src/jalview/io/AnnotationFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.net.*;
  23 import java.util.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.schemes.*;
  28
  29 public class AnnotationFile
  30 {
  31   public AnnotationFile()
  32   {
  33     init();
  34   }
  35
  36   /**
  37    * character used to write newlines
  38    */
  39   protected String newline = System.getProperty("line.separator");
  40
  41   /**
  42    * set new line string and reset the output buffer
  43    *
  44    * @param nl
  45    */
  46   public void setNewlineString(String nl)
  47   {
  48     newline = nl;
  49     init();
  50   }
  51
  52   public String getNewlineString()
  53   {
  54     return newline;
  55   }
  56
  57   StringBuffer text;
  58
  59   private void init()
  60   {
  61     text = new StringBuffer("JALVIEW_ANNOTATION" + newline + "# Created: "
  62             + new java.util.Date() + newline + newline);
  63     refSeq = null;
  64     refSeqId = null;
  65   }
  66
  67   /**
  68    * convenience method for pre-2.4 feature files which have no view, hidden
  69    * columns or hidden row keywords.
  70    *
  71    * @param annotations
  72    * @param list
  73    * @param properties
  74    * @return feature file as a string.
  75    */
  76   public String printAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations,
  77           List<SequenceGroup> list, Hashtable properties)
  78   {
  79     return printAnnotations(annotations, list, properties, null);
  80
  81   }
  82
  83   /**
  84    * hold all the information about a particular view definition read from or
  85    * written out in an annotations file.
  86    */
  87   public class ViewDef
  88   {
  89     public String viewname;
  90
  91     public HiddenSequences hidseqs;
  92
  93     public ColumnSelection hiddencols;
  94
  95     public Vector visibleGroups;
  96
  97     public Hashtable hiddenRepSeqs;
  98
  99     public ViewDef(String viewname, HiddenSequences hidseqs,
 100             ColumnSelection hiddencols, Hashtable hiddenRepSeqs)
 101     {
 102       this.viewname = viewname;
 103       this.hidseqs = hidseqs;
 104       this.hiddencols = hiddencols;
 105       this.hiddenRepSeqs = hiddenRepSeqs;
 106     }
 107   }
 108
 109   /**
 110    * Prepare an annotation file given a set of annotations, groups, alignment
 111    * properties and views.
 112    *
 113    * @param annotations
 114    * @param list
 115    * @param properties
 116    * @param views
 117    * @return annotation file
 118    */
 119   public String printAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations,
 120           List<SequenceGroup> list, Hashtable properties, ViewDef[] views)
 121   {
 122     // TODO: resolve views issue : annotationFile could contain visible region,
 123     // or full data + hidden region specifications for a view.
 124     if (annotations != null)
 125     {
 126       boolean oneColour = true;
 127       AlignmentAnnotation row;
 128       String comma;
 129       SequenceI refSeq = null;
 130       SequenceGroup refGroup = null;
 131
 132       StringBuffer colours = new StringBuffer();
 133       StringBuffer graphLine = new StringBuffer();
 134       StringBuffer rowprops = new StringBuffer();
 135       Hashtable<Integer,String> graphGroup = new Hashtable<Integer,String>();
 136       Hashtable<Integer, Object[]> graphGroup_refs = new Hashtable<Integer,Object[]>();
 137       BitSet graphGroupSeen = new BitSet();
 138
 139       java.awt.Color color;
 140
 141       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
 142       {
 143         row = annotations[i];
 144
 145         if (!row.visible && !row.hasScore() && !(row.graphGroup>-1 && graphGroupSeen.get(row.graphGroup)))
 146         {
 147           continue;
 148         }
 149
 150         color = null;
 151         oneColour = true;
 152
 153         // mark any sequence references for the row
 154         writeSequence_Ref(refSeq ,row.sequenceRef);
 155         refSeq = row.sequenceRef;
 156         // mark any group references for the row
 157         writeGroup_Ref(refGroup, row.groupRef);
 158         refGroup = row.groupRef;
 159
 160         boolean hasGlyphs = row.hasIcons, hasLabels = row.hasText, hasValues = row.hasScore, hasText = false;
 161         // lookahead to check what the annotation row object actually contains.
 162         for (int j = 0; row.annotations != null
 163                 && j < row.annotations.length
 164                 && (!hasGlyphs || !hasLabels || !hasValues); j++)
 165         {
 166           if (row.annotations[j] != null)
 167           {
 168             hasLabels |= (row.annotations[j].displayCharacter != null
 169                     && row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0 && !row.annotations[j].displayCharacter
 170                     .equals(" "));
 171             hasGlyphs |= (row.annotations[j].secondaryStructure != 0 && row.annotations[j].secondaryStructure != ' ');
 172             hasValues |= (row.annotations[j].value != Float.NaN); // NaNs can't
 173             // be
 174             // rendered..
 175             hasText |= (row.annotations[j].description != null && row.annotations[j].description
 176                     .length() > 0);
 177           }
 178         }
 179
 180         if (row.graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)
 181         {
 182           text.append("NO_GRAPH\t");
 183           hasValues = false; // only secondary structure
 184           // hasLabels = false; // and annotation description string.
 185         }
 186         else
 187         {
 188           if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
 189           {
 190             text.append("BAR_GRAPH\t");
 191             hasGlyphs = false; // no secondary structure
 192
 193           }
 194           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 195           {
 196             hasGlyphs = false; // no secondary structure
 197             text.append("LINE_GRAPH\t");
 198           }
 199
 200           if (row.getThreshold() != null)
 201           {
 202             graphLine.append("GRAPHLINE\t");
 203             graphLine.append(row.label);
 204             graphLine.append("\t");
 205             graphLine.append(row.getThreshold().value);
 206             graphLine.append("\t");
 207             graphLine.append(row.getThreshold().label);
 208             graphLine.append("\t");
 209             graphLine.append(jalview.util.Format.getHexString(row
 210                     .getThreshold().colour));
 211             graphLine.append(newline);
 212           }
 213
 214           if (row.graphGroup > -1)
 215           {
 216             graphGroupSeen.set(row.graphGroup);
 217             Integer key = new Integer(row.graphGroup);
 218             if (graphGroup.containsKey(key))
 219             {
 220               graphGroup.put(key, graphGroup.get(key) + "\t" + row.label);
 221
 222             }
 223             else
 224             {
 225               graphGroup_refs.put(key, new Object[] { refSeq, refGroup});
 226               graphGroup.put(key, row.label);
 227             }
 228           }
 229         }
 230
 231         text.append(row.label + "\t");
 232         if (row.description != null)
 233         {
 234           text.append(row.description + "\t");
 235         }
 236         for (int j = 0; row.annotations != null
 237                 && j < row.annotations.length; j++)
 238         {
 239           if (refSeq != null
 240                   && jalview.util.Comparison.isGap(refSeq.getCharAt(j)))
 241           {
 242             continue;
 243           }
 244
 245           if (row.annotations[j] != null)
 246           {
 247             comma = "";
 248             if (hasGlyphs) // could be also hasGlyphs || ...
 249             {
 250
 251               text.append(comma);
 252               if (row.annotations[j].secondaryStructure != ' ')
 253               {
 254                 // only write out the field if its not whitespace.
 255                 text.append(row.annotations[j].secondaryStructure);
 256               }
 257               comma = ",";
 258             }
 259             if (hasValues)
 260             {
 261               if (row.annotations[j].value != Float.NaN)
 262               {
 263                 text.append(comma + row.annotations[j].value);
 264               }
 265               else
 266               {
 267                 System.err.println("Skipping NaN - not valid value.");
 268                 text.append(comma + 0f);// row.annotations[j].value);
 269               }
 270               comma = ",";
 271             }
 272             if (hasLabels)
 273             {
 274               // TODO: labels are emitted after values for bar graphs.
 275               if // empty labels are allowed, so
 276               (row.annotations[j].displayCharacter != null
 277                       && row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0
 278                       && !row.annotations[j].displayCharacter.equals(" "))
 279               {
 280                 text.append(comma + row.annotations[j].displayCharacter);
 281                 comma = ",";
 282               }
 283             }
 284             if (hasText)
 285             {
 286               if (row.annotations[j].description != null
 287                       && row.annotations[j].description.length() > 0
 288                       && !row.annotations[j].description
 289                               .equals(row.annotations[j].displayCharacter))
 290               {
 291                 text.append(comma + row.annotations[j].description);
 292                 comma = ",";
 293               }
 294             }
 295             if (color != null && !color.equals(row.annotations[j].colour))
 296             {
 297               oneColour = false;
 298             }
 299
 300             color = row.annotations[j].colour;
 301
 302             if (row.annotations[j].colour != null
 303                     && row.annotations[j].colour != java.awt.Color.black)
 304             {
 305               text.append(comma
 306                       + "["
 307                       + jalview.util.Format
 308                               .getHexString(row.annotations[j].colour)
 309                       + "]");
 310               comma = ",";
 311             }
 312           }
 313           text.append("|");
 314         }
 315
 316         if (row.hasScore())
 317           text.append("\t" + row.score);
 318
 319         text.append(newline);
 320
 321         if (color != null && color != java.awt.Color.black && oneColour)
 322         {
 323           colours.append("COLOUR\t");
 324           colours.append(row.label);
 325           colours.append("\t");
 326           colours.append(jalview.util.Format.getHexString(color));
 327           colours.append(newline);
 328         }
 329         if (row.scaleColLabel || row.showAllColLabels
 330                 || row.centreColLabels)
 331         {
 332           rowprops.append("ROWPROPERTIES\t");
 333           rowprops.append(row.label);
 334           rowprops.append("\tscaletofit=");
 335           rowprops.append(row.scaleColLabel);
 336           rowprops.append("\tshowalllabs=");
 337           rowprops.append(row.showAllColLabels);
 338           rowprops.append("\tcentrelabs=");
 339           rowprops.append(row.centreColLabels);
 340           rowprops.append(newline);
 341         }
 342         if (graphLine.length()>0) {
 343           text.append(graphLine.toString());
 344           graphLine.setLength(0);
 345         }
 346       }
 347
 348       text.append(newline);
 349
 350       text.append(colours.toString());
 351       if (graphGroup.size() > 0)
 352       {
 353         SequenceI oldRefSeq = refSeq;
 354         SequenceGroup oldRefGroup = refGroup;
 355         for (Map.Entry<Integer, String> combine_statement:graphGroup.entrySet())
 356         {
 357           Object[] seqRefAndGroup=graphGroup_refs.get(combine_statement.getKey());
 358
 359           writeSequence_Ref(refSeq, (SequenceI)seqRefAndGroup[0]);
 360           refSeq = (SequenceI)seqRefAndGroup[0];
 361
 362           writeGroup_Ref(refGroup, (SequenceGroup)seqRefAndGroup[1]);
 363           refGroup = (SequenceGroup)seqRefAndGroup[1];
 364           text.append("COMBINE\t");
 365           text.append(combine_statement.getValue());
 366           text.append(newline);
 367         }
 368         writeSequence_Ref(refSeq, oldRefSeq);
 369         refSeq = oldRefSeq;
 370
 371         writeGroup_Ref(refGroup, oldRefGroup);
 372         refGroup = oldRefGroup;
 373       }
 374       text.append(rowprops.toString());
 375     }
 376
 377     if (list != null)
 378     {
 379       printGroups(list);
 380     }
 381
 382     if (properties != null)
 383     {
 384       text.append(newline);
 385       text.append(newline);
 386       text.append("ALIGNMENT");
 387       Enumeration en = properties.keys();
 388       while (en.hasMoreElements())
 389       {
 390         String key = en.nextElement().toString();
 391         text.append("\t");
 392         text.append(key);
 393         text.append("=");
 394         text.append(properties.get(key));
 395       }
 396       // TODO: output alignment visualization settings here if required
 397
 398     }
 399
 400     return text.toString();
 401   }
 402
 403   private Object writeGroup_Ref(SequenceGroup refGroup, SequenceGroup next_refGroup)
 404   {
 405     if (next_refGroup == null)
 406     {
 407
 408       if (refGroup != null)
 409       {
 410         text.append(newline);
 411         text.append("GROUP_REF\t");
 412         text.append("ALIGNMENT");
 413         text.append(newline);
 414       }
 415       return true;
 416     }
 417     else
 418     {
 419       if (refGroup == null || refGroup != next_refGroup)
 420       {
 421         text.append(newline);
 422         text.append("GROUP_REF\t");
 423         text.append(next_refGroup.getName());
 424         text.append(newline);
 425         return true;
 426       }
 427     }
 428     return false;
 429   }
 430
 431   private boolean writeSequence_Ref(SequenceI refSeq, SequenceI next_refSeq)
 432   {
 433
 434     if (next_refSeq==null)
 435     {
 436       if (refSeq != null)
 437       {
 438         text.append(newline);
 439         text.append("SEQUENCE_REF\t");
 440         text.append("ALIGNMENT");
 441         text.append(newline);
 442         return true;
 443       }
 444     }
 445     else
 446     {
 447       if (refSeq == null || refSeq != next_refSeq)
 448       {
 449         text.append(newline);
 450         text.append("SEQUENCE_REF\t");
 451         text.append(next_refSeq.getName());
 452         text.append(newline);
 453         return true;
 454       }
 455     }
 456     return false;
 457   }
 458
 459   public void printGroups(List<SequenceGroup> list)
 460   {
 461     SequenceI seqrep = null;
 462     for (SequenceGroup sg : list)
 463     {
 464       if (!sg.hasSeqrep())
 465       {
 466         text.append("SEQUENCE_GROUP\t" + sg.getName() + "\t"
 467                 + (sg.getStartRes() + 1) + "\t" + (sg.getEndRes() + 1)
 468                 + "\t" + "-1\t");
 469         seqrep = null;
 470       }
 471       else
 472       {
 473         seqrep = sg.getSeqrep();
 474         text.append("SEQUENCE_REF\t");
 475         text.append(seqrep.getName());
 476         text.append(newline);
 477         text.append("SEQUENCE_GROUP\t");
 478         text.append(sg.getName());
 479         text.append("\t");
 480         text.append((seqrep.findPosition(sg.getStartRes())));
 481         text.append("\t");
 482         text.append((seqrep.findPosition(sg.getEndRes())));
 483         text.append("\t");
 484         text.append("-1\t");
 485       }
 486       for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)
 487       {
 488         text.append(sg.getSequenceAt(s).getName());
 489         text.append("\t");
 490       }
 491       text.append(newline);
 492       text.append("PROPERTIES\t");
 493       text.append(sg.getName());
 494       text.append("\t");
 495
 496       if (sg.getDescription() != null)
 497       {
 498         text.append("description=");
 499         text.append(sg.getDescription());
 500         text.append("\t");
 501       }
 502       if (sg.cs != null)
 503       {
 504         text.append("colour=");
 505         text.append(ColourSchemeProperty.getColourName(sg.cs));
 506         text.append("\t");
 507         if (sg.cs.getThreshold() != 0)
 508         {
 509           text.append("pidThreshold=");
 510           text.append(sg.cs.getThreshold());
 511         }
 512         if (sg.cs.conservationApplied())
 513         {
 514           text.append("consThreshold=");
 515           text.append(sg.cs.getConservationInc());
 516           text.append("\t");
 517         }
 518       }
 519       text.append("outlineColour=");
 520       text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.getOutlineColour()));
 521       text.append("\t");
 522
 523       text.append("displayBoxes=");
 524       text.append(sg.getDisplayBoxes());
 525       text.append("\t");
 526       text.append("displayText=");
 527       text.append(sg.getDisplayText());
 528       text.append("\t");
 529       text.append("colourText=");
 530       text.append(sg.getColourText());
 531       text.append("\t");
 532       text.append("showUnconserved=");
 533       text.append(sg.getShowNonconserved());
 534       text.append("\t");
 535       if (sg.textColour != java.awt.Color.black)
 536       {
 537         text.append("textCol1=");
 538         text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour));
 539         text.append("\t");
 540       }
 541       if (sg.textColour2 != java.awt.Color.white)
 542       {
 543         text.append("textCol2=");
 544         text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour2));
 545         text.append("\t");
 546       }
 547       if (sg.thresholdTextColour != 0)
 548       {
 549         text.append("textColThreshold=");
 550         text.append(sg.thresholdTextColour);
 551         text.append("\t");
 552       }
 553       if (sg.idColour != null)
 554       {
 555         text.append("idColour=");
 556         text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.idColour));
 557         text.append("\t");
 558       }
 559       if (sg.isHidereps())
 560       {
 561         text.append("hide=true\t");
 562       }
 563       if (sg.isHideCols())
 564       {
 565         text.append("hidecols=true\t");
 566       }
 567       if (seqrep != null)
 568       {
 569         // terminate the last line and clear the sequence ref for the group
 570         text.append(newline);
 571         text.append("SEQUENCE_REF");
 572       }
 573       text.append(newline);
 574       text.append(newline);
 575
 576     }
 577   }
 578
 579   SequenceI refSeq = null;
 580
 581   String refSeqId = null;
 582
 583   public boolean readAnnotationFile(AlignmentI al, String file,
 584           String protocol)
 585   {
 586     BufferedReader in = null;
 587     try
 588     {
 589       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE))
 590       {
 591         in = new BufferedReader(new FileReader(file));
 592       }
 593       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))
 594       {
 595         URL url = new URL(file);
 596         in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));
 597       }
 598       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 599       {
 600         in = new BufferedReader(new StringReader(file));
 601       }
 602       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.CLASSLOADER))
 603       {
 604         java.io.InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);
 605         if (is != null)
 606         {
 607           in = new BufferedReader(new java.io.InputStreamReader(is));
 608         }
 609       }
 610       if (in != null)
 611       {
 612         return parseAnnotationFrom(al, in);
 613       }
 614
 615     } catch (Exception ex)
 616     {
 617       ex.printStackTrace();
 618       System.out.println("Problem reading annotation file: " + ex);
 619       if (nlinesread>0) {
 620         System.out.println("Last read line "+nlinesread+": '"+lastread+"' (first 80 chars) ...");
 621       }
 622       return false;
 623     }
 624     return false;
 625   }
 626   long nlinesread=0;
 627   String lastread="";
 628   private static String GRAPHLINE="GRAPHLINE", COMBINE="COMBINE";
 629   public boolean parseAnnotationFrom(AlignmentI al, BufferedReader in)
 630           throws Exception
 631   {
 632     nlinesread = 0;
 633     ArrayList<Object[]> combineAnnotation_calls = new ArrayList<Object[]>();
 634     ArrayList<Object[]> deferredAnnotation_calls = new ArrayList<Object[]>();
 635     boolean modified = false;
 636     String groupRef = null;
 637     Hashtable groupRefRows = new Hashtable();
 638
 639     Hashtable autoAnnots = new Hashtable();
 640     {
 641       String line, label, description, token;
 642       int graphStyle, index;
 643       int refSeqIndex = 1;
 644       int existingAnnotations = 0;
 645       // when true - will add new rows regardless of whether they are duplicate
 646       // auto-annotation like consensus or conservation graphs
 647       boolean overrideAutoAnnot = false;
 648       if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 649       {
 650         existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation().length;
 651         if (existingAnnotations > 0)
 652         {
 653           AlignmentAnnotation[] aa = al.getAlignmentAnnotation();
 654           for (int aai = 0; aai < aa.length; aai++)
 655           {
 656             if (aa[aai].autoCalculated)
 657             {
 658               // make a note of the name and description
 659               autoAnnots.put(
 660                       autoAnnotsKey(aa[aai], aa[aai].sequenceRef,
 661                               (aa[aai].groupRef == null ? null
 662                                       : aa[aai].groupRef.getName())),
 663                       new Integer(1));
 664             }
 665           }
 666         }
 667       }
 668
 669       int alWidth = al.getWidth();
 670
 671       StringTokenizer st;
 672       Annotation[] annotations;
 673       AlignmentAnnotation annotation = null;
 674
 675       // First confirm this is an Annotation file
 676       boolean jvAnnotationFile = false;
 677       while ((line = in.readLine()) != null)
 678       {
 679         nlinesread++;lastread = new String(line);
 680         if (line.indexOf("#") == 0)
 681         {
 682           continue;
 683         }
 684
 685         if (line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1)
 686         {
 687           jvAnnotationFile = true;
 688           break;
 689         }
 690       }
 691
 692       if (!jvAnnotationFile)
 693       {
 694         in.close();
 695         return false;
 696       }
 697
 698       while ((line = in.readLine()) != null)
 699       {
 700         nlinesread++;lastread = new String(line);
 701         if (line.indexOf("#") == 0
 702                 || line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1
 703                 || line.length() == 0)
 704         {
 705           continue;
 706         }
 707
 708         st = new StringTokenizer(line, "\t");
 709         token = st.nextToken();
 710         if (token.equalsIgnoreCase("COLOUR"))
 711         {
 712           // TODO: use graduated colour def'n here too
 713           colourAnnotations(al, st.nextToken(), st.nextToken());
 714           modified = true;
 715           continue;
 716         }
 717
 718         else if (token.equalsIgnoreCase(COMBINE))
 719         {
 720           // keep a record of current state and resolve groupRef at end
 721           combineAnnotation_calls.add(new Object[] { st, refSeq, groupRef});
 722           modified = true;
 723           continue;
 724         }
 725         else if (token.equalsIgnoreCase("ROWPROPERTIES"))
 726         {
 727           addRowProperties(al, st);
 728           modified = true;
 729           continue;
 730         }
 731         else if (token.equalsIgnoreCase(GRAPHLINE))
 732         {
 733           // resolve at end
 734           deferredAnnotation_calls.add(new Object[] { GRAPHLINE, st, refSeq, groupRef});
 735           modified = true;
 736           continue;
 737         }
 738
 739         else if (token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_REF"))
 740         {
 741           if (st.hasMoreTokens())
 742           {
 743             refSeq = al.findName(refSeqId = st.nextToken());
 744             if (refSeq == null)
 745             {
 746               refSeqId = null;
 747             }
 748             try
 749             {
 750               refSeqIndex = Integer.parseInt(st.nextToken());
 751               if (refSeqIndex < 1)
 752               {
 753                 refSeqIndex = 1;
 754                 System.out
 755                         .println("WARNING: SEQUENCE_REF index must be > 0 in AnnotationFile");
 756               }
 757             } catch (Exception ex)
 758             {
 759               refSeqIndex = 1;
 760             }
 761           }
 762           else
 763           {
 764             refSeq = null;
 765             refSeqId = null;
 766           }
 767           continue;
 768         }
 769         else if (token.equalsIgnoreCase("GROUP_REF"))
 770         {
 771           // Group references could be forward or backwards, so they are
 772           // resolved after the whole file is read in
 773           groupRef = null;
 774           if (st.hasMoreTokens())
 775           {
 776             groupRef = st.nextToken();
 777             if (groupRef.length() < 1)
 778             {
 779               groupRef = null; // empty string
 780             }
 781             else
 782             {
 783               if (groupRefRows.get(groupRef) == null)
 784               {
 785                 groupRefRows.put(groupRef, new Vector());
 786               }
 787             }
 788           }
 789           continue;
 790         }
 791         else if (token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_GROUP"))
 792         {
 793           addGroup(al, st);
 794           modified=true;
 795           continue;
 796         }
 797
 798         else if (token.equalsIgnoreCase("PROPERTIES"))
 799         {
 800           addProperties(al, st);
 801           modified = true;
 802           continue;
 803         }
 804
 805         else if (token.equalsIgnoreCase("BELOW_ALIGNMENT"))
 806         {
 807           setBelowAlignment(al, st);
 808           modified = true;
 809           continue;
 810         }
 811         else if (token.equalsIgnoreCase("ALIGNMENT"))
 812         {
 813           addAlignmentDetails(al, st);
 814           modified = true;
 815           continue;
 816         }
 817
 818         // Parse out the annotation row
 819         graphStyle = AlignmentAnnotation.getGraphValueFromString(token);
 820         label = st.nextToken();
 821
 822         index = 0;
 823         annotations = new Annotation[alWidth];
 824         description = null;
 825         float score = Float.NaN;
 826
 827         if (st.hasMoreTokens())
 828         {
 829           line = st.nextToken();
 830
 831           if (line.indexOf("|") == -1)
 832           {
 833             description = line;
 834             if (st.hasMoreTokens())
 835               line = st.nextToken();
 836           }
 837
 838           if (st.hasMoreTokens())
 839           {
 840             // This must be the score
 841             score = Float.valueOf(st.nextToken()).floatValue();
 842           }
 843
 844           st = new StringTokenizer(line, "|", true);
 845
 846           boolean emptyColumn = true;
 847           boolean onlyOneElement = (st.countTokens() == 1);
 848
 849           while (st.hasMoreElements() && index < alWidth)
 850           {
 851             token = st.nextToken().trim();
 852
 853             if (onlyOneElement)
 854             {
 855               try
 856               {
 857                 score = Float.valueOf(token).floatValue();
 858                 break;
 859               } catch (NumberFormatException ex)
 860               {
 861               }
 862             }
 863
 864             if (token.equals("|"))
 865             {
 866               if (emptyColumn)
 867               {
 868                 index++;
 869               }
 870
 871               emptyColumn = true;
 872             }
 873             else
 874             {
 875               annotations[index++] = parseAnnotation(token, graphStyle);
 876               emptyColumn = false;
 877             }
 878           }
 879
 880         }
 881
 882         annotation = new AlignmentAnnotation(label, description,
 883                 (index == 0) ? null : annotations, 0, 0, graphStyle);
 884
 885         annotation.score = score;
 886         if (!overrideAutoAnnot
 887                 && autoAnnots.containsKey(autoAnnotsKey(annotation, refSeq,
 888                         groupRef)))
 889         {
 890           // skip - we've already got an automatic annotation of this type.
 891           continue;
 892         }
 893         // otherwise add it!
 894         if (refSeq != null)
 895         {
 896
 897           annotation.belowAlignment = false;
 898           // make a copy of refSeq so we can find other matches in the alignment
 899           SequenceI referedSeq = refSeq;
 900           do
 901           {
 902             // copy before we do any mapping business.
 903             // TODO: verify that undo/redo with 1:many sequence associated
 904             // annotations can be undone correctly
 905             AlignmentAnnotation ann = new AlignmentAnnotation(annotation);
 906             annotation
 907                     .createSequenceMapping(referedSeq, refSeqIndex, false);
 908             annotation.adjustForAlignment();
 909             referedSeq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 910             al.addAnnotation(annotation);
 911             al.setAnnotationIndex(annotation,
 912                     al.getAlignmentAnnotation().length
 913                             - existingAnnotations - 1);
 914             if (groupRef != null)
 915             {
 916               ((Vector) groupRefRows.get(groupRef)).addElement(annotation);
 917             }
 918             // and recover our virgin copy to use again if necessary.
 919             annotation = ann;
 920
 921           } while (refSeqId != null
 922                   && (referedSeq = al.findName(referedSeq, refSeqId, true)) != null);
 923         }
 924         else
 925         {
 926           al.addAnnotation(annotation);
 927           al.setAnnotationIndex(annotation,
 928                   al.getAlignmentAnnotation().length - existingAnnotations
 929                           - 1);
 930           if (groupRef != null)
 931           {
 932             ((Vector) groupRefRows.get(groupRef)).addElement(annotation);
 933           }
 934         }
 935         // and set modification flag
 936         modified = true;
 937       }
 938       // Resolve the groupRefs
 939       Hashtable <String,SequenceGroup> groupRefLookup=new Hashtable<String,SequenceGroup>();
 940       Enumeration en = groupRefRows.keys();
 941
 942       while (en.hasMoreElements())
 943       {
 944         groupRef = (String) en.nextElement();
 945         boolean matched = false;
 946         // Resolve group: TODO: add a getGroupByName method to alignments
 947         for (SequenceGroup theGroup : al.getGroups())
 948         {
 949           if (theGroup.getName().equals(groupRef))
 950           {
 951             if (matched)
 952             {
 953               // TODO: specify and implement duplication of alignment annotation
 954               // for multiple group references.
 955               System.err
 956                       .println("Ignoring 1:many group reference mappings for group name '"
 957                               + groupRef + "'");
 958             }
 959             else
 960             {
 961               matched = true;
 962               Vector rowset = (Vector) groupRefRows.get(groupRef);
 963               groupRefLookup.put(groupRef,  theGroup);
 964               if (rowset != null && rowset.size() > 0)
 965               {
 966                 AlignmentAnnotation alan = null;
 967                 for (int elm = 0, elmSize = rowset.size(); elm < elmSize; elm++)
 968                 {
 969                   alan = (AlignmentAnnotation) rowset.elementAt(elm);
 970                   alan.groupRef = theGroup;
 971                 }
 972               }
 973             }
 974           }
 975         }
 976         ((Vector) groupRefRows.get(groupRef)).removeAllElements();
 977       }
 978       // process any deferred attribute settings for each context
 979       for (Object[] _deferred_args : deferredAnnotation_calls)
 980       {
 981         if (_deferred_args[0] == GRAPHLINE)
 982         {
 983           addLine(al,
 984                   (StringTokenizer) _deferred_args[1], // st
 985                   (SequenceI) _deferred_args[2], // refSeq
 986                   (_deferred_args[3] == null) ? null : groupRefLookup
 987                           .get((String) _deferred_args[3]) // the reference
 988                                                            // group, or null
 989           );
 990         }
 991       }
 992
 993       // finally, combine all the annotation rows within each context.
 994       /**
 995        * number of combine statements in this annotation file. Used to create new groups for combined annotation graphs without disturbing existing ones
 996        */
 997       int combinecount = 0;
 998       for (Object[] _combine_args:combineAnnotation_calls) {
 999         combineAnnotations(al,
1000                 ++combinecount,
1001                 (StringTokenizer) _combine_args[0], // st
1002                 (SequenceI) _combine_args[1], // refSeq
1003                 (_combine_args[2]==null) ? null : groupRefLookup.get((String)_combine_args[2]) // the reference group, or null
1004                 );
1005       }
1006     }
1007     return modified;
1008   }
1009
1010   private Object autoAnnotsKey(AlignmentAnnotation annotation,
1011           SequenceI refSeq, String groupRef)
1012   {
1013     return annotation.graph + "\t" + annotation.label + "\t"
1014             + annotation.description + "\t"
1015             + (refSeq != null ? refSeq.getDisplayId(true) : "");
1016   }
1017
1018   Annotation parseAnnotation(String string, int graphStyle)
1019   {
1020     boolean hasSymbols = (graphStyle == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH); // don't
1021     // do the
1022     // glyph
1023     // test
1024     // if we
1025     // don't
1026     // want
1027     // secondary
1028     // structure
1029     String desc = null, displayChar = null;
1030     char ss = ' '; // secondaryStructure
1031     float value = 0;
1032     boolean parsedValue = false, dcset = false;
1033
1034     // find colour here
1035     java.awt.Color colour = null;
1036     int i = string.indexOf("[");
1037     int j = string.indexOf("]");
1038     if (i > -1 && j > -1)
1039     {
1040       UserColourScheme ucs = new UserColourScheme();
1041
1042       colour = ucs.getColourFromString(string.substring(i + 1, j));
1043       if (i > 0 && string.charAt(i - 1) == ',')
1044       {
1045         // clip the preceding comma as well
1046         i--;
1047       }
1048       string = string.substring(0, i) + string.substring(j + 1);
1049     }
1050
1051     StringTokenizer st = new StringTokenizer(string, ",", true);
1052     String token;
1053     boolean seenContent = false;
1054     int pass = 0;
1055     while (st.hasMoreTokens())
1056     {
1057       pass++;
1058       token = st.nextToken().trim();
1059       if (token.equals(","))
1060       {
1061         if (!seenContent && parsedValue && !dcset)
1062         {
1063           // allow the value below the bar/line to be empty
1064           dcset = true;
1065           displayChar = " ";
1066         }
1067         seenContent = false;
1068         continue;
1069       }
1070       else
1071       {
1072         seenContent = true;
1073       }
1074
1075       if (!parsedValue)
1076       {
1077         try
1078         {
1079           displayChar = token;
1080           // foo
1081           value = new Float(token).floatValue();
1082           parsedValue = true;
1083           continue;
1084         } catch (NumberFormatException ex)
1085         {
1086         }
1087       }
1088       else
1089       {
1090         if (token.length() == 1)
1091         {
1092           displayChar = token;
1093         }
1094       }
1095       if (hasSymbols
1096               && (token.equals("H") || token.equals("E")
1097                       || token.equals("S") || token.equals(" ")))
1098       {
1099         // Either this character represents a helix or sheet
1100         // or an integer which can be displayed
1101         ss = token.charAt(0);
1102         if (displayChar.equals(token.substring(0, 1)))
1103         {
1104           displayChar = "";
1105         }
1106       }
1107       else if (desc == null || (parsedValue && pass > 2))
1108       {
1109         desc = token;
1110       }
1111
1112     }
1113     // if (!dcset && string.charAt(string.length() - 1) == ',')
1114     // {
1115     // displayChar = " "; // empty display char symbol.
1116     // }
1117     if (displayChar != null && desc != null && desc.length() == 1)
1118     {
1119       if (displayChar.length() > 1)
1120       {
1121         // switch desc and displayChar - legacy support
1122         String tmp = displayChar;
1123         displayChar = desc;
1124         desc = tmp;
1125       }
1126       else
1127       {
1128         if (displayChar.equals(desc))
1129         {
1130           // duplicate label - hangover from the 'robust parser' above
1131           desc = null;
1132         }
1133       }
1134     }
1135     Annotation anot = new Annotation(displayChar, desc, ss, value);
1136
1137     anot.colour = colour;
1138
1139     return anot;
1140   }
1141
1142   void colourAnnotations(AlignmentI al, String label, String colour)
1143   {
1144     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(colour);
1145     Annotation[] annotations;
1146     for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
1147     {
1148       if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(label))
1149       {
1150         annotations = al.getAlignmentAnnotation()[i].annotations;
1151         for (int j = 0; j < annotations.length; j++)
1152         {
1153           if (annotations[j] != null)
1154           {
1155             annotations[j].colour = ucs.findColour('A');
1156           }
1157         }
1158       }
1159     }
1160   }
1161
1162   void combineAnnotations(AlignmentI al, int combineCount, StringTokenizer st, SequenceI seqRef, SequenceGroup groupRef)
1163   {
1164     String group = st.nextToken();
1165     // First make sure we are not overwriting the graphIndex
1166     int graphGroup=0;
1167     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
1168     {
1169       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
1170       {
1171         AlignmentAnnotation aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
1172
1173         if (aa.graphGroup>graphGroup)
1174         {
1175           // try to number graphGroups in order of occurence.
1176           graphGroup=aa.graphGroup+1;
1177         }
1178         if (aa.sequenceRef==seqRef && aa.groupRef==groupRef && aa.label.equalsIgnoreCase(group))
1179         {
1180           if (aa.graphGroup>-1)
1181           {
1182             graphGroup = aa.graphGroup;
1183           } else {
1184             if (graphGroup <= combineCount)
1185             {
1186               graphGroup=combineCount+1;
1187             }
1188             aa.graphGroup = graphGroup;
1189           }
1190           break;
1191         }
1192       }
1193
1194       // Now update groups
1195       while (st.hasMoreTokens())
1196       {
1197         group = st.nextToken();
1198         for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
1199         {
1200           AlignmentAnnotation aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
1201           if (aa.sequenceRef==seqRef && aa.groupRef==groupRef && aa.label.equalsIgnoreCase(group))
1202           {
1203             aa.graphGroup = graphGroup;
1204             break;
1205           }
1206         }
1207       }
1208     }
1209     else
1210     {
1211       System.err
1212               .println("Couldn't combine annotations. None are added to alignment yet!");
1213     }
1214   }
1215
1216   void addLine(AlignmentI al, StringTokenizer st, SequenceI seqRef, SequenceGroup groupRef)
1217   {
1218     String group = st.nextToken();
1219     AlignmentAnnotation annotation = null, alannot[] = al
1220             .getAlignmentAnnotation();
1221     float value = new Float(st.nextToken()).floatValue();
1222     String label = st.hasMoreTokens() ? st.nextToken() : null;
1223     java.awt.Color colour = null;
1224     if (st.hasMoreTokens())
1225     {
1226       UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(st.nextToken());
1227       colour = ucs.findColour('A');
1228     }
1229     if (alannot != null)
1230     {
1231       for (int i = 0; i < alannot.length; i++)
1232       {
1233         if (alannot[i].label.equalsIgnoreCase(group) && (seqRef==null || alannot[i].sequenceRef==seqRef) && (groupRef==null || alannot[i].groupRef==groupRef))
1234         {
1235           alannot[i].setThreshold(new GraphLine(value, label, colour));
1236         }
1237       }
1238     }
1239     if (annotation == null)
1240     {
1241       return;
1242     }
1243   }
1244
1245   void addGroup(AlignmentI al, StringTokenizer st)
1246   {
1247     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1248     sg.setName(st.nextToken());
1249     String rng = "";
1250     try
1251     {
1252       rng = st.nextToken();
1253       if (rng.length() > 0 && !rng.startsWith("*"))
1254       {
1255         sg.setStartRes(Integer.parseInt(rng) - 1);
1256       }
1257       else
1258       {
1259         sg.setStartRes(0);
1260       }
1261       rng = st.nextToken();
1262       if (rng.length() > 0 && !rng.startsWith("*"))
1263       {
1264         sg.setEndRes(Integer.parseInt(rng) - 1);
1265       }
1266       else
1267       {
1268         sg.setEndRes(al.getWidth() - 1);
1269       }
1270     } catch (Exception e)
1271     {
1272       System.err
1273               .println("Couldn't parse Group Start or End Field as '*' or a valid column or sequence index: '"
1274                       + rng + "' - assuming alignment width for group.");
1275       // assume group is full width
1276       sg.setStartRes(0);
1277       sg.setEndRes(al.getWidth() - 1);
1278     }
1279
1280     String index = st.nextToken();
1281     if (index.equals("-1"))
1282     {
1283       while (st.hasMoreElements())
1284       {
1285         sg.addSequence(al.findName(st.nextToken()), false);
1286       }
1287     }
1288     else
1289     {
1290       StringTokenizer st2 = new StringTokenizer(index, ",");
1291
1292       while (st2.hasMoreTokens())
1293       {
1294         String tmp = st2.nextToken();
1295         if (tmp.equals("*"))
1296         {
1297           for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
1298           {
1299             sg.addSequence(al.getSequenceAt(i), false);
1300           }
1301         }
1302         else if (tmp.indexOf("-") >= 0)
1303         {
1304           StringTokenizer st3 = new StringTokenizer(tmp, "-");
1305
1306           int start = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));
1307           int end = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));
1308
1309           if (end > start)
1310           {
1311             for (int i = start; i <= end; i++)
1312             {
1313               sg.addSequence(al.getSequenceAt(i - 1), false);
1314             }
1315           }
1316         }
1317         else
1318         {
1319           sg.addSequence(al.getSequenceAt(Integer.parseInt(tmp) - 1), false);
1320         }
1321       }
1322     }
1323
1324     if (refSeq != null)
1325     {
1326       sg.setStartRes(refSeq.findIndex(sg.getStartRes() + 1) - 1);
1327       sg.setEndRes(refSeq.findIndex(sg.getEndRes() + 1) - 1);
1328       sg.setSeqrep(refSeq);
1329     }
1330
1331     if (sg.getSize() > 0)
1332     {
1333       al.addGroup(sg);
1334     }
1335   }
1336
1337   void addRowProperties(AlignmentI al, StringTokenizer st)
1338   {
1339     String label = st.nextToken(), keyValue, key, value;
1340     boolean scaletofit = false, centerlab = false, showalllabs = false;
1341     while (st.hasMoreTokens())
1342     {
1343       keyValue = st.nextToken();
1344       key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));
1345       value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);
1346       if (key.equalsIgnoreCase("scaletofit"))
1347       {
1348         scaletofit = Boolean.valueOf(value).booleanValue();
1349       }
1350       if (key.equalsIgnoreCase("showalllabs"))
1351       {
1352         showalllabs = Boolean.valueOf(value).booleanValue();
1353       }
1354       if (key.equalsIgnoreCase("centrelabs"))
1355       {
1356         centerlab = Boolean.valueOf(value).booleanValue();
1357       }
1358       AlignmentAnnotation[] alr = al.getAlignmentAnnotation();
1359       if (alr != null)
1360       {
1361         for (int i = 0; i < alr.length; i++)
1362         {
1363           if (alr[i].label.equalsIgnoreCase(label))
1364           {
1365             alr[i].centreColLabels = centerlab;
1366             alr[i].scaleColLabel = scaletofit;
1367             alr[i].showAllColLabels = showalllabs;
1368           }
1369         }
1370       }
1371     }
1372   }
1373
1374   void addProperties(AlignmentI al, StringTokenizer st)
1375   {
1376
1377     // So far we have only added groups to the annotationHash,
1378     // the idea is in the future properties can be added to
1379     // alignments, other annotations etc
1380     if (al.getGroups() == null)
1381     {
1382       return;
1383     }
1384
1385     String name = st.nextToken();
1386     SequenceGroup sg = null;
1387     for (SequenceGroup _sg : al.getGroups())
1388     {
1389       if ((sg = _sg).getName().equals(name))
1390       {
1391         break;
1392       }
1393       else
1394       {
1395         sg = null;
1396       }
1397     }
1398
1399     if (sg != null)
1400     {
1401       String keyValue, key, value;
1402       ColourSchemeI def = sg.cs;
1403       sg.cs = null;
1404       while (st.hasMoreTokens())
1405       {
1406         keyValue = st.nextToken();
1407         key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));
1408         value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);
1409
1410         if (key.equalsIgnoreCase("description"))
1411         {
1412           sg.setDescription(value);
1413         }
1414         else if (key.equalsIgnoreCase("colour"))
1415         {
1416           sg.cs = ColourSchemeProperty.getColour(al, value);
1417         }
1418         else if (key.equalsIgnoreCase("pidThreshold"))
1419         {
1420           sg.cs.setThreshold(Integer.parseInt(value), true);
1421
1422         }
1423         else if (key.equalsIgnoreCase("consThreshold"))
1424         {
1425           sg.cs.setConservationInc(Integer.parseInt(value));
1426           Conservation c = new Conservation("Group",
1427                   ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(null),
1428                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
1429
1430           c.calculate();
1431           c.verdict(false, 25); // TODO: refer to conservation percent threshold
1432
1433           sg.cs.setConservation(c);
1434
1435         }
1436         else if (key.equalsIgnoreCase("outlineColour"))
1437         {
1438           sg.setOutlineColour(new UserColourScheme(value).findColour('A'));
1439         }
1440         else if (key.equalsIgnoreCase("displayBoxes"))
1441         {
1442           sg.setDisplayBoxes(Boolean.valueOf(value).booleanValue());
1443         }
1444         else if (key.equalsIgnoreCase("showUnconserved"))
1445         {
1446           sg.setShowNonconserved(Boolean.valueOf(value).booleanValue());
1447         }
1448         else if (key.equalsIgnoreCase("displayText"))
1449         {
1450           sg.setDisplayText(Boolean.valueOf(value).booleanValue());
1451         }
1452         else if (key.equalsIgnoreCase("colourText"))
1453         {
1454           sg.setColourText(Boolean.valueOf(value).booleanValue());
1455         }
1456         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol1"))
1457         {
1458           sg.textColour = new UserColourScheme(value).findColour('A');
1459         }
1460         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol2"))
1461         {
1462           sg.textColour2 = new UserColourScheme(value).findColour('A');
1463         }
1464         else if (key.equalsIgnoreCase("textColThreshold"))
1465         {
1466           sg.thresholdTextColour = Integer.parseInt(value);
1467         }
1468         else if (key.equalsIgnoreCase("idColour"))
1469         {
1470           // consider warning if colour doesn't resolve to a real colour
1471           sg.setIdColour((def = new UserColourScheme(value))
1472                   .findColour('A'));
1473         }
1474         else if (key.equalsIgnoreCase("hide"))
1475         {
1476           // see bug https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=25847
1477           sg.setHidereps(true);
1478         }
1479         else if (key.equalsIgnoreCase("hidecols"))
1480         {
1481           // see bug https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=25847
1482           sg.setHideCols(true);
1483         }
1484         sg.recalcConservation();
1485       }
1486       if (sg.cs == null)
1487       {
1488         sg.cs = def;
1489       }
1490     }
1491   }
1492
1493   void setBelowAlignment(AlignmentI al, StringTokenizer st)
1494   {
1495     String token;
1496     AlignmentAnnotation aa, ala[] = al.getAlignmentAnnotation();
1497     if (ala == null)
1498     {
1499       System.err
1500               .print("Warning - no annotation to set below for sequence associated annotation:");
1501     }
1502     while (st.hasMoreTokens())
1503     {
1504       token = st.nextToken();
1505       if (ala == null)
1506       {
1507         System.err.print(" " + token);
1508       }
1509       else
1510       {
1511         for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
1512         {
1513           aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
1514           if (aa.sequenceRef == refSeq && aa.label.equals(token))
1515           {
1516             aa.belowAlignment = true;
1517           }
1518         }
1519       }
1520     }
1521     if (ala == null)
1522     {
1523       System.err.print("\n");
1524     }
1525   }
1526
1527   void addAlignmentDetails(AlignmentI al, StringTokenizer st)
1528   {
1529     String keyValue, key, value;
1530     while (st.hasMoreTokens())
1531     {
1532       keyValue = st.nextToken();
1533       key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));
1534       value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);
1535       al.setProperty(key, value);
1536     }
1537   }
1538
1539   /**
1540    * Write annotations as a CSV file of the form 'label, value, value, ...' for
1541    * each row.
1542    *
1543    * @param annotations
1544    * @return CSV file as a string.
1545    */
1546   public String printCSVAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations)
1547   {
1548     StringBuffer sp = new StringBuffer();
1549     for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
1550     {
1551       String atos = annotations[i].toString();
1552       int p = 0;
1553       do
1554       {
1555         int cp = atos.indexOf("\n", p);
1556         sp.append(annotations[i].label);
1557         sp.append(",");
1558         if (cp > p)
1559         {
1560           sp.append(atos.substring(p, cp + 1));
1561         }
1562         else
1563         {
1564           sp.append(atos.substring(p));
1565           sp.append(newline);
1566         }
1567         p = cp + 1;
1568       } while (p > 0);
1569     }
1570     return sp.toString();
1571   }
1572 }