src/jalview/io/AMSAFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  15  *
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  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 public class AMSAFile extends jalview.io.FastaFile
  24 {
  25
  26   AlignmentI al;
  27
  28   /**
  29    * Creates a new AMSAFile object for output.
  30    */
  31   public AMSAFile(AlignmentI al)
  32   {
  33     this.al = al;
  34   }
  35
  36   /**
  37    * DOCUMENT ME!
  38    *
  39    * @return DOCUMENT ME!
  40    */
  41   public String print()
  42   {
  43     super.print(getSeqsAsArray());
  44
  45     AlignmentAnnotation aa;
  46     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
  47     {
  48
  49       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
  50       {
  51         aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
  52
  53         if (aa.autoCalculated || !aa.visible)
  54         {
  55           continue;
  56         }
  57
  58         out.append(">#_" + aa.label);
  59         if (aa.description != null)
  60         {
  61           out.append(" " + aa.description);
  62         }
  63
  64         out.append(newline);
  65
  66         int nochunks = Math.min(aa.annotations.length, al.getWidth()) / len
  67                 + 1;
  68
  69         for (int j = 0; j < nochunks; j++)
  70         {
  71           int start = j * len;
  72           int end = start + len;
  73           if (end > aa.annotations.length)
  74           {
  75             end = aa.annotations.length;
  76           }
  77
  78           String ch;
  79           for (int k = start; k < end; k++)
  80           {
  81             if (aa.annotations[k] == null)
  82             {
  83               ch = " ";
  84             }
  85             else
  86             {
  87               ch = aa.annotations[k].displayCharacter;
  88             }
  89             if (ch.length() > 1)
  90             {
  91               this.warningMessage = "Truncated column annotation to first letter.";
  92               ch = ch.substring(0, 1);
  93             }
  94             out.append(ch);
  95
  96           }
  97           out.append(newline);
  98         }
  99       }
 100     }
 101     return out.toString();
 102   }
 103 }