src/jalview/gui/WsJobParameters.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import java.awt.BorderLayout;
   4 import java.awt.Color;
   5 import java.awt.Component;
   6 import java.awt.Dimension;
   7 import java.awt.FlowLayout;
   8 import java.awt.Font;
   9 import java.awt.GridLayout;
  10 import java.awt.Rectangle;
  11 import java.awt.event.ActionEvent;
  12 import java.awt.event.ActionListener;
  13 import java.awt.event.ComponentEvent;
  14 import java.awt.event.ComponentListener;
  15 import java.awt.event.ContainerEvent;
  16 import java.awt.event.ContainerListener;
  17 import java.awt.event.KeyEvent;
  18 import java.awt.event.KeyListener;
  19 import java.awt.event.MouseEvent;
  20 import java.awt.event.MouseListener;
  21 import java.awt.event.WindowEvent;
  22 import java.awt.event.WindowListener;
  23 import java.awt.event.WindowStateListener;
  24 import java.util.ArrayList;
  25 import java.util.EventObject;
  26 import java.util.HashSet;
  27 import java.util.Hashtable;
  28 import java.util.Iterator;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.Map;
  31 import java.util.Vector;
  32
  33 import javax.swing.JButton;
  34 import javax.swing.JCheckBox;
  35 import javax.swing.JComboBox;
  36 import javax.swing.JDialog;
  37 import javax.swing.JFrame;
  38 import javax.swing.JLabel;
  39 import javax.swing.JList;
  40 import javax.swing.JOptionPane;
  41 import javax.swing.JPanel;
  42 import javax.swing.JScrollPane;
  43 import javax.swing.JSlider;
  44 import javax.swing.JTable;
  45 import javax.swing.JTextArea;
  46 import javax.swing.JTextField;
  47 import javax.swing.ListSelectionModel;
  48 import javax.swing.SwingConstants;
  49 import javax.swing.SwingUtilities;
  50 import javax.swing.border.TitledBorder;
  51 import javax.swing.event.CellEditorListener;
  52 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  53 import javax.swing.event.ChangeListener;
  54 import javax.swing.table.*;
  55
  56 import compbio.metadata.Argument;
  57 import compbio.metadata.Option;
  58 import compbio.metadata.Parameter;
  59 import compbio.metadata.Preset;
  60 import compbio.metadata.PresetManager;
  61 import compbio.metadata.RunnerConfig;
  62 import compbio.metadata.ValueConstrain;
  63 import compbio.metadata.WrongParameterException;
  64 import compbio.metadata.ValueConstrain.Type;
  65
  66 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  67 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.Jws2Instance;
  68
  69 public class WsJobParameters extends JPanel
  70 {
  71   private static final int PARAM_WIDTH = 340, PARAM_HEIGHT = 120;
  72
  73   JPanel setDetails = new JPanel();
  74
  75   JPanel settingsPanel = new JPanel();
  76
  77   JPanel jobOptions = new JPanel();
  78
  79   JPanel jobParameters = new JPanel();
  80
  81   JPanel paramButtons = new JPanel();
  82
  83   JPanel paramPanel = new JPanel();
  84   JLabel modified = new JLabel();
  85   JButton startjob = new JButton();
  86   JButton canceljob = new JButton();
  87
  88   JButton exportParams = new JButton();
  89
  90   JButton importParams = new JButton();
  91
  92   JButton resetParams = new JButton();
  93
  94   JButton addParam = new JButton();
  95
  96   JButton removeParam = new JButton();
  97
  98   JButton editParam = new JButton();
  99
 100   JLabel setName = new JLabel();
 101
 102   JTextArea setDescr = new JTextArea();
 103
 104   JScrollPane paramPane = new JScrollPane();
 105
 106   // JList paramList = new JList();
 107   JPanel paramList = new JPanel();
 108
 109   RunnerConfig serviceOptions;
 110
 111   List<Parameter> availableParameters;
 112
 113   private BorderLayout jparamLayout;
 114
 115   WsJobParameters(Jws2Instance service)
 116   {
 117     this(service, null);
 118   }
 119
 120   public WsJobParameters(Jws2Instance service, Preset p)
 121   {
 122     this(null, service, p, null);
 123   }
 124
 125   /**
 126    *
 127    * @param desktop
 128    *          - if null, create new JFrame outside of desktop
 129    * @param service
 130    * @param p
 131    */
 132   public WsJobParameters(JFrame parent, Jws2Instance service, Preset p,
 133           List<Argument> jobArgset)
 134   {
 135     super();
 136     jbInit();
 137     argSetModified(false);
 138     // populate parameter table
 139     initForService(service, p, jobArgset);
 140     // display in new JFrame attached to parent.
 141     validate();
 142   }
 143   int response=-1;
 144   JDialog frame=null;
 145   public boolean showRunDialog() {
 146
 147     frame = new JDialog(
 148             Desktop.instance, true);
 149
 150     frame.setTitle("Edit parameters for "+service.getActionText());
 151     Rectangle deskr = Desktop.instance.getBounds();
 152     frame.setBounds(new Rectangle((int) (deskr.getCenterX() - 240),
 153             (int) (deskr.getCenterY() - 92), 380, 385));
 154     frame.setContentPane(this);
 155
 156     frame.setVisible(true);
 157
 158     if (response>0)
 159     {
 160       return true;
 161     }
 162     return false;
 163   }
 164
 165   private void jbInit()
 166   {
 167     modified.setText("Job Options Modified");
 168     modified.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 169     modified.setForeground(Color.red);
 170     modified.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 171
 172     exportParams.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 173     exportParams.setText("Export");
 174     exportParams.setToolTipText("Export parameters to a file");
 175     exportParams.addActionListener(new ActionListener()
 176     {
 177       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 178       {
 179         exportParams_actionPerformed(e);
 180       }
 181     });
 182     importParams.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 183     importParams.setText("Import");
 184     importParams.setToolTipText("Import parameters from a file");
 185     importParams.addActionListener(new ActionListener()
 186     {
 187       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 188       {
 189         importParams_actionPerformed(e);
 190       }
 191     });
 192     resetParams.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 193     resetParams.setText("Defaults");
 194     resetParams.setToolTipText("Reset to defaults");
 195     resetParams.addActionListener(new ActionListener()
 196     {
 197       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 198       {
 199         resetParams_actionPerformed(e);
 200       }
 201     });
 202     addParam.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 203     addParam.setText("Add");
 204     addParam.setToolTipText("Add new parameter");
 205     addParam.addActionListener(new ActionListener()
 206     {
 207       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 208       {
 209         addParam_actionPerformed(e);
 210       }
 211     });
 212     removeParam.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 213     removeParam.setText("Remove");
 214     removeParam.setToolTipText("Remove selected parameter");
 215     removeParam.addActionListener(new ActionListener()
 216     {
 217       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 218       {
 219         removeParam_actionPerformed(e);
 220       }
 221     });
 222     editParam.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 223     editParam.setText("Edit");
 224     editParam.setToolTipText("Edit selected parameter");
 225     editParam.addActionListener(new ActionListener()
 226     {
 227       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 228       {
 229         editParam_actionPerformed(e);
 230       }
 231     });
 232     startjob.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 233     startjob.setText("Start");
 234     startjob.setToolTipText("Start Job");
 235     startjob.addActionListener(new ActionListener()
 236     {
 237       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 238       {
 239         startjob_actionPerformed(e);
 240       }
 241     });
 242     canceljob.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 243     canceljob.setText("Cancel");
 244     canceljob.setToolTipText("Cancel Job");
 245     canceljob.addActionListener(new ActionListener()
 246     {
 247       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 248       {
 249         canceljob_actionPerformed(e);
 250       }
 251     });
 252
 253     setDetails.setBorder(new TitledBorder("Details"));
 254     setDetails.setLayout(new GridLayout(2, 1));
 255     setDescr.setColumns(40);
 256     setDescr.setWrapStyleWord(true);
 257     setDescr.setLineWrap(true);
 258     setDescr.setPreferredSize(new Dimension(350, 90));
 259     setDescr.setBackground(getBackground());
 260     setDescr.setEditable(false);
 261     setDetails.add(setName);
 262     setDetails.add(setDescr);
 263     setDetails.setPreferredSize(new Dimension(360, 100));
 264     settingsPanel.setLayout(new BorderLayout());
 265     jobOptions.setBorder(new TitledBorder("Options"));
 266     jobParameters.setBorder(new TitledBorder("Parameters"));
 267     jobParameters.setLayout(jparamLayout = new BorderLayout());
 268     paramPane.setPreferredSize(new Dimension(360, 300));
 269     paramPane.getVerticalScrollBar().setUnitIncrement(20);
 270     // paramPanel.setPreferredSize(new Dimension(360, 300));
 271     paramButtons.setLayout(new GridLayout(2, 3));
 272     paramButtons.add(addParam);
 273     paramButtons.add(editParam);
 274     paramButtons.add(removeParam);
 275     // TODO: relayout buttons nicely
 276     paramButtons.add(exportParams);
 277     paramButtons.add(importParams);
 278     paramButtons.add(resetParams);
 279     paramPane.getViewport().setView(paramList);
 280     jobParameters.add(paramPane, BorderLayout.NORTH);
 281     //jobParameters.add(paramButtons, BorderLayout.SOUTH);
 282     settingsPanel.add(modified, BorderLayout.NORTH);
 283     settingsPanel.add(jobOptions, BorderLayout.CENTER);
 284     settingsPanel.add(jobParameters, BorderLayout.SOUTH);
 285
 286     setLayout(new BorderLayout());
 287     // setPreferredSize(new Dimension(400, 600));
 288     // setSize(new Dimension(400, 600));
 289     add(setDetails, BorderLayout.NORTH);
 290     add(settingsPanel, BorderLayout.CENTER);
 291     JPanel dialogpanel = new JPanel();
 292     dialogpanel.add(startjob);
 293     dialogpanel.add(canceljob);
 294     add(dialogpanel, BorderLayout.SOUTH);
 295   }
 296
 297   protected void canceljob_actionPerformed(ActionEvent e)
 298   {
 299     response=0;
 300     if (frame!=null) {
 301       frame.setVisible(false);
 302     }
 303   }
 304
 305   protected void startjob_actionPerformed(ActionEvent e)
 306   {
 307     response=1;
 308     if (frame!=null) {
 309       frame.setVisible(false);
 310     }
 311   }
 312
 313   protected void editParam_actionPerformed(ActionEvent e)
 314   {
 315     // TODO Auto-generated method stub
 316
 317   }
 318
 319   protected void removeParam_actionPerformed(ActionEvent e)
 320   {
 321     // TODO Auto-generated method stub
 322
 323   }
 324
 325   protected void addParam_actionPerformed(ActionEvent e)
 326   {
 327     // TODO Auto-generated method stub
 328
 329   }
 330
 331   protected void resetParams_actionPerformed(ActionEvent e)
 332   {
 333     // TODO Auto-generated method stub
 334
 335   }
 336
 337   protected void importParams_actionPerformed(ActionEvent e)
 338   {
 339     // TODO Auto-generated method stub
 340
 341   }
 342
 343   protected void exportParams_actionPerformed(ActionEvent e)
 344   {
 345     // TODO Auto-generated method stub
 346
 347   }
 348
 349   Jws2Instance service;
 350   void initForService(Jws2Instance service, Preset p,
 351           List<Argument> jobArgset)
 352   {
 353     this.service=service;
 354     serviceOptions = service.getRunnerConfig();
 355     updateTable(p, jobArgset);
 356   }
 357
 358   @SuppressWarnings("unchecked")
 359   private void updateTable(Preset p, List<Argument> jobArgset)
 360   {
 361     availableParameters = new ArrayList<Parameter>();
 362     List<Parameter> setargs = new ArrayList<Parameter>();
 363     // populate table from default parameter set.
 364     List<Argument> args = serviceOptions.getArguments();
 365
 366     // split to params and required arguments
 367     {
 368       for (Argument arg : args)
 369       {
 370         Argument myarg = (Argument) arg;
 371         // Ideally, Argument would implement isRequired !
 372         if (myarg instanceof Parameter)
 373         {
 374           Parameter parm = (Parameter) myarg;
 375           if (true) // parm.isRequired())
 376           {
 377             addParameter(parm);
 378           }
 379           else
 380           {
 381             availableParameters.add(parm);
 382           }
 383         }
 384         else
 385         {
 386           if (myarg instanceof Option)
 387           {
 388             Option opt = (Option) myarg;
 389             addOption(opt);
 390             if (opt.isRequired())
 391             {
 392               selectOption(opt, opt.getDefaultValue());
 393             }
 394           }
 395           else
 396           {
 397             System.err.println("Ignoring unknown service argument type "
 398                     + arg.getClass().getName());
 399           }
 400         }
 401       }
 402       args=null; // no more args to process.
 403     }
 404     if (p != null)
 405     {
 406       setDescr.setText(p.getDescription());
 407       setName.setText(p.getName());
 408       setDetails.setVisible(true);
 409       // TODO - URL link
 410       try
 411       {
 412         args = p.getArguments(serviceOptions);
 413       } catch (Exception e)
 414       {
 415         e.printStackTrace();
 416       }
 417       // TODO: check if args should be unselected prior to resetting using the preset
 418       setargs.clear();
 419     } else {
 420       setDetails.setVisible(false);
 421     }
 422     if (jobArgset != null)
 423     {
 424       argSetModified(true);
 425       args = jobArgset;
 426     }
 427     // get setargs from current object
 428     if (args != null)
 429     {
 430       for (Argument arg : args)
 431       {
 432         if (arg instanceof Parameter)
 433         {
 434           setargs.add((Parameter) arg);
 435         }
 436         else
 437         {
 438           if (arg instanceof Option)
 439           {
 440             selectOption((Option) arg, arg.getDefaultValue());
 441           }
 442         }
 443
 444       }
 445     }
 446
 447     // mdl.setData(setargs);
 448     // jobOptions.setLayout(new GridLayout(optSet.size() / 2 + 1, 2));
 449     jobOptions.setLayout(new GridLayout(optSet.size(), 1));
 450     // paramPanel.setLayout(new GridLayout(paramSet.size(), 1));
 451     // paramList.va
 452     // paramPane.getViewport().validate();
 453     paramList.setPreferredSize(new Dimension(350, paramSet.size()
 454             * PARAM_HEIGHT));
 455     paramList.setLayout(new GridLayout(paramSet.size(), 1));
 456     paramList.validate();
 457     paramPane.validate();
 458     validate();
 459   }
 460
 461   private void argSetModified(boolean b)
 462   {
 463
 464     modified.setVisible(b);
 465     if (isVisible())
 466     {
 467       validate();
 468     }
 469
 470   }
 471
 472   private void addParameter(Parameter parm)
 473   {
 474     ParamBox pb = paramSet.get(parm.getName());
 475     if (pb == null)
 476     {
 477       pb = new ParamBox(parm);
 478       paramSet.put(parm.getName(), pb);
 479       paramList.add(pb);
 480     }
 481   }
 482
 483   private void selectOption(Option opt, String string)
 484   {
 485     OptionBox cb = optSet.get(opt.getName());
 486     if (cb == null)
 487     {
 488       cb = addOption(opt);
 489     }
 490     if (string == null)
 491     {
 492       // no value specified.
 493       if (opt.isRequired())
 494       {
 495         // indicate option needs to be selected!
 496       }
 497       else
 498       {
 499         cb.enabled.setSelected(false);
 500       }
 501     }
 502     else
 503     {
 504       cb.enabled.setSelected(true);
 505
 506       if (opt.getPossibleValues().contains(string))
 507       {
 508         cb.val.setSelectedItem(string);
 509       }
 510       else
 511       {
 512         throw new Error("Invalid value " + string + " for option " + opt);
 513       }
 514
 515     }
 516   }
 517
 518   Map<String, ParamBox> paramSet = new Hashtable<String, ParamBox>();
 519
 520   public class ParamBox extends JPanel implements ChangeListener,
 521           ActionListener
 522   {
 523     JLabel name = new JLabel();
 524
 525     JTextArea string = new JTextArea();
 526     JScrollPane descPanel = new JScrollPane();
 527     JSlider slider = null;
 528
 529     JTextField valueField = null;
 530
 531     ValueConstrain validator = null;
 532
 533     boolean integ = false;
 534     boolean choice=false;
 535     public ParamBox(Parameter parm)
 536     {
 537       setLayout(new FlowLayout());
 538       setBorder(new TitledBorder(parm.getName()));
 539       setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, PARAM_HEIGHT));
 540       string.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 541       string.setBackground(getBackground());
 542       //string.setSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, 80));
 543       string.setEditable(false);
 544       descPanel.setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, 70));
 545       descPanel.getViewport().setView(string);
 546       // string.setMinimumSize(new Dimension(140,80));
 547       // string.setMaximumSize(new Dimension(280,80));
 548       string.setWrapStyleWord(true);
 549       string.setLineWrap(true);
 550       string.setColumns(40);
 551       string.setText(parm.getDescription());
 552       descPanel.validate();
 553       // name.setToolTipText(parm.getDescription());
 554       add(descPanel); // , BorderLayout.NORTH);
 555       validator = parm.getValidValue();
 556       parameter=parm;
 557       if (validator != null)
 558       {
 559         integ = validator.getType() == Type.Integer;
 560       } else {
 561         if (parameter.getPossibleValues()!=null)
 562         {
 563           choice=true;
 564         }
 565       }
 566       updateControls(parm);
 567     }
 568
 569     boolean adjusting = false;
 570     Parameter parameter;
 571     JComboBox choicebox;
 572     public void updateControls(Parameter parm)
 573     {
 574       adjusting = true;
 575       boolean init = valueField == null;
 576       float fVal = 0f;
 577       int iVal = 0;
 578       if (init)
 579       {
 580         if (choice)
 581         {
 582           choicebox = new JComboBox();
 583           choicebox.addActionListener(this);
 584           add(choicebox);
 585         } else {
 586         slider = new JSlider();
 587         slider.addChangeListener(this);
 588         valueField = new JTextField();
 589         valueField.addActionListener(this);
 590         valueField.setPreferredSize(new Dimension(80, 25));
 591         JPanel container = new JPanel();
 592         // container.setLayout(new FlowLayout());
 593         add(slider);// , BorderLayout.SOUTH);
 594         add(valueField);// ,BorderLayout.CENTER);
 595         // add(container, BorderLayout.EAST);
 596         // container.validate();
 597
 598       }}
 599
 600       if (parm != null)
 601       {
 602         if (choice) {
 603           List vals = parm.getPossibleValues();
 604           for (Object val: vals)
 605           {
 606             choicebox.addItem(val);
 607           }
 608           if (parm.getDefaultValue()!=null) {
 609             choicebox.setSelectedItem(parm.getDefaultValue());
 610           }
 611         } else {
 612           valueField.setText(parm.getDefaultValue());
 613         }
 614       }
 615       updateSliderFromValueField();
 616       adjusting = false;
 617     }
 618     public Parameter getParameter() {
 619       try {
 620         if (choice)
 621         {
 622           parameter.setDefaultValue((String)choicebox.getSelectedItem());
 623         }
 624         else {
 625           parameter.setDefaultValue(valueField.getText());
 626         }
 627       } catch (WrongParameterException e)
 628       {
 629         e.printStackTrace();
 630         return null;
 631       }
 632       return parameter;
 633     }
 634     public Object updateSliderFromValueField()
 635     {
 636       int iVal;
 637       float fVal;
 638       if (validator != null)
 639       {
 640         if (integ)
 641         {
 642           iVal = 0;
 643           try
 644           {
 645             valueField.setText(valueField.getText().trim());
 646             iVal = Integer.valueOf(valueField.getText());
 647           } catch (Exception e)
 648           {
 649           }
 650           ;
 651           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 652           {
 653             slider.getModel().setRangeProperties(iVal, 1,
 654                     validator.getMin().intValue(),
 655                     validator.getMax().intValue(), true);
 656           }
 657           else
 658           {
 659             slider.setVisible(false);
 660           }
 661           return new int[]
 662           { iVal };
 663         }
 664         else
 665         {
 666           fVal = 0f;
 667           try
 668           {
 669             fVal = Float.valueOf(valueField.getText());
 670           } catch (Exception e)
 671           {
 672           }
 673           ;
 674           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 675           {
 676             slider.getModel().setRangeProperties((int) fVal * 1000, 1,
 677                     (int) validator.getMin().floatValue() * 1000,
 678                     (int) validator.getMax().floatValue() * 1000, true);
 679           }
 680           else
 681           {
 682             slider.setVisible(false);
 683           }
 684           return new float[]
 685           { fVal };
 686         }
 687       }
 688       else
 689       {
 690         if (!choice) {
 691           slider.setVisible(false);
 692         return new String[]
 693         { valueField.getText().trim() };
 694       }
 695         else {
 696           return new String[] { (String) choicebox.getSelectedItem()};
 697         }
 698       }
 699
 700     }
 701
 702     @Override
 703     public void stateChanged(ChangeEvent e)
 704     {
 705       if (!adjusting)
 706       {
 707         valueField.setText(""
 708                 + ((integ) ? ("" + (int) slider.getValue())
 709                         : ("" + (float) (slider.getValue() / 1000f))));
 710       }
 711     }
 712
 713     @Override
 714     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 715     {
 716       if (choice)
 717       {
 718       } else if (!adjusting)
 719       {
 720         updateSliderFromValueField();
 721       }
 722       argSetModified(true);
 723     }
 724
 725   }
 726
 727   Map<String, OptionBox> optSet = new Hashtable<String, OptionBox>();
 728
 729   public class OptionBox extends JPanel implements ActionListener
 730   {
 731     JComboBox val = new JComboBox();
 732
 733     JCheckBox enabled = new JCheckBox();
 734     Option option;
 735     public OptionBox(Option opt)
 736     {
 737       option = opt;
 738       setLayout(new BorderLayout());
 739       enabled.setSelected(opt.isRequired());
 740       enabled.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 741       enabled.setText(opt.getName());
 742       enabled.setToolTipText(opt.getDescription());
 743       add(enabled, BorderLayout.NORTH);
 744       if (opt.getPossibleValues().size() > 1)
 745       {
 746         setLayout(new GridLayout(1, 2));
 747         for (Object str : opt.getPossibleValues())
 748         {
 749           val.addItem((String) str);
 750         }
 751         val.setSelectedItem((String) opt.getDefaultValue());
 752         val.addActionListener(this);
 753         add(val, BorderLayout.SOUTH);
 754       }
 755       // TODO: add actionListeners for popup (to open further info),
 756       // and to update list of parameters if an option is enabled
 757       // that takes a value.
 758     }
 759     public Option getOptionIfEnabled() {
 760       if (!enabled.isSelected())
 761       {
 762         return null;
 763       }
 764       try {
 765         if (val.getSelectedItem()!=null)
 766         {
 767           option.setDefaultValue((String) val.getSelectedItem());
 768         }
 769       } catch (WrongParameterException e)
 770       {
 771         e.printStackTrace();
 772         return null;
 773       }
 774       return option;
 775     }
 776     @Override
 777     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 778     {
 779       argSetModified(true);
 780       enabled.setSelected(true);
 781     }
 782   }
 783
 784   private OptionBox addOption(Option opt)
 785   {
 786     OptionBox cb = optSet.get(opt.getName());
 787     if (cb == null)
 788     {
 789       cb = new OptionBox(opt);
 790       optSet.put(opt.getName(), cb);
 791       jobOptions.add(cb);
 792     }
 793     return cb;
 794   }
 795
 796   /**
 797    * testing method - grab a service and parameter set and show the window
 798    *
 799    * @param args
 800    */
 801   public static void main(String[] args)
 802   {
 803     jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer disc = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer
 804             .getDiscoverer();
 805     int p = 0;
 806     if (args.length > 3)
 807     {
 808       Vector<String> services = new Vector<String>();
 809       services.addElement(args[p++]);
 810       Jws2Discoverer.setServiceUrls(services);
 811     }
 812     try
 813     {
 814       disc.run();
 815     } catch (Exception e)
 816     {
 817       System.err.println("Aborting. Problem discovering services.");
 818       e.printStackTrace();
 819       return;
 820     }
 821     Jws2Discoverer.Jws2Instance lastserv = null;
 822     for (Jws2Discoverer.Jws2Instance service : disc.getServices())
 823     {
 824       lastserv = service;
 825       if (p < args.length && service.serviceType.equalsIgnoreCase(args[p]))
 826       {
 827         break;
 828       }
 829     }
 830     if (lastserv != null)
 831     {
 832       List<Preset> prl = null;
 833       Preset pr = null;
 834       if (++p < args.length)
 835       {
 836         PresetManager prman = lastserv.getPresets();
 837         if (prman != null)
 838         {
 839           pr = prman.getPresetByName(args[p]);
 840           if (pr == null)
 841           {
 842             // just grab the last preset.
 843             prl = prman.getPresets();
 844           }
 845         }
 846       }
 847       Iterator<Preset> en = (prl == null) ? null : prl.iterator();
 848       while (true)
 849       {
 850         if (en != null)
 851         {
 852           if (!en.hasNext())
 853           {
 854             en = prl.iterator();
 855           }
 856           pr = en.next();
 857         }
 858         WsJobParameters pgui = new WsJobParameters(lastserv, pr);
 859         JFrame jf = new JFrame("Parameters for " + lastserv.getActionText());
 860         JPanel cont = new JPanel();
 861         jf.setPreferredSize(new Dimension(600, 800));
 862         cont.add(pgui);
 863         jf.add(cont);
 864         final Thread thr = Thread.currentThread();
 865         jf.addWindowListener(new WindowListener()
 866         {
 867
 868           @Override
 869           public void windowActivated(WindowEvent e)
 870           {
 871             // TODO Auto-generated method stub
 872
 873           }
 874
 875           @Override
 876           public void windowClosed(WindowEvent e)
 877           {
 878           }
 879
 880           @Override
 881           public void windowClosing(WindowEvent e)
 882           {
 883             thr.interrupt();
 884
 885           }
 886
 887           @Override
 888           public void windowDeactivated(WindowEvent e)
 889           {
 890             // TODO Auto-generated method stub
 891
 892           }
 893
 894           @Override
 895           public void windowDeiconified(WindowEvent e)
 896           {
 897             // TODO Auto-generated method stub
 898
 899           }
 900
 901           @Override
 902           public void windowIconified(WindowEvent e)
 903           {
 904             // TODO Auto-generated method stub
 905
 906           }
 907
 908           @Override
 909           public void windowOpened(WindowEvent e)
 910           {
 911             // TODO Auto-generated method stub
 912
 913           }
 914
 915         });
 916         jf.setVisible(true);
 917         boolean inter = false;
 918         while (!inter)
 919         {
 920           try
 921           {
 922             Thread.sleep(10000);
 923           } catch (Exception e)
 924           {
 925             inter = true;
 926           }
 927           ;
 928         }
 929         jf.dispose();
 930       }
 931     }
 932   }
 933
 934   public List<Argument> getJobParams()
 935   {
 936     List<Argument> argSet = new ArrayList<Argument>();
 937     // recover options and parameters from GUI
 938     for (OptionBox opts: optSet.values())
 939     {
 940       Option opt = opts.getOptionIfEnabled();
 941       if (opt!=null)
 942       {
 943         argSet.add(opt);
 944       }
 945     }
 946     for (ParamBox parambox: paramSet.values())
 947     {
 948       Parameter parm = parambox.getParameter();
 949       if (parm!=null)
 950       {
 951         argSet.add(parm);
 952       }
 953     }
 954
 955     return argSet;
 956   }
 957 }