src/jalview/io/AnnotationFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.net.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.analysis.*;\r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationFile\r
  30 {\r
  31   StringBuffer text = new StringBuffer("JALVIEW_ANNOTATION\n"\r
  32           + "# Created: " + new java.util.Date() + "\n\n");\r
  33 \r
  34   /**\r
  35    * convenience method for pre-2.4 feature files which have no view, hidden\r
  36    * columns or hidden row keywords.\r
  37    * \r
  38    * @param annotations\r
  39    * @param groups\r
  40    * @param properties\r
  41    * @return feature file as a string.\r
  42    */\r
  43   public String printAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations,\r
  44           Vector groups, Hashtable properties)\r
  45   {\r
  46     return printAnnotations(annotations, groups, properties, null);\r
  47 \r
  48   }\r
  49 \r
  50   /**\r
  51    * hold all the information about a particular view definition read from or\r
  52    * written out in an annotations file.\r
  53    */\r
  54   public class ViewDef\r
  55   {\r
  56     public String viewname;\r
  57 \r
  58     public HiddenSequences hidseqs;\r
  59 \r
  60     public ColumnSelection hiddencols;\r
  61 \r
  62     public Vector visibleGroups;\r
  63     public Hashtable hiddenRepSeqs;\r
  64     \r
  65     public ViewDef(String viewname, HiddenSequences hidseqs,\r
  66             ColumnSelection hiddencols, Hashtable hiddenRepSeqs)\r
  67     {\r
  68       this.viewname = viewname;\r
  69       this.hidseqs = hidseqs;\r
  70       this.hiddencols = hiddencols;\r
  71       this.hiddenRepSeqs = hiddenRepSeqs;\r
  72     }\r
  73   }\r
  74 \r
  75   public String printAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations,\r
  76           Vector groups, Hashtable properties, ViewDef[] views)\r
  77   {\r
  78     if (annotations != null)\r
  79     {\r
  80       boolean oneColour = true;\r
  81       AlignmentAnnotation row;\r
  82       String comma;\r
  83       SequenceI refSeq = null;\r
  84 \r
  85       StringBuffer colours = new StringBuffer();\r
  86       StringBuffer graphLine = new StringBuffer();\r
  87 \r
  88       Hashtable graphGroup = new Hashtable();\r
  89 \r
  90       java.awt.Color color;\r
  91 \r
  92       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
  93       {\r
  94         row = annotations[i];\r
  95 \r
  96         if (!row.visible && !row.hasScore())\r
  97         {\r
  98           continue;\r
  99         }\r
 100 \r
 101         color = null;\r
 102         oneColour = true;\r
 103 \r
 104         if (row.sequenceRef == null)\r
 105         {\r
 106           if (refSeq != null)\r
 107           {\r
 108             text.append("\nSEQUENCE_REF\tALIGNMENT\n");\r
 109           }\r
 110 \r
 111           refSeq = null;\r
 112         }\r
 113 \r
 114         else if (refSeq == null || refSeq != row.sequenceRef)\r
 115         {\r
 116           refSeq = row.sequenceRef;\r
 117           text.append("\nSEQUENCE_REF\t" + refSeq.getName() + "\n");\r
 118         }\r
 119 \r
 120         if (row.graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)\r
 121         {\r
 122           text.append("NO_GRAPH\t");\r
 123         }\r
 124         else\r
 125         {\r
 126           if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)\r
 127           {\r
 128             text.append("BAR_GRAPH\t");\r
 129           }\r
 130           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)\r
 131           {\r
 132             text.append("LINE_GRAPH\t");\r
 133           }\r
 134 \r
 135           if (row.getThreshold() != null)\r
 136           {\r
 137             graphLine\r
 138                     .append("GRAPHLINE\t"\r
 139                             + row.label\r
 140                             + "\t"\r
 141                             + row.getThreshold().value\r
 142                             + "\t"\r
 143                             + row.getThreshold().label\r
 144                             + "\t"\r
 145                             + jalview.util.Format.getHexString(row\r
 146                                     .getThreshold().colour) + "\n");\r
 147           }\r
 148 \r
 149           if (row.graphGroup > -1)\r
 150           {\r
 151             String key = String.valueOf(row.graphGroup);\r
 152             if (graphGroup.containsKey(key))\r
 153             {\r
 154               graphGroup.put(key, graphGroup.get(key) + "\t" + row.label);\r
 155             }\r
 156             else\r
 157             {\r
 158               graphGroup.put(key, row.label);\r
 159             }\r
 160           }\r
 161         }\r
 162 \r
 163         text.append(row.label + "\t");\r
 164         if (row.description != null)\r
 165         {\r
 166           text.append(row.description + "\t");\r
 167         }\r
 168 \r
 169         for (int j = 0; row.annotations != null\r
 170                 && j < row.annotations.length; j++)\r
 171         {\r
 172           if (refSeq != null\r
 173                   && jalview.util.Comparison.isGap(refSeq.getCharAt(j)))\r
 174           {\r
 175             continue;\r
 176           }\r
 177 \r
 178           if (row.annotations[j] != null)\r
 179           {\r
 180             comma = "";\r
 181             if (row.annotations[j].secondaryStructure != ' ')\r
 182             {\r
 183               text.append(comma + row.annotations[j].secondaryStructure);\r
 184               comma = ",";\r
 185             }\r
 186             if (row.annotations[j].displayCharacter != null\r
 187                     && row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0\r
 188                     && !row.annotations[j].displayCharacter.equals(" "))\r
 189             {\r
 190               text.append(comma + row.annotations[j].displayCharacter);\r
 191               comma = ",";\r
 192             }\r
 193 \r
 194             if (row.annotations[j] != null)\r
 195             {\r
 196               if (color != null && !color.equals(row.annotations[j].colour))\r
 197               {\r
 198                 oneColour = false;\r
 199               }\r
 200 \r
 201               color = row.annotations[j].colour;\r
 202               if (row.annotations[j].value != 0f\r
 203                       && row.annotations[j].value != Float.NaN)\r
 204               {\r
 205                 text.append(comma + row.annotations[j].value);\r
 206               }\r
 207             }\r
 208 \r
 209             if (row.annotations[j].colour != null\r
 210                     && row.annotations[j].colour != java.awt.Color.black)\r
 211             {\r
 212               text.append(comma\r
 213                       + "["\r
 214                       + jalview.util.Format\r
 215                               .getHexString(row.annotations[j].colour)\r
 216                       + "]");\r
 217             }\r
 218           }\r
 219           text.append("|");\r
 220         }\r
 221 \r
 222         if (row.hasScore())\r
 223           text.append("\t" + row.score);\r
 224 \r
 225         text.append("\n");\r
 226 \r
 227         if (color != null && color != java.awt.Color.black && oneColour)\r
 228         {\r
 229           colours.append("COLOUR\t" + row.label + "\t"\r
 230                   + jalview.util.Format.getHexString(color) + "\n");\r
 231         }\r
 232 \r
 233       }\r
 234 \r
 235       text.append("\n");\r
 236 \r
 237       text.append(colours.toString());\r
 238       text.append(graphLine.toString());\r
 239       if (graphGroup.size() > 0)\r
 240       {\r
 241         text.append("COMBINE\t");\r
 242         Enumeration en = graphGroup.elements();\r
 243         while (en.hasMoreElements())\r
 244         {\r
 245           text.append(en.nextElement() + "\n");\r
 246         }\r
 247       }\r
 248     }\r
 249 \r
 250     if (groups != null)\r
 251     {\r
 252       printGroups(groups);\r
 253     }\r
 254 \r
 255     if (properties != null)\r
 256     {\r
 257       text.append("\n\nALIGNMENT");\r
 258       Enumeration en = properties.keys();\r
 259       while (en.hasMoreElements())\r
 260       {\r
 261         String key = en.nextElement().toString();\r
 262         text.append("\t" + key + "=" + properties.get(key));\r
 263       }\r
 264       // TODO: output alignment visualization settings here if required\r
 265 \r
 266     }\r
 267 \r
 268     return text.toString();\r
 269   }\r
 270 \r
 271   public void printGroups(Vector sequenceGroups)\r
 272   {\r
 273     SequenceGroup sg;\r
 274     SequenceI seqrep=null;\r
 275     for (int i = 0; i < sequenceGroups.size(); i++)\r
 276     {\r
 277       sg = (SequenceGroup) sequenceGroups.elementAt(i);\r
 278       if (!sg.hasSeqrep())\r
 279       {\r
 280         text.append("SEQUENCE_GROUP\t" + sg.getName() + "\t"\r
 281                 + (sg.getStartRes() + 1) + "\t" + (sg.getEndRes() + 1) + "\t"\r
 282                 + "-1\t");\r
 283         seqrep = null;\r
 284       } else {\r
 285         seqrep = sg.getSeqrep();\r
 286         text.append("SEQUENCE_REF\t"+seqrep.getName()+"\n");\r
 287         text.append("SEQUENCE_GROUP\t" + sg.getName() + "\t"\r
 288                 + (seqrep.findPosition(sg.getStartRes())) + "\t" + (seqrep.findPosition(sg.getEndRes())) + "\t"\r
 289                 + "-1\t");\r
 290       }\r
 291       for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 292       {\r
 293         text.append(sg.getSequenceAt(s).getName() + "\t");\r
 294       }\r
 295 \r
 296       text.append("\nPROPERTIES\t" + sg.getName() + "\t");\r
 297 \r
 298       if (sg.getDescription() != null)\r
 299       {\r
 300         text.append("description=" + sg.getDescription() + "\t");\r
 301       }\r
 302       if (sg.cs != null)\r
 303       {\r
 304         text.append("colour=" + ColourSchemeProperty.getColourName(sg.cs)\r
 305                 + "\t");\r
 306         if (sg.cs.getThreshold() != 0)\r
 307         {\r
 308           text.append("pidThreshold=" + sg.cs.getThreshold());\r
 309         }\r
 310         if (sg.cs.conservationApplied())\r
 311         {\r
 312           text.append("consThreshold=" + sg.cs.getConservationInc() + "\t");\r
 313         }\r
 314       }\r
 315       text.append("outlineColour="\r
 316               + jalview.util.Format.getHexString(sg.getOutlineColour())\r
 317               + "\t");\r
 318 \r
 319       text.append("displayBoxes=" + sg.getDisplayBoxes() + "\t");\r
 320       text.append("displayText=" + sg.getDisplayText() + "\t");\r
 321       text.append("colourText=" + sg.getColourText() + "\t");\r
 322       text.append("showUnconserved="+sg.getShowunconserved()+"\t");\r
 323       if (sg.textColour != java.awt.Color.black)\r
 324       {\r
 325         text.append("textCol1="\r
 326                 + jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour) + "\t");\r
 327       }\r
 328       if (sg.textColour2 != java.awt.Color.white)\r
 329       {\r
 330         text.append("textCol2="\r
 331                 + jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour2) + "\t");\r
 332       }\r
 333       if (sg.thresholdTextColour != 0)\r
 334       {\r
 335         text.append("textColThreshold=" + sg.thresholdTextColour+"\t");\r
 336       }\r
 337       if (sg.idColour != null)\r
 338       {\r
 339         text.append("idColour="\r
 340                 + jalview.util.Format.getHexString(sg.idColour) + "\t");\r
 341       }\r
 342       if (sg.isHidereps())\r
 343       {\r
 344         text.append("hide=true\t");\r
 345       }\r
 346       if (sg.isHideCols())\r
 347       {\r
 348         text.append("hidecols=true\t");\r
 349       }\r
 350       if (seqrep!=null)\r
 351       {\r
 352         // terminate the last line and clear the sequence ref for the group\r
 353         text.append("\nSEQUENCE_REF");\r
 354       }\r
 355       text.append("\n\n");\r
 356 \r
 357     }\r
 358   }\r
 359 \r
 360   SequenceI refSeq = null;\r
 361 \r
 362   String refSeqId = null;\r
 363 \r
 364   public boolean readAnnotationFile(AlignmentI al, String file,\r
 365           String protocol)\r
 366   {\r
 367     try\r
 368     {\r
 369       BufferedReader in = null;\r
 370       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE))\r
 371       {\r
 372         in = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
 373       }\r
 374       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))\r
 375       {\r
 376         URL url = new URL(file);\r
 377         in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
 378       }\r
 379       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))\r
 380       {\r
 381         in = new BufferedReader(new StringReader(file));\r
 382       }\r
 383       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.CLASSLOADER))\r
 384       {\r
 385         java.io.InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);\r
 386         if (is != null)\r
 387         {\r
 388           in = new BufferedReader(new java.io.InputStreamReader(is));\r
 389         }\r
 390       }\r
 391 \r
 392       String line, label, description, token;\r
 393       int graphStyle, index;\r
 394       int refSeqIndex = 1;\r
 395       int existingAnnotations = 0;\r
 396       if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 397       {\r
 398         existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation().length;\r
 399       }\r
 400 \r
 401       int alWidth = al.getWidth();\r
 402 \r
 403       StringTokenizer st;\r
 404       Annotation[] annotations;\r
 405       AlignmentAnnotation annotation = null;\r
 406 \r
 407       // First confirm this is an Annotation file\r
 408       boolean jvAnnotationFile = false;\r
 409       while ((line = in.readLine()) != null)\r
 410       {\r
 411         if (line.indexOf("#") == 0)\r
 412         {\r
 413           continue;\r
 414         }\r
 415 \r
 416         if (line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1)\r
 417         {\r
 418           jvAnnotationFile = true;\r
 419           break;\r
 420         }\r
 421       }\r
 422 \r
 423       if (!jvAnnotationFile)\r
 424       {\r
 425         in.close();\r
 426         return false;\r
 427       }\r
 428 \r
 429       while ((line = in.readLine()) != null)\r
 430       {\r
 431         if (line.indexOf("#") == 0\r
 432                 || line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1\r
 433                 || line.length() == 0)\r
 434         {\r
 435           continue;\r
 436         }\r
 437 \r
 438         st = new StringTokenizer(line, "\t");\r
 439         token = st.nextToken();\r
 440         if (token.equalsIgnoreCase("COLOUR"))\r
 441         {\r
 442           // TODO: use graduated colour def'n here too\r
 443           colourAnnotations(al, st.nextToken(), st.nextToken());\r
 444           continue;\r
 445         }\r
 446 \r
 447         else if (token.equalsIgnoreCase("COMBINE"))\r
 448         {\r
 449           combineAnnotations(al, st);\r
 450           continue;\r
 451         }\r
 452 \r
 453         else if (token.equalsIgnoreCase("GRAPHLINE"))\r
 454         {\r
 455           addLine(al, st);\r
 456           continue;\r
 457         }\r
 458 \r
 459         else if (token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_REF"))\r
 460         {\r
 461           if (st.hasMoreTokens())\r
 462           {\r
 463             refSeq = al.findName(refSeqId = st.nextToken());\r
 464             if (refSeq == null)\r
 465             {\r
 466               refSeqId = null;\r
 467             }\r
 468             try\r
 469             {\r
 470               refSeqIndex = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 471               if (refSeqIndex < 1)\r
 472               {\r
 473                 refSeqIndex = 1;\r
 474                 System.out\r
 475                         .println("WARNING: SEQUENCE_REF index must be > 0 in AnnotationFile");\r
 476               }\r
 477             } catch (Exception ex)\r
 478             {\r
 479               refSeqIndex = 1;\r
 480             }\r
 481           }\r
 482           else\r
 483           {\r
 484             refSeq = null;\r
 485             refSeqId = null;\r
 486           }\r
 487           continue;\r
 488         }\r
 489 \r
 490         else if (token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_GROUP"))\r
 491         {\r
 492           addGroup(al, st);\r
 493           continue;\r
 494         }\r
 495 \r
 496         else if (token.equalsIgnoreCase("PROPERTIES"))\r
 497         {\r
 498           addProperties(al, st);\r
 499           continue;\r
 500         }\r
 501 \r
 502         else if (token.equalsIgnoreCase("BELOW_ALIGNMENT"))\r
 503         {\r
 504           setBelowAlignment(al, st);\r
 505           continue;\r
 506         }\r
 507         else if (token.equalsIgnoreCase("ALIGNMENT"))\r
 508         {\r
 509           addAlignmentDetails(al, st);\r
 510           continue;\r
 511         }\r
 512 \r
 513         graphStyle = AlignmentAnnotation.getGraphValueFromString(token);\r
 514         label = st.nextToken();\r
 515 \r
 516         index = 0;\r
 517         annotations = new Annotation[alWidth];\r
 518         description = null;\r
 519         float score = Float.NaN;\r
 520 \r
 521         if (st.hasMoreTokens())\r
 522         {\r
 523           line = st.nextToken();\r
 524 \r
 525           if (line.indexOf("|") == -1)\r
 526           {\r
 527             description = line;\r
 528             if (st.hasMoreTokens())\r
 529               line = st.nextToken();\r
 530           }\r
 531 \r
 532           if (st.hasMoreTokens())\r
 533           {\r
 534             // This must be the score\r
 535             score = Float.valueOf(st.nextToken()).floatValue();\r
 536           }\r
 537 \r
 538           st = new StringTokenizer(line, "|", true);\r
 539 \r
 540           boolean emptyColumn = true;\r
 541           boolean onlyOneElement = (st.countTokens() == 1);\r
 542 \r
 543           while (st.hasMoreElements() && index < alWidth)\r
 544           {\r
 545             token = st.nextToken().trim();\r
 546 \r
 547             if (onlyOneElement)\r
 548             {\r
 549               try\r
 550               {\r
 551                 score = Float.valueOf(token).floatValue();\r
 552                 break;\r
 553               } catch (NumberFormatException ex)\r
 554               {\r
 555               }\r
 556             }\r
 557 \r
 558             if (token.equals("|"))\r
 559             {\r
 560               if (emptyColumn)\r
 561               {\r
 562                 index++;\r
 563               }\r
 564 \r
 565               emptyColumn = true;\r
 566             }\r
 567             else\r
 568             {\r
 569               annotations[index++] = parseAnnotation(token);\r
 570               emptyColumn = false;\r
 571             }\r
 572           }\r
 573 \r
 574         }\r
 575 \r
 576         annotation = new AlignmentAnnotation(label, description,\r
 577                 (index == 0) ? null : annotations, 0, 0, graphStyle);\r
 578 \r
 579         annotation.score = score;\r
 580 \r
 581         if (refSeq != null)\r
 582         {\r
 583           annotation.belowAlignment = false;\r
 584           // make a copy of refSeq so we can find other matches in the alignment\r
 585           SequenceI referedSeq = refSeq;\r
 586           do\r
 587           {\r
 588             // copy before we do any mapping business.\r
 589             // TODO: verify that undo/redo with 1:many sequence associated\r
 590             // annotations can be undone correctly\r
 591             AlignmentAnnotation ann = new AlignmentAnnotation(annotation);\r
 592             annotation.createSequenceMapping(referedSeq, refSeqIndex, false);\r
 593             annotation.adjustForAlignment();\r
 594             referedSeq.addAlignmentAnnotation(annotation);\r
 595             al.addAnnotation(annotation);\r
 596             al.setAnnotationIndex(annotation,\r
 597                     al.getAlignmentAnnotation().length\r
 598                             - existingAnnotations - 1);\r
 599             // and recover our virgin copy to use again if necessary.\r
 600             annotation = ann;\r
 601 \r
 602           } while (refSeqId != null\r
 603                   && (referedSeq = al.findName(referedSeq, refSeqId, true)) != null);\r
 604         }\r
 605         else\r
 606         {\r
 607           al.addAnnotation(annotation);\r
 608           al.setAnnotationIndex(annotation,\r
 609                   al.getAlignmentAnnotation().length - existingAnnotations\r
 610                           - 1);\r
 611         }\r
 612       }\r
 613 \r
 614     } catch (Exception ex)\r
 615     {\r
 616       ex.printStackTrace();\r
 617       System.out.println("Problem reading annotation file: " + ex);\r
 618       return false;\r
 619     }\r
 620     return true;\r
 621   }\r
 622 \r
 623   Annotation parseAnnotation(String string)\r
 624   {\r
 625     String desc = null, displayChar = null;\r
 626     char ss = ' '; // secondaryStructure\r
 627     float value = 0;\r
 628     boolean parsedValue = false;\r
 629 \r
 630     // find colour here\r
 631     java.awt.Color colour = null;\r
 632     int i = string.indexOf("[");\r
 633     int j = string.indexOf("]");\r
 634     if (i > -1 && j > -1)\r
 635     {\r
 636       UserColourScheme ucs = new UserColourScheme();\r
 637 \r
 638       colour = ucs.getColourFromString(string.substring(i + 1, j));\r
 639 \r
 640       string = string.substring(0, i) + string.substring(j + 1);\r
 641     }\r
 642 \r
 643     StringTokenizer st = new StringTokenizer(string, ",");\r
 644     String token;\r
 645     while (st.hasMoreTokens())\r
 646     {\r
 647       token = st.nextToken().trim();\r
 648       if (token.length() == 0)\r
 649       {\r
 650         continue;\r
 651       }\r
 652 \r
 653       if (!parsedValue)\r
 654       {\r
 655         try\r
 656         {\r
 657           displayChar = token;\r
 658           value = new Float(token).floatValue();\r
 659           parsedValue = true;\r
 660           continue;\r
 661         } catch (NumberFormatException ex)\r
 662         {\r
 663         }\r
 664       }\r
 665 \r
 666       if (token.equals("H") || token.equals("E"))\r
 667       {\r
 668         // Either this character represents a helix or sheet\r
 669         // or an integer which can be displayed\r
 670         ss = token.charAt(0);\r
 671         if (displayChar.equals(token.substring(0, 1)))\r
 672         {\r
 673           displayChar = "";\r
 674         }\r
 675       }\r
 676       else if (desc == null)\r
 677       {\r
 678         desc = token;\r
 679       }\r
 680 \r
 681     }\r
 682 \r
 683     if (displayChar != null && displayChar.length() > 1 && desc != null\r
 684             && desc.length() == 1)\r
 685     {\r
 686       String tmp = displayChar;\r
 687       displayChar = desc;\r
 688       desc = tmp;\r
 689     }\r
 690     /*\r
 691      * In principle, this code will ensure that the Annotation element generated\r
 692      * is renderable by any of the applet or application rendering code but\r
 693      * instead we check for null strings when the display character is rendered.\r
 694      * if (displayChar==null) { displayChar=""; }\r
 695      */\r
 696     Annotation anot = new Annotation(displayChar, desc, ss, value);\r
 697 \r
 698     anot.colour = colour;\r
 699 \r
 700     return anot;\r
 701   }\r
 702 \r
 703   void colourAnnotations(AlignmentI al, String label, String colour)\r
 704   {\r
 705     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(colour);\r
 706     Annotation[] annotations;\r
 707     for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 708     {\r
 709       if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(label))\r
 710       {\r
 711         annotations = al.getAlignmentAnnotation()[i].annotations;\r
 712         for (int j = 0; j < annotations.length; j++)\r
 713         {\r
 714           if (annotations[j] != null)\r
 715           {\r
 716             annotations[j].colour = ucs.findColour('A');\r
 717           }\r
 718         }\r
 719       }\r
 720     }\r
 721   }\r
 722 \r
 723   void combineAnnotations(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 724   {\r
 725     int graphGroup = -1;\r
 726     String group = st.nextToken();\r
 727     // First make sure we are not overwriting the graphIndex\r
 728     for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 729     {\r
 730       if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
 731       {\r
 732         graphGroup = al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup + 1;\r
 733         al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup = graphGroup;\r
 734         break;\r
 735       }\r
 736     }\r
 737 \r
 738     // Now update groups\r
 739     while (st.hasMoreTokens())\r
 740     {\r
 741       group = st.nextToken();\r
 742       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 743       {\r
 744         if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
 745         {\r
 746           al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup = graphGroup;\r
 747           break;\r
 748         }\r
 749       }\r
 750     }\r
 751   }\r
 752 \r
 753   void addLine(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 754   {\r
 755     String group = st.nextToken();\r
 756     AlignmentAnnotation annotation = null;\r
 757 \r
 758     for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 759     {\r
 760       if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
 761       {\r
 762         annotation = al.getAlignmentAnnotation()[i];\r
 763         break;\r
 764       }\r
 765     }\r
 766 \r
 767     if (annotation == null)\r
 768     {\r
 769       return;\r
 770     }\r
 771     float value = new Float(st.nextToken()).floatValue();\r
 772     String label = st.hasMoreTokens() ? st.nextToken() : null;\r
 773     java.awt.Color colour = null;\r
 774     if (st.hasMoreTokens())\r
 775     {\r
 776       UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(st.nextToken());\r
 777       colour = ucs.findColour('A');\r
 778     }\r
 779 \r
 780     annotation.setThreshold(new GraphLine(value, label, colour));\r
 781   }\r
 782   void addGroup(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 783   {\r
 784     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 785     sg.setName(st.nextToken());\r
 786     String rng ="";\r
 787     try {\r
 788       rng = st.nextToken();\r
 789       if (rng.length()>0 && !rng.startsWith("*"))\r
 790       {\r
 791         sg.setStartRes(Integer.parseInt(rng) - 1);\r
 792       } else {\r
 793         sg.setStartRes(0);\r
 794       }\r
 795       rng = st.nextToken();\r
 796       if (rng.length()>0 && !rng.startsWith("*"))\r
 797       {\r
 798         sg.setEndRes(Integer.parseInt(rng) - 1);\r
 799       } else {\r
 800         sg.setEndRes(al.getWidth()-1);\r
 801       }\r
 802     } catch (Exception e)\r
 803     {\r
 804       System.err.println("Couldn't parse Group Start or End Field as '*' or a valid column or sequence index: '"+rng+"' - assuming alignment width for group.");\r
 805       // assume group is full width\r
 806       sg.setStartRes(0);\r
 807       sg.setEndRes(al.getWidth()-1);\r
 808     }\r
 809 \r
 810     String index = st.nextToken();\r
 811     if (index.equals("-1"))\r
 812     {\r
 813       while (st.hasMoreElements())\r
 814       {\r
 815         sg.addSequence(al.findName(st.nextToken()), false);\r
 816       }\r
 817     }\r
 818     else\r
 819     {\r
 820       StringTokenizer st2 = new StringTokenizer(index, ",");\r
 821 \r
 822       while (st2.hasMoreTokens())\r
 823       {\r
 824         String tmp = st2.nextToken();\r
 825         if (tmp.equals("*"))\r
 826         {\r
 827           for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)\r
 828           {\r
 829             sg.addSequence(al.getSequenceAt(i), false);\r
 830           }\r
 831         }\r
 832         else if (tmp.indexOf("-") >= 0)\r
 833         {\r
 834           StringTokenizer st3 = new StringTokenizer(tmp, "-");\r
 835 \r
 836           int start = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));\r
 837           int end = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));\r
 838 \r
 839           if (end > start)\r
 840           {\r
 841             for (int i = start; i <= end; i++)\r
 842             {\r
 843               sg.addSequence(al.getSequenceAt(i - 1), false);\r
 844             }\r
 845           }\r
 846         }\r
 847         else\r
 848         {\r
 849           sg\r
 850                   .addSequence(al.getSequenceAt(Integer.parseInt(tmp) - 1),\r
 851                           false);\r
 852         }\r
 853       }\r
 854     }\r
 855 \r
 856     if (refSeq != null)\r
 857     {\r
 858       sg.setStartRes(refSeq.findIndex(sg.getStartRes() + 1) - 1);\r
 859       sg.setEndRes(refSeq.findIndex(sg.getEndRes() + 1) - 1);\r
 860       sg.setSeqrep(refSeq);\r
 861     }\r
 862 \r
 863     if (sg.getSize() > 0)\r
 864     {\r
 865       al.addGroup(sg);\r
 866     }\r
 867   }\r
 868 \r
 869   void addProperties(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 870   {\r
 871 \r
 872     // So far we have only added groups to the annotationHash,\r
 873     // the idea is in the future properties can be added to\r
 874     // alignments, other annotations etc\r
 875     if (al.getGroups() == null)\r
 876     {\r
 877       return;\r
 878     }\r
 879     SequenceGroup sg = null;\r
 880 \r
 881     String name = st.nextToken();\r
 882 \r
 883     Vector groups = al.getGroups();\r
 884     for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
 885     {\r
 886       sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
 887       if (sg.getName().equals(name))\r
 888       {\r
 889         break;\r
 890       }\r
 891       else\r
 892       {\r
 893         sg = null;\r
 894       }\r
 895     }\r
 896 \r
 897     if (sg != null)\r
 898     {\r
 899       String keyValue, key, value;\r
 900       ColourSchemeI def = sg.cs;\r
 901       sg.cs = null;\r
 902       while (st.hasMoreTokens())\r
 903       {\r
 904         keyValue = st.nextToken();\r
 905         key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));\r
 906         value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);\r
 907 \r
 908         if (key.equalsIgnoreCase("description"))\r
 909         {\r
 910           sg.setDescription(value);\r
 911         }\r
 912         else if (key.equalsIgnoreCase("colour"))\r
 913         {\r
 914           sg.cs = ColourSchemeProperty.getColour(al, value);\r
 915         }\r
 916         else if (key.equalsIgnoreCase("pidThreshold"))\r
 917         {\r
 918           sg.cs.setThreshold(Integer.parseInt(value), true);\r
 919 \r
 920         }\r
 921         else if (key.equalsIgnoreCase("consThreshold"))\r
 922         {\r
 923           sg.cs.setConservationInc(Integer.parseInt(value));\r
 924           Conservation c = new Conservation("Group",\r
 925                   ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(null), sg\r
 926                           .getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 927 \r
 928           c.calculate();\r
 929           c.verdict(false, 25);\r
 930 \r
 931           sg.cs.setConservation(c);\r
 932 \r
 933         }\r
 934         else if (key.equalsIgnoreCase("outlineColour"))\r
 935         {\r
 936           sg.setOutlineColour(new UserColourScheme(value).findColour('A'));\r
 937         }\r
 938         else if (key.equalsIgnoreCase("displayBoxes"))\r
 939         {\r
 940           sg.setDisplayBoxes(Boolean.valueOf(value).booleanValue());\r
 941         }\r
 942         else if (key.equalsIgnoreCase("showUnconserved"))\r
 943         {\r
 944           sg.setShowunconserved(Boolean.valueOf(value).booleanValue());\r
 945         }\r
 946         else if (key.equalsIgnoreCase("displayText"))\r
 947         {\r
 948           sg.setDisplayText(Boolean.valueOf(value).booleanValue());\r
 949         }\r
 950         else if (key.equalsIgnoreCase("colourText"))\r
 951         {\r
 952           sg.setColourText(Boolean.valueOf(value).booleanValue());\r
 953         }\r
 954         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol1"))\r
 955         {\r
 956           sg.textColour = new UserColourScheme(value).findColour('A');\r
 957         }\r
 958         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol2"))\r
 959         {\r
 960           sg.textColour2 = new UserColourScheme(value).findColour('A');\r
 961         }\r
 962         else if (key.equalsIgnoreCase("textColThreshold"))\r
 963         {\r
 964           sg.thresholdTextColour = Integer.parseInt(value);\r
 965         }\r
 966         else if (key.equalsIgnoreCase("idColour"))\r
 967         {\r
 968           // consider warning if colour doesn't resolve to a real colour\r
 969           sg.setIdColour((def = new UserColourScheme(value))\r
 970                   .findColour('A'));\r
 971         }\r
 972         else if (key.equalsIgnoreCase("hide"))\r
 973         {\r
 974           // see bug https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=25847\r
 975           sg.setHidereps(true);\r
 976         }\r
 977         else if (key.equalsIgnoreCase("hidecols"))\r
 978         {\r
 979           // see bug https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=25847\r
 980           sg.setHideCols(true);\r
 981         }\r
 982         sg.recalcConservation();\r
 983       }\r
 984       if (sg.cs == null)\r
 985       {\r
 986         sg.cs = def;\r
 987       }\r
 988     }\r
 989   }\r
 990 \r
 991   void setBelowAlignment(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 992   {\r
 993     String token;\r
 994     AlignmentAnnotation aa;\r
 995     while (st.hasMoreTokens())\r
 996     {\r
 997       token = st.nextToken();\r
 998       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 999       {\r
1000         aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];\r
1001         if (aa.sequenceRef == refSeq && aa.label.equals(token))\r
1002         {\r
1003           aa.belowAlignment = true;\r
1004         }\r
1005       }\r
1006     }\r
1007   }\r
1008 \r
1009   void addAlignmentDetails(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
1010   {\r
1011     String keyValue, key, value;\r
1012     while (st.hasMoreTokens())\r
1013     {\r
1014       keyValue = st.nextToken();\r
1015       key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));\r
1016       value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);\r
1017       al.setProperty(key, value);\r
1018     }\r
1019   }\r
1020 \r
1021   /**\r
1022    * Write annotations as a CSV file of the form 'label, value, value, ...' for\r
1023    * each row.\r
1024    * \r
1025    * @param annotations\r
1026    * @return CSV file as a string.\r
1027    */\r
1028   public String printCSVAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations)\r
1029   {\r
1030     StringBuffer sp = new StringBuffer();\r
1031     for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
1032     {\r
1033       String atos = annotations[i].toString();\r
1034       int p = 0;\r
1035       do\r
1036       {\r
1037         int cp = atos.indexOf("\n", p);\r
1038         sp.append(annotations[i].label);\r
1039         sp.append(",");\r
1040         if (cp > p)\r
1041         {\r
1042           sp.append(atos.substring(p, cp + 1));\r
1043         }\r
1044         else\r
1045         {\r
1046           sp.append(atos.substring(p));\r
1047           sp.append("\n");\r
1048         }\r
1049         p = cp + 1;\r
1050       } while (p > 0);\r
1051     }\r
1052     return sp.toString();\r
1053   }\r
1054 }\r