src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  25 import jalview.io.JalviewFileView;
  26 import jalview.jbgui.GUserDefinedColours;
  27 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  28 import jalview.schemes.ColourSchemeLoader;
  29 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  30 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  31 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  32 import jalview.util.ColorUtils;
  33 import jalview.util.Format;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35 import jalview.util.Platform;
  36 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours;
  37 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Colour;
  38 import jalview.xml.binding.jalview.ObjectFactory;
  39
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.Insets;
  43 import java.awt.event.MouseAdapter;
  44 import java.awt.event.MouseEvent;
  45 import java.io.File;
  46 import java.io.FileOutputStream;
  47 import java.io.OutputStreamWriter;
  48 import java.io.PrintWriter;
  49 import java.util.ArrayList;
  50 import java.util.List;
  51
  52 import javax.swing.JButton;
  53 import javax.swing.JInternalFrame;
  54 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  55 import javax.swing.event.ChangeListener;
  56 import javax.xml.bind.JAXBContext;
  57 import javax.xml.bind.Marshaller;
  58
  59 /**
  60  * This panel allows the user to assign colours to Amino Acid residue codes, and
  61  * save the colour scheme.
  62  *
  63  * @author Andrew Waterhouse
  64  * @author Mungo Carstairs
  65  */
  66 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours
  67         implements ChangeListener
  68 {
  69   private static final Font VERDANA_BOLD_10 = new Font("Verdana", Font.BOLD,
  70           10);
  71
  72   public static final String USER_DEFINED_COLOURS = "USER_DEFINED_COLOURS";
  73
  74   private static final String LAST_DIRECTORY = "LAST_DIRECTORY";
  75
  76   private static final int MY_FRAME_HEIGHT = 440;
  77
  78   private static final int MY_FRAME_WIDTH = 810;
  79
  80   private static final int MY_FRAME_WIDTH_CASE_SENSITIVE = 970;
  81
  82   AlignmentPanel ap;
  83
  84   /*
  85    * the colour scheme when the dialog was opened, or
  86    * the scheme last saved to file
  87    */
  88   ColourSchemeI oldColourScheme;
  89
  90   /*
  91    * flag is true if the colour scheme has been changed since the
  92    * dialog was opened, or the changes last saved to file
  93    */
  94   boolean changedButNotSaved;
  95
  96   JInternalFrame frame;
  97
  98   List<JButton> upperCaseButtons;
  99
 100   List<JButton> lowerCaseButtons;
 101
 102   /**
 103    * Creates and displays a new UserDefinedColours panel
 104    *
 105    * @param alignPanel
 106    */
 107   public UserDefinedColours(AlignmentPanel alignPanel)
 108   {
 109     this();
 110
 111     lcaseColour.setEnabled(false);
 112
 113     this.ap = alignPanel;
 114
 115     oldColourScheme = alignPanel.av.getGlobalColourScheme();
 116
 117     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 118     {
 119       schemeName.setText(oldColourScheme.getSchemeName());
 120       if (((UserColourScheme) oldColourScheme)
 121               .getLowerCaseColours() != null)
 122       {
 123         caseSensitive.setSelected(true);
 124         lcaseColour.setEnabled(true);
 125         resetButtonPanel(true);
 126       }
 127       else
 128       {
 129         resetButtonPanel(false);
 130       }
 131     }
 132     else
 133     {
 134       resetButtonPanel(false);
 135     }
 136
 137     showFrame();
 138   }
 139
 140   UserDefinedColours()
 141   {
 142     super();
 143     selectedButtons = new ArrayList<>();
 144   }
 145
 146   void showFrame()
 147   {
 148     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 149     frame = new JInternalFrame();
 150     frame.setContentPane(this);
 151     Desktop.addInternalFrame(frame,
 152             MessageManager.getString("label.user_defined_colours"),
 153             MY_FRAME_WIDTH, MY_FRAME_HEIGHT, true);
 154   }
 155
 156   /**
 157    * Rebuilds the panel with coloured buttons for residues. If not case
 158    * sensitive colours, show 3-letter amino acid code as button text. If case
 159    * sensitive, just show the single letter code, in order to make space for the
 160    * additional buttons.
 161    *
 162    * @param isCaseSensitive
 163    */
 164   void resetButtonPanel(boolean isCaseSensitive)
 165   {
 166     buttonPanel.removeAll();
 167
 168     if (upperCaseButtons == null)
 169     {
 170       upperCaseButtons = new ArrayList<>();
 171     }
 172
 173     for (int i = 0; i < 20; i++)
 174     {
 175       String label = isCaseSensitive ? ResidueProperties.aa[i]
 176               : ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 177                       .toString();
 178       JButton button = makeButton(label, ResidueProperties.aa[i],
 179               upperCaseButtons, i);
 180       buttonPanel.add(button);
 181     }
 182
 183     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));
 184     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));
 185     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));
 186     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));
 187
 188     if (!isCaseSensitive)
 189     {
 190       gridLayout.setRows(6);
 191       gridLayout.setColumns(4);
 192     }
 193     else
 194     {
 195       gridLayout.setRows(7);
 196       int cols = 7;
 197       gridLayout.setColumns(cols + 1);
 198
 199       if (lowerCaseButtons == null)
 200       {
 201         lowerCaseButtons = new ArrayList<>();
 202       }
 203
 204       for (int i = 0; i < 20; i++)
 205       {
 206         int row = i / cols + 1;
 207         int index = (row * cols) + i;
 208         JButton button = makeButton(ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),
 209                 ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(), lowerCaseButtons, i);
 210
 211         buttonPanel.add(button, index);
 212       }
 213     }
 214
 215     if (isCaseSensitive)
 216     {
 217       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));
 218       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));
 219       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));
 220     }
 221
 222     // JAL-1360 widen the frame dynamically to accommodate case-sensitive AA
 223     // codes
 224     if (this.frame != null)
 225     {
 226       int newWidth = isCaseSensitive ? MY_FRAME_WIDTH_CASE_SENSITIVE
 227               : MY_FRAME_WIDTH;
 228       this.frame.setSize(newWidth, this.frame.getHeight());
 229     }
 230
 231     buttonPanel.validate();
 232     validate();
 233   }
 234
 235   /**
 236    * ChangeListener handler for when a colour is picked in the colour chooser.
 237    * The action is to apply the colour to all selected buttons as their
 238    * background colour. Foreground colour (text) is set to a lighter shade in
 239    * order to highlight which buttons are selected. If 'Lower Case Colour' is
 240    * active, then the colour is applied to all lower case buttons (as well as
 241    * the Lower Case Colour button itself).
 242    *
 243    * @param evt
 244    */
 245   @Override
 246   public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 247   {
 248     JButton button = null;
 249     final Color newColour = colorChooser.getColor();
 250     if (lcaseColour.isSelected())
 251     {
 252       selectedButtons.clear();
 253       for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 254       {
 255         button = lowerCaseButtons.get(i);
 256         button.setBackground(newColour);
 257         button.setForeground(
 258                 ColorUtils.brighterThan(button.getBackground()));
 259       }
 260     }
 261     for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)
 262     {
 263       button = selectedButtons.get(i);
 264       button.setBackground(newColour);
 265       button.setForeground(ColorUtils.brighterThan(newColour));
 266     }
 267
 268     changedButNotSaved = true;
 269   }
 270
 271   /**
 272    * Performs actions when a residue button is clicked. This manages the button
 273    * selection set (highlighted by brighter foreground text).
 274    * <p>
 275    * On select button(s) with Ctrl/click or Shift/click: set button foreground
 276    * text to brighter than background.
 277    * <p>
 278    * On unselect button(s) with Ctrl/click on selected, or click to release
 279    * current selection: reset foreground text to darker than background.
 280    * <p>
 281    * Simple click: clear selection (resetting foreground to darker); set clicked
 282    * button foreground to brighter
 283    * <p>
 284    * Finally, synchronize the colour chooser to the colour of the first button
 285    * in the selected set.
 286    *
 287    * @param e
 288    */
 289   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 290   {
 291     JButton pressed = (JButton) e.getSource();
 292
 293     if (e.isShiftDown())
 294     {
 295       JButton start, end = (JButton) e.getSource();
 296       if (selectedButtons.size() > 0)
 297       {
 298         start = selectedButtons.get(selectedButtons.size() - 1);
 299       }
 300       else
 301       {
 302         start = (JButton) e.getSource();
 303       }
 304
 305       int startIndex = 0, endIndex = 0;
 306       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)
 307       {
 308         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)
 309         {
 310           startIndex = b;
 311         }
 312         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)
 313         {
 314           endIndex = b;
 315         }
 316       }
 317
 318       if (startIndex > endIndex)
 319       {
 320         int temp = startIndex;
 321         startIndex = endIndex;
 322         endIndex = temp;
 323       }
 324
 325       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)
 326       {
 327         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);
 328         if (!selectedButtons.contains(button))
 329         {
 330           button.setForeground(
 331                   ColorUtils.brighterThan(button.getBackground()));
 332           selectedButtons.add(button);
 333         }
 334       }
 335     }
 336     else if (!e.isControlDown())
 337     {
 338       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)
 339       {
 340         JButton button = selectedButtons.get(b);
 341         button.setForeground(ColorUtils.darkerThan(button.getBackground()));
 342       }
 343       selectedButtons.clear();
 344       pressed.setForeground(
 345               ColorUtils.brighterThan(pressed.getBackground()));
 346       selectedButtons.add(pressed);
 347
 348     }
 349     else if (e.isControlDown())
 350     {
 351       if (selectedButtons.contains(pressed))
 352       {
 353         pressed.setForeground(
 354                 ColorUtils.darkerThan(pressed.getBackground()));
 355         selectedButtons.remove(pressed);
 356       }
 357       else
 358       {
 359         pressed.setForeground(
 360                 ColorUtils.brighterThan(pressed.getBackground()));
 361         selectedButtons.add(pressed);
 362       }
 363     }
 364
 365     if (selectedButtons.size() > 0)
 366     {
 367       colorChooser.setColor((selectedButtons.get(0)).getBackground());
 368     }
 369   }
 370
 371   /**
 372    * A helper method to update or make a colour button, whose background colour
 373    * is the associated colour, and text colour a darker shade of the same. If
 374    * the button is already in the list, then its text and margins are updated,
 375    * if not then it is created and added. This method supports toggling between
 376    * case-sensitive and case-insensitive button panels. The case-sensitive
 377    * version has abbreviated button text in order to fit in more buttons.
 378    *
 379    * @param label
 380    * @param residue
 381    * @param the
 382    *          list of buttons
 383    * @param buttonIndex
 384    *          the button's position in the list
 385    */
 386   JButton makeButton(String label, String residue, List<JButton> buttons,
 387           int buttonIndex)
 388   {
 389     final JButton button;
 390     Color col;
 391
 392     if (buttonIndex < buttons.size())
 393     {
 394       button = buttons.get(buttonIndex);
 395       col = button.getBackground();
 396     }
 397     else
 398     {
 399       button = new JButton();
 400       button.addMouseListener(new MouseAdapter()
 401       {
 402         @Override
 403         public void mouseClicked(MouseEvent e)
 404         {
 405           colourButtonPressed(e);
 406         }
 407       });
 408
 409       buttons.add(button);
 410
 411       /*
 412        * make initial button colour that of the current colour scheme,
 413        * if it is a simple per-residue colouring, else white
 414        */
 415       col = Color.white;
 416       if (oldColourScheme != null && oldColourScheme.isSimple())
 417       {
 418         col = oldColourScheme.findColour(residue.charAt(0), 0, null, null,
 419                 0f);
 420       }
 421     }
 422
 423     if (caseSensitive.isSelected())
 424     {
 425       button.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));
 426     }
 427     else
 428     {
 429       button.setMargin(new Insets(2, 14, 2, 14));
 430     }
 431
 432     button.setOpaque(true); // required for the next line to have effect
 433     button.setBackground(col);
 434     button.setText(label);
 435     button.setForeground(ColorUtils.darkerThan(col));
 436     button.setFont(VERDANA_BOLD_10);
 437
 438     return button;
 439   }
 440
 441   /**
 442    * On 'OK', check that at least one colour has been assigned to a residue (and
 443    * if not issue a warning), and apply the chosen colour scheme and close the
 444    * panel.
 445    */
 446   @Override
 447   protected void okButton_actionPerformed()
 448   {
 449     if (isNoSelectionMade())
 450     {
 451       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 452               MessageManager
 453                       .getString("label.no_colour_selection_in_scheme"),
 454               MessageManager.getString("label.no_colour_selection_warn"),
 455               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 456     }
 457     else
 458     {
 459       /*
 460        * OK is treated as 'apply colours and close'
 461        */
 462       applyButton_actionPerformed();
 463
 464       /*
 465        * If editing a named colour scheme, warn if changes
 466        * have not been saved
 467        */
 468       warnIfUnsavedChanges();
 469
 470       try
 471       {
 472         frame.setClosed(true);
 473       } catch (Exception ex)
 474       {
 475       }
 476     }
 477   }
 478
 479   /**
 480    * If we have made changes to an existing user defined colour scheme but not
 481    * saved them, show a dialog with the option to save. If the user chooses to
 482    * save, do so, else clear the colour scheme name to indicate a new colour
 483    * scheme.
 484    */
 485   protected void warnIfUnsavedChanges()
 486   {
 487     if (Platform.isJS() || !changedButNotSaved)
 488     {
 489       return;
 490     }
 491
 492     String name = schemeName.getText().trim();
 493     if (oldColourScheme != null && !"".equals(name)
 494             && name.equals(oldColourScheme.getSchemeName()))
 495     {
 496       String message = MessageManager.formatMessage("label.scheme_changed",
 497               name);
 498       String title = MessageManager.getString("label.save_changes");
 499       String[] options = new String[] { title,
 500           MessageManager.getString("label.dont_save_changes"), };
 501       final String question = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, message);
 502       int response = JvOptionPane.showOptionDialog(Desktop.desktop,
 503               question, title, JvOptionPane.DEFAULT_OPTION,
 504               JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null, options, options[0]);
 505
 506       if (response == 0)
 507       {
 508         /*
 509          * prompt to save changes to file; if done,
 510          * resets 'changed' flag to false
 511          */
 512         savebutton_actionPerformed();
 513       }
 514
 515       /*
 516        * if user chooses not to save (either in this dialog or in the
 517        * save as dialogs), treat this as a new user defined colour scheme
 518        */
 519       if (changedButNotSaved)
 520       {
 521         /*
 522          * clear scheme name and re-apply as an anonymous scheme
 523          */
 524         schemeName.setText("");
 525         applyButton_actionPerformed();
 526       }
 527     }
 528   }
 529
 530   /**
 531    * Returns true if the user has not made any colour selection (including if
 532    * 'case-sensitive' selected and no lower-case colour chosen).
 533    *
 534    * @return
 535    */
 536   protected boolean isNoSelectionMade()
 537   {
 538     final boolean noUpperCaseSelected = upperCaseButtons == null
 539             || upperCaseButtons.isEmpty();
 540     final boolean noLowerCaseSelected = caseSensitive.isSelected()
 541             && (lowerCaseButtons == null || lowerCaseButtons.isEmpty());
 542     final boolean noSelectionMade = noUpperCaseSelected
 543             || noLowerCaseSelected;
 544     return noSelectionMade;
 545   }
 546
 547   /**
 548    * Applies the current colour scheme to the alignment or sequence group
 549    */
 550   @Override
 551   protected void applyButton_actionPerformed()
 552   {
 553     if (isNoSelectionMade())
 554     {
 555       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 556               MessageManager
 557                       .getString("label.no_colour_selection_in_scheme"),
 558               MessageManager.getString("label.no_colour_selection_warn"),
 559               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 560
 561     }
 562     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 563
 564     ap.alignFrame.changeColour(ucs);
 565   }
 566
 567   /**
 568    * Constructs an instance of UserColourScheme with the residue colours
 569    * currently set on the buttons on the panel
 570    *
 571    * @return
 572    */
 573   UserColourScheme getSchemeFromButtons()
 574   {
 575
 576     Color[] newColours = new Color[24];
 577
 578     int length = upperCaseButtons.size();
 579     if (length < 24)
 580     {
 581       int i = 0;
 582       for (JButton btn : upperCaseButtons)
 583       {
 584         newColours[i] = btn.getBackground();
 585         i++;
 586       }
 587     }
 588     else
 589     {
 590       for (int i = 0; i < 24; i++)
 591       {
 592         JButton button = upperCaseButtons.get(i);
 593         newColours[i] = button.getBackground();
 594       }
 595     }
 596
 597     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 598     ucs.setName(schemeName.getText());
 599
 600     if (caseSensitive.isSelected())
 601     {
 602       newColours = new Color[23];
 603       length = lowerCaseButtons.size();
 604       if (length < 23)
 605       {
 606         int i = 0;
 607         for (JButton btn : lowerCaseButtons)
 608         {
 609           newColours[i] = btn.getBackground();
 610           i++;
 611         }
 612       }
 613       else
 614       {
 615         for (int i = 0; i < 23; i++)
 616         {
 617           JButton button = lowerCaseButtons.get(i);
 618           newColours[i] = button.getBackground();
 619         }
 620       }
 621       ucs.setLowerCaseColours(newColours);
 622     }
 623
 624     return ucs;
 625   }
 626
 627   /**
 628    * Action on clicking Load scheme button.
 629    * <ul>
 630    * <li>Open a file chooser to browse for files with extension .jc</li>
 631    * <li>Load in the colour scheme and transfer it to this panel's buttons</li>
 632    * <li>Register the loaded colour scheme</li>
 633    * </ul>
 634    */
 635   @Override
 636   protected void loadbutton_actionPerformed()
 637   {
 638     upperCaseButtons = new ArrayList<>();
 639     lowerCaseButtons = new ArrayList<>();
 640     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jc",
 641             "Jalview User Colours");
 642     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 643     chooser.setDialogTitle(
 644             MessageManager.getString("label.load_colour_scheme"));
 645     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 646     chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
 647     {
 648           @Override
 649           public void run()
 650           {
 651             File choice = chooser.getSelectedFile();
 652             Cache.setProperty(LAST_DIRECTORY, choice.getParent());
 653
 654             UserColourScheme ucs = ColourSchemeLoader
 655                     .loadColourScheme(choice.getAbsolutePath());
 656             Color[] colors = ucs.getColours();
 657             schemeName.setText(ucs.getSchemeName());
 658
 659             if (ucs.getLowerCaseColours() != null)
 660                 {
 661                    caseSensitive.setSelected(true);
 662                    lcaseColour.setEnabled(true);
 663                    resetButtonPanel(true);
 664                    for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 665                    {
 666                      JButton button = lowerCaseButtons.get(i);
 667                      button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);
 668                    }
 669                  }
 670                  else
 671                  {
 672                    caseSensitive.setSelected(false);
 673                    lcaseColour.setEnabled(false);
 674                    resetButtonPanel(false);
 675                  }
 676
 677                  for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)
 678                  {
 679                    JButton button = upperCaseButtons.get(i);
 680                    button.setBackground(colors[i]);
 681                  }
 682
 683                  addNewColourScheme(choice.getPath());
 684            }
 685         });
 686
 687     chooser.showOpenDialog(this);
 688   }
 689
 690   /**
 691    * Loads the user-defined colour scheme from the first file listed in property
 692    * "USER_DEFINED_COLOURS". If this fails, returns an all-white colour scheme.
 693    *
 694    * @return
 695    */
 696   public static UserColourScheme loadDefaultColours()
 697   {
 698     UserColourScheme ret = null;
 699
 700     String colours = Cache.getProperty(USER_DEFINED_COLOURS);
 701     if (colours != null)
 702     {
 703       if (colours.indexOf("|") > -1)
 704       {
 705         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));
 706       }
 707       ret = ColourSchemeLoader.loadColourScheme(colours);
 708     }
 709
 710     if (ret == null)
 711     {
 712       ret = new UserColourScheme("white");
 713     }
 714
 715     return ret;
 716   }
 717
 718   /**
 719    * Action on pressing the Save button.
 720    * <ul>
 721    * <li>Check a name has been entered</li>
 722    * <li>Warn if the name already exists, remove any existing scheme of the same
 723    * name if overwriting</li>
 724    * <li>Do the standard file chooser thing to write with extension .jc</li>
 725    * <li>If saving changes (possibly not yet applied) to the currently selected
 726    * colour scheme, then apply the changes, as it is too late to back out
 727    * now</li>
 728    * <li>Don't apply the changes if the currently selected scheme is different,
 729    * to allow a new scheme to be configured and saved but not applied</li>
 730    * </ul>
 731    * If the scheme is saved to file, the 'changed' flag field is reset to false.
 732    */
 733   @Override
 734   protected void savebutton_actionPerformed()
 735   {
 736     String name = schemeName.getText().trim();
 737     if (name.length() < 1)
 738     {
 739       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 740               MessageManager
 741                       .getString("label.user_colour_scheme_must_have_name"),
 742               MessageManager.getString("label.no_name_colour_scheme"),
 743               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 744     }
 745
 746     if (ColourSchemes.getInstance().nameExists(name))
 747     {
 748       // BH 2018 SwingJS bypasses this question with YES_OPTION
 749       int reply = (Platform.isJS() ? 0 : JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 750               MessageManager.formatMessage(
 751                       "label.colour_scheme_exists_overwrite", new Object[]
 752                       { name, name }),
 753               MessageManager.getString("label.duplicate_scheme_name"),
 754               JvOptionPane.YES_NO_OPTION));
 755       if (reply != JvOptionPane.YES_OPTION)
 756       {
 757       }
 758     }
 759
 760     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jc",
 761             "Jalview User Colours");
 762
 763     JalviewFileView fileView = new JalviewFileView();
 764     chooser.setFileView(fileView);
 765     chooser.setDialogTitle(
 766             MessageManager.getString("label.save_colour_scheme"));
 767     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 768     int option = chooser.showSaveDialog(this);
 769     if (option == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 770     {
 771           File file = chooser.getSelectedFile();
 772           UserColourScheme updatedScheme = addNewColourScheme(file.getPath());
 773           saveToFile(file);
 774           changedButNotSaved = false;
 775
 776           /*
 777            * changes saved - apply to alignment if we are changing
 778            * the currently selected colour scheme; also make the updated
 779            * colours the 'backout' scheme on Cancel
 780            */
 781           if (oldColourScheme != null
 782                   && name.equals(oldColourScheme.getSchemeName()))
 783           {
 784             oldColourScheme = updatedScheme;
 785             applyButton_actionPerformed();
 786           }
 787     }
 788   }
 789
 790   /**
 791    * Adds the current colour scheme to the Jalview properties file so it is
 792    * loaded on next startup, and updates the Colour menu in the parent
 793    * AlignFrame (if there is one). Note this action does not including applying
 794    * the colour scheme.
 795    *
 796    * @param filePath
 797    * @return
 798    */
 799   protected UserColourScheme addNewColourScheme(String filePath)
 800   {
 801     /*
 802      * update the delimited list of user defined colour files in
 803      * Jalview property USER_DEFINED_COLOURS
 804      */
 805     String defaultColours = Cache.getDefault(USER_DEFINED_COLOURS,
 806             filePath);
 807     if (defaultColours.indexOf(filePath) == -1)
 808     {
 809       if (defaultColours.length() > 0)
 810       {
 811         defaultColours = defaultColours.concat("|");
 812       }
 813       defaultColours = defaultColours.concat(filePath);
 814     }
 815     Cache.setProperty(USER_DEFINED_COLOURS, defaultColours);
 816
 817     /*
 818      * construct and register the colour scheme
 819      */
 820     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 821     ColourSchemes.getInstance().registerColourScheme(ucs);
 822
 823     /*
 824      * update the Colour menu items
 825      */
 826     if (ap != null)
 827     {
 828       ap.alignFrame.buildColourMenu();
 829     }
 830
 831     return ucs;
 832   }
 833
 834   /**
 835    * Saves the colour scheme to file in XML format
 836    *
 837    * @param path
 838    */
 839   protected void saveToFile(File toFile)
 840   {
 841     /*
 842      * build a Java model of colour scheme as XML, and
 843      * marshal to file
 844      */
 845     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
 846     String name = schemeName.getText();
 847     ucs.setSchemeName(name);
 848     try
 849     {
 850       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 851               new FileOutputStream(toFile), "UTF-8"));
 852
 853       for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)
 854       {
 855         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);
 856         Colour col = new Colour();
 857         col.setName(button.getText());
 858         col.setRGB(Format.getHexString(button.getBackground()));
 859         ucs.getColour().add(col);
 860       }
 861       JAXBContext jaxbContext = JAXBContext
 862               .newInstance(JalviewUserColours.class);
 863       Marshaller jaxbMarshaller = jaxbContext.createMarshaller();
 864       jaxbMarshaller.marshal(
 865               new ObjectFactory().createJalviewUserColours(ucs), out);
 866       // ucs.marshal(out);
 867       out.close();
 868     } catch (Exception ex)
 869     {
 870       ex.printStackTrace();
 871     }
 872   }
 873
 874   /**
 875    * On cancel, restores the colour scheme that was selected before the dialogue
 876    * was opened
 877    */
 878   @Override
 879   protected void cancelButton_actionPerformed()
 880   {
 881     ap.alignFrame.changeColour(oldColourScheme);
 882     ap.paintAlignment(true, true);
 883
 884     try
 885     {
 886       frame.setClosed(true);
 887     } catch (Exception ex)
 888     {
 889     }
 890   }
 891
 892   /**
 893    * Action on selecting or deselecting the Case Sensitive option. When
 894    * selected, separate buttons are shown for lower case residues, and the panel
 895    * is resized to accommodate them. Also, the checkbox for 'apply colour to all
 896    * lower case' is enabled.
 897    */
 898   @Override
 899   public void caseSensitive_actionPerformed()
 900   {
 901     boolean selected = caseSensitive.isSelected();
 902     resetButtonPanel(selected);
 903     lcaseColour.setEnabled(selected);
 904   }
 905 }