src/jalview/hmmer/HMMERCommands.java

   1 package jalview.hmmer;
   2
   3 import jalview.datamodel.Alignment;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.gui.AlignFrame;
   8 import jalview.io.HMMFile;
   9 import jalview.io.StockholmFile;
  10
  11 import java.io.BufferedReader;
  12 import java.io.File;
  13 import java.io.IOException;
  14 import java.io.InputStreamReader;
  15 import java.io.PrintWriter;
  16 import java.util.Hashtable;
  17 import java.util.List;
  18
  19 /**
  20  * Contains multiple commands and methods frequently used to run hmmbuild,
  21  * hmmalign and hmmsearch
  22  *
  23  * @author TZVanaalten
  24  *
  25  */
  26 public class HMMERCommands
  27 {
  28   // Path of hmmer binaries directory
  29   String HMMERFOLDER = "/Documents/";
  30
  31   public String JALVIEWDIRECTORY = System.getProperty("user.dir")
  32           + "/";
  33
  34   public final String HMMALIGN = "/hmmalign ";
  35
  36   public final String HMMBUILD = "/hmmbuild ";
  37
  38   public final String HMMSEARCH = "/hmmsearch ";
  39
  40   public String OUTPUTALIGNMENT;
  41
  42   public final String SPACE = " ";
  43
  44   public final String ALLCOL = "--allcol ";
  45
  46   public final String TRIM = "--trim ";
  47
  48   public final String FORCEAMINO = "--amino ";
  49
  50   public final String FORCEDNA = "--dna ";
  51
  52   public final String FORCERNA = "--rna ";
  53
  54   Hashtable hash = new Hashtable();
  55
  56   List<SequenceI> hmmSeqs;
  57
  58   /**
  59    * Uniquifies the sequences when exporting and stores their details in a
  60    * hashtable.
  61    *
  62    * @param seqs
  63    */
  64   public void uniquifySequences(SequenceI[] seqs)
  65   {
  66     hash = jalview.analysis.SeqsetUtils.uniquify(seqs, true);
  67   }
  68
  69   /**
  70    * Recover the sequence data lost by uniquifying.
  71    *
  72    * @param seqs
  73    */
  74   public void recoverSequenceNames(SequenceI[] seqs)
  75   {
  76     jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(hash, seqs);
  77   }
  78
  79   /**
  80    * Runs a command in the command line.
  81    *
  82    * @param command
  83    * @throws IOException
  84    * @throws InterruptedException
  85    */
  86   public boolean runCommand(String command)
  87           throws IOException, InterruptedException
  88   {
  89     try
  90     {
  91     final Process p = Runtime.getRuntime().exec(command);
  92
  93     new Thread(new Runnable()
  94     {
  95       @Override
  96       public void run()
  97       {
  98         BufferedReader input = new BufferedReader(
  99                 new InputStreamReader(p.getInputStream()));
 100         String line = null;
 101
 102         try
 103         {
 104           while ((line = input.readLine()) != null)
 105           {
 106             System.out.println(line);
 107           }
 108         } catch (IOException e)
 109         {
 110           e.printStackTrace();
 111         }
 112       }
 113     }).start();
 114
 115     p.waitFor();
 116     } catch (Exception e)
 117     {
 118       e.printStackTrace();
 119       return false;
 120     }
 121     return true;
 122   }
 123
 124   /**
 125    * Exports an alignment and/or HMM to the specified file.
 126    *
 127    * @param alignment
 128    * @throws IOException
 129    */
 130   public void exportData(SequenceI[] seqs,
 131           File stoLocation, HiddenMarkovModel hmm, File hmmLocation)
 132           throws IOException
 133   {
 134     if (seqs != null)
 135     {
 136       StockholmFile file = new StockholmFile(new Alignment(seqs));
 137       String output = file.print(seqs, false);
 138       PrintWriter writer = new PrintWriter(stoLocation);
 139       writer.println(output);
 140       writer.close();
 141     }
 142
 143     if (hmm != null)
 144     {
 145       HMMFile file = new HMMFile(hmm);
 146       PrintWriter writer = new PrintWriter(hmmLocation);
 147       writer.print(file.print());
 148       writer.close();
 149     }
 150   }
 151
 152   /**
 153    * Adds any HMM sequences removed before submitting the alignment as a job
 154    * back into the alignment.
 155    *
 156    * @param af
 157    */
 158   public void addHMMConsensusSequences(AlignFrame af)
 159   {
 160     AlignmentI al = af.getViewport().getAlignment();
 161     if (hmmSeqs == null || hmmSeqs.size() < 1)
 162     {
 163       return;
 164     }
 165     for (SequenceI seq : hmmSeqs)
 166     {
 167       Integer position = seq.getPreviousPosition();
 168       al.getSequences().add(position, seq);
 169     }
 170     af.getViewport().setAlignment(al);
 171     af.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 172     af.getViewport().updateSequenceIdColours();
 173     af.buildSortByAnnotationScoresMenu();
 174   }
 175
 176   /**
 177    * Returns the list of HMM sequences removed
 178    *
 179    * @return
 180    */
 181   public List<SequenceI> getHmmSeqs()
 182   {
 183     return hmmSeqs;
 184   }
 185
 186   /**
 187    * Sets the list of removed HMM sequences
 188    *
 189    * @param hmmSeqs
 190    */
 191   public void setHmmSeqs(List<SequenceI> hmmSeqs)
 192   {
 193     this.hmmSeqs = hmmSeqs;
 194   }
 195 }