src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.AlignExportSettingI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  29 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.io.File;
  33 import java.io.InputStream;
  34 import java.util.List;
  35
  36 /**
  37  * A low level class for alignment and feature IO with alignment formatting
  38  * methods used by both applet and application for generating flat alignment
  39  * files. It also holds the lists of magic format names that the applet and
  40  * application will allow the user to read or write files with.
  41  *
  42  * @author $author$
  43  * @version $Revision$
  44  */
  45 public class AppletFormatAdapter
  46 {
  47   private AlignmentViewPanel viewpanel;
  48
  49   public static String FILE = "File";
  50
  51   public static String URL = "URL";
  52
  53   public static String PASTE = "Paste";
  54
  55   public static String CLASSLOADER = "ClassLoader";
  56
  57   /**
  58    * add jalview-derived non-secondary structure annotation from PDB structure
  59    */
  60   boolean annotFromStructure = false;
  61
  62   /**
  63    * add secondary structure from PDB data with built-in algorithms
  64    */
  65   boolean localSecondaryStruct = false;
  66
  67   /**
  68    * process PDB data with web services
  69    */
  70   boolean serviceSecondaryStruct = false;
  71
  72   private AlignFile alignFile = null;
  73
  74   String inFile;
  75
  76   /**
  77    * character used to write newlines
  78    */
  79   protected String newline = System.getProperty("line.separator");
  80
  81   private AlignExportSettingI exportSettings;
  82
  83   /**
  84    * List of valid format strings used in the isValidFormat method
  85    */
  86   public static final String[] READABLE_FORMATS = new String[]
  87   { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "STH",
  88       "PDB", "JnetFile", "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, IdentifyFile.GFF3File,
  89       "HTML" };
  90
  91   /**
  92    * List of readable format file extensions by application in order
  93    * corresponding to READABLE_FNAMES
  94    */
  95   public static final String[] READABLE_EXTENSIONS = new String[]
  96   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
  97       "sto,stk", "xml,rnaml", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT,
  98       ".gff2,gff3",
  99       "jar,jvp", HtmlFile.FILE_EXT };
 100
 101   /**
 102    * List of readable formats by application in order corresponding to
 103    * READABLE_EXTENSIONS
 104    */
 105   public static final String[] READABLE_FNAMES = new String[]
 106   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "Stockholm",
 107       "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, IdentifyFile.GFF3File, "Jalview",
 108       HtmlFile.FILE_DESC };
 109
 110   /**
 111    * List of valid format strings for use by callers of the formatSequences
 112    * method
 113    */
 114   public static final String[] WRITEABLE_FORMATS = new String[]
 115           { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "AMSA",
 116     "STH", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC };
 117
 118   /**
 119    * List of extensions corresponding to file format types in WRITABLE_FNAMES
 120    * that are writable by the application.
 121    */
 122   public static final String[] WRITABLE_EXTENSIONS = new String[]
 123   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
 124       "sto,stk", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT, "jvp" };
 125
 126   /**
 127    * List of writable formats by the application. Order must correspond with the
 128    * WRITABLE_EXTENSIONS list of formats.
 129    */
 130   public static final String[] WRITABLE_FNAMES = new String[]
 131   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "STH",
 132       PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, "Jalview" };
 133
 134   public static String INVALID_CHARACTERS = "Contains invalid characters";
 135
 136   // TODO: make these messages dynamic
 137   public static String SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n"
 138           + prettyPrint(READABLE_FORMATS);
 139
 140   public AppletFormatAdapter()
 141   {
 142   }
 143
 144   public AppletFormatAdapter(AlignmentViewPanel viewpanel)
 145   {
 146     this.viewpanel = viewpanel;
 147   }
 148
 149   public AppletFormatAdapter(AlignmentPanel alignPanel,
 150           AlignExportSettingI settings)
 151   {
 152     viewpanel = alignPanel;
 153     exportSettings = settings;
 154   }
 155
 156   /**
 157    *
 158    * @param els
 159    * @return grammatically correct(ish) list consisting of els elements.
 160    */
 161   public static String prettyPrint(String[] els)
 162   {
 163     StringBuffer list = new StringBuffer();
 164     for (int i = 0, iSize = els.length - 1; i < iSize; i++)
 165     {
 166       list.append(els[i]);
 167       list.append(", ");
 168     }
 169     list.append(" and " + els[els.length - 1] + ".");
 170     return list.toString();
 171   }
 172
 173
 174   public void setNewlineString(String nl)
 175   {
 176     newline = nl;
 177   }
 178
 179   public String getNewlineString()
 180   {
 181     return newline;
 182   }
 183
 184   /**
 185    * check that this format is valid for reading
 186    *
 187    * @param format
 188    *          a format string to be compared with READABLE_FORMATS
 189    * @return true if format is readable
 190    */
 191   public static final boolean isValidFormat(String format)
 192   {
 193     return isValidFormat(format, false);
 194   }
 195
 196   /**
 197    * validate format is valid for IO
 198    *
 199    * @param format
 200    *          a format string to be compared with either READABLE_FORMATS or
 201    *          WRITEABLE_FORMATS
 202    * @param forwriting
 203    *          when true, format is checked for containment in WRITEABLE_FORMATS
 204    * @return true if format is valid
 205    */
 206   public static final boolean isValidFormat(String format,
 207           boolean forwriting)
 208   {
 209     boolean valid = false;
 210     String[] format_list = (forwriting) ? WRITEABLE_FORMATS
 211             : READABLE_FORMATS;
 212     for (String element : format_list)
 213     {
 214       if (element.equalsIgnoreCase(format))
 215       {
 216         return true;
 217       }
 218     }
 219
 220     return valid;
 221   }
 222
 223   /**
 224    * Constructs the correct filetype parser for a characterised datasource
 225    *
 226    * @param inFile
 227    *          data/data location
 228    * @param type
 229    *          type of datasource
 230    * @param format
 231    *          File format of data provided by datasource
 232    *
 233    * @return DOCUMENT ME!
 234    */
 235   public AlignmentI readFile(String inFile, String type, String format)
 236           throws java.io.IOException
 237   {
 238     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 239     // using Constructor.invoke reflection
 240     this.inFile = inFile;
 241     try
 242     {
 243       if (format.equals("FASTA"))
 244       {
 245         alignFile = new FastaFile(inFile, type);
 246       }
 247       else if (format.equals("MSF"))
 248       {
 249         alignFile = new MSFfile(inFile, type);
 250       }
 251       else if (format.equals("PileUp"))
 252       {
 253         alignFile = new PileUpfile(inFile, type);
 254       }
 255       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 256       {
 257         alignFile = new ClustalFile(inFile, type);
 258       }
 259       else if (format.equals("BLC"))
 260       {
 261         alignFile = new BLCFile(inFile, type);
 262       }
 263       else if (format.equals("PIR"))
 264       {
 265         alignFile = new PIRFile(inFile, type);
 266       }
 267       else if (format.equals("PFAM"))
 268       {
 269         alignFile = new PfamFile(inFile, type);
 270       }
 271       else if (format.equals("JnetFile"))
 272       {
 273         alignFile = new JPredFile(inFile, type);
 274         ((JPredFile) alignFile).removeNonSequences();
 275       }
 276       else if (format.equals("PDB"))
 277       {
 278         alignFile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 279                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, inFile, type);
 280         // Uncomment to test Jmol data based PDB processing: JAL-1213
 281         // afile = new jalview.ext.jmol.PDBFileWithJmol(inFile, type);
 282       }
 283       else if (format.equals("STH"))
 284       {
 285         alignFile = new StockholmFile(inFile, type);
 286       }
 287       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 288       {
 289         alignFile = new SimpleBlastFile(inFile, type);
 290       }
 291       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 292       {
 293         alignFile = new PhylipFile(inFile, type);
 294       }
 295       else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 296       {
 297         alignFile = new JSONFile(inFile, type);
 298       }
 299       else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 300       {
 301         alignFile = new HtmlFile(inFile, type);
 302       }
 303       else if (format.equals("RNAML"))
 304       {
 305         alignFile = new RnamlFile(inFile, type);
 306       }
 307       else if (format.equals(IdentifyFile.GFF3File))
 308       {
 309         alignFile = new Gff3File(inFile, type);
 310       }
 311       return buildAlignmentFrom(alignFile);
 312     } catch (Exception e)
 313     {
 314       e.printStackTrace();
 315       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 316               + "' reader.\n" + e);
 317
 318       if (e.getMessage() != null
 319               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 320       {
 321         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 322       }
 323
 324       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 325       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 326       {
 327         try
 328         {
 329           // Possible sequence is just residues with no label
 330           alignFile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 331           return buildAlignmentFrom(alignFile);
 332
 333         } catch (Exception ex)
 334         {
 335           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 336           {
 337             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 338           }
 339
 340           ex.printStackTrace();
 341         }
 342       }
 343
 344       // If we get to this stage, the format was not supported
 345       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 346     }
 347   }
 348
 349   /**
 350    * Constructs the correct filetype parser for an already open datasource
 351    *
 352    * @param source
 353    *          an existing datasource
 354    * @param format
 355    *          File format of data that will be provided by datasource
 356    *
 357    * @return DOCUMENT ME!
 358    */
 359   public AlignmentI readFromFile(FileParse source, String format)
 360           throws java.io.IOException
 361   {
 362     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 363     // using Constructor.invoke reflection
 364     // This is exactly the same as the readFile method except we substitute
 365     // 'inFile, type' with 'source'
 366     this.inFile = source.getInFile();
 367     String type = source.type;
 368     try
 369     {
 370       if (format.equals("FASTA"))
 371       {
 372         alignFile = new FastaFile(source);
 373       }
 374       else if (format.equals("MSF"))
 375       {
 376         alignFile = new MSFfile(source);
 377       }
 378       else if (format.equals("PileUp"))
 379       {
 380         alignFile = new PileUpfile(source);
 381       }
 382       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 383       {
 384         alignFile = new ClustalFile(source);
 385       }
 386       else if (format.equals("BLC"))
 387       {
 388         alignFile = new BLCFile(source);
 389       }
 390       else if (format.equals("PIR"))
 391       {
 392         alignFile = new PIRFile(source);
 393       }
 394       else if (format.equals("PFAM"))
 395       {
 396         alignFile = new PfamFile(source);
 397       }
 398       else if (format.equals("JnetFile"))
 399       {
 400         alignFile = new JPredFile(source);
 401         ((JPredFile) alignFile).removeNonSequences();
 402       }
 403       else if (format.equals("PDB"))
 404       {
 405         alignFile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 406                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, source);
 407       }
 408       else if (format.equals("STH"))
 409       {
 410         alignFile = new StockholmFile(source);
 411       }
 412       else if (format.equals("RNAML"))
 413       {
 414         alignFile = new RnamlFile(source);
 415       }
 416       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 417       {
 418         alignFile = new SimpleBlastFile(source);
 419       }
 420       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 421       {
 422         alignFile = new PhylipFile(source);
 423       }
 424       else if (format.equals(IdentifyFile.GFF3File))
 425       {
 426         alignFile = new Gff3File(inFile, type);
 427       }
 428       else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 429       {
 430         alignFile = new JSONFile(source);
 431       }
 432       else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 433       {
 434         alignFile = new HtmlFile(source);
 435       }
 436
 437       return buildAlignmentFrom(alignFile);
 438
 439     } catch (Exception e)
 440     {
 441       e.printStackTrace();
 442       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 443               + "' reader.\n" + e);
 444
 445       if (e.getMessage() != null
 446               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 447       {
 448         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 449       }
 450
 451       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 452       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 453       {
 454         try
 455         {
 456           // Possible sequence is just residues with no label
 457           alignFile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 458           return buildAlignmentFrom(alignFile);
 459
 460         } catch (Exception ex)
 461         {
 462           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 463           {
 464             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 465           }
 466
 467           ex.printStackTrace();
 468         }
 469       }
 470
 471       // If we get to this stage, the format was not supported
 472       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 473     }
 474   }
 475
 476
 477   /**
 478    * boilerplate method to handle data from an AlignFile and construct a new
 479    * alignment or import to an existing alignment
 480    *
 481    * @param alignFile2
 482    * @return AlignmentI instance ready to pass to a UI constructor
 483    */
 484   private AlignmentI buildAlignmentFrom(AlignFile alignFile2)
 485   {
 486     // Standard boilerplate for creating alignment from parser
 487     alignFile.configureForView(viewpanel);
 488
 489     AlignmentI al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 490
 491     alignFile.addAnnotations(al);
 492
 493     alignFile.addGroups(al);
 494
 495     return al;
 496   }
 497
 498   /**
 499    * create an alignment flatfile from a Jalview alignment view
 500    * @param format
 501    * @param jvsuffix
 502    * @param av
 503    * @param selectedOnly
 504    * @return flatfile in a string
 505    */
 506   public String formatSequences(String format, boolean jvsuffix,
 507           AlignmentViewPanel ap, boolean selectedOnly)
 508   {
 509
 510     AlignmentView selvew = ap.getAlignViewport().getAlignmentView(
 511             selectedOnly, false);
 512     AlignmentI aselview = selvew.getVisibleAlignment(ap.getAlignViewport()
 513             .getGapCharacter());
 514     List<AlignmentAnnotation> ala = (ap.getAlignViewport()
 515             .getVisibleAlignmentAnnotation(selectedOnly));
 516     if (ala != null)
 517     {
 518       for (AlignmentAnnotation aa : ala)
 519       {
 520         aselview.addAnnotation(aa);
 521       }
 522     }
 523
 524     return formatSequences(format, aselview, jvsuffix);
 525   }
 526
 527   /**
 528    * Construct an output class for an alignment in a particular filetype TODO:
 529    * allow caller to detect errors and warnings encountered when generating
 530    * output
 531    *
 532    * @param format
 533    *          string name of alignment format
 534    * @param alignment
 535    *          the alignment to be written out
 536    * @param jvsuffix
 537    *          passed to AlnFile class controls whether /START-END is added to
 538    *          sequence names
 539    *
 540    * @return alignment flat file contents
 541    */
 542   public String formatSequences(String format, AlignmentI alignment,
 543           boolean jvsuffix)
 544   {
 545     try
 546     {
 547       AlignFile afile = null;
 548       if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))
 549       {
 550         afile = new FastaFile();
 551       }
 552       else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))
 553       {
 554         afile = new MSFfile();
 555       }
 556       else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))
 557       {
 558         afile = new PileUpfile();
 559       }
 560       else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))
 561       {
 562         afile = new ClustalFile();
 563       }
 564       else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))
 565       {
 566         afile = new BLCFile();
 567       }
 568       else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))
 569       {
 570         afile = new PIRFile();
 571       }
 572       else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))
 573       {
 574         afile = new PfamFile();
 575       }
 576       else if (format.equalsIgnoreCase("STH"))
 577       {
 578         afile = new StockholmFile(alignment);
 579       }
 580       else if (format.equalsIgnoreCase("AMSA"))
 581       {
 582         afile = new AMSAFile(alignment);
 583       }
 584       else if (format.equalsIgnoreCase(PhylipFile.FILE_DESC))
 585       {
 586         afile = new PhylipFile();
 587       }
 588        else if (format.equalsIgnoreCase(JSONFile.FILE_DESC))
 589        {
 590         afile = new JSONFile();
 591        }
 592       else if (format.equalsIgnoreCase("RNAML"))
 593       {
 594         afile = new RnamlFile();
 595       }
 596
 597       else
 598       {
 599         throw new Exception(MessageManager.getString("error.implementation_error_unknown_file_format_string"));
 600       }
 601       afile.setNewlineString(newline);
 602       afile.addJVSuffix(jvsuffix);
 603
 604       afile.setExportSettings(exportSettings);
 605
 606       afile.configureForView(viewpanel);
 607
 608       // check whether we were given a specific alignment to export, rather than
 609       // the one in the viewpanel
 610       if (viewpanel == null || viewpanel.getAlignment() == null
 611               || viewpanel.getAlignment() != alignment)
 612       {
 613         afile.setSeqs(alignment.getSequencesArray());
 614       }
 615       else
 616       {
 617         afile.setSeqs(viewpanel.getAlignment().getSequencesArray());
 618       }
 619
 620       String afileresp = afile.print();
 621       if (afile.hasWarningMessage())
 622       {
 623         System.err.println("Warning raised when writing as " + format
 624                 + " : " + afile.getWarningMessage());
 625       }
 626       return afileresp;
 627     } catch (Exception e)
 628     {
 629       System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format
 630               + "' file\n");
 631       e.printStackTrace();
 632     }
 633
 634     return null;
 635   }
 636
 637   public static String checkProtocol(String file)
 638   {
 639     String protocol = FILE;
 640     String ft = file.toLowerCase().trim();
 641     if (ft.indexOf("http:") == 0 || ft.indexOf("https:") == 0
 642             || ft.indexOf("file:") == 0)
 643     {
 644       protocol = URL;
 645     }
 646     return protocol;
 647   }
 648
 649   public static void main(String[] args)
 650   {
 651     int i = 0;
 652     while (i < args.length)
 653     {
 654       File f = new File(args[i]);
 655       if (f.exists())
 656       {
 657         try
 658         {
 659           System.out.println("Reading file: " + f);
 660           AppletFormatAdapter afa = new AppletFormatAdapter();
 661           Runtime r = Runtime.getRuntime();
 662           System.gc();
 663           long memf = -r.totalMemory() + r.freeMemory();
 664           long t1 = -System.currentTimeMillis();
 665           AlignmentI al = afa.readFile(args[i], FILE,
 666                   new IdentifyFile().Identify(args[i], FILE));
 667           t1 += System.currentTimeMillis();
 668           System.gc();
 669           memf += r.totalMemory() - r.freeMemory();
 670           if (al != null)
 671           {
 672             System.out.println("Alignment contains " + al.getHeight()
 673                     + " sequences and " + al.getWidth() + " columns.");
 674             try
 675             {
 676               System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 677                       "FASTA", al, true));
 678             } catch (Exception e)
 679             {
 680               System.err
 681               .println("Couln't format the alignment for output as a FASTA file.");
 682               e.printStackTrace(System.err);
 683             }
 684           }
 685           else
 686           {
 687             System.out.println("Couldn't read alignment");
 688           }
 689           System.out.println("Read took " + (t1 / 1000.0) + " seconds.");
 690           System.out
 691           .println("Difference between free memory now and before is "
 692                   + (memf / (1024.0 * 1024.0) * 1.0) + " MB");
 693         } catch (Exception e)
 694         {
 695           System.err.println("Exception when dealing with " + i
 696                   + "'th argument: " + args[i] + "\n" + e);
 697         }
 698       }
 699       else
 700       {
 701         System.err.println("Ignoring argument '" + args[i] + "' (" + i
 702                 + "'th)- not a readable file.");
 703       }
 704       i++;
 705     }
 706   }
 707
 708   /**
 709    * try to discover how to access the given file as a valid datasource that
 710    * will be identified as the given type.
 711    *
 712    * @param file
 713    * @param format
 714    * @return protocol that yields the data parsable as the given type
 715    */
 716   public static String resolveProtocol(String file, String format)
 717   {
 718     return resolveProtocol(file, format, false);
 719   }
 720
 721   public static String resolveProtocol(String file, String format,
 722           boolean debug)
 723   {
 724     // TODO: test thoroughly!
 725     String protocol = null;
 726     if (debug)
 727     {
 728       System.out.println("resolving datasource started with:\n>>file\n"
 729               + file + ">>endfile");
 730     }
 731
 732     // This might throw a security exception in certain browsers
 733     // Netscape Communicator for instance.
 734     try
 735     {
 736       boolean rtn = false;
 737       InputStream is = System.getSecurityManager().getClass()
 738               .getResourceAsStream("/" + file);
 739       if (is != null)
 740       {
 741         rtn = true;
 742         is.close();
 743       }
 744       if (debug)
 745       {
 746         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
 747                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
 748       }
 749       ;
 750       if (rtn)
 751       {
 752         protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 753       }
 754
 755     } catch (Exception ex)
 756     {
 757       System.err
 758       .println("Exception checking resources: " + file + " " + ex);
 759     }
 760
 761     if (file.indexOf("://") > -1)
 762     {
 763       protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 764     }
 765     else
 766     {
 767       // skipping codebase prepend check.
 768       protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
 769     }
 770     FileParse fp = null;
 771     try
 772     {
 773       if (debug)
 774       {
 775         System.out.println("Trying to get contents of resource as "
 776                 + protocol + ":");
 777       }
 778       fp = new FileParse(file, protocol);
 779       if (!fp.isValid())
 780       {
 781         fp = null;
 782       }
 783       else
 784       {
 785         if (debug)
 786         {
 787           System.out.println("Successful.");
 788         }
 789       }
 790     } catch (Exception e)
 791     {
 792       if (debug)
 793       {
 794         System.err.println("Exception when accessing content: " + e);
 795       }
 796       fp = null;
 797     }
 798     if (fp == null)
 799     {
 800       if (debug)
 801       {
 802         System.out.println("Accessing as paste.");
 803       }
 804       protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;
 805       fp = null;
 806       try
 807       {
 808         fp = new FileParse(file, protocol);
 809         if (!fp.isValid())
 810         {
 811           fp = null;
 812         }
 813       } catch (Exception e)
 814       {
 815         System.err.println("Failed to access content as paste!");
 816         e.printStackTrace();
 817         fp = null;
 818       }
 819     }
 820     if (fp == null)
 821     {
 822       return null;
 823     }
 824     if (format == null || format.length() == 0)
 825     {
 826       return protocol;
 827     }
 828     else
 829     {
 830       try
 831       {
 832         String idformat = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file,
 833                 protocol);
 834         if (idformat == null)
 835         {
 836           if (debug)
 837           {
 838             System.out.println("Format not identified. Inaccessible file.");
 839           }
 840           return null;
 841         }
 842         if (debug)
 843         {
 844           System.out.println("Format identified as " + idformat
 845                   + "and expected as " + format);
 846         }
 847         if (idformat.equals(format))
 848         {
 849           if (debug)
 850           {
 851             System.out.println("Protocol identified as " + protocol);
 852           }
 853           return protocol;
 854         }
 855         else
 856         {
 857           if (debug)
 858           {
 859             System.out
 860             .println("File deemed not accessible via " + protocol);
 861           }
 862           fp.close();
 863           return null;
 864         }
 865       } catch (Exception e)
 866       {
 867         if (debug)
 868         {
 869           System.err.println("File deemed not accessible via " + protocol);
 870           e.printStackTrace();
 871         }
 872         ;
 873
 874       }
 875     }
 876     return null;
 877   }
 878
 879   public AlignFile getAlignFile()
 880   {
 881     return alignFile;
 882   }
 883
 884   public void setAlignFile(AlignFile alignFile)
 885   {
 886     this.alignFile = alignFile;
 887   }
 888 }