src/jalview/gui/WebserviceInfo.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.jbgui.GWebserviceInfo;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25 import jalview.ws.WSClientI;
  26
  27 import java.awt.BorderLayout;
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.Dimension;
  30 import java.awt.Graphics;
  31 import java.awt.Graphics2D;
  32 import java.awt.GridLayout;
  33 import java.awt.Image;
  34 import java.awt.MediaTracker;
  35 import java.awt.RenderingHints;
  36 import java.awt.event.ActionEvent;
  37 import java.awt.image.BufferedImage;
  38 import java.util.Vector;
  39
  40 import javax.swing.JComponent;
  41 import javax.swing.JEditorPane;
  42 import javax.swing.JInternalFrame;
  43 import javax.swing.JPanel;
  44 import javax.swing.JScrollPane;
  45 import javax.swing.JTabbedPane;
  46 import javax.swing.JTextArea;
  47 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
  48 import javax.swing.event.HyperlinkListener;
  49 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  50 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  51 import javax.swing.text.html.HTMLEditorKit;
  52 import javax.swing.text.html.StyleSheet;
  53
  54 /**
  55  * Base class for web service client thread and gui TODO: create StAX parser to
  56  * extract html body content reliably when preparing html formatted job statuses
  57  *
  58  * @author $author$
  59  * @version $Revision$
  60  */
  61 public class WebserviceInfo extends GWebserviceInfo
  62         implements HyperlinkListener, IProgressIndicator
  63 {
  64
  65   /** Job is Queued */
  66   public static final int STATE_QUEUING = 0;
  67
  68   /** Job is Running */
  69   public static final int STATE_RUNNING = 1;
  70
  71   /** Job has finished with no errors */
  72   public static final int STATE_STOPPED_OK = 2;
  73
  74   /** Job has been cancelled with no errors */
  75   public static final int STATE_CANCELLED_OK = 3;
  76
  77   /** job has stopped because of some error */
  78   public static final int STATE_STOPPED_ERROR = 4;
  79
  80   /** job has failed because of some unavoidable service interruption */
  81   public static final int STATE_STOPPED_SERVERERROR = 5;
  82
  83   int currentStatus = STATE_QUEUING;
  84
  85   Image image;
  86
  87   float angle = 0f;
  88
  89   String title = "";
  90
  91   jalview.ws.WSClientI thisService;
  92
  93   boolean serviceIsCancellable;
  94
  95   JInternalFrame frame;
  96
  97   private IProgressIndicator progressBar;
  98
  99   @Override
 100   public void setVisible(boolean aFlag)
 101   {
 102     super.setVisible(aFlag);
 103     frame.setVisible(aFlag);
 104   }
 105
 106   JTabbedPane subjobs = null;
 107
 108   java.util.Vector jobPanes = null;
 109
 110   private boolean serviceCanMergeResults = false;
 111
 112   private boolean viewResultsImmediatly = true;
 113
 114   /**
 115    * Get
 116    *
 117    * @param flag
 118    *          to indicate if results will be shown in a new window as soon as
 119    *          they are available.
 120    */
 121   public boolean isViewResultsImmediatly()
 122   {
 123     return viewResultsImmediatly;
 124   }
 125
 126   /**
 127    * Set
 128    *
 129    * @param flag
 130    *          to indicate if results will be shown in a new window as soon as
 131    *          they are available.
 132    */
 133   public void setViewResultsImmediatly(boolean viewResultsImmediatly)
 134   {
 135     this.viewResultsImmediatly = viewResultsImmediatly;
 136   }
 137
 138   private StyleSheet getStyleSheet(HTMLEditorKit editorKit)
 139   {
 140
 141     // Copied blatantly from
 142     // http://www.velocityreviews.com/forums/t132265-string-into-htmldocument.html
 143     StyleSheet myStyleSheet = new StyleSheet();
 144
 145     myStyleSheet.addStyleSheet(editorKit.getStyleSheet());
 146
 147     editorKit.setStyleSheet(myStyleSheet);
 148
 149     /*
 150      * Set the style sheet rules here by reading them from the constants
 151      * interface.
 152      */
 153     /*
 154      * for (int ix=0; ix<CSS_RULES.length; ix++) {
 155      *
 156      * myStyleSheet.addRule(CSS_RULES[ix]);
 157      *
 158      * }
 159      */
 160     return myStyleSheet;
 161
 162   }
 163
 164   // tabbed or not
 165   public synchronized int addJobPane()
 166   {
 167     JScrollPane jobpane = new JScrollPane();
 168     JComponent _progressText;
 169     if (renderAsHtml)
 170     {
 171       JEditorPane progressText = new JEditorPane("text/html", "");
 172       progressText.addHyperlinkListener(this);
 173       _progressText = progressText;
 174       // progressText.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 10));
 175       // progressText.setBorder(null);
 176       progressText.setEditable(false);
 177       /*
 178        * HTMLEditorKit myEditorKit = new HTMLEditorKit();
 179        *
 180        * StyleSheet myStyleSheet = getStyleSheet(myEditorKit);
 181        *
 182        * HTMLDocument tipDocument = (HTMLDocument)
 183        * (myEditorKit.createDefaultDocument());
 184        *
 185        * progressText.setDocument(tipDocument);
 186        */progressText.setText("<html><h1>WS Job</h1></html>");
 187     }
 188     else
 189     {
 190       JTextArea progressText = new JTextArea();
 191       _progressText = progressText;
 192
 193       progressText.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 10));
 194       progressText.setBorder(null);
 195       progressText.setEditable(false);
 196       progressText.setText("WS Job");
 197       progressText.setLineWrap(true);
 198       progressText.setWrapStyleWord(true);
 199     }
 200     jobpane.setName("JobPane");
 201     jobpane.getViewport().add(_progressText, null);
 202     jobpane.setBorder(null);
 203     if (jobPanes == null)
 204     {
 205       jobPanes = new Vector();
 206     }
 207     int newpane = jobPanes.size();
 208     jobPanes.add(jobpane);
 209
 210     if (newpane == 0)
 211     {
 212       this.add(jobpane, BorderLayout.CENTER);
 213     }
 214     else
 215     {
 216       if (newpane == 1)
 217       {
 218         // revert to a tabbed pane.
 219         JScrollPane firstpane;
 220         this.remove(firstpane = (JScrollPane) jobPanes.get(0));
 221         subjobs = new JTabbedPane();
 222         this.add(subjobs, BorderLayout.CENTER);
 223         subjobs.add(firstpane);
 224         subjobs.setTitleAt(0, firstpane.getName());
 225       }
 226       subjobs.add(jobpane);
 227     }
 228     return newpane; // index for accessor methods below
 229   }
 230
 231   /**
 232    * Creates a new WebserviceInfo object.
 233    *
 234    * @param title
 235    *          short name and job type
 236    * @param info
 237    *          reference or other human readable description
 238    * @param makeVisible
 239    *          true to display the webservices window immediatly (otherwise need
 240    *          to call setVisible(true))
 241    */
 242   public WebserviceInfo(String title, String info, boolean makeVisible)
 243   {
 244     init(title, info, 520, 500, makeVisible);
 245   }
 246
 247   /**
 248    * Creates a new WebserviceInfo object.
 249    *
 250    * @param title
 251    *          DOCUMENT ME!
 252    * @param info
 253    *          DOCUMENT ME!
 254    * @param width
 255    *          DOCUMENT ME!
 256    * @param height
 257    *          DOCUMENT ME!
 258    */
 259   public WebserviceInfo(String title, String info, int width, int height,
 260           boolean makeVisible)
 261   {
 262     init(title, info, width, height, makeVisible);
 263   }
 264
 265   /**
 266    * DOCUMENT ME!
 267    *
 268    * @return DOCUMENT ME!
 269    */
 270   public jalview.ws.WSClientI getthisService()
 271   {
 272     return thisService;
 273   }
 274
 275   /**
 276    * Update state of GUI based on client capabilities (like whether the job is
 277    * cancellable, whether the 'merge results' button is shown.
 278    *
 279    * @param newservice
 280    *          service client to query for capabilities
 281    */
 282   public void setthisService(jalview.ws.WSClientI newservice)
 283   {
 284     thisService = newservice;
 285     serviceIsCancellable = newservice.isCancellable();
 286     frame.setClosable(!serviceIsCancellable);
 287     serviceCanMergeResults = newservice.canMergeResults();
 288     rebuildButtonPanel();
 289   }
 290
 291   private void rebuildButtonPanel()
 292   {
 293     if (buttonPanel != null)
 294     {
 295       buttonPanel.removeAll();
 296       if (serviceIsCancellable)
 297       {
 298         buttonPanel.add(cancel);
 299         frame.setClosable(false);
 300       }
 301       else
 302       {
 303         frame.setClosable(true);
 304       }
 305     }
 306   }
 307
 308   /**
 309    * DOCUMENT ME!
 310    *
 311    * @param title
 312    *          DOCUMENT ME!
 313    * @param info
 314    *          DOCUMENT ME!
 315    * @param width
 316    *          DOCUMENT ME!
 317    * @param height
 318    *          DOCUMENT ME!
 319    */
 320   void init(String title, String info, int width, int height,
 321           boolean makeVisible)
 322   {
 323     frame = new JInternalFrame();
 324     frame.setContentPane(this);
 325     Desktop.addInternalFrame(frame, title, makeVisible, width, height);
 326     frame.setClosable(false);
 327
 328     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 329
 330     this.title = title;
 331     setInfoText(info);
 332
 333     java.net.URL url = getClass()
 334             .getResource("/images/Jalview_Logo_small_with_border.png");
 335     image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
 336
 337     MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
 338     mt.addImage(image, 0);
 339
 340     try
 341     {
 342       mt.waitForID(0);
 343     } catch (Exception ex)
 344     {
 345     }
 346
 347     AnimatedPanel ap = new AnimatedPanel();
 348     ap.setPreferredSize(new Dimension(60, 60));
 349     titlePanel.add(ap, BorderLayout.WEST);
 350     titlePanel.add(titleText, BorderLayout.CENTER);
 351     setStatus(currentStatus);
 352
 353     Thread thread = new Thread(ap);
 354     thread.start();
 355     final WebserviceInfo thisinfo = this;
 356     frame.addInternalFrameListener(
 357             new InternalFrameAdapter()
 358             {
 359               @Override
 360               public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 361               {
 362                 // System.out.println("Shutting down webservice client");
 363                 WSClientI service = thisinfo.getthisService();
 364                 if (service != null && service.isCancellable())
 365                 {
 366                   service.cancelJob();
 367                 }
 368               }
 369             });
 370     frame.validate();
 371
 372   }
 373
 374   /**
 375    * DOCUMENT ME!
 376    *
 377    * @param status
 378    *          integer status from state constants
 379    */
 380   public void setStatus(int status)
 381   {
 382     currentStatus = status;
 383
 384     String message = null;
 385     switch (currentStatus)
 386     {
 387     case STATE_QUEUING:
 388       message = MessageManager.getString("label.state_queueing");
 389       break;
 390
 391     case STATE_RUNNING:
 392       message = MessageManager.getString("label.state_running");
 393       break;
 394
 395     case STATE_STOPPED_OK:
 396       message = MessageManager.getString("label.state_completed");
 397       break;
 398
 399     case STATE_CANCELLED_OK:
 400       message = MessageManager.getString("label.state_job_cancelled");
 401       break;
 402
 403     case STATE_STOPPED_ERROR:
 404       message = MessageManager.getString("label.state_job_error");
 405       break;
 406
 407     case STATE_STOPPED_SERVERERROR:
 408       message = MessageManager.getString("label.server_error_try_later");
 409       break;
 410     }
 411     titleText.setText(title + (message == null ? "" : " - " + message));
 412     titleText.repaint();
 413   }
 414
 415   /**
 416    * subjob status indicator
 417    *
 418    * @param jobpane
 419    * @param status
 420    */
 421   public void setStatus(int jobpane, int status)
 422   {
 423     if (jobpane < 0 || jobpane >= jobPanes.size())
 424     {
 425       throw new Error(MessageManager.formatMessage(
 426               "error.setstatus_called_non_existent_job_pane", new String[]
 427               { Integer.valueOf(jobpane).toString() }));
 428     }
 429     switch (status)
 430     {
 431     case STATE_QUEUING:
 432       setProgressName(jobpane + " - QUEUED", jobpane);
 433       break;
 434     case STATE_RUNNING:
 435       setProgressName(jobpane + " - RUNNING", jobpane);
 436       break;
 437     case STATE_STOPPED_OK:
 438       setProgressName(jobpane + " - FINISHED", jobpane);
 439       break;
 440     case STATE_CANCELLED_OK:
 441       setProgressName(jobpane + " - CANCELLED", jobpane);
 442       break;
 443     case STATE_STOPPED_ERROR:
 444       setProgressName(jobpane + " - BROKEN", jobpane);
 445       break;
 446     case STATE_STOPPED_SERVERERROR:
 447       setProgressName(jobpane + " - ALERT", jobpane);
 448       break;
 449     default:
 450       setProgressName(jobpane + " - UNKNOWN STATE", jobpane);
 451     }
 452   }
 453
 454   /**
 455    * DOCUMENT ME!
 456    *
 457    * @return DOCUMENT ME!
 458    */
 459   public String getInfoText()
 460   {
 461     return infoText.getText();
 462   }
 463
 464   /**
 465    * DOCUMENT ME!
 466    *
 467    * @param text
 468    *          DOCUMENT ME!
 469    */
 470   public void setInfoText(String text)
 471   {
 472     infoText.setText(text);
 473   }
 474
 475   /**
 476    * DOCUMENT ME!
 477    *
 478    * @param text
 479    *          DOCUMENT ME!
 480    */
 481   public void appendInfoText(String text)
 482   {
 483     infoText.append(text);
 484   }
 485
 486   /**
 487    * DOCUMENT ME!
 488    *
 489    * @return DOCUMENT ME!
 490    */
 491   public String getProgressText(int which)
 492   {
 493     if (jobPanes == null)
 494     {
 495       addJobPane();
 496     }
 497     if (renderAsHtml)
 498     {
 499       return ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which))
 500               .getViewport().getComponent(0)).getText();
 501     }
 502     else
 503     {
 504       return ((JTextArea) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 505               .getComponent(0)).getText();
 506     }
 507   }
 508
 509   /**
 510    * DOCUMENT ME!
 511    *
 512    * @param text
 513    *          DOCUMENT ME!
 514    */
 515   public void setProgressText(int which, String text)
 516   {
 517     if (jobPanes == null)
 518     {
 519       addJobPane();
 520     }
 521     if (renderAsHtml)
 522     {
 523       ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 524               .getComponent(0)).setText(ensureHtmlTagged(text));
 525     }
 526     else
 527     {
 528       ((JTextArea) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 529               .getComponent(0)).setText(text);
 530     }
 531   }
 532
 533   /**
 534    * extract content from &lt;body&gt; content &lt;/body&gt;
 535    *
 536    * @param text
 537    * @param leaveFirst
 538    *          - set to leave the initial html tag intact
 539    * @param leaveLast
 540    *          - set to leave the final html tag intact
 541    * @return
 542    */
 543   private String getHtmlFragment(String text, boolean leaveFirst,
 544           boolean leaveLast)
 545   {
 546     if (text == null)
 547     {
 548       return null;
 549     }
 550     String lowertxt = text.toLowerCase();
 551     int htmlpos = leaveFirst ? -1 : lowertxt.indexOf("<body");
 552
 553     int htmlend = leaveLast ? -1 : lowertxt.indexOf("</body");
 554     int htmlpose = lowertxt.indexOf(">", htmlpos),
 555             htmlende = lowertxt.indexOf(">", htmlend);
 556     if (htmlend == -1 && htmlpos == -1)
 557     {
 558       return text;
 559     }
 560     if (htmlend > -1)
 561     {
 562       return text.substring((htmlpos == -1 ? 0 : htmlpose + 1), htmlend);
 563     }
 564     return text.substring(htmlpos == -1 ? 0 : htmlpose + 1);
 565   }
 566
 567   /**
 568    * very simple routine for adding/ensuring html tags are present in text.
 569    *
 570    * @param text
 571    * @return properly html tag enclosed text
 572    */
 573   private String ensureHtmlTagged(String text)
 574   {
 575     if (text == null)
 576     {
 577       return "";
 578     }
 579     String lowertxt = text.toLowerCase();
 580     int htmlpos = lowertxt.indexOf("<body");
 581     int htmlend = lowertxt.indexOf("</body");
 582     int doctype = lowertxt.indexOf("<!doctype");
 583     int xmltype = lowertxt.indexOf("<?xml");
 584     if (htmlend == -1)
 585     {
 586       text = text + "</body></html>";
 587     }
 588     if (htmlpos > -1)
 589     {
 590       if ((doctype > -1 && htmlpos > doctype)
 591               || (xmltype > -1 && htmlpos > xmltype))
 592       {
 593         text = "<html><head></head><body>\n" + text.substring(htmlpos - 1);
 594       }
 595     }
 596     else
 597     {
 598       text = "<html><head></head><body>\n" + text;
 599     }
 600     if (text.indexOf("<meta") > -1)
 601     {
 602       System.err
 603               .println("HTML COntent: \n" + text + "<< END HTML CONTENT\n");
 604
 605     }
 606     return text;
 607   }
 608
 609   /**
 610    * DOCUMENT ME!
 611    *
 612    * @param text
 613    *          DOCUMENT ME!
 614    */
 615   public void appendProgressText(int which, String text)
 616   {
 617     if (jobPanes == null)
 618     {
 619       addJobPane();
 620     }
 621     if (renderAsHtml)
 622     {
 623       String txt = getHtmlFragment(
 624               ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which))
 625                       .getViewport().getComponent(0)).getText(),
 626               true, false);
 627       ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 628               .getComponent(0))
 629                       .setText(ensureHtmlTagged(
 630                               txt + getHtmlFragment(text, false, true)));
 631     }
 632     else
 633     {
 634       ((JTextArea) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 635               .getComponent(0)).append(text);
 636     }
 637   }
 638
 639   /**
 640    * setProgressText(0, text)
 641    */
 642   public void setProgressText(String text)
 643   {
 644     setProgressText(0, text);
 645   }
 646
 647   /**
 648    * appendProgressText(0, text)
 649    */
 650   public void appendProgressText(String text)
 651   {
 652     appendProgressText(0, text);
 653   }
 654
 655   /**
 656    * getProgressText(0)
 657    */
 658   public String getProgressText()
 659   {
 660     return getProgressText(0);
 661   }
 662
 663   /**
 664    * get the tab title for a subjob
 665    *
 666    * @param which
 667    *          int
 668    * @return String
 669    */
 670   public String getProgressName(int which)
 671   {
 672     if (jobPanes == null)
 673     {
 674       addJobPane();
 675     }
 676     if (subjobs != null)
 677     {
 678       return subjobs.getTitleAt(which);
 679     }
 680     else
 681     {
 682       return ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 683               .getComponent(0).getName();
 684     }
 685   }
 686
 687   /**
 688    * set the tab title for a subjob
 689    *
 690    * @param name
 691    *          String
 692    * @param which
 693    *          int
 694    */
 695   public void setProgressName(String name, int which)
 696   {
 697     if (subjobs != null)
 698     {
 699       subjobs.setTitleAt(which, name);
 700       subjobs.revalidate();
 701       subjobs.repaint();
 702     }
 703     JScrollPane c = (JScrollPane) jobPanes.get(which);
 704     c.getViewport().getComponent(0).setName(name);
 705     c.repaint();
 706   }
 707
 708   /**
 709    * Gui action for cancelling the current job, if possible.
 710    *
 711    * @param e
 712    *          DOCUMENT ME!
 713    */
 714   @Override
 715   protected void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 716   {
 717     if (!serviceIsCancellable)
 718     {
 719       // JBPNote : TODO: We should REALLY just tell the WSClientI to cancel
 720       // anyhow - it has to stop threads and clean up
 721       // JBPNote : TODO: Instead of a warning, we should have an optional 'Are
 722       // you sure?' prompt
 723       warnUser(
 724               MessageManager.getString(
 725                       "warn.job_cannot_be_cancelled_close_window"),
 726               MessageManager.getString("action.cancel_job"));
 727     }
 728     else
 729     {
 730       thisService.cancelJob();
 731     }
 732     frame.setClosable(true);
 733   }
 734
 735   /**
 736    * Spawns a thread that pops up a warning dialog box with the given message
 737    * and title.
 738    *
 739    * @param message
 740    * @param title
 741    */
 742   public void warnUser(final String message, final String title)
 743   {
 744     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 745     {
 746       @Override
 747       public void run()
 748       {
 749         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, message,
 750                 title, JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 751
 752       }
 753     });
 754   }
 755
 756   /**
 757    * Set up GUI for user to get at results - and possibly automatically display
 758    * them if viewResultsImmediatly is set.
 759    */
 760   public void setResultsReady()
 761   {
 762     frame.setClosable(true);
 763     buttonPanel.remove(cancel);
 764     buttonPanel.add(showResultsNewFrame);
 765     if (serviceCanMergeResults)
 766     {
 767       buttonPanel.add(mergeResults);
 768       buttonPanel.setLayout(new GridLayout(2, 1, 5, 5));
 769     }
 770     buttonPanel.validate();
 771     validate();
 772     if (viewResultsImmediatly)
 773     {
 774       showResultsNewFrame.doClick();
 775     }
 776   }
 777
 778   /**
 779    * called when job has finished but no result objects can be passed back to
 780    * user
 781    */
 782   public void setFinishedNoResults()
 783   {
 784     frame.setClosable(true);
 785     buttonPanel.remove(cancel);
 786     buttonPanel.validate();
 787     validate();
 788   }
 789
 790   class AnimatedPanel extends JPanel implements Runnable
 791   {
 792     long startTime = 0;
 793
 794     BufferedImage offscreen;
 795
 796     @Override
 797     public void run()
 798     {
 799       startTime = System.currentTimeMillis();
 800
 801       float invSpeed = 15f;
 802       float factor = 1f;
 803       while (currentStatus < STATE_STOPPED_OK)
 804       {
 805         if (currentStatus == STATE_QUEUING)
 806         {
 807           invSpeed = 25f;
 808           factor = 1f;
 809         }
 810         else if (currentStatus == STATE_RUNNING)
 811         {
 812           invSpeed = 10f;
 813           factor = (float) (0.5 + 1.5
 814                   * (0.5 - (0.5 * Math.sin(3.14159 / 180 * (angle + 45)))));
 815         }
 816         try
 817         {
 818           Thread.sleep(50);
 819
 820           float delta = (System.currentTimeMillis() - startTime) / invSpeed;
 821           angle += delta * factor;
 822           angle %= 360;
 823           startTime = System.currentTimeMillis();
 824
 825           if (currentStatus >= STATE_STOPPED_OK)
 826           {
 827             park();
 828             angle = 0;
 829           }
 830
 831           repaint();
 832         } catch (Exception ex)
 833         {
 834         }
 835       }
 836
 837       cancel.setEnabled(false);
 838     }
 839
 840     public void park()
 841     {
 842       startTime = System.currentTimeMillis();
 843
 844       while (angle < 360)
 845       {
 846         float invSpeed = 5f;
 847         float factor = 1f;
 848         try
 849         {
 850           Thread.sleep(25);
 851
 852           float delta = (System.currentTimeMillis() - startTime) / invSpeed;
 853           angle += delta * factor;
 854           startTime = System.currentTimeMillis();
 855
 856           if (angle >= 360)
 857           {
 858             angle = 360;
 859           }
 860
 861           repaint();
 862         } catch (Exception ex)
 863         {
 864         }
 865       }
 866
 867     }
 868
 869     void drawPanel()
 870     {
 871       if (offscreen == null || offscreen.getWidth(this) != getWidth()
 872               || offscreen.getHeight(this) != getHeight())
 873       {
 874         offscreen = new BufferedImage(getWidth(), getHeight(),
 875                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 876       }
 877
 878       Graphics2D g = (Graphics2D) offscreen.getGraphics();
 879
 880       g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 881               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 882       g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_INTERPOLATION,
 883               RenderingHints.VALUE_INTERPOLATION_BICUBIC);
 884       g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_RENDERING,
 885               RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY);
 886
 887       g.setColor(Color.white);
 888       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 889
 890       if (image != null)
 891       {
 892         int x = image.getWidth(this) / 2, y = image.getHeight(this) / 2;
 893         g.rotate(3.14159 / 180 * (angle), x, y);
 894         g.drawImage(image, 0, 0, this);
 895         g.rotate(-3.14159 / 180 * (angle), x, y);
 896       }
 897     }
 898
 899     @Override
 900         public void paintComponent(Graphics g1)
 901     {
 902       drawPanel();
 903
 904       g1.drawImage(offscreen, 0, 0, this);
 905     }
 906   }
 907
 908   boolean renderAsHtml = false;
 909
 910   public void setRenderAsHtml(boolean b)
 911   {
 912     renderAsHtml = b;
 913   }
 914
 915   @Override
 916 public void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
 917   {
 918     Desktop.hyperlinkUpdate(e);
 919   }
 920
 921   /*
 922    * (non-Javadoc)
 923    *
 924    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 925    */
 926   @Override
 927   public void setProgressBar(String message, long id)
 928   {
 929     progressBar.setProgressBar(message, id);
 930   }
 931
 932   @Override
 933   public void registerHandler(final long id,
 934           final IProgressIndicatorHandler handler)
 935   {
 936     progressBar.registerHandler(id, handler);
 937   }
 938
 939   /**
 940    *
 941    * @return true if any progress bars are still active
 942    */
 943   @Override
 944   public boolean operationInProgress()
 945   {
 946     return progressBar.operationInProgress();
 947   }
 948 }