src/jalview/gui/WsPreferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.jbgui.GWsPreferences;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  27 import jalview.ws.rest.RestServiceDescription;
  28
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.Component;
  32 import java.awt.Dimension;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.net.URL;
  36 import java.util.Vector;
  37
  38 import javax.swing.JLabel;
  39 import javax.swing.JOptionPane;
  40 import javax.swing.JPanel;
  41 import javax.swing.JTable;
  42 import javax.swing.JTextField;
  43 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  44 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  45
  46 public class WsPreferences extends GWsPreferences
  47 {
  48
  49   public WsPreferences()
  50   {
  51     super();
  52     initFromPreferences();
  53   }
  54
  55   Vector<String> wsUrls, oldUrls, rsbsUrls, oldRsbsUrls;
  56
  57   private boolean needWsMenuUpdate;
  58
  59   private boolean oldJws1, oldJws2, oldIndexByHost, oldIndexByType,
  60           oldEnfin, oldWsWarning;
  61
  62   private void initFromPreferences()
  63   {
  64
  65     wsUrls = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getServiceUrls();
  66     if (wsUrls != null)
  67     {
  68       oldUrls = new Vector<String>(wsUrls);
  69     }
  70     else
  71     {
  72       oldUrls = null;
  73       wsUrls = new Vector<String>();
  74     }
  75     wsList.setDefaultRenderer(Integer.class, new JabaWSStatusRenderer());
  76     wsList.setAutoResizeMode(JTable.AUTO_RESIZE_ALL_COLUMNS);
  77     updateList();
  78     rsbsUrls = jalview.ws.rest.RestClient.getRsbsDescriptions();
  79     if (rsbsUrls != null)
  80     {
  81       oldRsbsUrls = new Vector<String>(rsbsUrls);
  82     }
  83     else
  84     {
  85       oldRsbsUrls = null;
  86       rsbsUrls = new Vector<String>();
  87     }
  88     updateRsbsList();
  89     enableEnfinServices.setSelected(oldEnfin = Cache.getDefault(
  90             "SHOW_ENFIN_SERVICES", true));
  91     enableEnfinServices.addActionListener(updateAction);
  92     enableJws2Services.setSelected(oldJws2 = Cache.getDefault(
  93             "SHOW_JWS2_SERVICES", true));
  94     enableJws2Services.addActionListener(updateAction);
  95     indexByHost.setSelected(oldIndexByHost = Cache.getDefault(
  96             "WSMENU_BYHOST", false));
  97     indexByHost.addActionListener(updateAction);
  98     indexByType.setSelected(oldIndexByType = Cache.getDefault(
  99             "WSMENU_BYTYPE", false));
 100     indexByType.addActionListener(updateAction);
 101     displayWsWarning.setSelected(oldWsWarning = Cache.getDefault(
 102             "SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true));
 103   }
 104
 105   ActionListener updateAction = new ActionListener()
 106   {
 107
 108     @Override
 109     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 110     {
 111       update++;
 112     }
 113
 114   };
 115
 116   private void updateList()
 117   {
 118     Object tdat[][] = new Object[wsUrls.size()][2];
 119     int r = 0;
 120     for (String url : wsUrls)
 121     {
 122       int status = Jws2Discoverer.getDiscoverer().getServerStatusFor(url);
 123       tdat[r][1] = new Integer(status);
 124       tdat[r++][0] = url;
 125     }
 126
 127     wsList.setModel(new WsUrlTableModel(tdat));
 128     wsList.getColumn(MessageManager.getString("label.status")).setMinWidth(10);
 129   }
 130
 131   private class JabaWSStatusRenderer extends JPanel implements
 132           TableCellRenderer
 133   {
 134     public JabaWSStatusRenderer()
 135     {
 136       setOpaque(true);
 137       setMinimumSize(new Dimension(10, 10));
 138       // setText(" ");
 139
 140     }
 141
 142     /**
 143      * render an Integer reflecting service status as a colour and symbol
 144      */
 145
 146     @Override
 147     public Component getTableCellRendererComponent(JTable arg0,
 148             Object status, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
 149             int column)
 150     {
 151       Color c;
 152       String t = new String("");
 153       switch (((Integer) status).intValue())
 154       {
 155       case 1:
 156         // cb.setSelected(true);
 157         // cb.setBackground(
 158         c = Color.green;
 159         break;
 160       case 0:
 161         // cb.setSelected(true);
 162         // cb.setBackground(
 163         c = Color.lightGray;
 164         break;
 165       case -1:
 166         // cb.setSelected(false);
 167         // cb.setBackground(
 168         c = Color.red;
 169         break;
 170       default:
 171         // cb.setSelected(false);
 172         // cb.setBackground(
 173         c = Color.orange;
 174       }
 175       setBackground(c);
 176       // setText(t);
 177       return this;
 178
 179     }
 180
 181   }
 182
 183   private class WsUrlTableModel extends AbstractTableModel
 184   {
 185
 186     private Object[][] data;
 187     private String[] columnNames = new String[]
 188     { MessageManager.getString("label.service_url"), MessageManager.getString("label.status") };
 189
 190     public WsUrlTableModel(Object[][] tdat)
 191     {
 192       this.data = tdat;
 193     }
 194
 195     @Override
 196     public int getColumnCount()
 197     {
 198       return 2;
 199     }
 200
 201     @Override
 202     public String getColumnName(int column)
 203     {
 204         return columnNames[column];
 205     }
 206
 207     @Override
 208     public int getRowCount()
 209     {
 210       if (data == null)
 211       {
 212         return 0;
 213       }
 214       return data.length;
 215     }
 216
 217     @Override
 218     public java.lang.Class<?> getColumnClass(int columnIndex)
 219     {
 220       return getValueAt(0, columnIndex).getClass();
 221     };
 222
 223     @Override
 224     public Object getValueAt(int rowIndex, int columnIndex)
 225     {
 226       return data[rowIndex][columnIndex];
 227     }
 228
 229   }
 230
 231   private void updateRsbsList()
 232   {
 233     sbrsList.setListData(rsbsUrls);
 234   }
 235
 236   private void updateServiceList()
 237   {
 238     jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.setServiceUrls(wsUrls);
 239   }
 240
 241   private void updateRsbsServiceList()
 242   {
 243     jalview.ws.rest.RestClient.setRsbsServices(rsbsUrls);
 244   }
 245
 246   /*
 247    * (non-Javadoc)
 248    *
 249    * @see
 250    * jalview.jbgui.GWsPreferences#deleteWsUrl_actionPerformed(java.awt.event
 251    * .ActionEvent)
 252    */
 253   @Override
 254   protected void deleteWsUrl_actionPerformed(ActionEvent e)
 255   {
 256     int sel = wsList.getSelectedRow();
 257     if (sel > -1)
 258     {
 259       wsUrls.removeElementAt(sel);
 260       update++;
 261       updateList();
 262     }
 263   }
 264
 265   /*
 266    * (non-Javadoc)
 267    *
 268    * @see jalview.jbgui.GWsPreferences#editWsUrl_actionPerformed(java.awt.event.
 269    * ActionEvent)
 270    */
 271   @Override
 272   protected void editWsUrl_actionPerformed(ActionEvent e)
 273   {
 274     int sel = wsList.getSelectedRow();
 275     if (sel > -1)
 276     {
 277       String url = editUrl(wsUrls.elementAt(sel), MessageManager.getString("label.edit_jabaws_url"));
 278       if (url != null)
 279       {
 280         int present = wsUrls.indexOf(url);
 281         if (present == -1)
 282         {
 283           update++;
 284           wsUrls.setElementAt(url, sel);
 285           updateList();
 286         }
 287         else
 288         {
 289           if (present != sel)
 290           {
 291             wsUrls.removeElementAt(sel);
 292             updateList();
 293           }
 294         }
 295       }
 296     }
 297   }
 298
 299   @Override
 300   protected void newSbrsUrl_actionPerformed(ActionEvent e)
 301   {
 302     RestServiceEditorPane rse = new RestServiceEditorPane();
 303     rse.showDialog(MessageManager.getString("label.add_new_sbrs_service"));
 304     String rservice = rse.getEditedRestService();
 305     if (rservice != null && !rsbsUrls.contains(rservice))
 306     {
 307       rsbsUrls.add(rservice);
 308       update++;
 309       updateRsbsList();
 310     }
 311   }
 312
 313   @Override
 314   protected void editSbrsUrl_actionPerformed(ActionEvent e)
 315   {
 316     int sel = sbrsList.getSelectedIndex();
 317     if (sel > -1)
 318     {
 319       RestServiceEditorPane rse = new RestServiceEditorPane(
 320               new RestServiceDescription(rsbsUrls.elementAt(sel)));
 321       rse.showDialog(MessageManager.getString("label.edit_sbrs_entry"));
 322       String rservice = rse.getEditedRestService();
 323       if (rservice != null)
 324       {
 325         int present = rsbsUrls.indexOf(rservice);
 326         if (present == -1)
 327         {
 328           update++;
 329           rsbsUrls.setElementAt(rservice, sel);
 330           updateRsbsList();
 331         }
 332         else
 333         {
 334           if (present != sel)
 335           {
 336             rsbsUrls.removeElementAt(sel);
 337             update++;
 338             updateRsbsList();
 339           }
 340         }
 341       }
 342     }
 343   }
 344
 345   void updateWsMenuConfig(boolean old)
 346   {
 347     if (old)
 348     {
 349       if (oldUrls != wsUrls
 350               || (wsUrls != null && oldUrls != null && !wsUrls
 351                       .equals(oldUrls)))
 352       {
 353         update++;
 354       }
 355       wsUrls = (oldUrls == null) ? null : new Vector(oldUrls);
 356       if (oldRsbsUrls != rsbsUrls
 357               || (rsbsUrls != null && oldRsbsUrls != null && !oldRsbsUrls
 358                       .equals(rsbsUrls)))
 359       {
 360         update++;
 361       }
 362       oldRsbsUrls = (oldRsbsUrls == null) ? null : new Vector(oldRsbsUrls);
 363     }
 364     else
 365     {
 366
 367     }
 368     Cache.setProperty(
 369             "SHOW_ENFIN_SERVICES",
 370             Boolean.valueOf(
 371                     old ? oldEnfin : enableEnfinServices.isSelected())
 372                     .toString());
 373     Cache.setProperty(
 374             "SHOW_JWS2_SERVICES",
 375             Boolean.valueOf(old ? oldJws2 : enableJws2Services.isSelected())
 376                     .toString());
 377     Cache.setProperty(
 378             "WSMENU_BYHOST",
 379             Boolean.valueOf(old ? oldIndexByHost : indexByHost.isSelected())
 380                     .toString());
 381     Cache.setProperty(
 382             "WSMENU_BYTYPE",
 383             Boolean.valueOf(old ? oldIndexByType : indexByType.isSelected())
 384                     .toString());
 385
 386     Cache.setProperty(
 387             "SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS",
 388             Boolean.valueOf(
 389                     old ? oldWsWarning : displayWsWarning.isSelected())
 390                     .toString());
 391     updateServiceList();
 392     updateRsbsServiceList();
 393   }
 394
 395   /*
 396    * (non-Javadoc)
 397    *
 398    * @see
 399    * jalview.jbgui.GWsPreferences#moveWsUrlDown_actionPerformed(java.awt.event
 400    * .ActionEvent)
 401    */
 402   @Override
 403   protected void moveWsUrlDown_actionPerformed(ActionEvent e)
 404   {
 405     int p = wsList.getSelectedRow();
 406     if (p > -1 && p < wsUrls.size() - 1)
 407     {
 408       String t = wsUrls.get(p + 1);
 409       wsUrls.setElementAt(wsUrls.elementAt(p), p + 1);
 410       wsUrls.setElementAt(t, p);
 411       updateList();
 412       wsList.getSelectionModel().setSelectionInterval(p + 1, p + 1);
 413       update++;
 414     }
 415   }
 416
 417   /*
 418    * (non-Javadoc)
 419    *
 420    * @see
 421    * jalview.jbgui.GWsPreferences#moveWsUrlUp_actionPerformed(java.awt.event
 422    * .ActionEvent)
 423    */
 424   @Override
 425   protected void moveWsUrlUp_actionPerformed(ActionEvent e)
 426   {
 427     int p = wsList.getSelectedRow();
 428     if (p > 0)
 429     {
 430       String t = wsUrls.get(p - 1);
 431       wsUrls.setElementAt(wsUrls.elementAt(p), p - 1);
 432       wsUrls.setElementAt(t, p);
 433       updateList();
 434       wsList.getSelectionModel().setSelectionInterval(p - 1, p - 1);
 435       update++;
 436     }
 437   }
 438
 439   private String editUrl(String initUrl, String title)
 440   {
 441     String url = initUrl;
 442     URL foo = null;
 443     if (url == null)
 444     {
 445       url = "";
 446     }
 447     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);
 448     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 449     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 450     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.url")),
 451             BorderLayout.CENTER);
 452     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);
 453     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);
 454     boolean valid = false;
 455     int resp = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
 456     while (!valid
 457             && (resp = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(
 458                     Desktop.desktop, panel, title,
 459                     JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION)) == JOptionPane.OK_OPTION)
 460     {
 461       try
 462       {
 463         // TODO: do a better job of checking that the url is a valid discovery
 464         // URL for web services.
 465         String tx = urltf.getText().trim();
 466         while (tx.length() > 0 && tx.lastIndexOf('/') == tx.length() - 1)
 467         {
 468           tx = tx.substring(0, tx.length() - 1);
 469         }
 470         foo = new URL(tx);
 471         valid = true;
 472         urltf.setText(tx);
 473       } catch (Exception e)
 474       {
 475         valid = false;
 476         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 477                 MessageManager.getString("label.invalid_url"));
 478       }
 479     }
 480     if (valid && resp == JOptionPane.OK_OPTION)
 481     {
 482       int validate = JOptionPane
 483               .showInternalConfirmDialog(
 484                       Desktop.desktop,
 485                       MessageManager.getString("info.validate_jabaws_server"),
 486                       MessageManager.getString("label.test_server"), JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 487
 488       if (validate == JOptionPane.OK_OPTION)
 489       {
 490         if (jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.testServiceUrl(foo))
 491         {
 492           return foo.toString();
 493         }
 494         else
 495         {
 496           int opt = JOptionPane
 497                   .showInternalOptionDialog(
 498                           Desktop.desktop,
 499                           "The Server  '"
 500                                   + foo.toString()
 501                                   + "' failed validation,\ndo you want to add it anyway? ",
 502                           "Server Validation Failed",
 503                           JOptionPane.YES_NO_OPTION,
 504                           JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE, null, null, null);
 505           if (opt == JOptionPane.YES_OPTION)
 506           {
 507             return foo.toString();
 508           }
 509           else
 510           {
 511             JOptionPane
 512                     .showInternalMessageDialog(
 513                             Desktop.desktop,
 514                             MessageManager
 515                                     .getString("warn.server_didnt_pass_validation"));
 516           }
 517
 518
 519         }
 520       }
 521       else
 522       {
 523         // just return the URL anyway
 524         return foo.toString();
 525       }
 526     }
 527     return initUrl;
 528   }
 529
 530   /*
 531    * (non-Javadoc)
 532    *
 533    * @see jalview.jbgui.GWsPreferences#newWsUrl_actionPerformed(java.awt.event.
 534    * ActionEvent)
 535    */
 536   @Override
 537   protected void newWsUrl_actionPerformed(ActionEvent e)
 538   {
 539     String url = editUrl(null, MessageManager.getString("label.add_jabaws_url"));
 540     if (url != null)
 541     {
 542       if (!wsUrls.contains(url))
 543       {
 544         int selind = wsList.getSelectedRow();
 545         if (selind > -1)
 546         {
 547           wsUrls.insertElementAt(url, selind);
 548         }
 549         else
 550         {
 551           wsUrls.addElement(url);
 552         }
 553         update++;
 554         updateList();
 555       }
 556     }
 557   }
 558
 559   /*
 560    * (non-Javadoc)
 561    *
 562    * @see jalview.jbgui.GWsPreferences#refreshWs_actionPerformed(java.awt.event.
 563    * ActionEvent)
 564    */
 565   @Override
 566   protected void refreshWs_actionPerformed(ActionEvent e)
 567   {
 568     new Thread(new Runnable()
 569     {
 570
 571       public void run()
 572       {
 573         // force a refresh.
 574         lastrefresh = update - 1;
 575         updateWsMenuConfig(false);
 576         refreshWsMenu(true);
 577       }
 578     }).start();
 579
 580   }
 581
 582   /**
 583    * Refresh the web services menus - but only if there has been a change in the
 584    * configuration (indicated by update!=lastrefresh)
 585    *
 586    * @param showProgress
 587    *          show progress in dialog or on desktop
 588    */
 589   protected void refreshWsMenu(boolean showProgress)
 590   {
 591     if (showProgress)
 592     {
 593       new Thread(new Runnable()
 594       {
 595
 596         public void run()
 597         {
 598           progressBar.setVisible(true);
 599           validate();
 600           progressBar.setIndeterminate(true);
 601           if (lastrefresh != update)
 602           {
 603             lastrefresh = update;
 604             Desktop.instance.startServiceDiscovery(true); // wait around for all
 605                                                           // threads to complete
 606             updateList();
 607
 608           }
 609           progressBar.setIndeterminate(false);
 610           progressBar.setVisible(false);
 611           validate();
 612         }
 613       }).start();
 614
 615     }
 616     else
 617     {
 618       new Thread(new Runnable()
 619       {
 620
 621         public void run()
 622         {
 623           long ct = System.currentTimeMillis();
 624           Desktop.instance.setProgressBar(MessageManager.getString("status.refreshing_web_service_menus"),
 625                   ct);
 626           if (lastrefresh != update)
 627           {
 628             lastrefresh = update;
 629             Desktop.instance.startServiceDiscovery(true);
 630             updateList();
 631           }
 632           Desktop.instance.setProgressBar(null, ct);
 633         }
 634
 635       }).start();
 636     }
 637   }
 638
 639   /**
 640    * state counters for ensuring that updates only happen if config has changed.
 641    */
 642   private long update = 0, lastrefresh = 0;
 643
 644   /*
 645    * (non-Javadoc)
 646    *
 647    * @see
 648    * jalview.jbgui.GWsPreferences#resetWs_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 649    * )
 650    */
 651   @Override
 652   protected void resetWs_actionPerformed(ActionEvent e)
 653   {
 654     jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.setServiceUrls(null);
 655     Vector nwsUrls = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getServiceUrls();
 656     if (!wsUrls.equals(nwsUrls))
 657     {
 658       update++;
 659     }
 660     wsUrls = nwsUrls;
 661     updateList();
 662
 663     updateAndRefreshWsMenuConfig(true);
 664   }
 665
 666   protected void ok_ActionPerformed(ActionEvent e)
 667   {
 668     // update everything regardless.
 669     updateAndRefreshWsMenuConfig(false);
 670   }
 671
 672   public void updateAndRefreshWsMenuConfig(
 673           final boolean showProgressInDialog)
 674   {
 675     new Thread(new Runnable()
 676     {
 677
 678       public void run()
 679       {
 680         updateWsMenuConfig(false);
 681         refreshWsMenu(showProgressInDialog);
 682       }
 683     }).start();
 684
 685   }
 686 }