src/jalview/gui/WsPreferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.jbgui.GWsPreferences;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  27 import jalview.ws.rest.RestServiceDescription;
  28
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.Component;
  32 import java.awt.Dimension;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.net.URL;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 import javax.swing.JLabel;
  40 import javax.swing.JOptionPane;
  41 import javax.swing.JPanel;
  42 import javax.swing.JTable;
  43 import javax.swing.JTextField;
  44 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  45 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  46
  47 public class WsPreferences extends GWsPreferences
  48 {
  49
  50   public WsPreferences()
  51   {
  52     super();
  53     initFromPreferences();
  54   }
  55
  56   List<String> wsUrls;
  57
  58   Vector<String> oldUrls, rsbsUrls, oldRsbsUrls;
  59
  60   private boolean needWsMenuUpdate;
  61
  62   private boolean oldJws1, oldJws2, oldIndexByHost, oldIndexByType,
  63           oldEnfin, oldWsWarning;
  64
  65   private void initFromPreferences()
  66   {
  67
  68     wsUrls = Jws2Discoverer.getDiscoverer().getServiceUrls();
  69     if (!wsUrls.isEmpty())
  70     {
  71       oldUrls = new Vector<String>(wsUrls);
  72     }
  73     else
  74     {
  75       oldUrls = null;
  76       wsUrls = new Vector<String>();
  77     }
  78     wsList.setDefaultRenderer(Integer.class, new JabaWSStatusRenderer());
  79     wsList.setAutoResizeMode(JTable.AUTO_RESIZE_ALL_COLUMNS);
  80     updateList();
  81     rsbsUrls = jalview.ws.rest.RestClient.getRsbsDescriptions();
  82     if (rsbsUrls != null)
  83     {
  84       oldRsbsUrls = new Vector<String>(rsbsUrls);
  85     }
  86     else
  87     {
  88       oldRsbsUrls = null;
  89       rsbsUrls = new Vector<String>();
  90     }
  91     updateRsbsList();
  92     enableEnfinServices.setSelected(
  93             oldEnfin = Cache.getDefault("SHOW_ENFIN_SERVICES", true));
  94     enableEnfinServices.addActionListener(updateAction);
  95     enableJws2Services.setSelected(
  96             oldJws2 = Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true));
  97     enableJws2Services.addActionListener(updateAction);
  98     indexByHost.setSelected(
  99             oldIndexByHost = Cache.getDefault("WSMENU_BYHOST", false));
 100     indexByHost.addActionListener(updateAction);
 101     indexByType.setSelected(
 102             oldIndexByType = Cache.getDefault("WSMENU_BYTYPE", false));
 103     indexByType.addActionListener(updateAction);
 104     displayWsWarning.setSelected(oldWsWarning = Cache
 105             .getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true));
 106   }
 107
 108   ActionListener updateAction = new ActionListener()
 109   {
 110
 111     @Override
 112     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 113     {
 114       update++;
 115     }
 116
 117   };
 118
 119   private void updateList()
 120   {
 121     Object tdat[][] = new Object[wsUrls.size()][2];
 122     int r = 0;
 123     for (String url : wsUrls)
 124     {
 125       int status = Jws2Discoverer.getDiscoverer().getServerStatusFor(url);
 126       tdat[r][1] = Integer.valueOf(status);
 127       tdat[r++][0] = url;
 128     }
 129
 130     wsList.setModel(new WsUrlTableModel(tdat));
 131     wsList.getColumn(MessageManager.getString("label.status"))
 132             .setMinWidth(10);
 133   }
 134
 135   private class JabaWSStatusRenderer extends JPanel
 136           implements TableCellRenderer
 137   {
 138     public JabaWSStatusRenderer()
 139     {
 140       setOpaque(true);
 141       setMinimumSize(new Dimension(10, 10));
 142       // setText(" ");
 143
 144     }
 145
 146     /**
 147      * render an Integer reflecting service status as a colour and symbol
 148      */
 149
 150     @Override
 151     public Component getTableCellRendererComponent(JTable arg0,
 152             Object status, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
 153             int column)
 154     {
 155       Color c;
 156       String t = new String("");
 157       switch (((Integer) status).intValue())
 158       {
 159       case 1:
 160         // cb.setSelected(true);
 161         // cb.setBackground(
 162         c = Color.green;
 163         break;
 164       case 0:
 165         // cb.setSelected(true);
 166         // cb.setBackground(
 167         c = Color.lightGray;
 168         break;
 169       case -1:
 170         // cb.setSelected(false);
 171         // cb.setBackground(
 172         c = Color.red;
 173         break;
 174       default:
 175         // cb.setSelected(false);
 176         // cb.setBackground(
 177         c = Color.orange;
 178       }
 179       setBackground(c);
 180       // setText(t);
 181       return this;
 182
 183     }
 184
 185   }
 186
 187   private class WsUrlTableModel extends AbstractTableModel
 188   {
 189
 190     private Object[][] data;
 191
 192     private String[] columnNames = new String[] {
 193         MessageManager.getString("label.service_url"),
 194         MessageManager.getString("label.status") };
 195
 196     public WsUrlTableModel(Object[][] tdat)
 197     {
 198       this.data = tdat;
 199     }
 200
 201     @Override
 202     public int getColumnCount()
 203     {
 204       return 2;
 205     }
 206
 207     @Override
 208     public String getColumnName(int column)
 209     {
 210       return columnNames[column];
 211     }
 212
 213     @Override
 214     public int getRowCount()
 215     {
 216       if (data == null)
 217       {
 218         return 0;
 219       }
 220       return data.length;
 221     }
 222
 223     @Override
 224     public java.lang.Class<?> getColumnClass(int columnIndex)
 225     {
 226       return getValueAt(0, columnIndex).getClass();
 227     };
 228
 229     @Override
 230     public Object getValueAt(int rowIndex, int columnIndex)
 231     {
 232       return data[rowIndex][columnIndex];
 233     }
 234
 235   }
 236
 237   private void updateRsbsList()
 238   {
 239     sbrsList.setListData(rsbsUrls);
 240   }
 241
 242   private void updateServiceList()
 243   {
 244     Jws2Discoverer.getDiscoverer().setServiceUrls(wsUrls);
 245   }
 246
 247   private void updateRsbsServiceList()
 248   {
 249     jalview.ws.rest.RestClient.setRsbsServices(rsbsUrls);
 250   }
 251
 252   /*
 253    * (non-Javadoc)
 254    *
 255    * @see
 256    * jalview.jbgui.GWsPreferences#deleteWsUrl_actionPerformed(java.awt.event
 257    * .ActionEvent)
 258    */
 259   @Override
 260   protected void deleteWsUrl_actionPerformed(ActionEvent e)
 261   {
 262     int sel = wsList.getSelectedRow();
 263     if (sel > -1)
 264     {
 265       wsUrls.remove(sel);
 266       update++;
 267       updateList();
 268     }
 269   }
 270
 271   /*
 272    * (non-Javadoc)
 273    *
 274    * @see jalview.jbgui.GWsPreferences#editWsUrl_actionPerformed(java.awt.event.
 275    * ActionEvent)
 276    */
 277   @Override
 278   protected void editWsUrl_actionPerformed(ActionEvent e)
 279   {
 280     int sel = wsList.getSelectedRow();
 281     if (sel > -1)
 282     {
 283       String url = editUrl(wsUrls.get(sel),
 284               MessageManager.getString("label.edit_jabaws_url"));
 285       if (url != null)
 286       {
 287         int present = wsUrls.indexOf(url);
 288         if (present == -1)
 289         {
 290           update++;
 291           wsUrls.set(sel, url);
 292           updateList();
 293         }
 294         else
 295         {
 296           if (present != sel)
 297           {
 298             wsUrls.remove(sel);
 299             updateList();
 300           }
 301         }
 302       }
 303     }
 304   }
 305
 306   @Override
 307   protected void newSbrsUrl_actionPerformed(ActionEvent e)
 308   {
 309     RestServiceEditorPane rse = new RestServiceEditorPane();
 310     rse.showDialog(MessageManager.getString("label.add_new_sbrs_service"));
 311     String rservice = rse.getEditedRestService();
 312     if (rservice != null && !rsbsUrls.contains(rservice))
 313     {
 314       rsbsUrls.add(rservice);
 315       update++;
 316       updateRsbsList();
 317     }
 318   }
 319
 320   @Override
 321   protected void editSbrsUrl_actionPerformed(ActionEvent e)
 322   {
 323     int sel = sbrsList.getSelectedIndex();
 324     if (sel > -1)
 325     {
 326       RestServiceEditorPane rse = new RestServiceEditorPane(
 327               new RestServiceDescription(rsbsUrls.elementAt(sel)));
 328       rse.showDialog(MessageManager.getString("label.edit_sbrs_entry"));
 329       String rservice = rse.getEditedRestService();
 330       if (rservice != null)
 331       {
 332         int present = rsbsUrls.indexOf(rservice);
 333         if (present == -1)
 334         {
 335           update++;
 336           rsbsUrls.setElementAt(rservice, sel);
 337           updateRsbsList();
 338         }
 339         else
 340         {
 341           if (present != sel)
 342           {
 343             rsbsUrls.removeElementAt(sel);
 344             update++;
 345             updateRsbsList();
 346           }
 347         }
 348       }
 349     }
 350   }
 351
 352   void updateWsMenuConfig(boolean old)
 353   {
 354     if (old)
 355     {
 356       if (oldUrls != wsUrls || (wsUrls != null && oldUrls != null
 357               && !wsUrls.equals(oldUrls)))
 358       {
 359         update++;
 360       }
 361       wsUrls = (oldUrls == null) ? null : new Vector(oldUrls);
 362       if (oldRsbsUrls != rsbsUrls || (rsbsUrls != null
 363               && oldRsbsUrls != null && !oldRsbsUrls.equals(rsbsUrls)))
 364       {
 365         update++;
 366       }
 367       oldRsbsUrls = (oldRsbsUrls == null) ? null : new Vector(oldRsbsUrls);
 368     }
 369     else
 370     {
 371
 372     }
 373     Cache.setProperty("SHOW_ENFIN_SERVICES",
 374             Boolean.valueOf(
 375                     old ? oldEnfin : enableEnfinServices.isSelected())
 376                     .toString());
 377     Cache.setProperty("SHOW_JWS2_SERVICES",
 378             Boolean.valueOf(old ? oldJws2 : enableJws2Services.isSelected())
 379                     .toString());
 380     Cache.setProperty("WSMENU_BYHOST",
 381             Boolean.valueOf(old ? oldIndexByHost : indexByHost.isSelected())
 382                     .toString());
 383     Cache.setProperty("WSMENU_BYTYPE",
 384             Boolean.valueOf(old ? oldIndexByType : indexByType.isSelected())
 385                     .toString());
 386
 387     Cache.setProperty("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS",
 388             Boolean.valueOf(
 389                     old ? oldWsWarning : displayWsWarning.isSelected())
 390                     .toString());
 391     updateServiceList();
 392     updateRsbsServiceList();
 393   }
 394
 395   /*
 396    * (non-Javadoc)
 397    *
 398    * @see
 399    * jalview.jbgui.GWsPreferences#moveWsUrlDown_actionPerformed(java.awt.event
 400    * .ActionEvent)
 401    */
 402   @Override
 403   protected void moveWsUrlDown_actionPerformed(ActionEvent e)
 404   {
 405     int p = wsList.getSelectedRow();
 406     if (p > -1 && p < wsUrls.size() - 1)
 407     {
 408       String t = wsUrls.get(p + 1);
 409       wsUrls.set(p + 1, wsUrls.get(p));
 410       wsUrls.set(p, t);
 411       updateList();
 412       wsList.getSelectionModel().setSelectionInterval(p + 1, p + 1);
 413       update++;
 414     }
 415   }
 416
 417   /*
 418    * (non-Javadoc)
 419    *
 420    * @see
 421    * jalview.jbgui.GWsPreferences#moveWsUrlUp_actionPerformed(java.awt.event
 422    * .ActionEvent)
 423    */
 424   @Override
 425   protected void moveWsUrlUp_actionPerformed(ActionEvent e)
 426   {
 427     int p = wsList.getSelectedRow();
 428     if (p > 0)
 429     {
 430       String t = wsUrls.get(p - 1);
 431       wsUrls.set(p - 1, wsUrls.get(p));
 432       wsUrls.set(p, t);
 433       updateList();
 434       wsList.getSelectionModel().setSelectionInterval(p - 1, p - 1);
 435       update++;
 436     }
 437   }
 438
 439   private String editUrl(String initUrl, String title)
 440   {
 441     String url = initUrl;
 442     URL foo = null;
 443     if (url == null)
 444     {
 445       url = "";
 446     }
 447     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);
 448     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 449     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 450     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.url:")),
 451             BorderLayout.CENTER);
 452     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);
 453     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);
 454     boolean valid = false;
 455     int resp = JvOptionPane.CANCEL_OPTION;
 456     while (!valid && (resp = JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(
 457             Desktop.desktop, panel, title,
 458             JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION)) == JvOptionPane.OK_OPTION)
 459     {
 460       try
 461       {
 462         // TODO: do a better job of checking that the url is a valid discovery
 463         // URL for web services.
 464         String tx = urltf.getText().trim();
 465         while (tx.length() > 0 && tx.lastIndexOf('/') == tx.length() - 1)
 466         {
 467           tx = tx.substring(0, tx.length() - 1);
 468         }
 469         foo = new URL(tx);
 470         valid = true;
 471         urltf.setText(tx);
 472       } catch (Exception e)
 473       {
 474         valid = false;
 475         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 476                 MessageManager.getString("label.invalid_url"));
 477       }
 478     }
 479     if (valid && resp == JvOptionPane.OK_OPTION)
 480     {
 481       int validate = JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 482               MessageManager.getString("info.validate_jabaws_server"),
 483               MessageManager.getString("label.test_server"),
 484               JvOptionPane.YES_NO_OPTION);
 485
 486       if (validate == JvOptionPane.OK_OPTION)
 487       {
 488         if (Jws2Discoverer.testServiceUrl(foo))
 489         {
 490           return foo.toString();
 491         }
 492         else
 493         {
 494           int opt = JvOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,
 495                   "The Server  '" + foo.toString()
 496                           + "' failed validation,\ndo you want to add it anyway? ",
 497                   "Server Validation Failed", JvOptionPane.YES_NO_OPTION,
 498                   JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE, null, null, null);
 499           if (opt == JvOptionPane.YES_OPTION)
 500           {
 501             return foo.toString();
 502           }
 503           else
 504           {
 505             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 506                     MessageManager.getString(
 507                             "warn.server_didnt_pass_validation"));
 508           }
 509
 510         }
 511       }
 512       else
 513       {
 514         // just return the URL anyway
 515         return foo.toString();
 516       }
 517     }
 518     return initUrl;
 519   }
 520
 521   /*
 522    * (non-Javadoc)
 523    *
 524    * @see jalview.jbgui.GWsPreferences#newWsUrl_actionPerformed(java.awt.event.
 525    * ActionEvent)
 526    */
 527   @Override
 528   protected void newWsUrl_actionPerformed(ActionEvent e)
 529   {
 530     String url = editUrl(null,
 531             MessageManager.getString("label.add_jabaws_url"));
 532     if (url != null)
 533     {
 534       if (!wsUrls.contains(url))
 535       {
 536         int selind = wsList.getSelectedRow();
 537         if (selind > -1)
 538         {
 539           wsUrls.add(selind, url);
 540         }
 541         else
 542         {
 543           wsUrls.add(url);
 544         }
 545         update++;
 546         updateList();
 547       }
 548     }
 549   }
 550
 551   /*
 552    * (non-Javadoc)
 553    *
 554    * @see jalview.jbgui.GWsPreferences#refreshWs_actionPerformed(java.awt.event.
 555    * ActionEvent)
 556    */
 557   @Override
 558   protected void refreshWs_actionPerformed(ActionEvent e)
 559   {
 560     new Thread(new Runnable()
 561     {
 562
 563       @Override
 564       public void run()
 565       {
 566         // force a refresh.
 567         lastrefresh = update - 1;
 568         updateWsMenuConfig(false);
 569         refreshWsMenu(true);
 570       }
 571     }).start();
 572
 573   }
 574
 575   /**
 576    * Refresh the web services menus - but only if there has been a change in the
 577    * configuration (indicated by update!=lastrefresh)
 578    *
 579    * @param showProgress
 580    *          show progress in dialog or on desktop
 581    */
 582   protected void refreshWsMenu(boolean showProgress)
 583   {
 584     if (showProgress)
 585     {
 586       new Thread(new Runnable()
 587       {
 588
 589         @Override
 590         public void run()
 591         {
 592           progressBar.setVisible(true);
 593           validate();
 594           progressBar.setIndeterminate(true);
 595           if (lastrefresh != update)
 596           {
 597             lastrefresh = update;
 598             Desktop.instance.startServiceDiscovery(true); // wait around for all
 599                                                           // threads to complete
 600             updateList();
 601
 602           }
 603           progressBar.setIndeterminate(false);
 604           progressBar.setVisible(false);
 605           validate();
 606         }
 607       }).start();
 608
 609     }
 610     else
 611     {
 612       new Thread(new Runnable()
 613       {
 614
 615         @Override
 616         public void run()
 617         {
 618           long ct = System.currentTimeMillis();
 619           Desktop.instance.setProgressBar(MessageManager
 620                   .getString("status.refreshing_web_service_menus"), ct);
 621           if (lastrefresh != update)
 622           {
 623             lastrefresh = update;
 624             Desktop.instance.startServiceDiscovery(true);
 625             updateList();
 626           }
 627           Desktop.instance.setProgressBar(null, ct);
 628         }
 629
 630       }).start();
 631     }
 632   }
 633
 634   /**
 635    * state counters for ensuring that updates only happen if config has changed.
 636    */
 637   private long update = 0, lastrefresh = 0;
 638
 639   /*
 640    * (non-Javadoc)
 641    *
 642    * @see
 643    * jalview.jbgui.GWsPreferences#resetWs_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 644    * )
 645    */
 646   @Override
 647   protected void resetWs_actionPerformed(ActionEvent e)
 648   {
 649     Jws2Discoverer.getDiscoverer().setServiceUrls(null);
 650     List<String> nwsUrls = Jws2Discoverer.getDiscoverer().getServiceUrls();
 651     if (!wsUrls.equals(nwsUrls))
 652     {
 653       update++;
 654     }
 655     wsUrls = nwsUrls;
 656     updateList();
 657
 658     updateAndRefreshWsMenuConfig(true);
 659   }
 660
 661   protected void ok_ActionPerformed(ActionEvent e)
 662   {
 663     // update everything regardless.
 664     updateAndRefreshWsMenuConfig(false);
 665   }
 666
 667   public void updateAndRefreshWsMenuConfig(
 668           final boolean showProgressInDialog)
 669   {
 670     new Thread(new Runnable()
 671     {
 672
 673       @Override
 674       public void run()
 675       {
 676         updateWsMenuConfig(false);
 677         refreshWsMenu(showProgressInDialog);
 678       }
 679     }).start();
 680
 681   }
 682 }