src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.AlignExportSettingI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30
  31 import java.io.File;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.io.InputStream;
  34 import java.util.List;
  35
  36 /**
  37  * A low level class for alignment and feature IO with alignment formatting
  38  * methods used by both applet and application for generating flat alignment
  39  * files. It also holds the lists of magic format names that the applet and
  40  * application will allow the user to read or write files with.
  41  *
  42  * @author $author$
  43  * @version $Revision$
  44  */
  45 public class AppletFormatAdapter
  46 {
  47   private AlignmentViewPanel viewpanel;
  48
  49   public static String FILE = "File";
  50
  51   public static String URL = "URL";
  52
  53   public static String PASTE = "Paste";
  54
  55   public static String CLASSLOADER = "ClassLoader";
  56
  57   /**
  58    * add jalview-derived non-secondary structure annotation from PDB structure
  59    */
  60   boolean annotFromStructure = false;
  61
  62   /**
  63    * add secondary structure from PDB data with built-in algorithms
  64    */
  65   boolean localSecondaryStruct = false;
  66
  67   /**
  68    * process PDB data with web services
  69    */
  70   boolean serviceSecondaryStruct = false;
  71
  72   private AlignFile alignFile = null;
  73
  74   String inFile;
  75
  76   /**
  77    * character used to write newlines
  78    */
  79   protected String newline = System.getProperty("line.separator");
  80
  81   private AlignExportSettingI exportSettings;
  82
  83   /**
  84    * List of valid format strings used in the isValidFormat method
  85    */
  86   public static final String[] READABLE_FORMATS = new String[] { "BLC",
  87       "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "STH", "PDB",
  88       "JnetFile", "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC,
  89       IdentifyFile.GFF3File, "HTML" };
  90
  91   /**
  92    * List of readable format file extensions by application in order
  93    * corresponding to READABLE_FNAMES
  94    */
  95   public static final String[] READABLE_EXTENSIONS = new String[] {
  96       "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
  97       "sto,stk", "xml,rnaml", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT,
  98       ".gff2,gff3", "jar,jvp", HtmlFile.FILE_EXT };
  99
 100   /**
 101    * List of readable formats by application in order corresponding to
 102    * READABLE_EXTENSIONS
 103    */
 104   public static final String[] READABLE_FNAMES = new String[] { "Fasta",
 105       "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "Stockholm", "RNAML",
 106       PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, IdentifyFile.GFF3File,
 107       "Jalview", HtmlFile.FILE_DESC };
 108
 109   /**
 110    * List of valid format strings for use by callers of the formatSequences
 111    * method
 112    */
 113   public static final String[] WRITEABLE_FORMATS = new String[] { "BLC",
 114       "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "AMSA", "STH",
 115       PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC };
 116
 117   /**
 118    * List of extensions corresponding to file format types in WRITABLE_FNAMES
 119    * that are writable by the application.
 120    */
 121   public static final String[] WRITABLE_EXTENSIONS = new String[] {
 122       "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
 123       "sto,stk", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT, "jvp" };
 124
 125   /**
 126    * List of writable formats by the application. Order must correspond with the
 127    * WRITABLE_EXTENSIONS list of formats.
 128    */
 129   public static final String[] WRITABLE_FNAMES = new String[] { "Fasta",
 130       "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "STH",
 131       PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, "Jalview" };
 132
 133   public static String INVALID_CHARACTERS = "Contains invalid characters";
 134
 135   // TODO: make these messages dynamic
 136   public static String SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n"
 137           + prettyPrint(READABLE_FORMATS);
 138
 139   public AppletFormatAdapter()
 140   {
 141   }
 142
 143   public AppletFormatAdapter(AlignmentViewPanel viewpanel)
 144   {
 145     this.viewpanel = viewpanel;
 146   }
 147
 148   public AppletFormatAdapter(AlignmentViewPanel alignPanel,
 149           AlignExportSettingI settings)
 150   {
 151     viewpanel = alignPanel;
 152     exportSettings = settings;
 153   }
 154
 155   /**
 156    *
 157    * @param els
 158    * @return grammatically correct(ish) list consisting of els elements.
 159    */
 160   public static String prettyPrint(String[] els)
 161   {
 162     StringBuffer list = new StringBuffer();
 163     for (int i = 0, iSize = els.length - 1; i < iSize; i++)
 164     {
 165       list.append(els[i]);
 166       list.append(", ");
 167     }
 168     list.append(" and " + els[els.length - 1] + ".");
 169     return list.toString();
 170   }
 171
 172   public void setNewlineString(String nl)
 173   {
 174     newline = nl;
 175   }
 176
 177   public String getNewlineString()
 178   {
 179     return newline;
 180   }
 181
 182   /**
 183    * check that this format is valid for reading
 184    *
 185    * @param format
 186    *          a format string to be compared with READABLE_FORMATS
 187    * @return true if format is readable
 188    */
 189   public static final boolean isValidFormat(String format)
 190   {
 191     return isValidFormat(format, false);
 192   }
 193
 194   /**
 195    * validate format is valid for IO
 196    *
 197    * @param format
 198    *          a format string to be compared with either READABLE_FORMATS or
 199    *          WRITEABLE_FORMATS
 200    * @param forwriting
 201    *          when true, format is checked for containment in WRITEABLE_FORMATS
 202    * @return true if format is valid
 203    */
 204   public static final boolean isValidFormat(String format,
 205           boolean forwriting)
 206   {
 207     if (format == null)
 208     {
 209       return false;
 210     }
 211     boolean valid = false;
 212     String[] format_list = (forwriting) ? WRITEABLE_FORMATS
 213             : READABLE_FORMATS;
 214     for (String element : format_list)
 215     {
 216       if (element.equalsIgnoreCase(format))
 217       {
 218         return true;
 219       }
 220     }
 221
 222     return valid;
 223   }
 224
 225   /**
 226    * Constructs the correct filetype parser for a characterised datasource
 227    *
 228    * @param inFile
 229    *          data/data location
 230    * @param type
 231    *          type of datasource
 232    * @param format
 233    *          File format of data provided by datasource
 234    *
 235    * @return DOCUMENT ME!
 236    */
 237   public AlignmentI readFile(String inFile, String type, String format)
 238           throws java.io.IOException
 239   {
 240     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 241     // using Constructor.invoke reflection
 242     this.inFile = inFile;
 243     try
 244     {
 245       if (format.equals("FASTA"))
 246       {
 247         alignFile = new FastaFile(inFile, type);
 248       }
 249       else if (format.equals("MSF"))
 250       {
 251         alignFile = new MSFfile(inFile, type);
 252       }
 253       else if (format.equals("PileUp"))
 254       {
 255         alignFile = new PileUpfile(inFile, type);
 256       }
 257       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 258       {
 259         alignFile = new ClustalFile(inFile, type);
 260       }
 261       else if (format.equals("BLC"))
 262       {
 263         alignFile = new BLCFile(inFile, type);
 264       }
 265       else if (format.equals("PIR"))
 266       {
 267         alignFile = new PIRFile(inFile, type);
 268       }
 269       else if (format.equals("PFAM"))
 270       {
 271         alignFile = new PfamFile(inFile, type);
 272       }
 273       else if (format.equals("JnetFile"))
 274       {
 275         alignFile = new JPredFile(inFile, type);
 276         ((JPredFile) alignFile).removeNonSequences();
 277       }
 278       else if (format.equals("PDB"))
 279       {
 280         alignFile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 281                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, inFile, type);
 282         // Uncomment to test Jmol data based PDB processing: JAL-1213
 283         // afile = new jalview.ext.jmol.PDBFileWithJmol(inFile, type);
 284       }
 285       else if (format.equals("STH"))
 286       {
 287         alignFile = new StockholmFile(inFile, type);
 288       }
 289       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 290       {
 291         alignFile = new SimpleBlastFile(inFile, type);
 292       }
 293       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 294       {
 295         alignFile = new PhylipFile(inFile, type);
 296       }
 297       else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 298       {
 299         alignFile = new JSONFile(inFile, type);
 300       }
 301       else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 302       {
 303         alignFile = new HtmlFile(inFile, type);
 304       }
 305       else if (format.equals("RNAML"))
 306       {
 307         alignFile = new RnamlFile(inFile, type);
 308       }
 309       else if (format.equals(IdentifyFile.GFF3File))
 310       {
 311         alignFile = new Gff3File(inFile, type);
 312       }
 313       return buildAlignmentFrom(alignFile);
 314     } catch (Exception e)
 315     {
 316       e.printStackTrace();
 317       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 318               + "' reader.\n" + e);
 319
 320       if (e.getMessage() != null
 321               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 322       {
 323         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 324       }
 325
 326       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 327       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 328       {
 329         try
 330         {
 331           // Possible sequence is just residues with no label
 332           alignFile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 333           return buildAlignmentFrom(alignFile);
 334
 335         } catch (Exception ex)
 336         {
 337           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 338           {
 339             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 340           }
 341
 342           ex.printStackTrace();
 343         }
 344       }
 345       if (format.equalsIgnoreCase("HTML"))
 346       {
 347         throw new IOException(e.getMessage());
 348       }
 349       // If we get to this stage, the format was not supported
 350       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 351     }
 352   }
 353
 354   /**
 355    * Constructs the correct filetype parser for an already open datasource
 356    *
 357    * @param source
 358    *          an existing datasource
 359    * @param format
 360    *          File format of data that will be provided by datasource
 361    *
 362    * @return DOCUMENT ME!
 363    */
 364   public AlignmentI readFromFile(FileParse source, String format)
 365           throws java.io.IOException
 366   {
 367     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 368     // using Constructor.invoke reflection
 369     // This is exactly the same as the readFile method except we substitute
 370     // 'inFile, type' with 'source'
 371     this.inFile = source.getInFile();
 372     String type = source.type;
 373     try
 374     {
 375       if (format.equals("FASTA"))
 376       {
 377         alignFile = new FastaFile(source);
 378       }
 379       else if (format.equals("MSF"))
 380       {
 381         alignFile = new MSFfile(source);
 382       }
 383       else if (format.equals("PileUp"))
 384       {
 385         alignFile = new PileUpfile(source);
 386       }
 387       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 388       {
 389         alignFile = new ClustalFile(source);
 390       }
 391       else if (format.equals("BLC"))
 392       {
 393         alignFile = new BLCFile(source);
 394       }
 395       else if (format.equals("PIR"))
 396       {
 397         alignFile = new PIRFile(source);
 398       }
 399       else if (format.equals("PFAM"))
 400       {
 401         alignFile = new PfamFile(source);
 402       }
 403       else if (format.equals("JnetFile"))
 404       {
 405         alignFile = new JPredFile(source);
 406         ((JPredFile) alignFile).removeNonSequences();
 407       }
 408       else if (format.equals("PDB"))
 409       {
 410         alignFile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 411                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, source);
 412       }
 413       else if (format.equals("STH"))
 414       {
 415         alignFile = new StockholmFile(source);
 416       }
 417       else if (format.equals("RNAML"))
 418       {
 419         alignFile = new RnamlFile(source);
 420       }
 421       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 422       {
 423         alignFile = new SimpleBlastFile(source);
 424       }
 425       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 426       {
 427         alignFile = new PhylipFile(source);
 428       }
 429       else if (format.equals(IdentifyFile.GFF3File))
 430       {
 431         alignFile = new Gff3File(inFile, type);
 432       }
 433       else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 434       {
 435         alignFile = new JSONFile(source);
 436       }
 437       else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 438       {
 439         alignFile = new HtmlFile(source);
 440       }
 441
 442       return buildAlignmentFrom(alignFile);
 443
 444     } catch (Exception e)
 445     {
 446       e.printStackTrace();
 447       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 448               + "' reader.\n" + e);
 449
 450       if (e.getMessage() != null
 451               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 452       {
 453         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 454       }
 455
 456       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 457       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 458       {
 459         try
 460         {
 461           // Possible sequence is just residues with no label
 462           alignFile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 463           return buildAlignmentFrom(alignFile);
 464
 465         } catch (Exception ex)
 466         {
 467           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 468           {
 469             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 470           }
 471
 472           ex.printStackTrace();
 473         }
 474       }
 475
 476       // If we get to this stage, the format was not supported
 477       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 478     }
 479   }
 480
 481   /**
 482    * boilerplate method to handle data from an AlignFile and construct a new
 483    * alignment or import to an existing alignment
 484    *
 485    * @param alignFile2
 486    * @return AlignmentI instance ready to pass to a UI constructor
 487    */
 488   private AlignmentI buildAlignmentFrom(AlignFile alignFile2)
 489   {
 490     // Standard boilerplate for creating alignment from parser
 491     // alignFile.configureForView(viewpanel);
 492
 493     AlignmentI al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 494
 495     alignFile.addAnnotations(al);
 496
 497     alignFile.addGroups(al);
 498
 499     return al;
 500   }
 501
 502   /**
 503    * create an alignment flatfile from a Jalview alignment view
 504    *
 505    * @param format
 506    * @param jvsuffix
 507    * @param av
 508    * @param selectedOnly
 509    * @return flatfile in a string
 510    */
 511   public String formatSequences(String format, boolean jvsuffix,
 512           AlignmentViewPanel ap, boolean selectedOnly)
 513   {
 514
 515     AlignmentView selvew = ap.getAlignViewport().getAlignmentView(
 516             selectedOnly, false);
 517     AlignmentI aselview = selvew.getVisibleAlignment(ap.getAlignViewport()
 518             .getGapCharacter());
 519     List<AlignmentAnnotation> ala = (ap.getAlignViewport()
 520             .getVisibleAlignmentAnnotation(selectedOnly));
 521     if (ala != null)
 522     {
 523       for (AlignmentAnnotation aa : ala)
 524       {
 525         aselview.addAnnotation(aa);
 526       }
 527     }
 528     viewpanel = ap;
 529     return formatSequences(format, aselview, jvsuffix);
 530   }
 531
 532   /**
 533    * Construct an output class for an alignment in a particular filetype TODO:
 534    * allow caller to detect errors and warnings encountered when generating
 535    * output
 536    *
 537    * @param format
 538    *          string name of alignment format
 539    * @param alignment
 540    *          the alignment to be written out
 541    * @param jvsuffix
 542    *          passed to AlnFile class controls whether /START-END is added to
 543    *          sequence names
 544    *
 545    * @return alignment flat file contents
 546    */
 547   public String formatSequences(String format, AlignmentI alignment,
 548           boolean jvsuffix)
 549   {
 550     try
 551     {
 552       AlignFile afile = null;
 553       if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))
 554       {
 555         afile = new FastaFile();
 556       }
 557       else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))
 558       {
 559         afile = new MSFfile();
 560       }
 561       else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))
 562       {
 563         afile = new PileUpfile();
 564       }
 565       else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))
 566       {
 567         afile = new ClustalFile();
 568       }
 569       else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))
 570       {
 571         afile = new BLCFile();
 572       }
 573       else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))
 574       {
 575         afile = new PIRFile();
 576       }
 577       else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))
 578       {
 579         afile = new PfamFile();
 580       }
 581       else if (format.equalsIgnoreCase("STH"))
 582       {
 583         afile = new StockholmFile(alignment);
 584       }
 585       else if (format.equalsIgnoreCase("AMSA"))
 586       {
 587         afile = new AMSAFile(alignment);
 588       }
 589       else if (format.equalsIgnoreCase(PhylipFile.FILE_DESC))
 590       {
 591         afile = new PhylipFile();
 592       }
 593       else if (format.equalsIgnoreCase(JSONFile.FILE_DESC))
 594       {
 595         afile = new JSONFile();
 596       }
 597       else if (format.equalsIgnoreCase("RNAML"))
 598       {
 599         afile = new RnamlFile();
 600       }
 601
 602       else
 603       {
 604         throw new Exception(
 605                 MessageManager
 606                         .getString("error.implementation_error_unknown_file_format_string"));
 607       }
 608
 609       afile.setNewlineString(newline);
 610       afile.addJVSuffix(jvsuffix);
 611       afile.setExportSettings(exportSettings);
 612       afile.configureForView(viewpanel);
 613
 614       // check whether we were given a specific alignment to export, rather than
 615       // the one in the viewpanel
 616       if (viewpanel == null || viewpanel.getAlignment() == null
 617               || viewpanel.getAlignment() != alignment)
 618       {
 619         afile.setSeqs(alignment.getSequencesArray());
 620       }
 621       else
 622       {
 623         afile.setSeqs(viewpanel.getAlignment().getSequencesArray());
 624       }
 625
 626       String afileresp = afile.print();
 627       if (afile.hasWarningMessage())
 628       {
 629         System.err.println("Warning raised when writing as " + format
 630                 + " : " + afile.getWarningMessage());
 631       }
 632       return afileresp;
 633     } catch (Exception e)
 634     {
 635       System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format
 636               + "' file\n");
 637       e.printStackTrace();
 638     }
 639
 640     return null;
 641   }
 642
 643   public static String checkProtocol(String file)
 644   {
 645     String protocol = FILE;
 646     String ft = file.toLowerCase().trim();
 647     if (ft.indexOf("http:") == 0 || ft.indexOf("https:") == 0
 648             || ft.indexOf("file:") == 0)
 649     {
 650       protocol = URL;
 651     }
 652     return protocol;
 653   }
 654
 655   public static void main(String[] args)
 656   {
 657     int i = 0;
 658     while (i < args.length)
 659     {
 660       File f = new File(args[i]);
 661       if (f.exists())
 662       {
 663         try
 664         {
 665           System.out.println("Reading file: " + f);
 666           AppletFormatAdapter afa = new AppletFormatAdapter();
 667           Runtime r = Runtime.getRuntime();
 668           System.gc();
 669           long memf = -r.totalMemory() + r.freeMemory();
 670           long t1 = -System.currentTimeMillis();
 671           AlignmentI al = afa.readFile(args[i], FILE,
 672                   new IdentifyFile().Identify(args[i], FILE));
 673           t1 += System.currentTimeMillis();
 674           System.gc();
 675           memf += r.totalMemory() - r.freeMemory();
 676           if (al != null)
 677           {
 678             System.out.println("Alignment contains " + al.getHeight()
 679                     + " sequences and " + al.getWidth() + " columns.");
 680             try
 681             {
 682               System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 683                       "FASTA", al, true));
 684             } catch (Exception e)
 685             {
 686               System.err
 687                       .println("Couln't format the alignment for output as a FASTA file.");
 688               e.printStackTrace(System.err);
 689             }
 690           }
 691           else
 692           {
 693             System.out.println("Couldn't read alignment");
 694           }
 695           System.out.println("Read took " + (t1 / 1000.0) + " seconds.");
 696           System.out
 697                   .println("Difference between free memory now and before is "
 698                           + (memf / (1024.0 * 1024.0) * 1.0) + " MB");
 699         } catch (Exception e)
 700         {
 701           System.err.println("Exception when dealing with " + i
 702                   + "'th argument: " + args[i] + "\n" + e);
 703         }
 704       }
 705       else
 706       {
 707         System.err.println("Ignoring argument '" + args[i] + "' (" + i
 708                 + "'th)- not a readable file.");
 709       }
 710       i++;
 711     }
 712   }
 713
 714   /**
 715    * try to discover how to access the given file as a valid datasource that
 716    * will be identified as the given type.
 717    *
 718    * @param file
 719    * @param format
 720    * @return protocol that yields the data parsable as the given type
 721    */
 722   public static String resolveProtocol(String file, String format)
 723   {
 724     return resolveProtocol(file, format, false);
 725   }
 726
 727   public static String resolveProtocol(String file, String format,
 728           boolean debug)
 729   {
 730     // TODO: test thoroughly!
 731     String protocol = null;
 732     if (debug)
 733     {
 734       System.out.println("resolving datasource started with:\n>>file\n"
 735               + file + ">>endfile");
 736     }
 737
 738     // This might throw a security exception in certain browsers
 739     // Netscape Communicator for instance.
 740     try
 741     {
 742       boolean rtn = false;
 743       InputStream is = System.getSecurityManager().getClass()
 744               .getResourceAsStream("/" + file);
 745       if (is != null)
 746       {
 747         rtn = true;
 748         is.close();
 749       }
 750       if (debug)
 751       {
 752         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
 753                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
 754       }
 755       ;
 756       if (rtn)
 757       {
 758         protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 759       }
 760
 761     } catch (Exception ex)
 762     {
 763       System.err
 764               .println("Exception checking resources: " + file + " " + ex);
 765     }
 766
 767     if (file.indexOf("://") > -1)
 768     {
 769       protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 770     }
 771     else
 772     {
 773       // skipping codebase prepend check.
 774       protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
 775     }
 776     FileParse fp = null;
 777     try
 778     {
 779       if (debug)
 780       {
 781         System.out.println("Trying to get contents of resource as "
 782                 + protocol + ":");
 783       }
 784       fp = new FileParse(file, protocol);
 785       if (!fp.isValid())
 786       {
 787         fp = null;
 788       }
 789       else
 790       {
 791         if (debug)
 792         {
 793           System.out.println("Successful.");
 794         }
 795       }
 796     } catch (Exception e)
 797     {
 798       if (debug)
 799       {
 800         System.err.println("Exception when accessing content: " + e);
 801       }
 802       fp = null;
 803     }
 804     if (fp == null)
 805     {
 806       if (debug)
 807       {
 808         System.out.println("Accessing as paste.");
 809       }
 810       protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;
 811       fp = null;
 812       try
 813       {
 814         fp = new FileParse(file, protocol);
 815         if (!fp.isValid())
 816         {
 817           fp = null;
 818         }
 819       } catch (Exception e)
 820       {
 821         System.err.println("Failed to access content as paste!");
 822         e.printStackTrace();
 823         fp = null;
 824       }
 825     }
 826     if (fp == null)
 827     {
 828       return null;
 829     }
 830     if (format == null || format.length() == 0)
 831     {
 832       return protocol;
 833     }
 834     else
 835     {
 836       try
 837       {
 838         String idformat = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file,
 839                 protocol);
 840         if (idformat == null)
 841         {
 842           if (debug)
 843           {
 844             System.out.println("Format not identified. Inaccessible file.");
 845           }
 846           return null;
 847         }
 848         if (debug)
 849         {
 850           System.out.println("Format identified as " + idformat
 851                   + "and expected as " + format);
 852         }
 853         if (idformat.equals(format))
 854         {
 855           if (debug)
 856           {
 857             System.out.println("Protocol identified as " + protocol);
 858           }
 859           return protocol;
 860         }
 861         else
 862         {
 863           if (debug)
 864           {
 865             System.out
 866                     .println("File deemed not accessible via " + protocol);
 867           }
 868           fp.close();
 869           return null;
 870         }
 871       } catch (Exception e)
 872       {
 873         if (debug)
 874         {
 875           System.err.println("File deemed not accessible via " + protocol);
 876           e.printStackTrace();
 877         }
 878         ;
 879
 880       }
 881     }
 882     return null;
 883   }
 884
 885   public AlignFile getAlignFile()
 886   {
 887     return alignFile;
 888   }
 889
 890   public void setAlignFile(AlignFile alignFile)
 891   {
 892     this.alignFile = alignFile;
 893   }
 894 }