src/jalview/io/AnnotationFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import java.io.*;\r
  23 import java.net.*;\r
  24 import java.util.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class AnnotationFile\r
  31 {\r
  32   StringBuffer text = new StringBuffer(\r
  33       "JALVIEW_ANNOTATION\n"\r
  34       + "# Created: "\r
  35       + new java.util.Date() + "\n\n");\r
  36 \r
  37   public String printAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations,\r
  38                                  Vector groups)\r
  39   {\r
  40     if (annotations != null)\r
  41     {\r
  42       AlignmentAnnotation row;\r
  43       String comma;\r
  44       SequenceI seqref = null;\r
  45 \r
  46       StringBuffer colours = new StringBuffer();\r
  47       StringBuffer graphLine = new StringBuffer();\r
  48 \r
  49       Hashtable graphGroup = new Hashtable();\r
  50 \r
  51       java.awt.Color color;\r
  52 \r
  53       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
  54       {\r
  55         row = annotations[i];\r
  56 \r
  57         if (!row.visible && row.annotations!=null)\r
  58         {\r
  59           continue;\r
  60         }\r
  61 \r
  62         color = null;\r
  63 \r
  64         if (row.sequenceRef == null)\r
  65         {\r
  66           if (seqref != null)\r
  67           {\r
  68             text.append("\nSEQUENCE_REF\tALIGNMENT\n");\r
  69           }\r
  70 \r
  71           seqref = null;\r
  72         }\r
  73 \r
  74         else if (seqref == null || seqref != row.sequenceRef)\r
  75         {\r
  76           seqref = row.sequenceRef;\r
  77           text.append("\nSEQUENCE_REF\t" + seqref.getName() + "\n");\r
  78         }\r
  79 \r
  80         if (row.graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)\r
  81         {\r
  82           text.append("NO_GRAPH\t");\r
  83         }\r
  84         else\r
  85         {\r
  86           if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)\r
  87           {\r
  88             text.append("BAR_GRAPH\t");\r
  89           }\r
  90           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)\r
  91           {\r
  92             text.append("LINE_GRAPH\t");\r
  93           }\r
  94 \r
  95           if (row.getThreshold() != null)\r
  96           {\r
  97             graphLine.append("GRAPHLINE\t"\r
  98                              + row.label + "\t"\r
  99                              + row.getThreshold().value + "\t"\r
 100                              + row.getThreshold().label + "\t"\r
 101                              + jalview.util.Format.getHexString(\r
 102                                  row.getThreshold().colour) + "\n"\r
 103                 );\r
 104           }\r
 105 \r
 106           if (row.graphGroup > -1)\r
 107           {\r
 108             String key = String.valueOf(row.graphGroup);\r
 109             if (graphGroup.containsKey(key))\r
 110             {\r
 111               graphGroup.put(key, graphGroup.get(key)\r
 112                              + "\t" + row.label);\r
 113             }\r
 114             else\r
 115             {\r
 116               graphGroup.put(key, row.label);\r
 117             }\r
 118           }\r
 119         }\r
 120 \r
 121         text.append(row.label + "\t");\r
 122         if (row.description != null)\r
 123         {\r
 124           text.append(row.description + "\t");\r
 125         }\r
 126 \r
 127         for (int j = 0; j < row.annotations.length; j++)\r
 128         {\r
 129           if (seqref != null &&\r
 130               jalview.util.Comparison.isGap(seqref.getCharAt(j)))\r
 131           {\r
 132             continue;\r
 133           }\r
 134 \r
 135           if (row.annotations[j] != null)\r
 136           {\r
 137             comma = "";\r
 138             if (row.annotations[j].secondaryStructure != ' ')\r
 139             {\r
 140               text.append(comma + row.annotations[j].secondaryStructure);\r
 141               comma = ",";\r
 142             }\r
 143             if (row.annotations[j].displayCharacter!=null\r
 144                 && row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0\r
 145                 && !row.annotations[j].displayCharacter.equals(" "))\r
 146             {\r
 147               text.append(comma + row.annotations[j].displayCharacter);\r
 148               comma = ",";\r
 149             }\r
 150 \r
 151             if (row.annotations[j] != null)\r
 152             {\r
 153               color = row.annotations[j].colour;\r
 154               if (row.annotations[j].value != 0f)\r
 155               {\r
 156                 text.append(comma + row.annotations[j].value);\r
 157               }\r
 158             }\r
 159           }\r
 160           text.append("|");\r
 161         }\r
 162 \r
 163         text.append("\n");\r
 164 \r
 165         if (color != null && color != java.awt.Color.black)\r
 166         {\r
 167           colours.append("COLOUR\t"\r
 168                          + row.label + "\t"\r
 169                          + jalview.util.Format.getHexString(color) + "\n");\r
 170         }\r
 171 \r
 172       }\r
 173 \r
 174       text.append("\n");\r
 175 \r
 176       text.append(colours.toString());\r
 177       text.append(graphLine.toString());\r
 178       if (graphGroup.size() > 0)\r
 179       {\r
 180         text.append("COMBINE\t");\r
 181         Enumeration en = graphGroup.elements();\r
 182         while (en.hasMoreElements())\r
 183         {\r
 184           text.append(en.nextElement() + "\n");\r
 185         }\r
 186       }\r
 187     }\r
 188 \r
 189     if (groups != null)\r
 190     {\r
 191       printGroups(groups);\r
 192     }\r
 193 \r
 194     return text.toString();\r
 195   }\r
 196 \r
 197   public void printGroups(Vector sequenceGroups)\r
 198   {\r
 199     SequenceGroup sg;\r
 200     for (int i = 0; i < sequenceGroups.size(); i++)\r
 201     {\r
 202       sg = (SequenceGroup) sequenceGroups.elementAt(i);\r
 203       text.append("SEQUENCE_GROUP\t"\r
 204                   + sg.getName() + "\t"\r
 205                   + (sg.getStartRes() + 1) + "\t"\r
 206                   + (sg.getEndRes() + 1) + "\t" + "-1\t");\r
 207       for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 208       {\r
 209         text.append(sg.getSequenceAt(s).getName() + "\t");\r
 210       }\r
 211 \r
 212       text.append("\nPROPERTIES\t" + sg.getName() + "\t");\r
 213 \r
 214       if (sg.getDescription() != null)\r
 215       {\r
 216         text.append("description=" + sg.getDescription() + "\t");\r
 217       }\r
 218       if (sg.cs != null)\r
 219       {\r
 220         text.append("colour=" + ColourSchemeProperty.getColourName(sg.cs) +\r
 221                     "\t");\r
 222         if (sg.cs.getThreshold() != 0)\r
 223         {\r
 224           text.append("pidThreshold=" + sg.cs.getThreshold());\r
 225         }\r
 226         if (sg.cs.conservationApplied())\r
 227         {\r
 228           text.append("consThreshold=" + sg.cs.getConservationInc() + "\t");\r
 229         }\r
 230       }\r
 231       text.append("outlineColour=" +\r
 232                   jalview.util.Format.getHexString(sg.getOutlineColour()) +\r
 233                   "\t");\r
 234 \r
 235       text.append("displayBoxes=" + sg.getDisplayBoxes() + "\t");\r
 236       text.append("displayText=" + sg.getDisplayText() + "\t");\r
 237       text.append("colourText=" + sg.getColourText() + "\t");\r
 238 \r
 239       if (sg.textColour != java.awt.Color.black)\r
 240       {\r
 241         text.append("textCol1=" +\r
 242                     jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour) + "\t");\r
 243       }\r
 244       if (sg.textColour2 != java.awt.Color.white)\r
 245       {\r
 246         text.append("textCol2=" +\r
 247                     jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour2) + "\t");\r
 248       }\r
 249       if (sg.thresholdTextColour != 0)\r
 250       {\r
 251         text.append("textColThreshold=" + sg.thresholdTextColour);\r
 252       }\r
 253 \r
 254       text.append("\n\n");\r
 255 \r
 256     }\r
 257   }\r
 258 \r
 259   SequenceI refSeq = null;\r
 260   public boolean readAnnotationFile(AlignmentI al,\r
 261                                     String file,\r
 262                                     String protocol)\r
 263   {\r
 264     try\r
 265     {\r
 266       BufferedReader in = null;\r
 267       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE))\r
 268       {\r
 269         in = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
 270       }\r
 271       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))\r
 272       {\r
 273         URL url = new URL(file);\r
 274         in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
 275       }\r
 276       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))\r
 277       {\r
 278         in = new BufferedReader(new StringReader(file));\r
 279       }\r
 280       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.CLASSLOADER))\r
 281       {\r
 282         java.io.InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);\r
 283         if (is != null)\r
 284         {\r
 285           in = new BufferedReader(new java.io.InputStreamReader(is));\r
 286         }\r
 287       }\r
 288 \r
 289       String line, label, description, token;\r
 290       int graphStyle, index;\r
 291       int refSeqIndex = 1;\r
 292       int existingAnnotations = 0;\r
 293       if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 294       {\r
 295         existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation().length;\r
 296       }\r
 297 \r
 298       int alWidth = al.getWidth();\r
 299 \r
 300       StringTokenizer st;\r
 301       Annotation[] annotations;\r
 302       AlignmentAnnotation annotation = null;\r
 303 \r
 304       // First confirm this is an Annotation file\r
 305       boolean jvAnnotationFile = false;\r
 306       while ( (line = in.readLine()) != null)\r
 307       {\r
 308         if (line.indexOf("#") == 0)\r
 309         {\r
 310           continue;\r
 311         }\r
 312 \r
 313         if (line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1)\r
 314         {\r
 315           jvAnnotationFile = true;\r
 316           break;\r
 317         }\r
 318       }\r
 319 \r
 320       if (!jvAnnotationFile)\r
 321       {\r
 322         in.close();\r
 323         return false;\r
 324       }\r
 325 \r
 326       while ( (line = in.readLine()) != null)\r
 327       {\r
 328         if (line.indexOf("#") == 0\r
 329             || line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1\r
 330             || line.length() == 0)\r
 331         {\r
 332           continue;\r
 333         }\r
 334 \r
 335         st = new StringTokenizer(line, "\t");\r
 336         token = st.nextToken();\r
 337         if (token.equalsIgnoreCase("COLOUR"))\r
 338         {\r
 339           colourAnnotations(al, st.nextToken(), st.nextToken());\r
 340           continue;\r
 341         }\r
 342 \r
 343         else if (token.equalsIgnoreCase("COMBINE"))\r
 344         {\r
 345           combineAnnotations(al, st);\r
 346           continue;\r
 347         }\r
 348 \r
 349         else if (token.equalsIgnoreCase("GRAPHLINE"))\r
 350         {\r
 351           addLine(al, st);\r
 352           continue;\r
 353         }\r
 354 \r
 355         else if (token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_REF"))\r
 356         {\r
 357           refSeq = al.findName(st.nextToken());\r
 358           try\r
 359           {\r
 360             refSeqIndex = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 361             if (refSeqIndex < 1)\r
 362             {\r
 363               refSeqIndex = 1;\r
 364               System.out.println(\r
 365                   "WARNING: SEQUENCE_REF index must be > 0 in AnnotationFile");\r
 366             }\r
 367           }\r
 368           catch (Exception ex)\r
 369           {\r
 370             refSeqIndex = 1;\r
 371           }\r
 372 \r
 373           continue ;\r
 374         }\r
 375 \r
 376         else if (token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_GROUP"))\r
 377         {\r
 378           addGroup(al, st);\r
 379           continue;\r
 380         }\r
 381 \r
 382         else if (token.equalsIgnoreCase("PROPERTIES"))\r
 383         {\r
 384           addProperties(al, st);\r
 385           continue;\r
 386         }\r
 387 \r
 388         graphStyle = AlignmentAnnotation.getGraphValueFromString(token);\r
 389         label = st.nextToken();\r
 390 \r
 391         if (st.countTokens() > 1)\r
 392         {\r
 393           description = st.nextToken();\r
 394         }\r
 395         else\r
 396         {\r
 397           description = null;\r
 398         }\r
 399 \r
 400         line = st.nextToken();\r
 401 \r
 402         st = new StringTokenizer(line, "|", true);\r
 403         annotations = new Annotation[alWidth];\r
 404 \r
 405         index = 0;\r
 406         boolean emptyColumn = true;\r
 407 \r
 408         while (st.hasMoreElements() && index < alWidth)\r
 409         {\r
 410           token = st.nextToken().trim();\r
 411           if (token.equals("|"))\r
 412           {\r
 413             if (emptyColumn)\r
 414             {\r
 415               index++;\r
 416             }\r
 417 \r
 418             emptyColumn = true;\r
 419           }\r
 420           else\r
 421           {\r
 422             annotations[index++] = parseAnnotation(token);\r
 423             emptyColumn = false;\r
 424           }\r
 425         }\r
 426 \r
 427         annotation = new AlignmentAnnotation(label,\r
 428                                              description,\r
 429                                              annotations,\r
 430                                              0,\r
 431                                              0,\r
 432                                              graphStyle);\r
 433 \r
 434         if (refSeq != null)\r
 435         {\r
 436           annotation.createSequenceMapping(refSeq, refSeqIndex, false);\r
 437           annotation.adjustForAlignment();\r
 438           refSeq.addAlignmentAnnotation(annotation);\r
 439         }\r
 440 \r
 441         al.addAnnotation(annotation);\r
 442 \r
 443         al.setAnnotationIndex(annotation,\r
 444                               al.getAlignmentAnnotation().length - existingAnnotations -\r
 445                               1);\r
 446       }\r
 447 \r
 448     }\r
 449     catch (Exception ex)\r
 450     {\r
 451       ex.printStackTrace();\r
 452       System.out.println("Problem reading annotation file: " + ex);\r
 453       return false;\r
 454     }\r
 455     return true;\r
 456   }\r
 457 \r
 458   Annotation parseAnnotation(String string)\r
 459   {\r
 460     String desc = null, displayChar = "";\r
 461     char ss = ' '; // secondaryStructure\r
 462     float value = 0;\r
 463     boolean parsedValue = false;\r
 464     StringTokenizer st = new StringTokenizer(string, ",");\r
 465     String token;\r
 466     while (st.hasMoreTokens())\r
 467     {\r
 468       token = st.nextToken().trim();\r
 469       if (token.length() == 0)\r
 470       {\r
 471         continue;\r
 472       }\r
 473 \r
 474       if (!parsedValue)\r
 475       {\r
 476         try\r
 477         {\r
 478           displayChar = token;\r
 479           value = new Float(token).floatValue();\r
 480           parsedValue = true;\r
 481           continue;\r
 482         }\r
 483         catch (NumberFormatException ex)\r
 484         {}\r
 485       }\r
 486 \r
 487       if (token.equals("H") || token.equals("E"))\r
 488       {\r
 489         // Either this character represents a helix or sheet\r
 490         // or an integer which can be displayed\r
 491         ss = token.charAt(0);\r
 492         if (displayChar.equals(token.substring(0, 1)))\r
 493         {\r
 494           displayChar = "";\r
 495         }\r
 496       }\r
 497       else if (desc == null)\r
 498       {\r
 499         desc = token;\r
 500       }\r
 501 \r
 502     }\r
 503 \r
 504     if (desc == null)\r
 505     {\r
 506       desc = value + "";\r
 507     }\r
 508 \r
 509     if (displayChar.length() > 1 && desc.length() == 1)\r
 510     {\r
 511       String tmp = displayChar;\r
 512       displayChar = desc;\r
 513       desc = tmp;\r
 514     }\r
 515 \r
 516     return new Annotation(displayChar, desc, ss, value);\r
 517   }\r
 518 \r
 519   void colourAnnotations(AlignmentI al, String label, String colour)\r
 520   {\r
 521     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(colour);\r
 522     Annotation[] annotations;\r
 523     for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 524     {\r
 525       if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(label))\r
 526       {\r
 527         annotations = al.getAlignmentAnnotation()[i].annotations;\r
 528         for (int j = 0; j < annotations.length; j++)\r
 529         {\r
 530           if (annotations[j] != null)\r
 531           {\r
 532             annotations[j].colour = ucs.findColour('A');\r
 533           }\r
 534         }\r
 535       }\r
 536     }\r
 537   }\r
 538 \r
 539   void combineAnnotations(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 540   {\r
 541     int graphGroup = -1;\r
 542     String group = st.nextToken();\r
 543     //First make sure we are not overwriting the graphIndex\r
 544     for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 545     {\r
 546       if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
 547       {\r
 548         graphGroup = al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup + 1;\r
 549         al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup = graphGroup;\r
 550         break;\r
 551       }\r
 552     }\r
 553 \r
 554     //Now update groups\r
 555     while (st.hasMoreTokens())\r
 556     {\r
 557       group = st.nextToken();\r
 558       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 559       {\r
 560         if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
 561         {\r
 562           al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup = graphGroup;\r
 563           break;\r
 564         }\r
 565       }\r
 566     }\r
 567   }\r
 568 \r
 569   void addLine(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 570   {\r
 571     String group = st.nextToken();\r
 572     AlignmentAnnotation annotation = null;\r
 573 \r
 574     for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 575     {\r
 576       if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
 577       {\r
 578         annotation = al.getAlignmentAnnotation()[i];\r
 579         break;\r
 580       }\r
 581     }\r
 582 \r
 583     if (annotation == null)\r
 584     {\r
 585       return;\r
 586     }\r
 587     float value = new Float(st.nextToken()).floatValue();\r
 588     String label = st.hasMoreTokens() ? st.nextToken() : null;\r
 589     java.awt.Color colour = null;\r
 590     if (st.hasMoreTokens())\r
 591     {\r
 592       UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(st.nextToken());\r
 593       colour = ucs.findColour('A');\r
 594     }\r
 595 \r
 596     annotation.setThreshold(new GraphLine(value, label, colour));\r
 597   }\r
 598 \r
 599   void addGroup(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 600   {\r
 601     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 602     sg.setName(st.nextToken());\r
 603     sg.setStartRes(Integer.parseInt(st.nextToken()) - 1);\r
 604     sg.setEndRes(Integer.parseInt(st.nextToken()) - 1);\r
 605 \r
 606     String index = st.nextToken();\r
 607     if (index.equals("-1"))\r
 608     {\r
 609       while (st.hasMoreElements())\r
 610       {\r
 611         sg.addSequence(al.findName(st.nextToken()), false);\r
 612       }\r
 613     }\r
 614     else\r
 615     {\r
 616       StringTokenizer st2 = new StringTokenizer(index, ",");\r
 617 \r
 618       while (st2.hasMoreTokens())\r
 619       {\r
 620         String tmp = st2.nextToken();\r
 621         if (tmp.equals("*"))\r
 622         {\r
 623           for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)\r
 624           {\r
 625             sg.addSequence(al.getSequenceAt(i), false);\r
 626           }\r
 627         }\r
 628         else if (tmp.indexOf("-") >= 0)\r
 629         {\r
 630           StringTokenizer st3 = new StringTokenizer(tmp, "-");\r
 631 \r
 632           int start = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));\r
 633           int end = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));\r
 634 \r
 635           if (end > start)\r
 636           {\r
 637             for (int i = start; i <= end; i++)\r
 638             {\r
 639               sg.addSequence(al.getSequenceAt(i - 1), false);\r
 640             }\r
 641           }\r
 642         }\r
 643         else\r
 644         {\r
 645           sg.addSequence(al.getSequenceAt(Integer.parseInt(tmp) - 1), false);\r
 646         }\r
 647       }\r
 648     }\r
 649 \r
 650     if (refSeq != null)\r
 651     {\r
 652       sg.setStartRes(refSeq.findIndex(sg.getStartRes() + 1) - 1);\r
 653       sg.setEndRes(refSeq.findIndex(sg.getEndRes() + 1) - 1);\r
 654     }\r
 655 \r
 656     if (sg.getSize() > 0)\r
 657     {\r
 658       al.addGroup(sg);\r
 659     }\r
 660   }\r
 661 \r
 662   void addProperties(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 663   {\r
 664 \r
 665     //So far we have only added groups to the annotationHash,\r
 666     //the idea is in the future properties can be added to\r
 667     //alignments, other annotations etc\r
 668     if (al.getGroups() == null)\r
 669     {\r
 670       return;\r
 671     }\r
 672     SequenceGroup sg = null;\r
 673 \r
 674     String name = st.nextToken();\r
 675 \r
 676     Vector groups = al.getGroups();\r
 677     for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
 678     {\r
 679       sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
 680       if (sg.getName().equals(name))\r
 681       {\r
 682         break;\r
 683       }\r
 684       else\r
 685       {\r
 686         sg = null;\r
 687       }\r
 688     }\r
 689 \r
 690     if (sg != null)\r
 691     {\r
 692       String keyValue, key, value;\r
 693       while (st.hasMoreTokens())\r
 694       {\r
 695         keyValue = st.nextToken();\r
 696         key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));\r
 697         value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);\r
 698 \r
 699         if (key.equalsIgnoreCase("description"))\r
 700         {\r
 701           sg.setDescription(value);\r
 702         }\r
 703         else if (key.equalsIgnoreCase("colour"))\r
 704         {\r
 705           sg.cs = ColourSchemeProperty.getColour(al, value);\r
 706         }\r
 707         else if (key.equalsIgnoreCase("pidThreshold"))\r
 708         {\r
 709           sg.cs.setThreshold(Integer.parseInt(value), true);\r
 710 \r
 711         }\r
 712         else if (key.equalsIgnoreCase("consThreshold"))\r
 713         {\r
 714           sg.cs.setConservationInc(Integer.parseInt(value));\r
 715           Conservation c = new Conservation("Group",\r
 716                                             ResidueProperties.propHash, 3,\r
 717                                             sg.getSequences(null),\r
 718                                             sg.getStartRes(),\r
 719                                             sg.getEndRes() + 1);\r
 720 \r
 721           c.calculate();\r
 722           c.verdict(false, 25);\r
 723 \r
 724           sg.cs.setConservation(c);\r
 725 \r
 726         }\r
 727         else if (key.equalsIgnoreCase("outlineColour"))\r
 728         {\r
 729           sg.setOutlineColour(new UserColourScheme(value).findColour('A'));\r
 730         }\r
 731         else if (key.equalsIgnoreCase("displayBoxes"))\r
 732         {\r
 733           sg.setDisplayBoxes(Boolean.valueOf(value).booleanValue());\r
 734         }\r
 735         else if (key.equalsIgnoreCase("displayText"))\r
 736         {\r
 737           sg.setDisplayText(Boolean.valueOf(value).booleanValue());\r
 738         }\r
 739         else if (key.equalsIgnoreCase("colourText"))\r
 740         {\r
 741           sg.setColourText(Boolean.valueOf(value).booleanValue());\r
 742         }\r
 743         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol1"))\r
 744         {\r
 745           sg.textColour = new UserColourScheme(value).findColour('A');\r
 746         }\r
 747         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol2"))\r
 748         {\r
 749           sg.textColour2 = new UserColourScheme(value).findColour('A');\r
 750         }\r
 751         else if (key.equalsIgnoreCase("textColThreshold"))\r
 752         {\r
 753           sg.thresholdTextColour = Integer.parseInt(value);\r
 754         }\r
 755 \r
 756         sg.recalcConservation();\r
 757       }\r
 758     }\r
 759   }\r
 760 }\r