src/jalview/io/AlignmentFileReaderI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.AlignExportSettingsI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28
  29 import java.io.IOException;
  30
  31 public interface AlignmentFileReaderI
  32 {
  33
  34   SequenceI[] getSeqsAsArray();
  35
  36   void addAnnotations(AlignmentI al);
  37
  38   void addGroups(AlignmentI al);
  39
  40   void setSeqs(SequenceI[] sequencesArray);
  41
  42   boolean hasWarningMessage();
  43
  44   String getWarningMessage();
  45
  46   String getInFile();
  47
  48   DataSourceType getDataSourceType();
  49
  50   FeatureSettingsModelI getFeatureColourScheme();
  51
  52   /**
  53    * Get a string array resulting from preprocessing the file
  54    *
  55    * @return preprocess result
  56    */
  57   Object[] preprocess();
  58
  59   public abstract void parse() throws IOException;
  60
  61 }