src/jalview/io/BLCFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.io.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 public class BLCFile extends AlignFile {\r
  29     Vector titles;\r
  30 \r
  31     public BLCFile() {\r
  32     }\r
  33 \r
  34     public BLCFile(String inStr) {\r
  35         super(inStr);\r
  36     }\r
  37 \r
  38     public BLCFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  39         super(inFile, type);\r
  40     }\r
  41 \r
  42     public void initData() {\r
  43         super.initData();\r
  44         titles = new Vector();\r
  45     }\r
  46 \r
  47     public void parse() {\r
  48         boolean idsFound = false;\r
  49         Vector ids = new Vector();\r
  50         StringBuffer[] seqstrings;\r
  51         Vector starts = new Vector();\r
  52         Vector ends = new Vector();\r
  53 \r
  54         String line = null;\r
  55 \r
  56         try {\r
  57             do {\r
  58                 line = nextLine();\r
  59 \r
  60                 // seek end of ids\r
  61                 if (line.indexOf("*") > -1) {\r
  62                     idsFound = true;\r
  63 \r
  64                     break;\r
  65                 }\r
  66 \r
  67                 int abracket = line.indexOf(">");\r
  68 \r
  69                 if (abracket > -1) {\r
  70                     if (line.indexOf(" ") > -1) //\r
  71                      {\r
  72                         ///Colur it be this format?\r
  73                         //>54402046         0             1   137   137:\r
  74                         // or this??\r
  75                         //     1   >L1H14       30539  343\r
  76                         try {\r
  77                             ids.addElement(line.substring(abracket + 1,\r
  78                                     line.indexOf(" ", abracket + 1)));\r
  79 \r
  80                             // remove p Value\r
  81                             line = line.substring(abracket + 1);\r
  82                             line = line.substring(line.indexOf(" ") + 1);\r
  83                             line = line.trim();\r
  84                             line = line.substring(line.indexOf(" ") + 1);\r
  85                             line = line.trim();\r
  86 \r
  87                             int value = Integer.parseInt(line.substring(0,\r
  88                                         line.indexOf(" ")));\r
  89                             starts.addElement(value + "");\r
  90                             line = line.substring(line.indexOf(" ") + 1);\r
  91                             line = line.trim();\r
  92                             value = Integer.parseInt(line.substring(0,\r
  93                                         line.indexOf(" ")));\r
  94                             ends.addElement(value + "");\r
  95                         } catch (Exception ex) {\r
  96                             System.err.println("Error during blockfile read.");\r
  97                             ex.printStackTrace();\r
  98                             starts.addElement("0");\r
  99                             ends.addElement("0");\r
 100                         }\r
 101                     } else {\r
 102                         ids.addElement(line.substring(abracket + 1,\r
 103                                 line.indexOf("/")));\r
 104                         line = line.substring(line.indexOf("/") + 1);\r
 105                         starts.addElement(line.substring(0, line.indexOf("-")));\r
 106                         ends.addElement(line.substring(line.indexOf("-") + 1));\r
 107                     }\r
 108                 }\r
 109             } while (!idsFound);\r
 110 \r
 111             int starCol = line.indexOf("*");\r
 112             seqstrings = new StringBuffer[ids.size()];\r
 113 \r
 114             for (int i = 0; i < ids.size(); i++) {\r
 115                 if (seqstrings[i] == null) {\r
 116                     seqstrings[i] = new StringBuffer();\r
 117                 }\r
 118             }\r
 119 \r
 120             while ((line = nextLine()).indexOf("*") == -1) {\r
 121                 for (int i = 0; i < ids.size(); i++) {\r
 122                     if (line.length() > (i + starCol)) {\r
 123                         seqstrings[i].append(line.charAt(i + starCol));\r
 124                     }\r
 125                 }\r
 126             }\r
 127 \r
 128             for (int i = 0; i < ids.size(); i++) {\r
 129                 Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 130                         seqstrings[i].toString(),\r
 131                         Integer.parseInt(starts.elementAt(i).toString()),\r
 132                         Integer.parseInt(ends.elementAt(i).toString()));\r
 133                 seqs.addElement(newSeq);\r
 134             }\r
 135         } catch (Exception ex) {\r
 136             ex.printStackTrace();\r
 137         }\r
 138     }\r
 139 \r
 140     public String print() {\r
 141         return print(getSeqsAsArray());\r
 142     }\r
 143 \r
 144     public static String print(SequenceI[] s) {\r
 145         StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 146 \r
 147         int i = 0;\r
 148         int max = -1;\r
 149 \r
 150         while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {\r
 151             out.append(">" + s[i].getName() + "/" + s[i].getStart() + "-" +\r
 152                 s[i].getEnd() + "\n");\r
 153 \r
 154             if (s[i].getSequence().length() > max) {\r
 155                 max = s[i].getSequence().length();\r
 156             }\r
 157 \r
 158             i++;\r
 159         }\r
 160 \r
 161         out.append("* iteration 1\n");\r
 162 \r
 163         for (int j = 0; j < max; j++) {\r
 164             i = 0;\r
 165 \r
 166             while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {\r
 167                 if (s[i].getSequence().length() > j) {\r
 168                     out.append(s[i].getSequence().substring(j, j + 1));\r
 169                 } else {\r
 170                     out.append("-");\r
 171                 }\r
 172 \r
 173                 i++;\r
 174             }\r
 175 \r
 176             out.append("\n");\r
 177         }\r
 178 \r
 179         out.append("*\n");\r
 180 \r
 181         return out.toString();\r
 182     }\r
 183 }\r