src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  25 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  26 import jalview.jbgui.GUserDefinedColours;
  27 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  28 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  29 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.awt.Font;
  34 import java.awt.event.ActionEvent;
  35 import java.awt.event.MouseEvent;
  36 import java.io.File;
  37 import java.io.FileInputStream;
  38 import java.io.FileOutputStream;
  39 import java.io.InputStreamReader;
  40 import java.io.OutputStreamWriter;
  41 import java.io.PrintWriter;
  42 import java.util.Hashtable;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.Vector;
  45
  46 import javax.swing.JButton;
  47 import javax.swing.JInternalFrame;
  48 import javax.swing.JOptionPane;
  49 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  50 import javax.swing.event.ChangeListener;
  51
  52 /**
  53  * DOCUMENT ME!
  54  *
  55  * @author $author$
  56  * @version $Revision$
  57  */
  58 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
  59         ChangeListener
  60 {
  61   private static final int MY_FRAME_HEIGHT = 420;
  62   private static final int MY_FRAME_WIDTH = 810;
  63   private static final int MY_FRAME_WIDTH_CASE_SENSITIVE = 970;
  64
  65 AlignmentPanel ap;
  66
  67   SequenceGroup seqGroup;
  68
  69   Vector selectedButtons;
  70
  71   ColourSchemeI oldColourScheme;
  72
  73   JInternalFrame frame;
  74
  75   JalviewStructureDisplayI jmol;
  76
  77   Vector upperCaseButtons;
  78
  79   Vector lowerCaseButtons;
  80
  81   /**
  82    * Creates a new UserDefinedColours object.
  83    *
  84    * @param ap
  85    *          DOCUMENT ME!
  86    * @param sg
  87    *          DOCUMENT ME!
  88    */
  89   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  90   {
  91     super();
  92
  93     lcaseColour.setEnabled(false);
  94
  95     this.ap = ap;
  96     seqGroup = sg;
  97
  98     if (seqGroup != null)
  99     {
 100       oldColourScheme = seqGroup.cs;
 101     }
 102     else
 103     {
 104       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
 105     }
 106
 107     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 108     {
 109       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
 110       if (((UserColourScheme) oldColourScheme).getLowerCaseColours() != null)
 111       {
 112         caseSensitive.setSelected(true);
 113         lcaseColour.setEnabled(true);
 114         resetButtonPanel(true);
 115       }
 116       else
 117       {
 118         resetButtonPanel(false);
 119       }
 120     }
 121     else
 122     {
 123       resetButtonPanel(false);
 124     }
 125
 126     showFrame();
 127   }
 128
 129   public UserDefinedColours(JalviewStructureDisplayI jmol, ColourSchemeI oldcs)
 130   {
 131     super();
 132     this.jmol = jmol;
 133
 134     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 135
 136     oldColourScheme = oldcs;
 137
 138     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 139     {
 140       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
 141     }
 142
 143     resetButtonPanel(false);
 144
 145     showFrame();
 146
 147   }
 148
 149   void showFrame()
 150   {
 151     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 152     frame = new JInternalFrame();
 153     frame.setContentPane(this);
 154                 Desktop.addInternalFrame(frame,
 155                                 MessageManager.getString("label.user_defined_colours"), MY_FRAME_WIDTH,
 156                                 MY_FRAME_HEIGHT, true);
 157
 158     if (seqGroup != null)
 159     {
 160       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 161     }
 162   }
 163
 164   void resetButtonPanel(boolean caseSensitive)
 165   {
 166     buttonPanel.removeAll();
 167
 168     if (upperCaseButtons == null)
 169     {
 170       upperCaseButtons = new Vector();
 171     }
 172
 173     JButton button;
 174     String label;
 175     for (int i = 0; i < 20; i++)
 176     {
 177       if (caseSensitive)
 178       {
 179         label = ResidueProperties.aa[i];
 180       }
 181       else
 182       {
 183         label = ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 184                 .toString();
 185       }
 186
 187       button = makeButton(label, ResidueProperties.aa[i], upperCaseButtons,
 188               i);
 189
 190       buttonPanel.add(button);
 191     }
 192
 193     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));
 194     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));
 195     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));
 196     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));
 197
 198     if (!caseSensitive)
 199     {
 200       gridLayout.setRows(6);
 201       gridLayout.setColumns(4);
 202     }
 203     else
 204     {
 205       gridLayout.setRows(7);
 206       int cols = 7;
 207       gridLayout.setColumns(cols + 1);
 208
 209       if (lowerCaseButtons == null)
 210       {
 211         lowerCaseButtons = new Vector();
 212       }
 213
 214       for (int i = 0; i < 20; i++)
 215       {
 216         int row = i / cols + 1;
 217         int index = (row * cols) + i;
 218         button = makeButton(ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),
 219                 ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(), lowerCaseButtons, i);
 220
 221         buttonPanel.add(button, index);
 222       }
 223     }
 224
 225     if (caseSensitive)
 226     {
 227       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));
 228       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));
 229       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));
 230     }
 231
 232     // JAL-1360 widen the frame dynamically to accommodate case-sensitive AA codes
 233     if (this.frame != null) {
 234         int newWidth = caseSensitive ? MY_FRAME_WIDTH_CASE_SENSITIVE : MY_FRAME_WIDTH;
 235         this.frame.setSize(newWidth, this.frame.getHeight());
 236     }
 237
 238     buttonPanel.validate();
 239     validate();
 240   }
 241
 242   /**
 243    * DOCUMENT ME!
 244    *
 245    * @param evt
 246    *          DOCUMENT ME!
 247    */
 248   public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 249   {
 250     if (selectedButtons != null)
 251     {
 252       JButton button = null;
 253       for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)
 254       {
 255         button = (JButton) selectedButtons.elementAt(i);
 256         button.setBackground(colorChooser.getColor());
 257         button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 258                 .brighter());
 259       }
 260       if (button == lcaseColour)
 261       {
 262         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 263         {
 264           button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 265           button.setBackground(colorChooser.getColor());
 266           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 267                   .brighter());
 268         }
 269       }
 270     }
 271   }
 272
 273   /**
 274    * DOCUMENT ME!
 275    *
 276    * @param e
 277    *          DOCUMENT ME!
 278    */
 279   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 280   {
 281     if (selectedButtons == null)
 282     {
 283       selectedButtons = new Vector();
 284     }
 285
 286     JButton pressed = (JButton) e.getSource();
 287
 288     if (e.isShiftDown())
 289     {
 290       JButton start, end = (JButton) e.getSource();
 291       if (selectedButtons.size() > 0)
 292       {
 293         start = (JButton) selectedButtons
 294                 .elementAt(selectedButtons.size() - 1);
 295       }
 296       else
 297       {
 298         start = (JButton) e.getSource();
 299       }
 300
 301       int startIndex = 0, endIndex = 0;
 302       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)
 303       {
 304         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)
 305         {
 306           startIndex = b;
 307         }
 308         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)
 309         {
 310           endIndex = b;
 311         }
 312       }
 313
 314       if (startIndex > endIndex)
 315       {
 316         int temp = startIndex;
 317         startIndex = endIndex;
 318         endIndex = temp;
 319       }
 320
 321       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)
 322       {
 323         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);
 324         if (!selectedButtons.contains(button))
 325         {
 326           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter());
 327           selectedButtons.add(button);
 328         }
 329       }
 330     }
 331     else if (!e.isControlDown())
 332     {
 333       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)
 334       {
 335         JButton button = (JButton) selectedButtons.elementAt(b);
 336         button.setForeground(button.getBackground().darker().darker());
 337       }
 338       selectedButtons.clear();
 339       pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 340       selectedButtons.addElement(pressed);
 341
 342     }
 343     else if (e.isControlDown())
 344     {
 345       if (selectedButtons.contains(pressed))
 346       {
 347         pressed.setForeground(pressed.getBackground().darker().darker());
 348         selectedButtons.remove(pressed);
 349       }
 350       else
 351       {
 352         pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 353         selectedButtons.addElement(pressed);
 354       }
 355     }
 356
 357     if (selectedButtons.size() > 0)
 358     {
 359       colorChooser.setColor(((JButton) selectedButtons.elementAt(0))
 360               .getBackground());
 361     }
 362   }
 363
 364   /**
 365    * DOCUMENT ME!
 366    *
 367    * @param label
 368    *          DOCUMENT ME!
 369    * @param aa
 370    *          DOCUMENT ME!
 371    */
 372   JButton makeButton(String label, String aa, Vector caseSensitiveButtons,
 373           int buttonIndex)
 374   {
 375     final JButton button;
 376     Color col;
 377
 378     if (buttonIndex < caseSensitiveButtons.size())
 379     {
 380       button = (JButton) caseSensitiveButtons.elementAt(buttonIndex);
 381       col = button.getBackground();
 382     }
 383     else
 384     {
 385       button = new JButton();
 386       button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 387       {
 388         public void mouseClicked(MouseEvent e)
 389         {
 390           colourButtonPressed(e);
 391         }
 392       });
 393
 394       caseSensitiveButtons.addElement(button);
 395
 396       col = Color.white;
 397       if (oldColourScheme != null)
 398       {
 399         try
 400         {
 401           col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1, null);
 402         } catch (Exception ex)
 403         {
 404         }
 405       }
 406     }
 407
 408     if (caseSensitive.isSelected())
 409     {
 410       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 2, 2, 2));
 411     }
 412     else
 413     {
 414       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 14, 2, 14));
 415     }
 416
 417     button.setOpaque(true);     // required for the next line to have effect
 418     button.setBackground(col);
 419     button.setText(label);
 420     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 421     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 10));
 422
 423     return button;
 424   }
 425
 426   /**
 427    * DOCUMENT ME!
 428    *
 429    * @param e
 430    *          DOCUMENT ME!
 431    */
 432   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 433   {
 434     applyButton_actionPerformed(null);
 435
 436     try
 437     {
 438       frame.setClosed(true);
 439     } catch (Exception ex)
 440     {
 441     }
 442   }
 443
 444   /**
 445    * DOCUMENT ME!
 446    *
 447    * @param e
 448    *          DOCUMENT ME!
 449    */
 450   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 451   {
 452     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 453     ucs.setName(schemeName.getText());
 454
 455     if (seqGroup != null)
 456     {
 457       seqGroup.cs = ucs;
 458       ap.paintAlignment(true);
 459     }
 460     else if (ap != null)
 461     {
 462       ap.alignFrame.changeColour(ucs);
 463     }
 464     else if (jmol != null)
 465     {
 466       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 467     }
 468   }
 469
 470   UserColourScheme getSchemeFromButtons()
 471   {
 472
 473     Color[] newColours = new Color[24];
 474
 475     for (int i = 0; i < 24; i++)
 476     {
 477       JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 478       newColours[i] = button.getBackground();
 479     }
 480
 481     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 482
 483     if (caseSensitive.isSelected())
 484     {
 485       newColours = new Color[23];
 486       for (int i = 0; i < 23; i++)
 487       {
 488         JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 489         newColours[i] = button.getBackground();
 490       }
 491       ucs.setLowerCaseColours(newColours);
 492     }
 493
 494     if (ap != null)
 495     {
 496       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 497     }
 498
 499     return ucs;
 500   }
 501
 502   /**
 503    * DOCUMENT ME!
 504    *
 505    * @param e
 506    *          DOCUMENT ME!
 507    */
 508   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 509   {
 510     upperCaseButtons = new Vector();
 511     lowerCaseButtons = new Vector();
 512
 513     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 514             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 515             { "jc" }, new String[]
 516             { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 517     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 518     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 519             .getString("label.load_colour_scheme"));
 520     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 521
 522     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 523
 524     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 525     {
 526       File choice = chooser.getSelectedFile();
 527       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 528       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 529               "USER_DEFINED_COLOURS", choice.getPath());
 530       if (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1)
 531       {
 532         defaultColours = defaultColours.concat("|")
 533                 .concat(choice.getPath());
 534       }
 535
 536       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 537
 538       UserColourScheme ucs = loadColours(choice.getAbsolutePath());
 539       Color[] colors = ucs.getColours();
 540       schemeName.setText(ucs.getName());
 541
 542       if (ucs.getLowerCaseColours() != null)
 543       {
 544         caseSensitive.setSelected(true);
 545         lcaseColour.setEnabled(true);
 546         resetButtonPanel(true);
 547         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 548         {
 549           JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 550           button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);
 551         }
 552
 553       }
 554       else
 555       {
 556         caseSensitive.setSelected(false);
 557         lcaseColour.setEnabled(false);
 558         resetButtonPanel(false);
 559       }
 560
 561       for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)
 562       {
 563         JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 564         button.setBackground(colors[i]);
 565       }
 566
 567     }
 568   }
 569
 570   /**
 571    * DOCUMENT ME!
 572    *
 573    * @return DOCUMENT ME!
 574    */
 575   public static UserColourScheme loadDefaultColours()
 576   {
 577     UserColourScheme ret = null;
 578
 579     String colours = jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS");
 580     if (colours != null)
 581     {
 582       if (colours.indexOf("|") > -1)
 583       {
 584         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));
 585       }
 586
 587       ret = loadColours(colours);
 588     }
 589
 590     if (ret == null)
 591     {
 592       Color[] newColours = new Color[24];
 593       for (int i = 0; i < 24; i++)
 594       {
 595         newColours[i] = Color.white;
 596       }
 597       ret = new UserColourScheme(newColours);
 598     }
 599
 600     return ret;
 601   }
 602
 603   /**
 604    * DOCUMENT ME!
 605    *
 606    * @param file
 607    *          DOCUMENT ME!
 608    *
 609    * @return DOCUMENT ME!
 610    */
 611   static UserColourScheme loadColours(String file)
 612   {
 613     UserColourScheme ucs = null;
 614     Color[] newColours = null;
 615     try
 616     {
 617       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 618               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 619
 620       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 621
 622       org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(
 623               jucs);
 624       jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) unmar
 625               .unmarshal(in);
 626
 627       newColours = new Color[24];
 628
 629       Color[] lowerCase = null;
 630       boolean caseSensitive = false;
 631
 632       String name;
 633       int index;
 634       for (int i = 0; i < jucs.getColourCount(); i++)
 635       {
 636         name = jucs.getColour(i).getName();
 637         if (ResidueProperties.aa3Hash.containsKey(name))
 638         {
 639           index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(name))
 640                   .intValue();
 641         }
 642         else
 643         {
 644           index = ResidueProperties.aaIndex[name.charAt(0)];
 645         }
 646         if (index == -1)
 647         {
 648           continue;
 649         }
 650
 651         if (name.toLowerCase().equals(name))
 652         {
 653           if (lowerCase == null)
 654           {
 655             lowerCase = new Color[23];
 656           }
 657           caseSensitive = true;
 658           lowerCase[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 659                   .getRGB(), 16));
 660         }
 661         else
 662         {
 663           newColours[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 664                   .getRGB(), 16));
 665         }
 666       }
 667
 668       if (newColours != null)
 669       {
 670         ucs = new UserColourScheme(newColours);
 671         ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 672         if (caseSensitive)
 673         {
 674           ucs.setLowerCaseColours(lowerCase);
 675         }
 676       }
 677
 678     } catch (Exception ex)
 679     {
 680       // Could be Archive Jalview format
 681       try
 682       {
 683         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
 684                 file), "UTF-8");
 685
 686         jalview.binding.JalviewUserColours jucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();
 687
 688         jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);
 689
 690         newColours = new Color[jucs.getColourCount()];
 691
 692         for (int i = 0; i < 24; i++)
 693         {
 694           newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 695                   .getRGB(), 16));
 696         }
 697         if (newColours != null)
 698         {
 699           ucs = new UserColourScheme(newColours);
 700           ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 701         }
 702       } catch (Exception ex2)
 703       {
 704         ex2.printStackTrace();
 705       }
 706
 707       if (newColours == null)
 708       {
 709         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 710       }
 711     }
 712
 713     return ucs;
 714   }
 715
 716   /**
 717    * DOCUMENT ME!
 718    *
 719    * @param e
 720    *          DOCUMENT ME!
 721    */
 722   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 723   {
 724     if (schemeName.getText().trim().length() < 1)
 725     {
 726       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 727               .getString("label.user_colour_scheme_must_have_name"),
 728               MessageManager.getString("label.no_name_colour_scheme"),
 729               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 730       return;
 731     }
 732
 733     if (userColourSchemes != null
 734             && userColourSchemes.containsKey(schemeName.getText()))
 735     {
 736       int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 737               MessageManager.formatMessage(
 738                       "label.colour_scheme_exists_overwrite", new String[]
 739                       { schemeName.getText(), schemeName.getText() }),
 740               MessageManager.getString("label.duplicate_scheme_name"),
 741               JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 742       if (reply != JOptionPane.YES_OPTION)
 743       {
 744         return;
 745       }
 746
 747       userColourSchemes.remove(schemeName.getText());
 748     }
 749     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 750             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 751             { "jc" }, new String[]
 752             { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 753
 754     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 755     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");
 756     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 757
 758     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 759
 760     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 761     {
 762       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 763       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 764               "USER_DEFINED_COLOURS", choice);
 765       if (defaultColours.indexOf(choice) == -1)
 766       {
 767         if (defaultColours.length() > 0)
 768         {
 769           defaultColours = defaultColours.concat("|");
 770         }
 771         defaultColours = defaultColours.concat(choice);
 772       }
 773
 774       userColourSchemes.put(schemeName.getText(), getSchemeFromButtons());
 775
 776       ap.alignFrame.updateUserColourMenu();
 777
 778       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 779
 780       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 781
 782       ucs.setSchemeName(schemeName.getText());
 783       try
 784       {
 785         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 786                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 787
 788         for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)
 789         {
 790           JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);
 791           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
 792           col.setName(button.getText());
 793           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(button
 794                   .getBackground()));
 795           ucs.addColour(col);
 796         }
 797
 798         ucs.marshal(out);
 799         out.close();
 800       } catch (Exception ex)
 801       {
 802         ex.printStackTrace();
 803       }
 804     }
 805   }
 806
 807   /**
 808    * DOCUMENT ME!
 809    *
 810    * @param e
 811    *          DOCUMENT ME!
 812    */
 813   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 814   {
 815     if (ap != null)
 816     {
 817       if (seqGroup != null)
 818       {
 819         seqGroup.cs = oldColourScheme;
 820       }
 821       else if (ap != null)
 822       {
 823         ap.av.setGlobalColourScheme(oldColourScheme);
 824       }
 825       ap.paintAlignment(true);
 826     }
 827
 828     if (jmol != null)
 829     {
 830       jmol.setJalviewColourScheme(oldColourScheme);
 831     }
 832
 833     try
 834     {
 835       frame.setClosed(true);
 836     } catch (Exception ex)
 837     {
 838     }
 839   }
 840
 841   static Hashtable userColourSchemes;
 842
 843   public static Hashtable getUserColourSchemes()
 844   {
 845     return userColourSchemes;
 846   }
 847
 848   public static void initUserColourSchemes(String files)
 849   {
 850     userColourSchemes = new Hashtable();
 851
 852     if (files == null || files.length() == 0)
 853     {
 854       return;
 855     }
 856
 857     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 858     // from the default list here.
 859     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 860     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
 861     while (st.hasMoreElements())
 862     {
 863       String file = st.nextToken();
 864       try
 865       {
 866         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 867         if (ucs != null)
 868         {
 869           if (coloursFound.length() > 0)
 870           {
 871             coloursFound.append("|");
 872           }
 873           coloursFound.append(file);
 874           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 875         }
 876       } catch (Exception ex)
 877       {
 878         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 879       }
 880     }
 881     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
 882     {
 883       if (coloursFound.toString().length() > 1)
 884       {
 885         jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
 886                 coloursFound.toString());
 887       }
 888       else
 889       {
 890         jalview.bin.Cache.applicationProperties
 891                 .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 892       }
 893     }
 894   }
 895
 896   public static void removeColourFromDefaults(String target)
 897   {
 898     // The only way to find colours by name is to load them in
 899     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 900     // from the default list here.
 901
 902     userColourSchemes = new Hashtable();
 903
 904     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 905     StringTokenizer st = new StringTokenizer(
 906             jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"), "|");
 907
 908     while (st.hasMoreElements())
 909     {
 910       String file = st.nextToken();
 911       try
 912       {
 913         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 914         if (ucs != null && !ucs.getName().equals(target))
 915         {
 916           if (coloursFound.length() > 0)
 917           {
 918             coloursFound.append("|");
 919           }
 920           coloursFound.append(file);
 921           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 922         }
 923       } catch (Exception ex)
 924       {
 925         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 926       }
 927     }
 928
 929     if (coloursFound.toString().length() > 1)
 930     {
 931       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
 932               coloursFound.toString());
 933     }
 934     else
 935     {
 936       jalview.bin.Cache.applicationProperties
 937               .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 938     }
 939
 940   }
 941
 942   public void caseSensitive_actionPerformed(ActionEvent e)
 943   {
 944     resetButtonPanel(caseSensitive.isSelected());
 945     lcaseColour.setEnabled(caseSensitive.isSelected());
 946   }
 947
 948   public void lcaseColour_actionPerformed(ActionEvent e)
 949   {
 950     if (selectedButtons == null)
 951     {
 952       selectedButtons = new Vector();
 953     }
 954     else
 955     {
 956       selectedButtons.clear();
 957     }
 958     selectedButtons.add(lcaseColour);
 959   }
 960
 961 }