src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1     /*\r
   2     * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3     * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4     *\r
   5     * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6     * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7     * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8     * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9     *\r
  10     * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11     * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12     * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13     * GNU General Public License for more details.\r
  14     *\r
  15     * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16     * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17     * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18     */\r
  19     package jalview.io;\r
  20 \r
  21     import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23     import java.util.Vector;\r
  24 \r
  25 \r
  26     /**\r
  27      * DOCUMENT ME!\r
  28      *\r
  29      * @author $author$\r
  30      * @version $Revision$\r
  31      */\r
  32     public class AppletFormatAdapter\r
  33     {\r
  34         /** DOCUMENT ME!! */\r
  35         public static final Vector formats = new Vector();\r
  36 \r
  37         static\r
  38         {\r
  39             formats.addElement("BLC");\r
  40             formats.addElement("CLUSTAL");\r
  41             formats.addElement("FASTA");\r
  42             formats.addElement("MSF");\r
  43             formats.addElement("PileUp");\r
  44             formats.addElement("PIR");\r
  45             formats.addElement("PFAM");\r
  46         }\r
  47 \r
  48         AlignFile afile = null;\r
  49 \r
  50         /**\r
  51          * DOCUMENT ME!\r
  52          *\r
  53          * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  54          * @param type DOCUMENT ME!\r
  55          * @param format DOCUMENT ME!\r
  56          *\r
  57          * @return DOCUMENT ME!\r
  58          */\r
  59         public SequenceI[] readFile(String inFile, String type, String format)\r
  60         {\r
  61             try\r
  62             {\r
  63                 if (format.equals("FASTA"))\r
  64                 {\r
  65                     afile = new FastaFile(inFile, type);\r
  66                 }\r
  67                 else if (format.equals("MSF"))\r
  68                 {\r
  69                     afile = new MSFfile(inFile, type);\r
  70                 }\r
  71                 else if (format.equals("PileUp"))\r
  72                 {\r
  73                     afile = new PileUpfile(inFile, type);\r
  74                 }\r
  75                 else if (format.equals("CLUSTAL"))\r
  76                 {\r
  77                     afile = new ClustalFile(inFile, type);\r
  78                 }\r
  79                 else if (format.equals("BLC"))\r
  80                 {\r
  81                     afile = new BLCFile(inFile, type);\r
  82                 }\r
  83                 else if (format.equals("PIR"))\r
  84                 {\r
  85                     afile = new PIRFile(inFile, type);\r
  86                 }\r
  87                 else if (format.equals("PFAM"))\r
  88                 {\r
  89                     afile = new PfamFile(inFile, type);\r
  90                 }\r
  91 \r
  92                 return afile.getSeqsAsArray();\r
  93             }\r
  94             catch (Exception e)\r
  95             {\r
  96               System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format +\r
  97                                  "' reader.\n"+e);\r
  98 \r
  99               // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id\r
 100               if(type.equalsIgnoreCase("Paste"))\r
 101               {\r
 102                 try{\r
 103                   // Possible sequence is just residues with no label\r
 104                   afile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");\r
 105                   return afile.getSeqsAsArray();\r
 106                 }catch(Exception ex)\r
 107                 {\r
 108                   System.err.println("Failed to read alignment using the 'FASTA' reader.\n"+e);\r
 109                   ex.printStackTrace();\r
 110                 }\r
 111 \r
 112               }\r
 113             }\r
 114 \r
 115             return null;\r
 116         }\r
 117 \r
 118 \r
 119         /**\r
 120          * DOCUMENT ME!\r
 121          *\r
 122          * @param format DOCUMENT ME!\r
 123          * @param seqs DOCUMENT ME!\r
 124          *\r
 125          * @return DOCUMENT ME!\r
 126          */\r
 127         public String formatSequences(String format,\r
 128                                       Vector seqs,\r
 129                                       boolean dbref,\r
 130                                       boolean jvsuffix)\r
 131         {\r
 132             SequenceI[] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
 133 \r
 134             for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
 135                 s[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
 136 \r
 137             try\r
 138             {\r
 139                 AlignFile afile = null;\r
 140 \r
 141                 if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))\r
 142                 {\r
 143                     afile = new FastaFile();\r
 144                 }\r
 145                 else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))\r
 146                 {\r
 147                     afile = new MSFfile();\r
 148                 }\r
 149                 else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))\r
 150                 {\r
 151                     afile = new PileUpfile();\r
 152                 }\r
 153                 else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))\r
 154                 {\r
 155                     afile = new ClustalFile();\r
 156                 }\r
 157                 else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))\r
 158                 {\r
 159                     afile = new BLCFile();\r
 160                 }\r
 161                 else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))\r
 162                 {\r
 163                     afile = new PIRFile();\r
 164                 }\r
 165                 else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))\r
 166                 {\r
 167                     afile = new PfamFile();\r
 168                 }\r
 169 \r
 170                 afile.addDBPrefix(dbref);\r
 171                 afile.addJVSuffix(jvsuffix);\r
 172 \r
 173                 afile.setSeqs(s);\r
 174 \r
 175                 return afile.print();\r
 176             }\r
 177             catch (Exception e)\r
 178             {\r
 179                 System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +\r
 180                     "' file\n");\r
 181                 e.printStackTrace();\r
 182             }\r
 183 \r
 184             return null;\r
 185         }\r
 186     }\r