src/jalview/hmmer/HMMERCommands.java

   1 package jalview.hmmer;
   2
   3 import jalview.datamodel.Alignment;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.gui.AlignFrame;
   8 import jalview.io.HMMFile;
   9 import jalview.io.StockholmFile;
  10
  11 import java.io.BufferedReader;
  12 import java.io.File;
  13 import java.io.IOException;
  14 import java.io.InputStreamReader;
  15 import java.io.PrintWriter;
  16 import java.util.Hashtable;
  17 import java.util.List;
  18
  19 public class HMMERCommands
  20 {
  21   // Path of hmmer binaries directory
  22   String HMMERFOLDER = "/Documents/";
  23
  24   public String JALVIEWDIRECTORY = System.getProperty("user.dir")
  25           + "/";
  26
  27   public final String HMMALIGN = "/binaries/hmmalign ";
  28
  29   public final String HMMBUILD = "/binaries/hmmbuild ";
  30
  31   public final String HMMSEARCH = "/binaries/hmmsearch ";
  32
  33   public String HMMBUFFER;
  34
  35   public String ALIGNMENTBUFFER;
  36
  37   public String ALIGNMENTINPUT;
  38
  39   public String OUTPUTALIGNMENT;
  40
  41   public final String NAME = "-n ";
  42
  43   public final String SPACE = " ";
  44
  45   public final String ALLCOL = "--allcol ";
  46
  47   public final String TRIM = "--trim ";
  48
  49   public final String FORCEAMINO = "--amino ";
  50
  51   public final String FORCEDNA = "--dna ";
  52
  53   public final String FORCERNA = "--rna ";
  54
  55   Hashtable hash = new Hashtable();
  56
  57   List<SequenceI> hmmSeqs;
  58
  59   public void uniquifySequences(SequenceI[] seqs)
  60   {
  61     hash = jalview.analysis.SeqsetUtils.uniquify(seqs, true);
  62   }
  63
  64   public void recoverSequenceNames(SequenceI[] seqs)
  65   {
  66     jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(hash, seqs);
  67   }
  68
  69   /**
  70    * Runs a command in the terminal.
  71    *
  72    * @param command
  73    * @throws IOException
  74    * @throws InterruptedException
  75    */
  76   public boolean runCommand(String command)
  77           throws IOException, InterruptedException
  78   {
  79     try
  80     {
  81     final Process p = Runtime.getRuntime().exec(command);
  82
  83     new Thread(new Runnable()
  84     {
  85       @Override
  86       public void run()
  87       {
  88         BufferedReader input = new BufferedReader(
  89                 new InputStreamReader(p.getInputStream()));
  90         String line = null;
  91
  92         try
  93         {
  94           while ((line = input.readLine()) != null)
  95           {
  96             System.out.println(line);
  97           }
  98         } catch (IOException e)
  99         {
 100           e.printStackTrace();
 101         }
 102       }
 103     }).start();
 104
 105     p.waitFor();
 106     } catch (Exception e)
 107     {
 108       e.printStackTrace();
 109       return false;
 110     }
 111     return true;
 112   }
 113
 114   /**
 115    * Exports an alignment to the buffer location in Jalview.
 116    *
 117    * @param alignment
 118    * @throws IOException
 119    */
 120   public void exportData(SequenceI[] seqs,
 121           File stoLocation, HiddenMarkovModel hmm, File hmmLocation)
 122           throws IOException
 123   {
 124     if (seqs != null)
 125     {
 126       StockholmFile file = new StockholmFile(new Alignment(seqs));
 127       boolean removeAnnots = false;
 128       if (hmm == null)
 129       {
 130         removeAnnots = true;
 131       }
 132       String output = file.print(seqs, false, removeAnnots);
 133       PrintWriter writer = new PrintWriter(stoLocation);
 134       writer.println(output);
 135       writer.close();
 136     }
 137
 138     if (hmm != null)
 139     {
 140       HMMFile file = new HMMFile(hmm);
 141       file.exportFile(hmmLocation);
 142     }
 143   }
 144
 145   public void addHMMConsensusSequences(AlignFrame af)
 146   {
 147     AlignmentI al = af.getViewport().getAlignment();
 148     for (SequenceI seq : hmmSeqs)
 149     {
 150       Integer position = seq.getPreviousPosition();
 151       al.getSequences().add(position, seq);
 152     }
 153     af.getViewport().setAlignment(al);
 154     af.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 155     af.getViewport().updateSequenceIdColours();
 156     af.buildSortByAnnotationScoresMenu();
 157   }
 158
 159   public List<SequenceI> getHmmSeqs()
 160   {
 161     return hmmSeqs;
 162   }
 163
 164   public void setHmmSeqs(List<SequenceI> hmmSeqs)
 165   {
 166     this.hmmSeqs = hmmSeqs;
 167   }
 168 }