src/jalview/io/BackupFiles.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.nio.file.Files;
  26 import java.nio.file.Path;
  27 import java.nio.file.Paths;
  28 import java.nio.file.StandardCopyOption;
  29 import java.text.SimpleDateFormat;
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.HashMap;
  32 import java.util.Map;
  33 import java.util.TreeMap;
  34
  35 import jalview.bin.Cache;
  36 import jalview.gui.Desktop;
  37 import jalview.gui.JvOptionPane;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39 import jalview.util.Platform;
  40
  41 /*
  42  * BackupFiles used for manipulating (naming rolling/deleting) backup/version files when an alignment or project file is saved.
  43  * User configurable options are:
  44  * BACKUPFILES_ENABLED - boolean flag as to whether to use this mechanism or act as before, including overwriting files as saved.
  45  * The rest of the options are now saved as BACKUPFILES_PRESET, BACKUPFILES_SAVED and BACKUPFILES_CUSTOM
  46  * (see BackupFilesPresetEntry)
  47  */
  48
  49 public class BackupFiles
  50 {
  51
  52   // labels for saved params in Cache and .jalview_properties
  53   public static final String NS = "BACKUPFILES";
  54
  55   public static final String ENABLED = NS + "_ENABLED";
  56
  57   public static final String NUM_PLACEHOLDER = "%n";
  58
  59   private static final String DEFAULT_TEMP_FILE = "jalview_temp_file_" + NS;
  60
  61   private static final String TEMP_FILE_EXT = ".tmp";
  62
  63   // file - File object to be backed up and then updated (written over)
  64   private File file;
  65
  66   // enabled - default flag as to whether to do the backup file roll (if not
  67   // defined in preferences)
  68   private static boolean enabled;
  69
  70   // confirmDelete - default flag as to whether to confirm with the user before
  71   // deleting old backup/version files
  72   private static boolean confirmDelete;
  73
  74   // defaultSuffix - default template to use to append to basename of file
  75   private String suffix;
  76
  77   // noMax - flag to turn off a maximum number of files
  78   private boolean noMax;
  79
  80   // defaultMax - default max number of backup files
  81   private int max;
  82
  83   // defaultDigits - number of zero-led digits to use in the filename
  84   private int digits;
  85
  86   // reverseOrder - set to true to make newest (latest) files lowest number
  87   // (like rolled log files)
  88   private boolean reverseOrder;
  89
  90   // temp saved file to become new saved file
  91   private File tempFile;
  92
  93   // flag set to see if file save to temp file was successful
  94   private boolean tempFileWriteSuccess;
  95
  96   // array of files to be deleted, with extra information
  97   private ArrayList<File> deleteFiles = new ArrayList<>();
  98
  99   // date formatting for modification times
 100   private static final SimpleDateFormat sdf = new SimpleDateFormat(
 101           "yyyy-MM-dd HH:mm:ss");
 102
 103   private static final String newTempFileSuffix = "_newfile";
 104
 105   private static final String oldTempFileSuffix = "_oldfile_tobedeleted";
 106
 107   public BackupFiles(String filename)
 108   {
 109     this(new File(filename));
 110   }
 111
 112   // first time defaults for SUFFIX, NO_MAX, ROLL_MAX, SUFFIX_DIGITS and
 113   // REVERSE_ORDER
 114   public BackupFiles(File file)
 115   {
 116     classInit();
 117     this.file = file;
 118     BackupFilesPresetEntry bfpe = BackupFilesPresetEntry
 119             .getSavedBackupEntry();
 120     this.suffix = bfpe.suffix;
 121     this.noMax = bfpe.keepAll;
 122     this.max = bfpe.rollMax;
 123     this.digits = bfpe.digits;
 124     this.reverseOrder = bfpe.reverse;
 125
 126     // create a temp file to save new data in
 127     File temp = null;
 128     try
 129     {
 130       if (file != null)
 131       {
 132         String tempfilename = file.getName();
 133         File tempdir = file.getParentFile();
 134         Cache.log.debug(
 135                 "BACKUPFILES [file!=null] attempting to create temp file for "
 136                         + tempfilename + " in dir " + tempdir);
 137         temp = File.createTempFile(tempfilename,
 138                 TEMP_FILE_EXT + newTempFileSuffix, tempdir);
 139         Cache.log.debug(
 140                 "BACKUPFILES using temp file " + temp.getAbsolutePath());
 141       }
 142       else
 143       {
 144         Cache.log.debug(
 145                 "BACKUPFILES [file==null] attempting to create default temp file "
 146                         + DEFAULT_TEMP_FILE + " with extension "
 147                         + TEMP_FILE_EXT);
 148         temp = File.createTempFile(DEFAULT_TEMP_FILE, TEMP_FILE_EXT);
 149       }
 150     } catch (IOException e)
 151     {
 152       Cache.log
 153               .error("Could not create temp file to save to (IOException)");
 154       Cache.log.error(e.getMessage());
 155       Cache.log.debug(e.getStackTrace());
 156     } catch (Exception e)
 157     {
 158       Cache.log.error("Exception creating temp file for saving");
 159       Cache.log.debug(e.getStackTrace());
 160     }
 161     this.setTempFile(temp);
 162   }
 163
 164   public static void classInit()
 165   {
 166     Cache.log.debug("BACKUPFILES classInit");
 167     boolean e = Cache.getDefault(ENABLED, !Platform.isJS());
 168     setEnabled(e);
 169     Cache.log.debug("BACKUPFILES " + (e ? "enabled" : "disabled"));
 170     BackupFilesPresetEntry bfpe = BackupFilesPresetEntry
 171             .getSavedBackupEntry();
 172     Cache.log.debug("BACKUPFILES preset scheme " + bfpe.toString());
 173     setConfirmDelete(bfpe.confirmDelete);
 174     Cache.log.debug("BACKUPFILES confirm delete " + bfpe.confirmDelete);
 175   }
 176
 177   public static void setEnabled(boolean flag)
 178   {
 179     enabled = flag;
 180   }
 181
 182   public static boolean getEnabled()
 183   {
 184     classInit();
 185     return enabled;
 186   }
 187
 188   public static void setConfirmDelete(boolean flag)
 189   {
 190     confirmDelete = flag;
 191   }
 192
 193   public static boolean getConfirmDelete()
 194   {
 195     classInit();
 196     return confirmDelete;
 197   }
 198
 199   // set, get and rename temp file into place
 200   public void setTempFile(File temp)
 201   {
 202     this.tempFile = temp;
 203   }
 204
 205   public File getTempFile()
 206   {
 207     return tempFile;
 208   }
 209
 210   public String getTempFilePath()
 211   {
 212     String path = null;
 213     try
 214     {
 215       path = this.getTempFile().getCanonicalPath();
 216     } catch (IOException e)
 217     {
 218       Cache.log.error(
 219               "IOException when getting Canonical Path of temp file '"
 220                       + this.getTempFile().getName() + "'");
 221       Cache.log.debug(e.getStackTrace());
 222     }
 223     return path;
 224   }
 225
 226   public boolean setWriteSuccess(boolean flag)
 227   {
 228     boolean old = this.tempFileWriteSuccess;
 229     this.tempFileWriteSuccess = flag;
 230     return old;
 231   }
 232
 233   public boolean getWriteSuccess()
 234   {
 235     return this.tempFileWriteSuccess;
 236   }
 237
 238   public boolean renameTempFile()
 239   {
 240     return moveFileToFile(tempFile, file);
 241   }
 242
 243   // roll the backupfiles
 244   public boolean rollBackupFiles()
 245   {
 246     return this.rollBackupFiles(true);
 247   }
 248
 249   public boolean rollBackupFiles(boolean tidyUp)
 250   {
 251     // file doesn't yet exist or backups are not enabled or template is null or
 252     // empty
 253     if ((!file.exists()) || (!enabled) || max < 0 || suffix == null
 254             || suffix.length() == 0)
 255     {
 256       // nothing to do
 257       Cache.log.debug("BACKUPFILES rollBackupFiles nothing to do." + ", "
 258               + "filename: " + (file != null ? file.getName() : "null")
 259               + ", " + "file exists: " + file.exists() + ", " + "enabled: "
 260               + enabled + ", " + "max: " + max + ", " + "suffix: '" + suffix
 261               + "'");
 262       return true;
 263     }
 264
 265     Cache.log.debug("BACKUPFILES rollBackupFiles starting");
 266
 267     String dir = "";
 268     File dirFile;
 269     try
 270     {
 271       dirFile = file.getParentFile();
 272       dir = dirFile.getCanonicalPath();
 273       Cache.log.debug("BACKUPFILES dir: " + dir);
 274     } catch (Exception e)
 275     {
 276       Cache.log.error(
 277               "Could not get canonical path for file '" + file + "'");
 278       Cache.log.error(e.getMessage());
 279       Cache.log.debug(e.getStackTrace());
 280       return false;
 281     }
 282     String filename = file.getName();
 283     String basename = filename;
 284
 285     Cache.log.debug("BACKUPFILES filename is " + filename);
 286     boolean ret = true;
 287     // Create/move backups up one
 288
 289     deleteFiles.clear();
 290
 291     // find existing backup files
 292     BackupFilenameFilter bff = new BackupFilenameFilter(basename, suffix,
 293             digits);
 294     File[] backupFiles = dirFile.listFiles(bff);
 295     int nextIndexNum = 0;
 296
 297     Cache.log
 298             .debug("BACKUPFILES backupFiles.length: " + backupFiles.length);
 299     if (backupFiles.length == 0)
 300     {
 301       // No other backup files. Just need to move existing file to backupfile_1
 302       Cache.log.debug(
 303               "BACKUPFILES no existing backup files, setting index to 1");
 304       nextIndexNum = 1;
 305     }
 306     else
 307     {
 308       TreeMap<Integer, File> bfTreeMap = sortBackupFilesAsTreeMap(
 309               backupFiles, basename);
 310       // bfTreeMap now a sorted list of <Integer index>,<File backupfile>
 311       // mappings
 312
 313       if (reverseOrder)
 314       {
 315         // backup style numbering
 316         Cache.log.debug("BACKUPFILES rolling files in reverse order");
 317
 318         int tempMax = noMax ? -1 : max;
 319         // noMax == true means no limits
 320         // look for first "gap" in backupFiles
 321         // if tempMax is -1 at this stage just keep going until there's a gap,
 322         // then hopefully tempMax gets set to the right index (a positive
 323         // integer so the loop breaks)...
 324         // why do I feel a little uneasy about this loop?..
 325         for (int i = 1; tempMax < 0 || i <= max; i++)
 326         {
 327           if (!bfTreeMap.containsKey(i)) // first index without existent
 328                                          // backupfile
 329           {
 330             tempMax = i;
 331           }
 332         }
 333
 334         File previousFile = null;
 335         File fileToBeDeleted = null;
 336         for (int n = tempMax; n > 0; n--)
 337         {
 338           String backupfilename = dir + File.separatorChar
 339                   + BackupFilenameParts.getBackupFilename(n, basename,
 340                           suffix, digits);
 341           File backupfile_n = new File(backupfilename);
 342
 343           if (!backupfile_n.exists())
 344           {
 345             // no "oldest" file to delete
 346             previousFile = backupfile_n;
 347             fileToBeDeleted = null;
 348             Cache.log.debug("BACKUPFILES No oldest file to delete");
 349             continue;
 350           }
 351
 352           // check the modification time of this (backupfile_n) and the previous
 353           // file (fileToBeDeleted) if the previous file is going to be deleted
 354           if (fileToBeDeleted != null)
 355           {
 356             File replacementFile = backupfile_n;
 357             long fileToBeDeletedLMT = fileToBeDeleted.lastModified();
 358             long replacementFileLMT = replacementFile.lastModified();
 359             Cache.log.debug("BACKUPFILES fileToBeDeleted is "
 360                     + fileToBeDeleted.getAbsolutePath());
 361             Cache.log.debug("BACKUPFILES replacementFile is "
 362                     + backupfile_n.getAbsolutePath());
 363
 364             try
 365             {
 366               File oldestTempFile = nextTempFile(fileToBeDeleted.getName(),
 367                       dirFile);
 368
 369               if (fileToBeDeletedLMT > replacementFileLMT)
 370               {
 371                 String fileToBeDeletedLMTString = sdf
 372                         .format(fileToBeDeletedLMT);
 373                 String replacementFileLMTString = sdf
 374                         .format(replacementFileLMT);
 375                 Cache.log.warn("WARNING! I am set to delete backupfile "
 376                         + fileToBeDeleted.getName()
 377                         + " has modification time "
 378                         + fileToBeDeletedLMTString
 379                         + " which is newer than its replacement "
 380                         + replacementFile.getName()
 381                         + " with modification time "
 382                         + replacementFileLMTString);
 383
 384                 boolean delete = confirmNewerDeleteFile(fileToBeDeleted,
 385                         replacementFile, true);
 386                 Cache.log.debug("BACKUPFILES "
 387                         + (delete ? "confirmed" : "not") + " deleting file "
 388                         + fileToBeDeleted.getAbsolutePath()
 389                         + " which is newer than "
 390                         + replacementFile.getAbsolutePath());
 391
 392                 if (delete)
 393                 {
 394                   // User has confirmed delete -- no need to add it to the list
 395                   fileToBeDeleted.delete();
 396                 }
 397                 else
 398                 {
 399                   Cache.log.debug("BACKUPFILES moving "
 400                           + fileToBeDeleted.getAbsolutePath() + " to "
 401                           + oldestTempFile.getAbsolutePath());
 402                   moveFileToFile(fileToBeDeleted, oldestTempFile);
 403                 }
 404               }
 405               else
 406               {
 407                 Cache.log.debug("BACKUPFILES going to move "
 408                         + fileToBeDeleted.getAbsolutePath() + " to "
 409                         + oldestTempFile.getAbsolutePath());
 410                 moveFileToFile(fileToBeDeleted, oldestTempFile);
 411                 addDeleteFile(oldestTempFile);
 412               }
 413
 414             } catch (Exception e)
 415             {
 416               Cache.log.error(
 417                       "Error occurred, probably making new temp file for '"
 418                               + fileToBeDeleted.getName() + "'");
 419               Cache.log.error(e.getStackTrace());
 420             }
 421
 422             // reset
 423             fileToBeDeleted = null;
 424           }
 425
 426           if (!noMax && n == tempMax && backupfile_n.exists())
 427           {
 428             fileToBeDeleted = backupfile_n;
 429           }
 430           else
 431           {
 432             if (previousFile != null)
 433             {
 434               ret = ret && moveFileToFile(backupfile_n, previousFile);
 435             }
 436           }
 437
 438           previousFile = backupfile_n;
 439         }
 440
 441         // index to use for the latest backup
 442         nextIndexNum = 1;
 443       }
 444       else // not reverse numbering
 445       {
 446         // version style numbering (with earliest file deletion if max files
 447         // reached)
 448
 449         bfTreeMap.values().toArray(backupFiles);
 450         StringBuilder bfsb = new StringBuilder();
 451         for (int i = 0; i < backupFiles.length; i++)
 452         {
 453           if (bfsb.length() > 0)
 454           {
 455             bfsb.append(", ");
 456           }
 457           bfsb.append(backupFiles[i].getName());
 458         }
 459         Cache.log.debug("BACKUPFILES backupFiles: " + bfsb.toString());
 460
 461         // noMax == true means keep all backup files
 462         if ((!noMax) && bfTreeMap.size() >= max)
 463         {
 464           Cache.log.debug("BACKUPFILES noMax: " + noMax + ", " + "max: "
 465                   + max + ", " + "bfTreeMap.size(): " + bfTreeMap.size());
 466           // need to delete some files to keep number of backups to designated
 467           // max.
 468           // Note that if the suffix is not numbered then do not delete any
 469           // backup files later or we'll delete the new backup file (there can
 470           // be only one).
 471           int numToDelete = suffix.indexOf(NUM_PLACEHOLDER) > -1
 472                   ? bfTreeMap.size() - max + 1
 473                   : 0;
 474           Cache.log.debug("BACKUPFILES numToDelete: " + numToDelete);
 475           // the "replacement" file is the latest backup file being kept (it's
 476           // not replacing though)
 477           File replacementFile = numToDelete < backupFiles.length
 478                   ? backupFiles[numToDelete]
 479                   : null;
 480           for (int i = 0; i < numToDelete; i++)
 481           {
 482             // check the deletion files for modification time of the last
 483             // backupfile being saved
 484             File fileToBeDeleted = backupFiles[i];
 485             boolean delete = true;
 486
 487             Cache.log.debug(
 488                     "BACKUPFILES fileToBeDeleted: " + fileToBeDeleted);
 489
 490             boolean newer = false;
 491             if (replacementFile != null)
 492             {
 493               long fileToBeDeletedLMT = fileToBeDeleted.lastModified();
 494               long replacementFileLMT = replacementFile != null
 495                       ? replacementFile.lastModified()
 496                       : Long.MAX_VALUE;
 497               if (fileToBeDeletedLMT > replacementFileLMT)
 498               {
 499                 String fileToBeDeletedLMTString = sdf
 500                         .format(fileToBeDeletedLMT);
 501                 String replacementFileLMTString = sdf
 502                         .format(replacementFileLMT);
 503
 504                 Cache.log.warn("WARNING! I am set to delete backupfile '"
 505                         + fileToBeDeleted.getName()
 506                         + "' has modification time "
 507                         + fileToBeDeletedLMTString
 508                         + " which is newer than the oldest backupfile being kept '"
 509                         + replacementFile.getName()
 510                         + "' with modification time "
 511                         + replacementFileLMTString);
 512
 513                 delete = confirmNewerDeleteFile(fileToBeDeleted,
 514                         replacementFile, false);
 515                 if (delete)
 516                 {
 517                   // User has confirmed delete -- no need to add it to the list
 518                   fileToBeDeleted.delete();
 519                   Cache.log.debug("BACKUPFILES deleting fileToBeDeleted: "
 520                           + fileToBeDeleted);
 521                   delete = false;
 522                 }
 523                 else
 524                 {
 525                   // keeping file, nothing to do!
 526                   Cache.log.debug("BACKUPFILES keeping fileToBeDeleted: "
 527                           + fileToBeDeleted);
 528                 }
 529               }
 530             }
 531             if (delete)
 532             {
 533               addDeleteFile(fileToBeDeleted);
 534               Cache.log.debug("BACKUPFILES addDeleteFile(fileToBeDeleted): "
 535                       + fileToBeDeleted);
 536             }
 537
 538           }
 539
 540         }
 541
 542         nextIndexNum = bfTreeMap.lastKey() + 1;
 543       }
 544     }
 545
 546     // Let's make the new backup file!! yay, got there at last!
 547     String latestBackupFilename = dir + File.separatorChar
 548             + BackupFilenameParts.getBackupFilename(nextIndexNum, basename,
 549                     suffix, digits);
 550     Cache.log.debug("BACKUPFILES Moving old file [" + file
 551             + "] to latestBackupFilename [" + latestBackupFilename + "]");
 552     ret |= moveFileToFile(file, new File(latestBackupFilename));
 553     Cache.log.debug(
 554             "BACKUPFILES moving " + file + " to " + latestBackupFilename
 555                     + " was " + (ret ? "" : "NOT ") + "successful");
 556     if (tidyUp)
 557     {
 558       Cache.log.debug("BACKUPFILES tidying up files");
 559       tidyUpFiles();
 560     }
 561
 562     return ret;
 563   }
 564
 565   private static File nextTempFile(String filename, File dirFile)
 566           throws IOException
 567   {
 568     File temp = null;
 569     COUNT: for (int i = 1; i < 1000; i++)
 570     {
 571       File trythis = new File(dirFile,
 572               filename + '~' + Integer.toString(i));
 573       if (!trythis.exists())
 574       {
 575         temp = trythis;
 576         break COUNT;
 577       }
 578
 579     }
 580     if (temp == null)
 581     {
 582       temp = File.createTempFile(filename, TEMP_FILE_EXT, dirFile);
 583     }
 584     return temp;
 585   }
 586
 587   private void tidyUpFiles()
 588   {
 589     deleteOldFiles();
 590   }
 591
 592   private static boolean confirmNewerDeleteFile(File fileToBeDeleted,
 593           File replacementFile, boolean replace)
 594   {
 595     StringBuilder messageSB = new StringBuilder();
 596
 597     File ftbd = fileToBeDeleted;
 598     String ftbdLMT = sdf.format(ftbd.lastModified());
 599     String ftbdSize = Long.toString(ftbd.length());
 600
 601     File rf = replacementFile;
 602     String rfLMT = sdf.format(rf.lastModified());
 603     String rfSize = Long.toString(rf.length());
 604
 605     int confirmButton = JvOptionPane.NO_OPTION;
 606     if (replace)
 607     {
 608       File saveFile = null;
 609       try
 610       {
 611         saveFile = nextTempFile(ftbd.getName(), ftbd.getParentFile());
 612       } catch (Exception e)
 613       {
 614         Cache.log.error(
 615                 "Error when confirming to keep backup file newer than other backup files.");
 616         e.printStackTrace();
 617       }
 618       messageSB.append(MessageManager.formatMessage(
 619               "label.newerdelete_replacement_line", new String[]
 620               { ftbd.getName(), rf.getName(), ftbdLMT, rfLMT, ftbdSize,
 621                   rfSize }));
 622       // "Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted and
 623       // replaced by apparently older file \n''{1}''\t(modified {3}, size
 624       // {5}).""
 625       messageSB.append("\n\n");
 626       messageSB.append(MessageManager.formatMessage(
 627               "label.confirm_deletion_or_rename", new String[]
 628               { ftbd.getName(), saveFile.getName() }));
 629       // "Confirm deletion of ''{0}'' or rename to ''{1}''?"
 630       String[] options = new String[] {
 631           MessageManager.getString("label.delete"),
 632           MessageManager.getString("label.rename") };
 633
 634       confirmButton = Platform.isHeadless() ? JvOptionPane.YES_OPTION
 635               : JvOptionPane.showOptionDialog(Desktop.desktop,
 636                       messageSB.toString(),
 637                       MessageManager.getString(
 638                               "label.backupfiles_confirm_delete"),
 639                       // "Confirm delete"
 640                       JvOptionPane.YES_NO_OPTION,
 641                       JvOptionPane.WARNING_MESSAGE, null, options,
 642                       options[0]);
 643     }
 644     else
 645     {
 646       messageSB.append(MessageManager
 647               .formatMessage("label.newerdelete_line", new String[]
 648               { ftbd.getName(), rf.getName(), ftbdLMT, rfLMT, ftbdSize,
 649                   rfSize }));
 650       // "Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted but
 651       // is newer than the oldest remaining backup file \n''{1}''\t(modified
 652       // {3}, size {5})."
 653       messageSB.append("\n\n");
 654       messageSB.append(MessageManager
 655               .formatMessage("label.confirm_deletion", new String[]
 656               { ftbd.getName() }));
 657       // "Confirm deletion of ''{0}''?"
 658       String[] options = new String[] {
 659           MessageManager.getString("label.delete"),
 660           MessageManager.getString("label.keep") };
 661
 662       confirmButton = Platform.isHeadless() ? JvOptionPane.YES_OPTION
 663               : JvOptionPane.showOptionDialog(Desktop.desktop,
 664                       messageSB.toString(),
 665                       MessageManager.getString(
 666                               "label.backupfiles_confirm_delete"),
 667                       // "Confirm delete"
 668                       JvOptionPane.YES_NO_OPTION,
 669                       JvOptionPane.WARNING_MESSAGE, null, options,
 670                       options[0]);
 671     }
 672
 673     // return should be TRUE if file is to be deleted
 674     return (confirmButton == JvOptionPane.YES_OPTION);
 675   }
 676
 677   private void deleteOldFiles()
 678   {
 679     if (deleteFiles != null && !deleteFiles.isEmpty())
 680     {
 681       boolean doDelete = false;
 682       StringBuilder messageSB = null;
 683       if (confirmDelete && deleteFiles.size() > 0)
 684       {
 685         messageSB = new StringBuilder();
 686         messageSB.append(MessageManager
 687                 .getString("label.backupfiles_confirm_delete_old_files"));
 688         // "Delete the following older backup files? (see the Backups tab in
 689         // Preferences for more options)"
 690         for (int i = 0; i < deleteFiles.size(); i++)
 691         {
 692           File df = deleteFiles.get(i);
 693           messageSB.append("\n");
 694           messageSB.append(df.getName());
 695           messageSB.append(" ");
 696           messageSB.append(MessageManager.formatMessage("label.file_info",
 697                   new String[]
 698                   { sdf.format(df.lastModified()),
 699                       Long.toString(df.length()) }));
 700           // "(modified {0}, size {1})"
 701         }
 702
 703         int confirmButton = Platform.isHeadless() ? JvOptionPane.YES_OPTION
 704                 : JvOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
 705                         messageSB.toString(),
 706                         MessageManager.getString(
 707                                 "label.backupfiles_confirm_delete"),
 708                         // "Confirm delete"
 709                         JvOptionPane.YES_NO_OPTION,
 710                         JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 711
 712         doDelete = (confirmButton == JvOptionPane.YES_OPTION);
 713       }
 714       else
 715       {
 716         doDelete = true;
 717       }
 718
 719       if (doDelete)
 720       {
 721         for (int i = 0; i < deleteFiles.size(); i++)
 722         {
 723           File fileToDelete = deleteFiles.get(i);
 724           Cache.log.debug(
 725                   "BACKUPFILES deleting fileToDelete:" + fileToDelete);
 726           fileToDelete.delete();
 727           Cache.log.warn("deleting '" + fileToDelete.getName() + "'");
 728         }
 729       }
 730
 731     }
 732
 733     deleteFiles.clear();
 734   }
 735
 736   private TreeMap<Integer, File> sortBackupFilesAsTreeMap(
 737           File[] backupFiles, String basename)
 738   {
 739     // sort the backup files (based on integer found in the suffix) using a
 740     // precomputed Hashmap for speed
 741     Map<Integer, File> bfHashMap = new HashMap<>();
 742     for (int i = 0; i < backupFiles.length; i++)
 743     {
 744       File f = backupFiles[i];
 745       BackupFilenameParts bfp = new BackupFilenameParts(f, basename, suffix,
 746               digits);
 747       bfHashMap.put(bfp.indexNum(), f);
 748     }
 749     TreeMap<Integer, File> bfTreeMap = new TreeMap<>();
 750     bfTreeMap.putAll(bfHashMap);
 751     return bfTreeMap;
 752   }
 753
 754   public boolean rollBackupsAndRenameTempFile()
 755   {
 756     boolean write = this.getWriteSuccess();
 757
 758     boolean roll = false;
 759     boolean rename = false;
 760     if (write)
 761     {
 762       roll = this.rollBackupFiles(false); // tidyUpFiles at the end
 763       rename = this.renameTempFile();
 764     }
 765
 766     /*
 767      * Not sure that this confirmation is desirable.  By this stage the new file is
 768      * already written successfully, but something (e.g. disk full) has happened while
 769      * trying to roll the backup files, and most likely the filename needed will already
 770      * be vacant so renaming the temp file is nearly always correct!
 771      */
 772     boolean okay = roll && rename;
 773     if (!okay)
 774     {
 775       StringBuilder messageSB = new StringBuilder();
 776       messageSB.append(MessageManager.getString(
 777               "label.backupfiles_confirm_save_file_backupfiles_roll_wrong"));
 778       // "Something possibly went wrong with the backups of this file."
 779       if (rename)
 780       {
 781         if (messageSB.length() > 0)
 782         {
 783           messageSB.append("\n");
 784         }
 785         messageSB.append(MessageManager.getString(
 786                 "label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_ok"));
 787         // "The new saved file seems okay."
 788       }
 789       else
 790       {
 791         if (messageSB.length() > 0)
 792         {
 793           messageSB.append("\n");
 794         }
 795         messageSB.append(MessageManager.getString(
 796                 "label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_not_ok"));
 797         // "The new saved file might not be okay."
 798       }
 799
 800       int confirmButton = Platform.isHeadless() ? JvOptionPane.OK_OPTION
 801               : JvOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
 802                       messageSB.toString(),
 803                       MessageManager.getString(
 804                               "label.backupfiles_confirm_save_file"),
 805                       // "Confirm save file"
 806                       JvOptionPane.OK_OPTION, JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 807       okay = confirmButton == JvOptionPane.OK_OPTION;
 808     }
 809     if (okay)
 810     {
 811       tidyUpFiles();
 812     }
 813
 814     return rename;
 815   }
 816
 817   public static TreeMap<Integer, File> getBackupFilesAsTreeMap(
 818           String fileName, String suffix, int digits)
 819   {
 820     File[] backupFiles = null;
 821
 822     File file = new File(fileName);
 823
 824     File dirFile;
 825     try
 826     {
 827       dirFile = file.getParentFile();
 828     } catch (Exception e)
 829     {
 830       Cache.log.error(
 831               "Could not get canonical path for file '" + file + "'");
 832       return new TreeMap<>();
 833     }
 834
 835     String filename = file.getName();
 836     String basename = filename;
 837
 838     // find existing backup files
 839     BackupFilenameFilter bff = new BackupFilenameFilter(basename, suffix,
 840             digits);
 841     backupFiles = dirFile.listFiles(bff); // is clone needed?
 842
 843     // sort the backup files (based on integer found in the suffix) using a
 844     // precomputed Hashmap for speed
 845     Map<Integer, File> bfHashMap = new HashMap<>();
 846     for (int i = 0; i < backupFiles.length; i++)
 847     {
 848       File f = backupFiles[i];
 849       BackupFilenameParts bfp = new BackupFilenameParts(f, basename, suffix,
 850               digits);
 851       bfHashMap.put(bfp.indexNum(), f);
 852     }
 853     TreeMap<Integer, File> bfTreeMap = new TreeMap<>();
 854     bfTreeMap.putAll(bfHashMap);
 855
 856     return bfTreeMap;
 857   }
 858
 859   /*
 860   private boolean addDeleteFile(File fileToBeDeleted, File originalFile,
 861           boolean delete, boolean newer)
 862   {
 863     return addDeleteFile(fileToBeDeleted, originalFile, null, delete, newer);
 864   }
 865   */
 866   private boolean addDeleteFile(File fileToBeDeleted)
 867   {
 868     boolean ret = false;
 869     int pos = deleteFiles.indexOf(fileToBeDeleted);
 870     if (pos > -1)
 871     {
 872       Cache.log.debug("BACKUPFILES not adding file "
 873               + fileToBeDeleted.getAbsolutePath()
 874               + " to the delete list (already at index" + pos + ")");
 875       return true;
 876     }
 877     else
 878     {
 879       Cache.log.debug("BACKUPFILES adding file "
 880               + fileToBeDeleted.getAbsolutePath() + " to the delete list");
 881       deleteFiles.add(fileToBeDeleted);
 882     }
 883     return ret;
 884   }
 885
 886   public static boolean moveFileToFile(File oldFile, File newFile)
 887   {
 888     boolean ret = false;
 889     Path oldPath = Paths.get(oldFile.getAbsolutePath());
 890     Path newPath = Paths.get(newFile.getAbsolutePath());
 891     try
 892     {
 893       // delete destination file - not usually necessary but Just In Case...
 894       Cache.log.debug("BACKUPFILES deleting " + newFile.getAbsolutePath());
 895       newFile.delete();
 896       Cache.log.debug("BACKUPFILES moving " + oldFile.getAbsolutePath()
 897               + " to " + newFile.getAbsolutePath());
 898       Files.move(oldPath, newPath, StandardCopyOption.REPLACE_EXISTING);
 899       ret = true;
 900       Cache.log.debug("BACKUPFILES move seems to have succeeded");
 901     } catch (IOException e)
 902     {
 903       Cache.log.warn("Could not move file '" + oldPath.toString() + "' to '"
 904               + newPath.toString() + "'");
 905       Cache.log.error(e.getMessage());
 906       Cache.log.debug(e.getStackTrace());
 907       ret = false;
 908     } catch (Exception e)
 909     {
 910       Cache.log.error(e.getMessage());
 911       Cache.log.debug(e.getStackTrace());
 912       ret = false;
 913     }
 914     return ret;
 915   }
 916 }