src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 import java.io.File;
  31 import java.io.InputStream;
  32 import java.util.List;
  33
  34 /**
  35  * A low level class for alignment and feature IO with alignment formatting
  36  * methods used by both applet and application for generating flat alignment
  37  * files. It also holds the lists of magic format names that the applet and
  38  * application will allow the user to read or write files with.
  39  *
  40  * @author $author$
  41  * @version $Revision$
  42  */
  43 public class AppletFormatAdapter
  44 {
  45   /**
  46    * List of valid format strings used in the isValidFormat method
  47    */
  48   public static final String[] READABLE_FORMATS = new String[]
  49           { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "STH",
  50       "PDB", "JnetFile", "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, "HTML" }; // ,
  51                                                                               // "SimpleBLAST"
  52                                                                               // };
  53
  54   /**
  55    * List of valid format strings for use by callers of the formatSequences
  56    * method
  57    */
  58   public static final String[] WRITEABLE_FORMATS = new String[]
  59           { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "AMSA",
  60     "STH", PhylipFile.FILE_DESC };
  61
  62   /**
  63    * List of extensions corresponding to file format types in WRITABLE_FNAMES
  64    * that are writable by the application.
  65    */
  66   public static final String[] WRITABLE_EXTENSIONS = new String[]
  67   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
  68       "sto,stk", PhylipFile.FILE_EXT, "jvp" };
  69
  70   /**
  71    * List of writable formats by the application. Order must correspond with the
  72    * WRITABLE_EXTENSIONS list of formats.
  73    */
  74   public static final String[] WRITABLE_FNAMES = new String[]
  75   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "STH",
  76       PhylipFile.FILE_DESC, "Jalview" };
  77
  78   /**
  79    * List of readable format file extensions by application in order
  80    * corresponding to READABLE_FNAMES
  81    */
  82   public static final String[] READABLE_EXTENSIONS = new String[]
  83           { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
  84       "jar,jvp", "sto,stk", "xml,rnaml", PhylipFile.FILE_EXT,
  85  "html" }; // ".blast"
  86
  87   /**
  88    * List of readable formats by application in order corresponding to
  89    * READABLE_EXTENSIONS
  90    */
  91   public static final String[] READABLE_FNAMES = new String[]
  92           { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "Jalview",
  93       "Stockholm", "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, "HTML" };// ,
  94
  95   // "SimpleBLAST"
  96   // };
  97
  98   public static String INVALID_CHARACTERS = "Contains invalid characters";
  99
 100   // TODO: make these messages dynamic
 101   public static String SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n"
 102           + prettyPrint(READABLE_FORMATS);
 103
 104   /**
 105    *
 106    * @param els
 107    * @return grammatically correct(ish) list consisting of els elements.
 108    */
 109   public static String prettyPrint(String[] els)
 110   {
 111     StringBuffer list = new StringBuffer();
 112     for (int i = 0, iSize = els.length - 1; i < iSize; i++)
 113     {
 114       list.append(els[i]);
 115       list.append(", ");
 116     }
 117     list.append(" and " + els[els.length - 1] + ".");
 118     return list.toString();
 119   }
 120
 121   public static String FILE = "File";
 122
 123   public static String URL = "URL";
 124
 125   public static String PASTE = "Paste";
 126
 127   public static String CLASSLOADER = "ClassLoader";
 128
 129   /**
 130    * add jalview-derived non-secondary structure annotation from PDB structure
 131    */
 132   boolean annotFromStructure = false;
 133
 134   /**
 135    * add secondary structure from PDB data with built-in algorithms
 136    */
 137   boolean localSecondaryStruct = false;
 138
 139   /**
 140    * process PDB data with web services
 141    */
 142   boolean serviceSecondaryStruct = false;
 143
 144   AlignFile afile = null;
 145
 146   String inFile;
 147
 148   /**
 149    * character used to write newlines
 150    */
 151   protected String newline = System.getProperty("line.separator");
 152
 153   public void setNewlineString(String nl)
 154   {
 155     newline = nl;
 156   }
 157
 158   public String getNewlineString()
 159   {
 160     return newline;
 161   }
 162
 163   /**
 164    * check that this format is valid for reading
 165    *
 166    * @param format
 167    *          a format string to be compared with READABLE_FORMATS
 168    * @return true if format is readable
 169    */
 170   public static final boolean isValidFormat(String format)
 171   {
 172     return isValidFormat(format, false);
 173   }
 174
 175   /**
 176    * validate format is valid for IO
 177    *
 178    * @param format
 179    *          a format string to be compared with either READABLE_FORMATS or
 180    *          WRITEABLE_FORMATS
 181    * @param forwriting
 182    *          when true, format is checked for containment in WRITEABLE_FORMATS
 183    * @return true if format is valid
 184    */
 185   public static final boolean isValidFormat(String format,
 186           boolean forwriting)
 187   {
 188     boolean valid = false;
 189     String[] format_list = (forwriting) ? WRITEABLE_FORMATS
 190             : READABLE_FORMATS;
 191     for (String element : format_list)
 192     {
 193       if (element.equalsIgnoreCase(format))
 194       {
 195         return true;
 196       }
 197     }
 198
 199     return valid;
 200   }
 201
 202   /**
 203    * Constructs the correct filetype parser for a characterised datasource
 204    *
 205    * @param inFile
 206    *          data/data location
 207    * @param type
 208    *          type of datasource
 209    * @param format
 210    *          File format of data provided by datasource
 211    *
 212    * @return DOCUMENT ME!
 213    */
 214   public Alignment readFile(String inFile, String type, String format)
 215           throws java.io.IOException
 216   {
 217     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 218     // using Constructor.invoke reflection
 219     this.inFile = inFile;
 220     try
 221     {
 222       if (format.equals("FASTA"))
 223       {
 224         afile = new FastaFile(inFile, type);
 225       }
 226       else if (format.equals("MSF"))
 227       {
 228         afile = new MSFfile(inFile, type);
 229       }
 230       else if (format.equals("PileUp"))
 231       {
 232         afile = new PileUpfile(inFile, type);
 233       }
 234       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 235       {
 236         afile = new ClustalFile(inFile, type);
 237       }
 238       else if (format.equals("BLC"))
 239       {
 240         afile = new BLCFile(inFile, type);
 241       }
 242       else if (format.equals("PIR"))
 243       {
 244         afile = new PIRFile(inFile, type);
 245       }
 246       else if (format.equals("PFAM"))
 247       {
 248         afile = new PfamFile(inFile, type);
 249       }
 250       else if (format.equals("JnetFile"))
 251       {
 252         afile = new JPredFile(inFile, type);
 253         ((JPredFile) afile).removeNonSequences();
 254       }
 255       else if (format.equals("PDB"))
 256       {
 257         afile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 258                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, inFile, type);
 259         // Uncomment to test Jmol data based PDB processing: JAL-1213
 260         // afile = new jalview.ext.jmol.PDBFileWithJmol(inFile, type);
 261       }
 262       else if (format.equals("STH"))
 263       {
 264         afile = new StockholmFile(inFile, type);
 265       }
 266       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 267       {
 268         afile = new SimpleBlastFile(inFile, type);
 269       }
 270       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 271       {
 272         afile = new PhylipFile(inFile, type);
 273       }
 274       // else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 275       // {
 276       // afile = new HtmlFile(inFile, type);
 277       // }
 278       else if (format.equals("RNAML"))
 279       {
 280         afile = new RnamlFile(inFile, type);
 281       }
 282
 283       Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 284
 285       afile.addAnnotations(al);
 286
 287       return al;
 288     } catch (Exception e)
 289     {
 290       e.printStackTrace();
 291       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 292               + "' reader.\n" + e);
 293
 294       if (e.getMessage() != null
 295               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 296       {
 297         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 298       }
 299
 300       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 301       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 302       {
 303         try
 304         {
 305           // Possible sequence is just residues with no label
 306           afile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 307           Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 308           afile.addAnnotations(al);
 309           return al;
 310
 311         } catch (Exception ex)
 312         {
 313           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 314           {
 315             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 316           }
 317
 318           ex.printStackTrace();
 319         }
 320       }
 321
 322       // If we get to this stage, the format was not supported
 323       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 324     }
 325   }
 326
 327   /**
 328    * Constructs the correct filetype parser for an already open datasource
 329    *
 330    * @param source
 331    *          an existing datasource
 332    * @param format
 333    *          File format of data that will be provided by datasource
 334    *
 335    * @return DOCUMENT ME!
 336    */
 337   public AlignmentI readFromFile(FileParse source, String format)
 338           throws java.io.IOException
 339   {
 340     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 341     // using Constructor.invoke reflection
 342     // This is exactly the same as the readFile method except we substitute
 343     // 'inFile, type' with 'source'
 344     this.inFile = source.getInFile();
 345     String type = source.type;
 346     try
 347     {
 348       if (format.equals("FASTA"))
 349       {
 350         afile = new FastaFile(source);
 351       }
 352       else if (format.equals("MSF"))
 353       {
 354         afile = new MSFfile(source);
 355       }
 356       else if (format.equals("PileUp"))
 357       {
 358         afile = new PileUpfile(source);
 359       }
 360       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 361       {
 362         afile = new ClustalFile(source);
 363       }
 364       else if (format.equals("BLC"))
 365       {
 366         afile = new BLCFile(source);
 367       }
 368       else if (format.equals("PIR"))
 369       {
 370         afile = new PIRFile(source);
 371       }
 372       else if (format.equals("PFAM"))
 373       {
 374         afile = new PfamFile(source);
 375       }
 376       else if (format.equals("JnetFile"))
 377       {
 378         afile = new JPredFile(source);
 379         ((JPredFile) afile).removeNonSequences();
 380       }
 381       else if (format.equals("PDB"))
 382       {
 383         afile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 384                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, source);
 385       }
 386       else if (format.equals("STH"))
 387       {
 388         afile = new StockholmFile(source);
 389       }
 390       else if (format.equals("RNAML"))
 391       {
 392         afile = new RnamlFile(source);
 393       }
 394       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 395       {
 396         afile = new SimpleBlastFile(source);
 397       }
 398       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 399       {
 400         afile = new PhylipFile(source);
 401       }
 402       // else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 403       // {
 404       // afile = new HtmlFile(source);
 405       // }
 406       Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 407
 408       afile.addAnnotations(al);
 409
 410       return al;
 411     } catch (Exception e)
 412     {
 413       e.printStackTrace();
 414       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 415               + "' reader.\n" + e);
 416
 417       if (e.getMessage() != null
 418               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 419       {
 420         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 421       }
 422
 423       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 424       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 425       {
 426         try
 427         {
 428           // Possible sequence is just residues with no label
 429           afile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 430           Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 431           afile.addAnnotations(al);
 432           return al;
 433
 434         } catch (Exception ex)
 435         {
 436           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 437           {
 438             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 439           }
 440
 441           ex.printStackTrace();
 442         }
 443       }
 444
 445       // If we get to this stage, the format was not supported
 446       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 447     }
 448   }
 449
 450
 451   /**
 452    * create an alignment flatfile from a Jalview alignment view
 453    * @param format
 454    * @param jvsuffix
 455    * @param av
 456    * @param selectedOnly
 457    * @return flatfile in a string
 458    */
 459   public String formatSequences(String format, boolean jvsuffix,
 460           AlignViewportI av, boolean selectedOnly)
 461   {
 462
 463     AlignmentView selvew = av.getAlignmentView(selectedOnly, false);
 464     AlignmentI aselview = selvew.getVisibleAlignment(av
 465             .getGapCharacter());
 466     List<AlignmentAnnotation> ala = (av
 467             .getVisibleAlignmentAnnotation(selectedOnly));
 468     if (ala != null)
 469     {
 470       for (AlignmentAnnotation aa : ala)
 471       {
 472         aselview.addAnnotation(aa);
 473       }
 474     }
 475
 476     return formatSequences(format, aselview, jvsuffix);
 477   }
 478
 479   /**
 480    * Construct an output class for an alignment in a particular filetype TODO:
 481    * allow caller to detect errors and warnings encountered when generating
 482    * output
 483    *
 484    * @param format
 485    *          string name of alignment format
 486    * @param alignment
 487    *          the alignment to be written out
 488    * @param jvsuffix
 489    *          passed to AlnFile class controls whether /START-END is added to
 490    *          sequence names
 491    *
 492    * @return alignment flat file contents
 493    */
 494   public String formatSequences(String format, AlignmentI alignment,
 495           boolean jvsuffix)
 496   {
 497     try
 498     {
 499       AlignFile afile = null;
 500
 501       if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))
 502       {
 503         afile = new FastaFile();
 504       }
 505       else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))
 506       {
 507         afile = new MSFfile();
 508       }
 509       else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))
 510       {
 511         afile = new PileUpfile();
 512       }
 513       else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))
 514       {
 515         afile = new ClustalFile();
 516       }
 517       else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))
 518       {
 519         afile = new BLCFile();
 520       }
 521       else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))
 522       {
 523         afile = new PIRFile();
 524       }
 525       else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))
 526       {
 527         afile = new PfamFile();
 528       }
 529       else if (format.equalsIgnoreCase("STH"))
 530       {
 531         afile = new StockholmFile(alignment);
 532       }
 533       else if (format.equalsIgnoreCase("AMSA"))
 534       {
 535         afile = new AMSAFile(alignment);
 536       }
 537       else if (format.equalsIgnoreCase(PhylipFile.FILE_DESC))
 538       {
 539         afile = new PhylipFile();
 540       }
 541       // else if (format.equalsIgnoreCase(HtmlFile.FILE_DESC))
 542       // {
 543       // afile = new HtmlFile();
 544       // }
 545       else if (format.equalsIgnoreCase("RNAML"))
 546       {
 547         afile = new RnamlFile();
 548       }
 549
 550       else
 551       {
 552         throw new Exception(MessageManager.getString("error.implementation_error_unknown_file_format_string"));
 553       }
 554       afile.setNewlineString(newline);
 555       afile.addJVSuffix(jvsuffix);
 556
 557       afile.setSeqs(alignment.getSequencesArray());
 558
 559       String afileresp = afile.print();
 560       if (afile.hasWarningMessage())
 561       {
 562         System.err.println("Warning raised when writing as " + format
 563                 + " : " + afile.getWarningMessage());
 564       }
 565       return afileresp;
 566     } catch (Exception e)
 567     {
 568       System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format
 569               + "' file\n");
 570       e.printStackTrace();
 571     }
 572
 573     return null;
 574   }
 575
 576   public static String checkProtocol(String file)
 577   {
 578     String protocol = FILE;
 579     String ft = file.toLowerCase().trim();
 580     if (ft.indexOf("http:") == 0 || ft.indexOf("https:") == 0
 581             || ft.indexOf("file:") == 0)
 582     {
 583       protocol = URL;
 584     }
 585     return protocol;
 586   }
 587
 588   public static void main(String[] args)
 589   {
 590     int i = 0;
 591     while (i < args.length)
 592     {
 593       File f = new File(args[i]);
 594       if (f.exists())
 595       {
 596         try
 597         {
 598           System.out.println("Reading file: " + f);
 599           AppletFormatAdapter afa = new AppletFormatAdapter();
 600           Runtime r = Runtime.getRuntime();
 601           System.gc();
 602           long memf = -r.totalMemory() + r.freeMemory();
 603           long t1 = -System.currentTimeMillis();
 604           Alignment al = afa.readFile(args[i], FILE,
 605                   new IdentifyFile().Identify(args[i], FILE));
 606           t1 += System.currentTimeMillis();
 607           System.gc();
 608           memf += r.totalMemory() - r.freeMemory();
 609           if (al != null)
 610           {
 611             System.out.println("Alignment contains " + al.getHeight()
 612                     + " sequences and " + al.getWidth() + " columns.");
 613             try
 614             {
 615               System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 616                       "FASTA", al, true));
 617             } catch (Exception e)
 618             {
 619               System.err
 620               .println("Couln't format the alignment for output as a FASTA file.");
 621               e.printStackTrace(System.err);
 622             }
 623           }
 624           else
 625           {
 626             System.out.println("Couldn't read alignment");
 627           }
 628           System.out.println("Read took " + (t1 / 1000.0) + " seconds.");
 629           System.out
 630           .println("Difference between free memory now and before is "
 631                   + (memf / (1024.0 * 1024.0) * 1.0) + " MB");
 632         } catch (Exception e)
 633         {
 634           System.err.println("Exception when dealing with " + i
 635                   + "'th argument: " + args[i] + "\n" + e);
 636         }
 637       }
 638       else
 639       {
 640         System.err.println("Ignoring argument '" + args[i] + "' (" + i
 641                 + "'th)- not a readable file.");
 642       }
 643       i++;
 644     }
 645   }
 646
 647   /**
 648    * try to discover how to access the given file as a valid datasource that
 649    * will be identified as the given type.
 650    *
 651    * @param file
 652    * @param format
 653    * @return protocol that yields the data parsable as the given type
 654    */
 655   public static String resolveProtocol(String file, String format)
 656   {
 657     return resolveProtocol(file, format, false);
 658   }
 659
 660   public static String resolveProtocol(String file, String format,
 661           boolean debug)
 662   {
 663     // TODO: test thoroughly!
 664     String protocol = null;
 665     if (debug)
 666     {
 667       System.out.println("resolving datasource started with:\n>>file\n"
 668               + file + ">>endfile");
 669     }
 670
 671     // This might throw a security exception in certain browsers
 672     // Netscape Communicator for instance.
 673     try
 674     {
 675       boolean rtn = false;
 676       InputStream is = System.getSecurityManager().getClass()
 677               .getResourceAsStream("/" + file);
 678       if (is != null)
 679       {
 680         rtn = true;
 681         is.close();
 682       }
 683       if (debug)
 684       {
 685         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
 686                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
 687       }
 688       ;
 689       if (rtn)
 690       {
 691         protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 692       }
 693
 694     } catch (Exception ex)
 695     {
 696       System.err
 697       .println("Exception checking resources: " + file + " " + ex);
 698     }
 699
 700     if (file.indexOf("://") > -1)
 701     {
 702       protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 703     }
 704     else
 705     {
 706       // skipping codebase prepend check.
 707       protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
 708     }
 709     FileParse fp = null;
 710     try
 711     {
 712       if (debug)
 713       {
 714         System.out.println("Trying to get contents of resource as "
 715                 + protocol + ":");
 716       }
 717       fp = new FileParse(file, protocol);
 718       if (!fp.isValid())
 719       {
 720         fp = null;
 721       }
 722       else
 723       {
 724         if (debug)
 725         {
 726           System.out.println("Successful.");
 727         }
 728       }
 729     } catch (Exception e)
 730     {
 731       if (debug)
 732       {
 733         System.err.println("Exception when accessing content: " + e);
 734       }
 735       fp = null;
 736     }
 737     if (fp == null)
 738     {
 739       if (debug)
 740       {
 741         System.out.println("Accessing as paste.");
 742       }
 743       protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;
 744       fp = null;
 745       try
 746       {
 747         fp = new FileParse(file, protocol);
 748         if (!fp.isValid())
 749         {
 750           fp = null;
 751         }
 752       } catch (Exception e)
 753       {
 754         System.err.println("Failed to access content as paste!");
 755         e.printStackTrace();
 756         fp = null;
 757       }
 758     }
 759     if (fp == null)
 760     {
 761       return null;
 762     }
 763     if (format == null || format.length() == 0)
 764     {
 765       return protocol;
 766     }
 767     else
 768     {
 769       try
 770       {
 771         String idformat = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file,
 772                 protocol);
 773         if (idformat == null)
 774         {
 775           if (debug)
 776           {
 777             System.out.println("Format not identified. Inaccessible file.");
 778           }
 779           return null;
 780         }
 781         if (debug)
 782         {
 783           System.out.println("Format identified as " + idformat
 784                   + "and expected as " + format);
 785         }
 786         if (idformat.equals(format))
 787         {
 788           if (debug)
 789           {
 790             System.out.println("Protocol identified as " + protocol);
 791           }
 792           return protocol;
 793         }
 794         else
 795         {
 796           if (debug)
 797           {
 798             System.out
 799             .println("File deemed not accessible via " + protocol);
 800           }
 801           fp.close();
 802           return null;
 803         }
 804       } catch (Exception e)
 805       {
 806         if (debug)
 807         {
 808           System.err.println("File deemed not accessible via " + protocol);
 809           e.printStackTrace();
 810         }
 811         ;
 812
 813       }
 814     }
 815     return null;
 816   }
 817 }