src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.InputStream;
  25 import java.util.List;
  26
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.Alignment;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  32 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34
  35 /**
  36  * A low level class for alignment and feature IO with alignment formatting
  37  * methods used by both applet and application for generating flat alignment
  38  * files. It also holds the lists of magic format names that the applet and
  39  * application will allow the user to read or write files with.
  40  *
  41  * @author $author$
  42  * @version $Revision$
  43  */
  44 public class AppletFormatAdapter
  45 {
  46   private AlignViewportI viewport;
  47
  48   public static String FILE = "File";
  49
  50   public static String URL = "URL";
  51
  52   public static String PASTE = "Paste";
  53
  54   public static String CLASSLOADER = "ClassLoader";
  55
  56   /**
  57    * add jalview-derived non-secondary structure annotation from PDB structure
  58    */
  59   boolean annotFromStructure = false;
  60
  61   /**
  62    * add secondary structure from PDB data with built-in algorithms
  63    */
  64   boolean localSecondaryStruct = false;
  65
  66   /**
  67    * process PDB data with web services
  68    */
  69   boolean serviceSecondaryStruct = false;
  70
  71   private AlignFile alignFile = null;
  72
  73   String inFile;
  74
  75   /**
  76    * character used to write newlines
  77    */
  78   protected String newline = System.getProperty("line.separator");
  79
  80   /**
  81    * List of valid format strings used in the isValidFormat method
  82    */
  83   public static final String[] READABLE_FORMATS = new String[]
  84   { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "STH",
  85       "PDB", "JnetFile", "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, IdentifyFile.GFF3File,
  86       "HTML" };
  87
  88   /**
  89    * List of readable format file extensions by application in order
  90    * corresponding to READABLE_FNAMES
  91    */
  92   public static final String[] READABLE_EXTENSIONS = new String[]
  93   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
  94       "sto,stk", "xml,rnaml", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT,
  95       ".gff2,gff3",
  96       "jar,jvp", HtmlFile.FILE_EXT };
  97
  98   /**
  99    * List of readable formats by application in order corresponding to
 100    * READABLE_EXTENSIONS
 101    */
 102   public static final String[] READABLE_FNAMES = new String[]
 103   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "Stockholm",
 104       "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, IdentifyFile.GFF3File, "Jalview",
 105       HtmlFile.FILE_DESC };
 106
 107   /**
 108    * List of valid format strings for use by callers of the formatSequences
 109    * method
 110    */
 111   public static final String[] WRITEABLE_FORMATS = new String[]
 112           { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "AMSA",
 113     "STH", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC };
 114
 115   /**
 116    * List of extensions corresponding to file format types in WRITABLE_FNAMES
 117    * that are writable by the application.
 118    */
 119   public static final String[] WRITABLE_EXTENSIONS = new String[]
 120   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
 121       "sto,stk", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT, "jvp" };
 122
 123   /**
 124    * List of writable formats by the application. Order must correspond with the
 125    * WRITABLE_EXTENSIONS list of formats.
 126    */
 127   public static final String[] WRITABLE_FNAMES = new String[]
 128   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "STH",
 129       PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, "Jalview" };
 130
 131   public static String INVALID_CHARACTERS = "Contains invalid characters";
 132
 133   // TODO: make these messages dynamic
 134   public static String SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n"
 135           + prettyPrint(READABLE_FORMATS);
 136
 137   public AppletFormatAdapter()
 138   {
 139   }
 140
 141   public AppletFormatAdapter(AlignViewportI viewport)
 142   {
 143     this.viewport = viewport;
 144   }
 145
 146   /**
 147    *
 148    * @param els
 149    * @return grammatically correct(ish) list consisting of els elements.
 150    */
 151   public static String prettyPrint(String[] els)
 152   {
 153     StringBuffer list = new StringBuffer();
 154     for (int i = 0, iSize = els.length - 1; i < iSize; i++)
 155     {
 156       list.append(els[i]);
 157       list.append(", ");
 158     }
 159     list.append(" and " + els[els.length - 1] + ".");
 160     return list.toString();
 161   }
 162
 163
 164   public void setNewlineString(String nl)
 165   {
 166     newline = nl;
 167   }
 168
 169   public String getNewlineString()
 170   {
 171     return newline;
 172   }
 173
 174   /**
 175    * check that this format is valid for reading
 176    *
 177    * @param format
 178    *          a format string to be compared with READABLE_FORMATS
 179    * @return true if format is readable
 180    */
 181   public static final boolean isValidFormat(String format)
 182   {
 183     return isValidFormat(format, false);
 184   }
 185
 186   /**
 187    * validate format is valid for IO
 188    *
 189    * @param format
 190    *          a format string to be compared with either READABLE_FORMATS or
 191    *          WRITEABLE_FORMATS
 192    * @param forwriting
 193    *          when true, format is checked for containment in WRITEABLE_FORMATS
 194    * @return true if format is valid
 195    */
 196   public static final boolean isValidFormat(String format,
 197           boolean forwriting)
 198   {
 199     boolean valid = false;
 200     String[] format_list = (forwriting) ? WRITEABLE_FORMATS
 201             : READABLE_FORMATS;
 202     for (String element : format_list)
 203     {
 204       if (element.equalsIgnoreCase(format))
 205       {
 206         return true;
 207       }
 208     }
 209
 210     return valid;
 211   }
 212
 213   /**
 214    * Constructs the correct filetype parser for a characterised datasource
 215    *
 216    * @param inFile
 217    *          data/data location
 218    * @param type
 219    *          type of datasource
 220    * @param format
 221    *          File format of data provided by datasource
 222    *
 223    * @return DOCUMENT ME!
 224    */
 225   public Alignment readFile(String inFile, String type, String format)
 226           throws java.io.IOException
 227   {
 228     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 229     // using Constructor.invoke reflection
 230     this.inFile = inFile;
 231     try
 232     {
 233       Alignment al;
 234       if (format.equals("FASTA"))
 235       {
 236         alignFile = new FastaFile(inFile, type);
 237       }
 238       else if (format.equals("MSF"))
 239       {
 240         alignFile = new MSFfile(inFile, type);
 241       }
 242       else if (format.equals("PileUp"))
 243       {
 244         alignFile = new PileUpfile(inFile, type);
 245       }
 246       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 247       {
 248         alignFile = new ClustalFile(inFile, type);
 249       }
 250       else if (format.equals("BLC"))
 251       {
 252         alignFile = new BLCFile(inFile, type);
 253       }
 254       else if (format.equals("PIR"))
 255       {
 256         alignFile = new PIRFile(inFile, type);
 257       }
 258       else if (format.equals("PFAM"))
 259       {
 260         alignFile = new PfamFile(inFile, type);
 261       }
 262       else if (format.equals("JnetFile"))
 263       {
 264         alignFile = new JPredFile(inFile, type);
 265         ((JPredFile) alignFile).removeNonSequences();
 266       }
 267       else if (format.equals("PDB"))
 268       {
 269         alignFile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 270                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, inFile, type);
 271         // Uncomment to test Jmol data based PDB processing: JAL-1213
 272         // afile = new jalview.ext.jmol.PDBFileWithJmol(inFile, type);
 273       }
 274       else if (format.equals("STH"))
 275       {
 276         alignFile = new StockholmFile(inFile, type);
 277       }
 278       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 279       {
 280         alignFile = new SimpleBlastFile(inFile, type);
 281       }
 282       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 283       {
 284         alignFile = new PhylipFile(inFile, type);
 285       }
 286       else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 287       {
 288         alignFile = new JSONFile(inFile, type);
 289         al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 290         alignFile.addAnnotations(al);
 291         ((JSONFile) alignFile).setViewport(viewport);
 292         for (SequenceGroup sg : alignFile.getSeqGroups())
 293         {
 294           al.addGroup(sg);
 295         }
 296
 297         return al;
 298       }
 299       else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 300       {
 301         alignFile = new HtmlFile(inFile, type);
 302         al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 303         alignFile.addAnnotations(al);
 304         for (SequenceGroup sg : alignFile.getSeqGroups())
 305         {
 306           al.addGroup(sg);
 307         }
 308         return al;
 309       }
 310       else if (format.equals("RNAML"))
 311       {
 312         alignFile = new RnamlFile(inFile, type);
 313       }
 314       else if (format.equals(IdentifyFile.GFF3File))
 315       {
 316         alignFile = new Gff3File(inFile, type);
 317       }
 318
 319       al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 320
 321       alignFile.addAnnotations(al);
 322
 323       return al;
 324     } catch (Exception e)
 325     {
 326       e.printStackTrace();
 327       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 328               + "' reader.\n" + e);
 329
 330       if (e.getMessage() != null
 331               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 332       {
 333         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 334       }
 335
 336       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 337       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 338       {
 339         try
 340         {
 341           // Possible sequence is just residues with no label
 342           alignFile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 343           Alignment al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 344
 345           alignFile.addSeqGroups(al);
 346           alignFile.addAnnotations(al);
 347           return al;
 348
 349         } catch (Exception ex)
 350         {
 351           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 352           {
 353             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 354           }
 355
 356           ex.printStackTrace();
 357         }
 358       }
 359
 360       // If we get to this stage, the format was not supported
 361       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 362     }
 363   }
 364
 365   /**
 366    * Constructs the correct filetype parser for an already open datasource
 367    *
 368    * @param source
 369    *          an existing datasource
 370    * @param format
 371    *          File format of data that will be provided by datasource
 372    *
 373    * @return DOCUMENT ME!
 374    */
 375   public AlignmentI readFromFile(FileParse source, String format)
 376           throws java.io.IOException
 377   {
 378     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 379     // using Constructor.invoke reflection
 380     // This is exactly the same as the readFile method except we substitute
 381     // 'inFile, type' with 'source'
 382     this.inFile = source.getInFile();
 383     String type = source.type;
 384     try
 385     {
 386       Alignment al;
 387       if (format.equals("FASTA"))
 388       {
 389         alignFile = new FastaFile(source);
 390       }
 391       else if (format.equals("MSF"))
 392       {
 393         alignFile = new MSFfile(source);
 394       }
 395       else if (format.equals("PileUp"))
 396       {
 397         alignFile = new PileUpfile(source);
 398       }
 399       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 400       {
 401         alignFile = new ClustalFile(source);
 402       }
 403       else if (format.equals("BLC"))
 404       {
 405         alignFile = new BLCFile(source);
 406       }
 407       else if (format.equals("PIR"))
 408       {
 409         alignFile = new PIRFile(source);
 410       }
 411       else if (format.equals("PFAM"))
 412       {
 413         alignFile = new PfamFile(source);
 414       }
 415       else if (format.equals("JnetFile"))
 416       {
 417         alignFile = new JPredFile(source);
 418         ((JPredFile) alignFile).removeNonSequences();
 419       }
 420       else if (format.equals("PDB"))
 421       {
 422         alignFile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 423                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, source);
 424       }
 425       else if (format.equals("STH"))
 426       {
 427         alignFile = new StockholmFile(source);
 428       }
 429       else if (format.equals("RNAML"))
 430       {
 431         alignFile = new RnamlFile(source);
 432       }
 433       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 434       {
 435         alignFile = new SimpleBlastFile(source);
 436       }
 437       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 438       {
 439         alignFile = new PhylipFile(source);
 440       }
 441       else if (format.equals(IdentifyFile.GFF3File))
 442       {
 443         alignFile = new Gff3File(inFile, type);
 444       }
 445       else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 446       {
 447         alignFile = new JSONFile(source);
 448         al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 449         alignFile.addAnnotations(al);
 450         alignFile.addSeqGroups(al);
 451         return al;
 452       }
 453       else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 454       {
 455         alignFile = new HtmlFile(source);
 456       }
 457       al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 458       alignFile.addAnnotations(al);
 459
 460       return al;
 461     } catch (Exception e)
 462     {
 463       e.printStackTrace();
 464       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 465               + "' reader.\n" + e);
 466
 467       if (e.getMessage() != null
 468               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 469       {
 470         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 471       }
 472
 473       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 474       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 475       {
 476         try
 477         {
 478           // Possible sequence is just residues with no label
 479           alignFile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 480           Alignment al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 481           alignFile.addAnnotations(al);
 482           alignFile.addSeqGroups(al);
 483           return al;
 484
 485         } catch (Exception ex)
 486         {
 487           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 488           {
 489             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 490           }
 491
 492           ex.printStackTrace();
 493         }
 494       }
 495
 496       // If we get to this stage, the format was not supported
 497       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 498     }
 499   }
 500
 501
 502   /**
 503    * create an alignment flatfile from a Jalview alignment view
 504    * @param format
 505    * @param jvsuffix
 506    * @param av
 507    * @param selectedOnly
 508    * @return flatfile in a string
 509    */
 510   public String formatSequences(String format, boolean jvsuffix,
 511           AlignViewportI av, boolean selectedOnly)
 512   {
 513
 514     AlignmentView selvew = av.getAlignmentView(selectedOnly, false);
 515     AlignmentI aselview = selvew.getVisibleAlignment(av
 516             .getGapCharacter());
 517     List<AlignmentAnnotation> ala = (av
 518             .getVisibleAlignmentAnnotation(selectedOnly));
 519     if (ala != null)
 520     {
 521       for (AlignmentAnnotation aa : ala)
 522       {
 523         aselview.addAnnotation(aa);
 524       }
 525     }
 526
 527     return formatSequences(format, aselview, jvsuffix);
 528   }
 529
 530   /**
 531    * Construct an output class for an alignment in a particular filetype TODO:
 532    * allow caller to detect errors and warnings encountered when generating
 533    * output
 534    *
 535    * @param format
 536    *          string name of alignment format
 537    * @param alignment
 538    *          the alignment to be written out
 539    * @param jvsuffix
 540    *          passed to AlnFile class controls whether /START-END is added to
 541    *          sequence names
 542    *
 543    * @return alignment flat file contents
 544    */
 545   public String formatSequences(String format, AlignmentI alignment,
 546           boolean jvsuffix)
 547   {
 548     try
 549     {
 550       AlignFile afile = null;
 551       if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))
 552       {
 553         afile = new FastaFile();
 554       }
 555       else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))
 556       {
 557         afile = new MSFfile();
 558       }
 559       else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))
 560       {
 561         afile = new PileUpfile();
 562       }
 563       else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))
 564       {
 565         afile = new ClustalFile();
 566       }
 567       else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))
 568       {
 569         afile = new BLCFile();
 570       }
 571       else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))
 572       {
 573         afile = new PIRFile();
 574       }
 575       else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))
 576       {
 577         afile = new PfamFile();
 578       }
 579       else if (format.equalsIgnoreCase("STH"))
 580       {
 581         afile = new StockholmFile(alignment);
 582       }
 583       else if (format.equalsIgnoreCase("AMSA"))
 584       {
 585         afile = new AMSAFile(alignment);
 586       }
 587       else if (format.equalsIgnoreCase(PhylipFile.FILE_DESC))
 588       {
 589         afile = new PhylipFile();
 590       }
 591        else if (format.equalsIgnoreCase(JSONFile.FILE_DESC))
 592        {
 593         afile = new JSONFile();
 594         afile.setViewport(viewport);
 595         // Add groups to AlignFile
 596         afile.seqGroups = alignment.getGroups();
 597
 598         // Add non auto calculated annotation to AlignFile
 599         for (AlignmentAnnotation annot : alignment.getAlignmentAnnotation())
 600         {
 601           if (annot != null && !annot.autoCalculated)
 602           {
 603             if (annot.label.equals("PDB.CATempFactor"))
 604             {
 605               continue;
 606             }
 607             afile.annotations.add(annot);
 608           }
 609         }
 610        }
 611       else if (format.equalsIgnoreCase("RNAML"))
 612       {
 613         afile = new RnamlFile();
 614       }
 615
 616       else
 617       {
 618         throw new Exception(MessageManager.getString("error.implementation_error_unknown_file_format_string"));
 619       }
 620       afile.setNewlineString(newline);
 621       afile.addJVSuffix(jvsuffix);
 622
 623       afile.setSeqs(alignment.getSequencesArray());
 624
 625
 626       String afileresp = afile.print();
 627       if (afile.hasWarningMessage())
 628       {
 629         System.err.println("Warning raised when writing as " + format
 630                 + " : " + afile.getWarningMessage());
 631       }
 632       return afileresp;
 633     } catch (Exception e)
 634     {
 635       System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format
 636               + "' file\n");
 637       e.printStackTrace();
 638     }
 639
 640     return null;
 641   }
 642
 643   public static String checkProtocol(String file)
 644   {
 645     String protocol = FILE;
 646     String ft = file.toLowerCase().trim();
 647     if (ft.indexOf("http:") == 0 || ft.indexOf("https:") == 0
 648             || ft.indexOf("file:") == 0)
 649     {
 650       protocol = URL;
 651     }
 652     return protocol;
 653   }
 654
 655   public static void main(String[] args)
 656   {
 657     int i = 0;
 658     while (i < args.length)
 659     {
 660       File f = new File(args[i]);
 661       if (f.exists())
 662       {
 663         try
 664         {
 665           System.out.println("Reading file: " + f);
 666           AppletFormatAdapter afa = new AppletFormatAdapter();
 667           Runtime r = Runtime.getRuntime();
 668           System.gc();
 669           long memf = -r.totalMemory() + r.freeMemory();
 670           long t1 = -System.currentTimeMillis();
 671           Alignment al = afa.readFile(args[i], FILE,
 672                   new IdentifyFile().Identify(args[i], FILE));
 673           t1 += System.currentTimeMillis();
 674           System.gc();
 675           memf += r.totalMemory() - r.freeMemory();
 676           if (al != null)
 677           {
 678             System.out.println("Alignment contains " + al.getHeight()
 679                     + " sequences and " + al.getWidth() + " columns.");
 680             try
 681             {
 682               System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 683                       "FASTA", al, true));
 684             } catch (Exception e)
 685             {
 686               System.err
 687               .println("Couln't format the alignment for output as a FASTA file.");
 688               e.printStackTrace(System.err);
 689             }
 690           }
 691           else
 692           {
 693             System.out.println("Couldn't read alignment");
 694           }
 695           System.out.println("Read took " + (t1 / 1000.0) + " seconds.");
 696           System.out
 697           .println("Difference between free memory now and before is "
 698                   + (memf / (1024.0 * 1024.0) * 1.0) + " MB");
 699         } catch (Exception e)
 700         {
 701           System.err.println("Exception when dealing with " + i
 702                   + "'th argument: " + args[i] + "\n" + e);
 703         }
 704       }
 705       else
 706       {
 707         System.err.println("Ignoring argument '" + args[i] + "' (" + i
 708                 + "'th)- not a readable file.");
 709       }
 710       i++;
 711     }
 712   }
 713
 714   /**
 715    * try to discover how to access the given file as a valid datasource that
 716    * will be identified as the given type.
 717    *
 718    * @param file
 719    * @param format
 720    * @return protocol that yields the data parsable as the given type
 721    */
 722   public static String resolveProtocol(String file, String format)
 723   {
 724     return resolveProtocol(file, format, false);
 725   }
 726
 727   public static String resolveProtocol(String file, String format,
 728           boolean debug)
 729   {
 730     // TODO: test thoroughly!
 731     String protocol = null;
 732     if (debug)
 733     {
 734       System.out.println("resolving datasource started with:\n>>file\n"
 735               + file + ">>endfile");
 736     }
 737
 738     // This might throw a security exception in certain browsers
 739     // Netscape Communicator for instance.
 740     try
 741     {
 742       boolean rtn = false;
 743       InputStream is = System.getSecurityManager().getClass()
 744               .getResourceAsStream("/" + file);
 745       if (is != null)
 746       {
 747         rtn = true;
 748         is.close();
 749       }
 750       if (debug)
 751       {
 752         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
 753                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
 754       }
 755       ;
 756       if (rtn)
 757       {
 758         protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 759       }
 760
 761     } catch (Exception ex)
 762     {
 763       System.err
 764       .println("Exception checking resources: " + file + " " + ex);
 765     }
 766
 767     if (file.indexOf("://") > -1)
 768     {
 769       protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 770     }
 771     else
 772     {
 773       // skipping codebase prepend check.
 774       protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
 775     }
 776     FileParse fp = null;
 777     try
 778     {
 779       if (debug)
 780       {
 781         System.out.println("Trying to get contents of resource as "
 782                 + protocol + ":");
 783       }
 784       fp = new FileParse(file, protocol);
 785       if (!fp.isValid())
 786       {
 787         fp = null;
 788       }
 789       else
 790       {
 791         if (debug)
 792         {
 793           System.out.println("Successful.");
 794         }
 795       }
 796     } catch (Exception e)
 797     {
 798       if (debug)
 799       {
 800         System.err.println("Exception when accessing content: " + e);
 801       }
 802       fp = null;
 803     }
 804     if (fp == null)
 805     {
 806       if (debug)
 807       {
 808         System.out.println("Accessing as paste.");
 809       }
 810       protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;
 811       fp = null;
 812       try
 813       {
 814         fp = new FileParse(file, protocol);
 815         if (!fp.isValid())
 816         {
 817           fp = null;
 818         }
 819       } catch (Exception e)
 820       {
 821         System.err.println("Failed to access content as paste!");
 822         e.printStackTrace();
 823         fp = null;
 824       }
 825     }
 826     if (fp == null)
 827     {
 828       return null;
 829     }
 830     if (format == null || format.length() == 0)
 831     {
 832       return protocol;
 833     }
 834     else
 835     {
 836       try
 837       {
 838         String idformat = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file,
 839                 protocol);
 840         if (idformat == null)
 841         {
 842           if (debug)
 843           {
 844             System.out.println("Format not identified. Inaccessible file.");
 845           }
 846           return null;
 847         }
 848         if (debug)
 849         {
 850           System.out.println("Format identified as " + idformat
 851                   + "and expected as " + format);
 852         }
 853         if (idformat.equals(format))
 854         {
 855           if (debug)
 856           {
 857             System.out.println("Protocol identified as " + protocol);
 858           }
 859           return protocol;
 860         }
 861         else
 862         {
 863           if (debug)
 864           {
 865             System.out
 866             .println("File deemed not accessible via " + protocol);
 867           }
 868           fp.close();
 869           return null;
 870         }
 871       } catch (Exception e)
 872       {
 873         if (debug)
 874         {
 875           System.err.println("File deemed not accessible via " + protocol);
 876           e.printStackTrace();
 877         }
 878         ;
 879
 880       }
 881     }
 882     return null;
 883   }
 884
 885   public AlignFile getAlignFile()
 886   {
 887     return alignFile;
 888   }
 889
 890   public void setAlignFile(AlignFile alignFile)
 891   {
 892     this.alignFile = alignFile;
 893   }
 894 }