {
 899         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 900       }
 901     }
 902
 903     if (coloursFound.toString().length() > 1)
 904     {
 905       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", coloursFound
 906               .toString());
 907     }
 908     else
 909     {
 910       jalview.bin.Cache.applicationProperties
 911               .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 912     }
 913
 914   }
 915
 916   public void caseSensitive_actionPerformed(ActionEvent e)
 917   {
 918     resetButtonPanel(caseSensitive.isSelected());
 919     lcaseColour.setEnabled(caseSensitive.isSelected());
 920   }
 921
 922   public void lcaseColour_actionPerformed(ActionEvent e)
 923   {
 924     if (selectedButtons == null)
 925     {
 926       selectedButtons = new Vector();
 927     }
 928     else
 929     {
 930       selectedButtons.clear();
 931     }
 932     selectedButtons.add(lcaseColour);
 933   }
 934
 935 }