src/jalview/gui/WsParamSetManager.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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   4  *
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  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.FileOutputStream;
  25 import java.io.IOException;
  26 import java.io.InputStreamReader;
  27 import java.io.OutputStreamWriter;
  28 import java.io.PrintWriter;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.Hashtable;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.StringTokenizer;
  33
  34 import javax.swing.JOptionPane;
  35
  36 import jalview.bin.Cache;
  37 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  40 import jalview.ws.params.ParamManager;
  41 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  42
  43 /**
  44  * store and retrieve web service parameter sets.
  45  *
  46  * @author JimP
  47  *
  48  */
  49 public class WsParamSetManager implements ParamManager
  50 {
  51   Hashtable<String, ParamDatastoreI> paramparsers = new Hashtable<String, ParamDatastoreI>();
  52
  53   @Override
  54   public WsParamSetI[] getParameterSet(String name, String serviceUrl,
  55           boolean modifiable, boolean unmodifiable)
  56   {
  57     String files = Cache.getProperty("WS_PARAM_FILES");
  58     if (files == null)
  59     {
  60       return null;
  61     }
  62     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
  63     String pfile = null;
  64     ArrayList<WsParamSetI> params = new ArrayList<WsParamSetI>();
  65     while (st.hasMoreTokens())
  66     {
  67       pfile = st.nextToken();
  68       try
  69       {
  70         WsParamSetI[] pset = parseParamFile(pfile);
  71         for (WsParamSetI p : pset)
  72         {
  73           boolean add = false;
  74           if (serviceUrl != null)
  75           {
  76             for (String url : p.getApplicableUrls())
  77             {
  78               if (url.equals(serviceUrl))
  79               {
  80                 add = true;
  81               }
  82             }
  83           }
  84           else
  85           {
  86             add = true;
  87           }
  88           add &= (modifiable == p.isModifiable() || unmodifiable == !p
  89                   .isModifiable());
  90           add &= name == null || p.getName().equals(name);
  91
  92           if (add)
  93           {
  94
  95             params.add(p);
  96           }
  97
  98         }
  99       } catch (IOException e)
 100       {
 101         Cache.log
 102                 .info("Failed to parse parameter file "
 103                         + pfile
 104                         + " (Check that all JALVIEW_WSPARAMFILES entries are valid!)",
 105                         e);
 106       }
 107     }
 108     return params.toArray(new WsParamSetI[0]);
 109   }
 110
 111   private WsParamSetI[] parseParamFile(String filename) throws IOException
 112   {
 113     List<WsParamSetI> psets = new ArrayList<WsParamSetI>();
 114     InputStreamReader is = new InputStreamReader(
 115             new java.io.FileInputStream(new File(filename)), "UTF-8");
 116
 117     jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet wspset = new jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet();
 118
 119     org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(
 120             wspset);
 121     unmar.setWhitespacePreserve(true);
 122     try
 123     {
 124       wspset = (jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet) unmar
 125               .unmarshal(is);
 126     } catch (Exception ex)
 127     {
 128       throw new IOException(ex);
 129     }
 130     if (wspset != null && wspset.getParameters().length() > 0)
 131     {
 132       for (String url : wspset.getServiceURL())
 133       {
 134         ParamDatastoreI parser = paramparsers.get(url);
 135         if (parser != null)
 136         {
 137           WsParamSetI pset = parser.parseServiceParameterFile(
 138                   wspset.getName(), wspset.getDescription(),
 139                   wspset.getServiceURL(), wspset.getParameters());
 140           if (pset != null)
 141           {
 142             pset.setSourceFile(filename);
 143             psets.add(pset);
 144             break;
 145           }
 146         }
 147       }
 148     }
 149
 150     return psets.toArray(new WsParamSetI[0]);
 151   }
 152
 153   @Override
 154   public void storeParameterSet(WsParamSetI parameterSet)
 155   {
 156     String filename = parameterSet.getSourceFile();
 157     File outfile = null;
 158     try
 159     {
 160       if (filename != null && !((outfile = new File(filename)).canWrite()))
 161       {
 162         Cache.log.info("Can't write to " + filename
 163                 + " - Prompting for new file to write to.");
 164         filename = null;
 165       }
 166     } catch (Exception e)
 167     {
 168       filename = null;
 169     }
 170
 171     ParamDatastoreI parser = null;
 172     for (String urls : parameterSet.getApplicableUrls())
 173     {
 174       if (parser == null)
 175       {
 176         parser = paramparsers.get(urls);
 177       }
 178     }
 179     if (parser == null)
 180     {
 181       throw new Error(
 182               "Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set");
 183     }
 184     if (filename == null)
 185     {
 186       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 187               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 188               { "wsparams" }, new String[]
 189               { "Web Service Parameter File" },
 190               "Web Service Parameter File");
 191       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 192       chooser.setDialogTitle("Choose a filename for this parameter file");
 193       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 194       int value = chooser.showSaveDialog(Desktop.instance);
 195       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 196       {
 197         outfile = chooser.getSelectedFile();
 198         jalview.bin.Cache
 199                 .setProperty("LAST_DIRECTORY", outfile.getParent());
 200         filename = outfile.getAbsolutePath();
 201         if (!filename.endsWith(".wsparams"))
 202         {
 203           filename = filename.concat(".wsparams");
 204           outfile = new File(filename);
 205         }
 206       }
 207     }
 208     if (outfile != null)
 209     {
 210       String paramFiles = jalview.bin.Cache.getDefault("WS_PARAM_FILES",
 211               filename);
 212       if (paramFiles.indexOf(filename) == -1)
 213       {
 214         if (paramFiles.length() > 0)
 215         {
 216           paramFiles = paramFiles.concat("|");
 217         }
 218         paramFiles = paramFiles.concat(filename);
 219       }
 220       jalview.bin.Cache.setProperty("WS_PARAM_FILES", paramFiles);
 221
 222       jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet paramxml = new jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet();
 223
 224       paramxml.setName(parameterSet.getName());
 225       paramxml.setDescription(parameterSet.getDescription());
 226       paramxml.setServiceURL(parameterSet.getApplicableUrls().clone());
 227       paramxml.setVersion("1.0");
 228       try
 229       {
 230         paramxml.setParameters(parser
 231                 .generateServiceParameterFile(parameterSet));
 232         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 233                 new FileOutputStream(outfile), "UTF-8"));
 234         paramxml.marshal(out);
 235         out.close();
 236         parameterSet.setSourceFile(filename);
 237       } catch (Exception e)
 238       {
 239         Cache.log.error("Couldn't write parameter file to " + outfile, e);
 240       }
 241     }
 242   }
 243
 244   /*
 245    *
 246    * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 247    * .getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jc" }, new String[] {
 248    * "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours"); chooser.setFileView(new
 249    * jalview.io.JalviewFileView());
 250    * chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");
 251    * chooser.setToolTipText("Load");
 252    *
 253    * int value = chooser.showOpenDialog(this);
 254    *
 255    * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { File choice =
 256    * chooser.getSelectedFile(); jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 257    * choice.getParent()); String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 258    * "USER_DEFINED_COLOURS", choice.getPath()); if
 259    * (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1) { defaultColours =
 260    * defaultColours.concat("|") .concat(choice.getPath()); } (non-Javadoc)
 261    *
 262    * @see
 263    * jalview.ws.params.ParamManager#deleteParameterSet(jalview.ws.params.WsParamSetI
 264    * )
 265    */
 266   @Override
 267   public void deleteParameterSet(WsParamSetI parameterSet)
 268   {
 269     String filename = parameterSet.getSourceFile();
 270     if (filename == null || filename.trim().length() < 1)
 271     {
 272       return;
 273     }
 274     String paramFiles = jalview.bin.Cache.getDefault("WS_PARAM_FILES", "");
 275     if (paramFiles.indexOf(filename) > -1)
 276     {
 277       String nparamFiles = new String();
 278       StringTokenizer st = new StringTokenizer(paramFiles, "|");
 279       while (st.hasMoreElements())
 280       {
 281         String fl = st.nextToken();
 282         if (!fl.equals(filename))
 283         {
 284           nparamFiles = nparamFiles.concat("|").concat(fl);
 285         }
 286       }
 287       jalview.bin.Cache.setProperty("WS_PARAM_FILES", nparamFiles);
 288     }
 289
 290     try
 291     {
 292       File pfile = new File(filename);
 293       if (pfile.exists() && pfile.canWrite())
 294       {
 295         if (JOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.instance,
 296                 "Delete the preset's file, too ?", "Delete User Preset ?",
 297                 JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION) == JOptionPane.OK_OPTION)
 298         {
 299           pfile.delete();
 300         }
 301       }
 302     } catch (Exception e)
 303     {
 304       Cache.log
 305               .error("Exception when trying to delete webservice user preset: ",
 306                       e);
 307     }
 308   }
 309
 310   @Override
 311   public void registerParser(String hosturl, ParamDatastoreI paramdataStore)
 312   {
 313     paramparsers.put(hosturl, paramdataStore);
 314   }
 315
 316 }