src/jalview/io/AMSAFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25
  26 public class AMSAFile extends jalview.io.FastaFile
  27 {
  28
  29   AlignmentI al;
  30
  31   /**
  32    * Creates a new AMSAFile object for output.
  33    */
  34   public AMSAFile(AlignmentI al)
  35   {
  36     this.al = al;
  37   }
  38
  39   /**
  40    * DOCUMENT ME!
  41    *
  42    * @return DOCUMENT ME!
  43    */
  44   public String print()
  45   {
  46     super.print(getSeqsAsArray());
  47
  48     AlignmentAnnotation aa;
  49     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
  50     {
  51
  52       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
  53       {
  54         aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
  55
  56         if (aa.autoCalculated || !aa.visible)
  57         {
  58           continue;
  59         }
  60
  61         out.append(">#_" + aa.label);
  62         if (aa.description != null)
  63         {
  64           out.append(" " + aa.description);
  65         }
  66
  67         out.append(newline);
  68
  69         int nochunks = Math.min(aa.annotations.length, al.getWidth()) / len
  70                 + 1;
  71
  72         for (int j = 0; j < nochunks; j++)
  73         {
  74           int start = j * len;
  75           int end = start + len;
  76           if (end > aa.annotations.length)
  77           {
  78             end = aa.annotations.length;
  79           }
  80
  81           String ch;
  82           for (int k = start; k < end; k++)
  83           {
  84             if (aa.annotations[k] == null)
  85             {
  86               ch = " ";
  87             }
  88             else
  89             {
  90               ch = aa.annotations[k].displayCharacter;
  91             }
  92             if (ch.length() > 1)
  93             {
  94               this.warningMessage = "Truncated column annotation to first letter.";
  95               ch = ch.substring(0, 1);
  96             }
  97             out.append(ch);
  98
  99           }
 100           out.append(newline);
 101         }
 102       }
 103     }
 104     return out.toString();
 105   }
 106 }