src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  25 import jalview.jbgui.GUserDefinedColours;
  26 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  27 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  28 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.awt.Font;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.MouseEvent;
  35 import java.io.File;
  36 import java.io.FileInputStream;
  37 import java.io.FileOutputStream;
  38 import java.io.InputStreamReader;
  39 import java.io.OutputStreamWriter;
  40 import java.io.PrintWriter;
  41 import java.util.Hashtable;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.Vector;
  44
  45 import javax.swing.JButton;
  46 import javax.swing.JInternalFrame;
  47 import javax.swing.JOptionPane;
  48 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  49 import javax.swing.event.ChangeListener;
  50
  51 /**
  52  * DOCUMENT ME!
  53  *
  54  * @author $author$
  55  * @version $Revision$
  56  */
  57 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
  58         ChangeListener
  59 {
  60   AlignmentPanel ap;
  61
  62   SequenceGroup seqGroup;
  63
  64   Vector selectedButtons;
  65
  66   ColourSchemeI oldColourScheme;
  67
  68   JInternalFrame frame;
  69
  70   AppJmol jmol;
  71
  72   Vector upperCaseButtons;
  73
  74   Vector lowerCaseButtons;
  75
  76   /**
  77    * Creates a new UserDefinedColours object.
  78    *
  79    * @param ap
  80    *          DOCUMENT ME!
  81    * @param sg
  82    *          DOCUMENT ME!
  83    */
  84   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  85   {
  86     super();
  87
  88     lcaseColour.setEnabled(false);
  89
  90     this.ap = ap;
  91     seqGroup = sg;
  92
  93     if (seqGroup != null)
  94     {
  95       oldColourScheme = seqGroup.cs;
  96     }
  97     else
  98     {
  99       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
 100     }
 101
 102     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 103     {
 104       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
 105       if (((UserColourScheme) oldColourScheme).getLowerCaseColours() != null)
 106       {
 107         caseSensitive.setSelected(true);
 108         lcaseColour.setEnabled(true);
 109         resetButtonPanel(true);
 110       }
 111       else
 112       {
 113         resetButtonPanel(false);
 114       }
 115     }
 116     else
 117     {
 118       resetButtonPanel(false);
 119     }
 120
 121     showFrame();
 122   }
 123
 124   public UserDefinedColours(AppJmol jmol, ColourSchemeI oldcs)
 125   {
 126     super();
 127     this.jmol = jmol;
 128
 129     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 130
 131     oldColourScheme = oldcs;
 132
 133     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 134     {
 135       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
 136     }
 137
 138     resetButtonPanel(false);
 139
 140     showFrame();
 141
 142   }
 143
 144   void showFrame()
 145   {
 146     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 147     frame = new JInternalFrame();
 148     frame.setContentPane(this);
 149     Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.getString("label.user_defined_colours"), 720, 370, true);
 150
 151     if (seqGroup != null)
 152     {
 153       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 154     }
 155
 156     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 157     {
 158       frame.setSize(760, 370);
 159     }
 160   }
 161
 162   void resetButtonPanel(boolean caseSensitive)
 163   {
 164     buttonPanel.removeAll();
 165
 166     if (upperCaseButtons == null)
 167     {
 168       upperCaseButtons = new Vector();
 169     }
 170
 171     JButton button;
 172     String label;
 173     for (int i = 0; i < 20; i++)
 174     {
 175       if (caseSensitive)
 176       {
 177         label = ResidueProperties.aa[i];
 178       }
 179       else
 180       {
 181         label = ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 182                 .toString();
 183       }
 184
 185       button = makeButton(label, ResidueProperties.aa[i], upperCaseButtons,
 186               i);
 187
 188       buttonPanel.add(button);
 189     }
 190
 191     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));
 192     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));
 193     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));
 194     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));
 195
 196     if (!caseSensitive)
 197     {
 198       gridLayout.setRows(6);
 199       gridLayout.setColumns(4);
 200     }
 201     else
 202     {
 203       gridLayout.setRows(7);
 204       int cols = 7;
 205       gridLayout.setColumns(cols + 1);
 206
 207       if (lowerCaseButtons == null)
 208       {
 209         lowerCaseButtons = new Vector();
 210       }
 211
 212       for (int i = 0; i < 20; i++)
 213       {
 214         int row = i / cols + 1;
 215         int index = (row * cols) + i;
 216         button = makeButton(ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),
 217                 ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(), lowerCaseButtons, i);
 218
 219         buttonPanel.add(button, index);
 220       }
 221     }
 222
 223     if (caseSensitive)
 224     {
 225       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));
 226       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));
 227       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));
 228     }
 229
 230     buttonPanel.validate();
 231     validate();
 232   }
 233
 234   /**
 235    * DOCUMENT ME!
 236    *
 237    * @param evt
 238    *          DOCUMENT ME!
 239    */
 240   public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 241   {
 242     if (selectedButtons != null)
 243     {
 244       JButton button = null;
 245       for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)
 246       {
 247         button = (JButton) selectedButtons.elementAt(i);
 248         button.setBackground(colorChooser.getColor());
 249         button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 250                 .brighter());
 251       }
 252       if (button == lcaseColour)
 253       {
 254         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 255         {
 256           button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 257           button.setBackground(colorChooser.getColor());
 258           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 259                   .brighter());
 260         }
 261       }
 262     }
 263   }
 264
 265   /**
 266    * DOCUMENT ME!
 267    *
 268    * @param e
 269    *          DOCUMENT ME!
 270    */
 271   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 272   {
 273     if (selectedButtons == null)
 274     {
 275       selectedButtons = new Vector();
 276     }
 277
 278     JButton pressed = (JButton) e.getSource();
 279
 280     if (e.isShiftDown())
 281     {
 282       JButton start, end = (JButton) e.getSource();
 283       if (selectedButtons.size() > 0)
 284       {
 285         start = (JButton) selectedButtons
 286                 .elementAt(selectedButtons.size() - 1);
 287       }
 288       else
 289       {
 290         start = (JButton) e.getSource();
 291       }
 292
 293       int startIndex = 0, endIndex = 0;
 294       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)
 295       {
 296         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)
 297         {
 298           startIndex = b;
 299         }
 300         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)
 301         {
 302           endIndex = b;
 303         }
 304       }
 305
 306       if (startIndex > endIndex)
 307       {
 308         int temp = startIndex;
 309         startIndex = endIndex;
 310         endIndex = temp;
 311       }
 312
 313       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)
 314       {
 315         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);
 316         if (!selectedButtons.contains(button))
 317         {
 318           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter());
 319           selectedButtons.add(button);
 320         }
 321       }
 322     }
 323     else if (!e.isControlDown())
 324     {
 325       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)
 326       {
 327         JButton button = (JButton) selectedButtons.elementAt(b);
 328         button.setForeground(button.getBackground().darker().darker());
 329       }
 330       selectedButtons.clear();
 331       pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 332       selectedButtons.addElement(pressed);
 333
 334     }
 335     else if (e.isControlDown())
 336     {
 337       if (selectedButtons.contains(pressed))
 338       {
 339         pressed.setForeground(pressed.getBackground().darker().darker());
 340         selectedButtons.remove(pressed);
 341       }
 342       else
 343       {
 344         pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 345         selectedButtons.addElement(pressed);
 346       }
 347     }
 348
 349     if (selectedButtons.size() > 0)
 350     {
 351       colorChooser.setColor(((JButton) selectedButtons.elementAt(0))
 352               .getBackground());
 353     }
 354   }
 355
 356   /**
 357    * DOCUMENT ME!
 358    *
 359    * @param label
 360    *          DOCUMENT ME!
 361    * @param aa
 362    *          DOCUMENT ME!
 363    */
 364   JButton makeButton(String label, String aa, Vector caseSensitiveButtons,
 365           int buttonIndex)
 366   {
 367     final JButton button;
 368     Color col;
 369
 370     if (buttonIndex < caseSensitiveButtons.size())
 371     {
 372       button = (JButton) caseSensitiveButtons.elementAt(buttonIndex);
 373       col = button.getBackground();
 374     }
 375     else
 376     {
 377       button = new JButton();
 378       button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 379       {
 380         public void mouseClicked(MouseEvent e)
 381         {
 382           colourButtonPressed(e);
 383         }
 384       });
 385
 386       caseSensitiveButtons.addElement(button);
 387
 388       col = Color.white;
 389       if (oldColourScheme != null)
 390       {
 391         try
 392         {
 393           col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1, null);
 394         } catch (Exception ex)
 395         {
 396         }
 397       }
 398     }
 399
 400     if (caseSensitive.isSelected())
 401     {
 402       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 2, 2, 2));
 403     }
 404     else
 405     {
 406       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 14, 2, 14));
 407     }
 408
 409     button.setBackground(col);
 410     button.setText(label);
 411     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 412     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 10));
 413
 414     return button;
 415   }
 416
 417   /**
 418    * DOCUMENT ME!
 419    *
 420    * @param e
 421    *          DOCUMENT ME!
 422    */
 423   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 424   {
 425     applyButton_actionPerformed(null);
 426
 427     try
 428     {
 429       frame.setClosed(true);
 430     } catch (Exception ex)
 431     {
 432     }
 433   }
 434
 435   /**
 436    * DOCUMENT ME!
 437    *
 438    * @param e
 439    *          DOCUMENT ME!
 440    */
 441   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 442   {
 443     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 444     ucs.setName(schemeName.getText());
 445
 446     if (seqGroup != null)
 447     {
 448       seqGroup.cs = ucs;
 449       ap.paintAlignment(true);
 450     }
 451     else if (ap != null)
 452     {
 453       ap.alignFrame.changeColour(ucs);
 454     }
 455     else if (jmol != null)
 456     {
 457       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 458     }
 459   }
 460
 461   UserColourScheme getSchemeFromButtons()
 462   {
 463
 464     Color[] newColours = new Color[24];
 465
 466     for (int i = 0; i < 24; i++)
 467     {
 468       JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 469       newColours[i] = button.getBackground();
 470     }
 471
 472     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 473
 474     if (caseSensitive.isSelected())
 475     {
 476       newColours = new Color[23];
 477       for (int i = 0; i < 23; i++)
 478       {
 479         JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 480         newColours[i] = button.getBackground();
 481       }
 482       ucs.setLowerCaseColours(newColours);
 483     }
 484
 485     if (ap != null)
 486     {
 487       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 488     }
 489
 490     return ucs;
 491   }
 492
 493   /**
 494    * DOCUMENT ME!
 495    *
 496    * @param e
 497    *          DOCUMENT ME!
 498    */
 499   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 500   {
 501     upperCaseButtons = new Vector();
 502     lowerCaseButtons = new Vector();
 503
 504     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 505             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 506             { "jc" }, new String[]
 507             { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 508     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 509     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.load_colour_scheme"));
 510     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 511
 512     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 513
 514     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 515     {
 516       File choice = chooser.getSelectedFile();
 517       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 518       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 519               "USER_DEFINED_COLOURS", choice.getPath());
 520       if (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1)
 521       {
 522         defaultColours = defaultColours.concat("|")
 523                 .concat(choice.getPath());
 524       }
 525
 526       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 527
 528       UserColourScheme ucs = loadColours(choice.getAbsolutePath());
 529       Color[] colors = ucs.getColours();
 530       schemeName.setText(ucs.getName());
 531
 532       if (ucs.getLowerCaseColours() != null)
 533       {
 534         caseSensitive.setSelected(true);
 535         lcaseColour.setEnabled(true);
 536         resetButtonPanel(true);
 537         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 538         {
 539           JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 540           button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);
 541         }
 542
 543       }
 544       else
 545       {
 546         caseSensitive.setSelected(false);
 547         lcaseColour.setEnabled(false);
 548         resetButtonPanel(false);
 549       }
 550
 551       for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)
 552       {
 553         JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 554         button.setBackground(colors[i]);
 555       }
 556
 557     }
 558   }
 559
 560   /**
 561    * DOCUMENT ME!
 562    *
 563    * @return DOCUMENT ME!
 564    */
 565   public static UserColourScheme loadDefaultColours()
 566   {
 567     UserColourScheme ret = null;
 568
 569     String colours = jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS");
 570     if (colours != null)
 571     {
 572       if (colours.indexOf("|") > -1)
 573       {
 574         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));
 575       }
 576
 577       ret = loadColours(colours);
 578     }
 579
 580     if (ret == null)
 581     {
 582       Color[] newColours = new Color[24];
 583       for (int i = 0; i < 24; i++)
 584       {
 585         newColours[i] = Color.white;
 586       }
 587       ret = new UserColourScheme(newColours);
 588     }
 589
 590     return ret;
 591   }
 592
 593   /**
 594    * DOCUMENT ME!
 595    *
 596    * @param file
 597    *          DOCUMENT ME!
 598    *
 599    * @return DOCUMENT ME!
 600    */
 601   static UserColourScheme loadColours(String file)
 602   {
 603     UserColourScheme ucs = null;
 604     Color[] newColours = null;
 605     try
 606     {
 607       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 608               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 609
 610       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 611
 612       org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(
 613               jucs);
 614       jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) unmar
 615               .unmarshal(in);
 616
 617       newColours = new Color[24];
 618
 619       Color[] lowerCase = null;
 620       boolean caseSensitive = false;
 621
 622       String name;
 623       int index;
 624       for (int i = 0; i < jucs.getColourCount(); i++)
 625       {
 626         name = jucs.getColour(i).getName();
 627         if (ResidueProperties.aa3Hash.containsKey(name))
 628         {
 629           index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(name))
 630                   .intValue();
 631         }
 632         else
 633         {
 634           index = ResidueProperties.aaIndex[name.charAt(0)];
 635         }
 636         if (index == -1)
 637         {
 638           continue;
 639         }
 640
 641         if (name.toLowerCase().equals(name))
 642         {
 643           if (lowerCase == null)
 644           {
 645             lowerCase = new Color[23];
 646           }
 647           caseSensitive = true;
 648           lowerCase[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 649                   .getRGB(), 16));
 650         }
 651         else
 652         {
 653           newColours[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 654                   .getRGB(), 16));
 655         }
 656       }
 657
 658       if (newColours != null)
 659       {
 660         ucs = new UserColourScheme(newColours);
 661         ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 662         if (caseSensitive)
 663         {
 664           ucs.setLowerCaseColours(lowerCase);
 665         }
 666       }
 667
 668     } catch (Exception ex)
 669     {
 670       // Could be Archive Jalview format
 671       try
 672       {
 673         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
 674                 file), "UTF-8");
 675
 676         jalview.binding.JalviewUserColours jucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();
 677
 678         jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);
 679
 680         newColours = new Color[jucs.getColourCount()];
 681
 682         for (int i = 0; i < 24; i++)
 683         {
 684           newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 685                   .getRGB(), 16));
 686         }
 687         if (newColours != null)
 688         {
 689           ucs = new UserColourScheme(newColours);
 690           ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 691         }
 692       } catch (Exception ex2)
 693       {
 694         ex2.printStackTrace();
 695       }
 696
 697       if (newColours == null)
 698       {
 699         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 700       }
 701     }
 702
 703     return ucs;
 704   }
 705
 706   /**
 707    * DOCUMENT ME!
 708    *
 709    * @param e
 710    *          DOCUMENT ME!
 711    */
 712   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 713   {
 714     if (schemeName.getText().trim().length() < 1)
 715     {
 716       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 717               MessageManager.getString("label.user_colour_scheme_must_have_name"),
 718               MessageManager.getString("label.no_name_colour_scheme"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 719       return;
 720     }
 721
 722     if (userColourSchemes != null
 723             && userColourSchemes.containsKey(schemeName.getText()))
 724     {
 725       int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(
 726               Desktop.desktop,
 727               MessageManager.formatMessage("label.colour_scheme_exists_overwrite", new String[]{schemeName.getText(),schemeName.getText()}),
 728               MessageManager.getString("label.duplicate_scheme_name"), JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 729       if (reply != JOptionPane.YES_OPTION)
 730       {
 731         return;
 732       }
 733
 734       userColourSchemes.remove(schemeName.getText());
 735     }
 736     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 737             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 738             { "jc" }, new String[]
 739             { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 740
 741     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 742     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");
 743     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 744
 745     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 746
 747     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 748     {
 749       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 750       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 751               "USER_DEFINED_COLOURS", choice);
 752       if (defaultColours.indexOf(choice) == -1)
 753       {
 754         if (defaultColours.length() > 0)
 755         {
 756           defaultColours = defaultColours.concat("|");
 757         }
 758         defaultColours = defaultColours.concat(choice);
 759       }
 760
 761       userColourSchemes.put(schemeName.getText(), getSchemeFromButtons());
 762
 763       ap.alignFrame.updateUserColourMenu();
 764
 765       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 766
 767       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 768
 769       ucs.setSchemeName(schemeName.getText());
 770       try
 771       {
 772         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 773                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 774
 775         for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)
 776         {
 777           JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);
 778           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
 779           col.setName(button.getText());
 780           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(button
 781                   .getBackground()));
 782           ucs.addColour(col);
 783         }
 784
 785         ucs.marshal(out);
 786         out.close();
 787       } catch (Exception ex)
 788       {
 789         ex.printStackTrace();
 790       }
 791     }
 792   }
 793
 794   /**
 795    * DOCUMENT ME!
 796    *
 797    * @param e
 798    *          DOCUMENT ME!
 799    */
 800   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 801   {
 802     if (ap != null)
 803     {
 804       if (seqGroup != null)
 805       {
 806         seqGroup.cs = oldColourScheme;
 807       }
 808       else if (ap != null)
 809       {
 810         ap.av.setGlobalColourScheme(oldColourScheme);
 811       }
 812       ap.paintAlignment(true);
 813     }
 814
 815     if (jmol != null)
 816     {
 817       jmol.setJalviewColourScheme(oldColourScheme);
 818     }
 819
 820     try
 821     {
 822       frame.setClosed(true);
 823     } catch (Exception ex)
 824     {
 825     }
 826   }
 827
 828   static Hashtable userColourSchemes;
 829
 830   public static Hashtable getUserColourSchemes()
 831   {
 832     return userColourSchemes;
 833   }
 834
 835   public static void initUserColourSchemes(String files)
 836   {
 837     userColourSchemes = new Hashtable();
 838
 839     if (files == null || files.length() == 0)
 840     {
 841       return;
 842     }
 843
 844     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 845     // from the default list here.
 846     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 847     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
 848     while (st.hasMoreElements())
 849     {
 850       String file = st.nextToken();
 851       try
 852       {
 853         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 854         if (ucs != null)
 855         {
 856           if (coloursFound.length() > 0)
 857           {
 858             coloursFound.append("|");
 859           }
 860           coloursFound.append(file);
 861           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 862         }
 863       } catch (Exception ex)
 864       {
 865         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 866       }
 867     }
 868     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
 869     {
 870       if (coloursFound.toString().length() > 1)
 871       {
 872         jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
 873                 coloursFound.toString());
 874       }
 875       else
 876       {
 877         jalview.bin.Cache.applicationProperties
 878                 .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 879       }
 880     }
 881   }
 882
 883   public static void removeColourFromDefaults(String target)
 884   {
 885     // The only way to find colours by name is to load them in
 886     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 887     // from the default list here.
 888
 889     userColourSchemes = new Hashtable();
 890
 891     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 892     StringTokenizer st = new StringTokenizer(
 893             jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"), "|");
 894
 895     while (st.hasMoreElements())
 896     {
 897       String file = st.nextToken();
 898       try
 899       {
 900         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 901         if (ucs != null && !ucs.getName().equals(target))
 902         {
 903           if (coloursFound.length() > 0)
 904           {
 905             coloursFound.append("|");
 906           }
 907           coloursFound.append(file);
 908           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 909         }
 910       } catch (Exception ex)
 911       {
 912         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 913       }
 914     }
 915
 916     if (coloursFound.toString().length() > 1)
 917     {
 918       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
 919               coloursFound.toString());
 920     }
 921     else
 922     {
 923       jalview.bin.Cache.applicationProperties
 924               .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 925     }
 926
 927   }
 928
 929   public void caseSensitive_actionPerformed(ActionEvent e)
 930   {
 931     resetButtonPanel(caseSensitive.isSelected());
 932     lcaseColour.setEnabled(caseSensitive.isSelected());
 933   }
 934
 935   public void lcaseColour_actionPerformed(ActionEvent e)
 936   {
 937     if (selectedButtons == null)
 938     {
 939       selectedButtons = new Vector();
 940     }
 941     else
 942     {
 943       selectedButtons.clear();
 944     }
 945     selectedButtons.add(lcaseColour);
 946   }
 947
 948 }