src/jalview/gui/WsParamSetManager.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.io.File;
  21 import java.io.FileInputStream;
  22 import java.io.FileOutputStream;
  23 import java.io.IOException;
  24 import java.io.InputStreamReader;
  25 import java.io.OutputStreamWriter;
  26 import java.io.PrintWriter;
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.Hashtable;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.StringTokenizer;
  31
  32 import javax.swing.JButton;
  33 import javax.swing.JOptionPane;
  34
  35 import jalview.bin.Cache;
  36 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  37 import jalview.ws.jws2.dm.JabaWsParamSet;
  38 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  39 import jalview.ws.params.ParamManager;
  40 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  41
  42 /**
  43  * store and retrieve web service parameter sets.
  44  *
  45  * @author JimP
  46  *
  47  */
  48 public class WsParamSetManager implements ParamManager
  49 {
  50   Hashtable<String, ParamDatastoreI> paramparsers = new Hashtable<String, ParamDatastoreI>();
  51
  52   @Override
  53   public WsParamSetI[] getParameterSet(String name, String serviceUrl,
  54           boolean modifiable, boolean unmodifiable)
  55   {
  56     String files = Cache.getProperty("WS_PARAM_FILES");
  57     if (files == null)
  58     {
  59       return null;
  60     }
  61     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
  62     String pfile = null;
  63     ArrayList<WsParamSetI> params = new ArrayList<WsParamSetI>();
  64     while (st.hasMoreTokens())
  65     {
  66       pfile = st.nextToken();
  67       try
  68       {
  69         WsParamSetI[] pset = parseParamFile(pfile);
  70         for (WsParamSetI p : pset)
  71         {
  72           boolean add = false;
  73           if (serviceUrl != null)
  74           {
  75             for (String url : p.getApplicableUrls())
  76             {
  77               if (url.equals(serviceUrl))
  78               {
  79                 add = true;
  80               }
  81             }
  82           }
  83           else
  84           {
  85             add = true;
  86           }
  87           add &= (modifiable == p.isModifiable() || unmodifiable == !p
  88                   .isModifiable());
  89           add &= name == null || p.getName().equals(name);
  90
  91           if (add)
  92           {
  93
  94             params.add(p);
  95           }
  96
  97         }
  98       } catch (IOException e)
  99       {
 100         Cache.log
 101                 .info("Failed to parse parameter file "
 102                         + pfile
 103                         + " (Check that all JALVIEW_WSPARAMFILES entries are valid!)",
 104                         e);
 105       }
 106     }
 107     return params.toArray(new WsParamSetI[0]);
 108   }
 109
 110   private WsParamSetI[] parseParamFile(String filename) throws IOException
 111   {
 112     List<WsParamSetI> psets = new ArrayList<WsParamSetI>();
 113     InputStreamReader is = new InputStreamReader(
 114             new java.io.FileInputStream(new File(filename)), "UTF-8");
 115
 116     jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet wspset = new jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet();
 117
 118     org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(
 119             wspset);
 120     unmar.setWhitespacePreserve(true);
 121     try
 122     {
 123       wspset = (jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet) unmar
 124               .unmarshal(is);
 125     } catch (Exception ex)
 126     {
 127       throw new IOException(ex);
 128     }
 129     if (wspset != null && wspset.getParameters().length() > 0)
 130     {
 131       for (String url : wspset.getServiceURL())
 132       {
 133         ParamDatastoreI parser = paramparsers.get(url);
 134         if (parser != null)
 135         {
 136           WsParamSetI pset = parser.parseServiceParameterFile(
 137                   wspset.getName(), wspset.getDescription(),
 138                   wspset.getServiceURL(), wspset.getParameters());
 139           if (pset != null)
 140           {
 141             pset.setSourceFile(filename);
 142             psets.add(pset);
 143             break;
 144           }
 145         }
 146       }
 147     }
 148
 149     return psets.toArray(new WsParamSetI[0]);
 150   }
 151
 152   @Override
 153   public void storeParameterSet(WsParamSetI parameterSet)
 154   {
 155     String filename = parameterSet.getSourceFile();
 156     File outfile = null;
 157     try
 158     {
 159       if (filename != null && !((outfile = new File(filename)).canWrite()))
 160       {
 161         Cache.log.info("Can't write to " + filename
 162                 + " - Prompting for new file to write to.");
 163         filename = null;
 164       }
 165     } catch (Exception e)
 166     {
 167       filename = null;
 168     }
 169
 170     ParamDatastoreI parser = null;
 171     for (String urls : parameterSet.getApplicableUrls())
 172     {
 173       if (parser == null)
 174       {
 175         parser = paramparsers.get(urls);
 176       }
 177     }
 178     if (parser == null)
 179     {
 180       throw new Error(
 181               "Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set");
 182     }
 183     if (filename == null)
 184     {
 185       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 186               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 187               { "wsparams" }, new String[]
 188               { "Web Service Parameter File" },
 189               "Web Service Parameter File");
 190       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 191       chooser.setDialogTitle("Choose a filename for this parameter file");
 192       chooser.setToolTipText("Save");
 193       int value = chooser.showSaveDialog(Desktop.instance);
 194       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 195       {
 196         outfile = chooser.getSelectedFile();
 197         jalview.bin.Cache
 198                 .setProperty("LAST_DIRECTORY", outfile.getParent());
 199         filename = outfile.getAbsolutePath();
 200         if (!filename.endsWith(".wsparams"))
 201         {
 202           filename = filename.concat(".wsparams");
 203           outfile = new File(filename);
 204         }
 205       }
 206     }
 207     if (outfile != null)
 208     {
 209       String paramFiles = jalview.bin.Cache.getDefault("WS_PARAM_FILES",
 210               filename);
 211       if (paramFiles.indexOf(filename) == -1)
 212       {
 213         if (paramFiles.length() > 0)
 214         {
 215           paramFiles = paramFiles.concat("|");
 216         }
 217         paramFiles = paramFiles.concat(filename);
 218       }
 219       jalview.bin.Cache.setProperty("WS_PARAM_FILES", paramFiles);
 220
 221       jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet paramxml = new jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet();
 222
 223       paramxml.setName(parameterSet.getName());
 224       paramxml.setDescription(parameterSet.getDescription());
 225       paramxml.setServiceURL(parameterSet.getApplicableUrls().clone());
 226       paramxml.setVersion("1.0");
 227       try
 228       {
 229         paramxml.setParameters(parser
 230                 .generateServiceParameterFile(parameterSet));
 231         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 232                 new FileOutputStream(outfile), "UTF-8"));
 233         paramxml.marshal(out);
 234         out.close();
 235         parameterSet.setSourceFile(filename);
 236       } catch (Exception e)
 237       {
 238         Cache.log.error("Couldn't write parameter file to " + outfile, e);
 239       }
 240     }
 241   }
 242
 243   /*
 244    *
 245    * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 246    * .getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jc" }, new String[] {
 247    * "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours"); chooser.setFileView(new
 248    * jalview.io.JalviewFileView());
 249    * chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");
 250    * chooser.setToolTipText("Load");
 251    *
 252    * int value = chooser.showOpenDialog(this);
 253    *
 254    * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { File choice =
 255    * chooser.getSelectedFile(); jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 256    * choice.getParent()); String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 257    * "USER_DEFINED_COLOURS", choice.getPath()); if
 258    * (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1) { defaultColours =
 259    * defaultColours.concat("|") .concat(choice.getPath()); } (non-Javadoc)
 260    *
 261    * @see
 262    * jalview.ws.params.ParamManager#deleteParameterSet(jalview.ws.params.WsParamSetI
 263    * )
 264    */
 265   @Override
 266   public void deleteParameterSet(WsParamSetI parameterSet)
 267   {
 268     String filename = parameterSet.getSourceFile();
 269     if (filename == null || filename.trim().length() < 1)
 270     {
 271       return;
 272     }
 273     String paramFiles = jalview.bin.Cache.getDefault("WS_PARAM_FILES", "");
 274     if (paramFiles.indexOf(filename) > -1)
 275     {
 276       String nparamFiles = new String();
 277       StringTokenizer st = new StringTokenizer(paramFiles, "|");
 278       while (st.hasMoreElements())
 279       {
 280         String fl = st.nextToken();
 281         if (!fl.equals(filename))
 282         {
 283           nparamFiles = nparamFiles.concat("|").concat(fl);
 284         }
 285       }
 286       jalview.bin.Cache.setProperty("WS_PARAM_FILES", nparamFiles);
 287     }
 288
 289     try
 290     {
 291       File pfile = new File(filename);
 292       if (pfile.exists() && pfile.canWrite())
 293       {
 294         if (JOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.instance,
 295                 "Delete the preset's file, too ?", "Delete User Preset ?",
 296                 JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION) == JOptionPane.OK_OPTION)
 297         {
 298           pfile.delete();
 299         }
 300       }
 301     } catch (Exception e)
 302     {
 303       Cache.log
 304               .error("Exception when trying to delete webservice user preset: ",
 305                       e);
 306     }
 307   }
 308
 309   @Override
 310   public void registerParser(String hosturl, ParamDatastoreI paramdataStore)
 311   {
 312     paramparsers.put(hosturl, paramdataStore);
 313   }
 314
 315 }