src/jalview/gui/WsPreferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.jbgui.GWsPreferences;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  27 import jalview.ws.rest.RestServiceDescription;
  28
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.Component;
  32 import java.awt.Dimension;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.net.URL;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 import javax.swing.JLabel;
  40 import javax.swing.JOptionPane;
  41 import javax.swing.JPanel;
  42 import javax.swing.JTable;
  43 import javax.swing.JTextField;
  44 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  45 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  46
  47 public class WsPreferences extends GWsPreferences
  48 {
  49
  50   public WsPreferences()
  51   {
  52     super();
  53     initFromPreferences();
  54   }
  55
  56   List<String> wsUrls;
  57
  58   Vector<String> oldUrls, rsbsUrls, oldRsbsUrls;
  59
  60   private boolean needWsMenuUpdate;
  61
  62   private boolean oldJws1, oldJws2, oldIndexByHost, oldIndexByType,
  63           oldEnfin, oldWsWarning;
  64
  65   private void initFromPreferences()
  66   {
  67
  68     wsUrls = Jws2Discoverer.getDiscoverer().getServiceUrls();
  69     if (!wsUrls.isEmpty())
  70     {
  71       oldUrls = new Vector<String>(wsUrls);
  72     }
  73     else
  74     {
  75       oldUrls = null;
  76       wsUrls = new Vector<String>();
  77     }
  78     wsList.setDefaultRenderer(Integer.class, new JabaWSStatusRenderer());
  79     wsList.setAutoResizeMode(JTable.AUTO_RESIZE_ALL_COLUMNS);
  80     updateList();
  81     rsbsUrls = jalview.ws.rest.RestClient.getRsbsDescriptions();
  82     if (rsbsUrls != null)
  83     {
  84       oldRsbsUrls = new Vector<String>(rsbsUrls);
  85     }
  86     else
  87     {
  88       oldRsbsUrls = null;
  89       rsbsUrls = new Vector<String>();
  90     }
  91     updateRsbsList();
  92     enableEnfinServices.setSelected(oldEnfin = Cache.getDefault(
  93             "SHOW_ENFIN_SERVICES", true));
  94     enableEnfinServices.addActionListener(updateAction);
  95     enableJws2Services.setSelected(oldJws2 = Cache.getDefault(
  96             "SHOW_JWS2_SERVICES", true));
  97     enableJws2Services.addActionListener(updateAction);
  98     indexByHost.setSelected(oldIndexByHost = Cache.getDefault(
  99             "WSMENU_BYHOST", false));
 100     indexByHost.addActionListener(updateAction);
 101     indexByType.setSelected(oldIndexByType = Cache.getDefault(
 102             "WSMENU_BYTYPE", false));
 103     indexByType.addActionListener(updateAction);
 104     displayWsWarning.setSelected(oldWsWarning = Cache.getDefault(
 105             "SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true));
 106   }
 107
 108   ActionListener updateAction = new ActionListener()
 109   {
 110
 111     @Override
 112     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 113     {
 114       update++;
 115     }
 116
 117   };
 118
 119   private void updateList()
 120   {
 121     Object tdat[][] = new Object[wsUrls.size()][2];
 122     int r = 0;
 123     for (String url : wsUrls)
 124     {
 125       int status = Jws2Discoverer.getDiscoverer().getServerStatusFor(url);
 126       tdat[r][1] = new Integer(status);
 127       tdat[r++][0] = url;
 128     }
 129
 130     wsList.setModel(new WsUrlTableModel(tdat));
 131     wsList.getColumn(MessageManager.getString("label.status")).setMinWidth(
 132             10);
 133   }
 134
 135   private class JabaWSStatusRenderer extends JPanel implements
 136           TableCellRenderer
 137   {
 138     public JabaWSStatusRenderer()
 139     {
 140       setOpaque(true);
 141       setMinimumSize(new Dimension(10, 10));
 142       // setText(" ");
 143
 144     }
 145
 146     /**
 147      * render an Integer reflecting service status as a colour and symbol
 148      */
 149
 150     @Override
 151     public Component getTableCellRendererComponent(JTable arg0,
 152             Object status, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
 153             int column)
 154     {
 155       Color c;
 156       String t = new String("");
 157       switch (((Integer) status).intValue())
 158       {
 159       case 1:
 160         // cb.setSelected(true);
 161         // cb.setBackground(
 162         c = Color.green;
 163         break;
 164       case 0:
 165         // cb.setSelected(true);
 166         // cb.setBackground(
 167         c = Color.lightGray;
 168         break;
 169       case -1:
 170         // cb.setSelected(false);
 171         // cb.setBackground(
 172         c = Color.red;
 173         break;
 174       default:
 175         // cb.setSelected(false);
 176         // cb.setBackground(
 177         c = Color.orange;
 178       }
 179       setBackground(c);
 180       // setText(t);
 181       return this;
 182
 183     }
 184
 185   }
 186
 187   private class WsUrlTableModel extends AbstractTableModel
 188   {
 189
 190     private Object[][] data;
 191
 192     private String[] columnNames = new String[] {
 193         MessageManager.getString("label.service_url"),
 194         MessageManager.getString("label.status") };
 195
 196     public WsUrlTableModel(Object[][] tdat)
 197     {
 198       this.data = tdat;
 199     }
 200
 201     @Override
 202     public int getColumnCount()
 203     {
 204       return 2;
 205     }
 206
 207     @Override
 208     public String getColumnName(int column)
 209     {
 210       return columnNames[column];
 211     }
 212
 213     @Override
 214     public int getRowCount()
 215     {
 216       if (data == null)
 217       {
 218         return 0;
 219       }
 220       return data.length;
 221     }
 222
 223     @Override
 224     public java.lang.Class<?> getColumnClass(int columnIndex)
 225     {
 226       return getValueAt(0, columnIndex).getClass();
 227     };
 228
 229     @Override
 230     public Object getValueAt(int rowIndex, int columnIndex)
 231     {
 232       return data[rowIndex][columnIndex];
 233     }
 234
 235   }
 236
 237   private void updateRsbsList()
 238   {
 239     sbrsList.setListData(rsbsUrls);
 240   }
 241
 242   private void updateServiceList()
 243   {
 244     Jws2Discoverer.getDiscoverer().setServiceUrls(wsUrls);
 245   }
 246
 247   private void updateRsbsServiceList()
 248   {
 249     jalview.ws.rest.RestClient.setRsbsServices(rsbsUrls);
 250   }
 251
 252   /*
 253    * (non-Javadoc)
 254    *
 255    * @see
 256    * jalview.jbgui.GWsPreferences#deleteWsUrl_actionPerformed(java.awt.event
 257    * .ActionEvent)
 258    */
 259   @Override
 260   protected void deleteWsUrl_actionPerformed(ActionEvent e)
 261   {
 262     int sel = wsList.getSelectedRow();
 263     if (sel > -1)
 264     {
 265       wsUrls.remove(sel);
 266       update++;
 267       updateList();
 268     }
 269   }
 270
 271   /*
 272    * (non-Javadoc)
 273    *
 274    * @see jalview.jbgui.GWsPreferences#editWsUrl_actionPerformed(java.awt.event.
 275    * ActionEvent)
 276    */
 277   @Override
 278   protected void editWsUrl_actionPerformed(ActionEvent e)
 279   {
 280     int sel = wsList.getSelectedRow();
 281     if (sel > -1)
 282     {
 283       String url = editUrl(wsUrls.get(sel),
 284               MessageManager.getString("label.edit_jabaws_url"));
 285       if (url != null)
 286       {
 287         int present = wsUrls.indexOf(url);
 288         if (present == -1)
 289         {
 290           update++;
 291           wsUrls.set(sel, url);
 292           updateList();
 293         }
 294         else
 295         {
 296           if (present != sel)
 297           {
 298             wsUrls.remove(sel);
 299             updateList();
 300           }
 301         }
 302       }
 303     }
 304   }
 305
 306   @Override
 307   protected void newSbrsUrl_actionPerformed(ActionEvent e)
 308   {
 309     RestServiceEditorPane rse = new RestServiceEditorPane();
 310     rse.showDialog(MessageManager.getString("label.add_new_sbrs_service"));
 311     String rservice = rse.getEditedRestService();
 312     if (rservice != null && !rsbsUrls.contains(rservice))
 313     {
 314       rsbsUrls.add(rservice);
 315       update++;
 316       updateRsbsList();
 317     }
 318   }
 319
 320   @Override
 321   protected void editSbrsUrl_actionPerformed(ActionEvent e)
 322   {
 323     int sel = sbrsList.getSelectedIndex();
 324     if (sel > -1)
 325     {
 326       RestServiceEditorPane rse = new RestServiceEditorPane(
 327               new RestServiceDescription(rsbsUrls.elementAt(sel)));
 328       rse.showDialog(MessageManager.getString("label.edit_sbrs_entry"));
 329       String rservice = rse.getEditedRestService();
 330       if (rservice != null)
 331       {
 332         int present = rsbsUrls.indexOf(rservice);
 333         if (present == -1)
 334         {
 335           update++;
 336           rsbsUrls.setElementAt(rservice, sel);
 337           updateRsbsList();
 338         }
 339         else
 340         {
 341           if (present != sel)
 342           {
 343             rsbsUrls.removeElementAt(sel);
 344             update++;
 345             updateRsbsList();
 346           }
 347         }
 348       }
 349     }
 350   }
 351
 352   void updateWsMenuConfig(boolean old)
 353   {
 354     if (old)
 355     {
 356       if (oldUrls != wsUrls
 357               || (wsUrls != null && oldUrls != null && !wsUrls
 358                       .equals(oldUrls)))
 359       {
 360         update++;
 361       }
 362       wsUrls = (oldUrls == null) ? null : new Vector(oldUrls);
 363       if (oldRsbsUrls != rsbsUrls
 364               || (rsbsUrls != null && oldRsbsUrls != null && !oldRsbsUrls
 365                       .equals(rsbsUrls)))
 366       {
 367         update++;
 368       }
 369       oldRsbsUrls = (oldRsbsUrls == null) ? null : new Vector(oldRsbsUrls);
 370     }
 371     else
 372     {
 373
 374     }
 375     Cache.setProperty(
 376             "SHOW_ENFIN_SERVICES",
 377             Boolean.valueOf(
 378                     old ? oldEnfin : enableEnfinServices.isSelected())
 379                     .toString());
 380     Cache.setProperty(
 381             "SHOW_JWS2_SERVICES",
 382             Boolean.valueOf(old ? oldJws2 : enableJws2Services.isSelected())
 383                     .toString());
 384     Cache.setProperty(
 385             "WSMENU_BYHOST",
 386             Boolean.valueOf(old ? oldIndexByHost : indexByHost.isSelected())
 387                     .toString());
 388     Cache.setProperty(
 389             "WSMENU_BYTYPE",
 390             Boolean.valueOf(old ? oldIndexByType : indexByType.isSelected())
 391                     .toString());
 392
 393     Cache.setProperty(
 394             "SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS",
 395             Boolean.valueOf(
 396                     old ? oldWsWarning : displayWsWarning.isSelected())
 397                     .toString());
 398     updateServiceList();
 399     updateRsbsServiceList();
 400   }
 401
 402   /*
 403    * (non-Javadoc)
 404    *
 405    * @see
 406    * jalview.jbgui.GWsPreferences#moveWsUrlDown_actionPerformed(java.awt.event
 407    * .ActionEvent)
 408    */
 409   @Override
 410   protected void moveWsUrlDown_actionPerformed(ActionEvent e)
 411   {
 412     int p = wsList.getSelectedRow();
 413     if (p > -1 && p < wsUrls.size() - 1)
 414     {
 415       String t = wsUrls.get(p + 1);
 416       wsUrls.set(p + 1, wsUrls.get(p));
 417       wsUrls.set(p, t);
 418       updateList();
 419       wsList.getSelectionModel().setSelectionInterval(p + 1, p + 1);
 420       update++;
 421     }
 422   }
 423
 424   /*
 425    * (non-Javadoc)
 426    *
 427    * @see
 428    * jalview.jbgui.GWsPreferences#moveWsUrlUp_actionPerformed(java.awt.event
 429    * .ActionEvent)
 430    */
 431   @Override
 432   protected void moveWsUrlUp_actionPerformed(ActionEvent e)
 433   {
 434     int p = wsList.getSelectedRow();
 435     if (p > 0)
 436     {
 437       String t = wsUrls.get(p - 1);
 438       wsUrls.set(p - 1, wsUrls.get(p));
 439       wsUrls.set(p, t);
 440       updateList();
 441       wsList.getSelectionModel().setSelectionInterval(p - 1, p - 1);
 442       update++;
 443     }
 444   }
 445
 446   private String editUrl(String initUrl, String title)
 447   {
 448     String url = initUrl;
 449     URL foo = null;
 450     if (url == null)
 451     {
 452       url = "";
 453     }
 454     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);
 455     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 456     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 457     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.url")),
 458             BorderLayout.CENTER);
 459     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);
 460     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);
 461     boolean valid = false;
 462     int resp = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
 463     while (!valid
 464             && (resp = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(
 465                     Desktop.desktop, panel, title,
 466                     JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION)) == JOptionPane.OK_OPTION)
 467     {
 468       try
 469       {
 470         // TODO: do a better job of checking that the url is a valid discovery
 471         // URL for web services.
 472         String tx = urltf.getText().trim();
 473         while (tx.length() > 0 && tx.lastIndexOf('/') == tx.length() - 1)
 474         {
 475           tx = tx.substring(0, tx.length() - 1);
 476         }
 477         foo = new URL(tx);
 478         valid = true;
 479         urltf.setText(tx);
 480       } catch (Exception e)
 481       {
 482         valid = false;
 483         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 484                 MessageManager.getString("label.invalid_url"));
 485       }
 486     }
 487     if (valid && resp == JOptionPane.OK_OPTION)
 488     {
 489       int validate = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 490               MessageManager.getString("info.validate_jabaws_server"),
 491               MessageManager.getString("label.test_server"),
 492               JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 493
 494       if (validate == JOptionPane.OK_OPTION)
 495       {
 496         if (Jws2Discoverer.testServiceUrl(foo))
 497         {
 498           return foo.toString();
 499         }
 500         else
 501         {
 502           int opt = JOptionPane
 503                   .showInternalOptionDialog(
 504                           Desktop.desktop,
 505                           "The Server  '"
 506                                   + foo.toString()
 507                                   + "' failed validation,\ndo you want to add it anyway? ",
 508                           "Server Validation Failed",
 509                           JOptionPane.YES_NO_OPTION,
 510                           JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE, null, null, null);
 511           if (opt == JOptionPane.YES_OPTION)
 512           {
 513             return foo.toString();
 514           }
 515           else
 516           {
 517             JOptionPane
 518                     .showInternalMessageDialog(
 519                             Desktop.desktop,
 520                             MessageManager
 521                                     .getString("warn.server_didnt_pass_validation"));
 522           }
 523
 524         }
 525       }
 526       else
 527       {
 528         // just return the URL anyway
 529         return foo.toString();
 530       }
 531     }
 532     return initUrl;
 533   }
 534
 535   /*
 536    * (non-Javadoc)
 537    *
 538    * @see jalview.jbgui.GWsPreferences#newWsUrl_actionPerformed(java.awt.event.
 539    * ActionEvent)
 540    */
 541   @Override
 542   protected void newWsUrl_actionPerformed(ActionEvent e)
 543   {
 544     String url = editUrl(null,
 545             MessageManager.getString("label.add_jabaws_url"));
 546     if (url != null)
 547     {
 548       if (!wsUrls.contains(url))
 549       {
 550         int selind = wsList.getSelectedRow();
 551         if (selind > -1)
 552         {
 553           wsUrls.add(selind, url);
 554         }
 555         else
 556         {
 557           wsUrls.add(url);
 558         }
 559         update++;
 560         updateList();
 561       }
 562     }
 563   }
 564
 565   /*
 566    * (non-Javadoc)
 567    *
 568    * @see jalview.jbgui.GWsPreferences#refreshWs_actionPerformed(java.awt.event.
 569    * ActionEvent)
 570    */
 571   @Override
 572   protected void refreshWs_actionPerformed(ActionEvent e)
 573   {
 574     new Thread(new Runnable()
 575     {
 576
 577       public void run()
 578       {
 579         // force a refresh.
 580         lastrefresh = update - 1;
 581         updateWsMenuConfig(false);
 582         refreshWsMenu(true);
 583       }
 584     }).start();
 585
 586   }
 587
 588   /**
 589    * Refresh the web services menus - but only if there has been a change in the
 590    * configuration (indicated by update!=lastrefresh)
 591    *
 592    * @param showProgress
 593    *          show progress in dialog or on desktop
 594    */
 595   protected void refreshWsMenu(boolean showProgress)
 596   {
 597     if (showProgress)
 598     {
 599       new Thread(new Runnable()
 600       {
 601
 602         public void run()
 603         {
 604           progressBar.setVisible(true);
 605           validate();
 606           progressBar.setIndeterminate(true);
 607           if (lastrefresh != update)
 608           {
 609             lastrefresh = update;
 610             Desktop.instance.startServiceDiscovery(true); // wait around for all
 611                                                           // threads to complete
 612             updateList();
 613
 614           }
 615           progressBar.setIndeterminate(false);
 616           progressBar.setVisible(false);
 617           validate();
 618         }
 619       }).start();
 620
 621     }
 622     else
 623     {
 624       new Thread(new Runnable()
 625       {
 626
 627         public void run()
 628         {
 629           long ct = System.currentTimeMillis();
 630           Desktop.instance.setProgressBar(MessageManager
 631                   .getString("status.refreshing_web_service_menus"), ct);
 632           if (lastrefresh != update)
 633           {
 634             lastrefresh = update;
 635             Desktop.instance.startServiceDiscovery(true);
 636             updateList();
 637           }
 638           Desktop.instance.setProgressBar(null, ct);
 639         }
 640
 641       }).start();
 642     }
 643   }
 644
 645   /**
 646    * state counters for ensuring that updates only happen if config has changed.
 647    */
 648   private long update = 0, lastrefresh = 0;
 649
 650   /*
 651    * (non-Javadoc)
 652    *
 653    * @see
 654    * jalview.jbgui.GWsPreferences#resetWs_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 655    * )
 656    */
 657   @Override
 658   protected void resetWs_actionPerformed(ActionEvent e)
 659   {
 660     Jws2Discoverer.getDiscoverer().setServiceUrls(null);
 661     List<String> nwsUrls = Jws2Discoverer.getDiscoverer().getServiceUrls();
 662     if (!wsUrls.equals(nwsUrls))
 663     {
 664       update++;
 665     }
 666     wsUrls = nwsUrls;
 667     updateList();
 668
 669     updateAndRefreshWsMenuConfig(true);
 670   }
 671
 672   protected void ok_ActionPerformed(ActionEvent e)
 673   {
 674     // update everything regardless.
 675     updateAndRefreshWsMenuConfig(false);
 676   }
 677
 678   public void updateAndRefreshWsMenuConfig(
 679           final boolean showProgressInDialog)
 680   {
 681     new Thread(new Runnable()
 682     {
 683
 684       public void run()
 685       {
 686         updateWsMenuConfig(false);
 687         refreshWsMenu(showProgressInDialog);
 688       }
 689     }).start();
 690
 691   }
 692 }