src/jalview/hmmer/HMMBuild.java

   1 package jalview.hmmer;
   2
   3 import jalview.api.AlignViewportI;
   4 import jalview.bin.Cache;
   5 import jalview.datamodel.Alignment;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   8 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
   9 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  10 import jalview.datamodel.SequenceI;
  11 import jalview.gui.AlignFrame;
  12 import jalview.gui.JvOptionPane;
  13 import jalview.io.DataSourceType;
  14 import jalview.io.FileParse;
  15 import jalview.io.HMMFile;
  16 import jalview.util.FileUtils;
  17 import jalview.util.MessageManager;
  18 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  19
  20 import java.io.File;
  21 import java.io.IOException;
  22 import java.util.ArrayList;
  23 import java.util.Hashtable;
  24 import java.util.List;
  25
  26 /**
  27  * A class that runs the hmmbuild command as a separate process.
  28  *
  29  * @author gmcarstairs
  30  *
  31  */
  32 public class HMMBuild extends HmmerCommand
  33 {
  34   static final String ARG_AMINO = "--amino";
  35
  36   static final String ARG_DNA = "--dna";
  37
  38   static final String ARG_RNA = "--rna";
  39
  40   /**
  41    * Constructor
  42    *
  43    * @param alignFrame
  44    * @param args
  45    */
  46   public HMMBuild(AlignFrame alignFrame, List<ArgumentI> args)
  47   {
  48     super(alignFrame, args);
  49   }
  50
  51   /**
  52    * Builds a HMM from an alignment (and/or groups), then imports and adds it to
  53    * the alignment (and/or groups). Call this method directly to execute
  54    * synchronously, or via start() in a new Thread for asynchronously.
  55    */
  56   @Override
  57   public void run()
  58   {
  59     if (params == null || params.isEmpty())
  60     {
  61       Cache.log.error("No parameters to HMMBuild!|");
  62       return;
  63     }
  64
  65     long msgID = System.currentTimeMillis();
  66     af.setProgressBar(MessageManager.getString("status.running_hmmbuild"),
  67             msgID);
  68
  69     AlignViewportI viewport = af.getViewport();
  70     try
  71     {
  72       /*
  73        * run hmmbuild for alignment and/or groups as selected
  74        */
  75       List<AnnotatedCollectionI> runBuildFor = parseParameters(viewport);
  76
  77       for (AnnotatedCollectionI grp : runBuildFor)
  78       {
  79         runHMMBuild(grp);
  80       }
  81     } finally
  82     {
  83       af.setProgressBar("", msgID);
  84       viewport.alignmentChanged(af.alignPanel);
  85       af.buildColourMenu(); // to enable HMMER colour schemes
  86     }
  87   }
  88
  89   /**
  90    * Scans the parameters to determine whether to run hmmmbuild for the whole
  91    * alignment or specified subgroup(s) or both
  92    *
  93    * @param viewport
  94    * @return
  95    */
  96   protected List<AnnotatedCollectionI> parseParameters(
  97           AlignViewportI viewport)
  98   {
  99     List<AnnotatedCollectionI> runBuildFor = new ArrayList<>();
 100     boolean foundArg = false;
 101
 102     for (ArgumentI arg : params)
 103     {
 104       String name = arg.getName();
 105       if (MessageManager.getString("label.hmmbuild_for").equals(name))
 106       {
 107         foundArg = true;
 108         String value = arg.getValue();
 109
 110         if (MessageManager.getString("label.alignment").equals(value))
 111         {
 112           runBuildFor.add(viewport.getAlignmentView(false)
 113                   .getVisibleAlignment('-'));
 114         }
 115         else if (MessageManager.getString("label.groups_and_alignment")
 116                 .equals(value))
 117         {
 118           AlignmentView av = viewport.getAlignmentView(true);
 119           runBuildFor.add(av.getVisibleAlignment('-'));
 120           runBuildFor.addAll(av.getVisibleGroups('-'));
 121         }
 122         else if (MessageManager.getString("label.groups").equals(value))
 123         {
 124           AlignmentView av = viewport.getAlignmentView(false);
 125           runBuildFor.addAll(av.getVisibleGroups('-'));
 126         }
 127         else if (MessageManager.getString("label.selected_group")
 128                 .equals(value))
 129         {
 130           AlignmentView av = viewport.getAlignmentView(true);
 131           runBuildFor.add(av.getVisibleAlignment('-'));
 132         }
 133       }
 134       else if (MessageManager.getString("label.use_reference")
 135               .equals(name))
 136       {
 137         // todo disable this option if no RF annotation on alignment
 138         if (!af.getViewport().hasReferenceAnnotation())
 139         {
 140           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(af, MessageManager
 141                   .getString("warn.no_reference_annotation"));
 142           // return;
 143         }
 144       }
 145     }
 146
 147     /*
 148      * default is to build for the whole alignment
 149      */
 150     if (!foundArg)
 151     {
 152       runBuildFor.add(alignment);
 153     }
 154
 155     return runBuildFor;
 156   }
 157
 158   /**
 159    * Runs hmmbuild on the given sequences (alignment or group)
 160    *
 161    * @param grp
 162    */
 163   private void runHMMBuild(AnnotatedCollectionI ac)
 164   {
 165     File hmmFile = null;
 166     File alignmentFile = null;
 167     try
 168     {
 169       hmmFile = FileUtils.createTempFile("hmm", ".hmm");
 170       alignmentFile = FileUtils.createTempFile("output", ".sto");
 171
 172       if (ac instanceof Alignment)
 173       {
 174         AlignmentI al = (Alignment) ac;
 175         // todo pad gaps in an unaligned SequenceGroup as well?
 176         if (!al.isAligned())
 177         {
 178           al.padGaps();
 179         }
 180       }
 181
 182       deleteHmmSequences(ac);
 183
 184       List<SequenceI> copy = new ArrayList<>();
 185       if (ac instanceof Alignment)
 186       {
 187         copy.addAll(ac.getSequences());
 188       }
 189       else
 190       {
 191         SequenceI[] sel = ((SequenceGroup) ac)
 192                 .getSelectionAsNewSequences((AlignmentI) ac.getContext(),
 193                         false);
 194         for (SequenceI seq : sel)
 195         {
 196           copy.add(seq);
 197         }
 198       }
 199
 200       SequenceI[] copyArray = copy.toArray(new SequenceI[copy.size()]);
 201       Hashtable sequencesHash = stashSequences(copyArray);
 202
 203       exportStockholm(copyArray, alignmentFile, ac);
 204
 205       recoverSequences(sequencesHash, copy.toArray(new SequenceI[] {}));
 206
 207       boolean ran = runCommand(alignmentFile, hmmFile, ac);
 208       if (!ran)
 209       {
 210         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(af, MessageManager
 211                 .formatMessage("warn.command_failed", "hmmbuild"));
 212         return;
 213       }
 214       importData(hmmFile, ac);
 215     } catch (Exception e)
 216     {
 217       e.printStackTrace();
 218     } finally
 219     {
 220       if (hmmFile != null)
 221       {
 222         hmmFile.delete();
 223       }
 224       if (alignmentFile != null)
 225       {
 226         alignmentFile.delete();
 227       }
 228     }
 229   }
 230
 231   /**
 232    * A helper method that deletes any HMM consensus sequence from the given
 233    * collection, and from the parent alignment if <code>ac</code> is a subgroup
 234    *
 235    * @param ac
 236    */
 237   void deleteHmmSequences(AnnotatedCollectionI ac)
 238   {
 239     List<SequenceI> hmmSeqs = ac.getHmmSequences();
 240     for (SequenceI hmmSeq : hmmSeqs)
 241     {
 242       if (ac instanceof SequenceGroup)
 243       {
 244         ((SequenceGroup) ac).deleteSequence(hmmSeq, false);
 245         AnnotatedCollectionI context = ac.getContext();
 246         if (context != null && context instanceof AlignmentI)
 247         {
 248           ((AlignmentI) context).deleteSequence(hmmSeq);
 249         }
 250       }
 251       else
 252       {
 253         ((AlignmentI) ac).deleteSequence(hmmSeq);
 254       }
 255     }
 256   }
 257
 258   /**
 259    * Constructs and executes the hmmbuild command as a separate process
 260    *
 261    * @param sequencesFile
 262    *          the alignment from which the HMM is built
 263    * @param hmmFile
 264    *          the output file to which the HMM is written
 265    * @param group
 266    *          alignment or group for which the hmm is generated
 267    *
 268    * @return
 269    * @throws IOException
 270    */
 271   private boolean runCommand(File sequencesFile, File hmmFile,
 272           AnnotatedCollectionI group) throws IOException
 273   {
 274     String cmd = getCommandPath(HMMBUILD);
 275     if (cmd == null)
 276     {
 277       return false; // executable not found
 278     }
 279     List<String> args = new ArrayList<>();
 280     args.add(cmd);
 281
 282     /*
 283      * HMM name (will be given to consensus sequence) is
 284      * - as specified by an input parameter if set
 285      * - else group name with _HMM appended (if for a group)
 286      * - else align frame title with _HMM appended (if title is not too long)
 287      * - else "Alignment_HMM"
 288      */
 289     String name = "";
 290
 291     if (params != null)
 292     {
 293       for (ArgumentI arg : params)
 294       {
 295         String argName = arg.getName();
 296         switch (argName)
 297         {
 298         case "HMM Name":
 299           name = arg.getValue().trim();
 300           break;
 301         case "Use Reference Annotation":
 302           args.add("--hand");
 303           break;
 304         }
 305       }
 306     }
 307
 308     if (group instanceof SequenceGroup)
 309     {
 310       name = ((SequenceGroup) group).getName() + "_HMM";
 311     }
 312
 313     if ("".equals(name))
 314     {
 315       if (af != null && af.getTitle().length() < 15)
 316       {
 317         name = af.getTitle();
 318       }
 319       else
 320       {
 321         name = "Alignment_HMM";
 322       }
 323     }
 324
 325     args.add("-n");
 326     args.add(name.replace(' ', '_'));
 327     if (!alignment.isNucleotide())
 328     {
 329       args.add(ARG_AMINO); // TODO check for rna
 330     }
 331     else
 332     {
 333       args.add(ARG_DNA);
 334     }
 335
 336     args.add(getFilePath(hmmFile));
 337     args.add(getFilePath(sequencesFile));
 338
 339     return runCommand(args);
 340   }
 341
 342   /**
 343    * Imports the .hmm file produced by hmmbuild, and inserts the HMM consensus
 344    * sequence (with attached HMM profile) as the first sequence in the alignment
 345    * or group for which it was generated
 346    *
 347    * @param hmmFile
 348    * @param ac
 349    *          (optional) the group for which the hmm was generated
 350    * @throws IOException
 351    */
 352   private void importData(File hmmFile, AnnotatedCollectionI ac)
 353           throws IOException
 354   {
 355     if (hmmFile.length() == 0L)
 356     {
 357       Cache.log.error("Error: hmmbuild produced empty hmm file");
 358       return;
 359     }
 360
 361     HMMFile file = new HMMFile(
 362             new FileParse(hmmFile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE));
 363     SequenceI hmmSeq = file.getHMM().getConsensusSequence();
 364
 365     if (hmmSeq == null)
 366     {
 367       // hmmbuild failure not detected earlier
 368       return;
 369     }
 370
 371     if (ac instanceof SequenceGroup)
 372     {
 373       SequenceGroup grp = (SequenceGroup) ac;
 374       char gapChar = alignment.getGapCharacter();
 375       hmmSeq.insertCharAt(0, ac.getStartRes(), gapChar);
 376       hmmSeq.insertCharAt(ac.getEndRes() + 1,
 377               alignment.getWidth() - ac.getEndRes() - 1, gapChar);
 378       SequenceI topSeq = grp.getSequencesInOrder(alignment)[0];
 379       int topIndex = alignment.findIndex(topSeq);
 380       alignment.insertSequenceAt(topIndex, hmmSeq);
 381       ac.setSeqrep(hmmSeq);
 382       grp.addSequence(hmmSeq, false);
 383     }
 384     else
 385     {
 386       alignment.insertSequenceAt(0, hmmSeq);
 387     }
 388   }
 389 }