src/jalview/io/AlignmentFileReaderI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26
  27 public interface AlignmentFileReaderI
  28 {
  29
  30   SequenceI[] getSeqsAsArray();
  31
  32   void addAnnotations(AlignmentI al);
  33
  34   void addGroups(AlignmentI al);
  35
  36   void setSeqs(SequenceI[] sequencesArray);
  37
  38   boolean hasWarningMessage();
  39
  40   String getWarningMessage();
  41
  42   String getInFile();
  43
  44   DataSourceType getDataSourceType();
  45
  46   FeatureSettingsModelI getFeatureColourScheme();
  47
  48 }