src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25 import javax.swing.*;
  26 import javax.swing.event.*;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.io.*;
  30 import jalview.jbgui.*;
  31 import jalview.schemes.*;
  32
  33 /**
  34  * DOCUMENT ME!
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
  40         ChangeListener
  41 {
  42   AlignmentPanel ap;
  43
  44   SequenceGroup seqGroup;
  45
  46   Vector selectedButtons;
  47
  48   ColourSchemeI oldColourScheme;
  49
  50   JInternalFrame frame;
  51
  52   AppJmol jmol;
  53
  54   Vector upperCaseButtons;
  55
  56   Vector lowerCaseButtons;
  57
  58   /**
  59    * Creates a new UserDefinedColours object.
  60    *
  61    * @param ap
  62    *          DOCUMENT ME!
  63    * @param sg
  64    *          DOCUMENT ME!
  65    */
  66   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  67   {
  68     super();
  69
  70     lcaseColour.setEnabled(false);
  71
  72     this.ap = ap;
  73     seqGroup = sg;
  74
  75     if (seqGroup != null)
  76     {
  77       oldColourScheme = seqGroup.cs;
  78     }
  79     else
  80     {
  81       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
  82     }
  83
  84     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
  85     {
  86       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
  87       if (((UserColourScheme) oldColourScheme).getLowerCaseColours() != null)
  88       {
  89         caseSensitive.setSelected(true);
  90         lcaseColour.setEnabled(true);
  91         resetButtonPanel(true);
  92       }
  93       else
  94       {
  95         resetButtonPanel(false);
  96       }
  97     }
  98     else
  99     {
 100       resetButtonPanel(false);
 101     }
 102
 103     showFrame();
 104   }
 105
 106   public UserDefinedColours(AppJmol jmol, ColourSchemeI oldcs)
 107   {
 108     super();
 109     this.jmol = jmol;
 110
 111     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 112
 113     oldColourScheme = oldcs;
 114
 115     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 116     {
 117       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
 118     }
 119
 120     resetButtonPanel(false);
 121
 122     showFrame();
 123
 124   }
 125
 126   void showFrame()
 127   {
 128     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 129     frame = new JInternalFrame();
 130     frame.setContentPane(this);
 131     Desktop.addInternalFrame(frame, "User Defined Colours", 720, 370, true);
 132
 133     if (seqGroup != null)
 134     {
 135       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 136     }
 137
 138     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 139     {
 140       frame.setSize(760, 370);
 141     }
 142   }
 143
 144   void resetButtonPanel(boolean caseSensitive)
 145   {
 146     buttonPanel.removeAll();
 147
 148     if (upperCaseButtons == null)
 149     {
 150       upperCaseButtons = new Vector();
 151     }
 152
 153     JButton button;
 154     String label;
 155     for (int i = 0; i < 20; i++)
 156     {
 157       if (caseSensitive)
 158       {
 159         label = ResidueProperties.aa[i];
 160       }
 161       else
 162       {
 163         label = ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 164                 .toString();
 165       }
 166
 167       button = makeButton(label, ResidueProperties.aa[i], upperCaseButtons,
 168               i);
 169
 170       buttonPanel.add(button);
 171     }
 172
 173     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));
 174     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));
 175     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));
 176     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));
 177
 178     if (!caseSensitive)
 179     {
 180       gridLayout.setRows(6);
 181       gridLayout.setColumns(4);
 182     }
 183     else
 184     {
 185       gridLayout.setRows(7);
 186       int cols = 7;
 187       gridLayout.setColumns(cols + 1);
 188
 189       if (lowerCaseButtons == null)
 190       {
 191         lowerCaseButtons = new Vector();
 192       }
 193
 194       for (int i = 0; i < 20; i++)
 195       {
 196         int row = i / cols + 1;
 197         int index = (row * cols) + i;
 198         button = makeButton(ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),
 199                 ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(), lowerCaseButtons, i);
 200
 201         buttonPanel.add(button, index);
 202       }
 203     }
 204
 205     if (caseSensitive)
 206     {
 207       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));
 208       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));
 209       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));
 210     }
 211
 212     buttonPanel.validate();
 213     validate();
 214   }
 215
 216   /**
 217    * DOCUMENT ME!
 218    *
 219    * @param evt
 220    *          DOCUMENT ME!
 221    */
 222   public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 223   {
 224     if (selectedButtons != null)
 225     {
 226       JButton button = null;
 227       for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)
 228       {
 229         button = (JButton) selectedButtons.elementAt(i);
 230         button.setBackground(colorChooser.getColor());
 231         button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 232                 .brighter());
 233       }
 234       if (button == lcaseColour)
 235       {
 236         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 237         {
 238           button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 239           button.setBackground(colorChooser.getColor());
 240           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 241                   .brighter());
 242         }
 243       }
 244     }
 245   }
 246
 247   /**
 248    * DOCUMENT ME!
 249    *
 250    * @param e
 251    *          DOCUMENT ME!
 252    */
 253   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 254   {
 255     if (selectedButtons == null)
 256     {
 257       selectedButtons = new Vector();
 258     }
 259
 260     JButton pressed = (JButton) e.getSource();
 261
 262     if (e.isShiftDown())
 263     {
 264       JButton start, end = (JButton) e.getSource();
 265       if (selectedButtons.size() > 0)
 266       {
 267         start = (JButton) selectedButtons
 268                 .elementAt(selectedButtons.size() - 1);
 269       }
 270       else
 271       {
 272         start = (JButton) e.getSource();
 273       }
 274
 275       int startIndex = 0, endIndex = 0;
 276       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)
 277       {
 278         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)
 279         {
 280           startIndex = b;
 281         }
 282         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)
 283         {
 284           endIndex = b;
 285         }
 286       }
 287
 288       if (startIndex > endIndex)
 289       {
 290         int temp = startIndex;
 291         startIndex = endIndex;
 292         endIndex = temp;
 293       }
 294
 295       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)
 296       {
 297         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);
 298         if (!selectedButtons.contains(button))
 299         {
 300           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter());
 301           selectedButtons.add(button);
 302         }
 303       }
 304     }
 305     else if (!e.isControlDown())
 306     {
 307       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)
 308       {
 309         JButton button = (JButton) selectedButtons.elementAt(b);
 310         button.setForeground(button.getBackground().darker().darker());
 311       }
 312       selectedButtons.clear();
 313       pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 314       selectedButtons.addElement(pressed);
 315
 316     }
 317     else if (e.isControlDown())
 318     {
 319       if (selectedButtons.contains(pressed))
 320       {
 321         pressed.setForeground(pressed.getBackground().darker().darker());
 322         selectedButtons.remove(pressed);
 323       }
 324       else
 325       {
 326         pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 327         selectedButtons.addElement(pressed);
 328       }
 329     }
 330
 331     if (selectedButtons.size() > 0)
 332     {
 333       colorChooser.setColor(((JButton) selectedButtons.elementAt(0))
 334               .getBackground());
 335     }
 336   }
 337
 338   /**
 339    * DOCUMENT ME!
 340    *
 341    * @param label
 342    *          DOCUMENT ME!
 343    * @param aa
 344    *          DOCUMENT ME!
 345    */
 346   JButton makeButton(String label, String aa, Vector caseSensitiveButtons,
 347           int buttonIndex)
 348   {
 349     final JButton button;
 350     Color col;
 351
 352     if (buttonIndex < caseSensitiveButtons.size())
 353     {
 354       button = (JButton) caseSensitiveButtons.elementAt(buttonIndex);
 355       col = button.getBackground();
 356     }
 357     else
 358     {
 359       button = new JButton();
 360       button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 361       {
 362         public void mouseClicked(MouseEvent e)
 363         {
 364           colourButtonPressed(e);
 365         }
 366       });
 367
 368       caseSensitiveButtons.addElement(button);
 369
 370       col = Color.white;
 371       if (oldColourScheme != null)
 372       {
 373         try
 374         {
 375           col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1);
 376         } catch (Exception ex)
 377         {
 378         }
 379       }
 380     }
 381
 382     if (caseSensitive.isSelected())
 383     {
 384       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 2, 2, 2));
 385     }
 386     else
 387     {
 388       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 14, 2, 14));
 389     }
 390
 391     button.setBackground(col);
 392     button.setText(label);
 393     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 394     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 10));
 395
 396     return button;
 397   }
 398
 399   /**
 400    * DOCUMENT ME!
 401    *
 402    * @param e
 403    *          DOCUMENT ME!
 404    */
 405   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 406   {
 407     applyButton_actionPerformed(null);
 408
 409     try
 410     {
 411       frame.setClosed(true);
 412     } catch (Exception ex)
 413     {
 414     }
 415   }
 416
 417   /**
 418    * DOCUMENT ME!
 419    *
 420    * @param e
 421    *          DOCUMENT ME!
 422    */
 423   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 424   {
 425     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 426     ucs.setName(schemeName.getText());
 427
 428     if (seqGroup != null)
 429     {
 430       seqGroup.cs = ucs;
 431       ap.paintAlignment(true);
 432     }
 433     else if (ap != null)
 434     {
 435       ap.alignFrame.changeColour(ucs);
 436     }
 437     else if (jmol != null)
 438     {
 439       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 440     }
 441   }
 442
 443   UserColourScheme getSchemeFromButtons()
 444   {
 445
 446     Color[] newColours = new Color[24];
 447
 448     for (int i = 0; i < 24; i++)
 449     {
 450       JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 451       newColours[i] = button.getBackground();
 452     }
 453
 454     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 455
 456     if (caseSensitive.isSelected())
 457     {
 458       newColours = new Color[23];
 459       for (int i = 0; i < 23; i++)
 460       {
 461         JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 462         newColours[i] = button.getBackground();
 463       }
 464       ucs.setLowerCaseColours(newColours);
 465     }
 466
 467     if (ap != null)
 468     {
 469       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 470     }
 471
 472     return ucs;
 473   }
 474
 475   /**
 476    * DOCUMENT ME!
 477    *
 478    * @param e
 479    *          DOCUMENT ME!
 480    */
 481   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 482   {
 483     upperCaseButtons = new Vector();
 484     lowerCaseButtons = new Vector();
 485
 486     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 487             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 488             { "jc" }, new String[]
 489             { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 490     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 491     chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");
 492     chooser.setToolTipText("Load");
 493
 494     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 495
 496     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 497     {
 498       File choice = chooser.getSelectedFile();
 499       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 500       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 501               "USER_DEFINED_COLOURS", choice.getPath());
 502       if (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1)
 503       {
 504         defaultColours = defaultColours.concat("|")
 505                 .concat(choice.getPath());
 506       }
 507
 508       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 509
 510       UserColourScheme ucs = loadColours(choice.getAbsolutePath());
 511       Color[] colors = ucs.getColours();
 512       schemeName.setText(ucs.getName());
 513
 514       if (ucs.getLowerCaseColours() != null)
 515       {
 516         caseSensitive.setSelected(true);
 517         lcaseColour.setEnabled(true);
 518         resetButtonPanel(true);
 519         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 520         {
 521           JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 522           button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);
 523         }
 524
 525       }
 526       else
 527       {
 528         caseSensitive.setSelected(false);
 529         lcaseColour.setEnabled(false);
 530         resetButtonPanel(false);
 531       }
 532
 533       for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)
 534       {
 535         JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 536         button.setBackground(colors[i]);
 537       }
 538
 539     }
 540   }
 541
 542   /**
 543    * DOCUMENT ME!
 544    *
 545    * @return DOCUMENT ME!
 546    */
 547   public static UserColourScheme loadDefaultColours()
 548   {
 549     UserColourScheme ret = null;
 550
 551     String colours = jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS");
 552     if (colours != null)
 553     {
 554       if (colours.indexOf("|") > -1)
 555       {
 556         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));
 557       }
 558
 559       ret = loadColours(colours);
 560     }
 561
 562     if (ret == null)
 563     {
 564       Color[] newColours = new Color[24];
 565       for (int i = 0; i < 24; i++)
 566       {
 567         newColours[i] = Color.white;
 568       }
 569       ret = new UserColourScheme(newColours);
 570     }
 571
 572     return ret;
 573   }
 574
 575   /**
 576    * DOCUMENT ME!
 577    *
 578    * @param file
 579    *          DOCUMENT ME!
 580    *
 581    * @return DOCUMENT ME!
 582    */
 583   static UserColourScheme loadColours(String file)
 584   {
 585     UserColourScheme ucs = null;
 586     Color[] newColours = null;
 587     try
 588     {
 589       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 590               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 591
 592       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 593
 594       org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(
 595               jucs);
 596       jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) unmar
 597               .unmarshal(in);
 598
 599       newColours = new Color[24];
 600
 601       Color[] lowerCase = null;
 602       boolean caseSensitive = false;
 603
 604       String name;
 605       int index;
 606       for (int i = 0; i < jucs.getColourCount(); i++)
 607       {
 608         name = jucs.getColour(i).getName();
 609         if (ResidueProperties.aa3Hash.containsKey(name))
 610         {
 611           index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(name))
 612                   .intValue();
 613         }
 614         else
 615         {
 616           index = ResidueProperties.aaIndex[name.charAt(0)];
 617         }
 618         if (index == -1)
 619         {
 620           continue;
 621         }
 622
 623         if (name.toLowerCase().equals(name))
 624         {
 625           if (lowerCase == null)
 626           {
 627             lowerCase = new Color[23];
 628           }
 629           caseSensitive = true;
 630           lowerCase[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 631                   .getRGB(), 16));
 632         }
 633         else
 634         {
 635           newColours[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 636                   .getRGB(), 16));
 637         }
 638       }
 639
 640       if (newColours != null)
 641       {
 642         ucs = new UserColourScheme(newColours);
 643         ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 644         if (caseSensitive)
 645         {
 646           ucs.setLowerCaseColours(lowerCase);
 647         }
 648       }
 649
 650     } catch (Exception ex)
 651     {
 652       // Could be Archive Jalview format
 653       try
 654       {
 655         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
 656                 file), "UTF-8");
 657
 658         jalview.binding.JalviewUserColours jucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();
 659
 660         jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);
 661
 662         newColours = new Color[jucs.getColourCount()];
 663
 664         for (int i = 0; i < 24; i++)
 665         {
 666           newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 667                   .getRGB(), 16));
 668         }
 669         if (newColours != null)
 670         {
 671           ucs = new UserColourScheme(newColours);
 672           ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 673         }
 674       } catch (Exception ex2)
 675       {
 676         ex2.printStackTrace();
 677       }
 678
 679       if (newColours == null)
 680       {
 681         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 682       }
 683     }
 684
 685     return ucs;
 686   }
 687
 688   /**
 689    * DOCUMENT ME!
 690    *
 691    * @param e
 692    *          DOCUMENT ME!
 693    */
 694   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 695   {
 696     if (schemeName.getText().trim().length() < 1)
 697     {
 698       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 699               "User colour scheme must have a name!",
 700               "No name for colour scheme", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 701       return;
 702     }
 703
 704     if (userColourSchemes != null
 705             && userColourSchemes.containsKey(schemeName.getText()))
 706     {
 707       int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(
 708               Desktop.desktop,
 709               "Colour scheme " + schemeName.getText() + " exists."
 710                       + "\nContinue saving colour scheme as "
 711                       + schemeName.getText() + "?",
 712               "Duplicate scheme name", JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 713       if (reply != JOptionPane.YES_OPTION)
 714       {
 715         return;
 716       }
 717
 718       userColourSchemes.remove(schemeName.getText());
 719     }
 720     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 721             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 722             { "jc" }, new String[]
 723             { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 724
 725     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 726     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");
 727     chooser.setToolTipText("Save");
 728
 729     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 730
 731     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 732     {
 733       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 734       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 735               "USER_DEFINED_COLOURS", choice);
 736       if (defaultColours.indexOf(choice) == -1)
 737       {
 738         if (defaultColours.length() > 0)
 739         {
 740           defaultColours = defaultColours.concat("|");
 741         }
 742         defaultColours = defaultColours.concat(choice);
 743       }
 744
 745       userColourSchemes.put(schemeName.getText(), getSchemeFromButtons());
 746
 747       ap.alignFrame.updateUserColourMenu();
 748
 749       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 750
 751       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 752
 753       ucs.setSchemeName(schemeName.getText());
 754       try
 755       {
 756         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 757                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 758
 759         for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)
 760         {
 761           JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);
 762           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
 763           col.setName(button.getText());
 764           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(button
 765                   .getBackground()));
 766           ucs.addColour(col);
 767         }
 768
 769         ucs.marshal(out);
 770         out.close();
 771       } catch (Exception ex)
 772       {
 773         ex.printStackTrace();
 774       }
 775     }
 776   }
 777
 778   /**
 779    * DOCUMENT ME!
 780    *
 781    * @param e
 782    *          DOCUMENT ME!
 783    */
 784   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 785   {
 786     if (ap != null)
 787     {
 788       if (seqGroup != null)
 789       {
 790         seqGroup.cs = oldColourScheme;
 791       }
 792       else if (ap != null)
 793       {
 794         ap.av.setGlobalColourScheme(oldColourScheme);
 795       }
 796       ap.paintAlignment(true);
 797     }
 798
 799     if (jmol != null)
 800     {
 801       jmol.setJalviewColourScheme(oldColourScheme);
 802     }
 803
 804     try
 805     {
 806       frame.setClosed(true);
 807     } catch (Exception ex)
 808     {
 809     }
 810   }
 811
 812   static Hashtable userColourSchemes;
 813
 814   public static Hashtable getUserColourSchemes()
 815   {
 816     return userColourSchemes;
 817   }
 818
 819   public static void initUserColourSchemes(String files)
 820   {
 821     userColourSchemes = new Hashtable();
 822
 823     if (files == null || files.length() == 0)
 824     {
 825       return;
 826     }
 827
 828     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 829     // from the default list here.
 830     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 831     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
 832     while (st.hasMoreElements())
 833     {
 834       String file = st.nextToken();
 835       try
 836       {
 837         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 838         if (ucs != null)
 839         {
 840           if (coloursFound.length() > 0)
 841           {
 842             coloursFound.append("|");
 843           }
 844           coloursFound.append(file);
 845           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 846         }
 847       } catch (Exception ex)
 848       {
 849         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 850       }
 851     }
 852     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
 853     {
 854       if (coloursFound.toString().length() > 1)
 855       {
 856         jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
 857                 coloursFound.toString());
 858       }
 859       else
 860       {
 861         jalview.bin.Cache.applicationProperties
 862                 .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 863       }
 864     }
 865   }
 866
 867   public static void removeColourFromDefaults(String target)
 868   {
 869     // The only way to find colours by name is to load them in
 870     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 871     // from the default list here.
 872
 873     userColourSchemes = new Hashtable();
 874
 875     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 876     StringTokenizer st = new StringTokenizer(
 877             jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"), "|");
 878
 879     while (st.hasMoreElements())
 880     {
 881       String file = st.nextToken();
 882       try
 883       {
 884         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 885         if (ucs != null && !ucs.getName().equals(target))
 886         {
 887           if (coloursFound.length() > 0)
 888           {
 889             coloursFound.append("|");
 890           }
 891           coloursFound.append(file);
 892           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 893         }
 894       } catch (Exception ex)
 895       {
 896         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 897       }
 898     }
 899
 900     if (coloursFound.toString().length() > 1)
 901     {
 902       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
 903               coloursFound.toString());
 904     }
 905     else
 906     {
 907       jalview.bin.Cache.applicationProperties
 908               .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 909     }
 910
 911   }
 912
 913   public void caseSensitive_actionPerformed(ActionEvent e)
 914   {
 915     resetButtonPanel(caseSensitive.isSelected());
 916     lcaseColour.setEnabled(caseSensitive.isSelected());
 917   }
 918
 919   public void lcaseColour_actionPerformed(ActionEvent e)
 920   {
 921     if (selectedButtons == null)
 922     {
 923       selectedButtons = new Vector();
 924     }
 925     else
 926     {
 927       selectedButtons.clear();
 928     }
 929     selectedButtons.add(lcaseColour);
 930   }
 931
 932 }