src/jalview/hmmer/HMMERParamStore.java

   1 package jalview.hmmer;
   2
   3
   4 import jalview.bin.Cache;
   5 import jalview.gui.Preferences;
   6 import jalview.util.MessageManager;
   7 import jalview.ws.params.ArgumentI;
   8 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
   9 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  10 import jalview.ws.params.simple.BooleanOption;
  11 import jalview.ws.params.simple.IntegerParameter;
  12 import jalview.ws.params.simple.LogarithmicParameter;
  13 import jalview.ws.params.simple.Option;
  14
  15 import java.io.IOException;
  16 import java.util.ArrayList;
  17 import java.util.Collection;
  18 import java.util.List;
  19 import java.util.Scanner;
  20
  21
  22 public class HMMERParamStore implements ParamDatastoreI
  23 {
  24
  25   String name;
  26
  27   List<WsParamSetI> presets = new ArrayList<>();
  28
  29   public HMMERParamStore(String name)
  30   {
  31     this.name = name;
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public List<WsParamSetI> getPresets()
  36   {
  37     // TODO Auto-generated method stub
  38     return presets;
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public WsParamSetI getPreset(String name)
  43   {
  44     // TODO Auto-generated method stub
  45     return null;
  46   }
  47
  48   @Override
  49   public List<ArgumentI> getServiceParameters()
  50   {
  51     List<ArgumentI> args = new ArrayList<>();
  52     if ("hmmsearch".equals(name))
  53     {
  54       getHMMSearchParams(args);
  55     }
  56     if ("hmmalign".equals(name))
  57     {
  58       getHMMAlignParams(args);
  59
  60     }
  61     if ("hmmbuild".equals(name))
  62     {
  63
  64
  65     }
  66     return args;
  67   }
  68
  69   private void getHMMSearchParams(List<ArgumentI> args)
  70   {
  71     args.add(new IntegerParameter(
  72             MessageManager.getString("label.number_of_results"),
  73             MessageManager.getString("label.number_of_results_desc"), true,
  74             100, 0, 100000));
  75     String names = Cache.getProperty(Preferences.HMMSEARCH_DBS);
  76     if (names != null && !names.isEmpty())
  77     {
  78       Collection<String> databases = new ArrayList<>();
  79       databases.add(MessageManager.getString("label.this_alignment"));
  80       Scanner nameScanner = new Scanner(names);
  81
  82       if (nameScanner.hasNext())
  83       {
  84         while (nameScanner.hasNext())
  85         {
  86           String next = nameScanner.next();
  87           if (next == "null")
  88           {
  89             Cache.setProperty(Preferences.HMMSEARCH_DBS, "");
  90             Cache.setProperty(Preferences.HMMSEARCH_DB_PATHS, "");
  91           }
  92           else
  93           {
  94             databases.add(next);
  95           }
  96         }
  97       }
  98       nameScanner.close();
  99       args.add(new Option(MessageManager.getString("label.database"),
 100               MessageManager.getString("label.database_for_hmmsearch"),
 101               true, MessageManager.getString("label.this_alignment"),
 102               MessageManager.getString("label.this_alignment"), databases,
 103               null));
 104     }
 105     args.add(new BooleanOption(
 106             MessageManager.getString("label.auto_align_seqs"),
 107             MessageManager.getString("label.auto_align_seqs_desc"), false,
 108             false, true, null));
 109     args.add(new BooleanOption(
 110             MessageManager.getString("label.use_accessions"),
 111             MessageManager.getString("label.use_accessions_desc"), false,
 112             false, true, null));
 113     args.add(new BooleanOption(
 114             MessageManager.getString("label.trim_termini"),
 115             MessageManager.getString("label.trim_termini_desc"), false,
 116             false, true, null));
 117     args.add(new LogarithmicParameter(
 118             MessageManager.getString("label.seq_e_value"),
 119             MessageManager.getString("label.seq_e_value_desc"), false,
 120             -9.96578, -126d, 3.3219d, 2d));
 121     /*
 122     args.add(new DoubleParameter(
 123             MessageManager.getString("label.seq_score"),
 124             MessageManager.getString("label.seq_score_desc"), false,
 125             0d, 0d, 10000d));
 126        */
 127     args.add(new LogarithmicParameter(
 128             MessageManager.getString("label.dom_e_value_desc"),
 129             MessageManager.getString("label.dom_e_value_desc"), false,
 130             -9.96578, -126d, 3.3219d, 2d));
 131     /*
 132     args.add(new DoubleParameter(
 133             MessageManager.getString("label.dom_score"),
 134             MessageManager.getString("label.dom_score_desc"), false, 0d,
 135             0d,
 136             10000d));
 137             */
 138   }
 139
 140   private void getHMMAlignParams(List<ArgumentI> args)
 141   {
 142     args.add(new BooleanOption(
 143             MessageManager.getString("label.trim_termini"),
 144             MessageManager.getString(
 145                     "label.trim_termini = Trim Non-Matching Termini_desc"),
 146             false, false, true, null));
 147   }
 148
 149   @Override
 150   public boolean presetExists(String name)
 151   {
 152     // TODO Auto-generated method stub
 153     return false;
 154   }
 155
 156   @Override
 157   public void deletePreset(String name)
 158   {
 159     // TODO Auto-generated method stub
 160
 161   }
 162
 163   @Override
 164   public void storePreset(String presetName, String text,
 165           List<ArgumentI> jobParams)
 166   {
 167     // TODO Auto-generated method stub
 168
 169   }
 170
 171   @Override
 172   public void updatePreset(String oldName, String presetName, String text,
 173           List<ArgumentI> jobParams)
 174   {
 175     // TODO Auto-generated method stub
 176
 177   }
 178
 179   @Override
 180   public WsParamSetI parseServiceParameterFile(String name,
 181           String description, String[] serviceURL, String parameters)
 182           throws IOException
 183   {
 184     // TODO Auto-generated method stub
 185     return null;
 186   }
 187
 188   @Override
 189   public String generateServiceParameterFile(WsParamSetI pset)
 190           throws IOException
 191   {
 192     // TODO Auto-generated method stub
 193     return null;
 194   }
 195
 196 }